不同猪种IGF1R基因扩增及SNPs的筛选

以小型猪(巴马香猪46头)和大型猪(长白猪、大白猪、杜洛克猪,共198头)为试验对象,采用PCR产物直接测序法对胰岛素样生长因子1受体(IGF1R)外显子进行SNPs筛查,根据测序结果确定每个SNP位点的基因型,并通过Haploview软件对筛选到的SNPs进行连锁不平衡及单倍型分析。结果表明:在不同体型猪IGF1R基因外显子1~21上共筛选到9处同义SNPs位点,为G263C(rs338724264)、T17G(rs325909655)、C145T (rs337838116)、 T40C (rs326728191)、 C104T (rs319719983)、 C170T (rs338444971)、 C60T(rs327750836)、C126T(rs327750836)和C82T(rs339449791)。这9个SNPs在巴马香猪和大型猪中均为纯合子突变,且呈现完全连锁不平衡。此研究明确了不同体型猪IGF1R基因外显子区SNPs的基因型及由这些SNPs形成的优势单倍型,可为探究不同猪种生长发育过程中体尺存在差异的原因提供新数据。     

南江黄羊ARHGAP11A基因SNPs筛选及其与生长性状的关联分析

【目的】探讨ARHGAP11A基因与南江黄羊生长性状的关联。【方法】以南江黄羊(母羊,n=243)为试验材料,采用PCR产物直接测序筛选ARHGAP11A基因的SNP位点并分析其与性状之间的关联。【结果】在南江黄羊群体中共发现ARHGAP11A基因16个SNPs位点。g.3483AG和g.3621GA的纯合突变具有增加南江黄羊体重(2月龄、6月龄和12月龄)以及胸围(6月龄)指标的趋势(P0.05),而在g.3525AG位点AG型羊初生重、12月龄体重和12月龄胸围显著高于GG型个体(P0.05)。AAGT单倍型山羊体重体尺均高于AGGT和GGAT个体(P0.05)。【结论】南江黄羊母羊群体中ARHGAP11A基因突变与生长发育密切相关,进一步验证其功能后在选育中可考虑其作为辅助选择标记。     

牦牛SMAD1基因第1外显子SNPs检测及与生长性状的关联分析

研究牦牛 SMAD1基因第1外显子SNPs与生长性状的关系，寻找与牦牛生长性状相关的分子标记。采用DNA测序和单倍型分型技术，对青海牦牛 SMAD1基因进行SNPs检测及其基因分型、连锁不平衡和单倍型分析，并对多态位点的基因型及组合单倍型与牦牛生长性状的关联性进行分析。结果发现， SMAD1在第1外显子上存在5个突变位点，其中，g.35084C>T、g.35111C>T和g.35333G>A均存在2种基因型，g.35171G>A和g.35312C>T均存在3种基因型。连锁不平衡分析发现5个位点间不存在强的连锁不平衡效应，单倍型分析发现存在6种不同的单倍型，其中单倍型Hap3的发生频率最高。关联性分析表明，g.35084C>T位点与胸围显著相关，g.35111C>T位点与体斜长、胸围显著相关，g.35171G>A和g.35312C>T位点与体质量、体高、体斜长和胸围显著相关，g.35333G>A位点与胸围、体高显著相关。通过基因型组合发现，4种组合单倍型均与牦牛生长性状有着显著或极显著相关，且H3H6可能是影响牦牛生长性状的最优...     

牦牛PPARδ基因多态性与生长性状的相关性

【目的】揭示牦牛PPARδ基因的遗传变异特征,发现与牦牛生长性状显著相关的候选分子标记,为牦牛分子育种积累基础资料.【方法】以96头牦牛血样为材料,运用DNA池测序和PCR-HRM等技术检测PPARδ基因的序列变异.【结果】检测到牦牛PPARδ基因内含子中2个SNPs.遗传变异特征分析显示,SNP1(g.10045A/G)和SNP2(g.10226A/G)位点属于中度多态性.连锁不平衡和单倍型分析表明,牦牛PPARδ基因2个多态位点之间为弱连锁,单倍型AA属于优势单倍型(频率为42.2%).方差分析表明,单个的SNP与牦牛生长性状有着显著或极显著的关联.【结论】牦牛PPARδ基因的2个SNPs与其生长性状显著相关,此结果可以应用于牦牛的分子育种实践.     

