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新型COS标记技术及其在梨属植物分子系统关系研究中的应用前景 总被引:2,自引:1,他引:1
摘要:植物系统关系的研究以DNA序列比较分析应用最为广泛;目前,DNA序列分析的发展趋势由常用DNA片段(cpDNA, nrDNA)向低拷贝核基因(Low-copy nuclear gene, LCNG)分析发展,COS(Conserved Ortholog Set)标记就属于这一类低拷贝核基因,本文对新型COS标记的特点、COS标记的开发和应用进行综述,同时探讨其在梨属植物系统关系研究中的应用前景,从而为解决梨属植物的系统演化问题提供一种新的手段. 相似文献
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荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization,FISH)在植物的研究中已被广泛应用,它是20世纪80年代发展起来的一种非放射性原位杂交技术,是将特定的DNA序列定位在染色体或染色质上的一门新兴的分子细胞遗传学方法.该技术的灵敏度和准确性较高并且安全、直观.本文简单介绍了该技术的基本原理,重点从染色体制片、探针标记技术、染色质的凝缩程度、与分带技术相结合和单拷贝或低拷贝基因的检测等方面,阐述了近些年该技术的发展状况,最后本文概述了该技术在基因工程育种中的应用,并展望其应用前景. 相似文献
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《分子植物育种》2017,(2)
根据刺五加鲨烯合酶基因2(squalene synthase,SS2)和鲨烯环氧酶基因1(squalene epoxidase,SE1)的DNA序列,通过Southern杂交和q RT-PCR法确定SS2和SE1的拷贝数。以actin为内参照基因,利用q RT-PCR法和分光光度法确定不同SS2和SE1拷贝数下的基因表达量和皂苷含量。结果表明,刺五加的SS2存在1和2拷贝,SE1存在1、2和3拷贝的类型及其相互组合的6种拷贝数组合基因型。刺五加SS2和SE1的表达量与皂苷含量均随拷贝数的增加而显著提高(p0.05),两者间存在极显著的正相关关系(P0.01)。SS2和SE1每增加1个拷贝可使皂苷含量分别提高0.57和0.42倍。研究结果为进一步揭示刺五加皂苷含量差异形成的分子机理奠定了基础。 相似文献
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陆地棉李氏超短纤维突变体(Li1li1)是显性单基因突变体,表现为茎秆、叶片卷曲,纤维短至6mm,其隐性纯合体(li1li1)则表现为株型和纤维发育都正常。对开花后10d的李氏纤维发育正常材料(li1li1)和超短纤维突变体(Li1li1)胚珠纤维混合体进行mRNA差异显示反转录PCR(DDRT-PCR)分析,获得1条在李氏纤维发育正常材料中上调表达的差异片段。进一步通过5'RACE技术获得全长为621bp的cDNA,测序及DNA序列的生物信息学分析表明该cDNA片段与拟南芥编码阿拉伯半乳糖蛋白基因AGP14有52%相似性,故命名为GhAGP。表达特征分析表明,该基因在陆地棉根、茎、叶和纤维中组成性表达,在棉纤维中优势表达。基因组序列分析显示,该基因在二倍体棉种非洲棉和雷蒙德氏棉中各有1个拷贝,在四倍体棉种陆地棉TM-1和海岛棉海7124中分别存在2个拷贝,表明A、D亚组中各有1个拷贝。利用本实验室陆地棉遗传标准系TM-1和海岛棉海7124培育的含140个单株的BC1作图群体,将GhAGP基因的2个拷贝分别定位在四倍体棉花部分同源转化群染色体6和染色体25上。 相似文献
