基于线粒体16S rRNA基因的鹅肉源性成分鉴别方法研究

研究旨在建立基于线粒体16S rRNA基因的鹅源性成分鉴别方法。试验以鹅源性DNA为阳性模板,以猪、牛、羊、鸽、鹌鹑、火鸡、鸡和鸭等8个物种DNA为干扰模板的混合模板,设计筛选出鹅特异性引物,进行PCR和荧光定量PCR(qPCR)反应,并将鹅肉DNA模板浓度按101～108 8个梯度进行稀释,检测方法灵敏度。结果显示：所设计的引物仅对鹅肉DNA有特异性扩增,对鹅以外的其他8个物种均没有扩增;当鹅肉DNA模板稀释104倍,PCR扩增条带仍然清晰;当稀释倍数达到107时,仍有较好的扩增曲线,且Ct值小于35。研究表明,建立的畜禽肉中鹅源性成分PCR和qPCR鉴别方法不仅具有良好的特异性,而且具有较高的灵敏性,为食品中鹅源性成分的鉴别提供了新途径。     

基于线粒体16S rRNA基因扩增检测动物源性成分的方法研究

动物源性成分鉴定被广泛应用于食品和饲料以及多种生物制品的检测中,现有检测方法中基于16S rRNA基因的通用引物由于存在与部分物种的mt DNA序列错配,导致检测中可能会出现假阴性。本方法对16S rRNA引物进行了改进,提高了引物与多个物种mt DNA序列的匹配度,使得检测的特异性提高,适用范围更广。对近20种动物源性成分的检测显示均能获得良好的检测效果,同时还能根据产物大小初步判断动物种类,提高了检测的效率和准确性。     

基于线粒体12S rRNA基因序列鉴别牛肉的种源

在提取黄牛肉、牦牛肉和水牛肉总DNA的基础上,设计通用引物进行PCR扩增,电泳回收PCR产物后双向测序,再通过构建系统进化树鉴别牛肉的物种来源.PCR扩增获得的牦牛、水牛12S rDNA基因片段大小都为440 bp,黄牛12S rDNA基因片段大小都为439bp.参照引用的不同牛种12S rDNA基因序列,构建的系统进化树能够清晰地鉴别测序样品的牛种来源.因此,结合运用PCR扩增和DNA测序技术是一种精确可靠的方法,能够有效地运用于牛肉的种源鉴别.     

钦州湾牡蛎线粒体16 S rRNA基因片段核苷酸序列分析

对69个钦州湾牡蛎个体的线粒体DNA16S rRNA进行PCR扩增,纯化后的PCR产物测序分析,研究16S rRNA基因在白肉牡蛎和红肉牡蛎2个群体中的遗传多样性,通过DNAman比对序列并构建系统进化树。结果得到2个群体的序列长度均为434bp,共检测到16个核苷酸突变位点,包括8个转换位点和8个颠换位点。与GenBank序列比对发现,白肉牡蛎和香港牡蛎的序列基本相同,系统进化树中显示白肉牡蛎与香港牡蛎聚为一支,红肉牡蛎与有明巨牡蛎聚为一支。证实了白肉牡蛎和红肉牡蛎是2个不同的种,它们有各自的遗传多样性,该研究为牡蛎的遗传育种提供科学依据。     

弯曲杆菌16S rRNA基因质粒DNA标准物质的研制

弯曲杆菌引起的食源性胃肠道疾病是21世纪人类面临的一项严重经济和公共卫生负担。当前国内外进行的弯曲杆菌属分子生物学检测方法研究的靶基因均为16S rRNA基因。为满足检测试剂标准化需求,制备了候选弯曲杆菌16S rRNA基因质粒DNA标准物质,经均匀性和稳定性检验,证实其于-20℃保存12个月,4℃短期保存8 d,反复冻融30次后依然稳定。对候选标准物质采用微滴式数字PCR (ddPCR)方法,联合8家实验室进行联合定值,对不确定度进行量化、合成,确定了标准物质的扩展不确定度。最终确定弯曲杆菌16S rRNA质粒DNA标准物质标准值为4.95×10³ copies/μL,扩展不确定度(k=2)为0.47×10³ copies/μL。临床试用结果表明,该产品具有良好的均匀性和稳定性。该标准物质的研制,为我国弯曲杆菌分子生物学检测试剂的标准化奠定了基础。     

16S rRNA、23S rRNA及16S～23S rRNA基因在细菌分离与鉴定中的应用

在细菌的进化过程中,rRNA结构既具保守性又具高变性.保守性反映生物物种的亲缘关系,高变性则揭示生物物种的特征核酸序列,rRNA是属种鉴定的分子基础.因此,可以利用保守区设计通用引物扩增细菌的相应靶序列,再利用可变区的差异鉴别菌种,文章就16S rRNA、 23s rRNA和16S～23S rRNA基因在细菌分离与鉴定中的应用做以下综述.     

