BmNPV—ZJ iap基因的克隆、序列分析及其对哺乳动物细胞NF-κB的调节作用研究

利用PCR法克隆得到家蚕核型多角体病毒镇江株(BmNPV-ZJ）的iap 1基因。序列同源分析表明：BmNPV-ZJ的iap 1全长为858bp，与BmNPV-T3株的碱基同源性为96％，与BmNPV-T3株相比少了一段编码7个氨基酸的区域，该缺失区域的两侧有着独特的结构：缺失区的5’侧为连续编码7个天冬氨酸的序列；缺失区的3’侧为连续编码3个天冬氨酸的序列。NCBI的DART（Domain Architecture Retrieval Tool)功能域搜索表明；BmNPV-ZJ的iap 1含有2个杆状病毒BIR功能域，但不含RING区域。BmNPV的iap是否具有抗凋亡作用迄今尚未见报道。利用以NF-κB为探针的凝胶阻滞分析表明，BmNPV-ZJ的iap 1转染鼠的pc12细胞，可逆转肿瘤坏死因子TNFα处理pc12细胞引起的核因子-κB(NF-κB)的激活。BmNPV-ZJ的iap 1对NF-κB的作用途径及作用方式，以及其对哺乳动物细胞的细胞凋亡相关作用的研究正在进行之中。     

家蚕核型多角体病毒IE-1基因启动子的克隆和序列分析

利用ＰＣＲ方法扩增了家蚕核型多角体病毒苏州株（ＢｍＮＰＶｓｕ）的ＩＥ－１启动子全序列并进行克隆和序列分析，结果表明ＢｍＮＰＶｓｕ的ＢｍＮＰＶｓｕ启动子符合真核生物启动子特点，在其序列中有典型的增强子类似元件、加帽位点、ＴＡＴＡ盒等基序。与ＧｅｎＢａｎｋ报道的其它几种ＮＰＶ病毒基因组中的ＩＥ－１启动子序列进行同源性分析表明ＢｍＮＰＶｓｕ与ＩＥ－１（家蚕核型多角体病毒Ｔ_３株）、ＡｃＭＮＰＶ（首蓿尺蠖核型多角体病毒）、ＯｐＭＮＰＶ（黄衫毒蛾核型多角体病毒）、ＬｄＮＰＶ（舞毒蛾核型多角体病毒）的同源性分别为９９．５％、９６．４％、６６．２％和５０．２％。根据各ＮＰＶ基因组中ＩＥ－１启动子序列分析了几种ＮＰＶ的进化关系。     

PHA复方制剂对鸡体内NF-κB的调节作用研究

为了探讨植物血凝素(PHA)复方制剂对鸡免疫调节的作用与核因子-κB(NF-κB)的关系,试验联合应用La Sota疫苗,在不同免疫时期,采用RT-PCR法对胸腺、脾脏、法氏囊中NF-κB mR-NA的表达进行测定,采用ELISA法测定血清中NF-κB的浓度变化。结果表明:在不同免疫时期,适当剂量的PHA复方制剂有上调胸腺中NF-κB mRNA表达、降低脾脏和法氏囊中NF-κB mRNA表达的作用;在外周血中,PHA复方制剂有降低NF-κB浓度的作用。说明PHA复方制剂的作用机理与调节NF-κB有关,在不同免疫阶段及免疫脏器中作用趋势不同。     

ie-1和lef-1基因dsRNA表达元件转染及转化细胞对家蚕核型多角体病毒增殖的抑制

通过RNAi介导可以抑制病毒增殖,将相应的RNAi元件通过转基因转入宿主有可能使宿主对病毒产生一定的抗性。根据家蚕核型多角体病毒(BmNPV)基因组中的病毒复制必需基因ie-1、lef-1设计相应的RNA干扰区段,并构建相应的转基因载体转入家蚕BmN细胞中,瞬时表达结果显示转染了转基因RNAi载体的BmN细胞均对BmNPV有一定的抑制作用。IE dsRNA在病毒滴度为10-4时有抑制作用,在病毒滴度为10-5时有比较好的作用;LEF dsRNA则在病毒滴度为10-5时有抑制作用,在病毒滴度为10-6时有较好的抑制作用。通过转基因及G418筛选后,转基因IE dsRNA细胞在病毒滴度为10-4显示出一定的抑制作用,在病毒滴度为10-5表现了明显的抑制作用;而转基因LEF dsRNA细胞在病毒滴度为10-5有一定的抑制作用,但只维持了一个时段。     

