贵州小香羊FSHβ基因第2外显子SSCP多态性分析

为寻找与贵州小香羊繁殖力相关的分子标记提供基础数据,采用单链构象多态(SSCP)方法对在生殖中起重要作用的FSHβ基因外显子2的序列进行多态性检测,并对具有SSCP多态性的DNA片段进行测序分析。结果表明,在该特异性扩增产物中存在基因多态性,在94bp处检测到1个多态位点,该位点发生了G→A突变,出现3种基因型(AA、AB和BB)并导致编码的氨基酸由丙氨酸变为苏氨酸,A等位基因频率为62.3%,B等位基因频率为37.7%。     

TOLLIP基因3′侧翼区的群体遗传多态分析

为了寻找TOLLIP基因的突变位点,揭示中国荷斯坦牛的群体遗传特征。以中国荷斯坦牛群体66头个体为研究对象,用PCR方法扩增了牛TOLLIP基因3′侧翼区的部分片段,通过直接电泳与测序相结合的方法检测该片段的多态性,计算基因型频率,基因频率和多态信息含量,分析该多态位点在中国荷斯坦牛群体中的遗传特征。结果表明,该扩增片段的第43 bp处存在5个碱基(TCGGG)的缺失,致使多态性产生。其AA,AB和BB的基因型频率分别为0.3485,0.5152和0.1364;A等位基因(243 bp)和B等位基因(238 bp)的频率分别为0.6061和0.3939;多态信息含量和杂合度分别为0.3635和0.4775,表明该缺失突变在中国荷斯坦奶牛群体中处于中度多态;χ2适合性检验结果表明,中国荷斯坦牛群体在该位点的缺失突变未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。     

五个牛品种THRSP基因257C/G突变的遗传多态性研究

采用PCR-SSCP技术及测序技术,研究了秦川牛、夏南牛、南阳牛、郏县红牛和鲁西牛五个牛品种THRSP基因第一外显子257 bp处C/G突变的遗传多态性及其与肉质性状的关系。结果显示,该位点引发THRSP基因第75位氨基酸发生同义突变,五个牛品种基因频率一致,多态信息含量以南阳牛最高,属于中度多态,其他牛品种属于低度多态。经χ2适合性检验,五个牛品种群体257C/G位点的突变均达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。关联分析结果显示,AA,AB基因型个体的胴体长、眼肌面积差异显著。该位点可能是影响胴体长和眼肌面积的突变位点或与之紧密连锁,可做为肉牛肉质选育的候选分子标记。     

白羽番鸭脂联素基因外显子1与肉质、TC和TG的关联分析

采用PCR-SSCP法对白羽番鸭脂联素基因外显子1进行SNP检测,并分析SNP对肉质、血清总胆固醇(TC)和甘油三酯(TG)的遗传效应。结果表明,检测到3种基因型(AA、AB和BB)和2个等位基因(A和B),AA和A分别为优势基因型和优势等位基因,序列比对发现在外显子1存在1个SNP位点:A167G,为沉默突变,该位点在白羽番鸭群体中表现为中度多态,处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);最小二乘法分析表明,AA基因型个体的肌内脂肪(IMF)和血清总胆固醇(TC)显著高于BB基因型个体(P<0.05),而失水率则显著低于BB基因型个体(P<0.05)。结果揭示,A167G位点对脂肪沉积、失水率和胆固醇浓度可能有显著的遗传效应。     

樱桃谷鸭DRD1基因CDS 区域多态与生长性状的关联性分析

采用PCR-SSCP法与DNA直接测序技术相结合,对90只樱桃谷鸭DRD1基因编码区572～980 bp区域的多态性进行检测,并分析其多态与生长性状的关联性.结果表明,在樱桃谷鸭DRD1基因编码区572～980 bp区域内检测到6种基因型AA、BB、CC、AB、AC和BC,3个等位基因A、B和C,基因型CC和等位基因C分别为优势基因型和优势等位基因,频率分别为0.5222和0.6667,多态信息含量为0.4489,属中度多态位点,基因型分布偏离了Hardy-Weinberg平衡(P＜0.01),序列比对发现2个沉默突变A765T和A912G.最小二乘法分析显示,AB基因型的胫长显著高于BB和BC基因型,AB基因型的胫围显著高于BC基因型,其余各性状各基因型间差异未达到显著水平.研究结果揭示,该多态座位可能是鸭的胫长和胫围的一个标记辅助选择位点.     