鸭源奇异变形杆菌的分离鉴定及其16 S rRNA基因序列分析

从山东潍坊不同鸭场发病雏鸭肝脏、肺脏病料中分离到3株致病菌,通过培养特性观察、革兰氏染色、生化试验,初步鉴定为奇异变形杆菌。用PCR方法扩增分离菌株的16 S rRNA基因,获得大小为1 504 bp的目的片段。经BLAST比对分析表明,与其同源性最高的均为奇异变形杆菌各株系的16 S rRNA序列,同源性高达98%以上,与14株参考菌的同源性为98.9%~99.8%,在系统发育树上聚为同一枝,表明分离菌株为鸭奇异变形杆菌。动物接种试验表明分离菌株对鸭均具有较强致病性。药敏试验结果显示分离株对头孢吡肟、哌拉西林、氨曲南等8种药物敏感,对米诺环素、头孢曲松、环丙沙星等23种药物有耐药性。     

基于线粒体12S rRNA基因序列鉴别牛肉的种源

 在提取黄牛肉、牦牛肉和水牛肉总DNA的基础上,设计通用引物进行PCR扩增,电泳回收PCR产物后双向测序,再通过构建系统进化树鉴别牛肉的物种来源。PCR扩增获得的牦牛、水牛12S rDNA基因片段大小都为440 bp,黄牛12S rDNA基因片段大小都为439 bp。参照引用的不同牛种12S rDNA基因序列,构建的系统进化树能够清晰地鉴别测序样品的牛种来源。因此,结合运用PCR扩增和DNA测序技术是一种精确可靠的方法,能够有效地运用于牛肉的种源鉴别。     

16S rRNA基因测序法鉴定猪多杀性巴氏杆菌的研究

对66株猪多杀性巴氏杆菌的鉴定结果表明,PCR是一种快速、特异、灵敏的病原检测方法。应用能够扩增大多数原核生物16S rRNA基因的通用引物,对猪多杀性巴氏杆菌疫苗株(EO630)和野外分离株的16S基因rRNA进行PCR扩增,以期为分子水平上准确地鉴别猪巴氏杆菌提供依据。     

16S rRNA基因在细菌菌种鉴定中的应用

本文综述了应用16S rRNA基因作为靶基因对细菌进行鉴定的各种分子生物学技术，并指出应用16S rRNA基因在乳酸菌鉴定方面的研究进展。     

基于COⅠ和16S rRNA基因的涉案鸟类残体鉴定

利用线粒体DNA细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ基因（COⅠ）和16S核糖体RNA(16S rRNA)基因鉴定某公安机关查获的1件鸟类残体所属物种。结果表明：鸟类残体样本的COⅠ、 16S rRNA基因片段与白枕鹤（Antigone vipio）对应的序列相似度均不低于98.98%,遗传距离分别为0.001～0.007和0。基于这2个基因片段构建系统发育树,显示鸟类残体样本与白枕鹤均聚为一支,鉴定该鸟类残体属白枕鹤所有。得到的COⅠ和16S rRNA基因片段可作为鉴定鹤科（Gruidae）鸟类的分子标记。     

应用16S rRNA基因测序法鉴定禽多杀性巴氏杆菌的研究

应用 16SrRNA基因测序法对以疫苗标准强毒株C4 8_1和弱毒疫苗代表株G190E4 0为阳性对照株和分离鉴定的 2株禽源多杀性巴氏杆菌Chicken/guangxi/ 2 0 0 0_1、Chicken/guangdong / 2 0 0 2_1株 ,进行 16SrRNA基因序列分析。结果表明 ,2株分离菌与对照的强弱毒株之间的同源性为 10 0 %。后经Blastn分析Chicken/guangxi/ 2 0 0 0_1、Chicken/guangdong /2 0 0 2_1、C4 8_1、G190E4 0株与已发表 11株多杀性巴氏杆菌同源性高达 10 0 % ,与已发表的 34株多杀性巴氏杆菌同源性均超过 98% ,同时与其它巴氏杆菌种如溶血巴氏杆菌等同源性均低于 96 % ,进一步证实Chicken/guangxi/ 2 0 0 0_1、Chicken/guangdong / 2 0 0 2_1分离株均为多杀性巴氏杆菌。生化实验鉴定表明Chicken/guangxi/ 2 0 0 0_1、Chicken/guangdong / 2 0 0 2_1、C4 8_1、G190E4 0菌株均为subsp .Multocida亚种。     