海南黄牛IGF2R基因单核苷酸多态性及其生物信息学分析

【目的】明确海南黄牛胰岛素样生长因子2受体基因（IGF2R）遗传多态性及其在海南黄牛群体中的遗传分布情况,为进一步揭示IGF2R基因对海南黄牛生长性状的调控机理提供理论依据,也为分子标记辅助选择提供新的候选位点。【方法】构建海南黄牛DNA混池,通过PCR扩增和测序技术对海南黄牛IGF2R基因编码区（CDS）进行基因多态性分析,并以Chromas序列比对筛选出错义突变SNP位点;应用PCR-RFLP对202头海南黄牛个体进行基因型鉴定,同时对筛选到的SNP位点进行连锁不平衡及单倍型分析,评估海南黄牛群体中各单倍型的分布情况;通过生物信息学方法分析各单倍型和SNP位点对海南黄牛IGF2R基因CDS区mRNA二级结构、蛋白理化性质及蛋白二级结构的影响。【结果】在海南黄牛IGF2R基因CDS区共检测到4个错义突变SNPs位点,分别为SNP1(g.63977A>G)、SNP2(g.63999T>C)、SNP3(g.69772G>A)和SNP4(g.94987A>C),其中SNP1、SNP2和SNP3位点间呈强连锁不平衡状态。4个SNPs位点在海南黄牛群体中均表现为中度多态...     

高坡猪PRKAA1基因多态性对肉质性状的影响

以腺苷单磷酸活化蛋白激酶α1(PRKAA1)基因作为候选基因,对50头10月龄的高坡猪PRKAA1基因序列进行PCR扩增,采用PCR扩增产物直接测序方法对该基因的SNP位点进行筛选,同时对不同基因型与肉质性状关联分析。结果表明,在高坡猪PRKAA1基因的序列中发现3个SNPs,分别为g.12988 TG、g.13071AG、g.13152 AG,其中g.13152 AG位点在第7外显子区域,并引起了其所编码的氨基酸由谷酰胺酸(Gln)变为精氨酸(Arg),其他突变位点均是处于内含子区域。g.13152 AG位点与肉质性状关联分析结果表明,AA基因型个体眼肌面积显著高于GG和AG基因型个体(P0.05);AA基因型个体肌肉的p H值极显著高于GG型,AG基因型个体与GG型个体相比未达到显著水平;其他性状在各基因间未达到显著水平。     

猪抗酶1基因核心启动子区鉴定及单倍型转录活性比较

通过双荧光素酶报告基因载体系统检测猪抗酶1(AZ1)基因启动子转录活性,分析蓝塘和长白猪群体AZ1基因启动子SNP及单倍型,在此基础上比较不同单倍型转录活性。结果表明:-453/+79为核心启动子区;在2个群体中检测到AZ1基因启动子8个SNPs,分别为-713 TC、-584 AC、-476 GA、-365 TC、-348 CT、-294 GC、-288 TG和-234 TC,蓝塘猪群体具有更丰富的单核苷酸多态性,而长白猪群体仅在-288座位存在GG和GT 2种基因型,其他7个SNPs均为纯合状态;蓝塘猪群体LTH1单倍型(TAGCCGTC,-713/-234)频率为0.526,为蓝塘猪优势单倍型,其次为LTH2(TAGCCGTT),频率为0.166;长白猪群体优势单倍型为Landrace-H(TAGTCGGT),频率为0.939。LTH1转录活性高于LTH2和Landrace-H,推测-234 TC、-365 TC和-288 TG座位是造成不同单倍型转录活性差异的原因。     

