我国核桃组(Sect.Juglans)种质资源的SSR标记分析

为从基因水平对我国核桃组资源的遗传多样性进行分析,用9对SSR引物对核桃组中29份核桃(Juglansregia L.)样品、2份铁核桃(J.sigillata D.)样品、4份J.sigillataD.×J.regiaL.样品进行扩增,共检测出等位基因47个,每个位点扩增3～9个等位基因,平均5.2个。9个SSR位点的PIC值在0.3188～0.7902,平均为0.6357。35个样品在9个SSR位点上有杂合位点1～6个,样品的杂合度在0.11～0.67,平均0.35。采用UPGMA方法进行聚类分析,35个样品可以分为4组。其中陕西晚实核桃与华北核桃聚为一类,陕西早实核桃聚为一类再与新疆核桃聚为一组,表明秦巴山地核桃可能属于华北和新疆2个地理生态型。铁核桃与西藏核桃聚为一组,说明铁核桃与西藏核桃的亲缘关系较近,认为铁核桃和西藏核桃作为核桃种下的一个生态类型可能更为合适。     

应用cpSSR和EST-SSR标记进行柑橘特异种质资源遗传背景研究

将叶绿体SSR 和EST-SSR 标记用于揭示柑橘及其近缘属的系统发育关系,并阐明保存在重庆国家果树种质柑橘圃内一些特异种质资源的遗传背景。其中50 份材料和44 份材料分别用cpSSR 和EST-SSR 分析。22 对cpSSR 引物产生146 个多态性条带,平均检测到6.64 个多态性条带,平均Shannon’s多样性指数为0.32;18 对EST-SSR 引物产生240 个多态性条带,平均检测到 13.3 个多态性条带,平均多态信息含量（PIC）为0.73,平均期望杂合度为0.78。根据cpSSR 和EST-SSR 分析,结合形态学证据,阐明一些特异柑橘种质资源的遗传背景,同时证明莽山野橘、元橘、宜昌橙有较近的亲缘关系。     

基于EST-SSR标记分析猕猴桃种质遗传关系

利用开发的11对EST-SSR引物分析了33份猕猴桃种质资源的遗传多样性及其遗传关系。结果表明,11对EST-SSR引物在所有供试材料中均可扩增出清晰条带,其中有8对引物呈现多态性,多态性扩增率为72.7%,对33份种质材料的区分率达100%。8对多态性引物共检测到61个等位基因,每对引物可检测到的等位基因数为2-17,平均为7.6个。利用NTSYS-pc软件,以不加权成对算术平均法(UPGMA)对扩增结果进行聚类,谱系图显示,33份种质材料之间的相似系数在0.60～0.97,表明猕猴桃种质之间遗传关系相对来说不是很远。在相似系数0.73的水平上可将供试猕猴桃材料分为7个类群,其结果与传统的形态分类大体一致。从分子角度揭示了猕猴桃种质资源的遗传多态性及其遗传关系。可为猕猴桃种质改良提供理论依据。EST-SSR是非常有效和可靠的分子标记,可为猕猴桃分子育种及遗传连锁图构建奠定基础。     

EST-SSR标记与人工接种鉴定黄瓜种质褐斑病抗性

利用EST-SSR引物CSFR33对231份黄瓜资源进行抗病性检测,有109份资源抗病。通过对30份资源与人工接种抗性鉴定结果相比较,二者的符合率达93.33%。在实际应用中可通过标记初步进行大量材料的抗性检测,在此基础上根据需要有针对性地做人工接种抗病性鉴定,可以大大提高黄瓜种质资源抗性筛选的效率。抗病资源的获得可为抗褐斑病黄瓜新品种的选育奠定基础。     

西藏核桃种质资源研究

核桃是我国的重要果树,也是西藏重要的木本油料作物.种质资源是核桃品种选育的基础,为了科学利用西藏丰富的核桃种质资源,为育种提供基础资料,研究了西藏核桃的起源、历史,详细介绍了西藏核桃的分布、种质资源分类、核桃群落类型划分、命名以及品种选育工作.结果表明,西藏的核桃主要有3个分布区域:雅鲁藏布江流域、怒江流域和澜沧江流域...     