利用线粒体DNA COI基因对滩羊种属鉴别的研究

为建立一种快速鉴别滩羊与其他种品种羊的方法,试验采用PCR和DNA测序的方法对5个绵羊品种线粒体COI基因进行检测。结果显示:滩羊与特克塞尔、萨福克、蒙古羊、小尾寒羊在品种间出现3个变异位点,分别是在136位点G/A和1 179位点的C/T以及1 395位点的C/A,均发生了转换。结果表明:在136、1 179、1 395bp 3处变异位点可以用于滩羊与其他绵羊种的鉴别。     

临床16S rRNA甲基化酶的研究新进展

16SrRNA甲基化酶是近年来出现于临床的一种新耐药决定因子,介导细菌对多种氨基糖苷类高水平耐药,最初发现于肠杆菌科中,目前在革兰阴性菌中已发现至少由12种等位基因编码的10种16SrRNA甲基化酶。由于大多编码16SrRNA甲基化酶的基因常位于可动遗传因子如接合型质粒、整合子、转座子、插入序列共同区上,易引起耐药性和耐药基因的传播,导致临床抗感染治疗的失败。本文综述了临床16SrRNA甲基化酶的新发现,其介导的耐药性、作用机制、临床流行特点、传播特点及分子遗传背景、来源及进化,为临床合理应用氨基糖苷类抗生素、开发16SrRNA甲基化酶抑制剂奠定基础。     

PCR技术鉴定肉品中鸭源性成分的方法研究

根据现行检验检疫行业标准《SN/T3731.5-2013》合成引物,利用聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)技术检测鲜肉及加工肉制品中的鸭源性成分。结果显示,此引物具有较强特异性(只对鸭源性成分有明显的特异性扩增),较高灵敏度(灵敏度为0.001 ng/μL)和较广的适用性(能准确检测市售肉制品)。表明该引物适用于肉及加工肉制品中的鸭源性成为掺假检测。以此引物为基础的检测方法不仅适用于食品和农畜产品的鸭源性成分检测,而且对此行业标准提供了重要补充,也为下一步相关行业标准的制(修)订提供了有益借鉴。     

临床16S rRNA甲基化酶的研究新进展

16SrRNA甲基化酶是近年来出现于临床的一种新耐药决定因子,介导细菌对多种氨基糖苷类高水平耐药,最初发现于肠杆菌科中,目前在革兰阴性菌中已发现至少由12种等位基因编码的10种16SrRNA甲基化酶。由于大多编码16SrRNA甲基化酶的基因常位于可动遗传因子如接合型质粒、整合子、转座子、插入序列共同区上,易引起耐药性和耐药基因的传播,导致临床抗感染治疗的失败。本文综述了临床16SrRNA甲基化酶的新发现,其介导的耐药性、作用机制、临床流行特点、传播特点及分子遗传背景、来源及进化,为临床合理应用氨基糖苷类抗生素、开发16SrRNA甲基化酶抑制剂奠定基础。     

根据线粒体基因的特异性鉴别检测饲料中的动物源性成分

为了防止海绵状脑病疫区和痒病疫区的反刍动物源性饲料入手动物食物链，继而进入人类消费的食物链，因而，非常用必要对贸易往来中的肉骨粉品种来源进行鉴定检测。我们运用聚合酶链反应技术（Polymerase Chain Reaction,PCR），以检测不同种动物特异性线粒体基因片段为目标，分别建立了从动物源性饲料中鉴别检测猪、鸡、马成分的方法。该方法具有灵敏度高、快速和特异性强的优点，可作为动物源性饲料中猪、鸡、马源性成份鉴别检测的常规方法之一。     

16S rRNA基因检测技术在肠道微生态研究中的应用

动物肠道是多种细菌的良好生存环境,相当一部分肠道菌长期定居在肠道内,对宿主有益无害,这类菌群被称之为肠道正常菌群。肠道正常菌群在宿主内生存和增殖,对维持宿主组织器官的正常结构和功能起着十分重要的作用,它们能够在肠内壁