不同模拟情景下长江江豚种群生存力分析

为了探讨长江江豚(Neophocaenaasiaeorientalis asiaeoriertalis)种群的生存动态和管护对策,本研究利用漩涡模型(Vortex 10.3.7.0)对长江江豚种群生存力进行了回顾和现状分析.结果发现,以1999年作为回顾分析起点,长江江豚的灭绝概率最可能为0.0754,且不高于0.56...     

长江汇流区投放鱼苗对江豚觅食行为的影响

2013年9月15日至2014年2月22日,在自然状态下观察江豚在皖河口活动作为对照组。2014年3月2、11、17、20日购买2龄鲢（Hypophthalmichthys molitrix）等冬片鱼种692 kg,在投食状态下观察江豚在皖河口活动作为试验组。每次在白天整点时刻,采用瞬间扫描法记录10 min内江豚的出水次数和出水位置,作为1个样本。皖河汇流区设置304个网格（50 m×50 m）,每头江豚出水1次,在相应网格位置以黑点标注。皖河入口端线中点为圆心,以半径500 m半圆面积为有效观察窗,根据江豚平均游动速度（4.3 km/h）,窗内群体之间的时间间隔超过7 min,视为2个独立的群体。结果表明,自然状态下,江豚在皖河口觅食活动主要在支流区和滞留区,9：00、12：00和14：00出现3个活动高峰期;集群规模在1～8头,平均为3.67头。投放活体幼鱼后,江豚在分离区和急流区平均出水次数增多,而滞留区减少;出水次数骤然升高,以后逐渐降低;集群规模在2～10头,均值为5.80头,可见投放鱼饵后江豚集群规模明显增大(P<0.05)。在皖河18次调查的144个样本中,有效观察时间为1400 min,共记录江豚活动87次,累计记录309头（含重复数）,分为156个亚群类型,以夫妻型居多（37.10%）,家庭型最少（14.67%）。自然状态下,每天观察到江豚约15头,投放鱼苗时观察到约24头,两者差异不明显（P>0.05）,但出水平均次数明显增多（P<0.05）。所以在其经常出没的汇流水域投放鱼苗可以减缓施工对江豚捕食的负面影响。     

长江新螺段江豚保护水域水质的时空变化

为了保护极度濒危的长江江豚(Neophocaena asiaeorientalis asiaeorientalis),了解其生活水域长江新螺段白鱀豚自然保护区水质的时空变化特征,探究水质状况的季节变化与地理变化差异,选用1992-2008年长江新螺段的水质监测数据资料,利用Kendall非参数趋势检验法分析枯水期、平水期和丰水期水体中溶解氧(DO)、氨氮(NH3-N)、总磷(TP)和总氮(TN)的变化趋势,并于2013年4月至2014年1月对该江段18个监测点的水温(T)、溶解氧(DO)、电导率(EC)、p H、总氮(TN)、总磷(TP)、硝态氮(NO3-N)、亚硝态氮(NO2-N)、氨氮(NH3-N)和六价铬[Cr(Ⅵ)]共10种水质指标进行监测分析。Kendall检验结果表明,1992-2008年长江新螺段水质状况整体无显著性变化,其季节性变化特征为枯水期水体污染物浓度高于平水期和丰水期。2013-2014年的水质监测结果表明,与2008年前相比,长江新螺段水质状况明显恶化,水体中的TN、TP和Cr(Ⅵ)污染情况较为严重,其中TP和Cr(Ⅵ)的平均浓度均超过Ⅳ类水质标准,且水质季节性变化特征也发生了相应改变。层次聚类分析将长江新螺段的18个监测点分为5个地理组,水质指标差异比较结果表明,陆溪河口的水质状况最好;临湘市化工园区排污口的水质状况最差,是长江新螺段的主要污染源;洪湖市生活废水的输入可能是新港码头附近水域中NH3-N浓度较高的原因。     