鸡Wnt3a的SNPs筛选及其与皮肤毛囊密度性状关联分析

目的 Wnt信号通路在动物皮肤毛囊的发生发育中具有重要作用, 前期研究结果表明Wnt3a可能是影响鸡皮肤毛囊密度性状的重要候选基因。为进一步验证Wnt3a在皮肤毛囊生长发育中的作用, 研究以金陵花鸡为研究对象, 筛选Wnt3a SNPs, 并分析其与毛囊密度性状的相关性, 以期找到对皮肤毛囊密度有显著影响的分子标记, 为培育屠体美观的屠宰型肉鸡的“分子编写育种”提供参考。方法 采用PCR扩增直接测序法对Wnt3a 的SNPs位点进行筛查, 分析单个SNP标记与皮肤毛囊密度性状的相关性。采用Haploview软件分析这些SNP位点的连锁不平衡（LD）程度, 并分析不同单倍型组合与毛囊密度性状的相关性。结果 共发现14个SNP位点, 在第2外显子发现1个SNP位点（SNP1）, 为同义突变;第2内含子发现4个突变位点（ SNP2—SNP5）, 在第3内含子发现9个SNP位点（SNP6—SNP14）。卡方检验表明, 第2外显子的1个突变位点（SNP1）和第2内含子的3个突变位点（SNP3—SNP5）的3个位点均处于哈代-温伯格平衡状态（P>0.05）, 第3内含子的9个SNPs（SNP6-SNP14）偏离哈代-温伯格平衡（P<0.05）。SNP1—SNP5的He均小于0.50, PIC均小于0.25, 这5个SNP位点遗传多样性较低。第3内含子的9个突变位点, SNP6、SNP7、SNP9位点PIC<0.25, 其他6个突变位点 0.25< PIC<0.5, 为中度多态。单标记关联分析表明, 公、母鸡SNP2位点的AG基因型的毛囊密度显著高于GG基因型（P< 0.05）;母鸡SNP8位点的AA与GG基因型的毛囊密度显著高于AG基因型（P < 0.05）, 在公鸡中3种基因型的毛囊密度差异不显著。14个SNPs连锁不平衡分析表明, SNP3、SNP4和SNP5的强连锁产生了2种单倍型, H1（GAT）频率为0.882和H2（TCC）频率为0.118;SNP6—SNP13之间的强连锁产生了5种单倍型, 其中H1（ACATTATC）和H2（ACGTCCCA）, H3（ACGTTCCA）, H4（GTGCTATA）, H5（ACGTCCCC）, 单倍型频率分别为0.469、0.275、0.123、0.113、0.014。SNP3、SNP4和SNP5连锁产生的2 种单倍型组合后产生了3种单倍型组合, 关联分析发现在公、母鸡中3种单倍型组合的毛囊密度均差异不显著;将SNP6—SNP13连锁产生的5种主要单倍型组合后, 公鸡有7种组合单倍型组合, 毛孔数量差异不显著;母鸡有8种主要单倍型组合, 其中H1H1（AACCAATTTTAATTCC）毛囊密度最大。SNP2和SNP8位点与皮肤毛囊密度显著相关, 单倍型组合H1H1（AGAA）、H1H2（AGAG）为母鸡优势单倍型。结论 筛选到Wnt3a的14个SNPs位点, 其中, SNP2（rs2587721 G >A）和SNP8（rs2555967G>A）位点与毛囊密度显著相关, 8个SNPs（SNP6—SNP13）位点处于强连锁不平衡, 母鸡H1H1单倍型毛囊密度最大。Wnt3a的SNP2和SNP8位点的单倍型组合H1H1（AGAA）、H1H2（AGAG）和SNP6—SNP13连锁产生的H1H1（AACCAATTTTAATTCC）单倍型组合与母鸡毛囊密度显著相关, 可以为鸡毛囊密度“分子编写育种”提供重要遗传信息。     

