双重RT-PCR同步检测马铃薯A病毒和马铃薯卷叶病毒

根据马铃薯A病毒全基因序列和马铃薯卷叶病毒衣壳蛋白区序列分别设计PVA和PLRV的特异性引物,应用双重RT-PCR同步检测马铃薯A病毒和马铃薯卷叶病毒,分别得到300bp和222bp大小的扩增片段.试验从反转录、PCR等方面对双重RT-PCR同步检测2种病毒进行了探索和优化.结果表明反转录反应中dNTPs浓度、2种病毒下游引物浓度比例以及PCR反应中Mg2+浓度对双重RT-PCR同时检测PVA和PLRV有较大的影响.     

小麦黄矮病毒4种株系对小麦7个品种的影响

筛选抗耐小麦黄矮病的种质资源是选育抗耐小麦优良品种的前提。小麦黄矮病的GPV株系由麦二叉蚜和禾缢管蚜传播,是我国黄矮病流行区的主流株系,它是我国特有的株系(周广和等,1987)。     

应用RT-PCR和dot-ELISA方法检测单头灰飞虱体内水稻条纹病毒

本文比较了RT-PCR和dot-ELISA两种方法对单头灰飞虱携带水稻条纹病毒(Rice stripe virus,RSV)的检出率、检测灵敏度和检测成本。结果表明,两种方法均能检测到单头灰飞虱体内的RSV,RT-PCR检测单头灰飞虱体内RSV的阳性检出率比dot-ELISA方法低11.79%~15.77%,但RT-PCR的检测灵敏度比dot-ELISA高10倍,RT-PCR技术的检测成本比dot-ELISA的高。结果暗示,对于单头介体昆虫中的病毒检测,RT-PCR技术的检出率不一定比dot-ELISA的高。综合考虑后,如对室外大批量灰飞虱进行带毒率检测时可采用dot-ELISA方法,如需准确分析单头灰飞虱体内RSV时可采用RT-PCR方法。     

兰花上凤仙花坏死斑病毒和建兰花叶病毒双重RT-PCR检测方法的建立

根据凤仙花坏死斑病毒(Impatiens necrotic spot vjrus,INSV)和建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CyMV)的保守序列设计特异性引物,建立了双重RT-PCR同时检测两种病毒的方法.用该方法对兰花基地的可疑发病兰株进行检测,结果从田间采取的12株可疑兰花中有6株检出INSV,1株检出CyMV,2株同时检出两种病毒.     

两重RT-PCR同步检测菊花B病毒和番茄不孕病毒

根据已报道的菊花B病毒（CVB）和番茄不孕病毒（TAV）外壳蛋白基因序列合成两条寡核苷酸引物,用RT-PCR的方法对这两种病毒的外壳蛋白基因进行了扩增,得到与预期大小相符的特异扩增条带。将其克隆到pGEM T中,经序列分析表明所克隆的是CVB和TAV的CP基因,与已知的序列相比,CVB的同源性分别为82%、85％,而TAV的同源性为98%。利用两重RT-PCR成功同步检测这两种病毒,从而建立了一种能同时检测两种病毒的快速、简便、灵敏的分子检测方法。     

甜樱桃李矮缩病毒(PDV) RT-PCR检测方法的优化与应用

以甜樱桃(Prunus avium L.)品种红灯的叶片为材料,提取总RNA,选用随机六聚体引物进行反转录合成cDNA,根据李矮缩病毒外壳蛋白基因设计2对特异引物,分别从感病样品中扩增出与预期片段大小相符的目的片段.通过对RT-PCR反应体系中引物、模板浓度和退火温度的优化,改进了现有的李矮缩病毒的RT-PCR检测方法,并成功用于山东泰安地区甜樱桃果园的病毒调查.另外,还可以扩增18 sRNA,实现对李矮缩病毒外壳蛋白基因表达的相对定量分析.     