长吻鮠雌雄性腺转录组比较分析

长吻鮠(Leiocassis longirostris)是淡水特色经济鱼类, 其雄性生长速度快于雌性, 培育全雄苗种可显著提高养殖效益。为加快长吻鮠全雄苗种培育进程, 需深入了解长吻鮠性别分化及性腺发育的调控机制。本研究通过 Illumina 高通量测序平台对长吻鮠卵巢和精巢进行转录组测序分析。结果显示, 共有 10872 个雌雄差异表达基因, 其中上调基因 9375 个, 下调基因 1497 个。通过功能注释, 筛选出 71 个与性别相关的重要候选基因, 包括 50 个精巢高表达基因(dmrt1、cyp17a1、samd7、wnt6、wt1 等)和 21 个卵巢高表达基因(foxl2、gdf9、zp3、zp1、figla、bmp15 等)。KEGG 通路富集分析发现, 差异表达基因显著富集到 16 条与性别决定与分化及性腺发育相关的信号通路, 包括 Wnt 信号通路、TGF-β 信号通路、MAPK 信号通路、卵巢类固醇通路、GnRH 信号通路等。本研究筛选出与长吻鮠性别决定和分化相关差异表达基因, 揭示参与其雌雄个体性腺发育的信号通路, 为今后长吻鮠性别决定和分化机制的研究积累重要数据, 从而为其全雄苗种的培育提供理论支撑。     

无脊椎动物适应性免疫的研究进展

无脊椎动物免疫学是一门新兴学科,近十余年来,由于对虾等水产养殖动物受到了前所未有的病害侵袭,无脊椎动物的免疫机制引起国内外学者的高度重视。一般认为,无脊椎动物由于缺乏Ig (immunoglobulin)、TCR (T cell recep-tor)和MHC (major histocompatibility complex)等分子而不具备适应性免疫。但随着研究的深入,人们发现无脊椎动物不仅具有较完备的非特异性免疫系统,而且在一定范围内具备脊椎动物所特有的适应性免疫现象,同时还发现了很多结构或功能上类似于脊椎动物适应性免疫分子的免疫因子。由此,许多研究者认为无脊椎动物体内也应…     

绿鳍马面鲀雌雄性腺转录组比较分析

为探明绿鳍马面鲀(Thamnaconus septentrionalis)性腺发育相关基因表达特征,优化亲本生殖调控技术,本研究对绿鳍马面鲀雌雄亲体的精巢和卵巢进行了转录组测序分析,经de novo拼装,最终获得119 219个单基因(unigene),N50长度为1 255 bp。在NR、NT、KO、SwissProt、PFAM、GO及KOG数据库分别注释到24 009、35 057、18 453、26 971、30 294、11 420和21 613个unigene。绿鳍马面鲀精巢和卵巢转录组中存在18 954个差异表达基因(DEG),相对于精巢,在卵巢中上调表达的基因有11 265个,下调表达的有7 689个。选取bmp2、sox3、figla、hsd17b1、cyp19a、cyp17、foxl2、star和amh 9个DEGs进行实时荧光定量PCR (qRT-PCR)验证,结果显示,qRT-PCR结果与RNA-Seq分析相一致。GO和KEGG富集结果分析发现,amh、cyp17和star可能在绿鳍马面鲀雄性精子发生过程中起关键作用;bmp2、foxl2、cyp19a、figla和hsd17b1在雌性卵子发生和卵巢类固醇生成过程中发挥重要作用。本研究通过比较绿鳍马面鲀精巢和卵巢的转录组表达差异,初步阐明了精巢和卵巢的基因表达特征,为进一步研究绿鳍马面鲀的性腺发育机制奠定了基础。     