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为建立一种快速、灵敏、简单的检测类病毒的方法,以桑花叶萎缩类病毒为研究对象,根据其基因组设计了1条特异性连接环化的寡核苷酸链探针和2条PCR扩增检测引物,对收集到的6份桑花叶型萎缩类病毒样品进行了滚环扩增。结果所有样品的RCA扩增产物的核酸电泳,条带呈阶梯状分布,但大部分聚集于上样孔附近,与理论分析相符,表明该方法适用于桑花叶萎缩类病毒的快速检测。进一步利用人工合成的模拟DNA分子测试该检测方法的灵敏度,研究显示,利用RCA技术可以成功检测到10~3拷贝的模式DNA分子。 相似文献
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《农产品加工.学刊》2021,(11)
探讨微滴数字PCR (Droplet digital PCR,ddPCR)技术在猪肉掺假检测中的应用价值。提取猪肉肌肉组织中的基因组DNA,设计猪源性内标基因引物及探针序列,以ddPCR进行扩增读取结果,在不同物种中进行特异性检测,利用标准质粒DNA检测最低下限拷贝浓度;在不同掺杂量组织中检测最低比例。结果表明,猪源性ddPCR检测体系特异强,在10~2 000 copies/μL的范围内具有较高的检测线性,RSD值小于25%,可检测至猪肉掺杂量为1%的混合样品。基于ddPCR的检测猪肉掺假的方法具有较高的实际应用价值。 相似文献
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转基因抗虫棉外源DNA插入整合结构分析和转化事件特异性检测方法的建立 总被引:1,自引:0,他引:1
通过3’端2次高效热不对称交互PCR(hiTAIL-PCR)和5’端4次hiTAIL-PCR及1次长链PCR获得了转基因抗虫棉材料06N-119的外源DNA插入片段的全序列。外源DNA插入片段全长11578bp,由NptⅡ基因和Bt基因两个表达盒串联构成。插入位点处缺失75个碱基,未发生基因重组现象。根据3’端旁侧序列设计引物,特异性和灵敏度检测结果表明,建立的3’端定性PCR检测方法特异性强,灵敏度高,最低检测限为每100ng模板量的0.05%,相当于11个靶标序列拷贝。本研究结果对转基因抗虫棉外源基因检测和生物安全评价具有重要意义。 相似文献
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TA克隆构建含MOC1基因cDNA片段的重组质粒,作为TaqMan定量检测水稻分蘖基因MOC1 mRNA的标准品,建立了检测方法。采用RT—PCR。的方法,从水稻分蘖芽总RNA中逆转录扩增总cDNA,PCR扩增MOC1基因中设计的目的片段,将纯化的目的片段与pMD19-T Simple载体连接,转化宿主菌JM-109,提取重组质粒DNA,PCR鉴定并测序分析。纯化质粒并检测260nm吸光值,确定重组质粒原液的拷贝浓度并以此制备荧光定量PCR梯度浓度标准品。对重组质粒进行实时荧光定量PCR实验。建立了MOC1基因mRNA表达实时荧光定量PCR检测方法,特异性好,检测灵敏度达10^2拷贝,线性范围为10^2-10^7拷贝,阈值循环数与PCR体系中起始模板量的对数值之间有着良好的线性关系(r=0.999),扩增效率高(E=92.8%)。成功建立了MOCI基因实时荧光PCR定量标准品,且TaqMan荧光定量RT—PCR的方法可对水稻分蘖基因MOC1 mRNA的表达进行准确定量。 相似文献
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本研究以含有反义蜡质基因双拷贝整合转化子Sh3为材料,通过后代分离获得由单拷贝及仍然呈双拷贝整合转基因植株后,采用TAIL-PCR对这些后代进行T-DNA整合位点分析。结果显示,两个外源基因分别整合在Sh3转化子基因组中第3号染色体9127056~91266603bp处和第4号染色体9977226~9976939bp处。检测由Sh3转化子后代分离获得外源基因单拷贝以及双拷贝整合植株糙米直链淀粉含量,结果显示,非转基因对照糙米直链淀粉平均含量为12.83%,外源基因整合在第3和第4染色体上的单拷贝植株糙米直链淀粉平均含量分别为5.31%和11.83%,双拷贝整合植株糙米直链淀粉含量平均为3.8%。通过本研究不仅明确了反义蜡质基因不同整合位点对于降低糙米直链淀粉含量程度有不同的影响,同时也获得了一个能够使转基因水稻糙米直链淀粉含量降低较明显的位点。 相似文献