抗大麦黄矮病毒GPV株系小麦异附加系Z1抗性基因的RAPD标记

 经生物学方法鉴定,小麦-中间偃麦草异附加系Z1高抗我国特有的大麦黄矮病毒GPV株系,用104个随机引物对Z1及其亲本中7902的基因组进行RAPD分析,发现其中的引物OPS-16能从Z1中扩增1个约1.7 K b的特异性片段。用引物OPS-16扩增Z1、中7902、中间偃麦草、中5,同样也从Z1、中间偃麦草、中5中能稳定地扩增此1.7 Kb片段。对Z1的抗、感病单株的自交后代进行RAPD分析,发现在所测的抗病株的自交后代中能稳定地扩增此1.7 Kb片段,而在感病株的自交后代中则不能扩增。     

4种大豆种传病毒多重RT-PCR检测

进境大豆携带的病毒主要有菜豆荚斑驳病毒(BPMV)、烟草环斑病毒(TRSV)、烟草条纹病毒(TSV)和南方菜豆花叶病毒(SBMV)等,均为大豆种传病毒,可随大豆种子实现远距离传播。本研究对这4种大豆病毒的外壳蛋白基因部分序列设计引物,并通过优化引物、模板浓度和扩增参数,在一个体系中成功对4种病毒进行了多重RT-PCR扩增,得到307bp、206bp7、17bp5、18bp共4条特异性条带,建立了能同时检测BPMV、TRSV、TSV和SBMV的多重RT-PCR检测体系。该方法快速、灵敏、简便,同时特异性强,在出入境检疫中具有广泛的应用前景。     

LNA探针实时荧光定量PCR检测小麦矮缩病毒体系的建立

 本研究通过对多个小麦矮缩病毒(Wheat dwarf virus, WDV)小麦分离物进行序列分析,在编码Rep蛋白N 端的基因保守区域设计一对特异性引物和一条长度为19 bp的TaqMan LNA探针,经过探针和引物浓度的系列优化,建立了WDV田间样品LNA探针实时荧光定量PCR检测方法,确定最优反应条件下的引物和探针终浓度分别为0.5 μmol/L和0.3 μmol/L。该方法建立的标准曲线斜率及相关系数分别为-3.424 3和0.997 3,扩增效率为96.0%,重复性试验组内变异系数为0.11%~1.34%,组间变异系数为0.44%~1.21%,最低检测限为55 copies/μL,其灵敏度是普通PCR的100倍以上。与普通TaqMan探针荧光定量PCR相比,该方法所用探针长度大大缩短,减少了探针间形成二级结构的机会,探针设计更加简单、方便。该方法适用于田间样品的早期监测,为病害流行调查提供了高效快捷的技术支撑。     

水稻草状矮化病毒和水稻锯齿叶矮缩病毒的分子检测

【目的】明确采自福州水稻基地中水稻的病毒种类,为生产上有效防控水稻病毒病提供科学依据。【方法】从福建省福州市仓山区水稻基地采集有矮缩、黄化、分蘖增多等症状的水稻样品共9株,采用RT-PCR方法对其病原进行鉴定。根据水稻草状矮化病RGSV P6和水稻锯齿叶矮缩病RRSV P10的基因序列分别设计一对特异性引物,提取感病水稻样品和健康水稻叶片的总RNA,并进行RT-PCR扩增和测序。【结果】在9株水稻样品中,均扩增到500 bp左右的片段,与RGSV预期片段大小一致;有1株同时扩增到750 bp左右的片段,与RRSV预期片段大小一致,而健康水稻中均未扩增到相关条带。【结论】水稻病毒田间的毒源种类比较多,也常常出现复合侵染和隐症现象,因此仅通过病害症状表现很难诊断病毒病,需借助分子生物学手段才能作出正确的诊断。RT-PCR鉴定结果表明采集的9株矮缩水稻样品均感染RGSV,有一株复合感染RRSV。水稻病毒病病原的鉴定将为水稻病害的防治提供参考依据。     

介体条沙叶蝉传播小麦蓝矮病植原体特性研究

小麦蓝矮病植原体(wheat blue dwarf,WBD)属于翠菊黄化组三叶草绿变亚组植原体(16SrⅠ-C),由介体条沙叶蝉(Psammotettix striatus L.)专化性传播。通过电镜超微结构观察,在接种小麦、长春花和带毒条沙叶蝉体内有大量植原体,而在健康植物组织、无毒条沙叶蝉和带毒条沙叶蝉所产卵中未见植原体的存在。通过介体传毒试验和PCR检测发现,条沙叶蝉最适获毒期为7 d,植原体在虫体内的潜育期为1 5～1 7 d,接毒期为2～3 d。条沙叶蝉一旦获毒可终生持毒和传毒。不同虫态的条沙叶蝉带毒率没有明显的差异,但寄生植物的种类影响其带毒率。     