长江刀鲚选育群体转录组EST-SSR的分布特征分析

本研究利用MISA软件挖掘长江刀鲚(Coilia ectenes)肌肉和肝脏转录组中的微卫星标记,为刀鲚选育群体的种质资源评估和分子标记辅助育种奠定基础。结果显示,从71869条Unigenes中共获得33896条重复单元长度为1~6碱基的微卫星序列;刀鲚转录组中不同类型微卫星的重复基序具有不同的分布特征,其中,单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复为主要的微卫星重复类型,分别占总微卫星数目的34.94%、49.47%和13.34%;不同微卫星重复类型的优势重复基序亦有所不同,其中,A/T为单核苷酸重复基序的优势重复基序占86.25%,AC/GT为二核苷酸重复基序的为优势重复基序占75.25%,AGG/CCT为三核苷酸重复基序的优势重复基序占28.57%;不同微卫星重复基序核苷酸的数量和重复次数亦有所不同,重复次数伴随着重复单元中核苷酸数量的增加而呈现降低的趋势;从100对四核苷酸重复的SSR引物中筛选获得了16对多态性微卫星标记,并以此为基础,对长江刀鲚选育群体(F3)的遗传学特征进行了初步评估,结果显示,长江刀鲚选育群体F3的平均有效等位基因数(Ne)、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和Shannon多样性指数I分别为1.7580、0.3414、0.3977和0.6278。以上结果表明,基于刀鲚转录组数据批量开发微卫星是切实可行的,所开发的多态性微卫星标记能够应用于长江刀鲚选育群体的遗传背景评估和进一步的遗传育种研究。     

基于转录组分析不同温度下池蝶蚌性别相关基因的表达

性别决定与分化是生命发育的基本事件,性别决定与分化机制一直是生命科学研究的热点问题。贝类具有雌雄同体、雌雄异体、雄性先熟和性转换等复杂的性别类型,是研究无脊椎动物性别决定与分化机制及其演化进程的理想动物类群。挖掘贝类性别决定与分化调控基因,阐明相关基因的调控作用,对于揭示贝类性别决定与分化的分子机制具有重要意义。本文就贝类性别决定与分化相关基因的研究进展进行了综述,并对该研究领域进行展望,以期为贝类的性别决定和分化机制、生殖操作和遗传改良等研究提供参考。     

大黄鱼UBXN1基因鉴定及其过表达后的转录组分析

为探究UBXN1在大黄鱼抗盾纤毛虫感染中的作用及其可能涉及的免疫信号通路,本实验采用RT-PCR鉴定了大黄鱼UBXN1基因,并利用在线软件对其序列特征进行生物信息学分析; 采用实时荧光定量 PCR(qPCR)探究UBXN1在多个组织的表达情况,及盾纤毛虫感染下的表达变化;免疫荧光分析UBXN1的亚细胞定位;转录组筛选UBXN1过表达后的差异表达基因。结果显示：UBXN1基因cDNA全长为915 bp,编码304 个氨基酸。蛋白序列同源比对和结构预测表明UBXN1是一个进化保守的蛋白,包含UBA和UBX结构域。qPCR分析表明UBXN1呈组成型分布表达,脑中表达量最高,其次是肝脏、心脏和肾脏,在肌肉中表达量最低;盾纤毛虫感染大黄鱼,UBXN1在脾脏、脑、肝脏和肾脏表达量早期显著升高,后期逐步恢复至正常水平。亚细胞定位分析表明,UBXN1在大黄鱼肾脏细胞质和细胞核均有表达。在293T细胞过表达UBXN1,转录组分析筛选到12个上调基因,4个下调基因,其中RPL41/RPL39/XIST/RNA45SN4表达量显著增加,而ATP8/ND4L表达量显著减少。这些研究结果表明UBXN1在大黄鱼抗寄生虫免疫应答中发挥重要作用, 并为进一步深入研究UBXN1的免疫调控信号通路奠定基础, 这是目前在鱼类首次报道UBXN1。     

镉胁迫下鲤血液免疫指标的变化

水体中镉含量超标会引起鱼体免疫反应,影响鱼类免疫相关酶的活性以及免疫因子的表达。通过对鲤(Cyprinus carpio)幼鱼进行镉(Cd)暴露,检测了血液中非特异性免疫相关指标。结果显示,0.05 mg/L和0.5 mg/L的镉可以引起血清溶菌酶活性的显著升高;0.5 mg/L的镉导致血液白细胞吞噬百分比的显著降低;0.005 mg/L、0.05 mg/L和0.5 mg/L镉均导致鲤血清中酸性磷酸酶活性的显著升高;0.05 mg/L和0.5 mg/L镉引起血清中碱性磷酸酶活性的显著降低;0.005 mg/L、0.05 mg/L和0.5 mg/L镉暴露组的血细胞呼吸爆发活性与对照组相比极显著降低。研究发现镉对鲤幼鱼具有免疫毒性,酸性磷酸酶和血细胞呼吸爆发活性发生了显著变化,说明酸性磷酸酶和血细胞呼吸爆发活性对镉较为敏感,可以作为水环境中低浓度镉的标志物。镉暴露组的血细胞爆发活性的显著降低,证明镉的免疫毒性与体内氧化应激相关。     

