24个山东石榴品种遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术,利用8条ISSR引物对24个山东石榴品种进行遗传多样性分析。结果表明:共检测到178个DNA位点,平均每条引物扩增出22.25个DNA位点,其中有122个多态性DNA位点,多态性位点比率为68.54%。平均观察等位基因数、平均有效等位基因数、平均Nei’s基因多样性指数、平均Shannon信息指数分别为1.685 4、1.379 0、0.228 2、0.345 3;品种的遗传相似系数为0.674 2~0.910 1,其中‘峄城多刺’与‘峄城竹叶青’这2个品种的亲缘关系最远,而‘峄城大红皮酸’与‘峄城大青皮酸’的亲缘关系最近。通过UPGMA法构建分子树状图,以遗传相似系数约0.806为阈值,将供试的24个山东石榴品种分为6类,表明ISSR分子标记技术可有效用于石榴品种的遗传多样性分析。     

茶树品种资源遗传多样性的AFLP研究

 利用AFLP - 银染分子标记技术, 对40个茶树品种(系) 进行遗传多样性与亲缘关系分析。选用多态性高、分辨力强的引物组合E-ACG/M-AAC、E-AGG/M-AAG与E-AGG/M-AGT分别对供试材料的基因组DNA进行扩增, 共获得226条清晰可辨的带, 其中多态性带207条, 多态位点百分率为91.59% ,这表明供试品种资源在DNA水平上酶切位点的分布存在广泛的变异。40份资源所检出的位点平均有效等位基因数、平均基因多样度、平均Shannon信息指数, 分别为1.59 ±0.09、0.35 ±0.04、0.53 ±0.05。应用SPSS软件计算遗传距离介于0.13～0148之间, 平均为0.32; UPGMA法将40份资源分成4个类群, 从相似性系数分析了各品种资源间的亲缘关系。     

85个大菊品种遗传关系的ISSR分析

 采用ISSR-PCR分子标记技术对大菊85个品种的遗传多样性进行了分析。从77条ISSR引物中筛选出22条引物分别对供试材料基因组DNA进行扩增，共获得160条清晰可辨谱带，其中多态性带148条，多态位点百分率为92.5%，多态性较高。POPGENE软件计算结果表明，85个大菊品种平均有效等位基因数为1.6013，平均Nei's 基因多样性指数为0.3485，平均Shannon信息指数为0.5162；应用SPSS软件计算得到各品种间的Jaccard相似系数介于0.294~0.802之间。UPGMA法将85个品种分成6个类群，聚类结果与品种瓣型相关。     

牡丹89 个不同种源品种遗传多样性和亲缘关系分析

 利用ISSR分子标记技术,从121条ISSR备选引物中筛选出条带清晰、多态性好的19条引物对89个牡丹品种的遗传多样性进行了分析。通过优化PCR试验条件,共获得188条带,其中177条表现出多态性,多态位点的百分率为94.1%。通过计算机软件分析,供试牡丹品种平均有效等位基因数为1.514,平均Nei’s基因多样性指数为0.3085,平均Shannon’s信息指数为0.4713;各品种间的相似系数介于0.3294 ~ 0.7744之间,平均为0.5722。利用UPGMA法作图,供试的89个品种可聚为2个类群,很好地将不同来源的品种区分开来。     

82个石榴品种遗传多样性的ISSR分析

【目的】研究不同性状石榴品种的遗传关系和遗传多样性,为石榴种质资源分类、品种鉴定和有效利用提供参考依据。【方法】以具有不同性状的82个石榴品种为材料,用ISSR标记分析石榴种质资源的遗传多样性和品种亲缘关系。【结果】用筛选出的10条扩增清晰、多态性较好的引物对82个品种进行PCR扩增,共扩增出186个位点,其中多态性位点178个,多态性位点百分率(PPB)为95.69%,平均等位基因数(Na)为1.957 0,平均有效等位基因数(Ne)为1.302 4,平均Nei's的基因多样性指数(He)为0.214 0,平均Shannon信息指数(I)为0.356 7,品种间遗传相似系数(Gs)为0.478 4~0.994 6,UPGMA聚类结果在Gs为0.735时,将82个品种分为4大类。遗传相似系数矩阵和Cophenetic值之间的相关系数为0.985,说明聚类结果较准确。【结论】利用ISSR标记技术可有效揭示石榴种质资源的遗传多样性和品种间亲缘关系,82个石榴品种遗传多样性丰富。ISSR聚类结果与根据花瓣类型、结实性、籽粒硬度性状的分类结果吻合度较高,与地理生态环境也有一定的相关性。研究结果对石榴种质资源的保存、分类鉴定及杂交育种有重要参考意义。     

