兴国灰鹅微卫星标记的遗传多样性分析

为了解兴国灰鹅的遗传多样性,揭示其群体遗传结构,利用10个微卫星标记对兴国灰鹅进行哈代-温伯格平衡(HW)检验,统计群体基因频率、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、等位基因(Na)和有效等位基因(Ne)等。结果显示:10个微卫星标记位点共检测到30个Na,其中Ne为20.549个;Ho、He及PIC值最高的标记为CKW21,分别为0.700、0.734 5、0.679 5;群体平均Ho为0.384、He为0.477 5,平均PIC为0.411 1,表明兴国灰鹅遗传多样性丰富;经HW检验,兴国灰鹅在10个标记位点中存在3个不平衡点,表明群体的遗传结构处于一个逐渐不平衡的状态。     

福建黄兔15个微卫星标记的遗传多态性研究

为了分析福建黄兔的遗传多态性,采用微卫星DNA标记技术,检测25只福建黄兔在15个微卫星位点上的遗传变异情况,统计了等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、香隆信息指数(I)和多态信息含量(PIC)。结果表明:福建黄兔在15个微卫星位点共检测到97个Na,Ne为3.741 4±1.641 4,Ho为0.289 7±0.103 2,He为0.696 1±0.101 2,I为1.467 7±0.345 0,PIC为0.658 5±0.110 3,其中有7个位点处于哈迪-温伯格平衡状态(P0.05);福建黄兔除了在12L1E11和Sol44微卫星位点呈现中度多态外,其余的13个微卫星位点均呈现高度多态。说明福建黄兔在这15个微卫星位点呈现较丰富的遗传多态性。     

两个黄河鲤鱼群体遗传多样性的微卫星标记分析

为了给河南黄河鲤鱼的遗传资源提供较为准确的基础数据,对其种质资源进行保护和利用,研究利用微卫星标记技术,以河南黄河鲤鱼的人工养殖群体和野生群体为试验对象,对黄河鲤鱼进行遗传多样性分析。结果表明:两个黄河鲤鱼群体在6个微卫星位点上均检测出16个等位基因。人工养殖和野生鲤鱼群体平均有效等位基因数(Ne)分别为2.350和2.085。对人工养殖群体、野生群体和将两个群体混合进行计算分析后,各群体的无偏观测杂合度(Ho)分别为0.614,0.576和0.601,无偏期望杂合度(He)分别为0.569,0.535和0.559;多态信息含量(PIC)的平均值分别为0.474,0.428和0.468,6个位点的PIC为0.304~0.864。对两个不同鲤鱼群体的6个微卫星位点的遗传分化分析结果显示,除了微卫星位点HLJ483上的遗传分化系数(Fst)大于0.05外,其余位点的Fst均小于0.05,符合种群间无遗传分化的标准(Fst=0~0.05),6个位点Fst的平均值为0.02,各个位点基因流(Nm)均大于1,其平均值为12.202。说明本研究采用的两个黄河鲤鱼群体的遗传多样性较为丰富,其遗传种质资源目前尚处于安全状态。     

凤头白鸭与连城白鸭的群体遗传多样性分析

为系统地评价、保护凤头白鸭资源的遗传多样性,进一步对其开发利用,本研究利用12个微卫星位点(STR分型技术)对凤头白鸭与连城白鸭(各60只)2个群体的遗传多样性参数进行检测和计算。结果表明:除位点AJ272578以外,凤头白鸭群体在APL2、AJ272577、AJ272579、AJ515884、APH01、AY493256、AY4932898、CMO11等8个STR位点上的等位基因多于连城白鸭,在AJ515887、AJ515893、AY493313等3个位点上与连城白鸭相等;凤头白鸭群体的有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)、观察杂合度(Ho)、多态信息含量(PIC)均大于连城白鸭;2个群体的群体内近交系数(Fis)分别为-0.02、0.09,凤头白鸭群体表现为杂合子过剩。综上,凤头白鸭群体的遗传多样性较连城白鸭更为丰富。     

