垂体腺苷酸环化酶激活多肽基因(PACAP)G3909A突变对秦川牛部分生长性状的影响

利用PCR-SSCP技术检测垂体腺苷酸环化酶激活多肽基因（PACAP）在257头秦川牛（Bos tarurs）群体中的多态性,并构建最小二乘分析模型,分析基因型与部分生长性状的相关性。结果表明,在该基因3909bp处发生G/A突变,基因型检测结果共发现3种基因型,AA、AB和BB,A和B等位基因的频率分别为0.5992和0.4008。卡方检测结果显示该位点在所检测秦川牛群体中处于Hardy-Weinbery平衡状态。方差分析结果显示：体斜长,AA、AB和BB基因型个体之间差异均达到极显著（P〈0.01）;体高,AA和AB基因型个体极显著高于BB基因型个体（P〈0.01）,AA基因型个体显著高于AB基因型个体（P〈0.05）;体重,AA和AB基因型个体极显著高于BB基因型个体（P〈0.01）;胸围,AA基因型极显著高于BB基因型个体（P〈0.01）,AA基因型个体显著高于AB基因型个体（P〈0.05）,AB基因型个体显著高于BB基因型个体（P〈0.05）;胸宽,AB基因型个体显著高于BB基因型个体（P〈0.05）;而其它性状差异均不显著。该位点可能是影响秦川牛体斜长、体高、体重、胸围和胸宽的主效QTN或与之紧密连锁,可作为秦川牛选育的侯选分子标记。     

肌肉生长抑制素基因(MSTN)外显子1的多态性及其与边鸡生长性状的关联分析

为了对边鸡生长性状的标记辅助选择提供基础资料,本研究采用PCR-SSCP技术检测边鸡(Gallusgallus)及3个对照鸡(G.gallus)群体(京海黄鸡、尤溪麻鸡和Arbor Acre鸡)肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因外显子1的单核苷酸多态性,并与边鸡的生长性状进行相关性分析。结果表明,在边鸡、京海黄鸡和尤溪麻鸡中都检测到6种基因型(AA、AB、BB、BC、AC和CC),而在Arbor Acre鸡中只检测到4种基因型(AB、BC、AC和CC)。总共检测到3个多态位点(G2100A、G2109A和C2244G)。在6～8和12周龄时,BB基因型个体的体重显著高于AA基因型个体(P<0.05)。在14周龄时,BB基因型个体的体重显著高于AA和AC基因型个体(P<0.05)。在16～18周龄时,BB基因型个体的体重显著高于其余5种基因型个体(P<0.05)。研究结果提示,MSTN基因可能是影响边鸡生长性状的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的一个标记。     

鸭Toll样受体4基因(TLR4)第3外显子的多态性及其与免疫性状的关联分析

Toll样受体4(TLR4)是Toll样受体家族中重要的模式识别受体之一。为分析蛋鸭TLR4基因单核苷酸多态性(SNPs)及其免疫性状相关的分子标记,本研究采用直接测序方法在绍兴鸭与缙云麻鸭(Anas platyrhyncha domestica)TLR4基因第3外显子的2254bp序列搜寻,结果共发现10个SNP位点,χ2检验表明,其中7个SNP位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。采用最小二乘法对基因型与蛋鸭部分免疫性状关联分析发现,T141G与T398C位点AB基因型个体的法氏囊指数与白细胞介素-2(IL-2)水平显著高于BB基因型个体(P<0.05),A661G位点AA和AB基因型个体的胸腺指数极显著高于BB基因型个体(P<0.01),而BB基因型个体的IL-2水平显著高于AA基因型个体(P<0.05);T699C位点AB基因型个体的胸腺指数显著高于BB基因型个体(P<0.05);A1563G位点AA基因型个体的胸腺指数极显著高于AB和BB基因型个体(P<0.01),研究结果提示,这5个SNPs可能是蛋鸭免疫性状的重要分子标记,可尝试作为蛋鸭免疫性状的候选分子标记。     