家蚕质型多角体病毒(苏州株)S10片段的cDNA克隆及序列分析

为了探讨质型多角体病毒基因的遗传与变异,通过RT-PCR从家蚕(Bombyx mori)质型多角体病毒(Cytoplasmic Polyhedrosis Virus,CPV)苏州株(BmCPV-suzhou)的dsRNA中成功克隆了S10片段。该片段cDNA含有一个744bp的完整开放阅读框(ORF),编码由248个氨基酸残基组成的多角体蛋白,其分子量为28.46kD,等电点为7.12。比较不同宿主来源的CPV多角体蛋白基因氨基酸序列发现,同型CPV多角体蛋白基因高度相似,而不同型的CPV多角体蛋白之间几乎没有同源性;基于质型多角体蛋白基因的核苷酸序列和氨基酸序列的系统进化分析表明,BmCPV的不同株系与舞毒蛾(Lymantria dispar)CPV(LdCPV)和马尾松毛虫(Dendrolimus punctatus)CPV(DpCPV)聚为一类,表明三种CPV的亲缘关系较近。研究结果为深入探讨质型多角体病毒的变异与分子进化提供了新的参考。     

基于RNA-Seq技术分析非致病细胞病变BVDV感染牛单核细胞对NF-κB信号通路的影响

非致细胞病变(NCP)牛病毒性腹泻病毒(BVDV)可引起持续的潜伏感染和免疫抑制,但是具体的感染机制尚不清楚。采用RNA测序(RNA-seq)技术,以NCP BVDV感染牛单核细胞2h和24h的细胞为样本分别提取总RNA,并采用HiSeqTM2500高通量测序技术进行转录组测序,对获得的有效序列进行功能注释及相关生物信息学分析。结果显示,在感染2h后,筛选出差异表达基因9959个,其中4968基因表达上调;在感染24h后,筛选出差异表达基因7977个,其中4184的基因表达上调;进一步分析NF-κB信号通路的变化,结果显示,在感染后2h,与免疫反应或抗病毒活性相关的基因表达显著增加,到感染24h表达水平显著下降。变化显著的基因均与炎症、免疫、自噬和凋亡密切相关。研究建立的牛外周血单核细胞感染BVDV后差异表达基因数据库,丰富了BVDV与宿主之间的相互关系,为BVDV持续感染机制的研究奠定基础。     

多角体蛋白基因核苷酸序列对HBsAg(PreS2+S)在家蚕中表达的作用

应用PCR突变的方法 ,在乙肝病毒表面抗原 (HBsAg)前S2序列的 5’端融合了BmNPV多角体蛋白基因5’端的 12个碱基 ,获得了融合乙肝表面抗原中蛋白基因 (HBMp) ;通过同源重组将其插入到BmNPV基因组多角体启动子后 ,构建了重组杆状病毒BmPAK HBMp。用重组病毒BmPAK HBMp和BmPAK HBM(带有非融合乙肝表面抗原中蛋白基因 )感染家蚕细胞及蛹 ,对两种病毒的表达产物用ELISA进行了跟踪检测 ,结果表明融合蛋白比非融合蛋白HBsAg活性提高了 6 0 %～ 80 % ,作为HBsAg构成部分的PreS2抗原性提高了 8～ 10倍 ;并且HBsAg和PreS2 Ag表达的时相曲线不同 ,PreS2 Ag的表达量比HBsAg早 1～ 2d达到最大值。ELISA检测和Westernblotting分析表明 ,多角体基因序列的存在更有利于中蛋白全基因 (PreS2 +S)的表达。     

家蚕核型多角体病毒碱性磷酸酶基因(alk-exo)与杆状病毒的分子进化分析

基于为杆状病毒分类提供新的依据,克隆了家蚕核型多角体病毒苏州株(BmNPV-SU)碱性核酸酶基因(alk-exo)及其侧翼区,并进行序列和进化分析。BLAST检索显示,BmNPV-SUalk-exo上游的部分ORF109序列仅在AcNPV、RoNPV中检索到同源序列;下游区域在AcNPV、RoNPV、SlNPV的基因组中检索到同源序列。序列分析表明,BmNPV-SU的alk-exo基因编码420个氨基酸残基,下游区域存在2个正向的重复。比对结果分析显示,在22种杆状病毒中,alk-exo基因间核苷酸序列和氨基酸序列的同源性不高,变异较大。同时,利用MEGA软件包中的UMEGA算法建立了基于alk-exo基因的分子进化系统树,表明通过杆状病毒的进化可以反映宿主昆虫的进化,杆状病毒与其宿主昆虫之间存在共进化关系。     