广西地方鸡品种群体遗传结构及其遗传关系分析

为探讨广西地方鸡品种遗传关系及群体遗传结构,利用21对荧光标记微卫星引物对广西三黄鸡(SH)、霞烟鸡(XY)、广西麻鸡(GXM)、南丹瑶鸡(NDY)、龙胜凤鸡(LSF)、灵山香鸡(LSX)、凌云乌鸡(LYW)、东兰乌鸡(DLW)和六画山鸡(LHS)等广西地方品种的平均等位基因数(NA)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、品种的杂交情况和群体间的遗传距离进行分析,构建了基于NJ和UPGMA的进化树。结果显示:广西9个地方品种的平均等位基因数为5.26～8.86;观察杂合度最高的是XY,而期望杂合度最高的是GXM;多态信息含量最高的是GXM,最低的是LHS。除了LHS的PIC小于0.5外,其它品种均高于0.5;品种归属分析显示,NDY、LSF、LSX和LHS 4个品种的归属比率都为100%;XY、GXM、LYW和SH。9个品种中SH、XY、LSX和DLW处于Hardy-Weinberg不平衡。群体进化树分析显示,龙胜凤鸡和六画山鸡是一个相对独立的类群,其余7个品种聚为一个较为复杂的大类群。结果表明,广西大部分地方鸡品种的保种效果较理想,保种方案可行,广西地方品种形成与品种所处的地理环境可能存在某种联系。     

基于微卫星分子标记评估广西东兰乌鸡异地保种效果

为了探讨广西东兰乌鸡异地小群体保种的效果,本研究利用21对荧光标记微卫星引物对广西东兰乌鸡原产地和广西壮族自治区畜牧研究所保种场(异地)群体的群体有效等位基因数(Ne)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、Nei′s期望杂合度和多态信息含量(PIC)进行了分析。结果显示:广西乌鸡原产地保种群体Ne、Ho、He、Nei′s期望杂合度和PIC分别为3.7784、0.6685、0.7004、0.6931和0.6468,异地保种群体的相应各指数分别为3.4046、0.6553、0.678、0.6692和0.6202。所有指数在原产地和异地群体中差异均不显著(P0.05)。研究提示广西地方鸡品种采取异地小群体保种的方法是可行的。     

豫西脂尾羊微卫星DNA多态性研究

为了分析5个微卫星位点BL1038、BM757、BM4621、OarFCB304、OarFCB48在豫西脂尾羊群体中的多态性,试验采用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳方法检测其多态性。结果表明:在豫西脂尾羊群体中共发现5个微卫星位点有60个等位基因,有效等位基因(Ne)在6.010 3～10.846 8之间,平均Ne为8.430 3,OarFCB48的Ne最高为10.846 8;5个微卫星位点的平均杂合度(H)为0.876 7,OarF-CB48的H最高为0.907 8。微卫星位点OarFCB48的多态信息含量(PIC)最高为0.902 1,BM757的PIC最低为0.817 5,平均PIC为0.866 5。说明豫西脂尾羊群体属于PIC较高的遗传群体。     

利用微卫星标记对7个山羊品种的遗传多样性研究

为了研究小香羊与相邻产区山羊品种之间的亲缘关系,利用7个微卫星位点,以波尔山羊为对照,对中国6个山羊群体进行了遗传检测,计算了各品种群体的等位基因频率、平均杂合度(He)、平均多态信息含量(PIC)和平均有效等位基因数(Ne),同时分析了各品种群体内和群体间的遗传变异,并根据遗传距离进行了NJ聚类。结果表明,各群体的He、PIC、Ne分别为0.778~0.823、0.766~0.809、4.707~5.767;川东黑山羊和川东白山羊聚为一类,乌羊和南江黄羊聚为一类,其次是马头山羊、小香羊,最后是波尔山羊。微卫星标记分析结果与它们的地理分布及品种形成相一致。     

甘肃高山细毛羊优质毛品系15个微卫星位点的遗传多样性分析

研究对甘肃高山细毛羊优质毛品系的15个微卫星位点进行了遗传多样性检测.计算了各位点的等位基因频率(P)、杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ne).结果表明:15个微卫星位点中有1个未检测到多态,其余14个均表现出高度多态性.多态性标记在该群体中的平均等位基因数为10个,平均多态信息含量PIC=0.83,平均杂舍度H=0.85,平均有效等位基因数Ne=7.1.说明甘肃高山细毛羊优质毛品系的遗传多样性丰富,遗传变异程度较高,基因一致度较差,变异性较大,具有较大的选择潜力.这14个位点可以作为有效的遗传标记,用于甘肃高山细毛羊优质毛品系遗传多样性分析及其与各生产性状的相关性研究.     

