油茶暹罗刺盘孢菌群体遗传结构分析

暹罗刺盘孢菌是油茶炭疽病病原之一,在我国多个油茶产区均有分布。研究油茶暹罗刺盘孢菌群体遗传结构可为全面、有效防治油茶炭疽病害提供理论依据。本研究对分离自海南、江西、湖南、广西4省(自治区)6个地区暹罗刺盘孢菌菌株的ITS、CAL和GAPDH 3个基因的序列进行群体遗传结构分析。根据拼接的上述3个基因的序列,57个暹罗刺盘孢菌菌株可定义为13个单倍型,其中单倍型H7为主要单倍型,分布于本研究所涉及的所有地区。病菌不同地理种群间的遗传分化较大,AMOVA分析显示,遗传变异主要发生在种群内,病菌未经历过大规模的种群扩张。研究结果表明油茶炭疽病原暹罗刺盘孢菌种群具有丰富的遗传多样性。     

海南橡胶树暹罗刺盘孢菌群体遗传结构分析

暹罗刺盘孢菌Colletotrichum siamense是引起海南橡胶树炭疽病的重要病原之一,为了明确海南橡胶树暹罗刺盘孢菌群体的遗传结构,本研究对海南5个市(县)的橡胶树暹罗刺盘孢菌的ITS序列进行分析。结果表明,58个病菌样品可推导出11种单倍型,其中单倍型H11包含样品数最多且在5个市(县)均有分布,其次为单倍型H4,在4个市(县)有分布。遗传分化指数(Fst)表明保亭种群与其他种群的遗传分化较大。AMOVA分析显示,遗传变异主要发生在种群内,占总变异的93.9%。对所有地理种群病原菌ITS序列的核苷酸不配对进行分析,表明病菌未经历过大规模的种群扩张。系统发育分析表明,来自相同地区的病菌单倍型并没有聚在一起。研究结果表明海南橡胶树暹罗刺盘孢菌种群具有丰富的遗传多样性。     

云南葡萄产区葡萄炭疽病病原鉴定及致病力分析

为了明确引起云南葡萄产区炭疽病的病原种类,利用形态鉴定和特异性引物分子检测相结合的方法对从云南省主要葡萄产区采集的60株炭疽病菌菌株进行了鉴定。葡萄炭疽病菌菌株的菌落形态和生长速率与对照菌株尖孢炭疽菌Colletotrichum acutatum差异不明显,但其分生孢子大小显著小于尖孢炭疽菌,附着胞深褐色,球形或不规则形。胶孢炭疽菌Colletotrichum gloeosporioides特异性引物CgInt/ITS4从供试葡萄炭疽病菌菌株基因组DNA中扩增出1条约500 bp的特异性条带,而尖孢炭疽菌特异性引物CaInt2/ITS4对葡萄炭疽病菌无扩增条带。研究表明,引起云南葡萄主产区炭疽病的病原为胶孢炭疽菌;供试胶孢炭疽菌对红提葡萄均有致病力,但菌株致病力差异较大,对番茄和草莓存在交叉侵染的能力,且对多菌灵的敏感性较尖孢炭疽菌高。     

滇黄精炭疽病菌的初步鉴定及其对3种杀菌剂的敏感性

对2019年采集自云南省3个滇黄精产区的炭疽病菌进行形态学及ITS序列分子鉴定,并采用菌丝生长速率法,测定了40株黄精炭疽病菌对氟啶胺、咪鲜胺和苯醚甲环唑的敏感性。结果表明:从滇黄精炭疽病病叶上分离得到的40株炭疽病菌可能分别属于炭疽菌属中的胶孢炭疽菌Colletotrichum gloeosporioides、果生炭疽菌C. fructicola、博宁炭疽菌C. boninense和尖孢炭疽菌C. acutatum,其中果生炭疽菌29株,占总分离菌株的72.5%,为优势病原菌。3种杀菌剂对 40 株供试菌株的菌丝生长有明显的抑制作用,氟啶胺、咪鲜胺和苯醚甲环唑的EC₅₀ 值分别介于0.028~0.53 mg/L、0.018~2.69 mg/L 和 0.158~2.57 mg/L 之间,即供试菌株对氟啶胺的敏感性高于其对咪鲜胺和苯醚甲环唑的敏感性。目前,3个滇黄精产区的炭疽病菌尚未对氟啶胺、咪鲜胺和苯醚甲环唑产生抗药性。     

