大麦条纹花叶病毒荧光定量PCR检测方法的建立及应用

大麦条纹花叶病毒Barley stripe mosaic virus（BSMV）是我国进境植物检疫性有害生物。为提高大麦条纹花叶病毒检测的灵敏度和特异性,缩短检测周期,根据该病毒不同分离株外壳蛋白（coat protein, CP）基因的保守序列设计特异性的引物和探针,建立了BSMV的实时荧光RT-PCR检测方法。结果表明,本检测方法特异性强,对南方菜豆花叶病毒Southern bean mosaic virus（SBMV）、小麦线条花叶病毒Wheat streak mosaic virus（WSMV）、玉米褪绿斑驳病毒Maize chlorotic mottle virus（MCMV）、烟草环斑病毒Tobacco ringspot virus（TRSV）、菜豆荚斑驳病毒Bean pod mottle virus（BPMV）和番茄环斑病毒Tomato ringspot virus（ToRSV）6种病毒均无交叉扩增;且检测方法灵敏度高,对RNA模板的最低检测限达到5×10-4 ng/μL,与双抗体夹心酶联免疫吸附法（DAS-ELISA）和普通RT-PCR相比,本方法的灵敏度分别提高了10倍和100倍。此外,我们利用该方法对12批进口大麦进行检测,发现6批大麦中检出大麦条纹花叶病毒,占比约50%。总之,本研究建立的荧光定量PCR方法具有灵敏度高、特异性强等优点,适合于BSMV的快速检测。     

玉米褪绿斑驳病毒实时荧光RT-PCR检测方法研究

玉米褪绿斑驳病毒(Maize chlorotic mottle virus,MCMV)是我国对外公布的检疫性有害生物。本研究根据该病毒外壳蛋白基因的保守序列,设计得到特异性引物及Taqman荧光探针,建立了MCMV的实时荧光RT-PCR方法,并对其灵敏度与特异性进行了研究。该方法针对2个不同来源的毒株均能得到典型扩增曲线,而没有从小麦线条花叶病毒、玉米粗缩病毒和玉米矮花叶病毒的RNA得到扩增曲线,表明引物与荧光探针具有良好的特异性。针对玉米褪绿斑驳病毒RNA不同稀释度样品,实时荧光RT-PCR检测低限达到10-5稀释度,检测灵敏度要比普通RT-PCR高出100倍。因此,本研究建立的MCMV实时荧光方法具有特异性强、灵敏度高和快速有效的优点。     

实时荧光RT-PCR检测辣椒轻斑驳病毒的初步研究

本研究选取辣椒轻斑驳病毒PMMoV、烟草花叶病毒TMV、黄瓜花叶病毒CMV和马铃薯Y病毒PVY作为试验材料,根据PMMoV衣壳蛋白(CP)RNA的序列特异性位点,设计出Taqman荧光探针及其引物,采用实时荧光RT-PCR技术对PMMoV进行快速检测,同时与ELISA方法进行了灵敏度比较,结果表明：该方法具有较高的灵敏度及较强的特异性,PMMoV检测结果为阳性,TMV、CMV和PVY均无荧光信号,为阴性,灵敏度是传统的ELISA方法的100倍,而且大大缩短了检测时间。该方法快速、准确、灵敏、简便、安全,具有实际应用价值,适用于植物病毒病害的快速检测。     

番茄褐色皱果病毒TaqMan 荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立番茄褐色皱果病毒(tomato brown rugose fruit virus, ToBRFV)TaqMan荧光定量RT-PCR方法，本研究针对ToBRFV RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase, RdRP)基因序列设计了4组特异性引物和TaqMan探针，构建了标准曲线，并对该方法的特异性、灵敏度和实际样品的检测效率进行评估。结果显示，该方法特异性强，与番茄花叶病毒、番茄斑驳花叶病毒、烟草花叶病毒、黄瓜绿斑驳花叶病毒、番茄环斑病毒、番茄黑环病毒、辣椒轻斑驳病毒、烟草环斑病毒和凤果花叶病毒等9种病毒均无交叉反应。建立的标准曲线的R²为0.999,扩增效率为102.096%,检测灵敏度为10 fg/μL,与EPPO PM 7/146(1)推荐的CaTa28、CSP1325方法相当，是常规RT-PCR的100倍；采用该方法成功从60份番茄和辣椒叶片、种子样品中检出10份阳性样品。建立的TaqMan荧光定量RT-PCR方法特异性强、灵敏度高，适用于实际样品中ToBRFV的快速精准检测。     

