猪MSTN基因生物信息学分析

[目的]对猪MSTN基因进行生物信息学分析。[方法]以从GenBank中检索到的猪、大鼠、小鼠、狗、绵羊、山羊、牛、黑猩猩、人、马、鸡和斑马鱼的MSTN基因CDS序列为材料,将该12个物种的MSTN蛋白序列调入DNAStar软件的Megalign程序,进行系统进化分析;并对猪MSTN基因的基本信息、内切酶图谱、编码蛋白二级结构、信号肽、跨膜结构以及蛋白质亚细胞定位进行分析。[结果]猪MSTN基因与大鼠、小鼠、狗、绵羊、山羊、牛、黑猩猩、人、马亲缘关系很近;该基因包含多个酶切位点;其编码的蛋白是一个疏水性不稳定蛋白,分子量为42 791.3 u,等电点为6.98,包含375个氨基酸残基;蛋白二级结构上,含有20.53%的α-螺旋(Helix)、4%β-转角(Turn)、53.07%无规则卷曲(Coil)、22.4%伸展条(extenden strand)和1个跨膜结构区域;该蛋白定位于细胞外,作为信号肽的可能性很大。[结论]该研究为猪MSTN基因的进一步分析研究提供了参考依据。     

猪MSTN基因生物信息学分析(英文)

[目的]对猪MSTN基因其进行生物信息学分析。[方法]以从GenBank中检索到的猪、大鼠、小鼠、狗、绵羊、山羊、牛、黑猩猩、人、马、鸡和斑马鱼的MSTN基因CDS序列为材料,将该12个物种的MSTN蛋白序列调入DNAStar软件的Megalign程序,进行系统进化分析;并对猪MSTN基因的基本信息、内切酶图谱、编码蛋白二级结构、信号肽、跨膜结构以及蛋白质亚细胞定位进行分析。[结果]猪MSTN基因与大鼠、小鼠、狗、绵羊、山羊、牛、黑猩猩、人、马亲缘关系很近;该基因包含多个酶切位点;其编码的蛋白是一个疏水性不稳定蛋白,分子量为42791.3u,等电点为6.98,包含375个氨基酸残基;蛋白二级结构上,含有20.53%的α-螺旋(Helix)、4%β-转角(Turn)、53.07%无规则卷曲(Coil)、22.4%伸展条(extendenstrand)和1个跨膜结构区域;该蛋白定位于细胞外,作为信号肽的可能性很大。[结论]该研究为猪MSTN基因的进一步分析研究提供了参考依据。     

贵州地方白羽鸡种MSTN基因SNP位点快速筛查及其蛋白功能预测

[目的]明确贵州地方白羽鸡种肌肉生长抑制素(MSTN)基因的多态性,筛选出改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记,为选择培育优良肉质鸡种提供参考依据.[方法]以兴义矮脚鸡白羽品系、罗曼蛋鸡及兴义矮脚鸡白羽品系与罗曼蛋鸡杂交的自交后代(F2)为研究对象,提取3个鸡种的血液基因组DNA构建DNA混合池,PCR扩增MSTN基因全部外显子序列,直接测序筛选SNP位点并进行生物信息学分析,探究SNP位点突变对MSTN基因mRNA二级结构及编码蛋白结构和功能的影响.[结果]在鸡MSTN基因第1外显子(Exon-1)筛查到6个SNPs位点,分别为G51A、A60G、G195C、A234G、C297T和C324T,且6个SNPs位点均为同义突变.在A234G位点处检测到兴义矮脚鸡白羽系和F2代存在多态性,但罗曼蛋鸡未发生变异;在C297T位点处检测到罗曼蛋鸡存在多态性,以C为优势等位基因,而兴义矮脚鸡白羽品系和F2代均未发生变异;G51A、G60A、G159C和C324T等4个SNPs位点在3个鸡种中均存在多态性.A234G位点突变对鸡MSTN基因mRNA二级结构稳定性无影响,G51A位点突变致使MSTN基因mRNA二级结构最小自由能降低但未改变其构象,A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变均引起MSTN基因mRNA二级结构和最小自由能的改变.鸡MSTN基因编码蛋白为不稳定的脂溶性蛋白,存在信号肽,但不存在跨膜区域,其二级结构由无规则卷曲、β-折叠和α-螺旋组成,且以无规则卷曲占比最高.[结论]MSTN基因在贵州地方白羽鸡种中的多态性较丰富,其中A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变会导致基因mRNA二级结构的构象发生改变,可作为改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记进一步研究.     