海南省不同寄主植物炭疽病菌侵染油茶研究

为了明确海南省不同寄主植物炭疽病菌侵染油茶的潜力,本研究分离、鉴定海南省4个油茶林中不同寄主植物的炭疽病菌种类及其致病性。结果从油茶、葛根、山麻杆、飞机草、蒲葵、鲫鱼胆、桃花心木、黄兰、羊蹄甲、山矾、银柴、降香黄檀和檀香等13种植物上,共获得135株炭疽病菌,其中果生刺盘孢菌(Colletotrichum fructicola)85株、暹罗刺盘孢菌(C.siamense)45株,盘长孢状刺盘孢菌(C.gloeosporioides)3株,君子兰刺盘孢(C.cliviae)和山茶刺盘孢(C.camelliae)各1株;4个采样地的油茶树与葛根等当地其他12种植物具有相同的炭疽病菌C.fructicola和C.siamense,这两种菌占总分离炭疽菌的96%;通过致病性测定,不同寄主来源的这5种炭疽菌均能引起油茶炭疽病。海南省当地多种植物的炭疽病菌是油茶的潜在侵染源。     

吉林省球孢白僵菌遗传多样性与亚洲玉米螟化性相关性分析

利用ITS序列分析和ISSR分子标记对吉林省玉米主产区的49株寄生亚洲玉米螟的球孢白僵菌进行了遗传多样性分析。ITS序列分析表明,各菌株间的亲缘关系与其地理来源无关。分别根据9个采集地,以及寄主化性类型划分供试菌株类群,利用ISSR分子标记技术进一步分析表明,不同地理类群中榆树地区的遗传多样性最高,双辽地区最低;双辽和通化地区间的遗传分化系数最高,梨树和通化地区间的遗传距离最大。根据寄主化性类型划分类群得出一代玉米螟分离菌株遗传多样性指数最高,一代兼二代区最低;一代兼二代区菌株遗传分化系数最高,而一代区和二代区的遗传距离最大。由此可见,吉林省球孢白僵菌遗传多样性水平较高,种群的异质性较强,遗传多样性同地理位置无关,与寄主化性类型存在相关性。     

建兰炭疽病拮抗放线菌的筛选及防治效果

为筛选获得对建兰炭疽病菌胶孢炭疽菌具有良好抑菌效果的放线菌,以野生山地兰花表层土壤为分离样本,从土壤样品中分离获得25株放线菌,初筛出6株对建兰炭疽病菌胶孢炭疽菌具有明显抑制作用的菌株,其中菌株SVFJ-07的抑菌效果最好,抑菌率达83.64%。经形态特征、生理生化特征及16S rDNA序列分析,确认菌株SVFJ-07为酒红链霉菌。该菌对多种真菌具有良好的抑菌效果。对建兰炭疽病的室内防效为70.06%,田间防效66.27%～68.54%。可见,酒红链霉菌SVFJ-07对建兰炭疽病菌胶孢炭疽菌具有较好的拮抗作用,生防应用前景良好。     

建兰胶孢炭疽菌ITS序列分析及其PCR快速检测

由胶孢炭疽菌Colletotrichum gloeosporioides引起的炭疽病是建兰的重要病害.为建立快速检测该病原菌的方法,以ITSl/ITS4为引物,对15个建兰胶孢炭疽菌的ITS进行PCR扩增及测序,将测定的序列与炭疽菌属其它种的ITS序列进行比对分析,设计特异性引物CFl/CR1,并通过常规和巢式PCR对建兰胶孢炭疽菌进行检测.结果显示,15个菌株中有13个菌株ITS序列与该菌的模式种序列相似性高达99％以上,而另外2个菌株相似性则为86％;供试菌株在系统发育树上聚为2个不同的分支;引物CFl/CR1通过常规PCR可从1 ng的建兰胶孢炭疽菌基因组DNA中扩增到目的条带,而利用引物ITSl/ITS4和CF1/CR1通过巢式PCR可从1 pg的基因组DNA中扩增到目的条带,即巢式PCR反应检测灵敏度较常规PCR至少高1 000倍.表明建立的巢式PCR法可从自然感病的建兰叶片组织中检测到胶孢炭疽菌.     

