3种黄檀属木材DNA条形码识别研究

以降香黄檀、交趾黄檀和微凹黄檀木材为研究对象,提取木材DNA并扩增trnL和trnS-trnG序列,比较黄檀属候选DNA条形码序列的扩增和测序成功率,构建系统发育树并评价不同DNA条形码序列的鉴定能力。结果表明：3种黄檀属木材叶绿体编码基因片段trnL和叶绿体基因间隔区trnS-trnG序列的PCR扩增成功率分别为82%和59%,PCR产物克隆测序成功率均为100%。候选DNA条形码序列种间的碱基变异和插入缺失数量均高于种内。基于叶绿体编码基因序列trnL构建的系统进化树能够成功区分3种黄檀属木材。     

5种楠木木材DNA的提取与条形码鉴定

以楠属的闽楠、桢楠、紫楠和润楠属的建润楠、刨花润楠为研究对象,分别采用Qiagen试剂盒法、CTAB法和SDS-CTAB法提取木材总DNA,对比不同DNA提取方法的提取效果,探索适合楠木木材DNA提取的方法,尝试用DNA条形码的手段识别几种木材。结果表明：3种方法均可提取出质量较好的新鲜木材的DNA。其中,试剂盒提取的DNA有少量蛋白残留,CTAB法和SDS-CTAB法提取的DNA总体质量较好,有少量RNA存在,但二者提取效果差异不显著。将楠木木材分别经过30、70 ℃和103 ℃干燥后进行DNA提取,发现干燥后的DNA提取量明显下降,其中103 ℃干燥后仅提取出微量DNA,但仍可以满足PCR扩增的需求。综合来看,CTAB法是楠木木材DNA提取的最优方法。在此基础上,分别对5个树种matK、trnL-trnF、trnL-intron和rpoB的4段DNA条形码序列进行PCR扩增,并对PCR产物进行测序和序列比对分析。4段DNA条形码均不能完全区分5个树种。其中,测序所得5个树种的trnL-intron序列共有5个多态性位点,根据其差异可将楠属和润楠属区分开来,建润楠和刨花润楠也能区分开,但是楠属的3个树种之间不能区分。5个树种的matK序列共有3个多态性位点,可将楠属和润楠属区分,建润楠和刨花润楠也能区分开,但是楠属的3个树种之间不能区分。rpoB和trnL-trnF两段序列的比对结果都显示有2个多态性位点,可以将2个属区分开来,属内种间难以区分。总之,从trnL-intron序列构建的系统发育树来看,几个树种基本可以正确聚类。     

刺猬紫檀HPLC指纹图谱研究

利用反相高效液相色谱法分析了8批刺猬紫檀样品,采用相似度分析软件"中药色谱指纹图谱相似度评价系统(2012版)"计算处理,相似度均在0.9以上;建立了由6个共有特征峰组成的刺猬紫檀指纹图谱,同时对该指纹图谱检测方法进行方法学考察。该方法结果准确、重复性好,所建立的指纹图谱可作为刺猬紫檀的辅助鉴定,鉴定指标客观,鉴定方法简便,为刺猬紫檀的无损真伪鉴别提供了新方法。     

3种木材DNA提取方法比较研究

以微凹黄檀木材标本为研究对象,分别采用BATB法、PTB法和SDS法对微凹黄檀不同部位木材进行DNA提取试验,并扩增DNA条形码序列ITS2、trnH-psbA和matK,分析不同DNA提取方法对微凹黄檀木材DNA提取和DNA条形码序列扩增的影响.结果表明:采用BATB法从微凹黄檀木材心、边材组织中提取的DNA浓度以及DNA条形码扩增效率均要高于其他2种方法,说明BATB法更适合从长期存储木材中提取DNA.     

