火龙果IRAP分子标记反应体系的建立与优化

基于火龙果Ty1-copia类反转录转座子的长末端重复序列信息设计引物,采用5因素4水平L16(45)的完全随机正交试验,对Mg2+浓度、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶用量、引物浓度和DNA含量进行优化,建立火龙果IRAP分子标记反应体系。结果表明,25μL反应体系含基因组DNA 20ng、2.5mmol/L MgCl2、0.10mmol/L dNTPs、10×PCR Buffer 2.5μL、Taq DNA聚合酶0.75U、0.25μmol/L LTR引物,0.080g/mL的非变性PAGE胶适于IRAP多态性检测。     

大竹蛏AFLP分子标记反应体系的建立与优化

[目的]建立一套适合大竹蛏的AFLP分子标记反应体系,为大竹蛏的遗传多样性研究提供技术支持。[方法]采用比较实验法,以大竹蛏基因组DNA为模板,对其AFLP体系中的酶切时间、预扩产物稀释倍数及选扩引物E＋3/M＋3的配比等进行优化。[结果]优化的AFLP体系为：酶切时的DNA模板浓度为100 ng/μl,双酶切2 h;预扩模板最佳用量1.0μl;预扩产物的最适稀释倍数为40倍;选扩引物浓度配比为1∶4。同时,筛选出12对引物组合,可用于大竹蛏的AFLP分析。[结论]采用优化的AFLP反应体系及筛选后的引物,对大竹蛏群体进行了初步扩增,得到了清晰的电泳图谱。     

水仙SSR分子标记PCR反应体系的建立与优化

利用单因素梯度试验与正交试验相结合、方差分析与多重比较分析相结合的方法,对水仙简单重复序列—聚合酶链式反应(SSR-PCR)扩增反应体系中的4个因素(DNA、dNTPs、引物及Taq酶)进行优化分析,方差分析表明4个因素对SSR-PCR的影响均达到极显著水平,通过多重比较分析发现SSR引物和Taq酶对总体系的扩增结果影响最大。根据单因素梯度试验与正交试验结果,建立了适合水仙SSR标记分析的最优PCR反应体系:DNA模板2.5 ng·μL-1,10×PCR Buffer(含1.5 mmol·L-1Mg2+),dNTPs 0.25 mmol·L-1,上下游引物各0.50μmol·L-1,Taq酶1.00 U,总体积20μL。该优化体系的建立可为今后水仙SSR分析提供标准化的试验体系,为水仙种质鉴定、品种指纹图谱绘制、遗传多样性分析、群居遗传结构研究和遗传连锁图谱分析等领域提供技术支持。     

啤酒大麦SSR分子标记PCR反应体系的建立与优化

为建立及优化啤酒大麦SSR分子标记PCR反应体系,以35个啤酒大麦品种(系)为试验材料,利用L16(44)正交试验设计研究DNA、Taq酶、dNTPs及引物浓度对啤酒大麦SSR扩增效果的影响。结果表明:模板DNA 2.0ng、10×PCR buffer 1.0μL、dNTPs 0.6μL、引物(0.25mmol·L-1)1.5μL、Taq酶(2.5U·μL-1)0.45μL的扩增效果最优,扩增结果重复性好且稳定。     

蒙古黄芪AFLP分子标记反应体系的建立与优化

以内蒙古特色药用植物黄芪为试验材料,建立并优化1套适用于黄芪的扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,简称AFLP)反应体系。对AFLP反应体系的影响因素基因组DNA的提取、内切酶的确定及酶切时间、预扩增、选择性扩增反应等关键因素进行优化,并对AFLP适宜引物进行筛选。结果表明,黄芪基因组DNA的模板以50 ng/μL为宜,采用EcoRⅠ/MseⅠ进行双酶切,酶切连接采用一步法完成;最佳酶连时间为16 h;预扩增反应产物稀释20倍作为选扩模板,筛选出适用于黄芪AFLP分析的引物组合5对:E-AG/M-CGT、E-AT/MCTG、E-GA/M-CAA、E-TC/M-CAA、E-GT/M-CTG,为黄芪的分子标记辅助育种、遗传图谱构建、种质资源研究奠定了基础。     

半夏RAPD分子标记反应体系优化

从半夏中提取基因组DNA作为模板进行RAPD反应的优化试验,获得RAPD-PCR扩增反应的最佳条件:25μL体系中Mg2+1.5 mmol/L;dNTPs各0.2 mmol/L;模板DNA100 ng;引物0.25μmol/L;Taq酶活性值1.0 U。     

苦瓜AFLP分子标记反应体系的建立

利用AFLP分子标记技术,采用MseI/EcoRI酶切组合,从64对引物中筛选出6对带型分布均匀、多态性高且分辨能力强的引物,分别为:E1/M5、E4/M8、E6/M4、E7/M5、E7/M7、E8/M3,并确定了适用于苦瓜AFLP反应的最佳酶切-连接、预扩增和选择性扩增反应体系,从而为今后利用AFLP分子标记技术对苦瓜进行深入研究打下基础.     