基于线粒体COI基因序列的大豆食心虫不同地理种群遗传分化

为揭示大豆食心虫Leguminivora glycinivorella不同地理种群间的遗传分化情况,通过测定19个地理种群214头老熟幼虫的线粒体COI基因序列,利用MEGA 6.0和Dna SP 5.0软件对不同地理种群间序列变异和遗传分化进行分析。结果表明,在214条408 bp的COI基因序列中发现46个变异位点,获得49种单倍型。总群体单倍型多样度为0.8277,固定系数为0.59,基因流为0.17。总群体Tajima’s D检验结果不显著,说明在较近时间内大豆食心虫未经历群体扩张。大豆食心虫不同地理种群间基因交流较少,贵阳种群、都安种群与其它地理种群分化明显,整体的遗传多样性和遗传分化程度较高,地理距离是影响不同地理种群间遗传距离的重要因素。     

江西瑞昌山药炭疽病菌的形态及分子鉴定

为了明确江西瑞昌山药炭疽病病原菌种类归属,本文从当地采集呈典型症状的炭疽病叶片进行了病原菌分离鉴定.通过组织分离获得8个在培养性状和分生孢子形态大小均一致且均具有致病性的分离株,8个分离株在PDA平板上菌落初为白色,后变为灰色至深灰色,菌落中央产生橘红色黏质分生孢子团.分生孢子无色,长椭圆形至纺锤形,单胞,大小为(15.6~18.0)μm×(3.6~6.0)μm.对其中之一的分离株YRRC-1进行rDNA-ITS区段扩增和序列测定,获得长度为536 bp的rDNA-ITS序列,该序列与胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides)的对应序列同源性达100%.根据分离病菌的培养特征、形态大小和序列鉴定结果,认为瑞昌山药炭疽病菌属于胶孢炭疽菌(C. gloeosporioides).     

我国小麦落选短体线虫群体遗传多样性分析

 为了明确我国落选短体线虫群体的遗传多样性,利用mtCOI基因标记对落选短体线虫9个地理群体的遗传结构及遗传分化进行分析。结果显示,9个地理群体中共得到101条mtCOI序列,发现28个碱基变异位点,形成14个单倍型。其中,H1单倍型最常见,为7个地理群体的59个个体共有,推测其可能为祖先单倍型。全部地理群体在物种水平呈现中等遗传多样性(H_T = 0.706±0.131),聚类分析显示其可分为类群Ⅰ与类群Ⅱ两个类群,AMOVA分析揭示落选短体线虫整体水平的遗传分化主要来源于种群间。Mantel检验表明落选短体线虫群体的遗传距离与地理距离存在正相关性,但是不同种群之间的遗传分化程度与地理距离没有显著关系。中性检验和错配分布检验均揭示落选短体线虫在整体水平和两个类群上的群体历史动态都处于相对稳定的状态。     

小尺度空间果生刺盘孢遗传多样性分析

 本研究将来自16个油茶品种的247个Colletotrichum fructicola的多基因序列进行遗传多样性分析,结果表明,247个C. fructicola多基因序列有21个单倍型,其中Hap2占总数的54.7%,Hap4占总数的34%,为两个主要的单倍型,来自所有16个油茶品种。基本上每一个油茶品种都存在C. fructicola独特的单倍型。遗传分化系数(Fst)表明不同品种来源菌株种群间存在一定的遗传分化。对所有品种种群进行中性检测及核苷酸不配对分析,发现小尺度空间的果生次盘孢菌经历大规模的种群扩张,群体间存在有效基因流。系统发育分析表明,来自不同品种的菌株散乱地分布在系统发育树中。     