伪狂犬病病毒(PRV)感染小鼠三叉神经节对NF-κB信号通路的影响及其调控炎症因子分泌

为了探究伪狂犬病病毒(PRV)感染小鼠三叉神经节对NF-κB信号通路的影响及其调控炎症因子分泌的情况,本试验用10⁵ TCID₅₀ PRV滴鼻感染小鼠后使用实时荧光定量PCR(q-PCR)检测不同时间段MyD88、TRIF、NF-κB p65、IL-1β、IL-6和TNF-α基因的转录情况,Western blot检测不同时间段MyD88、TRIF、IκBα、NF-κB p65、p-IκBα和NF-κB p-p65的表达情况,ELISA检测不同时间段IL-1β、IL-6和TNF-α的表达情况。结果显示,PRV感染小鼠三叉神经节后在早期会下调MyD88、TRIF和NF-κB p65基因mRNA转录(P<0.01),晚期会上调MyD88、TRIF和NF-κB p65基因mRNA转录(P<0.01),总体来说呈现先下调后上调的总趋势;Western blot结果显示,PRV感染小鼠三叉神经节后诱导IκBα和NF-κB p65的磷酸化,而对MyD88和TRIF的蛋白表达呈现先下调后上调的趋势,IκBα和NF-κB p65的蛋白表达呈现先下...     

Bm59基因缺失对家蚕核型多角体病毒(BmNPV)复制、转录及组装的影响

Bm59是家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nucleopolyhedrovirus,Bm NPV)的核心基因之一。利用λRed重组技术和Bac-to-Bac系统构建野生型病毒wt Bacmid-polh-egfp、缺失型病毒Bm59ko-Bacmid-polh-egfp以及补回型病毒Bm59re-Bacmidpolh-egfp,并分别转染家蚕卵巢培养细胞Bm N,研究Bm59基因在病毒侵染、增殖和组装中的功能。对病毒滴度的检测结果表明3种类型病毒都能产生有活力的子代病毒并使细胞感染发病,但Bm59ko-Bacmid-polh-egfp在各个时相的滴度值均显著低于其他2种类型病毒(P0.05)。电子显微镜下观察Bm59ko-Bacmid-polh-egfp转染的细胞中只有少量细长的杆状病毒粒子,而其他2种类型病毒转染细胞后则能产生大量具有囊膜包裹的成熟病毒粒子。qRT-PCR检测结果显示,Bm59缺失型病毒基因组DNA的复制能力显著降低(P0.05),早期基因lef-3、晚期基因vp39和极晚期基因p10的转录水平显著低于野生型病毒(P0.05)。综上所述,Bm59基因虽然是家蚕核型多角体病毒复制的非必需基因,但会显著影响病毒的增殖速度和病毒粒子的组装,对病毒各个时期的基因转录水平具有下调作用。     

犬瘟热病毒贵州株(CDV-GZ1)F基因的克隆及序列分析

根据GenBank中发表的犬瘟热病毒Onderstepoort株融合蛋白基因(F)序列设计两对特异性引物,采用RT-PCR扩增犬瘟热病毒贵州分离株(CDV-GZ1)的F基因,并进行克隆与序列分析。结果显示,CDV-GZ1株F基因的ORF全长1989 bp,氨基酸序列中具有5个潜在N-糖基化位点,氨基酸同源性与美国00-2601株和国内HL株较高,分别为91.6%和91.1%,表明该分离株与00-2601株和HL株具有较近的亲缘关系。     

鸡传染性支气管炎病毒变异株(793/B)M基因的克隆与序列分析

根据GenBank已发表的传染性支气管炎病毒(IBV)全基因组序列设计引物,对793/B型IBV分离毒株TA03M基因进行克隆与序列分析.结果表明,793/B型IBV的M基因由669 bp组成,与GenBank已发表的15株IBV的M基因相比较,793/B型IBV的M基因在第4～15位发生了3～12个核苷酸的缺失,对应1～4个氨基酸的缺失,共有30多处点突变.与其他各毒株M基因的核苷酸同源性为84.2%～93.6%,氨基酸同源性为82.1%～96.0%;进化分析显示TA03株与H52和IBN毒株之间的亲缘关系较近.该研究为进一步探讨793/B型IBV M基因(蛋白)在遗传变异和免疫等方面的作用奠定了理论基础.     