利用微卫星标记分析北京油鸡遗传多样性的研究

采用29对微卫星标记对北京油鸡保种群192个个体进行了遗传多样性检测,通过计算等位基因数、等位基因频率、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)分析了群体内的遗传变异。共检测到171个等位基因,每个微卫星座位的观察等位基因数在2~14个之间,观察等位基因数平均为5.90个,多态信息含量和期望杂合度的平均值分别为0.53和0.59,均大于0.50,表现为高度多态性;除MCW0069、ADL0112、MCW0183、LEI0234和MCW0016 5个位点,其余微卫星位点都处于基因平衡状态。说明北京油鸡保种群具有丰富的遗传多样性,北京油鸡在北京市农林科学院榆垡种鸡场得到了较为妥善的保存,研究结果对该品种的保种工作具有指导意义。     

奶牛分子系谱构建或亲权鉴定的微卫星标记筛选

旨在利用较少的经过优化的遗传标记组合达到快速高效的亲缘鉴定,最终可有效应用于奶牛群体亲子鉴定与系谱构建。本研究从国际动物遗传学会(ISAG)数据库中初步选择了18个多态性较高的微卫星位点,经PCR优化验证获得可高效扩增的8个位点,并检测其在300头中国荷斯坦牛群体中的多态性分布。这些微卫星位点的亲子鉴定效力检测结果表明,8个标记平均等位基因数为14.63,平均多态性信息含量(PIC)为0.747,群体平均观察杂合度(Ho)为0.718,平均期望杂合度(He)为0.773。3种不同情形下进行亲子鉴定时8个位点的结合排除概率(CPE)均≥0.990。8对父子牛亲权鉴定结果表明,利用该8个标记可以识别并剔除系谱中的错误记录。结合排除概率的分析结果表明,当微卫星位点数增加至4个(TGLA227、TGLA122、BMC1207、BM103)时,3种不同情形下的CPE均≥0.949,可以满足个别案例牛亲子鉴定的要求。群体分子系谱构建的结果表明,当微卫星位点数大于或等于6个时,群体内近交系数和总群体近交系数均明显升高。因此,在生产实践中推荐使用TGLA227、TGLA122、BMC1207、BM103、INRA037、INRA134位点进行小规模群体(200)的分子系谱构建或亲权鉴定。     

利用微卫星标记分析长白山中华蜜蜂遗传多样性

利用21对微卫星标记对吉林长白山中华蜜蜂群体遗传多样性进行分析,共检测到39个等位基因,等位基因数目从1~5不等。平均等位基因数为1.8571;所有位点的平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)值分别为0.2068和0.1679。表明长白山中华蜜蜂群体遗传多样性较低。     

基于EST-SSR标记的柞蚕遗传多样性分析

利用4个EST-SSR分子标记分析11个柞蚕品系的遗传多样性。结果显示,4个位点共检测到28个等位基因,平均有效等位基因数(effective number of allele,Ne)为2416个,基因观测杂合度(observed heterozygosity,Ho)为0182～0400,期望杂合度(expected heterozygosity,He)为0524～0658,Shannon信息指数(Shannons information index,I)为0909～1363,群体分化系数(population differentiation coefficient,FST)均值为0337。群体的平均多态性信息含量(polymorphic information content,PIC)为0239～0477,遗传距离为0085～1305。对11个柞蚕品系的遗传多样性分析进一步确认了柞蚕中等程度的遗传多样性,且近60%的遗传变异存在于品系内个体间。研究结果表明EST-SSR标记可用于柞蚕的分子系统学研究。     

利用微卫星标记对宁强矮马和蒙古马遗传多样性的研究

通过8个微卫星位点的多态性检测对宁强矮马和蒙古马共83个个体进行了遗传多样性分析。计算各微卫星位点的等位基因频率、有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)、杂合度(H)和F统计量。结果表明:8个微卫星座位中HMS2变异最大,HTG6变异最小;蒙古马的Ne、PIC、H的平均值均高于宁强马;总群体的平均遗传分化系数Fst为0.017(P<0.01),群体内近交系数Fis为0.171(P<0.01)。说明蒙古马和宁强矮马虽外形和性能上有很大差异,但在品种形成和进化上有着较近的遗传关系。     

甘肃高山细毛羊超细毛型品系微卫星BMS1714和INRA61的遗传多样性分析

为了解甘肃高山细毛羊的遗传多样性,为地方绵羊品种的选种、选育及保种工作奠定基础,选取位于绵羊第25号染色体上的微卫星标记BMS1714和INRA61,对其进行遗传多样性研究。结果表明:BMS1714基因座有10个等位基因,PCR扩增片段大小在121～138 bp之间;优势等位基因为138,优势基因型为138/138;多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)、平均杂合度(He)分别为0.714、4.029和0.731。INRA61基因座有11个等位基因,PCR扩增片段大小在279～292 bp之间;优势等位基因为286,优势基因型为286/286;PIC、Ne、He分别为0.776、5.127和0.809。因此,甘肃高山细毛羊超细毛品系微卫星位点BMS1714和INR A61均呈现高度多态,这两个位点可用于甘肃高山细毛羊的遗传多样性分析。     