太子参蚕豆萎蔫病毒2号CP基因的遗传多样性及分子进化分析

为了解太子参蚕豆萎蔫病毒2(Broad bean wilt virus 2,BBWV2)的遗传多样性及分子进化关系,本研究对5个不同地理来源的6份太子参病叶样品进行了BBWV2外壳蛋白(coat protein,CP)基因的RT-PCR扩增和克隆。序列分析结果表明,所得13条太子参BBWV2 CP基因序列均为1 345 bp,其核苷酸序列同一性在81.0%~99.0%之间,氨基酸序列同一性在93.5%~99.3%之间;核苷酸多样性为0.084 00;存在280个核苷酸多态性位点,其中232个为地域特异性位点;总变异数为278个,其中同义突变29个,异义突变249个。不同地理来源的太子参BBWV2分离物之间遗传分化程度较高,基因交流不频繁,遗传漂变可能导致分离物间明显的遗传分化。在系统进化树中,太子参分离物的聚类呈现出明显的地域特异性,江苏、贵州、湖南、福建分离物均聚类在I-a亚组,而山东分离物聚类在II-c亚组,遗传距离较远。研究表明,太子参BBW V2存在很高的遗传变异,基因突变是其产生遗传多样性的主要驱动力,而地理因素与其具有较高的核苷酸多样性密切相关。     

北方春玉米区长岭发垫刃线虫的分布及遗传多样性分析

 为明确长岭发垫刃线虫(Trichotylenchus changlingensis)的分布,2018年对黑龙江、吉林、辽宁、河北、内蒙古、甘肃6省(自治区)118个地块的玉米根际土壤中长岭发垫刃线虫进行分离及鉴定,结果表明:在6个省(自治区)20个地块的土样中分离到该线虫,分离比例为17.0%。同时采用ISSR分子标记技术对分离到的20个种群进行遗传多样性分析。结果共筛选出16条引物,扩增出93条多态性条带,多态性比率为93.55%。基因分化系数(Gst)为0.4771,遗传变异的47.71%存在于种群间,52.29%存在于种群内。基因流(Nm)值为0.5479,说明所调查地区种群间存在基因流,基因流动较小,但种群间已发生一定程度的遗传分化。UPGMA 聚类分析结果表明,这20个种群具有丰富的遗传多样性,但群体间的遗传关系远近与地理距离无显著相关性。     

四川西南部小麦白粉菌群体毒性及遗传多样性分析

为明确四川西南部白粉菌群体毒性及其遗传变异情况,本文将2011年采自四川西南部的小麦白粉病标样进行单孢子堆分离纯化,共获得48个白粉菌菌株,并将其按采集地划分为4个地理群体。利用28份已知抗白粉病基因材料测定了群体的毒性频率,并运用SRAP分子标记技术探讨了其遗传多样性。毒性测定结果表明,白粉菌群体毒性较强,群体间毒性结构存在差异。供试群体对Pm1、Pm3a、Pm3b、Pm3d、Pm5a、Pm6、Pm19的平均毒性频率达50%以上,而Pm13、Pm XBD、Pm5b、Pm2+6、Pm5+6抗性保持良好,平均毒性频率在10%以下。群体间毒性遗传距离与地理距离之间有一定的相关性,但未达到显著水平。用筛选出的10对SRAP引物共获得160个清晰、稳定的扩增位点,多态性频率为50.63%;白粉菌群体遗传多样度(h)、Shannon信息指数(I)分别为0.198 8、0.322 7,遗传变异主要源于群体内部。群体间基因流数值均在6.50以上,说明四川西南部白粉菌群体间菌源迁移频繁,基因交流较为充分。M antel Test分析表明SRAP标记解释的群体遗传多样性与地理距离、毒性多样性间的相关性未达到显著水平。     