POU1F1基因多态性与藏羊生长性状的关联性分析

【目的】探讨POU1F1基因的多态性与藏羊生长性状之间的关联性,寻找与藏羊生长性状相关的分子标记。【方法】利用DNA测序方法检测藏羊POU1F1基因的多态位点并对其进行基因分型,分析单一多态位点不同基因型及双倍型与藏羊生长性状的关联性。【结果】在POU1F1基因第4内含子上检测出1个多态位点g.14205GA,在第5内含子上检测出2个多态位点g.15223GA和g.15286AG。关联性分析表明,g.14205GA位点上AA基因型的体质量和体长分别极显著(P0.01)和显著(P0.05)高于GG和AG基因型;g.15223GA位点上GG基因型的体质量显著高于GA基因型(P0.05),极显著高于AA基因型(P0.01);g.15286AG位点AA基因型体质量极显著高于GG基因型(P0.01),体高显著高于GG基因型(P0.05)。单倍型Hap7(-GGA-)的发生频率最高,达到42.40%,其次为单倍型Hap5(-GAA-)和单倍型Hap3(-AGA-),发生频率分别为21.50%和14.70%。此外,POU1F1的r2值均小于0.33,说明这3个多态位点之间不存在强的连锁性。通过合并基因型发现,双倍型H7H7(GGA-GGA)的各个生长性状表现最优。【结论】POU1F1基因的3个SNP位点可用于藏羊生长性状的选育。     

三穗鸭IP3R3基因SNP位点鉴定及其对 蛋壳品质的影响

[目的]明确IP3R3对蛋壳性状的效应机制及其在蛋壳品质改良中的应用价值,为开展蛋壳品质改良分子标记育种提供参考依据,也为深入研究IP3R3基因的生物学功能打下基础.[方法]以288羽三穗鸭为研究对象,收集45周龄母鸭生产的鸭蛋,测定蛋重、蛋形指数、蛋壳厚度、蛋壳强度和蛋壳重;采用DNA直接测序法对三穗鸭IP3R3基因SNP位点进行鉴定,使用SHEsis进行单倍型及连锁不平衡分析,通过RNAfold预测不同单倍型的mRNA二级结构和自由能,并以SPSS 18.0中的一般线性模型(GLM)对三穗鸭IP3R3基因SNP位点与蛋壳品质进行关联分析.[结果]在三穗鸭IP3R3基因外显子上发现2个SNPs位点,分别位于第49外显子的g.35195T>C和g.35207G>A,均属于同义突变,且均存在3种基因型,对应的多肽信息含量(PIC)分别为0.330和0.276,属于中度多态位点(0.25C和g.35207G>A位点产生的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(χ2-HWE<5.991),但2个SNPs位点间不存在强的连锁不平衡(D'为1.000,γ2为0.111).2个SNPs位点联合可构建3种单倍型和6种双倍型,优势单倍型H3(TG)的频率为0.495,劣势单倍型H2(TA)的频率为0.208;单倍型H1、H2和H3的mRNA二级结构最小自由能分别为-475.50、-476.50和-476.10 kJ/mol,表明2个SNPs位点的突变能引起基因mRNA二级结构和自由能改变.g.35195T>C和g.35207G>A位点对三穗鸭蛋壳厚度、蛋壳强度、蛋形指数、蛋重和蛋壳重的影响均未达显著水平(P>0.05,下同);双倍型H1H1个体的蛋壳强度显著高于其他双倍型个体(P<0.05,下同),双倍型H2H2个体的蛋形指数显著低于其他双倍型个体,其他双倍型个体间均无显著差异.[结论]三穗鸭IP3R3基因与蛋壳品质有一定关联性.在三穗鸭IP3R3基因外显子上发现的2个SNPs位点能引起基因mRNA二级结构和自由能改变,其构建的双倍型可作为主效候选基因或与主基因紧密连锁的分子标记用于鸭蛋壳品质改良.     

