多重RT-PCR鉴别诊断鸭甲肝病毒1型和3型感染

根据Genbank中鸭甲型肝炎病毒的全基因序列,设计合成了4条引物,建立了检测DHAV不同血清型毒株感染的多重RT-PCR方法鉴别诊断方法。该方法检测的敏感性为103拷贝数,对健康鸭、鸭疫里默氏菌及大肠杆菌感染鸭肝组织的检测为阴性;人工试验感染鸭的鉴别诊断符合率为100%;18份自然感染病料的检测结果为DHAV-1、DHAV-3及二者混合感染分别为8份、6份和4份,与已有文献报道的结果完全符合。结果表明:建立的多重RT-PCR方法具有良好的特异性和敏感性,可以用于DHAV 1型和3型感染的鉴别诊断。     

鸭甲型肝炎病毒JS2013株的鸭胚适应性与基因组分析

鸭甲型肝炎病毒(Duck hepatitis A virus,DHAV)是引起雏鸭病毒性肝炎的主要病原之一。本研究将2013~2015年分离的5株DHAV进行了鸭胚传代复苏,发现JS2013株的鸭胚适应性最好,可导致鸭胚在接毒后2~5d出现有规律的死亡。应用血凝试验和PCR方法进行了鸭坦布苏病毒(DTMUV)、鸭瘟病毒(DPV)和鸭圆环病毒(Du CV)等的检测,结果均为阴性。将DHAV JS2013株继续在鸭胚传代并测定其病毒滴度,发现其在5至8代之间病毒滴度稳定提升,第8代病毒的ELD50为10-7.5/0.1m L,但8至20代没有出现有规律的病毒滴度提升。为了揭示DHAV JS2013株的基因组特征,应用RT-PCR方法分9段扩增了病毒基因片段,通过序列拼接获得了全基因组序列,Gen Bank登录号为KP721458。同源比对发现,与DHAV JS2013株基因同源性最高的毒株属于基因I型DHAV。将其编码多聚蛋白的序列与同源性最高的10株已登录序列的DHAV毒株进行比对,发现存在8处氨基酸位点变异。该研究探明了DHAV JS2013株在鸭胚的增殖特性及其基因特征,为研制新型鸭肝炎病毒灭活疫苗奠定基础。     

基因C型鸭甲肝病毒的分离鉴定及VP1基因序列分析

为确定发病鸭场的致病原,并掌握该致病原的遗传进化特征,进行了临床病料的RT-PCR检测、病毒分离与鸭胚病变特征观察、分离毒株半数致死量(ELD50)测定、动物回归试验、VP1基因序列分析等研究。结果显示:临床病料样品经DHAV-C特异性引物检测为阳性,病料样品可引起10日龄鸭胚规律性死亡以及肝脏肿大、出血等特征性病变,分离毒株对鸭胚的ELD50为10^-6.32/0.1mL,分离毒株对雏鸭的致死率达100%,并可引起雏鸭精神沉郁、运动障碍、肝脏肿大出血等典型症状,分离毒株VP1基因序列与GenBank中登录的DHAV-C VP1基因的同源性在96.5%~100%之间,遗传进化关系中分离毒株与DHAV-C各毒株处于同一个分支,而与DHAV-A、DHAV-B处于不同分支。试验结果为研制针对DHAV-C流行毒株的诊断试剂和新型疫苗奠定了基础。     

猪瘟病毒一步法RTPCR检测方法的建立

 本研究根据NCBI公布的猪瘟病毒石门毒株的E2基因序列,设计、合成了1对检测猪瘟病毒E2基因的RT-PCR引物。自疑似猪瘟病料及接猪瘟F114毒的PK-15细胞中提取总RNA,经一步法RT-PCR扩增E2基因。建立了猪瘟病毒E2基因RT-PCR检测方法,RT-PCR从26份疑似猪瘟病料中检出阳性病料24份,阳性检出率为92.3%;结果表明,建立的 RT-PCR方法具有良好的特异性和敏感性,可用于CSFV的分离鉴定、临床病料的检测和分子流行病学调查。     