二重RT-PCR快速检测马铃薯病毒的方法

本研究采用传统的蛋白酶K法和病毒RNA简易浸提法,从马铃薯块茎、茎干、叶梗、叶片中提取马铃薯X病毒,马铃薯Y病毒,马铃薯A病毒及马铃薯卷叶病毒RNA,并设计了4种马铃薯病毒引物,优化了二重RT-PCR反应条件,可以同步扩增出上述4种病毒,扩增产生的靶带分别为562bp(PVX)、480bp(PVY)、336bp(PLRV)、255bp(PVA).应用病毒RNA简易制样技术和优化的二重RT-PCR反应条件,可以同步快速检测田间自然感染的马铃薯病毒,此研究还可适合于检测马铃薯脱毒种薯及试管苗,对马铃薯病毒病早期监测有一定的作用.     

利用酵母双杂交膜系统筛选与小麦蓝矮植原体免疫膜蛋白互作的异沙叶蝉蛋白

正小麦蓝矮病(Wheat blue dwarf,WBD)是我国西北麦区一种重要植原体病害,在我国西部地区危害严重。该病害由异沙叶蝉(Psammotettix alienus L.)专化性传播,介体传毒成为病害流行的重要中心环节[1]。本实验室前期通过免疫荧光标记研究发现WBD植原体免疫膜蛋白(immunodominant membrane protein, IMP)与介体异沙叶蝉肌动蛋白互作,说明IMP在植原体传播和致病过程中起关键作用。     

利用酵母双杂交膜系统筛选与小麦蓝矮植原体免疫膜蛋白互作的异沙叶蝉蛋白

In order to investigate interactive proteins in leafhopper (Psammotettix alienus L.) with WBD phytoplasma, the protein interaction analysis was performed by using WBD phytoplasma IMP (immunodominant membrane protein) as bait protein to screen a cDNA library of leafhopper using a split-ubiquitin yeast membrane system. Through the screening test, 30 clones were obtained from the cDNA library and 8 proteins were identified by searching against NCBI database, such as tubulin, peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, Cdc42 protein, ribosomal proteins and ATP-F0 subunit protein, etc. The interactions between IMP and 8 putative proteins were further confirmed by co-transformation and β- Galactosidase assays. This study could be useful for understanding the molecular interaction mechanism between WBD phytoplasma and insect vector and the specificity of transmission.     

单管多重RT-PCR同时检测大豆种子中三种检疫性植物病毒

我国大豆年进口量持续增长,快速、准确地检测进境大豆种子中可能携带的病原物是防止检疫性有害生物入境传播和扩散的有效手段。菜豆荚斑驳病毒(BPMV)、烟草环斑病毒(TRSV)和番茄环斑病毒(ToRSV)均是被大豆种子携带的检疫性有害生物。本研究建立了在单一PCR管中同时检测这3种检疫性植物病毒及大豆内源基因Bd-30K的多重RT-PCR方法。研究结果表明,所建立的多重RT-PCR方法具有较好的特异性和灵敏度,检测含BPMV、TRSV和ToRSV RNA的最低浓度分别为0.45、0.0093和0.004ng/μL,从大豆种子中同时检测3种病毒的最低RNA浓度为0.58ng/μL。     

同步检测为害百合种球3种检疫性病毒的多重RT-PCR方法

 The multiplex RT-PCR approach was developed for simultaneous detections of Arabis mosaic virus(ArMV),Strawberry latent ringspot virus(SLRSV)and Lily symptomless virus(LSV)from the imported lily bulbs.The results indicated that good specificity and sensitivity for simultaneous detection were obtained.The ultimate of RNA detection with three viruses mixture was 305 pg.The ultimate of RNA detection with ArMV,SLRSV and LSV were 156.0,13.4 pg and 1.12 ng respectively.This approach has potential to be used in quarantine of imports and exports.     

