卵形鲳鲹养殖群体与野生群体遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP技术对北部湾卵形鲳鲹野生群体和养殖群体进行遗传多样性分析和比较,可为卵形鲳鲹种质优化提供基础依据.研究采用10对引物组合在2个群体中共扩增出513个位点,其中多态位点数为133个,占总位点数的25.93％,两个群体平均多态位点比率为23.59％和18.32％,遗传多样性相对贫乏.养殖群体中低频位点明显减少而隐性纯合基因位点显著增加表明养殖群体丢失了低频基因.群体遗传结构分析表明,两群体间的遗传距离比较小,群体遗传结构相似.     

运用TRAP标记分析5个鲤群体的遗传多样性

运用TRAP标记技术,选取10个多态性较好的引物组合对荷包红鲤、黄河鲤、建鲤、兴国红鲤和黑龙江野鲤等5个鲤群体进行遗传多样性分析,其中固定引物是根据目标候选基因GHR基因的序列设计。结果表明,共扩增出168个位点,其中多态性位点134个,平均多态位点比例为80.41%,平均多态性信息含量为0.29。分子变异方差分析(AMOVA)结果显示群体内的方差贡献率达96.97%,表明各个鲤群体内存在较大的遗传变异。种群再分效应固定指数(FST=0.030 26,P<0.05)表明不同鲤群体间有显著的遗传分化。基于目标候选基因的TRAP标记对5个鲤群体进行聚类分析,结果表明建鲤和兴国红鲤首先聚成一类,然后黄河鲤和黑龙江野鲤聚为一类,再与荷包红鲤聚为一类。     

人参种源遗传多样性和遗传关系的AFLP分析

【目的】阐明不同种源人参的遗传关系和遗传多样性。【方法】用AFLP分子标记对来自我国吉林、辽宁2省及韩国、朝鲜的24份人参种源的多态性、亲缘关系和居群遗传多样性进行分析。【结果】从36对AFLP引物组合中,筛选出8对扩增条带清晰、多态性高的引物组合,用这8对引物共扩增出188个位点,其中138个位点为多态位点,多态位点百分率为73.4%;通过聚类分析,可将24个人参种源聚为4类;在集安、抚松和韩国的3个人参居群中,集安居群的Nei’s基因多样度、Shannon’s信息指数均最高,分别为0.1689和0.2738。【结论】AFLP分子标记研究结果能较好地揭示人参种源间的遗传多样性和遗传关系。     

暗纹东方鲀微卫星筛选和群体遗传多样性分析

为了解长江野生暗纹东方鲀群体遗传多样性现状,采用已发表的16对红鳍东方鲀微卫星引物对暗纹东方鲀基因组DNA进行PCR扩增,结果有10对微卫星引物(占总数62.5%)能扩增出特异性条带。利用这10对微卫星引物对采自长江常熟江段30尾暗纹东方鲀群体进行扩增分析,共获得51个等位基因,每个位点等位基因数在2到10之间,平均为5.1。10个位点平均观察杂合度(Ho)为0.820 0,平均期望杂合度(He)为0.692 8,平均多态信息含量(PIC)为0.630 0。8个位点表现为高度多态(PIC>0.5),2个位点表现为中度多态(0.25相似文献   

广西眼镜蛇遗传多样性RAPD分析

对广西眼镜蛇的血液基因组进行RAPD扩增,从30条随机引物中筛选出18条可扩增出清晰多态条带的引物。结果表明,18条随机引物共产生了257个位点,其中多态性位点152个,多态率为59.1%;个体间的平均遗传相似系数为0.8186;个体间平均遗传距离为0.1814,群体Shannon信息指数为0.3170;Nei’s基因多样性指数为0.2112;等位基因观察数为1.3563;有效等位基因数为1.5914。表明广西眼镜蛇具有较强的遗传多样性。     