日本大耳白兔血常规及血气指标的正常值检测

[目的]使用新方法检测日本大耳白兔血常规及血气指标的正常值。[方法]选用健康3月龄日本大耳雄性白兔30只,用CD-1200全自动血液分析仪和i-TAT便携式血气分析仪分别系统测定白兔的静脉血WBC、RBC、HGB等15项血常规指标以及TCO2、PCO2、BEecf等10项血气指标。[结果]15项血常规指标检测结果分别为:WBC(7.20±1.49)109/L、RBC(6.20±0.41)1012/L、HGB(150.60±7.71)g/L、HCT(0.45±0.03)、MCV(71.80±4.05)fL、MCH(24.90±1.07)pg、MCHC(341.90±38.49)g/L、RDW(16.80±1.19)%、PLT(149.50±56.63)109/L、PCT(1.10±0.46)%、MPV(6.63±1.17)fL、PDW(15.40±1.33)%、LYM(4.70±1.04)109/L、MID(1.46±0.46)109/L、GRN(1.30±0.49)109/L;10项血气指标分别为:Na(143.250±2.193)mmol/L、K(3.210±0.371)mmol/L、TCO(2 17.130±2.330)mmHg、iCa(1.310±0.132)mmol/L、pH值7.280±0.035、PCO(2 31.71±3.88)mmHg、PO(2 56.92±6.75)mmHg、HCO3(-16.12±2.26)mmol/L、BEECF(-5.45±4.31)mmol/L、SO(2 82.40±5.62)%。[结论]该试验结果可作为教学参考,也可为相关研究提供参考。     

狮头鹅MAP2K1基因SNP位点筛查及生物信息学分析

MAP2K1基因属于GnRH信号通路且与哺乳动物的卵泡发育紧密相关。为研究MAP2K1基因在狮头鹅上的基因多态性,以200羽狮头鹅为试验对象,利用DNA池结合PCR产物直接测序法,筛选出SNP位点并进行生物信息学分析。检测结果表明,在狮头鹅群体中发现1个SNP位点,为E3-63 A>G,存在3种基因型。生物信息学预测显示,MAP2K1基因突变前后编码氨基酸并未发生改变,属于不稳定不跨膜酸性亲水性蛋白,存在卷曲螺旋结构,无信号肽存在。亚细胞定位于细胞核、细胞质、细胞支架的概率分别为60.9%、30.4%、8.7%,主要在细胞核发挥生物学作用;有34个磷酸化位点,有1个N-糖基化位点,1个保守结构S＿TKc,蛋白二级结构主要由α螺旋和无规则卷曲组成。MAP2K1基因突变前后mRNA的最小自由能,质心发生二级结构,含有假结的mRNA二级结构、折叠结构、MaxExpect结果、点-括号结果、最小自由能、mRNA结构的热力学集合、质心结构所形成的山地图发生改变,且自由能上升,结构稳定性变弱。从狮头鹅MAP2K1基因的11个外显子上检测出1个SNP位点,MAP2K1基因突变前后改变mRNA二...     

关岭牛TBC1D7基因单核苷酸多态性筛查及生物信息学分析

为探究关岭牛TBC1D7(TBC1 domain family,member 7)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism sites,SNPs)对其生长性状的影响。以贵州关岭牛为试验对象,构建DNA混合池,采用PCR扩增后直接测序法对关岭牛TBC1D7基因进行SNPs检测,并对其进行生物信息学分析。结果显示:关岭牛TBC1D7基因蛋白质编码区(CDS)全长882 bp,编码氨基酸293个,形成了一种不稳定的可溶性蛋白。该蛋白中不存在跨膜区域且不存在信号肽,为非分泌蛋白。蛋白中存在6个潜在的N-糖基化位点,二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲构成;在关岭牛TBC1D7基因CDS区共发现了4个同义突变位点,分别为c.402T>C、c.414A>G、c.609C>T和c.648T>C。4个突变位点均导致关岭牛TBC1D7基因mRNA二级结构、自由能和基因频率发生变化。本实验筛查到关岭牛TBC1D7基因4个SNPs位点,表明关岭牛TBC1D7基因多态性丰富,为进一步研究TBC1D7基因变异和关岭牛生长发育性状的相关性提供理论基础。     

奥利亚罗非鱼MSTN基因结构及其SNPs的筛选

通过PCR法从奥利亚罗非鱼DNA中扩增出MSTN基因。该序列全长1 957 bp,含有3个外显子,2个内含子。外显子Ⅰ379 bp,外显子Ⅱ371 bp,部分外显子Ⅲ145 bp,内含子Ⅰ305 bp,内含子Ⅱ751 bp,编码区895 bp,共翻译298个氨基酸。通过随机测序法筛选SNPs,获得了6个突变位点,外显子Ⅰ、Ⅱ各有一个,而内含子Ⅱ则含有4个突变位点。外显子Ⅰ、Ⅱ的突变位点均导致翻译的氨基酸序列发生改变,为错义突变。研究结果为SNPs位点与奥利亚罗非鱼生长性能关联分析奠定了基础。     

