小尾寒羊BMPR-ⅠB基因的多态性、效应及连锁分析

骨形态发生蛋白受体Ⅰ B（BMPR-Ⅰ B）的Q249R（A746G）突变使Booroola Merino绵羊的繁殖性能提高.该突变在小尾寒羊群体中也有分布.本研究用PCR-SSCP技术对299只小尾寒羊BMPR-Ⅰ B基因突变位点的多态性进行了检测,BB、B＋和＋＋的基因型频率分别为0.541 8,0.364 5和0.093 7,突变等位基因B的基因频率为0.724 1.对2个小尾寒羊羊场的111只有产羔数记录的小尾寒羊BMPR-Ⅰ B的Q249R突变对产羔数的效应进行了分析,估计出突变等位基因B对小尾寒羊产羔数的效应为：替代效应和显性效应,在第一胎分别为0.46和0.16,在第二胎分别为0.56和0.11;在第一胎和第二胎BB比＋＋分别多产0.77和1.02羔.对BB基因型小尾寒羊和微卫星标记OARJL36的连锁关系进行了分析,发现在BB基因型小尾寒羊,BMPR-Ⅰ B的B等位基因与OAR-JL36位点之间仍然存在重组.     

猪IGF-Ⅱ基因SNPs及其与部分生产性状的关联分析

以46头健康松辽黑猪为实验材料,对猪IGF-Ⅱ基因进行PCR扩增,采用PCR-SSCP技术结合测序分析了猪IGF-Ⅱ基因在松辽黑猪中的多态性。结果表明:松辽黑猪第9外显子存在第29507位C→A、第29729位A→T、第29731位T→C突变。χ2检验表明,本实验中发现的多态位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。最小二乘分析结果显示,exon9突变位点不同基因型个体平均背膘厚、日增重存在显著差异,由此推测,IGF-Ⅱ基因可能对于猪生产性能具有较大影响或与控制生产性能的主基因连锁,可以尝试将其作为重要的一个分子标记用于猪的育种实践。     

鸡Mx基因2032位点单核苷酸多态性研究

研究采用错配PCR-RFLP的方法对15个品种鸡的Mx基因进行筛查,旨在探索不同鸡品种MxcDNA第2032位点抗病基因A与易感等位基因G的多态性,为生产转基因鸡的可行性提供理论基础。结果表明:15个鸡品种Mx基因的2032位点存在A、G2个等位基因,AA、AG、GG3种基因型,其中鹿苑鸡、狼山鸡、斗鸡未发现AA型个体,茶花鸡、红色原鸡未发现GG个体;携带Mx抗性基因A和易感基因G的比例分别是0.350、0.650;抗性等位基因A的检测比例为0.034~0.984。红色原鸡的抗性等位基因A基因频率(0.984)高于地方鸡种的抗性等位基因A的基因频率(0.321);地方鸡种中的观赏型、蛋肉兼用型、肉用型、蛋用型鸡种的抗性等位基因A的基因频率分别为0.221、0.297、0.425、0.462。χ2适合性检验表明,15个品种的鸡群均处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

TGFβ3基因多态位点及其与猪脊椎数性状的关联分析

本研究旨在探索转化生长因子β3（transforming growth factor beta 3,TGFβ3）基因在大白猪×民猪构建的F2代资源群体内的多态性,并分析其多态性与猪脊椎数性状的关系。试验采用PCR技术,以F0代个体的DNA为模板,筛选TGFβ3基因外显子区的SNP,并将筛选到的SNP在F2代群体中进行验证,进而分析SNP与猪脊椎数性状的关联性。结果发现,TGFβ3基因在F0代个体中仅筛选到1个SNP位点,即SSC7：105179474 G > A,表现为两种基因型GG和GA。TGFβ3基因不同基因型与F2代个体脊椎数性状的关联分析表明,SSC7：105179474 G > A与猪肋骨数、胸腰椎数之和呈极显著相关（P < 0.01）,与猪腰椎数无显著相关（P > 0.05）。χ²适合性检验发现,该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态（P > 0.05）。综上所述,TGFβ3基因可能是影响猪脊椎数性状的主效基因或与主效基因连锁,SSC7：105179474 G > A位点有望作为提高猪脊椎数性状的分子遗传标记。     