沈阳森林动物园丹顶鹤核心种群的遗传多样性分析

利用7个SSR位点对沈阳动物园丹顶鹤核心种群进行了遗传多样性分析,统计了等位基因数(N_a)、有效等位基因数(N_c),计算了群体杂合度(H_e)、多态信息含量(PIC)、Shannon信息指数(I)、近交系数(F_(is))等参数。结果显示:7个微卫星标记中有4个高度多态位点和3个中度多态位点,共扩增出36个等位基因,并发现了11个稀有等位基因;平均有效等位基因是2.4342,平均期望杂合度为0.5510,平均多态信息含量是0.5049,遗传多样性水平较高;哈温平衡检测显示5个位点符合哈温平衡,2个位点偏离了哈温平衡;平均F_(is)值为0.0069,同时平均观测杂合度小于平均期望杂合度,显示可能存在种群个体亲缘关系较近的情况。     

中国地鼠微卫星DNA引物的设计及筛选

本研究旨在筛选中国地鼠微卫星位点,为中国地鼠遗传分析提供遗传标记。根据建立的中国地鼠微卫星富集文库,对筛选的含微卫星DNA序列的克隆应用引物设计软件Primer 3.0设计引物135对,选择合成11对理论上易出现影子带的引物,用20个中国地鼠个体对这些引物进行了评估。结果显示,11对引物均能扩增出谱带,这11条带的平均多态信息含量(PIC)为0.4195,平均观察杂合度(Ho)为0.3895,平均期望杂合度(He)为0.4565,每个位点的平均等位基因数为5.818。筛选出的微卫星位点均可用于中国地鼠种群遗传结构分析,这将为中国地鼠品种选育、种系评估提供更多的微卫星遗传标记信息。     

利用微卫星标记检测仙居鸡保种效果

研究利用28对微卫星标记检测仙居鸡第九和第十世代两个保种群体的遗传结构,通过2个世代间的遗传差异分析仙居鸡的保种效果。结果,2个世代28个位点共检测到172个等位基因,其中7个为0世代所特有,2个世代各座位平均等位基因数为5.5和5.9个,10世代等位基因数有所上升,但差异不显著(P0.05);2个世代选取的28个微卫星位点的平均多态信息含量(PIC)分别为0.5828和0.5856,平均期望杂合度(He)分别为0.6165和0.6174,2个世代间均无显著差异(P0.05);2个世代间相似性系数为0.9735,Nei氏遗传距离为0.0269,表明2个世代间群体遗传结构相似性很高;经检验,9世代存在11个不平衡位点,10世代存在13个不平衡位点,表明哈代-温伯格平衡趋于下降趋势。研究结果表明仙居鸡采用家系等量留种轮回交配法进行保种可行,但要注意避免群体遗传结构处于不平衡状态。     

重庆地方鸡微卫星遗传多样性研究

为了研究重庆地方鸡品种的遗传多样性,试验采用将微卫星标记与荧光标记引物测序相结合的技术进行基因分型,计算各群体在每个位点上的等位基因频率,以及各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ne)。结果表明:在12个微卫星位点中共检测到88个等位基因,Ne在3.158 5～8.480 6之间,位点平均杂合度在0.416 7～0.875 0之间,品种平均杂合度在0.587 3～0.722 5之间,平均杂合度最高的是南川鸡,最低的是城口山地鸡;3个鸡品种在12个微卫星位点上的基因频率存在明显差异,H为0.659 9,PIC为0.741 2;聚类分析显示,南川鸡和大宁河鸡聚为一类,城口山地鸡独自聚为一类。     

新疆南疆7个地方绵羊品种遗传多样性的微卫星分析

利用14对微卫星引物,以新疆南疆7个地方绵羊群体作为研究对象,分析了7个绵羊品种的遗传多样性。通过计算基因频率、平均杂合度(H)、多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne),并根据Nei氏标准遗传距离,进行聚类分析。结果表明:绵羊群体的PIC为0.692,H为0.725,所有位点平均8.4个等位基因,平均4.48个有效等位基因,各绵羊品种聚类结果与其来源、育成史和地理分布基本一致。