22株鸭甲型肝炎病毒的分离鉴定及其VP1基因的序列分析

为了解鸭甲型病毒性肝炎的病原特征,对2017-2019年从山东省采集的27份疑似鸭肝炎病毒感染的病料采用鸡胚进行病毒分离,并进行RT-PCR鉴定,随后对分离株的VP1基因进行序列测定以及遗传变异分析.结果显示:从27份疑似病料中共分离出了22株病毒,8株为鸭甲肝病毒1型(DHAV-1),14株为鸭甲肝病毒3型(DHAV...     

猪瘟病毒一步法RT PCR检测方法的建立

本研究根据NCBI公布的猪瘟病毒石门毒株的E2基因序列，设计、合成了1对检测猪瘟病毒E2基因的RT-PCR引物。自疑似猪瘟病料及接猪瘟F114毒的PK-15细胞中提取总RNA，经一步法RT-PCR扩增E2基因。建立了猪瘟病毒E2基因RT-PCR检测方法，RT-PCR从26份疑似猪瘟病料中检出阳性病料24份，阳性检出率为92.3%；结果表明，建立的 RT-PCR方法具有良好的特异性和敏感性，可用于CSFV的分离鉴定、临床病料的检测和分子流行病学调查。     

应用新城疫病毒强弱毒株RT-PCR鉴别诊断技术检测多种禽类副黏病毒

应用已建立的新城疫病毒(NDV)强、弱毒株RT-PCR快速鉴别诊断技术，对来自广西各地疑为禽副黏病毒血清1型(APMV-1)感染的144份不同禽类的病料进行了检测，并用常规方法对RT-PCR检测为阳性的部分病料进行了病毒的分离和鉴定。结果，从鸡、鸽、鹅、鸭、鹌鹑、珍珠鸡、孔雀、鸵鸟和画眉鸟9种禽的病料样品中检测到A19MV-1，阳性检出率为64．58％(93／144)；从7种禽病料中分离到29株APMV-1地方野毒株。部分分离株用NDV强、弱毒株快速鉴别技术鉴定属中、强毒株。     

鉴别犬瘟热病毒强弱毒株SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立犬瘟热强弱毒株SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法,根据Gen Bank公布的犬瘟热毒株的全基因序列并参考相关文献,选择M基因保守区域合成了1对通用引物M1/M4及鉴别犬瘟热强弱毒株的特异引物M2和M3。试验证明,该方法重复性良好;检测强弱毒株的最低检出限度在10拷贝;对新城疫病毒、水貂肠炎病毒、阿留申病毒、犬腺病毒、犬细小病毒5种病毒的特异性检测均为阴性;对175份犬瘟热疑似病料进行荧光定量RT-PCR,检出127份阳性样品,其中强毒株98份,弱毒疫苗株29份,常规RT-PCR检出112份阳性样品。结果表明,该方法的敏感性高于常规RT-PCR检测,并能有效的鉴别强弱毒株。     

和田地区规模化鸭场鸭圆环病毒感染情况调查

为明确和田地区鸭圆环病毒(DuCV)在鸭群中的感染情况,通过双重PCR技术对2021年和田地区5个规模化养殖场共100例病、死鸭样品进行鸭圆环病毒检测。对检测出的阳性样品随机挑选4份进行基因测序,并进行序列比较及遗传进化分析。检测结果显示,20%(20/100)样品感染了鸭圆环病毒,且优势流行毒株为DuCV-1;和田流行优势毒株与源自山东的毒株关系最近;DuCV阳性样品中鸭出血病毒、呼长孤病毒感染率略高于DuCV阴性样品。     