番茄斑萎病毒NASBA检测方法的建立

为建立一种快速检测番茄斑萎病毒(Tomato spotted wilt virus,TSWV)的方法,以TSWV-CP1/TSWV-CP2为引物对TSWV的N基因进行PCR扩增及序列测定,在TSWV N基因的高度保守区设计特异性扩增引物NA-P1/NA-P2进行核酸序列依赖性扩增(NASBA)反应,并对NASBA方法的特异性和灵敏度进行验证。结果表明,建立的NASBA方法最佳反应时间为1.5 h。该方法特异性较好,只有TSWV阳性样品中出现了预期大小为235 bp的扩增产物,与烟草环斑病毒(Tobacco ring spot virus,TRSV)、番茄黑环病毒(Tomato black ring virus,TBRV)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、番茄花叶病毒(Tomato mosaic virus,ToMV)、番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow curl virus,ToYCLV)无交叉反应。灵敏度验证中,实时荧光RT-PCR的灵敏度最高,为1.56×10~(-5)ng/μL感病植物RNA模板,NASBA次之,为1.56×10~(-4)ng/μL,普通RT-PCR最低,为1.56×10~(-3)ng/μL。在对9份实际样品检测中,NASBA的阳性检出率与实时荧光RT-PCR、普通RT-PCR相同,均为33%,高于ELISA检测的22%。表明NASBA方法适用于实际样品检测,可对TSWV进行快速检测。     

基于TaqMan MGB探针的花生矮化病毒检测研究

花生矮化病毒(Peanut stunt virus,PSV)是我国进境检疫性有害生物。本研究根据该病毒不同分离株外壳蛋白基因(coat protein,CP)的保守序列,设计了特异性引物与TaqMan MGB荧光探针,建立了PSV的实时荧光RT-PCR检测方法。方法特异性研究表明,针对PSV的2个不同株系PSV-E和PSV-W,均能够得到典型扩增曲线,Ct值分别为20.10和21.22;而对于黄瓜花叶病毒、番茄不孕病毒、马铃薯Y病毒、菜豆荚斑驳病毒以及烟草环斑病毒等其他毒株则没有典型扩增曲线,也无Ct值。灵敏度比较发现,该方法比普通RT-PCR检测方法的灵敏度提高100倍,具有快速、灵敏和高特异性的优点,适合对PSV的检测。     

实时荧光RT-PCR检测香蕉苞片花叶病毒方法的建立

香蕉苞片花叶病毒(Banana bract mosaic virus, BBrMV)是我国对外检疫性有害生物。为防止该有害生物传入我国,根据BBrMV不同分离株外壳蛋白基因(coat protein, CP)的保守序列,设计特异性引物与TaqMan荧光探针,建立了BBrMV的实时荧光RT-PCR检测方法。结果表明,该方法检测BBrMV的2个不同来源毒株,均能够得到典型扩增曲线,Ct值分别为26.65和27.52;而马铃薯Y病毒、李属坏死环斑病毒以及桃丛簇花叶病毒等其它毒株则没有典型扩增曲线,也无Ct值。灵敏度比较发现,该方法比普通RT-PCR检测方法的灵敏度提高1000倍,具有快速、灵敏和高特异性的优点,适合对BBrMV的检测。     

番茄褐色皱果病毒SYBR GreenⅠ实时荧光RT-PCR检测方法的建立和应用

根据番茄褐色皱果病毒（tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV）外壳蛋白（coat protein,CP）的保守基因序列设计1对特异性引物,建立了基于SYBR Green I的ToBRFV实时荧光RT-PCR检测方法,并对其进行了特异性、灵敏度检测,对自然感染ToBRFV的番茄、辣椒种子进行了检测验证。结果表明,构建的实时荧光RT-PCR检测ToBRFV阳性的番茄种子总RNA和重组质粒标准品的检测低限分别为0.2 ng/μL和50.0拷贝/μL,均为普通RT-PCR检测灵敏度的100倍;对番茄花叶病毒（tomato mosaic virus,ToMV）、番茄环斑病毒（tomato ringspot virus,ToRSV）、番茄黑环病毒（tomato black ring virus,TBRV）、番茄斑萎病毒（tomato spotted wilt virus,TSWV）、辣椒轻斑驳病毒（pepper mild mottle virus,PMMoV）、烟草花叶病毒（tobacco mosaic virus,TMV）和烟草环斑病毒（tobacco ri...     