濒危植物领春木天然群体遗传多样性的SCoT分析

以领春木天然群体为试材,采用SCoT分子标记技术,研究了山西中条山领春木天然群体的遗传多样性,以期为领春木种质资源的评价和保护提供分子生物学依据。结果表明:23条SCoT共扩增出108条,其中多态性条带80条,多态性比例为74.07%;观察等位基因数平均为1.71,有效等位基因数平均为1.50,Nei′s基因多样性平均为0.281 7,香农信息指数平均为0.411 7;38份供试材料的平均相似系数为0.855。这说明38份领春木种质资源的遗传多样性不高,遗传基础相对较为狭窄。     

基于SCoT标记的山西五角枫遗传多样性分析

以同一生境的40份自然分布的五角枫为试材,采用SCoT分子标记技术,对霍山兴唐寺的五角枫群体进行遗传多样性分析,为五角枫种质资源的评价和保护提供分子生物学依据。结果表明:筛选的15条SCoT共扩增出113条条带,其中多态性条带41条,多态性比例为36.28%;等位基因数平均为1.362,有效等位基因数平均为1.23,Nei′s基因多样性平均为0.134 1,香农信息指数平均为0.199 4;平均相似系数为0.945。试验结果说明供试材料种群的遗传多样性不高,遗传基础较为狭窄。五角枫的遗传多样性评价应该结合形态学表型与更多的分子标记技术。     

新疆野扁桃种质资源遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术,对中国新疆分布的野扁桃(Amygdalus ledebouriana Schlecht.)5个居群共120个个体的遗传多样性进行了研究。9条引物共检测到114个位点,其中105个为多态位点。在物种水平上,野扁桃的多态位点百分率为92.1%,Nei's基因多样度(h)为0.2809,Shannon信息指数(I)为0.4327;在居群水平上,多态位点百分率平均为50.7%,Nei's基因多样度(h)平均为0.2062,Shannon信息指数(I)平均为0.2999。基于Nei's遗传多样性分析得出的居群间遗传分化系数Gst=0.2660,表明有26.6%的遗传变异存在于居群之间。居群间的遗传一致度平均为0.8964,估测的居群间基因流(Nm)为1.3794,可以认为5个野扁桃居群间基因流畅通,与Nei's多样性指数揭示的大部分遗传变异存在于居群内是一致的。根据Nei's遗传距离对不同居群进行UPGMA聚类分析显示居群间的遗传距离与居群的地理距离之间没有显著的相关性。基于试验分析结果,野扁桃种质资源保护和利用的策略为在优先保护现有群体的基础上,加强筛选和保存居群内的变异单株。     

南丰蜜橘及近缘品种的ISSR标记

利用ISSR分子标记对22份南丰蜜橘及其近缘品种的遗传多样性水平进行研究。从31个ISSR引物中筛选出13个引物,通过琼脂糖凝胶电泳共检测到119条稳定的条带,片段大小介于0.5～4 kb之间,条带数在8～13之间;扩增片段中多态性位点98个,平均多态性比率为82.35%。各品种间的Ne i`s基因多样性指数(H)和Shannon信息多样性指数分别为0.289 5和0.433 3,品种间遗传相似指数(GS)范围为0.487 4～0.949 6。通过UPGMA聚类分析,当遗传相似系数为0.72时,可以将22份南丰蜜橘及近缘品种分成3大类。     

利用分子标记技术选择柚类核心种质资源

根据678个SSR和AFLP分子标记聚类结果,对110份柚类资源采用逐级压缩法选择核心种质,比较了样本数不同的8个核心样本群的多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon’s信息指数等参数,最终选择了25个样本组成的样本群作为核心种质。用简明统计软件(CS10.1)对初始种质和核心种质群体的观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon’s信息指数分别作t测验,可看出核心种质保留了初始种质22.73%的样品,多态性位点和多态性位点百分率保留率均达到了94.87%,观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数、Shannon’s信息指数的保留率分别为97.80%、99.86%、100.72%、101.16%,可见核心种质能很好的代表初始种质。     