光皮桦天然群体遗传多样性研究

该文对福建省光皮桦11个天然群体的RAPD和ISSR的遗传多样性和基因多样性进行分析,选择34个引物(25个RAPD引物,9个ISSR引物),对11个光皮桦群体77个个体进行扩增.RAPD引物共检测到270个位点,多态位点267个,占98.52%.ISSR引物共检测到113个位点,均为多态位点.研究结果表明,11个天然群体中沙县罗卜岩自然保护区和武平梁野山自然保护区群体的遗传多样性和基因多样性最丰富,三元群体的遗传多样性和基因多样性最低;群体内的遗传多样性和基因多样性明显高于群体间的遗传多样性和基因多样性;邵武卫闽和沙县罗卜岩自然保护区群体遗传相似度最低.两种标记的UPGMA聚类分析结果虽存在差异,但都将11个天然群体明显分为两大类.该研究结果为光皮桦树种今后的遗传改良奠定了基础.      

利用SRAP分子标记研究河川沙塘鳢群体的遗传多样性

利用相关序列扩增多态性SRAP分子标记对3个河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)自然群体[安徽省当涂(DT)群体、浙江省余姚(YY)群体、江苏省太湖东西山(DXS)群体]进行了遗传多样性分析。从196对引物组合中筛选出11对扩增条带清晰、稳定的引物组合对3个群体进行扩增,共获得71个位点;3个群体内多态位点占比为6.90%~24.14%,其中DT群体多态位点占比为6.90%,YY群体多态位点占比为24.14%、DXS群体多态位点占比为24.14%;群体的Nei's基因多样性指数(H)为0.033 0~0.093 9[DT(0.033 0)YY(0.078 4)DXS(0.093 9)],群体Shannon's多样性指数(I)为0.046 3~0.136 8[DT(0.046 3YY(0.120 6)DXS(0.136 8)]。可见DXS群体、YY群体的多态位点占比、Nei's基因多样性、Shannon's多样性指数均稍高于DT群体。研究还发现,3个群体间的Nei's无偏遗传距离为0.036 3~0.286 7,遗传相似度为0.750 7~0.964 4,DXS群体与YY群体的遗传距离最小(0.036 3),遗传相似度最大(0.964 4),亲缘关系最近。采用UPGMA法对3个群体进行聚类分析显示,YY群体和DXS群体聚为1支,DT群体聚为单独的1支。综合试验结果表明,3个河川沙塘鳢自然群体的遗传多样性较低。     

运用TRAP标记分析5个鲤群体的遗传多样性

运用TRAP标记技术,选取10个多态性较好的引物组合对荷包红鲤、黄河鲤、建鲤、兴国红鲤和黑龙江野鲤等5个鲤群体进行遗传多样性分析,其中固定引物是根据目标候选基因-GHR基因的序列设计。结果表明,共扩增出168个位点,其中多态性位点134个,平均多态位点比例为80.41%,平均多态性信息含量为0.29。分子变异方差分析(AMOVA)结果显示群体内的方差贡献率达96.97%,表明各个鲤群体内存在较大的遗传变异。种群再分效应固定指数(FST=0.030 26,P＜0.05)表明不同鲤群体间有显著的遗传分化。基于目标候选基因的TRAP标记对5个鲤群体进行聚类分析,结果表明建鲤和兴国红鲤首先聚成一类,然后黄河鲤和黑龙江野鲤聚为一类,再与荷包红鲤聚为一类。     

松江鲈群体遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP分子标记技术对辽宁鸭绿江水域丹东段和河北秦皇岛渤海海域两个松江鲈Trachidemusfasciatus群体的遗传多样性进行分析研究.结果表明:用6对选择性引物,从两个群体的63个个体共扩增出360个位点,多态位点214个;松江鲈丹东和秦皇岛两群体的多态位点比率为50.28%、50.00%,平均杂合度和Shannon's指数分别为0.1690、0.1733和0.2534、0.2592,说明两个群体遗传多样性在同一水平上;Shannon's指数和AMOVA分析均显示松江鲈的遗传变异主要来自于群体内个体间,而群体间无明显的遗传分化;松江鲈UPGMA系统树没有依据群体分别聚类,未出现明显分支,无明显遗传差异;群体的显性基因型频率分布显示两个群体的遗传结构相似.     