玉米褪绿斑驳病毒3种PCR检测方法的建立与比较

 以带有玉米褪绿斑驳病毒(MCMV)的玉米叶片为材料,研究建立了MCMV 的普通RT-PCR、TaqMan 实时荧光RT-PCR 和SYBR Green Ⅰ实时荧光RT-PCR 检测方法,并比较了3种方法的灵敏度。结果表明:TaqMan 实时荧光RT-PCR 的检测灵敏度最高,最低检出量可达1.61 fg,SYBR Green Ⅰ实时荧光RT-PCR 略逊之,普通RT-PCR 的检测灵敏度则相对较低,与前两者相差10~100倍。     

实时荧光RT-PCR方法检测黄瓜绿斑驳花叶病毒

根据黄瓜绿斑驳花叶病毒不同分离物外壳蛋白基因(CP)的保守序列,设计合成引物和TaqMan荧光探针,建立了黄瓜绿斑驳花叶病毒的实时荧光RT-PCR(Real time RT-PCR)检测方法.该方法利用TaqMan探针水解产生的荧光信号实时监测目标基因的扩增,实现PCR扩增与检测同步进行.结果表明,实时荧光RT-PCR方法检测灵敏度比普通RT-PCR高约10倍,并且具有快速、简便、准确的优点,适合于CGMMV的快速、高效检测.     

环介导等温扩增技术检测小苍兰花叶病毒

小苍兰花叶病毒Freesia mosaic virus(FreMV)是侵染兰花的主要病毒,严重影响其观赏价值。本研究根据FreMV的外壳蛋白基因序列设计了一组特异性引物,经过一系列条件优化,建立了该病毒的RT-LAMP检测方法。结果显示设计引物能特异扩增FreMV,与其他4种病毒(菜豆黄花叶病毒Bean yellow mosaic virus、黄瓜花叶病毒Cucumber mosaic virus、建兰花叶病毒Cymbidium mosaic virus和齿兰环斑病毒Odontoglossum ringspot virus)不发生反应;该方法灵敏度为RT-PCR的10倍。田间检测20份样品中,RT-LAMP和RT-PCR检测结果一致,检出率为60%。在产物中加入荧光染料SYBR GreenⅠ直接用肉眼观察就可判断样品是否感染FreMV,可省去电泳分析的时间。该方法具有特异性强、灵敏度高、操作简单、快速等特点。     

微滴数字RT-PCR检测南芥菜花叶病毒

为建立一种快速、灵敏、特异的定量检测南芥菜花叶病毒(arabis mosaic virus,ARMY)的微滴数字RT-PCR方法,根据ArMV外壳蛋白基因保守序列设计了特异性引物和探针,并对该方法的特异性、灵敏度和重复性进行评估.结果 表明,该数字RT-PCR检测方法的特异性好,与其他对照病毒均无交叉反应;检测灵敏度可...     

实时荧光RT-PCR方法检测齿兰环斑病毒与建兰花叶病毒

齿兰环斑病毒（Odontoglossum ringspot virus, ORSV）与建兰花叶病毒（Cymbidium mosaic virus, CymMV）是严重危害兰科植物的2种主要病毒。本研究根据病毒不同分离株外壳蛋白基因的保守序列,分别设计了ORSV与CymMV各自的特异性引物与荧光探针,建立了基于TaqMan探针的实时荧光RT-PCR检测方法。该方法与酶联免疫检测方法相比,灵敏度提高104倍,具有快速、灵敏和高特异性的优点,适合对ORSV和CymMV的快速检测。应用该方法,从来自台湾的蝴蝶兰样品中检出齿兰环斑病毒。     

利用Real-time RT-PCR方法检测苹果中苹果茎沟病毒

以含有苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)的苹果枝条为试材,设计扩增产物片段为176 bp的特异性引物,优化反应条件,构建标准曲线,建立了苹果茎沟病毒的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测方法.对该方法进行了灵敏度和重复性试验,并且利用建立的方法对受ASGV感染的苹果枝条和树叶进行定量检测.最后,比较了实时荧光定量RT-PCR与常规RT-PCR检测的灵敏度.结果表明:样品的荧光定量PCR有良好的扩增曲线和溶解曲线,该方法的灵敏度可达6.8× 102拷贝/μL,检测其灵敏度是传统RT-PCR的100倍,所建立的荧光定量技术可用于田间样品中此病毒的检测,丰富了ASGV的检测手段,提高了检测灵敏度,具有较好的应用前景.     

齿兰环斑病毒与建兰花叶病毒分子检测研究

齿兰环斑病毒（Odontoglossum ringspot virus,ORSV）与建兰花叶病毒（Cymbidium mosaic virus, CyMV）是严重危害兰科植物的两种主要病毒。本研究根据病毒外壳蛋白基因设计特异性引物,应用ELISA、普通RT-PCR、巢式RT-PCR和免疫捕获RT-PCR4种方法进行了检测研究与比较。结果表明：普通RT-PCR与ELISA方法检测灵敏度相当;巢式RT-PCR检测灵敏度要比普通RT-PCR与ELISA方法高出104倍以上;免疫捕获RT-PCR检测灵敏度介于普通RT-PCR和巢式RT-PCR之间。采用巢式RT-PCR方法对我国台湾进境的蝴蝶兰植株样本检测,1号样本出现与阳性对照一致的特异条带。双向测序分析,扩增产物序列与ORSV外壳蛋白基因具有100％的同源性,表明1号蝴蝶兰样本携带ORSV。     