2014年海南省橡胶炭疽病菌对多菌灵和咪鲜胺的敏感性测定

 2014年从海南省4个市(县)分离获得43株橡胶炭疽病菌,进行病原菌鉴定后,采用菌丝生长速率法,测定了其对多菌灵和咪鲜胺的敏感性,结果表明:供试菌株中,有23个属于胶孢炭疽病菌,20个属于尖孢炭疽病菌。所有供试菌株对多菌灵和咪鲜胺的EC₅₀值分布范围分别为(0.332 3~7.425 6)和(0.009 1~0.113 3) mg·L^-1,平均值分别为(1.714 1±1.684 7)和(0.036 8±0.023 8)mg·L^-1。其中尖孢炭疽病菌对多菌灵的EC₅₀值要显著高于胶孢炭疽病菌,EC₅₀平均值分别为(2.922 7±1.556 3)和(0.663 2±0.194 4)mg·L^-1,但2种病原菌对咪鲜胺的EC₅₀值没有显著差异,EC₅₀平均值分别为(0.038 3±0.015 2)和(0.035 5±0.020 1)mg·L^-1。供试菌株对多菌灵和咪鲜胺的敏感性无显著相关性,可以在生产上交替使用。     

安徽省水稻条斑病菌群体遗传结构分析

 水稻条斑病菌是近年来影响安徽水稻生产的主要有害生物。本研究利用rep-PCR指纹技术分析了来自安徽11个不同县市的水稻条斑病菌群体遗传结构。用引物BOX、REP和ERIC分别对94个菌株的基因组DNA进行了PCR扩增,结果表明3组引物共扩增出了49条指纹条带,且所扩增出的DNA条带均为多态带。在群体平均水平上,安徽省水稻条斑病菌群体Nei’s基因多样性指数(H)为 0.32,Shannon 信息指数(I)为 0.49,表明安徽省水稻条斑病菌的遗传多样性丰富,但病菌的遗传多样性在地区间存在差异。UPGMA聚类分析表明,来自毗邻地区的水稻条斑病菌种群大都聚为一类,水稻条斑病菌种群遗传谱系与地理区域分布呈现一定相关性。同时,安徽省水稻条斑病菌群体存在一定的遗传分化,遗传变异主要来源于群体内部。     

基于毒性相关基因序列的稻瘟病菌群体遗传多样性分析

 选用16对毒性相关基因特异性引物对四川和重庆9个县(市)分离到的200个稻瘟病菌单孢菌株进行PCR扩增,并采用最长距离法进行聚类分析,结果显示各引物均能扩增出其目的条带,多态位点百分率(P)高达93.75%,扩增频率差异较大;200个菌株可归为70个不同的单元型,其中单元型SCH13为优势单元型;在0.86遗传相似水平上,200个菌株可划分为27个遗传宗谱,包括1个优势宗谱,3个亚优势宗谱,14个次要宗谱,9个小宗谱,层次丰富;在群体平均水平上,病菌群体具有丰富的遗传多样性(H=0.324 4,I=0.484 2),且群体间差异较大;9个种群在遗传距离为0.05水平上可分为4个类群,种群遗传谱系与地理区域分布呈一定相关性。同时,该地区的群体存在一定的遗传分化(HT=0.320 0),群体内多样性大于群体间多样性(Hs=0.179 6,Dst=0.140 4),总遗传变异的56.13%存在于群体内(Gst=0.438 7),群体间基因流动性较小(Nm=0.639 6)。本研究揭示了四川和重庆部分区域稻瘟病菌群体遗传结构、遗传多样性及其与地理分布之间的关系,为抗病育种和品种布局奠定了基础。     

甘肃省二斑叶螨地理种群的遗传分析

为探讨甘肃省二斑叶螨Tetranychus urticae种群遗传多样性及遗传分化,通过mtDNA-COI基因DNA条形码技术对采自甘肃省8个不同生境35个二斑叶螨地理种群的582个样品进行序列分析及地理种群的遗传分化分析。结果表明,获得二斑叶螨mtDNA-COI基因片段大小为424 bp,其中保守序列336个,变异位点66个,简约信息位点45个,单突变位点21个;碱基(A+T)含量明显高于(C+G)含量,有明显的A/T碱性偏倚性;在35个地理种群中共检出16个单倍型,单倍型指数为0.906;Mantel检测结果表明种群间的遗传距离与地理距离无显著相关性;35个地理种群间的遗传分化指数Fst为0.012,种群间变异为1.200。表明二斑叶螨的遗传变异主要来自于种群内部,种群间还未发生明显的遗传分化。