三疣梭子蟹雌雄个体遗传差异的SRAP分析

应用三疣梭子蟹SRAP-PCR优化体系,从88个SRAP引物组合中筛选出17个组合对三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)雌、雄个体遗传差异进行分析,共获得146个位点,雌性个体获得139个位点,多态位点比例为69.78;雄性个体检测到129个位点,多态位点比例达79.07。雌性和雄性的Nei''s基因多样性分别为0.2315和0.2682,Shannon''s信息指数为0.3478和0.4026,雌雄个体间的相似系数为0.5959~0.8417,遗传距离为0.1583~0.4041。用TFPGA软件绘制了个体间的聚类图。另外在5个SRAP选择扩增组合中发现了6个位点在雌雄个体间扩增差异较大,其中4个位点显性条带个体为雄性的比例为12.5%~20%;2个位点显性条带个体为雌性的比例为100%。     

不同居群款冬种质资源SRAP遗传多样性分析

采用SRAP分子标记技术和UPGMA法对16个款冬居群进行遗传多样性和聚类分析,构建聚类树状图。结果表明,从99对SRAP引物中筛选出11对多态性稳定、清晰的引物,共扩增出121条条带,其中,79条呈现多态性,平均每对引物组合产生11个DNA位点和7.2个多态性位点;各居群间遗传相似系数变化范围为0.342~0.810。聚类分析结果显示,16份材料可以分为5个类群,遗传多样性丰富。     

槟榔江水牛群体遗传结构的RAPD分析

 为探讨RAPD标记在水牛遗传多样性方面检测的应用价值，以及了解槟榔江水牛的群体遗传结构状况，研究采用随机扩增多态性DNA标记技术对槟榔江水牛20个个体进行了遗传变异分析，从70个随机引物中筛选出15个多态性丰富的引物对其所有个体的总基因组DNA进行了PCR扩增，结果15条引物共产生105种扩增片段，多态片段95条，平均每条引物的扩增带数为7，各引物多态性片段范围在2～12之间，多态频率在40%～100%之间，多态座位平均为90.48%。表明槟榔江水牛的遗传多样性较丰富。     

部分竹类植物遗传变异的AFLP,ISSR和SRAP分析

采用AFLP和ISSR分子标记技术对簕竹属4个竹种的12个变异类型的遗传变异进行分析,用12对AFLP引物和10个ISSR引物分别扩增出501、171个位点,多态位点百分率分别为73.6%(367)、78.8%(137)。2种标记均揭示簕竹属4个竹种间存在较大的遗传变异,但同一竹种不同变异类型间的遗传差异极小。利用AFLP,ISSR和SRAP分子标记分析了刚竹属和矢竹属4个竹种的12个变异变型的遗传变异,也得到了类似结果。     

养殖大口黑鲈的遗传多样性分析

用RAPD技术分析了广东养殖大口黑鲈Micropterus salmoides 3个群体基因组DNA的多态性.结果表明:用12条随机引物对3个群体共88尾大口黑鲈的基因组DNA进行扩增,共获得了106个位点,平均每条随机引物扩增出8.8个位点;广州群体、顺德大良群体和顺德南水群体的多态位点比例分别为32.08%、33.02%和40.57%;Nei遗传多样性指数分别为0.1151、0.1176和0.1627;Shannon's遗传多样性指数分别为0.1708、0.1742和0.2378.这表明目前广东地区养殖大口黑鲈种质资源还具有一定的遗传多样性,但养殖群体的遗传多样性在降低,且具有不同程度的种质退化.     