鸭坦布苏病毒RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立一种能快速检测鸭坦布苏病毒（Tembusu virus,TMUV）的分子生物学方法,从GenBank中下载了51个具有代表性的黄病毒全基因组序列及白洋淀病毒等5个禽源黄病毒株E基因序列,进行了黄病毒E基因序列分析,应用Primer 5.0软件设计了一对引物,扩增目的片段为549 bp,进行了TMUV RT-PCR检测方法的特异性、敏感性、重复性试验,建立了TMUV RT-PCR检测方法应用该方法对收集的14份临床疑似蛋鸭鸭坦布苏病毒病发病样品进行了检测,共检出6份TMUV核酸阳性样品,检出率达42.86％。结果表明,该方法可用于水禽坦布苏病毒病的临床快速诊断、检测及流行病学调查。     

IBD的RT-PCR快速诊断技术的建立

根据已发表的IBDV各致病型毒株的序列,在VP5和VP2的重叠基因区设计合成了一对寡核苷酸引物,对2株参考毒株和8份疑似IBD的临床病料进行RT-PCR检测均得到了明显的阳性扩增结果;而对作为阴性对照的常见4种鸡病病原:鸡新城疫病毒、鸡传染性支气管炎病毒、鸡马立克氏病病毒、大肠杆菌均没有扩增到任何片段。利用琼脂扩散试验进行IBDV病原常规鉴定,结果证实5份病料呈现IBD阳性。表明建立的IBD的RT-PCR诊断技术具有快速、特异、敏感的特点。     

2株3型鸭甲肝病毒广东分离株的鉴定与遗传进化分析

为了解广东省某两个养殖场发生的疑似鸭病毒性肝炎病例感染的病原体,试验对两个养殖场送检的2份病料采用RT-PCR、病毒分离和序列分析等方法对病毒进行鉴定;病料处理后接种10日龄SPF鸭胚、9日龄SPF鸡胚尿囊腔进行病毒分离,并扩增病毒全基因组及VP1基因,利用DNAStar 7.0和MEGAⅩ对分离株与GenBank中公布的相关病毒株序列进行同源性比对、氨基酸序列比对并构建系统进化树。结果表明：从病料中成功分离并鉴定2株3型鸭甲肝病毒(DHAV-3),分别命名为GD18株和GD21株;2份病料攻毒均未引起鸡胚的死亡与明显病变,但引起了鸭胚的发育不良,且GD21株可引起鸭胚死亡,死亡胚体出现全身性出血、充血等特征性病变;分离的2株DHAV-3均属于GⅠ基因型,且与之前在广东省流行的FS株、GD株和C-GY株等毒株亲缘关系较远,而与广东省外流行毒株SD株、JS株、CH株和EY株等亲缘关系较近。与参考株氨基酸序列比对,GD18株在第49位和第67位出现2个新的突变位点,而GD21株没有出现新的突变位点。说明在广东省内鸭群中可能存在由于引种或贸易过程而引入的DHAV-3新毒株的流行。     

河北省邢台市及周边地区猪流行性腹泻病毒流行情况调查及S1基因序列分析

为初步调查河北省邢台市及周边地区猪流行性腹泻(PED)分子流行病学情况，试验于2022年1月—12月从河北省邢台市及周边县(市、区)采集疑似感染PED猪肠道病料或新鲜粪便共206份，采用荧光定量PCR技术检测样品猪流行性腹泻病毒(PEDV)阳性率；同时采用RT-PCR法扩增部分PEDV阳性病料S1基因序列，根据S1基因序列特征分析毒株基因型和变异情况。结果显示：共47份样品为PEDV核酸阳性，平均阳性率为22.82%,其中腹泻仔猪、育肥猪和母猪样品PEDV检出率分别为27.05%、15.15%和20.83%;采用RT-PCR法共扩增6份PEDV阳性样品S1基因部分序列，进一步序列分析发现5个毒株属于PEDV变异株，1个毒株属于PEDV经典株。研究结果表明，河北省邢台市及周边地区PED流行情况较严重，且同时流行PEDV经典株和变异株，但PEDV变异株为优势基因型。     