抑制素βA基因PCR-SSCP多态性及其与济宁青山羊高繁殖力关系的研究

采用PCR-SSCP技术检测抑制素βA亚基基因（inhibin βA，INHBA）的编码区在高繁殖力山羊品种（济宁青山羊）和低繁殖力山羊品种（内蒙古绒山羊、安哥拉山羊）中的单核苷酸多态性，同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响。结果发现4对引物中只有P4扩增片段有多态性，其余3对引物的扩增片段均不存在多态性。P4扩增片段在济宁青山羊和安哥拉山羊中检测到AA、AB和BB 3种基因型，在内蒙古绒山羊中检测到AB和BB两种基因型。测序分析表明BB型与AA型相比在外显子2的第80 bp处有一个T→C突变，并引起氨基酸改变（脯氨酸→亮氨酸）。济宁青山羊AA、AB和BB基因型频率分别为0.4786、0.4143和0.1071。AA基因型济宁青山羊产羔数的最小二乘均值比AB基因型的多0.42只（P<0.05），比BB基因型的多1.14只（P<0.001）；AB基因型济宁青山羊产羔数的最小二乘均值比BB基因型的多0.72只（P<0.05）。     

促性腺激素释放激素受体(GnRHR)基因多态性及其与济宁青山羊高繁殖力关系

设计8对引物, 应用聚合酶链式反应-单链构象多态性（PCR-SSCP）技术检测促性腺激素释放激素受体（gonadotropin releasing hormone receptor, GnRHR）基因外显子1、外显子2和外显子3在高繁殖力山羊(Caprar hircus)品种（济宁青山羊）和低繁殖力山羊品种（安哥拉、波尔和内蒙古绒山羊）中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响。结果发现引物P4扩增片段具有多态性,其余7对引物的扩增片段都不存在多态性。对于引物P4扩增片段,在济宁青山羊、波尔山羊和内蒙古绒山羊中均检测到AA、AB和BB基因型,而在安哥拉山羊中只检测到AA和AB基因型,未检测到BB基因型;测序分析发现BB型与AA型相比在外显子1有1个突变（757G→A）,但未引起氨基酸改变;济宁青山羊AA、AB和BB基因型频率分别为0.623、0.300和0.077,BB型济宁青山羊平均产羔数比AB型和AA型分别多0.69只（P　<　0.05）和0.82只（P　<　0.05）,AA型和AB型济宁青山羊产羔数的最小二乘均值差异不显著（P　>　0.05）。     

猪OPN基因与繁殖性状的关联分析

摘要：OPN（osteopontin）基因是近年来在猪的繁殖性状上发现的一个候选基因,本试验以长白猪,大白猪和北京黑猪为研究对象,研究OPN基因多态性与猪的繁殖性状之间的关联。经特异性产物的扩增,结合测序发现,OPN基因的第6内含子存在305bp的缺失突变,从而产生多态。在长白猪和大白猪中发现了AA、AB和BB 共3种基因型,在2个群体中处于中度多态,且已达到Hardy-Weinberg平衡状态。而在北京黑猪群体中没有多态,只有BB基因型。利用SAS 8.0 软件采用最小二乘法拟合线性模型,将不同基因型与总产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)和初生重(WB)进行了关联分析,结果表明：长白猪初产母猪AA型个体的TNB、NBA显著的高于AB和BB型个体(P＜0.05),经产母猪AB型个体的TNB和NBA显著的高于AA型与BB型个体(P＜0.05),A等位基因对TNB、NBA和WB均表现为正效应。在大白猪中,不论是初产母猪还是经产母猪,其BB和AB型个体的TNB、NBA高于AA型个体,但其差异不显著(P＞0.05),B等位基因对TNB、NBA都表现为正效应。     

鹅3-羟基-3-甲基戊二酸单酰辅酶A还原酶(HMGR)基因内含子5的SNP及其与鹅重要经济性状的关联性

屠宰测定了116只皖西白鹅(Anser anser)杂种一代鹅(母本为四川白鹅(A.anser))的胴体性状、羽绒性状和肉质性状,克隆了鹅3-羟基-3-甲基戊二酸单酰辅酶A还原酶(HMGR)基因内含子5,PCR-SSCP检测其SNP,并分析了SNP与鹅重要经济性状之间的关联性。结果显示,鹅HMGR基因内含子5长704bp,与鸡的同源性44.0%;PCR-SSCP检测发现,内含子5存在1个SNP位点,带有1对等位基因A和B,其基因频率分别为0.7716和0.2284。分析不同基因型与性状的关联性表明,AA型对提高鹅胸肌重和腺胃重(P<0.05),增加胸肌纤维直径和羽绒的千朵重(P<0.01),以及降低胸肌45pH和绒系水率(P<0.05)具有显著的遗传效应;AB型的遗传效应则与AA型相反。     