基于SRAP分析怀地黄种质的遗传多样性

为准确鉴定怀地黄药材,克服传统鉴定方法不易区分品种的不足,为其新品种选育和育种提供分子依据,采用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记对23种不同怀地黄种质资源进行遗传多样性分析。结果表明:1)有13对引物全部扩增出多态性条带,多态性引物比率达91.71%,共获得310个多态性位点,平均每对引物产生23.8个多态性位点。Jaccard遗传相似系数在0.335～0.703。2)将23个品种划分为4个类群。3个北京系列和野生1号、9104、9302、串地龙、金状元、85-5、武陟1号、农家、小黑英聚为一类,野生2号独自为一类,武陟系列中除武陟1号外其余8个武陟品种和生津1号聚为一类,金皇后单独为一类。3)主成分分析结果与聚类结果一致。     

核桃BES-SSR的开发及在遗传多样性分析中的应用

从NCBI 数据库全部已知核桃MboI 基因组BAC 文库克隆中下载22 740 条末端序列(BAC end sequences, BES)。应用MISA 软件搜索获得SSR 位点4 732 个,平均每2.8 kb 出现1 个SSR。在含有单个SSR 的BES 中,1 ~3 个核苷酸重复的类型占SSR 总数的96.86%,A/ T、AT/ AT、ATT/ AAT 分别为最丰富的单核苷酸、2 核苷酸和3 核苷 酸重复。选择不同类型和重复次数的SSR 设计合成50 对引物,从中筛选出多态性引物33 对,其中19 对引物扩增 出1 或2 个等位基因,无非特异扩增产物。应用这19 对引物对20 份核桃属不同种的基因型进行SSR 分析,结果表 明,每对引物检测到2 ~9 个多态性位点,平均多态性位点5.4 个;其中17 个位点的多态信息含量高于0.5,总平均 值为0.662,多态性较高。聚类分析显示,不同基因型按照种属分类及地理起源分组。因此,BES-SSR 是一类多态 性高,可用于核桃属植物遗传分析的新SSR 引物。      

辽宁绒山羊随机扩增多态DNA的研究

利用随机扩增多态DNA（RAPD）技术对辽宁绒山羊的遗传变异进行了分析，用37个随机引物和55个两两组合的随机引物组合进行筛选，筛选出了5个多态性较为丰富的随机引物（组合）。用这5个随机引物（组合）对35个个体进行扩增，据它们的RAPD指纹图计算了遗传变异度（0．2475）。     

葡萄品种资源的SSR鉴定及遗传多样性分析

用筛选出的12对SSR引物分析了39个葡萄品种的遗传多样性。结果表明:12对引物在上述品种中共扩增出155条谱带,其中多态性带149条,占扩增总带数的96.13%,特异性条带8条,占5%,所扩增的片段大小在50~1 000 bp之间,不同引物扩增的带数在5~24之间,平均12.9条。扩增条带最多的是引物VrZAG67,扩增出24条带;最少的是VrZAG47,仅扩增了5条带。品种间遗传相似系数变异在0.374~0.974之间,在相似系数为0.660的阈值下,可将39份材料分为3大类群。第1类包括"格拉卡"和"美人指"2个品种;第2类包括"玫瑰香"、"红旗特早"、"达米娜"、"红玫瑰"等30个品种;第3类包括"京云"、"奥古斯特"、"无核早红"、"巨峰"等7个品种。     

中国沿海管角螺4个自然群体遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD技术对管角螺(Hemifusus tuba Gmelin)4个自然群体(广西北海、广东湛江、浙江温州、江苏连云港)的遗传多样性进行了分析。所选择的19条有效引物在4个自然群体200个个体中总共产生182个扩增片段,片段数量为19 983个,片段大小在250～2 500 bp之间。其中每条引物可产生4～17条带,平均5.28个位点。4个自然群体共检测到149个多态位点,多态位点比例为81.87%,其中北海群体的多态位点比例最高,占66.48%,其次是湛江群体为47.25%,温州群体为44.51%,连云港群体为36.81%。4个群体中均未检测到各群体特有的扩增带。4个自然群体管角螺的Nei’s指数和Shannon指数表现为一致性,表明遗传多样性在4个自然群体的大小为北海群体>湛江群体>温州群体>连云港群体。4个自然群体的遗传距离在0.054 2～0.137 4之间。基于群体间遗传距离的值进行聚类分析,结果表明,4个群体中,北海与湛江群体首先聚在一起,温州与连云港群体随后聚在一起,最后4个群体聚在一起。研究亮点:利用RAPD技术首次对我国管角螺4个不同分布区自然群体的DNA多态性进行种内遗传差异分析,并...