塔里木裂腹鱼群体遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP技术对喀拉喀什河、塔什库尔干河、阿克苏河多浪渠首、木扎提河4个群体共80尾塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi Günther)个体进行了遗传多样性分析。6对选择性扩增引物共扩增得到212个位点,其中多态性位点141个,多态位点比例为66.51%。4个群体的Shannon多样性指数(I)为0.316 9-0.544 3,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.213 9-0.376 2,群体间的遗传距离为0.078 1-0.250 2。塔什库尔干河群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和Nei’s遗传多样性指数均高于其它三个群体。AMOVA分析结果显示,群体总遗传变异85.17%来自群体内差异,而14.83%来自群体间差异,表明塔里木裂腹鱼遗传变异主要来源于群体内个体间,但群体间已存在一定程度的遗传分化。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示,多浪渠首群体和木扎提河群体首先聚类,然后依次与塔什库尔干河群体、喀拉喀什河群体聚类,这一方面与地理位置有关,另一方面与河流的自然环境有关。     

基于线粒体控制区序列的塔里木裂腹鱼遗传多样性及种群分化分析

为了解塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi)种群遗传多样性和遗传结构,本研究分析了库玛拉克河(KMLK)、木扎提河(MZT)、塔什库尔干河(TSKEG)、喀拉喀什河(KLKS)、玉龙喀什河(YLKS)、克孜勒苏河(KZLS)、车尔臣河(CEC)7个群体共143个线粒体控制区序列变异个体,获得了39个单倍型。其中,CEC群体与其他群体间遗传分化显著,无共享单倍性。群体间遗传差异的分子变异分析表明,在所有群体中大多数的变异来源于群体间;而排除CEC群体后,大多数变异则来源于群体内(81.01%),群体间的遗传变异小(16.68%)。塔里木裂腹鱼不同群体间的基因流(Nm)为0.0464~18.2786,CEC与其余群体间的基因流均小于1。贝叶斯法(BI)构建BI树和单倍型网络图结构一致,塔里木裂腹鱼形成了2个分支。2个分支的最近共同祖先约在2.7 Ma前。单倍型间的歧点分布具有明确的双峰,表明2.7 Ma前罗布泊的干枯或盐化事件使2个分支间产生了地理隔离,后因塔里木盆地冷湿气候的影响罗布泊水面恢复,现今的分布是先前分化居群的二次联系。种群结构分析结果均支持塔里木裂腹鱼已分化出2个明显分化的地理种群的观点,即塔里木河(TLM)种群和CEC种群。TLM种群具有较高的单倍型多态性(0.939±0.008)和核苷酸多态性(0.0125±0.0017),而CEC种群的单倍型多态性高(H)(0.903±0.025),核苷酸多态性低(Pi)(0.0051±0.0012)。建议对以上2个种群分开管理,TLM种群为优先保护单元。     

扁吻鱼和塔里木裂腹鱼线粒体COI基因片段的比较研究

对扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps)和塔里木裂腹鱼(Schizothoraxbiddulphi)细胞色素c氧化酶亚基(COI)基因片段进行扩增。通过序列测定得到624bp的基因片段,无碱基的插入和缺失,A、T、G、C碱基中G含量最低,A+T含量高于G+C含量,与其它鱼类COI基因片段研究结果相一致。2个种间共检测到38处核苷酸替换,其中35处碱基转换,3处碱基颠换,蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是密码子第3位点上的同义替换。在编码的208个氨基酸中,仅发生2处氨基酸替代,替代率为0.96%。采用Kimura-2法计算种间平均遗传距离为0.06,以鲤作外群构建NJ系统树,扁吻鱼和塔里木裂腹鱼亲缘关系较近,而与新疆裸重唇鱼、斑重唇鱼亲缘关系较远。     