金皮猪肉质组织学特性与CAST基因、MyoG基因PCR-MspI多态性的关系研究

本实验选择具有优良肉质的本地金华猪与肉质较差的引进品种皮特兰猪杂交所产的金皮F2代为研究对象,检测金皮F2代猪CAST（calpastatin, CAST）基因、MyoG(Myogenin, MyoG)基因的PCR-MspI多态性,并结合肌球蛋白重链（MHC）免疫组织化学方法,研究猪背腰最长肌的肌肉组织学特性,并对其进行图像分析。结果发现,金皮F2代杂交猪背腰最长肌MHCs阳性（慢肌）纤维的比例为7.62%, 快肌纤维为92.38%。CAST基因的PCR扩增产物为1404bp的片段,酶切后分为A(628bp+499bp+277bp),B（499bp+371bp+277bp+257bp）两种等位基因;MyoG基因的PCR扩增产物长度为1050bp,酶切后分为A（462 bp +408 bp +180 bp）和B（408bp+290bp+180bp+162bp）两种等位基因。.AA、AB和BB基因型频率分别为 0.1795、0.5897和0.2308,A和B的基因型频率分别为 0.4743和0.5256。CC、CD和DD的基因型频率为0.3671,0.5696和0.0633, C和D的基因型频率分别为0.6519和0.3481。统计结果表明,AA、AB、AB、CC、CD、DD基因对眼肌面积,系水率、pH值、导电率等屠宰性状均无显著的影响。CAST基因的不同基因型对肌纤维的轴比有显著影响（P<0.05）,AA单型有产生较多轴比大（近似椭圆形）肌纤维的倾向,而BB则控制形成更多的轴比小（近似于圆形）的肌纤维。具有AA单型的个体具有更多的肌间结缔组织,而具有BB单型的个体的肌间结缔组织较少（P<0.05）,AB单型的个介于两者之间。MyoG基因MspI酶切后的各种基因型对肌肉的肌纤维大小和密度具有显著影响,具有DD基因型的个体的肌纤维面积较大,而具有CC基因型者肌纤维密度最大。     

西安地区荷斯坦奶牛群5个基因位点遗传多态性与泌乳性状的相关分析

首次以IGFBP-3基因作为中国荷斯坦牛泌乳性状的候选基因，对中国荷斯坦奶牛群5个基因位点中4个多态基因位点与泌乳性状进行了相关分析。κ-cn、β-lg、β-lg 5′侧翼区和IGFBP-3多态基因位点基因型与泌乳性状的最小二乘分析和多重比较表明，κ-cn基因位点基因型对所有的性状影响不显著；IGFBP-3 BB型的305 d泌乳量显著高出AA、AB型1054.17 kg和838.15 kg (P <0.05)， AB型的乳蛋白率显著高于BB型(P< 0.05)；β-lg AA型对乳脂率与乳蛋白率的比值有正效应，AB型对乳蛋白率具有负效应；β-lg 5′侧翼区AA型的305 d泌乳量显著高于AB型(P <0.05)，AA型的乳脂率显著高于BB型(P < 0.05)， BB型的乳蛋白率显著高于AB型(P <0.05)。     

转化生长因子β1基因(TGF-β1)外显子2的单核苷酸多态性及其与两个山羊品种产羔数的相关分析

为寻找与山羊(Capra hircus)产羔数密切相关的分子标记,加快山羊育种进程,研究转化生长因子β1基因(TGF-β1)遗传多态性与山羊产羔数的相关性,根据牛的TGF-β1基因序列设计3对引物,采用PCR-SSCP.和DNA测序技术检测山羊TGF-β1基因外显子2和内含子3的多态性,同时用最小二乘法研究了其多态性与产羔数的关系。结果表明,在波尔山羊和陕南白山羊中,仅第二外显子148bp位点碱基发生A→G的突变,导致苏氨酸(Thr)变为丙氨酸(Ala);多态位点均以A为优势等位基因,基因频率分别为0.530和0.648。在波尔山羊的1～3胎产羔数中,AB型个体的产羔数显著高于BB和AA型个体(P<0.05);在第四胎产羔数和平均产羔数中,AB型个体的产羔数显著高于AA(P<0.05),显著高于BB(P<0.05);BB型个体的平均产羔数显著高于AA型(P<0.05)。在陕南白山羊中,AB型个体的2～4胎产羔数和平均产羔数显著高于AA和BB型个体(P<0.05);在第一胎中,AB型个体显著高于AA型个体(P<0.05)。研究结果表明TGF-β1基因多态位点与产羔数显著相关,可以用于山羊分子遗传育种的候选基因。     