翅荚木解剖构造特征及DNA条形码识别研究

以翅荚木标本为研究材料,利用显微技术对其宏观构造及微观构造进行观察和分析;并以翅荚木9年生新鲜材作为对照组,对两者的DNA序列进行比对分析,分别对2个木材样品的trnL、rbcL和psbA−trnH 3段DNA序列进行PCR扩增,并对PCR产物进行测序和序列比对。结果表明：翅荚木为散孔材,生长轮明显;单管孔或少数径列复管孔（2～4个）,穿孔板为单穿孔,具多角形互列管间纹孔式,导管−射线间纹孔式同管间纹孔式;射线组织主为异III型,稀异II型。CTAB试剂盒法,能够成功提取满足PCR扩增需求的翅荚木新鲜组织及标本的DNA。2个木材样品的3段DNA序列均能与NCBI系统中翅荚木100%匹配,其中psbA−trnH序列能与其他树种区分开,有较高的分辨率,可作为翅荚木分子鉴定的备选条形码,从3段序列构建的系统发育树来看,几个树种可以被正确聚类。     

6种蟹类DNA条形码鉴定技术研究

[目的]研究蟹类DNA条形码技术。[方法]利用PCR技术对浙江沿海6种常见蟹类(n=34)mt DNA COI基因进行扩增,最终获得688 bp基因片段。[结果]7个红星梭子蟹(Portunus sanguinolentus)样品中检测出5个单倍型,5个锐齿蟳(Charybdis acuta)样品中检测出5个单倍型,锈斑蟳(C.feriatus)、日本蟳(C.japonica)、绵蟹(Dromia dehaani)、三疣梭子蟹(P.trituberculatus)样品中检测出单倍型数分别为3、2、2、1;6种蟹类COI基因T、C、A、G的平均含量分别为25.3%、18.2%、36.2%和20.3%,A+T含量为58.5%64.1%;种内变异较小,遗传距离处于0.0000.004,种间遗传距离为0.1430.235;使用最大似然法构建的分子进化树揭示相同物种个体首先聚类,不存在不同物种个体交叉聚类。[结论]COI-L1490/H2198通用引物在蟹类条形码研究中具有普遍适用性,mt DNA COI基因能够作为6种蟹类有效鉴别的DNA条形码,且区分度高、支持形态学分类结果。     

核桃乳DNA提取方法优化与DNA条形码鉴定

随着乳饮料行业快速发展,掺杂使假现象层出不穷,对核桃乳真实成分的准确鉴定变的尤为重要。核桃乳属深加工食品,DNA破坏严重,DNA提取是开展核桃乳DNA条形码鉴定的首要环节。为优化核桃乳DNA提取方法,并基于psbA-trnH基因DNA条形码建立核桃乳的掺假造假鉴定方法。以10种不同品牌的核桃乳为样品,采用3种方法(静置抽提、异丙醇沉淀、抽真空冻干)进行预处理,再用2种CTAB裂解沉淀方法和3种试剂盒方法(康为新型植物基因组DNA提取试剂盒、爱思进植物基因组DNA提取试剂盒和天根深加工食品DNA提取试剂盒)提取核桃乳DNA,并在此基础上创新尝试了CTAB与爱思进试剂盒结合方法。以提取的市售核桃乳DNA为模板,利用自行设计的特异性基因psbA-trnH-wal鉴定样品中是否含有核桃成分,确定造假情况;选择常见植物候选基因psbA-trnH鉴定样品中是否含有其他成分,确定掺假情况。结果表明,抽真空冻干预处理方法优于其他2种预处理方式。CTAB与爱思进试剂盒结合方法能提取到纯度好、得率高、扩增能力强的核桃乳DNA,是最佳的核桃乳DNA提取方法。扩增及比对结果显示,1款核桃乳样品中含有花生,属于掺假产品。抽真空冻干预处理、CTAB与爱思进试剂盒结合为优化后的核桃乳DNA提取方法,psbA-trnH-wal基因和psbA-trnH基因结合能够对核桃乳及其掺假造假品进行快速准确的鉴定。     