具有丙酮酸脱氢酶功能的家蚕Bm-l(1)基因的克隆及序列结构与表达研究

丙酮酸脱氢酶(PDH)是丙酮酸脱氢酶复合体(PDC)中的前件酶,参与生成柠檬酸循环(TCA)的起始物乙酰辅酶A,决定生物体内营养成分的分配。利用电子克隆、RT-PCR和cDNA末端快速扩增(RACE)等方法克隆了与果蝇lethal(1)G0334基因类似的具有丙酮酸脱氢酶功能的家蚕Bm-l(1)基因。Bm-l(1)基因的cDNA全长为1 630 bp,由1 200 bp的完整ORF序列、186 bp的5'-UTR和207 bp的3'-UTR组成,含8个外显子和7个内含子,编码蛋白为399个氨基酸残基,分子质量43.93kD,pI 8.07。Bm-l(1)基因编码蛋白的69-365氨基酸残基为E1-dh结构域,该结构域为硫胺素焦磷酸依赖性脱氢酶所特有。蛋白质二级结构预测结果表明α螺旋占28.8%,β折叠占12.0%。采用Clustal W进行多序列比对发现,Bm-l(1)基因编码蛋白与赤拟谷盗等昆虫的PDH具有63%以上的序列相似性,且保守区域高度一致。Bm-l(1)基因mRNA在家蚕整个卵期、幼虫期、蛹期和刚羽化的成虫中,以及5龄3 d幼虫的头部、丝腺、生殖腺、脂肪体、中肠和血液6种组织中都有较高的转录水平,且存在较小的组织差异性。     

Beclin-1基因shRNA慢病毒载体的构建及其对B16F10细胞自噬及活力的影响

利用RNA干扰技术构建稳定沉默Beclin-l基因的B16F10小鼠黑色素瘤细胞系,分析稳转细胞系的自噬水平和活力,为探讨Beclin-1基因、自噬与肿瘤三者关系奠定基础。构建小鼠Beclin-l基因干扰载体,转染至293T细胞,获得慢病毒颗粒,将病毒颗粒感染B16F10细胞,通过加压筛选、有限稀释、细胞驯化得到稳定转染m-Beclin-1-shRNA1的B16F10细胞系。采用RT-PCR和免疫荧光技术检测对Beclin-l的干扰效果,Western blot和透射电镜分析稳转细胞系中自噬标志物LC3蛋白表达及自噬小体形成情况,CCK-8法检测稳转细胞系的活力。结果表明,成功构建了靶向抑制Beclin-l基因表达的shRNA,纯化的慢病毒滴度为1×10⁸ TU·mL^-1,建立的细胞系中Beclin-1 mRNA和蛋白表达都受到不同程度的抑制,mRNA的沉默效率约为75%（P<0.01）,发现干预Beclin-1表达能够抑制LC3-Ⅱ蛋白的表达及自噬小体的形成数量,降低B16F10细胞活力。以上结果表明,干扰Beclin-1表达能够有效降低B16F10细胞自噬活性,促进B16F10细胞死亡,这为探讨Beclin-1基因功能及自噬在抗肿瘤中的作用奠定重要基础。     

禽流感病毒株A/duck/Fujian/31/2007(H5N1)株M1基因的克隆及序列分析

参照GenBank公布的禽流感病毒基质蛋白M1基因序列,设计合成了1对特异性引物,采用RT-PCR法成功扩增并克隆了禽流感病毒M1基因。序列测定结果为M1基因cDNA全长759 bp,编码252个氨基酸。将其序列与数株甲型流感病毒M1基因序列进行比较,M1基因核苷酸同源性为99.1%~99.6%,推导氨基酸同源性为98.8%~99.6%,生物信息学分析表明,M1基因编码的蛋白质具有亲水性,有很强的抗原性,M1蛋白共有6个潜在的N-糖基化位点,可能存在3个蛋白激酶C磷酸化位点,存在2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点。     