鹅HMGR基因内含子5的SNP及其与鹅重要经济性状的关联分析

本文屠宰测定了116只皖西白鹅胴体性状、羽绒性状和肉质性状，克隆了鹅3－羟基－3－甲基戊二酸单酰辅酶A还原酶（HMGR）基因内含子5，采用PCR-SSCP检测其SNP，并分析了SNP与鹅重要经济性状之间的关联性。结果显示，鹅HMGR基因内含子5长704bp，与鸡的同源性44.0%；PCR-SSCP检测发现，内含子5存在一对等位基因A和B，A和B的基因频率分别为0.7716和0.2284。分析SNP基因型与鹅重要经济性状的关联性，结果表明，AA型可以显著提高鹅的胸肌重和腺胃重（P<0.05），增加千朵重（P<0.01），和降低绒系水率（P<0.05）；AB型则具有显著降低胸肌纤维直径（P<0.01）和提高胸肌45pH的作用（P<0.05）。     

牛LPL基因的遗传变异与肉品质性状的关联分析

脂蛋白脂肪酶(lipoprotein lipase，LPL)是脂肪代谢过程中的关键酶，LPL基因被确定为影响相关肉质性状的重要候选基因。本研究利用PCR-RFLP技术对安格斯牛、海福特牛、中国西门塔尔牛、夏洛来牛、鲁西牛和西门塔尔×蒙古牛杂交牛6个品种的238头个体LPL基因进行多态性分析。结果表明，扩增片段大小为378bp的片段存在MspⅠ酶切多态性，263bp处发生A/G突变。 实验中所有牛品种在该基因座位都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。除安格斯牛外，其它群体均处于中度多态（0.250.05）     

小尾寒羊BMP4基因多态性及其与高繁殖力关系的研究

采用PCR-SSCP技术检测骨形态发生蛋白4（bone morphogenetic protein 4,BMP4）基因外显子2、3和4在高繁殖力绵羊品种（小尾寒羊）和低繁殖力绵羊品种（中国美利奴绵羊、考力代绵羊、南非肉用美利奴绵羊）中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对小尾寒羊高繁殖力的影响。结果表明：外显子2和4在4个绵羊品种中都不存在多态性,外显子3则都存在多态性。对于外显子3的引物,在4个绵羊品种中都检测到3种基因型(AA、AB、BB);统计结果表明：小尾寒羊、中国美利奴绵羊、考力代绵羊、南非肉用美利奴绵羊AA基因型频率分别为0.017、0.216、0.115、0.429,AB基因型频率分别为0.102、0.317、0.269、0.500,BB基因型频率分别为0.881、0.467、0.616、0.071;测序结果表明：BB型和AA型相比在BMP4基因外显子3第305位碱基处发生C→A的突变,该突变导致氨基酸由丙氨酸改变为天冬氨酸;BB型小尾寒羊平均产羔数分别比AB型和AA型多0.61只（P<0.05）和1.01只（P<0.05）。     

荷斯坦牛BoLA-DRB3基因外显子2多态性及其与体细胞评分关系的研究*

采用PCR-RFLP技术用限制性内切酶BstYⅠ对河北省489头荷斯坦母牛和40头荷斯坦公牛BoLA-DRB3基因外显子2的284 bp扩增产物进行多态性分析。荷斯坦母牛经BstYⅠ酶切产生3种基因型AA、AB和BB,其频率分别为0.078、0.380和0.542;荷斯坦公牛经BstYⅠ酶切产生2种基因型AB和BB,其频率分别为0.250和0.750;荷斯坦母牛和公牛在该酶切位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（母牛：χ2=0.45,P=0.799>0.05;公牛：χ2=0.82,P=0.665>0.05）;用最小二乘法分析BoLA-DRB3基因外显子2与荷斯坦母牛体细胞评分(somatic cell score,SCS)的关系,结果表明AA基因型SCS最小二乘均值极显著低于AB基因型所对应的值（P=0.0098<0.01）,极显著低于BB基因型所对应的值（P=0.00009<0.0001）;AB基因型SCS最小二乘均值极显著低于BB基因型所对应的值（P=0.0096<0.01）;对乳房炎抗性而言,AA是最有利基因型,BB是最不利基因型。本研究结果可为奶牛乳房炎抗性标记辅助选择提供科学依据。     

