中国鹿亚科动物mtDNA控制区序列差异及其遗传分化

[目的]探讨中国鹿亚科动物的遗传分化。[方法]通过PCR直接测序的方法获得我国鹿亚科物种线粒体DNA控制区（D-loop）全序列,结合GenBank检索到的鹿亚科其它动物同源序列,用生物软件进行统计分析。[结果]我国鹿亚科动物D-loop区序列全长在921～1072bp,碱基T、A、C、G的平均含量分别为32.1%、30.2%、22.7%及15.0%,各物种间的遗传距离范围在0.062～0.106,处于属间差异。系统进化树结果表明梅花鹿、马鹿和白唇鹿亲缘关系较近,它们与水鹿构成一组进化枝,坡鹿与麋鹿构成一组进化枝,豚鹿单独构成一个进化枝。[结论]支持麋鹿和豚鹿并入鹿属的观点,我国的鹿亚科动物的分化时间约为155～260万年。     

基于线粒体控制区全序列的鹿亚科系统发育分析

测定13种鹿亚科动物线粒体DNA控制区全序列,并结合从GenBank获得的12种鹿亚科动物同源序列进行分析,进一步研究鹿亚科物种的分类和系统进化。结果显示,25种鹿亚科动物线粒体控制区序列全长为914～1 072bp,个体间序列差异为0.1%～12.2%,4个属间差异为8.0%～12.2%。构建的系统发育树结果表明,马鹿分为2个不同类群,麋鹿属的麋鹿、斑鹿属的豚鹿以及黇鹿属的黇鹿与鹿属的分化处于属间差异,支持将其并入鹿属的观点,坡鹿为鹿属中最原始的种。     

新疆野猪mtDNA控制区序列遗传多样性分析

[目的]为研究猪种起源和遗传分化提供依据。[方法]从6个新疆野猪样本中提取基因组DNA,克隆线粒体DNA控制区序列并进行测序。在测定新疆野猪与其他20个国内外猪种间的遗传距离的基础上,对其进行聚类分析。[结果]通过PCR扩增克隆到大小为1398bp的DNA片段,其A+T含量为59.87%,有明显的碱基偏向性。控制区内存在大量的ACACGTGCGT串联重复序列。在6个新疆野猪样本中检测到3个单倍型。群体平均单倍型多样度(H)为0.600,核苷酸多样度(π)为0.00086。聚类分析结果表明新疆野猪与滇南小耳猪、泰国野猪和藏猪具有较近的遗传关系。[结论]新疆野猪与亚洲野猪和中国地方猪种有较近的遗传关系。     

陕西省羚牛mtDNA控制区序列结构和种群遗传多样性分析

为给羚牛(Budorcas taxicolor)秦岭亚种的保护和管理提供有用的信息,调查陕西省秦岭羚牛3个野生种群线粒体DNA(mtDNA)控制区357bp片段的遗传多样性和种群结构。结果显示,67个羚牛个体碱基组成为A+T的平均含量(56.3%)高于G+C含量(43.7%),3个群体mtDNA控制区的变异位点为60个(约占总位点数的17.29%)。核苷酸多样性(Pi)为0.007 48,平均核苷酸差异数(K)为2.052。67个个体分属4个单倍型,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.127。说明秦岭羚牛群体mtDNA控制区序列遗传多样性较低,群体间的基因交流较少,有可能出现近亲繁殖的情况。     

我国斑鳜不同群体mtDNA控制区序列的遗传变异

采用PCR技术扩增了鸭绿江、长江、钱塘江、闽江、西江5个群体36尾斑鳜（Siniperca scherzeri Steindachner）mtDNA控制区的基因序列。在长度818bp片断序列中共检测到112个多态性核苷酸位点,具有20种单倍型,不同地理群体的单倍型表型不同,鸭绿江、钱塘江群体中含有多个特异性的核苷酸位点。用MEGA3．0构建了NJ分子树,鸭绿江、长江、钱塘江、西江群体内的个体均能单独聚成群,而闽江群体未能单独成群,个体分别与长江、西江群体聚在一起。这些表明我国斑鳜不同群体间有较明显的遗传分化。     

我国斑鳜不同群体mtDNA控制区序列的遗传变异

采用PCR技术扩增了鸭绿江、长江、钱塘江、闽江、西江5个群体36尾斑鳜（Siniperca scherzeri Steindachner）mtDNA控制区的基因序列。在长度818bp片断序列中共检测到112个多态性核苷酸位点，具有20种单倍型，不同地理群体的单倍型表型不同，鸭绿江、钱塘江群体中含有多个特异性的核苷酸位点。用MEGA3．0构建了NJ分子树，鸭绿江、长江、钱塘江、西江群体内的个体均能单独聚成群，而闽江群体未能单独成群，个体分别与长江、西江群体聚在一起。这些表明我国斑鳜不同群体间有较明显的遗传分化。     