扁吻鱼和塔里木裂腹鱼线粒体ＣＯＩ基因片段的比较研究

对扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps)和塔里木裂腹鱼(Schizothoraxbiddulphi)细胞色素c氧化酶亚基(COI)基因片段进行扩增。通过序列测定得到624bp的基因片段,无碱基的插入和缺失,A、T、G、C碱基中G含量最低,A+T含量高于G+C含量,与其它鱼类COI基因片段研究结果相一致。2个种间共检测到38处核苷酸替换,其中35处碱基转换,3处碱基颠换,蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是密码子第3位点上的同义替换。在编码的208个氨基酸中,仅发生2处氨基酸替代,替代率为0.96%。采用Kimura-2法计算种间平均遗传距离为0.06,以鲤作外群构建NJ系统树,扁吻鱼和塔里木裂腹鱼亲缘关系较近,而与新疆裸重唇鱼、斑重唇鱼亲缘关系较远。     

齐口裂腹鱼基于Cyt b基因序列多态性研究

采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序方法获得了齐口裂腹鱼玛柯河和大渡河2个种群25个个体线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cyt b)基因的全序列(1140 bp),分析了种群遗传多样性和遗传结构.25个序列经比对后,发现12个(1.05%)多态性位点,共定义了8个单倍型,其中有一个单倍型(hp2)为2个种群所共享.遗传多样性分析结果表明,齐口裂腹鱼玛柯河种群的单倍型多样度(h =0.5606±0.1540)和核苷酸多样度(π =0.0007±0.0005)均明显偏低,这可能与近年来自然环境的恶化及人为活动的影响有关.系统发育分析和AMOVA分析结果综合表明,齐口裂腹鱼玛柯河种群与大渡河种群的基因交流受到一定程度的限制,自然种群出现明显的分化现象.     

基于线粒体D-loop区与COI基因序列比较分析养殖与野生银鲳群体遗传多样性

运用线粒体D-loop区与COI基因片段序列比较分析了养殖与野生银鲳群体的遗传多样性。研究结果显示,线粒体D-loop区片段中,A、T、C与G4种核苷酸的平均含量分别为40.00%、30.55%、16.75%和12.70%,A+T的含量为70.55%,明显高于G+C的含量。COI基因片段中,A、T、C和G的平均含量分别为25.85%、33.90%、21.30%和18.85%,A+T的含量(59.75%)同样高于G+C的含量。基于D-loop序列分析所得出的两群体总的变异位点、单倍型数、单倍型多样性、核苷酸多样性及平均核苷酸差异数分别为19、15、0.895、0.007和2.505。基于COI基因所得出的两群体总的变异位点、单倍型数、单倍型多样性、核苷酸多样性及平均核苷酸差异数分别为33、17、0.713、0.004和2.239。基于线粒体D-loop区与COI基因片段序列的研究结果均显示,养殖银鲳群体的遗传多样性低于野生群体的遗传多样性。养殖群体基于线粒体D-loop区与COI基因片段分析得出的单倍型多样性分别为0.562与0.571,野生群体基于线粒体D-loop区与COI基因片段分析得出的单倍型多样性分别...     

塔里木裂腹鱼胚胎和仔鱼发育的初步观察

2005年4月,首次利用阿克苏河自然成熟的塔里木裂腹鱼,进行人工授精和孵化试验。初步观测,塔里木裂腹鱼成熟卵微粘性,卵径1.7~1.8 mm。在水温14~19℃,多数受精卵经101 h 55 m in后孵化出苗。初孵仔鱼全长7~8 mm,体节41~44对。6 d后卵黄囊基本被吸收,可平游,并开口摄食。     