三穗鸭PRKCB基因内含子14的变异对蛋壳品质的影响

为探究PRKCB基因对三穗鸭蛋壳品质的遗传效应,采用PCR产物直接测序法、DNAStar软件MegaAlign程序结合Chromas软件对120只三穗鸭(Anas platyrhyncha domestica)PRKCB基因的遗传位点变异进行筛查鉴定,用SPSS 18.0软件分析SNP位点与蛋壳品质的相关性。结果显示:在三穗鸭PRKCB基因第14内含子检测到g.1158465 C T、g.1158519 G A和g.1158524 G A这3个SNPs突变位点,每个突变位点均产生3种基因型,且均为中度多态位点。g.1158519 GA和g.1158524 GA突变位点的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡,g.1158465 CT位点的基因型分布则显著(P0.05)偏离Hardy-Weinberg平衡;g.1158519 GA和g.1158465 CT位点之间存在强连锁不平衡。3个SNPs共组成5种单倍型和8种双倍型,优势单倍型H5(TGG)的频率为0.492,优势双倍型H2H5频率为0.200。关联分析显示,g.1158519 G A位点的AG基因型个体蛋壳厚度显著(P0.05)高于GG基因型个体,双倍型H1H3个体的蛋壳厚度显著(P0.05)高于H3H5个体的蛋壳厚度。研究结果提示,PRKCB基因的遗传变异可以影响蛋壳品质,其中g.1158519 GA位点可作为改善三穗鸭蛋壳品质选择的遗传标记。     

山东省猪种mtDNA CytB基因遗传多样性及系统进化研究

 【目的】利用mtDNA CytB基因为标记,从分子水平探讨12个猪种166个样本（8个山东省猪种,3个引进猪种和梅山猪种）的遗传多样性和各猪种间的亲缘关系,为山东省猪种合理利用以及生物多样性保护提供基础资料。【方法】对各猪种样本mtDNA CytB基因进行PCR扩增和测序,采用现代生物信息学方法进行数据处理分析。【结果】山东8个猪种种内遗传变异和种间遗传距离均较小,有共享单倍型。山东各猪种和梅山猪与大约克的遗传距离也较小,但与引进猪种杜洛克和长白的遗传距离较大。利用分子系统进化树和CytB基因4个SNP位点的分类方法将上述样本分为2个独立的支系,第一支以中国猪种为主,将除鲁烟白猪的一种单倍型在内的所有山东猪种、梅山猪和大约克的两种单倍型聚为一类,第二支以引进猪种为主,将长白、杜洛克、大约克的一种单倍型和鲁烟白猪的一种单倍型聚为一类。【结论】山东猪种有共同的母系祖先,品种内母系遗传多样性较贫乏;外来猪种引入山东后主要是用作父本以提高生产速度和瘦肉率等,对本地猪种未有母系贡献;利用CytB基因4个SNP位点对欧洲单倍型和亚洲单倍型的分类方法,可以方便地估测利用中外猪种结合培育的猪新品种（配套系）的母系血统情况。     

基于HRM技术的草鱼抗小瓜虫nlrc3基因SNP标记开发及关联分析

为探究草鱼nlrc3基因的多态性和抗多子小瓜虫（Ichthyophthirius multifiliis）病之间的关联性,通过多子小瓜虫感染草鱼（Ctenopharyngodon idella）筛选出易感群体和抗病群体,并分析比较两个群体nlrc3基因的单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism, SNP）位点,使用高分辨率熔解（High resolution melt, HRM）和Sanger测序技术验证SNP位点基因型,并将获得的SNP位点与草鱼抗病性状进行关联性分析。结果显示,从草鱼nlrc3基因中筛选得到了4个SNPs位点,有3个SNPs位点（SNP1、SNP3和SNP4）成功分型,其中SNP1和SNP3中分别含有AA、AG和AA、GG两种基因型,且与抗多子小瓜虫性状显著相关;倍型组合及其与抗病能力相关性分析显示,与其他二倍型相比,由SNP1的AG和SNP3的AA基因型组成的二倍型（D1）中100%为抗病个体,由SNP1的AG与SNP3的GG基因型组成的二倍型（D2）中95%为抗病个体,均为抗病优势基因型。研究表明,抗小瓜虫的草鱼全体中存在nl...     