DNA条形码技术在中药材鉴定中的应用

DNA条形码技术是一种新兴的分子鉴定方法,它能弥补传统化学方法和形态学方法鉴定中药材的不足之处。通过查阅文献,在分析DNA条形码技术的原理、发展的基础上,对目前一些热门的DNA条形码候选序列ITS、ITS2、psbA-trnh、rbcL、matK展开讨论,重点分析其在植物类和动物类中药材鉴定中的应用,为中药材的鉴定提供新的思路。     

广东省主要红树林植物DNA条形码评价

为评估DNA条形码对鉴定红树林植物的通用性和有效性,在广东红树林分布区域共计采集红树林植物16科22属23种,共144个样品,并进行DNA条形码测序。结果表明:选择的rbcL、matK和trnH-psbA 3个DNA片段的PCR扩增成功率分别为100%、80.29%±8.49%、99.38%±1.25%。测序成果率最高为rbcL 100%,trnH-psbA次之94.57%±5.06%,matK最低75.04%±6.26%。表明rbcL和trnH-psbA片段在红树林群落中都具有较好的通用性。应用BLAST和NJ Tree两种方法计算红树植物的物种识别率。BLAST结果表明,单片段中trnH-psbA的物种识别率最高,为84.48%±12.09%,rbcL次之,matK最低。NJ Tree分析显示单片段中rbcL的物种识别率最高,为66.65%±17.35%;trnH-psbA片段次之,matK片段最低。两张分析方法都显示多个片段组合使用时,rbcL或trnH-psbA是提高物种平均识别率的主要片段。利用单片段rbcL即可获得平均节点支持率最高的红树植物系统发育树,且能准确区分不同树种。trnH-psbA片段可以识别rbcL片段不能识别的物种,可以作为补充片段。综合比较,推荐rbcL、trnH-psbA作为红树林植物DNA条形码片段。     

识别杜洛克猪个体身份的DNA条形码

为了对杜洛克猪个体身份进行DNA识别,从31对PCR引物中筛选到了8对引物可高效扩增猪基因组片段并获得39个SNP位点,从39个SNP位点中选留杂合度H≥0.1的16个SNP位点,用于编制杜洛克猪个体身份识别的DNA条形码及相应的数字条形码。结果表明,编制的DNA条形码或相应的数字条形码很好地区分了10窝共计68头杜洛克猪个体身份。从这68个样本中,8对引物分离的基因型种类分别是2、10、9、3、3、9、3、3种;理论上这8对引物分离到的这些基因型可有2×10×9×3×3×9×3×3种组合,即可用于131 220头杜洛克猪的个体身份识别。因此,根据筛选的8对引物扩增的16个SNP位点编制的DNA条形码或相应的数字条形码,足以满足规模种猪场杜洛克猪的个体身份识别。     

辽藁本及其混伪品DNA条形码鉴定研究

文章对比分析不同DNA条形码候选序列对辽藁本及其混伪品的鉴定能力。以辽藁本(Ligusticum jeholense Nakai et Kitag)、新疆藁本(Conioselinum vaginatium)及藁本混伪品白芷(Angelica dahurica)、石防风(Peucedanum terebinthaceum)、当归(Radix angelica sinensis)为鉴定材料,提取总DNA,利用4对候选序列(Nr ITS、ITS2、acc D和trn H-psb A)分别进行PCR扩增,产物进行双向测序。得到的序列采用Codon Code Aligner V2.06进行拼接,Clustal X2.1进行多序列比对,MEGA 5.0计算K-2-P距离,构建系统发育NJ树。结果表明,Nr ITS和ITS2序列能够鉴别辽藁本与新疆藁本及其他混伪品。     

DNA条形码在水生动物物种鉴定中的应用

水生动物是一类主要生活于水中的动物类群,其具有种类多样、分布广泛、复杂难辨等特点,但是对于水产动物的物种鉴定长期以来一直困扰着相关方面的专家和学者.随着DNA条形码技术的提出,其已被成功地应用于水生动物的物种鉴定.整理总结了国内外使用DNA条形码在水生动物物种鉴定中的应用.     