2012―2013年猪繁殖与呼吸综合征病毒河南流行株的分离鉴定及分子流行病学调查

为了解河南地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）流行毒株的遗传变异情况和发展趋势。通过RT-PCR方法,对2012―2013年采自河南省各地疑似病料进行PRRSV检测,并对阳性病料进行病毒分离鉴定及分子流行病学分析。结果显示：54份疑似病料中17份检测为阳性,阳性率为31.5%,并分离出3株PRRSV;通过完整的ORF5基因和部分NSP2基因序列遗传进化分析表明,河南地区流行毒株主要为美洲型PRRSV,且17份阳性样品中10份与高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒（HP-PRRSV）高度同源、2份与经典PRRSV高度同源、另外5份与美洲流行毒株NADC30高度同源,该类毒株的NSP2基因在不同部位存在393个核苷酸缺失,国内尚未见相关报道。结果表明,2012―2013年河南地区PRRSV主要流行毒株为HP-PRRSV,同时出现了新的变异毒株,使河南地区乃至我国PRRSV变异种类更加多样化,提示加强PRRSV流行及变异的监测十分必要。     

鸭坦布苏病毒山东流行株的分离鉴定及其基因组序列分析

为了解山东省鸭坦布苏病毒(duck tembusu virus,DTMUV)的流行与变异情况,对2018年下半年至2019年上半年泰安、济宁和淄博等地送检的临床病鸭样品进行了DTMUV病原学检测,并对阳性病料进行病毒分离鉴定及分离株的全基因组序列分析。结果显示:从102份样品中,共检测到8份DTMUV阳性,阳性率检出率为7.8%,从阳性病料中分离到3株DTMUV分离株;3个分离株基因全长均为10 993 bp,彼此间的氨基酸同源性为99.2%～99.3%,与24个参考毒株的同源性为95.8%～99.9%,均属于中国株I型;与参考毒株相比,分离株的核衣壳蛋白C、囊膜蛋白E和非结构蛋白NS1的同源性相对较低,分别为86.1%～99.2%,95.0%～99.4%和92.3%～99.7%,同时存在数量不等的氨基酸突变位点,但关键的蛋白结构和潜在的糖基化位点无差异。结果表明,DTMUV在山东部分地区仍有流行,但流行毒株基因结构及致病特性与经典毒株相比无明显变化,但应持续关注和深入研究。     

福建省番鸭呼肠孤病毒的生物学特性及基因序列分析

为了解福建省番鸭呼肠孤病毒（Muscovy duck reovirus,MDRV）的生物学特性及其遗传变异情况,2021—2022年从福建省番鸭集中饲养区,收集疑似MDRV感染临床病例的病料样品125份,进行MDRV病原学检测以及MDRV病原分离、攻毒试验、疫苗免疫攻毒试验和S4基因序列分析。结果显示:在115份免疫过MDRV活疫苗的临床病例病料中未检测到MDRV阳性,在10份未免疫MDRV活疫苗的临床病例病料中,检出6份MDRV阳性;从阳性病料中分离出的6株MDRV毒株均能致死番鸭胚,对雏番鸭的致病率为60%～100%,致死率为40%～60%;对1日龄番鸭免疫MDRV活疫苗后,在7日龄时进行分离毒株攻毒试验,未见番鸭发病死亡;6株MDRV分离毒株S4基因核苷酸序列的同源性大于99%,与1997年流行株MDRV-MW9710同源性为98.6%～99.4%,属于同一分支。结果表明:MDRV在福建省番鸭群中依然存在,对未免疫番鸭群的致病性较高,其致病性和S4基因序列特性与最初流行毒株变化不大,当前疫苗仍可有效预防MDRV感染,因此要重视MDRV活疫苗的免疫。     