BPI基因生物信息学分析及其在不同 猪群体中的遗传变异情况

[目的]明确猪杀菌性/通透性增加蛋白(BPI)基因中可能存在的SNP位点,并探讨BPI基因外显子10在上海地区5个猪群体中的多态性及其与抗病相关的优势基因型,为揭示BPI基因在仔猪腹泻抗病机制中的作用及开展猪抗病育种提供理论依据.[方法]采用在线生物信息学软件分别从碱基序列、SNP位点和蛋白氨基酸序列等角度比对分析猪BPI基因全长cDNA序列与电子克隆序列的差异,采用PCR-RFLP检测分析猪BPI基因外显子10的多态性,并检测BPI基因外显子10在杜洛克、长白、大白、申农和梅山猪群体中的基因型及基因频率.[结果]猪BPI基因电子克隆编码区(CDS)序列长度1452 bp,编码483个氨基酸,存在44个SNP位点,其中22个为同义SNP位点、22个为非同义SNP位点.猪BPI基因全长cDNA序列(EF436278.1和FJ810853.1)与电子克隆序列相比存在14处碱基差异,而对应的翻译蛋白序列存在4处氨基酸差异.猪BPI基因外显子10存在AA、BB和AB 3种基因型,各基因型在杜洛克猪、长白猪、大白猪、申农猪和梅山猪群体中的分布情况各不相同.在杜洛克猪群体中AA基因型和AB基因型呈中度多态分布(0.404和0.416),BB基因型检出比例较低(0.180);在长白猪和申农猪群体中均未检测出AA基因型,BB基因型检出比例较高,而AB基因型检出比例较低;在大白猪和梅山猪群体中均以BB基因型检出比例较高,AB基因型次之,AA基因型检出比例最低.总体来看,除了杜洛克猪群体的A等位基因频率较高外,其他4个猪群体均以B等位基因频率较高.[结论]猪BPI基因外显子10 AA基因型频率在杜洛克猪群体中最高,在大白猪和梅山群体中较低,在长白猪和申农猪群体中未检出,即AA基因型在杜洛克猪群体中比例高与其仔猪腹泻发病率低的情况一致.因此,在大白猪和梅山猪育种过程中需提高AA基因型比例,而在长白猪和申农猪育种过程中需引进AA基因型个体,降低BB和AB基因型比例,以增加仔猪的抗病能力.     