基于线粒体控制区序列变异分析宁夏六盘山地区甘肃鼢鼠遗传多样性

宁夏六盘山地区是甘肃鼢鼠的典型分布区,本研究旨在探讨宁夏境内六盘山地区甘肃鼢鼠遗传多样性及其遗传分化。通过测定甘肃鼢鼠线粒体DNA控制区全序列,分析了六盘山地区6个不同地理种群甘肃鼢鼠遗传多样性与遗传结构。获得了长度为894~897 bp的D-loop序列,定义了20种单倍型,共检出72个变异位点,整体的平均单倍型多样性高（Hd=0.988±0.016）、核苷酸多样性高（Pi=0.022 94±0.001 47）。6个地理种群之间地理距离与遗传距离呈极显著正相关关系（P<0.01）。歧点分布和中性检验均说明宁夏甘肃鼢鼠种群数量保持稳定。基于最大似然法（ML）和贝叶斯法（MB）构建的分子系统进化树表明,6个地理种群,得到3个稳定的分支。泾源、固原和隆德种群聚为一支,海原和西吉种群聚为一支,彭阳种群形成独立的进化分支。结果表明,宁夏六盘山地区甘肃鼢鼠各地理种群间因地理隔离及气候、地形的差异产生了较明显的分化,呈现出了较明显的地理分布格局。     

基于mtDNA控制区部分序列探讨东北狍与西伯利亚狍、欧洲狍的遗传分化

对来自中国东北12个狍样本线粒体控制区序列进行了测定,初步探讨了东北狍种群的遗传结构及其与西伯利亚狍、欧洲狍的遗传分化问题.结果在562 bp的线粒体DNA控制区序列中共发现40个变异位点,其中转换38个,颠换2个(Ti/Tv=19:1),多态位点的比例为7.12%.共检测到12种线粒体DNA单倍型,单倍型间的序列差异平均为2.00%.结合GenBank上西伯利亚狍和欧洲狍同源序列进行分析,确定27个单倍型,种群内及种群问无共享单倍型.AMOVA分析结果表明,遗传变异主要发生在种群间(67.28%).东北狍与西伯利亚狍无明显遗传分化(Fst:0.112 25,P>0.05),二种群间基因流程度最大(2.03).而东北狍与欧洲狍(Fst=0.718 28,P<0.001)、西伯利亚狍与欧洲狍(Fst=0.791 84,P<0.001)、西伯利亚狍-东北狍组合与欧洲狍(Fst=0.694 50,P<0.001)均具有显著的遗传分化.系统发生树和单倍型网络关系图均将27个单倍型分成2个进化枝:欧洲狍进化枝和西伯利亚狍-东北狍进化枝.     

贵州柳源香鸡mtDNA控制区的遗传多样性分析

为研究柳源香鸡与瑶山鸡、黔东南小香鸡的亲缘关系,探讨柳源香鸡的起源和品种遗传多态性,采用mtDNA D-loop序列变异对柳源香鸡、瑶山鸡和黔东南小香鸡进行遗传多态性的研究.结果表明:A、G、C和T等4种核苷酸的平均比例分别为25.22％、13.51％、25.82％、35.45％;共发现29个变异位点(不包含种内变异位点),占分析位点总数的3.71％,其中18个转换,11个颠换;具有29种单倍型,其中有11种共享单倍型.群体遗传多态性与亲缘关系分析表明,柳源香鸡个体具有瑶山鸡、黔东南小香鸡的遗传贡献.     

借助mtDNA控制区序列分析金鱼与不同地域鲫的亲缘关系

用PCR法克隆测定了4个品种金鱼(草金、文种、龙种和蛋种)、6个不同水域鲫与银鲫的m tDNA控制区部分序列,并对之进行比较分析。结果表明:测得的金鱼与鲫的序列长度均为471 bp,银鲫为472bp;在所用样品中共检测到10种单倍型,金鱼4品种间序列无差异,共享1种单倍型;11尾鲫(来自6个不同水域)呈现8种单倍型,4尾银鲫(来自2个不同水域)共享1种单倍型。聚类分析结果表明,金鱼隶属于鲫的一支,银鲫呈独立的另一支。对金鱼与不同地域鲫的遗传距离测定结果表明:金鱼与嘉兴南湖的鲫亲缘关系最近(遗传距离D=0.00426),其次为盐城射阳湖鲫(D=0.00534)、淮河鲫(D=0.00641)、鄱阳湖鲫(D=0.00749),再次为黄河下游鲫(D=0.01073),与闽江鲫亲缘关系较远(D=0.01291)。据此推测,金鱼起源于长江流域的鲫。     

福建黄兔线粒体基因组全序列测定与分析

福建黄兔是中国优良的小型兼用品种,从线粒体水平分析福建黄兔在兔形目动物中的系统发育地位,对探究其起源、进化和种群分类具有重要意义。利用PCR高保真扩增技术和生物信息学软件对福建黄兔线粒体基因组进行获取、拼接与注释。结果发现福建黄兔线粒体基因组全长17 000 bp(Genbank No.MN518689),主要包括tRNA基因（22个）、rRNA基因（2个）、蛋白编码基因（13个）和控制区（1个）4 部分,基因排列紧密。除控制区,共存在37个编码基因,有9个基因由轻链（L链）编码,其余28个编码基因均由重链（H链）编码。22个tRNA基因中,除 tRNA-Ser(AGY)基因由于缺失DHU臂不能形成三叶草结构外,其余21种tRNA基因均可折叠形成经典的三叶草结构。控制区含有3种结构域：延长终止序列区（ETAS1和ETAS2）、中央保守区、保守序列区（CSB1、CSB2和CSB3）,其中,CSB1和CSB2间存在200 bp的短重复序列,CSB3和tRNA-Phe间存在306 bp的长重复序列。基于线粒体基因组控制区序列构建10 种兔形目动物的系统进化树,结果表明福建黄兔起源于穴兔,支持将福建黄兔划归为穴兔属。     