核桃EST-SSR信息分析与标记的初步建立

利用生物信息学方法,从dbEST数据库用SSRHunter软件对4 500条核桃EST序列进行搜索,发现462个SSR分布于399条EST序列中,EST-SSR出现频率10.27%,平均每5.65 kb EST出现一个SSR。核桃二核苷酸重复基元占主导地位,其次为三核苷酸重复基元,分别占总SSR的49.57%和27.27%。核桃二核苷酸EST-SSR的优势类型为AG,其次为AT,分别占二核苷酸SSR的67.25%和28.38%。核桃三核苷酸EST-SSR的优势重复基元为AAG,其次为ACC、AAT、AGG,分别占三核苷酸SSR的25.40%、21.43%、16.67%和11.11%。用Primer Primer 5.0软件设计了11对引物,对核桃属5个样品进行PCR扩增,10对引物有扩增产物,引物有效扩增率90.9%,其中7对引物有多态性,多态性引物占可扩增引物的70%。表明,利用核桃EST序列开发EST-SSR标记是可行的。     

核桃种质资源遗传多样性的RAMP标记分析

以核桃嫩叶为试材,对34份核桃种质资源进行了RAMP技术分析研究,以期建立基因组DNA的有效提取方法。结果表明:利用11对引物共扩增出185个条带,其中多态性条带142个,多态性条带比率62.5%~93.3%;34份核桃样品间的相异系数0.0274~0.4848。表明34份核桃种质资源具有较丰富的遗传多样性,用RAMP进行核桃资源的DNA指纹分析可行;核桃的遗传基础具有一定的地域特征,"石门核桃"种群在遗传关系上是相对独立的栽培群体。     

运用RAPD对核桃属种间亲缘关系的研究

用随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）技术对核桃属内９个种及近缘属的２个种进行基因组ＤＮＡ多态性分析,共选用２０个１０ｂｐ随机引物扩增出３１１个ＤＮＡ片段,其中铁核桃Ｊ．ｓｉｇｉｌｌａｔａ,甘肃枫杨Ｐ．ｍａｃｒｏｐｔｅｒａ显示出自身特征性标记,利用这些片段进行遗传关系分析,根据ＵＰＧＭＡ方法构建聚类树状图。研究结果表明：铁核桃为核桃属中一个独立种;核桃属内组间和种间亲缘关系与经典分类学的结果完全一致;     

核桃品种微卫星标记的筛选与鉴别

【目的】筛选合适的微卫星标记,以便精确、快速、高效、可靠地鉴定核桃品种。【方法】从已报道的核桃微卫星引物遴选出22对引物,对5个川早系列核桃品种和2个四川乡土核桃进行鉴别。【结果】经过筛选和比对重复,有15个位点获得了清晰、准确、一致的等位基因信息。15个位点共获得了64个等位基因,平均等位基因数为4.2个,平均表观杂合度为0.648;平均无偏期望杂合度为0.704,表现出了很高的多态性。少数几个位点(wga001、wga032、wga148、wga004与wga079组合、wga349与zmz39组合,wga349与zmz22组合,wga202与zmz05组合,zmz35与zmz44组合等)就可以有效地对供试核桃品种进行鉴定。【结论】15个筛选出的微卫星位点表现出很好的品种鉴别能力,为川早系列核桃品种的鉴定提供了技术支持,也为建立应用更为广泛的核桃品种微卫星鉴别体系提供了一定的借鉴。     

核桃种质资源研究进展

核桃是世界范围内的重要果树,无论面积和产量在各类干果中居首位。种质资源是核桃品种选育的基础,对国内外核桃种质资源研究工作进行了全面综述,包括国内外种质资源研究现状、分类和利用现状、品种类型适应性研究等方面,并对美国国家种质资源圃收集及利用情况进行了介绍。提出在今后的核桃种质资源研究工作中,应充分发挥我国资源丰富的优势,加强和利用不同特异类型及生物技术开展核桃的种质资源研究。     

杏EST-SSR标记的开发

 利用MISA软件对NCBI上杏的15 387条EST序列进行SSR位点查找,发掘出含有SSR位点的序列1 073条,共有1 353个SSR位点,候选SSR位点出现的频率为8.79%。二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复是最主要的重复类型,分别占23.50%、38.80%和23.43%。设计了50对EST-SSR引物并进行PCR扩增,发现40对引物能扩增出理想的PCR 产物,其中有25对引物能够扩增出多态性带。随机对7对引物的部分杏扩增片段进行了测序分析,发现有57.1%的片段具有相应的SSR位点,对梅DNA指纹中部分谱带的测序结果也证明是杏扩增出的相应的SSR位点。根据推算,从杏EST中开发SSR标记的开发效率为3.98%。进一步选用20对扩增效果最好的引物对24个杏品种,16个花梅品种以及8个果梅品种进行DNA指纹构建与遗传多样性分析,结果表明,来源于杏的EST-SSR引物在梅中有很高的通用性,杏和梅是遗传差异明显的两种植物,果梅与花梅在遗传上是不能分为两类的同种植物。     