椰子AFLP分子标记反应体系的建立

以椰子叶片为试材,通过对AFLP反应体系中的几个关键因素进行优化,建立了适宜椰子的AFLP分子标记反应体系。本研究最终确定了20μL PCR反应体系的最佳条件为:预扩增产物稀释20倍液2μL,dNTPs 0.5μL,引物1.0μL,Taq聚合酶0.2μL,MgCl22.0μL。该优化体系稳定可靠,适合应用于椰子AFLP分析。     

泡桐SSR分子标记反应体系的建立

以健康毛泡桐二倍体为材料,通过对影响SSR扩增效果的泡桐DNA,dNTP和引物浓度,Taq酶量及退火温度等因素的筛选,建立了适宜的泡桐SSR分子标记反应体系.结果表明,泡桐的适宜SSR分子标记反应体系中,退火温度为53℃,泡桐DNA质量浓度为0.05 mg·L-1,dNTP和引物浓度分别为0.1 mmol·L-1和0.3μmol·L-1,而Taq酶量和10×Taq酶缓冲液则为0.025 U·μL-1和2.0 mmol·L-1.     

鸭茅RAPD分子标记反应体系优化

以鸭茅基因组DNA为模板,对RAPD反应体系中的一些重要参数进行摸索和优化实验,建立了一套鸭茅RAPD分子标记的最优化反应体系。即20μl体系中,最终浓度:Mg2+2.0mm/L,dNTP200μmol/L,Taq酶1.0U,引物浓度0.5pmol/μl,模板DNA量为60ng。     

北沙参SRAP分子标记体系的建立与优化

为北沙参的遗传多样性分析提供一种科学的途径。采用SRAP标记技术,以北沙参基因组DNA为模板,优化了SRAP反应体系的各主要参数。建立了稳定可靠的SRAP-PCR反应体系;20μL反应体系中,DNA的量为80ng、Mg2+ 2.5mmol/L、dNTPs 0.25mmol/L、TaqDNA聚合酶为1U、正反向Primer浓度均为0.1μmol/L。该体系适合北沙参遗传多样性分析、遗传图谱构建等研究。     

茄子IRAP分子标记体系的建立与优化

为确保茄子 IRAP 反应结果的稳定性和重复性.进而为茄子遗传多样性分析和品种鉴定提供可靠的新方法,按照已报道的马铃薯和烟草的反转录转座子 LTRs 保守区域设计 IRAP 引物,以茄子品系HL-01 为试材,对影响茄子 IRAP 反应的重要因素进行了初步研究,建立并优化了茄子 IRAP 分子标记技术体系.优化的茄子 IRAP 分子标记体系为20 (1反应液中,10×反应 bufrer (100mmol/L Tris-HCl,100mmol/L KCl,80mmol/L (NH4)2SO4,pH9.0,NP-40)2μl,2mmol/L MgCl2,0.2mmol/L dNTPs,Taq 酶1.0U,0.4μ mol/L 引物,DNA 模板 50ng.PCR 反应程序为94℃预变性 4min,然后按 94℃变性 30s,45℃退火 30s,72℃延伸 2min,进行32个循环,最后72℃延伸 10min.     

茄子RAPD分子标记体系的建立与优化

采用改良的CTAB法提取茄子基因组DNA,并通过单因素多水平梯度试验,比较筛选RAPD扩增体系的各影响因素,建立了茄子RAPD-PCR的最佳反应体系:20μL反应体系其中含25 mmol/L MgCl2 2.0μL1、0×PCR Buffer 2.0μL、10mmol/L dNTP 0.5μL5、U/μL Taq E 0.2μL0、.1μmol/L Primer 3μL1、0 ng/L模板DNA 3μL、灭菌双蒸水9.3μL。扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性1 min,37℃退火1 min7,2℃延伸1.5 min4,5个循环;72℃延伸10 min后4℃保存。     

陆地棉SSR分子标记优化体系的建立

针对陆地棉富含酚类、多糖等次生产物的特点,建立了一种简便、快速的提取高纯度DNA的方法.同时建立了适合陆地棉SSR标记的优化体系和试验方案,并对所构建的QTL定位群体进行了SSRPCR检测,得到了清晰的多态性SSR标记,为SSR分子标记技术在棉花育种中的应用打下了基础.     