青海骆驼线粒体DNA D-loop区遗传多样性研究

旨在研究青海骆驼遗传多样性,揭示青海骆驼的母系起源进化。采集柴达木地区3个青海骆驼类群耳组织样品88份并提取基因组DNA,利用PCR扩增和基因测序分析线粒体DNA D-loop序列,并与蒙古、内蒙古双峰驼进行比较。结果表明：D-loop序列中共检测到96个多态位点,定义了27种单倍型。3个青海骆驼类群占有16个单倍型,而蒙古双峰驼独有7个单倍型,内蒙古双峰驼独有4个单倍型。系统发育分析显示出两个独立的分支：第一支为青海骆驼3个类群与蒙古双峰驼,且德令哈双峰驼与其他两个类群间存在明显界限;第二支为内蒙古双峰驼。青海骆驼与内蒙古双峰驼的遗传距离均较远,但与蒙古双峰驼的遗传距离较近。因此,青海骆驼母系起源更倾向于蒙古双峰驼而非内蒙古双峰驼。     

鸟类线粒体DNA控制区研究进展

控制区是线粒体DNA的非编码区,进化速度快,是研究鸟类种系发生最常用的分子标记之一。笔者综述了近年来鸟类线粒体DNA控制区的长度变异、结构分区、重复控制区及控制区基因排列顺序4个方面的研究进展,为相关研究提供了参考。     

部分箬竹属植物的叶绿体DNA分析（摘要）

[目的]研究箬竹属植物和赤族属植物的亲缘关系。[方法]以箬竹属13个竹种及其近缘的赤竹属3个竹种为材料,采用PCR方法扩增叶绿体trnL-trnF间隔区基因片段,并对其进行序列分析,构建系统树。[结果]利用已发表的trnL-trnF序列通用引物扩增出长度为1008～1103bp的trnL-trnF片段,比较长度为940bp。cpDNA序列聚类将箬竹属与赤竹属竹种混合聚在一起,同源性为99%以上,可分为五组。其中,髯毛箬竹、广东箬竹、小叶箬竹、华箬竹、毛鞘箬竹、矮箬竹、胜利箬竹、箬竹、箬叶竹、粽巴箬竹、翠竹和菲白竹12个竹种聚为一组;泡箬竹、天目箬竹、阔叶箬竹和美丽箬竹4个竹种各自成一组。[结论]竹种间的同源性极高表现为较慢的进化速率,提供的信息位点很少,不能很好地解决箬竹属种间的系统学问题。     

新疆鹅线粒体DNA D-loop区序列分析(英文)

[目的]通过线粒体DNAD-loop区序列分析研究不同羽色新疆鹅的遗传多样性和系统进化。[方法]从新疆鹅核心群中随机选取灰羽、花羽、白羽新疆鹅各10只,共30只,作为试验材料,采集其翅下静脉血。运用DNA测序技术对新疆鹅线粒体DNAD-loop区序列进行了测定分析,研究其多态性。通过与参考序列的对比分析,估计群体间的遗传距离。[结果]不同羽色的新疆鹅线粒体DNAD-loop区的A、G、C、T含量分别为28.85%、17.05%、25.38%和28.72%。平均单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.583和0.056。聚类分析结果显示,新疆鹅与灰雁聚为一类。[结论]该研究结果表明不同羽色的新疆鹅均起源于灰雁(Anser anser)。     

部分箬竹属植物的叶绿体DNA分析

[目的]研究箬竹属植物和赤族属植物的亲缘关系。[方法]以箬竹属13个竹种及其近缘的赤竹属3个竹种为材料,采用PCR方法扩增叶绿体trnL-trnF间隔区基因片段,并对其进行序列分析,构建系统树。[结果]利用已发表的trnL-trnF序列通用引物扩增出长度为1008～1103bp的trnL-trnF片段,比较长度为940bp。cpDNA序列聚类将箬竹属与赤竹属竹种混合聚在一起,同源性为99%以上,可分为5组。其中,髯毛箬竹、广东箬竹、小叶箬竹、华箬竹、毛鞘箬竹、矮箬竹、胜利箬竹、箬竹、箬叶竹、粽巴箬竹、翠竹和菲白竹12个竹种聚为一组;泡箬竹、天目箬竹、阔叶箬竹和美丽箬竹4个竹种各自成一组。[结论]竹种间的同源性极高,表现为较慢的进化速率,提供的信息位点很少,不能很好地解决箬竹属种间的系统学问题。