SSR分子标记实验操作注意事项

SSR分子标记已经得到普遍应用,初学者如不能很好地掌握实验操作要点,就难以在较短时间内成功地获得试验结果.本文分别介绍了DNA提取、PCR扩增和电泳检测PCR扩增产物等实验过程中容易被忽视的注意事项,以期为普及SSR分子标记实验技术服务.     

遗传群体构建的分子标记检测体系

为了建立遗传群体构建的分子标记检测体系,利用SSR分子标记技术构建了从DNA提取、引物多态性筛选、亲本和子代植株的PCR扩增、扩增产物的电泳检测等4 步检测体系,实验中仅用1 对位于大麦7H染色体上的引物HvWaxy4 就对7 个F1子代植株进行了鉴定,通过鉴定判断出其中3 个植株为F1子代,4 个单株为自花授粉产生的子代。表明SSR标记技术在验证遗传群体构建过程中F1杂交植株真伪的可行性,该方法适用于自花授粉作物的遗传群体构建过程中F1植株的真伪检测。     

SSR分子标记技术及其在构建玉米DNA指纹库上的应用

SSR分子标记技术是在PCR基础上发展起来的一种DNA多态性检测技术,已开始应用于植物基因组研究的各个领域。本文概述了SSR标记的原理、类型、功能及其引物的来源和利用SSR构建玉米DNA指纹库的进展以及玉米DNA指纹库在品种鉴定、品种保护及品种监测等方面的应用。     

DNA指纹用于杂交水稻种子纯度和真伪鉴定的研究进展

本文简要阐述了RAPD、RFLP、AFLP、SSR等几种主要的建立DNA指纹图谱的分子标记技术及其在杂交水稻种子纯度和真伪鉴定中的研究和应用情况,同时评述了这几种分子标记技术各自的优缺点,并就水稻DNA提取方法的改进、PCR扩增反应程序和反应体系的优化、扩增产物的检测以及DNA指纹在杂交稻种子纯度和真伪鉴定中的准确性等问题进行了讨论。DNA指纹在杂交水稻种子纯度和真伪鉴定中具有广阔的应用前景,关键是要建立一套完善的、标准化的技术体系,进一步简化实验操作程序,降低成本,真正做到简单快速、准确可靠,使DNA指纹能用于规模化、商业化的种子质量鉴定之中。     

ISSR分子标记及其在植物分子生物学中的应用

ISSR分子标记是在PCR基础上发展起来的一种DNA多态性检测技术。其基本原理就是在SSR的3’或5’端锚定1~4个核苷酸,然后对反向排列SSR间的一段DNA进行PCR扩增,而不是扩增SSR本身。ISSR分子标记通常为显性标记,呈孟德尔式遗传,具有简便、快速、稳定、DNA多态性高等优点。目前,在植物遗传多样性、系统发育、品种鉴定、基因定位、遗传作图等研究中已得到广泛的应用。     

SSR分子标记在棉花遗传育种中的应用及进展

SSR（Simple Sequence Repeat）是在PCR（Polymerase Chain Reaction）基础上发展起来的一种新的分子标记技术,具有高度多态、共显性、保守性、且仅需少量的DNA、操作简便、重复性好、稳定可靠等优点,在动物、植物、微生物等研究领域中得到了广泛应用。简述了SSR分子标记技术在棉花上的DNA提取方法、引物开发、PCR反应体系、扩增后检测方法优化上的进展及其在棉花遗传育种中的遗传图谱的构建、遗传多样性的鉴定、功能基因和QTLs的定位、标记辅助育种和品种、杂种、突变体、亲缘关系的鉴定及种子纯度的检测方面的应用情况,从而为相关工作者在这方面的研究提供参考。     

分子标记技术在棉花品种鉴定上的研究进展

 DNA指纹技术的发展大体分为三个阶段：第一代的分子标记是以Southern杂交为基础的RFLP,第二代分子标记是以PCR为基础的各种DNA指纹标记,第三代分子标记是以单核苷酸多态性为基础的SNP。本文概述了品种鉴定技术的研究与应用进展,重点介绍了用于棉花品种鉴定的四种主要的分子标记技术：RFLP、RAPD、AFLP和SSR,对每一种分子标记的技术原理、在棉花品种鉴定上的应用研究状况及存在的优缺点进行了具体阐述。通过比较分析,提出了SSR标记适用于棉花品种鉴定的独特优越性。并对基于SSR分子标记技术构建我国棉花品种DNA指纹库的重要意义与必要性进行了分析。     