中国荷斯坦牛FADS2基因3′端SNP突变对乳中脂肪酸组成的影响

【目的】FADS2是多不饱和脂肪酸合成中关键的限速酶之一,可催化食物中亚油酸(LNA,C18:2n6)合成γ-亚麻酸(GLA,C18:3n6)、二十碳五烯酸(EPA,C20:5n3)、二十二碳六烯酸(DHA,C22:6n3)等长链脂肪酸。试验旨在探讨中国荷斯坦牛FADS2基因3′端非编码区SNP突变对乳中脂肪酸含量的影响。【方法】随机选择20头无亲缘关系的中国荷斯坦牛样本,用直接测序列法检测FADS2基因3′端非编码区SNP突变位点。再以江苏某大型奶牛场551头中国荷斯坦牛为材料,用飞行时间质谱法对前期发现的2个SNP位点进行检测,同时利用最小二乘模型分析了SNP突变及其单倍型对乳中脂肪酸含量及其不饱和指数的影响。【结果】中国荷斯坦牛FADS2基因3′端非编码区存在3个SNP突变位点:c.1571 AG、c.2743 AG、c.2776 AG。c.1571 AG位点GG型为优势基因型,基因型频率为0.800,G为优势等位基因,基因频率为0.887。c.2776 AG位点AA为优势基因型,基因型频率为0.673,A为优势等位基因,基因频率为0.819。χ~2检验表明:c.2776 AG位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05),而c.1571 AG位点基因型分布均偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。FADS2基因c.1571 AG位点与c.2776 AG位点间连锁不平衡系数r2为0.028,未达到显著水平(P0.05)。c.1571AG位点与c.2776 AG位点有3种单倍型,GA、GG和AA频率分别为0.705、0.181和0.114。多因素方差分析表明:FADS2-1571对C14:1含量、C14和C18不饱和指数的影响达到极显著水平(P0.01),对C18:0、SFA和MUFA含量的影响达到显著水平(P0.05)。GG型个体乳中C14:1含量、C14和C18不饱和指数显著高于AG型(P0.05)。FADS2-2776位点对C16:1含量、C16和C20不饱和指数的影响达到极显著水平(P0.01),对C14:1含量的影响达到显著水平(P0.05),GG型个体乳中C16:1含量、C16和C20不饱和指数显著高于AG型和AA型(P0.05)。同时,FDAS2-1571-2776单倍型对C16:1含量和C20不饱和指数的影响达到显著水平(P0.05),单倍型GG型个体乳中C16:1含量和C20不饱和指数显著高于GA型和AA型(P0.05)。【结论】FADS2基因3′端非编码区SNP突变对中国荷斯坦牛乳中脂肪酸组成有重要影响。在进一步验证其功能情况下,可作为影响中国荷斯坦奶牛乳脂肪酸组成的主效基因加以利用。     

RBP4基因的多态性及其与母猪窝产仔性状的相关性

基于生物信息学方法,发现并验证了与RBP4基因LS性状(litter size)候选分子标记MspⅠRFLP(SNP G1223C)临近的SNP A1027G(SNPs,single nucleotide polymorphisms),并对大白猪和湖南黑猪群体的RBP4多态性与母猪LS性状的相关性进行了研究。结果表明:RBP4基因SNP G1223C在2个群体中均与母猪LS性状显著相关(P0.05);RBP4基因SNP A1027G在混合群体中与母猪LS性状显著相关(P0.05);这2个多态性位点构建的单倍型也与母猪LS性状显著相关(P0.05),其优势单倍型母畜的LS性状值明显优异于单个SNP位点优势基因型的LS性状值。在分子标记辅助育种中采用RBP4单倍型作为LS性状重要候选基因的分子标记比采用单个多态性位点更具价值。     

伊犁马COMT基因第1外显子多态性及其与心率的关联性

【目的】 研究伊犁马COMT基因第1外显子的多态性及其构建的单倍型,并分析不同基因型、单倍型组合与心率之间的关联程度,为研究COMT基因对马匹气质及生产性能的影响奠定前期基础。【方法】以35匹伊犁马为研究对象,采用酚—氯仿法、DNA测序等技术分析COMT第1外显子基因多态性位点及基因型,通过haploview 4.2 软件构建单倍型,采集马匹心率,并对其与不同基因型、单倍型组合进行关联分析。【结果】伊犁马COMT基因第1外显子中共发现8个突变位点,其中SNP1、SNP2、SNP4、SNP5、SNP7和SNP8为错意突变;除SNP7与其余各突变间均无较强连锁外,SNP1-6、SNP8均存在一定的强连锁关系,SNP1和SNP4完全连锁;构建出9种单倍型,其中H1为优势单倍型;进行不同 SNPs位点及单倍型组合与心率的关联分析发现SNP3和SNP5不同基因型在温和刺激心率上存在显著或极显著性差异(P<0.01或P<0.05),SNP2、SNP5、SNP6、SNP7和SNP8不同基因型在剧烈刺激心率上均有显著或极显著性差异(P<0.01或P<0.05),单倍型组合H1H2在剧烈刺激心率上显著性大于H1H3。【结论】伊犁马COMT第1外显子上存在多态性,且不同突变间存在一定程度的强连锁,不同基因型、单倍型组合个体在心率上存在差异,提示COMT基因可能是对伊犁马气质和生产性能影响的重要功能基因。     