中国储粮害虫DNA条形码鉴定系统研究

为一步提升我国储粮害虫快速、准确鉴定能力,采用微软产品技术解决方案,应用SQL SERVER 2008数据库和C#编程语言,研制了中国储粮害虫DNA条形码鉴定系统(Grain Pests DNA Barcode Identification System,GPDBIS)。GPDBIS收集了我国将近40种储粮昆虫及仓储螨类的基础信息和mtDNACOⅠ条形码信息,提供了基于DNA条形码的相似度比对鉴定功能和系统发育树分析鉴定功能、基础信息查询及管理功能。GPDBIS初步应用效果显示,该系统界面友好、功能稳定,能够实现我国常见储粮害虫的快速、准确鉴定。     

鳅科鱼类DNA条形码鉴定及系统进化研究

【目的】为了探讨线粒体COI基因作为DNA条形码在鳅科鱼类物种鉴定中的有效性及在系统进化关系分析中的适用性,对鳅科鱼类3亚科18属61种共358条线粒体COI基因序列进行了分析。【结果】61种鳅科鱼类的种内和种间的平均遗传距离分别为0.010和0.162,种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的16.2倍。鳅科鱼类遗传距离在种内、种间重叠较少,能形成一定的DNA条形码间隙。ABGD分类把61个物种划分为66个OTUs,OTUs的划分与距离法基本一致。系统聚类中,有6组鱼类物种个体间相互混杂,不能按各自的物种聚类,有4个物种分化成明显的两支,46个物种能按各自的形态学分类分别聚成单支。南鳅属、花鳅属、似鳞头鳅属、瘦身鳅属和泥鳅属中部分物种没有按其形态学分类的属聚在一起。沙鳅亚科能形成单系,但条鳅亚科和花鳅亚科不能形成单系。在研究中,COI条形码可以鉴定鳅科鱼类75.41%的物种,另外,COI条形码也能够明确大多鳅科鱼类属和亚科的分类地位,研究结果可为鳅科鱼类的物种鉴定和系统分类提供参考。     

基于DNA条形码的桑黄真菌分子鉴定

DNA条形码(DNA barcoding)技术是一种利用生物基因组内短遗传标签进行分类鉴定的方法。桑黄自古以来是一种名贵中药材,而市售桑黄主要依托简单的形态鉴定造成混淆众多。近年来大量研究表明,桑黄类真菌种类至少有7个种,并且其药效也不尽相同。【目的】为更准确、高效对桑黄类真菌进行鉴定,本研究以采集自西藏、吉林和浙江的3种桑黄子实体为材料,筛选最佳DNA条形码与相应PCR条件。【方法】利用组织分离获得3种桑黄纯培养菌株,分别编号为1713、1714和HS菌株。利用ITS、NL、rpb1、rpb2和ef1-α等7组DNA条形码分别对3种桑黄进行PCR扩增、测序、比对和发育树分析,并结合形态学特征,确定其最适DNA条形码和分类学地位。【结果】结果表明,ITS和NL条形码对3种桑黄均能够获得单一目的条带;rpb1Y、rpb2B和rpb2Y条形码特异性低,扩增后获得多个条带;而rpb1B和ef1-α条形码均无法获得条带。通过多序列比对,结合形态分析,确定1713菌株为桑黄纤孔菌(Inonotus sanghuang),而1714和HS菌株均为鲍姆纤孔菌(Inonotus baumii)。【结论】本研究确定ITS和NL为桑黄分子鉴定的最佳DNA条形码,其PCR最适退火温度范围分别为58～59℃和49～50℃,为桑黄真菌快速鉴定提供参考依据。     