大菱鲆选育家系雌、雄群体的生长发育差异

采用全长/体长、体高/体长、全长/体高和体质量为评价指标,分别对9~33月龄大菱鲆雌、雄群体在生长发育过程中体型的动态变化及生长性能差异进行了比较。大菱鲆雌、雄群体形态比较结果显示,雌、雄群体的全长/体长、体高/体长、全长/体高在不同发育阶段呈现特有的变化,但在雌、雄群体间,除33月龄的体高/体长和全长/体高差异达到显著水平外,3项指标在不同阶段没有差异或差异不显著,即可以认为,对于统计初始体质量相同或相近的大菱鲆雌、雄群体,全长/体长、体高/体长和全长/体高3个形态比例指标是随发育时间序列同步变化。基于Logistic模型对大菱鲆雌、雄群体生长性能的比较结果显示,雌性群体的拐点月龄、拐点体质量和最大月增重均大于雄性群体;对于雌性和雄性群体的瞬时增长率,除在9~13月龄雌性群体稍低于雄性群体外,13~33月龄的雌性群体均高于雄性群体,且随着生长发育和体质量差异的增大,雌、雄瞬时增长率的差异也呈增大趋势;雄性群体进入快速生长期的始速点和进入缓慢生长期的终速点均比雌性群体提前,雄性群体的快速生长期时间区间长度小于雌性群体,其对应的体质量区间长度也小于雌性群体,雌性群体在快速生长期的月增重显著高于雄性群体。研究表明,大菱鲆雌、雄群体在生长发育过程中存在着显著的生长差异,而形态差异不显著。     

广盐性鱼类渗透压适应性与生理可塑性机制研究

为了解军曹鱼NHE3与NKAα1a的序列特征、盐度胁迫下的基因表达模式以及相关miRNA的靶向调控作用,实验应用cDNA末端快速扩增技术克隆了NHE3与NKAα1a的全长cDNA序列;应用实时定量PCR (qPCR)技术分析了NHE3和NKAα1a的组织特异性和盐度适应性表达模式;采用双荧光素酶报告实验检测了NHE3和NKAα1a与相关miRNA的靶向调控关系。结果显示,军曹鱼NHE3与NKAα1a基因的开放阅读框长度分别为2 718和3 075 bp,分别编码905和1 024个氨基酸;NHE3、NKAα1a在鳃、肠、心脏等9种组织中均有表达,其中以鳃组织中的表达丰度最高。随着盐度升高,NHE3在鳃中表达量下降,低盐和高盐适应后均呈显著差异。NKAα1a基因表达量随着盐度升高出现不同趋势,在鳃和肠中受低盐和高盐影响后均显著上调,而高盐环境下其在体肾中的表达水平显著下调。在不同盐度适应过程中,NHE3、NKAα1a均以鳃组织中的表达水平最高。NHE3-pmirGLO-WT与miR-1335-3p共转染时,较对照组相对荧光素酶活性下降,并存在极显著差异; NKAα1a-pmirGLO-WT分别与miR-1788-3p和mimic NC (对照组)的共转染结果与上述结果类似。研究表明,miR-1335-3p和miR-1788-3p可分别与NHE3和NKAα1a 3′-UTR序列结合,并下调其mRNA表达水平。NHE3和NKAα1a在物种间高度保守;NHE3主要参与低盐适应,而NKAα1a在低盐和高盐适应中均发挥作用;miR-1335-3p和miR-1788-3p可分别负向调控其靶基因NHE3与NKAα1a,从而参与军曹鱼渗透压调节。以上研究结果为进一步研究军曹鱼miRNA-mRNA渗透压调控网络提供了理论基础。     