鸭催乳素基因内含子1单核苷酸多态性分析

研究通过PCR-SSCP和测序的方法检测我国8个地方鸭种共476个个体的PRL基因内含子1的单核苷酸多态性,分析不同群体的等位基因频率和基因型频率并对其遗传特性进行统计分析。结果表明:所检测的8个地方鸭种均呈现多态,比较测序结果发现,多态性是由位于PRL基因内含子1一个核苷酸碱基由A到C的突变造成的。除连城白鸭以外,其他各群体中等位基因A为优势等位基因。除连城白鸭和绍兴鸭外,其他各群体在该位点的基因频率均处于Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。     

小尾寒羊血红蛋白多态性的研究

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳对四川阿坝县引进的60只小尾寒羊的血红蛋白多态性进行了研究。结果发现,小尾寒羊的血红蛋白位点上有HB^A和HB^B两个等位基因控制的HBAA、HBAB和HBBB三种基因型．其中HBAB和HB^B分别为优势基因型和优势等位基因,其频率分别为0．483和0．575。经X^2适合性检验,小尾寒羊HB基因型处于Hardy—Weinberg平衡状态（P〉0．05）。HB位点的基因杂合度为0．488。     

小尾寒羊和新疆多浪羊群体BMPR-IB基因多态性研究

以影响Booroola Merino高产性能的BMPR-IB基因为候选基因，对小尾寒羊和新疆多浪羊群体进行BMPR-IB基因多胎性分析.结果表明：小尾寒羊和新疆多浪羊群体内均存在BMPR-IB基因（A746G）的突变个体.小尾寒羊群体内存在3种基因型（BB、B＋、＋＋），BB和B＋基因型在群体内为优势基因型，其基因型频率分别为0.548和0.397，表明BMPR-IB基因突变位点的B等位基因对小尾寒羊的高繁殖力具有显著的影响.新疆多浪羊群体内存在两种基因型（B＋、＋＋），＋＋基因型在群体内为优势基因，而B＋基因型频率为0.039.通过对群体产羔率的调查分析发现：新疆多浪羊并非是一个多胎绵羊品种，其高产性能主要体现在地方品种绵羊出现四季发情，因而群体内出现一年四季产羔.     

新城疫病毒F基因重要功能区和HN基因单核苷酸多态性研究

对广泛应用的新城疫疫苗株La Sota进行了全基因组测序,并对来自9个不同基因型新城疫病毒株的血凝素神经氨酸酶(haemagglution-neuraminidase,HN)基因和融合蛋白(fusion protein,F)基因47～435 nt区域进行了用单核苷酸多态性(SNP)分析.结果表明:在F基因47～435nt间和HN基因中都存在高密度的SNP位点,Tajima's D检验结果表明这些核苷酸变化符合中性突变假说,Pi(a)/Pi(s)分析暗示F蛋白编码基因N端的一些区段和HN蛋白编码基因中散在的部分区域受到了正向选择.但F基因和HN基因在整体上却都受到了强大的负向选择压力的影响.     