EST-SSR标记在翦股颖上的通用性及遗传多样性研究

利用来自小麦、大麦、玉米、高粱、水稻的1 058 对EST-SSR 在翦股颖上进行扩增,得到有效扩增引物620 对（58.60%）。其中源于小麦、大麦、玉米、高粱、水稻的引物对数分别为313（61.49%）、30（63.83%）、101（51.53%）、11（35.48%）、165（60.00%）。进一步利用其中53 个引物对,对8 个翦股颖品种进行了遗传多样性分析。有51 对引物显示了多态性,占引物数的94.34%;共检测到368 个等位变异,平均每对引物有6.9 个等位变异;多态性信息指数（PIC）为0.49 ~ 0.93,平均为0.78;品种间遗传相似系数为0.48 ~ 0.86,平均为0.72。聚类分析结果表明,在相似系数0.75 处,8 个品种可明确的分为两大类,第Ⅰ类为高地;第Ⅱ类又可分为两个亚类,Ⅱ-1 亚类由阿尔法、潘克劳斯、回旋组成,Ⅱ-2 亚类由普特、L-93、开拓、A4 组成。     

EST-SSR标记在蔬菜作物中的开发和应用进展

EST-SSR标记是根据表达序列标签（Expressed Sequence Tag,EST）序列而开发的新型分子标记,与传统的基因组SSR相比具有开发费用相对较低、快捷获取基因表达信息、物种间通用性好等突出优点,尤其适用于未完成基因组测序的作物。本文对近年来蔬菜作物中EST-SSR标记的开发和应用进展进行了简述与展望,以期推动EST-SSR标记在蔬菜作物中的进一步应用。     

利用SRAP和EST-SSR分析香椿资源的遗传多样性

利用SRAP和EST-SSR标记技术对中国9省10个香椿居群的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,试图为香椿种质资源的保护和开发利用奠定基础。结果表明,33对SRAP标记共扩增出167个多态性位点,平均每对引物产生5.06个多态性位点;45对EST-SSR引物共检测到221个多态性位点,平均每对引物检测到4.9个多态位点;所选香椿居群的等位基因数和期望杂合度（EST-SSR,Na = 2.3506,He = 0.4632）及Shannon’s信息指数（SRAP,I = 0.6140;EST-SSR,I = 0.6752）较高,表明中国香椿资源具有较高的遗传多样性;居群间的遗传分化系数（SRAP,Gst = 0.3124;EST-SSR,Fst = 0.2462）表明所研究的香椿资源分化程度较高;聚类结果显示,10个香椿居群可分成3类,其中衡水、泰安和太和居群为一类,成都、昆明、武汉和汝阳居群为一类,德州和泉州居群聚为一类,南京居群的结果因两类引物略有不同;香椿居群间的遗传距离与实际的地理距离相关性不显著。     

与甘蓝中心柱长相关联的EST-SSR标记分析

利用40 个EST-SSR 标记,对100 份甘蓝自交系组成的自然群体进行遗传结构分析,采用TASSEL3.0 软件的GLM（general linear model）和MLM（mixed linear model）模型,对甘蓝中心柱长和中心柱长/球高比值性状进行关联分析。结果显示供试材料可分为3 个亚群;EST-SSR 位点间有较高的多态性和一定程度的连锁不平衡;以GLM 模型分析,共检测出5 个标记的7 个位点与中心柱长性状相关联,2 个标记的3 个位点与中心柱长/球高性状相关联,其中2 个位点同时与两个性状相关联;以MLM 模型分析,共检测出3 个标记的4 个位点与中心柱长性状相关联,1 个标记的2 个位点与中心柱长/球高性状相关联,其中2 个位点同时与两个性状相关联。GLM 和MLM 两种模型同时检测到了与中心柱长/球高相关联的1 个标记的2 个位点以及与中心柱长相关联的3 个标记的4 个位点。     