长江口银色鳗的形态指标体系及其雌雄鉴别

测定和分析了2007年和2008年的10-11月间采自长江江苏靖江段(32?01′27″N,120?25′56″E)的153尾银色鳗的形态学性状,建立了雌雄个体的判别模型。对16个直接测量性状的主成分分析和17项标准化比例性状的R-聚类分析,均显示长江口银色鳗的个体差异主要集中在体形大小和头部特征,吻部前端细部特征,以及眼径和胸鳍大小等3个方面。在此基础上,通过逐步判别法从75尾样本的17项标准化比例性状中筛选出5个比例性状,即丰满度、垂直眼径/头长、体高/体长、水平眼径/头长和吻形,所建立的判别方程,对群体识别的正确率为89.3%。利用其余78尾银色鳗样本对这一判别方程进行识别验证,识别的正确率达的88.5%。ANOVA分析显示,除了吻形,组成判别方程的其他4个标准化性状在两性群体间均存在着极显著的差异(P<0.001),表明长江口银色鳗的雌性个体比雄性更为丰满,体型较高,但眼较小。     

湖栖鳍虾虎鱼性腺转录组比较分析

为获得湖栖鳍虾虎鱼性腺基因表达谱,筛选性别决定、配子发生和繁殖相关基因,实验对其卵巢和精巢分别进行了RNA-Seq分析。测序原始数据经de novo拼接组装共获得62 573个单基因(unigene),N50和平均长度分别为3 082 bp和1 869 bp。在NR、NT、SwissProt、PFAM、KOG、GO及KEGG数据库中对上述获得的unigene进行注释,分别有41 480、32 848、37 500、35 394、18 318、35 394和27 009个unigene获得注释。基因表达差异分析显示,在湖栖鳍虾虎鱼卵巢和精巢中存在10 954个差异基因(different expression gene,DEG),其中2 383个DEG表达水平在精巢中上调,8 571个DEG在卵巢中上调。对14个DEG进行实时荧光定量PCR (qPCR)验证,结果显示,qPCR结果与RNA-Seq分析一致。在差异基因中,筛选到了部分参与配子发生与成熟的基因,包括foxl2、dmrt1、cyp19a1a、inha、inhb、sycp2、zglp1、tdrp、zps和esra。差异基因富集结...     

青蛤不同壳色个体间的生长及营养差异

贝类壳色常呈现出多态性,壳色可以作为优良性状的标记色,用于贝类良种选育研究。为了探究青蛤壳色性状与其生长和营养成分之间的关系,本研究对青蛤不同壳色个体的生长指标及营养组分进行了测定分析。结果显示,青蛤紫壳个体(整体)的湿重、壳长、水管和鳃组织湿重占比显著高于白壳个体(p＜0.05),青蛤紫壳个体(整体)的壳宽和外套膜组织湿重占比极显著高于白壳个体(p＜0.01)。青蛤紫壳个体可食部分的粗脂肪和粗蛋白含量极显著高于白壳个体(p＜0.01)。紫/白壳个体的必需氨基酸与总氨基酸比值分别为37.46%和37.02%,且紫壳个体显著高于白壳个体(p＜0.05);必需氨基酸与非必需氨基酸比值分别为67.72%和66.60%,且紫壳个体显著高于白壳个体(p＜0.05),表明紫壳个体氨基酸平衡效果优于白壳个体,且均属于优质蛋白。紫/白壳个体的单不饱和脂肪酸主要以棕榈酸为主,分别占可食部分脂肪酸总量的9.97%和9.85%,多不饱和脂肪酸主要以EPA和DHA为主,其中EPA分别占脂肪酸总量的6.64%和6.54%,DHA分别占脂肪酸总量的8.00%和8.51%。研究表明,紫/白壳个体间在生长和营养上均存在一定差异,且紫壳性状与其生长和营养存在一定正向关联关系,为利用紫壳性状作为遗传标记进行青蛤良种选育提供理论依据。     