黑木耳栽培菌株的ISSR分析

应用锚定ISSR技术对21个栽培黑木耳(Auricularia auricula) 菌株进行了遗传多样性研究。从20个引物中选出10个ISSR引物, 扩增得到185个扩增位点, 大小分布在200～3 000 bp之间, 其中多态性位点181个, 多态性位点占97.84% , 表明ISSR标记的多态性非常高。平均每个位点的观察等位基因数(Na) 为1.9784, 每个位点的有效等位基因数(Ne) 为1.2396; 菌株间平均Nei基因多样性( h ) 为0.2732, Shannon信息指数( I) 为0.4278。Nei (1972) 遗传距离矩阵分析表明21个黑木耳菌株间遗传距离在0.36到0.55之间, 基因流(Nm ) 达到2.7528, 表明我国栽培黑木耳的遗传背景十分丰富, 遗传多样性很高, 同时表明我国各地域间栽培黑木耳菌株存在着很大的菌种交流。     

基于EST-SSR标记与果实品质性状的贵州野生刺梨核心种质构建

采用10对EST-SSR引物和9个果实品质性状指标对收集的220份野生刺梨(Rosa roxburghii Tratt)资源的遗传多样性进行分析,结果表明:10对EST-SSR引物共扩增出多态性条带27条,多态百分率为76.67%;9个品质性状中平均单果质量、可滴定酸、固酸比、维生素C和类黄酮含量的变异系数达到20%以上;说明该220份贵州野生刺梨种质资源遗传变异丰富,遗传多样性分布范围较广,适于进行核心种质的构建研究。进一步将9个品质性状指标进行6级分类,并处理为9个品质标记共产生54条多态带,与EST-SSR标记一起,采用Nei’s遗传距离进行UPGMA聚类,同时采用位点优先取样策略进行核心种质构建,以表型保留比例、均值差异百分率、方差差异百分率、极差符合率、变异系数变化率、多态性位点百分率、Nei’s基因多样性指数、Shannon’s信息指数等对核心种质进行评价,并利用主坐标分析法对核心种质进行确认。结果表明:构建的32份核心种质在分子水平,表型水平及地区分布上都能够代表原种质的遗传多样性。     

普通杏群体遗传结构的荧光AFLP分析

以准噶尔—伊犁生态群（新疆野杏）、中亚生态群（新疆栽培杏和李光杏）、欧洲生态群和华北生态群的45个普通杏品种或材料为试材,以梅杏、辽梅杏和辽杏为外组,利用荧光AFLP标记对普通杏4个生态群的群体遗传结构进行了研究,结果表明：7对EcoRI/MseI引物（其中MseI引物为FAM荧光标记物）平均扩增多态带数为130.86,平均多态带为60.58%。4个生态群的多态带百分比比较表明准噶尔—伊犁新疆野杏生态群（P = 43.59%）＞中亚南疆栽培杏生态群（P = 41.27%）＞华北生态群（P = 39.42%）＞欧洲生态群（P = 39.42%）＞中亚李光杏生态群（P = 37.57%）;普通杏在种级水平Nei's基因多样度（H = 0.143）和Shannon信息指数（I = 0.226）显著或极显著高于群体水平。在群体水平上,准噶尔—伊犁新疆野杏生态群的Nei's基因多样度和Shannon信息指数（H = 0.131;I = 0.202）高于中亚生态群（南疆栽培杏）（H = 0.127;I = 0.195）、欧洲生态群（H = 0.124;I = 0.189）和华北生态群（H = 0.116;I = 0.180）,但无显著性差异,显著高于中亚李光杏生态群（H = 0.113;I = 0.173）;普通杏4个生态群的遗传分化系数（G_ST = 0.147）显示,普通杏的遗传变异主要存在于群体内,占总变异的85.3％;通过遗传分化系数计算得G_ST基因流N_m = 2.901,说明普通杏4个生态群存在适度的基因交流,人为引种可能是产生基因交流的主要原因,而地理隔离可能是阻碍基因交流的主要因素。对普通杏4个生态群的群体遗传多样性和群体遗传结构的分析初步认为,普通杏起源于准噶尔—伊犁新疆野杏生态群,通过人为驯化,在新疆南部形成栽培杏中心,并形成中亚南疆栽培杏生态群,之后通过人为引种向东传播形成华北生态群,向西传播形成欧洲生态群。     