湛江三黄鸡MSTN基因位点与屠宰率的相关分析

应用PCR-RFLP技术分析了168只湛江三黄鸡的MSTN基因第1外显子第2 109位点的G→A突变。湛江三黄鸡在该位点的GG基因型频率为0.7203、AA基因型频率为0.0952、GA基因型频率为0.1846,G等位基因频率为0.8125、A等位基因频率为0.1875。AA、GA基因型鸡的屠体重和屠宰率显著高于GG基因型鸡。     

藏猪激素敏感脂肪酶(HSL)基因遗传多样性分析

激素敏感脂肪酶(HSL)是猪脂肪沉积相关的重要候选基因之一.本研究采用PCR-RFLP和SSCP技术检测了藏猪HSL基因exon1G→A和exon8G→T突变位点多态性.结果显示,藏猪群体中2个位点均出现3种基因型,表现多态性,其中,exon1G→A位点等位基因A和G频率分别为62.50％和37.50％,exon8G→T位点等位基因A和B频率分别为77.68％和22.32％.与报道的其他猪种相比,藏猪HSL基因2个突变位点的基因分布均处于瘦肉型外种猪和脂肪性地方猪之间,表现出其与其他猪种的差异.     

黔北麻羊LHβ基因多态性及其与产羔数的相关性分析

采用直接测序法检测LHβ基因在黔北麻羊中的单核苷酸多态性,以探讨促黄体素β亚基基因多态性与黔北麻羊产羔数的关系,以及该基因对黔北麻羊繁殖力的影响。结果表明:LHβ基因检测到2个突变位点,在外显子2第414位点发生了由C→T碱基突变,导致苏氨酸突变为甲硫氨酸;检测到AA、Aa 2种基因型。A等位基因频率为0.933 4,a等位基因频率为0.066 7,2种基因型之间产羔数差异均不显著(P0.05)。在内含子2第718位点发生了由G→A碱基突变,检测到BB、Bb 2种基因型。B等位基因频率为0.950 0,b等位基因频率为0.0500,2种基因型之间产羔数差异均不显著(P0.05)。     

静原鸡ELOVL5基因遗传多样性研究

为确定静原鸡ELOVL5基因遗传变异位点,探讨其遗传特性,本研究利用单链构象多态性分析(PCR-SSCP)及DNA测序技术对静原鸡ELOVL5基因进行多态性检测。结果表明,静原鸡ELOVL5基因exon2和exon5均无多态性;在intron2扩增片段上共检测到1个SNP位点(g.88620433+1683G>A),其表现为2种基因型(AA、AG)。其中AA为优势基因型,基因型频率为0.84,A为优势等位基因,基因频率为0.92。在248个静原鸡群体中未发现纯合GG型个体。群体遗传学分析表明,该位点纯合度较高(0.84),PIC为0.14(PIC<0.25),呈低度多态。卡方适合性检验结果表明,静原鸡ELOVL5基因intron2突变未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。综上,静原鸡ELOVL5基因intron2多态性较低,exon2和exon5未发生变异。     

牦牛GH基因多态性的PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术对天祝白牦牛和青海高原牦牛的生长激素基因(GH基因)5个外显子及部分内含子序列进行遗传变异分析,以探讨牦牛GH基因的遗传特性.结果表明:2个牦牛群体GH基因第1、第2和第4外显子无多态性,第3内含子1694bp处均发生T→C转换,形成A、B2个等位基因,并检测到AA、AB和BB共3种基因型;天祝白牦牛第5外显子2373bp处发生G→T碱基颠换,形成C、D2个等位基因,检测到CC和CD2种基因型,但碱基改变并未引起氨基酸变化,因此这种碱基转换为沉默突变;天祝白牦牛和青海高原牦牛均为低度多态,经Hardy-Weinberg平衡检验2个牦牛群体均处于非平衡状态.     