鸭前胰岛素原基因的单核苷酸多态性研究

为了研究前胰岛素原(Preproinsulin)基因在鸭群体中的遗传变异情况,本试验运用连接酶检测反应(PCR-LDR)的方法对北京鸭、莆田黑鸭、连城白鸭、绍兴鸭、攸县麻鸭、建昌鸭等六个鸭种的前胰岛素原基因C195T位点进行基因分型,并分析了该位点在各鸭群体中的基因型频率、等位基因频率和Hardy-Weinberg平衡情况。结果表明:鸭前胰岛素原基因C195T多态位点在除绍兴鸭外的品种中均检测到CC、CT和TT三种基因型。北京鸭等位基因C的频率与等位基因T的频率相同,其他品种等位基因T的频率均高于等位基因C的频率。连城白鸭在此位点基因型分布不符合Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05),其他品种均符合Hard-Weinberg平衡状态(P>0.05)。     

鹅Myostatin基因单核苷酸多态性检测及群体遗传分析

肌肉生长抑制素是TGF-β超家族的新成员，其主要在骨骼肌中特异性表达，且对骨骼肌的生长发育起负调控作用。本研究采用PCR-SSCP和DNA测序的方法检测了鹅Myostatin基因的单核苷酸多态性，并对浙东白鹅、五龙鹅、扬州鹅、朗德鹅、莱茵鹅、豁眼鹅、吉林农大白鹅、狮头鹅、皖西白鹅、籽鹅等不同品种（系）鹅单核苷酸多态性进行了群体遗传分析。结果表明：（1）在检验的12对Myostatin基因的引物中，发现3对引物的扩增片段具有多态性，分别为启动子区域T769G、C543T的突变，内含子1的A1632G突变。（2）不同鹅品种（系）群体遗传学分析表明，启动子区域引物P3扩增片段多态性位点在各群体中等位基因A的频率均高于B，且等位基因频率均高于0．77，表现为优势等位基因；引物P4扩增片段多态性位点在扬州鹅、朗德鹅、狮头鹅群体中等位基因D的频率均高于C的频率，等位基因D的频率分别为0．6250、0．5488、0．6474，而在其余群体中均表现为等位基因C的频率高于D的频率。     

布莱凯特黑牛心脏脂肪酸结合蛋白基因单核苷酸多态性的研究

利用PCR-SSCP方法测定96头布莱凯特黑牛H-FABP基因外显子2和内含子2的部分序列多态性,并对含有多态序列的片段进行了序列分析。结果表明,引物1、3的扩增序列不存在多态性,引物2、4的扩增序列存在多态性;引物2在内含子第323位点处存在G→A突变,在群体中产生了AA、AB、BB 3种基因型,基因型频率分别为0.448、0.146、0.406,多态信息含量(PIC)为0.375,属于中度多态(0.25χ²检验该位点基因型频率不处于Hardy-Weinberg平衡状态;引物4在内含子2第872位点处存在C→G的突变,产生了HH、Hh、hh3种基因型,基因型频率分别为0.104、0.417、0.479,多态信息含量(PIC)为0.337,为中度多态(0.25χ²检验该位点基因型频率达到Hardy-Weinberg平衡状态。     

高原型藏绵羊KAP基因单核苷酸多态性分析

试验旨在寻找角蛋白辅助蛋白(keratin-associated proteins,KAP)基因与产毛性状相关的多态位点,为藏绵羊产毛性状的分子标记提供理论依据。采用PCR-SSCP技术对高原型藏绵羊角蛋白辅助蛋白基因家族中KAP3.2、KAP7基因部分序列和KAP8基因外显子进行多态性分析。结果表明,3个基因座都存在多态性,均检测到AA、AB和BB 3种基因型。KAP3.2基因以A等位基因为优势等位基因,AA基因型为优势等位基因型;KAP7和KAP8基因均以B等位基因为优势等位基因,BB基因型为优势等位基因型。高原型藏绵羊在KAP3.2和KAP8基因座达中度多态,而在KAP7基因座为低度多态,在KAP3.2和KAP8位点上基因型频率处于Hardy-Weinberg非平衡状态。测序分析结果表明,KAP3.2和KAP8基因上分别存在1个C→T(271 bp)和1个T→C(1122 bp)的突变,均属于同义突变,KAP7基因5′调控区存在1个T→C(102 bp)的突变。     