奶牛IGFBP-3基因PCR-SSCP多态性与产奶量和生长性能相关性

采用PCR-SSCP技术,对荷斯坦奶牛及荷斯坦公牛冻精杂交改良的黄牛后代(回交二代)共105头奶牛IGFBP-3基因第3外显子进行了多态性研究, 分析了该基因与奶牛生产性状的相关性。结果表明：IGFBP-3基因第3外显子共存在2个等位基因3种基因型,A、B基因频率及AA、AB、BB基因型的频率分别为0.7667 、0.2333和0.6000、0.3333、0.0667。该群体在这一位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态,遗传杂合度（He）和多态信息含量(PIC)分别为0.3578和为0.2937。测序结果显示: 与AF305712相比,B等位基因在第8515碱基处发生了G-A的转换,而A等位基因在此处与AF305712序列相同;此外,A、B等位基因在AF305712的第8634碱基处均发生了T-C的无义突变。最小二乘法分析表明：AA基因型305天产奶量、12月龄体重极显著高于AB和BB基因型( P < 0.01);AA型12月龄体长和体高均极显著高于AB型（p<0.01）,而BB型与AB型和AA型差异不显著;不同基因型的胸围、腹围差异不显著。     

六个候选基因多态性与母猪繁殖性状关联分析

在同一个大白猪猪群中采用PCR-RFLP法进行了雌激素受体（ESR）基因、催乳素受体（PRLR）基因、卵泡促激素β亚基（FSHβ）基因、核受体辅激活蛋白1（NCOA1）基因、催乳素（PRL）基因、备解素（OPN）基因等6个与繁殖性能相关的基因多态性检测并对不同基因型的总产仔数、产活仔数及出生窝重进行了相关分析。结果表明：大白猪群体ESR、PRLR、FSHβ 和 OPN 基因的优势基因是B等位基因; NCOA1 和PRL 基因的优势基因是A等位基因。对初产母猪,NCOA1基因AB基因型个体总产仔数（TNB）、产活仔数（NBA）和出生窝重（BLW）分别比AA基因型个体少1.12 头、1.08 头和1.71 kg,差异显著（P　<　0.05）;PRL基因AA型个体TNB、NBA和BLW分别比AC基因型个体多3 头、3.23 头和5.13 kg,BC基因型个体TNB、NBA和BLW分别比AC基因型个体多3.37 头、3.84头和4.75 kg。对经产母猪,PRLR基因各基因型个体之间在TNB和BLW上存在显著差异（P　<　0.05）,杂合型个体比纯合型个体TNB和BLW分别少1.0～1.5头和1.0～1.4 kg;PRL基因AA和BC基因型个体分别比AC基因型个体BLW重1.08和1.05 kg（P　<　0.05）;OPN基因BB基因型个体比AA基因型个体TNB多2.13 头（P　<　0.05）。在对合并基因型结果分析中发现,ESR和PRLR基因的A等位基因对TNB表现出正效应,OPN基因的B等位基因对TNB、NBA和BLW都表现出正效应。     

神经肽Y-Y1受体基因多态性及其与山羊繁殖性能关系的研究

设计5对引物(P1～P5),用限制性片段长度多态性（RFLP）和单链构象多态性（SSCP）方法检测神经肽Y1受体（neuropeptide Y Y1 receptor,NPY-Y1R）基因在性早熟、高繁殖力品种（济宁青山羊）和性晚熟、中等繁殖力（波尔山羊）以及性晚熟、低繁殖力品种（安哥拉山羊和内蒙古绒山羊）中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对济宁青山羊性早熟和高繁殖力的影响。结果发现仅引物P2、P4和P5的扩增片段具有多态性。引物P2在济宁青山羊、安哥拉山羊和内蒙古绒山羊中检测到AA、AB和BB型,在波尔山羊中只检测到AA和AB型;测序发现BB型与AA型相比存在1个突变（C625G）,没有引起氨基酸变化;济宁青山羊AA、AB与BB基因型之间产羔数差异均不显著（P>0.05）。引物P4在4个山羊品种中均检测到CC和CD基因型;测序发现CD型与CC型相比发生了G1141A突变,没有引起氨基酸变化;济宁青山羊CC和CD基因型之间产羔数差异不显著（P>0.05）。引物P5在济宁青山羊中检测到EE和EF基因型,在其余3个山羊品种中只检测到EE型;测序发现EF型与EE型相比发生了C1330T突变,没有引起氨基酸变化;济宁青山羊与波尔山羊、安哥拉山羊和内蒙古绒山羊之间NPY-Y1R基因型分布差异均达到极显著（P<0.01）水平,后3个品种之间均无显著差异（P>0.05）;EF型济宁青山羊产羔数均值比EE型多0.58只（P<0.01）。本研究结果初步表明NPY-Y1R基因的F等位基因与济宁青山羊性早熟和高繁殖力相关。