黄颡鱼促黄体激素受体基因克隆及在雌鱼繁殖周期中的表达

通过简并引物扩增及SmartTM Race技术,首次克隆了黄颡鱼促黄体激素受体(LHR)基因cDNA全长序列.该基因全长2 524 bp,编码701aa,含有属于糖蛋白激素受体(GpHR)家族的典型跨膜螺旋结构区域(TM helix).9个富含亮氨酸的重复性序列(LRRs);4个潜在的N-端糖基化位点:29NFTC,82 NVSR,203 NGSR,548NLTV;24个Ser,6个Thr和5个Tyr磷酸化位点.同时400S为潜在的PKC位点.通过RT-PCR分析组织表达,卵巢繁殖周期中卵巢和脑的表达水平并结合血浆中E2含量的变化,发现LHR在卵巢中大量表达,其次是脑、肾脏、心脏、肝脏和肠存在少量或微量的表达;在卵巢繁殖周期中,卵巢LHR表达从Ⅲ期-V期处于较高水平,V期达到最高峰,随后下降到最低值;而脑的表达高峰出现在Ⅳ期,与血浆中E2变化相一致.推测卵巢和脑中LHR基因参与卵黄的生成,调控卵母细胞的成熟和排卵.     

湖栖鳍虾虎鱼皮肤和眼睛转录组比较

为了对湖栖鳍虾虎鱼的皮肤和眼睛进行转录组比较分析,实验通过测序原始数据,经de novo拼接、组装共获得103686个单基因(unigene),N50和平均长度分别为1456和2490 bp.在Nr、Nt、KO、SwissProt、PFAM、GO及KOG数据库中对上述unigenes进行注释,分别有57380、3734...     

中国明对虾Dscam基因的克隆及其在免疫致敏(类免疫)诱导反应中的表达分析

为了研究对虾免疫致敏过程中Dscam基因的表达规律,实验采用同源克隆和RACE技术获得了中国明对虾Dscam基因c DNA全长序列,并对该序列进行生物信息学分析。结果显示,中国明对虾Dscam基因的c DNA全长为6 624 bp,其中包括171 bp的5′端非编码区,459 bp的3′端非编码区,开放阅读框的长度为5 994 bp,编码1 996个氨基酸。推测该基因编码的蛋白含有一个信号肽、10个Ig结构域、6个FNIII功能区、1个胞质尾区和1个跨膜结构域。同源性分析及系统进化分析表明,Dscam基因与节肢动物的Dscam基因首先聚为一类,且与凡纳滨对虾的同源性最高,为92.4%。连续投喂6 d热灭活白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)饵料来诱导免疫致敏反应,在0、6和12 d及二次感染后的12、24、48、72和168 h分别取样,用RT-PCR的方法检测中国明对虾Dscam的相对表达量。结果显示,诱导感染组Dscam基因在第12天开始上调,且与阴性对照组和未诱导感染组差异显著;二次感染后24 h,Dscam基因的相对表达量达到最大值,与阴性对照组和未诱导感染组差异显著;48 h后基因表达量开始下降,但表达量仍高于阴性对照组和未诱导感染组。实验表明,中国明对虾存在Dscam基因,并在免疫致敏过程中发挥重要作用。     

日本鳗鲡TBK1基因的克隆与免疫功能分析

为了阐明鱼类TANK结合激酶1 (TBK1)在免疫应答密切相关的NF-κB、I型IFN及MAPK信号通路中的调控作用,本实验通过cDNA末端快速扩增技术(SMART RACE)从日本鳗鲡中克隆了TBK1基因cDNA全长序列,命名为AjTBK1,利用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)检测了在体和离体状态下不同病原体相关分子模式(PAMPs)及嗜水气单胞菌对日本鳗鲡AjTBK1基因表达水平变化的影响,通过构建绿色荧光蛋白pEGFP-TBK1和pCMV-TBK1真核表达质粒对Aj TBK1亚细胞定位以及Aj TBK1过表达对NF-κB、AP-1、IFN-β启动子荧光素酶活性的激活作用进行研究。蛋白质序列分析显示,日本鳗鲡AjTBK1编码731个氨基酸,其三维丝带空间结构与人类TBK1相似,具有保守的激酶结构域(KD)、泛素样结构域(ULD)、二聚化支架结构域(SDD)以及C端结构域(CTD),在系统发育树中与其他鱼类TBK1家族聚为一支。qRT-PCR检测发现AjTBK1在多种组织中广泛表达,且在肝脏和肠中高表达。经LPS、poly I:C、嗜水气单胞菌免疫注射后,AjTBK1基因表达水...