绵羊心脏脂肪酸结合蛋白基因单核苷酸多态性分析

试验旨在探讨心脏脂肪酸结合蛋白（heart fatty acid-binding protein,H-FABP）基因在绵羊中的遗传多态性,并寻找可用于辅助选择的分子标记。本研究以滩羊（250只）及滩羊×湖羊杂交F1代（174只）为试验动物,利用SNaPshot分型技术对H-FABP基因（GenBank登录号：AY157617）的多态位点进行单核苷酸多态性（SNP）分析,统计基因频率和基因型频率,进行Hardy-Weinberg平衡性检测,计算期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）和有效等位基因数（Ne）等遗传多态指标,分析候选基因不同基因型与体重、体长、体高、胸围、胸深、胸宽和管围等生长性状的关联性。结果显示：①检测到9个多态位点：939[A/G]、980[G/A]、1018[T/C]、2878[C/T]、2956[C/T]、3017[G/A]、3341[G/C]、3394[T/A]、1056[-/G],其中有6处转换、2处颠换、1处单碱基插入。②939[A/G]、980[G/A]、2956[C/T]、3341[G/C]、3394[T/A]和1018[T/C]的He为0.3200~0.4666,PIC为0.2688~0.3577;2878[C/T]、3017[G/A]位点的He为0.0283~0.1272,PIC为0.0279~0.1191,为低度多态;1056[-/G]位点的He在滩羊、滩羊×湖羊杂交F1代群体中分别为0.0120和0,PIC在滩羊、滩羊×湖羊杂交F1代群体中分别为0.0119和0;9个多态位点在滩羊、滩羊×湖羊杂交F1代群体中均符合Hardy-Weinberg平衡定律。③5个多态位点：939[A/G]、980[G/A]、2956[C/T]、3341[G/C]、3394[T/A]处于紧密连锁（D'>0.99）,将H-FABP基因分为3个单倍型：AA、AB和BB。④在41只滩羊×湖羊杂交F1代羊中,BB单倍型在各生产性状上具有最大值,但各单倍型间差异不显著（P>0.05）。结果表明,绵羊H-FABP基因具有丰富的遗传多态性,939[A/G]、980[G/A]、2956[C/T]、3341[G/C]、3394[T/A]5个位点紧密连锁,BB单倍型可能是与绵羊生产性状相关的优势单倍型。     

阿坝县小尾寒羊微卫星DNA遗传多态性研究

利用13个SSR标记,经过PCR扩增,10%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染色显色,对阿坝小尾寒羊的遗传多态性进行研究.结果得到:13个SSR标记的平均等位基因数为4.54个,等位基因最多的为BH3501、OarHH35、TGLA122,都有7个等位基因;最少的为BMS648、ILSTS22、ILSTS0049、RM150,都只有3个等位基因.统计群体的等位基因组成、等位基因频率,利用等位基因频率计算出13个SSR标记的群体杂合度、多态信息含量、有效等位基因数.通过微卫星检测得到该群体杂合度较高,群体的遗传变异程度大,遗传多态性丰富.     

羊BMPR-IB基因非同义单核苷酸多态性的生物信息学分析

以羊BMPR-IB基因为研究对象,采用生物信息学方法,对该基因潜在的、具有生物学功能的非同义单核苷酸多态性位点(nsSNPs)进行预测,通过SIFI、PolyPhen-2、PROVEN等软件分析预测nsSNPs是否对BMPR-IB蛋白的结构及功能产生影响;通过I-Mutant 3.0、BDM-PUB、GPS-SUMO、...     