伊犁河流域不同群体伊犁裂腹鱼遗传差异分析

伊犁裂腹鱼（Schizothorax pseudaksaiensis）仅分布于新疆伊犁河流域,是该流域典型的土著种和生态敏感种。近年来,过度捕捞及水利工程开发使栖息地环境改变,种群数量急剧减少。本研究分析了伊犁河流域4个采样点共计54尾伊犁裂腹鱼线粒体DNA细胞色素b基因（长度为1109bp）的序列,探讨了伊犁裂腹鱼遗传结构及其影响因素。54尾个体共定义了16种单倍型,其中雅玛渡采样点群体（YJ）享有单倍型的数量最多,而恰普其海水库群体（YQ）享有单倍型的数量最少。单倍型分子系统树和中介网络图均分为两支,不同群体间单倍型交叉出现。平均遗传距离表明,4个伊犁裂腹鱼群体的遗传分化为种内个体间差异,尚未达到亚种水平。伊犁裂腹鱼单倍型分布的分化可能与大坝的阻隔效应有关。建议对两个类群伊犁裂腹鱼采取不同的管理策略加以保护。     

阿克苏河塔里木裂腹鱼生物学初步研究

采用常规生物学方法,对阿克苏河塔里木裂腹鱼的形态特征、体长与体重关系、肥满度、食性、繁殖等个体生物学特征进行了观测研究.结果表明,塔里木裂腹鱼体长与体重的相关表达式为:W=0.020L2.8886(r=0.992);杂食性,喜食水生昆虫.在体长30m以内,随着体长的增加,肥满度逐渐降低.V期时绝对怀卵量平均为3 784粒,相对怀卵量平均为23粒/g.成熟卵卵径为1.51～1.83 mm.种群性比(♀:♂)为1.0:1.4;繁殖群体性比(♀:♂)为1.0:1.5.雄性最小性成熟个体体长77mm、体重7.0 g;雌性最小性成熟个体体长133 mm、体重36.0g.每年4～5月,当水温达到12℃时.开始溯河繁殖.     

基于ND4和ND5基因序列研究八种臂尾轮虫的系统关系和分类地位

通过对尾突臂尾轮虫、裂足臂尾轮虫、剪形臂尾轮虫、方形臂尾轮虫、红臂尾轮虫、镰形臂尾轮虫、矩形臂尾轮虫和十指臂尾轮虫8种臂尾轮虫的ND4和ND5基因序列进行扩增、测序,结合Gen Bank数据库中的褶皱臂尾轮虫、萼花臂尾轮虫、转轮虫和旋轮虫的ND4和ND5基因序列,使用MEGA6.0软件构建这12种轮虫系统发生树(NJ树、ME树、UPGMA树),探讨了8种臂尾轮虫之间的系统关系。结果显示,本研究所涉及的轮虫ND4和ND5基因序列差异百分比均值为40.3%,可作为分子标记应用于轮虫属内种间系统关系研究;系统树所显示亲缘关系与形态学研究基本一致,均支持将十指臂尾轮虫、裂足臂尾轮虫归入臂尾轮属。     

乌鳢群体遗传多样性和遗传结构分析

为了解乌鳢群体遗传变异规律,本研究对8个群体共212个个体的mtDNA控制区全序列进行群体遗传多样性、遗传结构和群体历史动态分析。结果显示,乌鳢控制区全序列长度为907 bp,乌鳢群体单倍型多样性水平变化较大,中国黄河及以北的乌鳢群体单倍型多样性水平比淮河和长江等南方群体相对较低,所有群体表现出较低的核苷酸多样性水平(h0.5%)。基于单倍型构建的系统发育树和群体聚类树结果均未显示出与地理位置相对应的谱系结构。单倍型网络图显示存在多个主单倍型。遗传结构分析显示,不同水系间存在显著的遗传差异,相同水系间遗传差异较小。群体历史动态分析显示,中国乌鳢所有群体有效种群数量在中更新世晚期到晚更新世0.222—0.050百万年出现了一次较明显的快速增长,之后在晚更新世末次冰期0.050—0.010百万年出现了有效种群下降,伴随着全新世到来,在0.010百万年之后,乌鳢群体又发生了一次较小的有效种群增长。洞庭湖群体则发生一次有效种群的快速增长,增长时间大约在0.160百万年。研究表明,青藏高原隆起后,东亚季风在中国南北方气候的差异和秦岭山脉屏障对季风的阻断作用加大了这一差异,可能对乌鳢群体的遗传多样度差异造成一定影响。乌鳢群体不存在显著的谱系结构可能与乌鳢遗传分化时间较短有关,但是地理隔离等因素导致了不同水系间确切的遗传差异。第四纪更新世气候的波动,尤其是中更新世间冰期气候的转暖、末次盛冰期的降温和冰后期全新世的到来可能对乌鳢群体的数量和栖息地的扩缩起着重要影响。     