奥利亚罗非鱼MSTN基因结构及其SNPs的筛选

通过PCR法从奥利亚罗非鱼DNA中扩增出MSTN基因。该序列全长1 957 bp,含有3个外显子,2个内含子。外显子Ⅰ379 bp,外显子Ⅱ371 bp,部分外显子Ⅲ145 bp,内含子Ⅰ305 bp,内含子Ⅱ751 bp,编码区895 bp,共翻译298个氨基酸。通过随机测序法筛选SNPs,获得了6个突变位点,外显子Ⅰ、Ⅱ各有一个,而内含子Ⅱ则含有4个突变位点。外显子Ⅰ、Ⅱ的突变位点均导致翻译的氨基酸序列发生改变,为错义突变。研究结果为SNPs位点与奥利亚罗非鱼生长性能关联分析奠定了基础。     

湛江三黄鸡MSTN基因位点与屠宰率的相关分析

应用PCR-RFLP技术分析了168只湛江三黄鸡的MSTN基因第1外显子第2 109位点的G→A突变。湛江三黄鸡在该位点的GG基因型频率为0.7203、AA基因型频率为0.0952、GA基因型频率为0.1846,G等位基因频率为0.8125、A等位基因频率为0.1875。AA、GA基因型鸡的屠体重和屠宰率显著高于GG基因型鸡。     

伊拉肉兔和美系獭兔MSTN基因多态性研究

为了探索伊拉肉兔和美系獭兔MSTN基因多态性,以期为家兔分子选育提供理论依据。试验分别选取了伊拉肉兔与美系獭兔70只,其中公母各35只,采用PCR扩增MSTN基因部分片段并测序,结果：① 共发现了4个SNP位点,分别位于MSTN基因序列外显子Ⅰ的111bp处,内含子Ⅰ的234bp处,外显子Ⅱ的338bp处和内含子Ⅱ的34bp处;外显子Ⅲ中则未发现多态位点;内含子多态位点首次发现。② MSTN基因外显子Ⅰ的SNP位点发生C—T的转换,有CC、CT和TT 3种基因型,CC为优势基因型,且基因型频率分布在伊拉肉兔群体中不符合hardy-weinberg平衡外（P <0.05）。③ 内含子Ⅰ的SNP位点发生了G-A的转换,有GG、GA和AA 3种基因型;外显子Ⅱ的SNP位点处T-A的颠换,有TT、TA和AA 3种基因型;内含子Ⅱ的SNP位点处发生T-C的转换,有TT、TC和CC 3种基因型。这3个SNP位点基因型频率在伊拉肉兔和美系獭兔群体中均符合hardy-weinberg平衡（P >0.05）。④ 4个SNP位点在伊拉肉兔和美系獭兔群体中均表现为中度多态（0.25相似文献   

大通牦牛TLR2基因SNP位点筛选及生物信息学分析

采用DNA混合池扩增后直接测序的方法,对大通牦牛TLR2基因CDS区的SNP位点进行筛选,估算各SNP位点等位基因频率,并通过生物信息学软件预测突变对TLR2 mRNA和蛋白质结构的影响。结果表明,大通牦牛TLR2基因CDS区存在2个SNP位点,分别为G⁶⁷⁷A和G¹⁵⁸⁷A,其中G⁶⁷⁷A为错义突变,导致半胱氨酸(Cys)转变为酪氨酸(Tyr)。生物信息学分析结果表明,G⁶⁷⁷A和G¹⁵⁸⁷A位点均降低了mRNA二级结构的稳定性,且蛋白二、三级结构组成也发生了改变。     

高邮鸭群体MSTN、MyoD1和MyoG基因外显子中SNP位点的分析

MSTN、MyoD1和MyoG基因与禽类骨骼肌的生长发育密切相关。本试验以高邮鸭为素材,对MSTN、MyoD1和MyoG3个基因的外显子单核苷酸多态性(SNP)位点进行了鉴定,并对这些位点对蛋白质的影响及群体遗传信息进行了分析。结果显示,MSTN、MyoD1和MyoG3个基因的外显子分别有9个、4个和7个SNP位点,其中具有中度多态的位点分别为8个、1个和5个,有义突变各1个,这些有义突变均改变了相应蛋白质的理化性质以及二级结构。     

猪CAST基因多态性与生物信息学分析

本研究旨在检测巴克夏猪、霍寿黑猪及其杂交F1代CAST基因多态性,并利用生物信息学分析碱基变异对mRNA二级结构以及CASTⅢ型蛋白的影响.结果表明,巴克夏猪、霍寿黑猪、巴克夏猪×霍寿黑猪都存在AA、AC和CC基因型,等位基因A的频率都高于等位基因C.该突变在3个猪群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0...     