侵染唐菖蒲和百合3种病毒的多重RT-PCR检测方法

本文针对侵染百合和唐菖蒲的南芥菜花叶病毒、百合无症病毒和菜豆黄花叶病毒,建立了同时检测3种病毒的多重RT-PCR检测方法.该方法根据上述3种病毒保守的衣壳蛋白基因序列,设计特异性引物,优化了反应条件.通过对9种不同寄主和6种病毒的检测,验证该检测方法具有很高的特异性、稳定性,其灵敏度为植物总RNA稀释101～102倍.特别是,该方法缩短了检测周期,适合于植物病毒快速检测工作的需要.     

应用实时荧光定量RT-PCR检测几种食用菌蛋白抗烟草花叶病毒的活性

根据烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)外壳蛋白(CP)RNA的特异性序列设计TaqMan荧光探针及其引物,利用实时荧光定量RT-PCR检测食用菌蛋白抗TMV的活性。经食用菌蛋白处理后,TMV病毒汁液中TMV的RNA浓度下降了22.02%~87.93%,传统生物学测定的食用菌蛋白抗TMV的平均枯斑抑制率为10.88%～83.97%;相关性分析表明,实时荧光定量RT-PCR测定的病毒RNA浓度的下降与传统生物学方法测定的平均枯斑抑制率之间呈正相关(r=0.818 8),具有较好的一致性。利用实时荧光定量RT-PCR检测蛋白抗烟草花叶病毒活性的方法,具有特异性好、快速、简便、重复性高的特点,适合于蛋白抗烟草花叶病毒活性的痕量快速高效检测。     

逆转录环介导等温扩增技术检测南芥菜花叶病毒

根据南芥菜花叶病毒外壳蛋白基因序列设计并合成了2组RT-LAMP引物,通过筛选试验,最终确定Ar4组引物为最佳引物,建立了南芥菜花叶病毒的RT-LAMP检测方法.同时,通过实时浊度仪和钙黄绿素分别对检测结果进行了判断.特异性和灵敏度试验结果显示,RT-LAMP方法快速、特异且灵敏,其灵敏度与普通RT-PCR法一致.     

非洲菊三种病毒的快速检测及其组培脱毒方法

利用感染了番茄黑环病毒、烟草花叶病毒和黄瓜花叶病毒的非洲菊叶片,建立同步检测非洲菊3种病毒的多重RT-PCR和实时荧光RT-PCR,多重RT-PCR可一次性扩增出3种病毒的DNA条带,最低可检测到相当于1μg的带毒叶片;实时荧光RT-PCR可分别检测相当于1 ng、1 ng和100 Pg的带毒叶片.同时采用茎尖、叶片和花托组织培养脱毒并结合培养基添加病毒A的脱毒方法,对接种3种病毒的非洲菊进行外植体脱毒试验,获得非洲菊组培苗脱毒方法.用建立的多重RT-PCR和实时荧光RT-PCR检测脱毒效果,茎尖脱毒率分别为75.0%和66.7%,花托脱毒率分别为52.0%和54.5%.     

甘蔗黄叶病毒外壳蛋白基因克隆及其实时荧光RT-PCR检测

 甘蔗黄叶病毒（Sugarcane yellow leaf virus, SCYLV）引起的甘蔗黄叶病是一种新的全球性病毒病害。本文以YLSCPF1和YLSCPR591为引物,采用RT-PCR方法克隆了甘蔗黄叶病毒福建分离物（CHN-FJ1）外壳蛋白（CP）基因,编码196个氨基酸。分析不同地理来源的SCYLV病毒分离物cp基因核苷酸及其推导编码的氨基酸序列,同源性达95%以上。根据cp基因的保守序列,设计1对特异性引物和TaqMan探针,建立了SCYLV的TaqMan实时荧光RT-PCR方法。结果表明,检测下限为初始质粒模板DNA 1 000拷贝/μL（约3.61 fg/μL）,比常规PCR方法的灵敏度提高100倍。检测甘蔗花叶病毒、宿根矮化病菌和黑穗病菌,没有典型的扩增曲线和无Ct值。应用实时荧光RT-PCR、常规RT-PCR和组织印迹免疫杂交（TBIA）对田间甘蔗叶片样品进行检测,阳性检出率分别为100%、61.5%和69.2%,表明该方法比常规RT-PCR和TBIA具有更高的灵敏度,适合于对SCYLV的检测。