中国近海路氏双髻鲨群体线粒体DNA控制区序列比较分析

采用线粒体DNA控制区序列比较分析了路氏双髻鲨日照和霞浦群体的遗传结构及遗传多样性现状。研究结果显示:在长度为548 bp的mtDNA控制区序列上,34尾路氏双髻鲨个体仅检测到5个单倍型,两群体均呈现出较低的遗传多样性水平,日照群体的单倍型多样度(h)、核苷酸多样度(π)以及两两序列比较的平均碱基差异数(p)(h=0.6000±0.1305;π=0.0046±0.0031;p=2.5333±1.4856)略高于霞浦群体(h=0.5109±0.0955;π=0.0024±0.0017;p=1.2899±0.8373);邻接关系树显示,5个单倍型明显分为两支,净遗传距离为0.016;群体遗传分化指数为Fst=-0.047(P=0.914),表明两群体之间不存在显著差异,确切P检验结果也表明两群体存在随机交配现象(P=0.731);核苷酸不配对分布呈双峰类型,其中一个峰对应类群内序列差异,另外一个峰对应两个类群序列间差异。研究表明,路氏双髻鲨较小的有效群体导致了较低的遗传多样性,其资源状况已不容乐观。     

青鱼线粒体ND4L的SNP筛选及在两种体色群体中的分布

为了分析青鱼线粒体蛋白编码基因与体色性状的相关性,从而筛选出与体色相关的SNP分子标记。本研究选取了5尾广东佛山灰色青鱼和5尾扬州邗江正常体色黑色青鱼群体的皮肤组织,通过qPCR检测13个线粒体蛋白质编码基因在两种颜色群体皮肤组织中的表达量,并进行显著性分析。对表达差异最明显的蛋白编码基因CDS区序列设计引物,并选取78尾佛山灰色青鱼样本和92尾邗江黑色青鱼样本进行测序,根据测序峰图筛选出SNP位点。结果发现：13个线粒体蛋白质编码基因中COII基因表达量最高,ND5基因表达量最低,ND4L基因在两种体色青鱼中的表达差异最为明显。在对170尾青鱼样本的线粒体ND4L基因上共检测到了2个SNP位点,位于编码区,且都为同义突变。卡方检验表明,252bp(C/T)处的SNP位点在两种体色青鱼群体中的等位基因频率和基因型频率都有极显著的差异(p＜0.01),243bp(A/G)处的SNP位点在两种体色青鱼群体中的等位基因频率和基因型频率差异不显著(p＞0.05),因此线粒体ND4L基因中的SNP位点C252T与青鱼体色显著相关。本研究中成功找到一个与青鱼体色相关的SNP分子标记,可以在青鱼的养殖和育种中提供理论分子层面的指导和帮助。     

广东与江西翘嘴鳜养殖与天然种群的遗传多态性分析

对翘嘴鳜4个人工繁殖群体［江西南昌国家级翘嘴鳜原种场(1个群体)、广东南海人工繁殖群体(2个群体)、广东惠州人工繁殖群体(1个群体)］及2个天然群体(江西鄱阳湖养1个月;江西鄱阳湖养2~3 d)共60尾的线粒体控制区（D-loop）核苷酸序列进行扩增后测序和遗传多态性分析。采用特异性引物对翘嘴鳜基因组进行PCR扩增,得到翘嘴鳜线粒体DNA控制区基因的全序列(833 bp)。分析得到的D-loop区碱基序列中60个个体共检测到65个变异位点,其中43个是单一变异位点,22个为简约信息位点。60个个体共检测出22个单倍型。分析结果表明,江西两个天然群体基因交流充分,未出现遗传分化,但相对江西省翘嘴鳜原种,广东省翘嘴鳜养殖种群多态性偏低。因此,广东省从其他省鳜鱼原种场引进翘嘴鳜原种是非常有必要的,这对我国集约化主产区广东省的鳜鱼产业向高效、优质的方向持续健康发展具有重要意义。     