猪SLA-DQA一个新SNP的发现及其遗传效应的研究

 采用PCR-RFLP方法对新发现的一引起氨基酸改变的SNP位点(读码框第722位碱基)进行了检测，初步探讨了DQA基因作为影响经济性状候选基因的可能性。经在6个中国地方猪种及大白猪中PCR-RFLP检测，发现除小梅山和大白猪外，其它几个猪种均存在多态性,同时对6个地方猪种间的基因型频率的差异进行了χ2检验。在通城猪、长白猪、大白猪及其三元杂种猪长大通和达长通猪中检测了该位点的基因型，并运用GLM进行基因型与生长、胴体性状间关联分析，发现该SNP位点与平均背膘厚、6-7肋间背膘厚存在显著相关(P＜0.05)，与胸腰椎间背膘厚也接近显著性水平(P=0.06)，与内脂率、眼肌高、肌肉失水率亦存在显著相关(P＜0.05),但未发现与生长性状间的相关。     

鸡Lpin1基因3'-UTR遗传变异及其对miRNA结合位点的潜在效应

[目的]研究鸡Lpin1基因3'-UTR遗传变异、单倍型及其在品种间的分布,并预测这些变异对miRNA结合位点的潜在效应.[方法]根据鸡Lpin1基因组序列(GenBank登录号:NC_006090)设计一对特异性引物,采用PCR直接测序结合克隆测序的方法,进行鸡Lpin1基因3'-UTR及其邻近外显子在品种间的遗传变异/单倍型分析.[结果]①从6个品种中发现了8个变异位点,包含两个插入/缺失变异.这些变异均位于鸡Lpin1基因的3'-UTR,3'-UTR的变异频率为17SNPs/kb;②在鸡Lpin1基因3'-UTR区域,从固始鸡,卢氏绿壳蛋鸡中分别检测到7个变异位点,未检测到河南斗鸡品种内的变异;③用次要等位基因频率≥5％的6个变异位点(g.11A＞T,g.77C＞G,g.108_109delinsG,g.110_111delinsG,g.270A＞G和g.348G＞T)进行单倍型的构建和分析,从6个品种鸡中共检测到6种单倍型,其中P1和P4单倍型是群体的优势单倍型,频率均大于30％,河南斗鸡仅包含一种单倍型;④g.77C＞G变异可引起多个miRNA结合位点的增加、丢失.[结论]鸡Lpin1基因3'-UTR具有丰富的变异,3'-UTR变异位点/单倍型在品种间的分布存在明显的差异.     

牦牛SMAD4基因SNPs检测及其与生长性状的关联分析

【目的】研究牦牛SMAD4基因SNPs与生长性状的关系，探寻与牦牛生长性状相关的分子标记。【方法】采用DNA测序和单倍型分型技术，对青海牦牛SMAD4基因进行SNPs检测及其基因分型、连锁不平衡和单倍型分析，并对多态位点的基因型及组合单倍型与牦牛生长性状的关联性进行分析。【结果】牦牛SMAD4基因在内含子区域存在6个突变位点，其中g.393A>G、g.555A>G、g.6525A>G和g.18360C>T均存在3种基因型，g.582A>T和g.6492C>T均存在2种基因型。连锁不平衡分析发现，6个位点间不存在强连锁不平衡效应。单倍型分析发现，在14种不同的单倍型中，单倍型H₁的发生频率最高。关联性分析表明，g.393A>G位点与体斜长、胸围和管围均显著相关（P<0.05），g.555A>G位点与体斜长显著相关（P<0.05），g.582A>T位点与体质量和体高均显著相关（P<0.05），g.6492C>T位点与体高显著相关（P<0.05），g.6525A>G位点与体质量显著相关（P<0.05），g.18360C>T位点与胸围显著相关（P<0.05）。基因型组合发现，单倍型H₁H₁₄可能是影响牦牛生长性状的最优组合。【结论】牦牛SMAD4基因内含子区域上的6个位点与生长性状显著关联，可作为牦牛分子标记辅助选择的候选基因。