五种烟草病毒TMV、CMV、TEV、PVY及TVBMV的多重RT-PCR同步检测

 我国烟草病毒主要有烟草花叶病毒(TMV)、黄瓜花叶病毒(CMV)、烟草蚀纹病毒(TEV)、马铃薯Y病毒(PVY)和烟草脉带花叶病毒(TVBMV),通常发生复合侵染。本研究对我国5种烟草病毒的外壳蛋白基因部分序列设计引物,通过优化引物和模板浓度,摸索扩增参数,在一个体系中成功对5种病毒复合侵染的烟草材料进行多重RT-PCR扩增,得到237、273、347、456和547 bp共5条特异性条带,建立了能同时检测TMV、CMV、TEV、PVY和TVBMV的多重RT-PCR检测体系。对田间样品检测结果证明,多重RT-PCR体系能够同时检测5种病毒,并且灵敏度高。     

灰飞虱传播的一种小麦病毒病鉴定

 在实验室中利用灰飞虱接种小麦时出现一种新的病毒病症状,鉴定表明其病原为大麦黄条点花叶病毒(Barley yellow striate mosaic virus, BYSMV)。采用生物学测定、电镜观察、RT-PCR检测和序列分析的方法,明确了该病毒的粒体特性、危害症状及田间发生情况。接种试验表明该病毒通过灰飞虱传播,接种7~10 d后小麦新生叶片出现黄色斑点、斑驳,继而发展成黄色条纹,叶片对生且细而窄,重病株新叶扭曲,叶鞘不能伸长,病株矮化。对小麦病叶超薄切片电镜观察,发现细胞质中存在大量弹状病毒粒子,病毒粒体大小为（315~353）nm×（46~57） nm。利用特异性引物从病株总RNA中扩增出 565 bp基因片段,序列同源性分析显示与大麦黄条点花叶病毒(Barley yellow striate mosaic virus, BYSMV) Zanjan-1分离物聚合酶（L）基因对应序列的一致性为97 %,与北方禾谷花叶病毒(Northern cereal mosaic virus, NCMV) L基因对应序列的一致性为78 %~79 %。对采自河北邯郸、石家庄、保定、唐山的31株样品进行RT-PCR检测,25株检测到BYSMV,7株检测到水稻黑条矮缩病毒(Rice black streaked dwarf virus,RBSDV),其中5株为2种病毒复合侵染,结果表明BYSMV的田间分布较广。系统发育分析表明BYSMV-Lab/TS/ZX/QY 4个分离物与本研究的BYSMV亲缘关系密切。BYSMV是我国小麦上新发现的一种弹状病毒,并已形成危害,暂定名为小麦黄条纹矮缩病,应加强流行动态监测。     

多重RT-PCR同时检测6种马铃薯病毒及1种类病毒

病毒病是限制我国马铃薯生产的重要因子之一。本研究通过引物设计和体系优化建立了一套多重RT-PCR检测方法,可以在一个反应体系中同时检测6种马铃薯病毒和1种马铃薯类病毒以及1个马铃薯内参基因,包括马铃薯Y病毒(potato virus Y, PVY)、马铃薯M病毒(potato virus M, PVM)、马铃薯S病毒(potato virus S, PVS)、马铃薯X病毒(potato virus X, PVX)、马铃薯A病毒(potato virus A, PVA)、马铃薯卷叶病毒(potato leaf curl virus, PLRV)、马铃薯纺锤块茎类病毒(potato spindle tuber viroid, PSTVd)和细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,CoxⅠ)基因的特异片段,产物大小依次为181、226、275、565、630、681、359、500 bp,符合理论预期。采用建立的方法以相应病毒和类病毒的质粒作模板进行检测,其检测灵敏度在1.6×10^-3～1.8×10^-1 ...     

大麦黄矮病毒侵染小麦miRNA鉴定和特征分析

 大麦黄矮病毒(barley yellow dwarf viruses,BYDVs)引起的小麦黄矮病严重威胁我国麦类生产,造成严重经济损失。植物中的miRNA调控植物生长发育、信号转导及对外界压力的反应,通过调控植物抗性基因的表达影响植物与病原物的互作。本研究对感染BYDV-GAV 后3 d、7 d及健康对照的‘小偃6号'小麦样品进行miRNA测序,合并去冗余后分别得到99、96、95个已知的miRNA序列和806、809、1 024个新miRNA序列。对这些miRNA进行差异表达分析,BYDV-GAV侵染后3 d和7 d的小麦样品,与对照相比上调表达的miRNA数量分别为3个和7个,下调表达的为14个和12个。将差异表达的miRNA利用psRNATarget进行靶基因预测,共得到1 254个靶标基因。靶基因的KEGG和GO富集分析,进一步明确了其功能及作用通路。对14个病毒病症状相关的靶基因进行定量分析,结果表明随病毒侵染时间的延长,这些靶基因出现差异性表达,显示miRNA参与了寄主与病毒的互作。研究结果有助于揭示BYDV-GAV与寄主小麦的互作机理。