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鉴定外源DNA片段在受体基因组中的插入位点、整合序列与拷贝数信息是转基因植物安全评价体系的关键环节。传统的转基因植物分子特征鉴定技术繁杂费力、耗时低效且具有一定的局限性。本研究利用基因组重测序技术与实验室自建的数据分析流程,针对转基因玉米GM11061开展了分子特征鉴定研究,结果表明:外源DNA片段仅插入受体基因组一个拷贝,位于5号染色体198,621,57~198,621,620 bp之间,不含载体骨架序列,并通过Sanger测序验证了其上下游结合位点。测序数据量梯度分析显示,最低~5×的重测序原始数据可实现该整合位点的鉴定。本研究证实Illumina高通量测序技术与配套的数据分析方法结合可实现简易、快速、精准的植物分子特征鉴定研究。本研究结果有助于植物功能基因组学基础研究,同时也为转基因安全评价体系的完善提供技术支撑。 相似文献
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为探究南欧大戟(Euphorbia peplus L.)叶绿体基因组序列特征及系统进化位置关系。本研究以南欧大戟总DNA为研究对象,利用Illumina HiSeq 2500高通量测序仪测定南欧大戟的叶绿体基因组序列,采用GetOrganelle进行完整叶绿体基因组的组装,并借助生物信息学工具进行基因组的注释分析、图谱构建和系统发育分析。结果表明,南欧大戟叶绿体基因组全长159 466 bp,呈典型的四分体环状结构,包括一个大单拷贝区、一个小单拷贝区和两个反向互补重复区,其大小分别为89 398、17 802和26 133 bp,GC值为35.8%;共编码基因130个,其中包括8个rRNA基因、37个tRNA基因和85个蛋白编码基因。基于23种植物系统发育分析结果表明,南欧大戟与同亚科植物浆果乌桕的亲缘关系最近。本研究获取了南欧大戟的叶绿体基因组特征信息和系统发育位置,为该植物的资源开发、品种鉴定和遗传进化研究提供了新的材料基础。 相似文献
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SYBR Green I荧光定量PCR检测类猪圆环病毒因子P1 总被引:3,自引:0,他引:3
该研究旨在建立快速、敏感和特异的检测类猪圆环病毒因子 P1的 SYBR Green I 荧光定量 PCR 法,用于 P1 的早期诊断.以感染 P1 的猪血清DNA提取物为模板,采用 PCR 扩增 P1 101 bp 的基因片段,将其克隆至 pMD18-T 载体,重组质粒测序并进行同源性分析;以阳性质粒为模板,建立 SYBR Green I 荧光定量PCR检测方法,并进行敏感性和特异性检测.经测序证实扩增片段属于 P1,所建立的 SYBR Green I 荧光定量 PCR 检测 P1 的反应在 101 ~108拷贝/μL 之间具有良好的线性关系,反应的检出下限为10拷贝/μL,而对猪伪狂犬病病毒、猪细小病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒等的检测为阴性,表明该方法敏感、特异.成功建立了 SYBR Green I 荧光定量 PCR 检测 P1 载量的方法,为 P1 致病机制和机体免疫保护机制的研究提供了技术平台. 相似文献
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免疫是猪病防控的最有效、最关键的措施之一。目前,我国猪用疫苗有两类,一类是免费疫苗,另一类是自费疫苗。免费疫苗是国家免费提供、必须接种的疫苗,有口蹄疫疫苗、猪瘟疫苗和高致病性猪蓝耳病疫苗。免费疫苗主要特点是使用时间长、免疫效果好,一般是我国自行研制生产的,价格便宜。这类疫苗的选择和使用,国家每年都出台具体的指导意见。自费疫苗是养猪者自费、自愿接种的疫苗,其中病毒 相似文献