牦牛CAPN1基因部分序列的SNPs研究

本研究采用PCR-SSCP技术,设计了2对引物分别对牦牛钙激活蛋白酶基因内含子8、外显子9、内含子9和外显子10部分序列以及第12内含子和13外显子部分序列进行单核苷酸多态性分析.结果表明:与牛基因序列(AF252504S2)相比,牦牛基因在10 581bp处发生了G→A转换,位于第12内含子,表现出3种基因型,其中A、B基因频率分别为0.698 9和0.301 1,AA、AB和BB基因型频率分别为0.475 1、0.447 5和0.077 3,遗传杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为0.420 9和0.332 3;在5 837bp处发生G→T的转换,位于第9内含子,表现出3种基因型,A、B基因频率分别为0.908 8和0.091 2,AA、AB和BB基因型频率分别为0.828 7、0.160 2和0.011 1,遗传杂合度(He)多态信息含量(PIC)分别为0.165 7和0.152 0;牦牛在这2个位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态.     

ESR基因PvuⅡ多态性在高产大白猪系育种中的应用

以上海市种猪场高产大白猪系为研究对象,采用PCR-RFLP的方法检测其雌激素受体（ESR）基因PvuⅡ位点多态性,分析了该位点和总产仔数育种值的关系。结果表明：基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡,B和BB分别为有利等位基因和有利基因型。尽管二者的频率已经较高,但仍有进一步提高的可能。通过回归分析可知ESR基因PvuⅡ位点对总产仔数EBV的决定系数为0.284,即该位点只能解释EBV变异的28.4％,所以不能仅用该位点的基因型进行选种和选配。在具体的生产实践中应该用EBV值指导选种选配,ESR基因PvuⅡ位点可以用于早期的辅助选种。     

重庆山地黄牛及其杂交牛CAST基因部分片段PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术分析了重庆山地黄牛及其杂交牛CAST基因的多态性。在所做的2对引物中研究表明：在第18外显子处没有发现多态性;在第9外显子处发现多态性,在重庆山地黄牛及其杂交牛群体中都有AA、AB、BB3种基因型。在西杂牛（重庆山地黄牛X西门塔尔牛）、红杂牛（重庆山地黄牛X红安格斯）中A为优势基因,在重庆山地黄牛中B为优势基因。通过对各遗传多态性指标分析发现,重庆山地黄牛、西杂牛、红杂牛处于平衡状态,几个品种牛踟均在0．250～0．500,处于中度多态;几个品种牛的杂合度都偏高。     

莆田黑猪H-FABP基因单核苷酸多态性分析

利用PcR．SSCP技术,分析莆田黑猪心脏型脂肪酸结合蛋白（H-FABP）基因的多态性．结果表明：在H-FABP基因5＇-调控区检测到两个多态性位点（G7T和C11A）,由两个等位基因控制,定义为A和B,基因频率分别为0．740和0．260;在外显子2处存在3个多态性位点（A2C、T62C和T65C）,由两个等位基因控制,定义为c和D,基因频率分别为0．164和0．836．群体遗传分析表明,H-FABP基因5＇-调控区属中度多态（0．25〈PIC〈0．5）,外显子2区属低度多态（PIC〈0．25）．）c2适合性检验表明,两位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0．05）．将莆田黑猪H-FABP基因外显子2的核苷酸序列与GenBank中野猪核苷酸序列进行同源性比对,同源性为100％,而与牦牛、驴、人、大鼠、鸡和斑马鱼的同源性分别为94．0％、92．4％、87．8％、82．4％,77．9％和67．2％．     