甘南牦牛H-FABP基因CDS区多态性及生物信息学分析

应用PCR产物混合样本DNA池法检测甘南牦牛心脏型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因CDS区多态性,并应用生物信息学方法分析甘南牦牛H-FABP蛋白质特性.结果表明:甘南牦牛H-FABP基因CDS区序列与九龙牦牛相同,而与普通牛对比在第3外显子存在*76G>A的同义突变;甘南牦牛H-FABP氨基酸序列没有明显的疏水性区域,也未形成跨膜螺旋区及信号肽,推测其主要在细胞质中发挥生物学作用;甘南牦牛H-FABP基因编码产物二级结构是以α-螺旋和β-折叠为主的mixed型;氨基酸序列与普通牛、山羊、马、人、小鼠、大鼠、鸡、草雀及绿鸭9个物种间同源性较高,与其实际亲缘关系远近一致.     

福建白兔种质特性与生产性能研究

对福建白兔保种群进行繁殖、生长发育、饲料报酬、屠宰性能和胴体品质进行测定分析,结果表明,福建白兔胎均产活仔兔5.59只、3周龄窝均重1209.0 g、4周龄断乳窝均仔兔5.47只、断乳成活率97.9%;公、母兔13周龄体重分别为1570.91 g、1525.38 g, 4至13周龄平均日增重分别为19.92 g、19.04 g,,差异均不显著（P>0.05）;公、母兔成年体重分别为2131.02 g、1957.03 g,差异极显著（P<0.01）;公、母兔10、13周龄体长、胸围、耳长、耳宽性别间差异均不显著（P>0.05）,公、母兔成年体长、胸围性别间差异均极显著（P<0.01）;福建白兔30～90日龄料重比为4.51：1,90日龄全净膛屠宰率49.19%;90日龄肌肉粗蛋白、粗脂肪、氨基酸总量分别为20.54%、2.20%、17.62%。     

天祝白牦牛Lfcin基因克隆及生物信息学分析

利用PCR技术从天祝白牦牛基因组DNA中获得乳铁蛋白素(Lactoferricin,Lfcin)基因序列,将Lfcin基因连接于pGEM-T easy载体进行测序后,与奶牛的Lfcin基因序列进行比对;对牦牛、奶牛、人、小鼠等物种的Lfcin蛋白序列进行比对和进化树分析.结果表明:克隆获得了含天祝白牦牛乳铁蛋白第二外显子的DNA序列,共778 bp,其中Lfcin基因编码区长75 bp,编码25个氨基酸;序列分析显示,克隆获得的牦牛DNA序列与奶牛该序列存在9个碱基的变异,其中Lfcin基因编码区内有1个变异,为同义突变;牦牛和奶牛的Lfcin蛋白质序列完全相同,各物种Lfcin蛋白具有较高的同源性.     

不同日粮氨基酸模型对吉林白鹅肌肉组织中MSTN mRNA表达量的影响

[目的]揭示肌肉生长抑制素与氨基酸营养的关系,为阐明鹅肌肉生长发育的调控机理提供依据。[方法]利用分子生物学技术克隆吉林白鹅MSTN基因,通过饲喂4种不同的日粮氨基酸模型研究不同日粮氨基酸模型对1~28日龄和29~56日龄的吉林白鹅MSTN基因表达量的影响。[结果]28 d,A组胸肌MSTN mRNA表达量极显著高于其他3组(P0.01),A组和C组腿肌MSTN mRNA表达量显著高于B和D组(P0.05),在B组日粮氨基酸模型下胸肌和腿肌的MSTN mRNA表达量与胸肌率和腿肌率呈极显著负相关。56 d,A组和D组胸肌MSTN mRNA表达量显著高于B组和C组(P0.05),D组腿肌MSTN mRNA表达量显著高于A、B、C组(P0.05),在C组日粮氨基酸模型下胸肌和腿肌MSTN mRNA表达量与胸肌率和腿肌率呈极显著负相关。[结论]28 d,日粮氨基酸模型B能够抑制MSTN基因的表达,而56 d日粮氨基酸模型C能够抑制MSTN基因的表达,并且MSTN基因表达量与胸肌率和腿肌率之间存在极显著负相关。     

兴义鸭MEF2A基因的SNPs筛选及其生物信息学分析

为了解鸭MEF2A基因的功能和结构以及其对鸭遗传效应的影响,采用混合DNA池、基因克隆、PCR产物直接测序和生物信息学相结合的方法,对兴义鸭的MEF2A基因进行研究.结果并未发现SNP位点,运用生物信息学方法对其蛋白质一级结构和二级结构进行分析,发现其包含33个α螺旋、20个β折叠、44个无规则卷曲.将获得的鸭的MEF2A蛋白序列与NCBI上提交的家鼠、牛、斑马鱼、猪、鸡的MEF2A序列相比对,结果显示:鸭与鸡、鱼的亲缘关系相近,与家鼠的亲缘关系较远.