小尾寒羊血清酯酶多态性研究

采用聚丙烯酰胺凝胶垂直平板电泳法对引入青海省的 89头小尾寒羊血清酯酶 (ES)的多态性进行了研究。结果为 :该群体小尾寒羊的ES存在ESA 和ESa 两种表型 ,其表型频率分别为 47 2 %和 52 8% ;ESA 和ESa 基因频率分别为 0 2 733和 0 72 67;ES基因座上的基因杂合度为0 3972 ,有效等位基因数为 1 6590个 ,基因均质度指数为 0 1 542。     

6个鹅种GH基因单核苷酸多态性检测及群体遗传分析

确定鹅GH基因编码区是否存在单核苷酸多态性,并分析其在不同品种群体中的频率分布,为进一步探讨该基因与鹅生产性能关系而奠定基础.以太湖鹅、扬州鹅、豁眼鹅、浙东白鹅、皖西白鹅和四川白鹅6个鹅品种为试验材料,根据鸭、鹅GH基因序列设计了3对引物,分别扩增第3、4、5外显子,用PCR-SSCP方法进行单核苷酸多态性分析,并对不同品种群体进行群体遗传学分析.结果在引物2扩增片段上共检测到3个基因型(HH、HI和II),经过克隆测序比较发现2个单碱基突变,均为沉默突变,分别为编码区的T291C、G297A.统计结果发现3种基因型在6个鹅品种间分布存在极显著的差异(P<0.01).所有品种均处于Hardy-weinberg平衡状态.群体遗传分析表明豁眼鹩杂舍度、有效等位基因数、多态信息含量最低,浙东白鹩最高;所有鹅种均处于中度多态.表明鹅GH基因不同品种中具有丰富的单核苷酸多态性,可以进一步作为候选基因来分析其与产肉性状的相关性.     

猪NNAT基因印记鉴定及单核苷酸多态性分析

本实验旨在探究猪NNAT(Neuronatin)基因印记状态、遗传多态性及其与胴体和肉质性状的关系,为印记基因成为猪肉质性状遗传改良的分子标记提供理论依据.通过PCR产物直接测序发现在NNAT基因3'UTR区存在一处C/T突变,鉴定了NNAT基因在梅山猪与大白猪正反交产生的65 d胚胎的背部脂肪组织中的印记状态;在起始...     

鹅IGF-Ⅰ基因5'调控区单核苷酸多态性分析

以皖西白鹅和朗德鹅为素材,设计引物对鹅的IGF-Ⅰ基因5'端非编码区序列克隆测序,运用PCR-SSCP方法检测IGF-Ⅰ基因5'调控区的单核苷酸多态性.检测发现该区域存在4个SNP位点,分别是:A-26T、A-215G、A-314G、A-325T.     

甘肃马鹿MyoG基因5′UTR单核苷酸多态性检测及其序列变异分析

为了初步探索肌细胞生成素(MyoG)基因在鹿科动物上的遗传多态性,试验采集56头甘肃马鹿的血液样品,采用PCR-SSCP和克隆测序的方法对MyoG基因(GenBank登录号：FJ746497)5′UTR部分序列进行了单核苷酸多态性(SNPs)检测及序列变异分析。结果表明：①引物P1的PCR扩增片段存在多态性,经克隆测序分析,在5′UTR -237 bp处存在G→A的转换变异,该位点表现为AA、AB和BB 3种基因型,由A和B 2个等位基因控制;对基因型、等位基因频率及群体遗传多态性分析结果发现,AA基因型频率最高,A基因为优势等位基因,该位点多态信息含量(PIC=0.194)为低度多态(PIC＜0.25);经TFSEARCH 1.3分析软件预测发现,该变异可能减少了1个Sp1转录因子。②引物2的PCR扩增片段检测到1个SNP多态位点(—46 bp,G→A),表现为CC、CD和DD 3种基因型, 基因型频率分布为CC＞CD＞DD,该位点多态信息含量(PIC=0.266)为中度多态(0.25＜PIC＜0.5),但该变异并未引起潜在调控元件及蛋白质结合位点的改变。本研究结果为进一步分析MyoG基因SNPs位点与甘肃马鹿胴体、肉质性状的关联性奠定了基础。