玉米杂交种DNA指纹图谱及其在亲子鉴定中的应用

采用79对SSR引物分析了86个玉米杂交种的72份亲本自交系的遗传多态性,从中筛选出扩增带型清晰、稳定的50对引物用于构建86个杂交种的DNA指纹图谱数据库;进而确定10对核心引物和判别标准用于亲子鉴定研究。结合玉米SSR分子标记检测技术和单籽粒DNA快速提取方法,DNA指纹数据库和判别标准可有效地用于玉米杂交种的亲子鉴定。     

一种快速提取棉花干种子基因组DNA的新方法

利用SSR(Simple sequence repeats)分子标记技术,能够快速有效地进行杂交棉纯度鉴定。为了攻克SSR分子标记技术中存在的技术难关,本文专门对棉花干种子胚的基因组DNA提取方法进行了研究。利用该方法,只需要2次加液、1次离心,从基因组DNA提取到SSR-PCR扩增,最后电泳,进行谱带分析,整个过程仅需4.5~5 h。本方法成本低、速度快、操作简单,适用于批量化DNA的提取,且整个提取过程无毒、无污染,是一种资源节约型和环境友好型的高效提取方法,适用于大批量样本的SSR分子标记鉴定工作。     

玉米简易多重SSR-PCR和荧光标记检测技术

玉米是世界重要的粮食和饲料作物,通过深入研究玉米分子育种技术来提高玉米产量显得尤为必要。为了获得快速、高效的玉米DNA分子标记检测技术,本研究以玉米为试验材料,开发出一套简易、快捷的多重SSR-PCR技术和荧光标记检测方法。结果表明:2次SSR-PCR反应和1次毛细管电泳荧光检测,可以鉴定11对二等位基因多态引物,扩增方面与常规PCR反应相比效率提高了5.5倍,基因型检测方面与常规聚丙烯凝胶电泳相比效率提高11倍。利用扩增试剂盒(Mutiplex)的多重PCR扩增方法简单、稳定,取得了比较理想的玉米SSR快速高效的标记检测效果,适于在不同实验室移植。     

种快速提取棉花干种子基因组 DNA 的新方 法简

 利用SSR(Simple sequence repeats)分子标记技术,能够快速有效地进行杂交棉纯度鉴定。为了攻克SSR分子标记技术中存在的技术难关,本文专门对棉花干种子胚的基因组DNA提取方法进行了研究。利用该方法,只需要2次加液、1次离心,从基因组DNA提取到SSR-PCR扩增,最后电泳,进行谱带分析,整个过程仅需4.5～5 h。本方法成本低、速度快、操作简单,适用于批量化DNA的提取,且整个提取过程无毒、无污染,是一种资源节约型和环境友好型的高效提取方法,适用于大批量样本的SSR分子标记鉴定工作。     

玉米种子DNA快速提取及杂交种纯度的快速鉴定

本研究用玉米杂交种渝单8号及其双亲的干种子作为材料,使用NaOH溶液研磨玉米种子胚,提取基因组DNA,并利用多重PCR扩增进行玉米杂交种子的纯度鉴定.结果表明,利用玉米种子快速提取方法获得的DNA可进行正常的SSR扩增,并且从20对玉米核心引物中筛选出了8对扩增谱带呈双亲互补型的引物,将其中3对引物YISSR、phi072和phi299852组合起来扩增,扩增谱带清晰可辨,对渝单8号杂交种子的纯度进行准确鉴定.初步表明利用多重PCR技术鉴定玉米种子纯度是可行的,不仅简便快速,而且降低了检测成本.     

利用SSR标记构建贵州山区玉米杂交种的指纹库

对贵州山区目前在生产上正在使用的西山系列玉米杂交种12份进行了SSR分析。从60对引物中筛选到稳定性好、多态性丰富的8对引物作为核心引物。用这8对引物的指纹组合构建了贵州山区西山系列玉米杂交种的DNA指纹数据库。结果表明,利用SSR技术进行玉米杂交种真实性的鉴定是可行、有效的。     