雷州黄牛GAD1和GHR基因的多态性分析

利用PCR-RFLP技术分析了61头雷州黄牛的谷氨酸脱羧酶1(GAD1)基因3′端片段和生长激素受体(GHR)基因第10外显子片段的多态性。结果表明,雷州黄牛群体在该2个基因位点均存在核苷酸变异多态性。在GAD1基因3′-UTR区,雷州黄牛的等位基因以B型占绝对优势,基因频率为0.9344,等位基因A的频率为0.0656;基因型频率以BB型占优势,占到牛个体数的87%。等位基因和基因型频率分布态势与国外品种海福特牛和西门塔尔牛相同,基因和基因型频率大小也与海福特牛和西门塔尔牛相近。在GHR基因第10外显子位点,雷州黄牛的等位基因频率与南阳黄牛和利木赞接近,而基因型频率差异较大,雷州黄牛以杂合AB基因型占绝对优势,达到0.95。这可能是取样或基因型影响出栏牛的收购等级,AB基因型牛可能具有较高等级的原因所致。     

大通牦牛生长激素基因和Κ-酪蛋白基因的PCR-RFLP研究

利用PCR-RFLP技术检测了大通牦牛生长激素(growth hormone,GH)基因和Κ-酪蛋白(Κ- casein,Κ-CN)基因部分序列的遗传多态性,结果表明:大通牦牛群体中被检测的两个位点均存在遗传多态 性。GH基因PCR—RFLP位点等位基因A和B的基因频率分别为0．1755和0．8255;(?)-CN基因PCR-RFLP 位点等位基因A和B的基因频率分别为0．1117和0．8 883。GH基因和(?)-CN基因PCR-RFLP位点的基因 型分布均极显著偏离Hardy—Weinberg平衡定理(P<0．01)。大通牦牛群体内平均基因一致度和基因多样度分 别为0．7561和0．2439。     

三个牦牛群体激素敏感脂肪酶（HSL）基因外显子Ⅰ的多态性

 【目的】探究激素敏感脂肪酶（HSL）基因在牦牛内的遗传多态性,为进一步揭示牦牛群体间遗传分化、开展牦牛肉质性状的关联分析以及HSL基因在牦牛物种中的定位、表达调控等研究提供依据。【方法】采用PCR-RFLP方法对九龙牦牛、麦洼牦牛和巴州牦牛共92头牦牛的HSL基因部分外显子I进行SmaI酶切多态性分析;统计基因频率、基因型频率大小,进行卡方（χ2）适合性、独立性检验,并计算纯合度、杂合度、有效等位基因数和多态信息含量等遗传多态参数。【结果】3个牦牛群体在HSL基因外显子I具有SmaI酶切多态性,在该酶切位点存在AA、AB和BB 3种基因型。3个牦牛群体均检测到AA和AB基因型,而BB基因型只在巴州牦牛中检测到。九龙牦牛和麦洼牦牛的AA基因型频率最高,而巴州牦牛AB基因型频率最高;A等位基因频率在3个牦牛群体中均高于B等位基因频率,为优势等位基因。适合性检验表明3个牦牛群体在该酶切位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态;独立性检验表明九龙牦牛与麦洼牦牛、巴州牦牛之间表现为差异显著（0.01＜P＜0.05）和差异极显著（P＜0.01）,而麦洼牦牛与巴州牦牛之间表现为差异不显著（P＞0.05）。测序分析表明,HSL基因外显子I第70位（从PCR产物测序片段的5′端计数）发生了单碱基突变（G→A）,并导致了编码氨基酸由甘氨酸（G）变为精氨酸（R）。【结论】牦牛在HSL基因外显子I内具有SmaI酶切多态性,其多态性是因所分析序列内一单碱基突变（G→A）所致,该碱基转换导致了氨基酸由甘氨酸（G）变为精氨酸（R）;在该酶切位点,九龙牦牛、麦洼牦牛和巴州牦牛均处于Hardy-Weinberg平衡状态。九龙牦牛与麦洼牦牛、巴州牦牛之间表现为差异显著（0.01＜P＜0.05）和差异极显著（P＜0.01）,而麦洼牦牛与巴州牦牛之间表现为差异不显著（P＞0.05）。     