2012年-2015年我国部分地区禽偏肺病毒的分子流行病学分析

为了调查鸡群中禽偏肺病毒（aMPV）的流行情况,本研究从江苏、辽宁、河南、山东、河北等地有肿头症状的鸡群中取其鼻甲骨和鼻黏液进行 RT-PCR 检测,随机选取9株 PCR 阳性产物对其 F 基因进行序列测定与遗传进化分析。结果表明,280份病料中检出阳性样品142份,阳性检出率达50．7％;9个试验毒株之间 F 基因同源性为99．4％～100％,与 B 型 aMPV 代表株的同源性为97．7％～99．9％,而与 A 型、C型和 D 型 aMPV 代表株的同源性为71．9％～79．4％;由遗传进化树可见,这9株 aMPV 均属于 B 型分支。说明我国鸡群中目前存在 aMPV 感染,B 型毒株是优势流行基因型,从而为禽偏肺病毒疫苗的开发提供了流行病学资料。     

NDRV和MDRV双重RT-PCR检测方法的建立

为建立一种能够同时快速检测新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)和番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的方法,根据GenBank上已发表的2种病原S3基因保守序列,设计合成2对特异性引物。经条件优化后,建立了检测NDRV、MDRV的双重RT-PCR方法,扩增2种病毒的片段,大小分别为298 bp和189 bp。试验表明,该方法具有良好的特异性和敏感性。采用该方法对在广东省不同地区采集的42份鸭病料样品进行检测的结果与单一RT-PCR结果一致,均检出19份感染NDRV的病料和8份感染MDRV的病料,表明该方法可用于临床样品检测。     

2016年-2017年四川省部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒的分子流行病学调查

为了解近年来四川省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的遗传变异和分子流行病学情况,通过RT-PCR方法,对四川省各地疑似病料进行PRRSV检测,确定获得阳性样本基因型和对GP5基因遗传进化进行分析.结果显示,149份疑似病料中经ORF7片段检测33份为阳性,阳性率为22.15%(95%CI:15.8%~29.7%);通过对NSP2片段的检测,其中有9份为PRRSV高致病性毒株(HP-PRRSV)、5份为PRRSV经典毒株、8份为PRRSV NADC-30样毒株;通过对GP5基因进行扩增和序列测定,得到11株部分的GP5基因序列数据,所获序列与已报道对应核苷酸序列同源性为60.4%~99.8%,推导的氨基酸序列的同源性为74.3%~100%.结果表明,近两年四川地区PRRSV主要流行毒株为HP-PRRSV,同时新的变异毒株NADC30的流行呈上升趋势.四川地区乃至国内各地区的PRRSV基因在逐渐变异,且毒株的流行趋势在转变,提示应加强对PRRSV流行及变异的监测.     

核酸探针检测鸡传染性支气管炎病毒方法的建立及应用

以地高辛(DIG)标记鸡传染性支气管炎病毒(IBV)pol基因的保守片段制成核酸探针,与IBV参考株、新城疫病毒、传染性法氏囊病病毒、禽流感病毒、正常鸡胚尿囊液及正常鸡肾组织等的RT-PCR产物进行斑点杂交,以检测探针的特异性,结果该探针仅与IBV毒株的RT-PCR产物杂交呈阳性,与对照病毒和组织的RT-PCR产物杂交呈阴性.敏感性试验显示,探针最低能检出约3.4pg的IBV RT-PCR产物.用该方法检测了38份疑似IBV临床病料,31份阳性;而用RT-PCR法扩增IBV S2基因确诊为阳性的只有29份.对人工接种IBV H52弱毒苗鸡咽喉和肛门拭子32份进行检测,检出15份阳性.结果表明,利用DIG探针检测IBV的RT-PCR产物,特异性和敏感性强,可重复,能克服RT-PCR非特异性反应和探针Northern杂交的不稳定性.