3种PCR程序扩增甜菜SSR及InDel标记的比较

本研究旨在扩增出条带清晰、非特异性条带少的SSR/InDel标记产物。选择来自6个国家的12份不同基因型甜菜品种,利用SSR及InDel两种标记方法,Touch-down PCR、梯度PCR及常规固定退火温度PCR三种反应程序扩增产物。通过比较扩增产物的多态性、稳定性、清晰度选择适合两种分子标记方法的PCR反应程序。结果表明:Touch-down PCR法可以通过一次反应即顺利扩增出带型清晰,无无效带,扩增效果稳定的样本产物。梯度PCR法扩增结果不稳定,有非特异性条带出现并且弥散现象严重。固定退火温度PCR扩增结果因引物不同而差异较大,同时伴有弥散现象。Touch-down PCR扩增产物特异性,稳定性均高于梯度PCR及固定退火温度PCR,且较梯度PCR法省略了摸索最适退火温度的过程。因此,推荐使用Touch-down PCR程序进行甜菜SSR与InDel分子标记法研究。     

SSR标记技术在玉米杂交种种子纯度测定中的应用

以21份玉米骨干自交系及其组配的13个杂交种为材料, 进行SSR标记分析. 从220对引物中, 筛选出扩增带型稳定、多态性丰富的58对引物; 杂交种的SSR图谱基本上表现为双亲互补带型. 利用两个或三个引物组合构建的SSR图谱, 通过统计测验可以将13个杂交种区分. 实验表明, 应用SSR标记技术结合单籽粒DNA快速提取方法, 可以快捷、准确     

小麦基因组的一种简易提取方法

摘要：【研究目的】在综合分析多种提取小麦DNA方法的基础上,改良发展了一种快速简便高效的小麦基因组DNA提取方法。【方法】以春小麦Thatcher和以Thatcher为背景的近等基因系TcLr19,TcLr20, TcLr28为材料,改进后的方法提取的基因组DNA用抗叶锈基因Lr20的STS标记、Lr19和Lr28的SCAR标记、Lr28的SSR 标记进行PCR扩增,【结果】各分子标记都扩增出条带清晰正确的目的片段【结论】这表明该方法能够获得适用于STS、SCAR、SSR标记PCR扩增的高质量的DNA,而且该DNA简易提取方法加快了DNA提取速度、降低了污染源和成本,为大批量提取DNA提供了技术支撑。     

中国玉米分子标记技术研究概况

概述了近年来分子标记技术在中国玉米遗传多样性、杂种优势及杂种产量的预测、目标基因和QTL定位、DNA指纹图谱构建和杂交种子纯度鉴定等研究方面的应用。认为分子标记技术在以下方面将具有广阔的前景：(1)在玉米特用种质资源的发现、鉴定、分类整理和开发利用上,应用分子标记技术,能进一步挖掘与玉米高产、优质、高抗有关的基因性状,从而进行基因的定位和标记,提高玉米育种的效率。(2)运用该技术对玉米抗病、抗虫、抗涝、抗旱等抗逆性基因进行精确定位,为这些抗逆基因的克隆、转化及利用打下良好基础,为分子标记辅助选择育种提供了便利,有利于加快育种进程。(3)随着分子标记技术的进一步完善与发展,以及玉米DNA指纹计算机应用软件的开发,其检测技术将逐步程序化、简单化和自动化,应用分子标记技术可以经济、迅速、准确的鉴定和检测玉米自交系或杂交种的纯度及真伪,为品种保护和开发提供可靠的依据。     

中国玉米分子标记技术研究进展

概述了近年来分子标记技术在中国玉米遗传多样性、杂种优势及杂种产量的预测、目标基因和QTL定位、DNA指纹图谱构建和杂交种子纯度鉴定等研究方面的应用。认为分子标记技术在以下方面将具有广阔的前景:(1)在玉米特用种质资源的发现、鉴定、分类整理和开发利用上,应用分子标记技术,能进一步挖掘与玉米高产、优质、高抗有关的基因性状,从而进行基因的定位和标记,提高玉米育种的效率。(2)运用该技术对玉米抗病、抗虫、抗涝、抗旱等抗逆性基因进行精确定位,为这些抗逆基因的克隆、转化及利用打下良好基础,为分子标记辅助选择育种提供了便利,有利于加快育种进程。(3)随着分子标记技术的进一步完善与发展,以及玉米DNA指纹计算机应用软件的开发,其检测技术将逐步程序化、简单化和自动化,应用分子标记技术可以经济、迅速、准确的鉴定和检测玉米自交系或杂交种的纯度及真伪,为品种保护和开发提供可靠的依据。