DNA条形码技术在病原真菌分类鉴定中的应用

病原真菌是一种具有致病性的真菌,对植物有极大的危害。DNA条形码技术是通过对足够变异、短、能够作为标准目的基因的DNA序列进行分析,并进一步对未知物种进行快速、高效地分类和鉴定或者发现新物种的一项新技术。在介绍DNA条形码技术概况的基础上,对DNA条形码技术在病原真菌分类鉴定中的应用前景进行展望,以推进我国病原真菌DNA条形码在相关研究和应用领域的发展。     

苔藓植物DNA条形码的研究进展

[目的]概述DNA条形码在苔藓植物中的研究进展,为将该技术更广泛地用于苔藓植物研究提供参考。[方法]结合DNA条形码技术的发展及其在动、植物研究中的应用,概述了该技术在苔藓植物研究中的现状及研究进展,并呼吁建立专门的机构对苔藓植物进行系统的DNA条形码研究策略,加快苔藓植物的研究。[结果]DNA条形码技术已在动植物研究中得到了广泛的应用,在植物研究中尚未获得理想的被广泛认同的DNA条形码。但研究发现,各种候选片段为苔藓植物分子生物学的发展提供了便利的检测手段。随着该技术的逐步发展完善,其将会在苔藓植物的科学研究中发挥越来越大的作用。[结论]DNA条形码技术是近年来生物学研究的热点,该技术在生命科学、法医学、流行病学、医药及食品质量控制等领域均具有广泛的应用前景,其将极大地促进人类监测、了解以及利用生物多样性的能力。该研究为DNA条形码技术在苔藓植物研究中的应用提供了参考。     

玫瑰、蔷薇、月季的DNA条形码鉴定

选用DNA条形码中常用的matK基因序列对玫瑰、蔷薇、月季等易混的植物进行分子鉴定.从GenBank获得10条序列,以缫丝花、金樱子为外类群,用最大简约法获得系统发育树.由进化树可见,4个蔷薇个体聚为一支,月季和蔷薇聚为一支,2个玫瑰个体聚为一支,形成单系类群.研究推测玫瑰类群在历史进化过程中较早地从祖先种中独立出来,相对于蔷薇、月季为原始类群;而3个物种中蔷薇为最近演化,是最为进化的类群.matk基因序列能够提供足够的变异位点用于玫瑰、蔷薇、月季等易混植物的准确鉴定.     

濒危兰科植物DNA条形码鉴定体系的建立与优化

通过设计濒危兰科植物DNA条形码ITS,matK和psbA-trnH序列的通用引物并对其PCR反应体系进行优化,对16种有代表性的濒危兰科植物进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增和测序效率。结果表明:ITS,matK和psbA-trnH序列引物对濒危兰科植物的扩增和测序成功率均较高,PCR反应的最佳退火温度分别为ITS 54℃,matK和psbA-trnH 50℃。在上述反应体系和条件下获得的目的条带清晰、明亮,可作为鉴别濒危兰科植物物种的DNA条形码组合。     

DNA条形码技术在海马物种鉴定中的应用分析

海马具有重要的药用和观赏价值,但因其可供鉴定的形态特征较少,应用形态学对海马进行种水平的鉴定时经常会遇到很多困难。DNA条形码技术为海马物种鉴定提供了重要的鉴定方法。通过检索生命条形码数据库（BOLD）和GenBank数据库中海马的DNA条形码信息,应用MEGA软件计算海马种间遗传距离,分析DNA条形码在海马物种鉴定中的应用效果。结果表明,COI基因条码可以有效鉴别大部分种以上阶元的海马,但对亲缘关系较近的海马难以获得准确的鉴定结果。还有一些海马尚无相关的基因信息,也无法通过基因条形码进行鉴别。因此,应用DNA条形码鉴定海马物种尚有一定的局限性。