禽流感病毒A/Chicken/Mudanjiang/0823/00(H9N2) 株NS1基因的克隆及序列分析

用PCR方法,成功扩增出国内分离株禽流感病毒H9N2型非结构蛋白(NS1)基因cDNA,并将该片段连接到pMD 18-T载体上,转化TGI感受态细胞,在含氨苄青霉素的LB平板上筛选阳性克隆,提取质粒,经限制性内切酶鉴定,对目的片段进行测序,结果获得了NS1基因全长,约700bp.该片段的核酸序列与已知A/Chick/HongKong/1074/99(H9N2)、A/Chick/HongKong/1073/99(H9N2)毒株序列进行同源性比较,同源性皆为94.37%,氨基酸序列同源性分别为93.91%和93.48%.     

叶酸和维生素B12对五龙鹅肝脏中磷脂酸磷酸酯酶1基因表达量的影响及其与血清脂类代谢、脂肪沉积和肉品质指标的相关性分析

本试验旨在探究饲粮中添加不同水平叶酸和维生素B12对五龙鹅肝脏中磷脂酸磷酸酯酶1(Lpin1)基因表达量的影响及在不同组织中的表达差异性,并分析Lpin1基因表达量与血清脂类代谢、脂肪沉积、肉品质指标之间的相关性。试验选用5周龄五龙鹅420只,随机分为7个组,每个组6个重复,每个重复10只鹅。试验采用2×3两因素(叶酸添加水平×维生素B12添加水平)交叉等重复的析因设计,空白对照组饲喂基础饲粮,不添加叶酸和维生素B12;试验组饲粮叶酸添加水平分别为0.25、2.00 mg/kg,维生素B12添加水平分别为0.003、0.009、0.018 mg/kg。试验期为4周。结果表明:1)不同添加水平的叶酸和维生素B12的互作对五龙鹅的末重影响显著(P0.05)。2)不同添加水平的叶酸和维生素B12的互作对皮脂率、腹脂率、肌间脂带宽、胸肌肌内脂肪率和腿肌肌内脂肪率影响显著(P0.05)。3)不同添加水平的叶酸和维生素B12及其互作对五龙鹅肝脏中Lpin1基因表达量影响显著(P0.05)。4) Lpin1基因在五龙鹅的心脏、肝脏、肾脏、腹脂、肺脏、肌胃、腺胃、胸肌、腿肌、脾脏、胰腺11个组织中均有表达,其中Lpin1基因表达量表达量最高的为腹脂,显著高于其他组织(P0.05);其次为肌胃、胰腺、肺脏,显著高于腺胃、心脏、肾脏、腿肌、胸肌(P0.05)。5)五龙鹅肝脏中Lpin1基因表达量与血清甘油三酯、高密度脂蛋白胆固醇含量呈显著负相关(P0.05),与血清葡萄糖、总胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇含量呈负相关(P0.05)。6)五龙鹅肝脏中Lpin1基因表达量与腹脂率、腿肌肌内脂肪率呈显著正相关(P0.05),与胸肌肌内脂肪率、肌间脂带宽呈极显著正相关(P0.01),与皮脂率呈负相关(P0.05)。7)五龙鹅肝脏中Lpin1基因表达量与胸肌和腿肌pH、肉色、剪切力、失水率均无显著相关性(P0.05),但与腿肌滴水损失呈显著正相关(P0.05)。由此可见,不同添加水平的叶酸和维生素B12及其互作对五龙鹅肝脏中Lpin1基因表达量有显著影响,且Lpin1基因表达量与血清脂类代谢、脂肪沉积和肉品质指标有一定的相关性。     

猪2′,5′寡腺苷酸合成酶OAS1a基因克隆与序列分析及其在Marc-145细胞上对PRRSV复制的影响

旨在探索猪2′,5′寡腺苷酸合成酶OAS1a对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRS)的复制是否有抑制作用,进而为探索抑制病毒复制寻求新的思路。从PAM猪肺泡巨噬细胞中克隆了猪2′,5′寡腺苷酸合成酶OAS1a基因,将该基因克隆到真核表达载体pcDNA3.1中,测序与序列分析之后将该基因转染Marc-145细胞,然后接种PRRSV病毒,与对照组比较病毒的抑制效果。结果显示,病毒的滴度明显下降,病毒的RNA水平也明显下降,由此推断猪2′,5′寡腺苷酸合成酶OAS1a可以在Marc-145细胞上抑制PRRS的复制。