用微卫星标记分析不同形态变异类型日本囊对虾的遗传多样性

选用9个多态性微卫星分子标记,分析我国近海浙江舟山(ZS)、福建厦门(XM)、广东惠来(HLQ及HLB)、海南陵水(LS)及广西北海(BH)日本囊对虾6个群体2种形态变异类型群体间的遗传变异,探讨了日本囊对虾的种质资源状况。结果显示,9个位点在6个日本囊对虾群体中均为高度多态(PIC>0.5),共检测出235个等位基因;6个群体平均等位基因数在13.2～17.7;PIC平均值在0.851 2～0.903 5;平均观测杂合度(Ho)在0.729 6～0.788 9,平均期望杂合度(He)在0.880 5～0.925 1;表明群体遗传多样性水平较高。Hardy-Weinberg平衡检测显示,6个群体普遍存在杂合子缺失现象。分子变异方差分析(AMOVA)结果表明,遗传变异6.94%来自群体间,93.06%来自群体内。由ZS、XM和HLQ群体组成的形态变异类型Ⅰ与由HLB、LS和BH群体组成的形态变异类型Ⅱ之间的Fst均大于0.05,发生了中等程度的遗传分化;相同形态变异类型各群体间的Fst均小于0.05,遗传分化不明显。日本囊对虾群体间的遗传距离(DA)为0.178 5～0.621 8;UPGMA聚类分析表明,聚类关系符合距离隔离模式,BH群体和LS群体遗传距离最小,亲缘关系最近,它们首先聚在一起,然后与HLB群体聚为一支;XM群体和HLQ群体先聚在一起,再与ZS群体聚为另一支。     

基于12SrRNA和ND3基因序列分析巨[鱼丕]遗传多样性及系统进化

为从分子水平研究巨[鱼丕](Bagarius yarrelli Sykes)的遗传多样性和系统进化关系,本实验对采集于怒江、澜沧江、元江3河流5种群中的60个个体进行12S rRNA和ND3基因序列的PCR扩增,同时与红河河口群体12个个体的12S rRNA和ND3基因序列进行比对分析,采用Mega5.02软件对碱基组成、Kimura-2 parameter遗传距离、可变位点等进行分析。应用DnaSP软件进行遗传多样性相关参数的计算。结果显示:12S rRNA和ND3基因序列长度分别为954 bp和346 bp(349 bp),分别定义了51个单倍型和42个单倍型,12S rRNA和ND3序列中的碱基平均含量分别为:T为20.8%、C为25.7%、A为32.1%、G为21.4%和T为29.5%、C为28.2%、A为28.1%、G为14.1%,表现出明显的A+T偏倚性;6个群体的群体内和群体间的遗传距离分别为0.003~0.284(12S rRNA),0.009~0.059(ND3)和0.004~1.062(12S rRNA),0.008~0.143(ND3);12S rRNA基因的51个单倍型和ND3基因的42个单倍型序列总的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)及核苷酸平均差异数(K)分别为0.972和0.937、0.035和0.079、31.414和27.176,均显示出丰富的遗传多样性。结合从GenBank中下载的12S rRNA和ND3基因同源序列的[鱼丕]科9属10种鱼类进行系统发育树的构建,结果表明巨[鱼丕]独自汇聚成一大单系群,怒江潞江坝群体、怒江三江口群体及澜沧江临沧群体间关系较近,澜沧江景洪群体可单独构成一个单系种群,红河河口群体、红河曼耗群体与其它巨[鱼丕]构成一单系种群后再同澜沧江景洪群体汇聚成一支。