中国荷斯坦奶牛CSN1S2基因第二外显子SSCP多态性与产奶性状的关系

利用PCR-SSCP分子标记技术,研究了中国荷斯坦奶牛sα2-酪蛋白基因(CSN 1S 2基因)第二外显子的多态性,并分析了其与产奶性状之间的相关性。结果表明,中国荷斯坦奶牛CSN 1S 2基因第二外显子存在A和B2个等位基因,有AA、BB和AB 3种基因型,A和B的等位基因频率分别为36.54%和63.46%,AA、BB、AB基因型的频率分别为19.2%,46.1%和34.6%,群体中多态信息含量为0.356 3,达中度多态性,遗传变异较大;CSN 1S 2基因第二外显子对产奶量和乳脂含量没有明显影响,但AA基因型个体乳蛋白含量显著高于BB和AB基因型个体(P<0.05),表明A基因对中国荷斯坦奶牛乳蛋白含量有明显影响。     

圩猪OB基因SNPs检测及其与产仔性能的关系

为探讨圩猪OB基因的单链核苷酸多态性及其与产仔性状之间的关系,本试验采用PCR-SSCP方法检测了70头圩猪OB基因第2、3外显子的遗传多态性.结果表明:1)圩猪群体OB基因外显子2上没有检测到突变,而外显子3所扩增的片段中存在3个突变位点(C3619G、G3620C和G3714T);2)在G3714T突变位点上检测出AA、AB和BB 3种基因型,其频率分别为0.7000、0.2286和0.0714;群体中A的基因频率为0.8143,B的基因频率为0.1857;3)x2检验表明,本研究群体OB基因外显子3的多态位点处于Hardy-Weinberg平衡状态;4)最小二乘分析表明,G3714T位点3种基因型在初产总产仔数、初产产活仔数及经产总产仔数、经产产活仔数性状上差异不显著(P>0.05),但呈现出BB>AB>AA的趋势.     

牦牛CAST基因部分序列的SNPs研究

采用PCR-SSCP技术,设计2对特异性引物分别对牦牛钙蛋白酶抑制蛋白基因部分内含子2、外显子3、部分内含子3和外显子8、内含子8部分序列进行单核苷酸多态性分析.结果表明:在第2内含子存在一段CTTTTTT的缺失,表现出3种基因型,其中AA、AB、BB基因型频率分别为0.7514、0.2265和0.0221,A、B等位基因频率分别为0.8646和0.1354;在第3外显子处发生2个碱基突变,分别是40455bp处G→A和40463bp处A→G的转换,40455bp和40463bp处均表现AA和AB2种基因型,2个位点AA、AB基因型频率均为0.7293、0.2707,A、B等位基因频率均为0.8646、0.1354;在第8内含子85170bp发生了A→G的转换,表现出AA和AB2种基因型,其中,AA、AB基因型频率分别为0.6354、0.3646,A、B基因频率分别为0.8177、0.1823.CAST40400、CAST40455、CAST40463和CAST85170处的遗传杂合度分别为0.2265、0.2707、0.2707和0.2990,多态信息含量分别为0.2067、0.2067、0.2067和0.2537.牦牛在CAST40400处处于Hardy-Weinberg平衡状态,在CAST40455、CAST40463和CAST85170处均处于Hardy-Weinberg不平衡状态.