高羊茅EST-SSR标记开发及遗传多样性分析

采用从其他作物转移与利用自身EST序列设计两种方法为高羊茅（Festuca arundinacea L.）开发EST-SSR分子标记,并利用所开发标记对高羊茅品种（系）进行遗传多样性分析。利用来自小麦、大麦、玉米、高粱和水稻的732对EST-SSR在高羊茅上进行通用性分析,得到406个有效的扩增引物对（55.46%）。利用高羊茅EST数据库（GenBank/dbEST）中63 853条EST序列进行微卫星序列的查找,共发现包含微卫星的EST序列420条,占整个EST总数的0.658%。其中三核苷酸基序出现频率最高（43.33%）,次之为二核苷酸基序（33.57%）。二核苷酸基序以CT/GA出现频率最高（16.90%）,三核苷酸基序以CAG/GTC出现的频率最高（10.63%）。进一步运用Primer 5.0软件设计了108个引物对,并交上海桑尼公司合成。PCR检测表明,92个引物对（85.19%）在高羊茅中均可以扩增出稳定清晰的带型。从498对（其中5种作物的406对,高羊茅的92对）有效扩增的EST-SSR引物中随机选取81对引物,对12个高羊茅品种（系）进行扩增。79个引物对显示出多态性（97.53%）。共检测到133个等位变异,平均每对引物有1.68个等位变异;多态性信息含量（PIC）值最高为0.66,最低为0.14,平均为0.48。聚类分析结果表明,12份材料在相似系数为0.61处可分为5大类：第Ⅰ类为‘爆发力’和‘法思’;第Ⅱ类为‘强劲’、‘家园’和‘翠碧A’;第Ⅲ类为‘可其思3号’和‘凌志’;第Ⅳ类为‘雅典娜2号’、‘美洲虎3号’、‘火凤凰’和‘TF160’;‘球道’单独为第Ⅴ类。     

西瓜EST-SSR分子标记的筛选

利用国际共享获得的820条EST序列,自主设计出79对EST-SSR引物,其中有32对引物经过PCR扩增出稳定清晰的电泳条带,可以作为西瓜和相关物种的新的EST-SSR分子标记。     

不同产地连翘EST-SSR标记遗传多样性研究

以采自连翘主产区河南和山西12个产地的77份连翘种质资源为试材,采用EST-SSR分子标记技术分析其遗传多样性,以期探索不同产地连翘的遗传相似性以及其关键影响因素。结果表明:从60对引物中筛选出14对扩增条带清晰,稳定性好的多态性EST-SSR引物,14对引物在77份样品中共扩增出370条带,多态性条带368条,多态位点百分率为99.46%,12个产地的遗传距离范围是0.020 3~0.092 2,平均遗传距离为0.055 8。根据遗传相似系数对12个产地进行聚类分析,在0.935处把12个居群聚为5类;同时对77份样品进行聚类分析,在0.72处把77份样品聚为5类,个体聚类结果与产地聚类结果相似。聚类结果分析表明,连翘的遗传相似性与地理距离没有显著的相关性,主要与生长环境以及海拔等因素有关。试验结果揭示了不同产地连翘遗传相似度的关键因素,为连翘亲缘关系的鉴定、连翘资源的保护与开发奠定了基础。     

甜瓜EST-SSR位点信息及标记开发

 对GenBank中35 547条甜瓜EST进行净化处理, 得到总长度为2.5 ×10⁷ bp 的无冗余EST34 408条。从这些序列中发现2 877 个SSR, 分布于2 119 条EST中, 出现频率为8.36% , 分布密度为1/8.72 kb。单碱基、二碱基和三碱基重复是主导重复类型, 分别占EST2SSR总数的16.61%、22.49%和46.09%。A /T、AG/CT和AAG/CTT分别是单碱基、二碱基和三碱基的优势重复基元, 分别占15.88%、16.02%和28.61%。在所有的EST-SSR中, 69.10%的重复次数为4～10次, 51.34%的长度为12～20 bp。设计了30对EST-SSR引物, 分别对33份甜瓜自交系进行了PCR扩增, 24对引物能够扩增出期望长度的条带, 22对引物产物表现多态性, 平均每对引物能检测到2.73个等位基因。这些引物能比较准确地将甜瓜材料聚为不同类别。24对引物中, 有19对、16对和15对分别在黄瓜、西瓜和葫芦中通用。以上结果说明, 从甜瓜EST中开发SSR标记是一条简便、可行的途径。