基于SRAP分子标记的桂花品种亲缘关系研究

 利用相关序列扩增多态性( SRAP) 分子标记, 以柊树[Osmanthus heterophyllus ( G. Don. )P. S. Green ] 和华东木犀(Osmanthus cooperi Hemsl. ) 为对照种, 研究了桂花(Osmanthus fragrans Lour. )88个品种、1个野生种的亲缘关系, 18对SRAP引物共获得296个位点, 其中248个为多态性位点, 多态性比率达83.78%。平均每对引物组合产生16.4个位点和13.8个多态性位点。其中, 银桂品种群的Shanon信息指数( 0.3412) 和遗传多样性指数( 0.2191) 最高。遗传变异估算表明: 桂花遗传分化系数为52.95% , 大部分变异存在于品种群之间, 说明品种群体间遗传分化高。聚类分析结果表明, 以遗传相似系数0.762为截值, 可将91份种质分成6类; 各品种群的品种往往聚在一起; 四季桂品种群与其他品种群遗传距离较远; 色质较深的金桂往往与丹桂品种群的多个品种聚在一起。基于SRAP分子标记的聚类结果与基于形态的传统分类学的结果基本相符。     

石榴种质资源遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析

利用ISSR标记技术对47个石榴品种遗传关系进行了分析。筛选出多态性高的6条ISSR引物,共扩增出120条DNA条带,其中多态性带109条,多态性百分率为90.83%,有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样(H)、Shan-non信息指数(I)分别为1.294 5±0.309 4、0.189 7±0.161 8、0.309 1±0.219 8,遗传距离(Dg)变异为0.075 0～0.400 0,表明石榴品种间存在比较丰富的遗传多样性。利用UPGMA法构建分子树状图,将47个石榴品种分为5个类群。同时检测到15条特异性条带,可用于供试石榴中的11个品种鉴定的参考性标记。     

核用银杏品种遗传关系的AFLP分析

采用AFLP技术对34份核用银杏品种进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果表明：8对AFLP引物组合共扩增出1 337条谱带,多态带百分率为99.63%;品种间的遗传相似系数在0.2915 ~ 0.6812之间,平均值为0.4911;在相似系数为0.50时供试品种可分为4大类;依据AFLP结果建立了核用银杏品种指纹图谱。核用银杏4个类型的Nei’s遗传多样性指数范围为0.1392 ~ 0.2014,总体为0.2112,Shannon’s信息指数范围为0.2138 ~ 0.3165,总体为0.3417;4个类型品种间的遗传分化系数为0.0871,基因流为5.4230。结合特异位点、相似系数、聚类结果等筛选出8份核用银杏优质品种。     

基于SSR标记的板栗地方品种遗传多样性与关联分析

采用SSR标记对山东等10个省份95个板栗地方品种的遗传多样性、群体结构进行分析,并进行板栗18个农艺性状与SSR标记关联分析。结果表明：（1）17对SSR引物在95个板栗品种中检测出44个等位位点,平均为2.6个,Shannon’s指数（I）和多态性信息含量（PIC）平均值分别为0.67和0.352,遗传多样性较为丰富;（2）山东群体和江苏群体的多态性位点比率（P）最高,均达到94.12%,观察等位基因数（Na）分别为2.53和2.18,亦高于其他群体;（3）根据Evanno等统计模型,92个板栗品种被划分为3个亚群,分别包含25、40和27个品种,且均有着复杂的地理起源,另有3个品种没有明确的类群归属;（4）利用GLM和MLM模型进行关联分析,并经过假阳性检验,发现叶柄长度和淀粉含量分别与标记CsCAT 5和CsCAT 22显著关联,关联系数分别为0.4027和0.1869。