棕榈科植物SSR分子标记反应体系的建立

以棕榈科植物的DNA为材料,通过对SSR反应体系中模板DNA、dNTPs、引物、Taq聚合酶和MgCl25个因素采用单因素试验法设定5个梯度,并比较不同的浓度、不同的用量对扩增效果的影响,建立最佳反应体系。研究最终确定了20μL PCR反应体系的最佳条件为:模板DNA 2μL,dNTPs 0.2μL,引物1.0μL,Taq聚合酶0.2μL,MgCl22.0μL。该优化体系稳定可靠,适合应用于棕榈科植物SSR分析。     

棕榈科植物SSR分子标记反应体系的建立

以棕榈科植物的DNA为材料,通过对SSR反应体系中模板DNA、dNTPs、引物、Taq聚合酶和MgCl25个因素采用单因素试验法设定5个梯度,并比较不同的浓度、不同的用量对扩增效果的影响,建立最佳反应体系。研究最终确定了20μLPCR反应体系的最佳条件为：模板DNA2μL,dNTPs0．2μL,引物1．0μL,Taq聚合酶O．2μL,MgCl22．0μL。该优化体系稳定可靠,适合应用于棕榈科植物SSR分析。     

茄子转录因子分子标记体系的建立与优化

为确保茄子转录因子分子标记反应结果的稳定性和重复性,根据辣椒WRKY转录因子设计引物,以茄子品系ETC3-02为试材,对影响茄子转录因子分子标记反应的重要因素进行初步研究,建立并优化茄子转录因子分子标记技术体系。优化的茄子转录因子分子标记体系在20μL的反应体系中：1.0×buffer,1.5mmol/L MgCl2,0.4mmol/L dNTPs,1.0UTaq DNA聚合酶,2.5μmol/L GIIF上游引物,1.0μmol/LWSR下游引物,DNA模板50ng。     

火龙果ISSR优化体系的建立

为建立稳定的火龙果ISSR-PCR反应体系,采用单因素与正交设计试验相结合的方法,对ISSR反应体系中的主要因素进行了优化筛选。结果表明,20μL ISSR反应体系中各主要成分的最适浓度分别为10×Buffer(含Mg2+)2.0μL,DNA 20.0ng、0.30mmol.L-1 dNTP、引物0.35μmol.L-1、Taq DNA聚合酶为1.5U,引物(AC)8T的最佳退火温度为54.0℃。利用优化得到的体系对6份火龙果材料进行检验,结果表明优化后的体系适合火龙果的ISSR-PCR反应。     

怀地黄SRAP分子标记优化体系的建立

为了建立适宜怀地黄的SRAP反应体系,以22个不同类型的怀地黄品种为材料,研究了PCR反应体系的主要成分对SRAP扩增结果的影响.对SRAP反应体系中的DNA模板浓度、TaqDNA聚合酶浓度、Mg2+浓度、引物浓度以及dNTP浓度进行了探索,确立的适合怀地黄SRAP反应的体系为:在25 μL的反应体系中,模板DNA20 ng、2.5 mmol·L-1 Mg2+、0.32 μmol·L-1的上下游引物、0.30 mmol·L-1的dNTPs以及2.5U Taq酶.并利用该反应体系对怀地黄22个不同品种进行了SRAP反应,发现不同品种间的DNA谱带多态性丰富,证实该体系稳定可靠,可以用于怀地黄的分子标记研究.     

菠菜性别相关RAPD分子标记体系的建立与优化

分别以菠菜雌、雄成株的幼嫩叶片为材料,以改良的2×CTAB法提取基因组DNA,建立与菠菜性别分化相关的RAPD分子标记体系,就其PCR扩增条件与因素进行筛选与优化。即在25μl PCR反应体系中含：模板DNA200ng、引物0．32μmol／L、Mg^2＋ 2．1 mmol／L、dNTP0．2mmol／L、Taq DNA聚合酶1．5U。PCR扩增程序为：94℃预变性5min;94℃变性30s,36℃复性45S,72℃延伸90s,40个循环;最后72℃延伸7min。