基于rDNA-ITS序列的甘肃甘南野生羊肚菌遗传多样性分析

通过对采自甘肃甘南藏区的16株野生羊肚菌菌株进行分子生物学分析,对rDNA基因内转录间隔区(ITS)片段进行PCR扩增并测序,测序结果在GenBank中进行BLAST比对,鉴定得知,16株供试羊肚菌共归纳为5种,分别为黑脉羊肚菌(Morchella angusticeps)、羊肚菌(Morchella esculenta)、高羊肚菌(Morchella elata)、粗腿羊肚菌(Morchella crapssipes)和尖顶羊肚菌(Morchella conica)。根据采用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建的分子进化树得知,2种分子进化树拓扑结构相似,并且Bootstrap验证显示,系统发育树各分支都有很高的支持率,说明其系统关系有很高的可信度。结果可为该地区羊肚菌(Morchella spp.)的系统分类提供较为准确的分子性状依据。     

基于ITS和ISSR的羊肚菌种质资源遗传多样性分析

【目的】目前羊肚菌栽培菌种品性退化,羊肚菌种质资源的筛选评价对于选育优质新品质具有重要意义。【方法】本研究采用核糖体DNA转录间隔区(Internal Transcribed Spacer,ITS)序列分析技术,对收集到的18个羊肚菌菌株进行菌株鉴定和系统发育分析,同时应用ISSR(inter-simple sequence repeat)分子标记手段,进行遗传多样性以及亲缘关系分析。【结果】10个菌株为梯棱羊肚菌(Morchella importuna),2个为六妹羊肚菌(Morchella sextelata),4个为高羊肚菌(Morchella elata),2个野生羊肚菌为粗柄羊肚菌(Morchella crassipes)。ISSR聚类分析显示出供试菌株的总体相似性为0.52,相似系数为0.54时聚为两大类群。【结论】18株菌株间具有明显的遗传多样性。     

采自甘南州的21株野生羊肚菌的分子学鉴定

甘南藏族自治州境内高寒阴湿温差大,土壤肥力高,适宜羊肚菌生长.经对采自甘南藏族自治州的野生羊肚菌进行组织分离,获得21份菌丝培养物,并对其采用ITS、ef1-α、rpb1以及rpb2片段联合矩阵序列分析鉴定.结果表明,21个供试菌株均属黑色羊肚菌支系,其中19株为三地羊肚菌(Morchella eohespera),2...     

一株采自四川南充的羊肚菌生境调查与鉴定

为调查四川南充羊肚菌资源并考察其发生地环境,于2014年3月31日在南充市西充县金泉乡双桥子村采集到1株羊肚菌.通过菌丝体培养,镜检观察完成形态鉴定,基于ITS、LSU、ef1-α、rpb1和rpb2序列分析构建的系统发育树完成分子鉴定,确定为Morchella sp.(Mes-16),归入黄色羊肚菌支系(Esculenta Clade),进一步结合样地环境及土壤理化性质分析了羊肚菌在当季发生的可能的机制.     

粗柄羊肚菌分子鉴定及羊肚菌属真菌系统发育分析

鉴定河南省郑州市郊区发生的羊肚菌标本,并分析羊肚菌属真菌的系统发育关系。采用内转录间隔区(Internal transcribed sequence,ITS)序列分析进行分子鉴定,结果表明,郑州市郊区发生的羊肚菌为粗柄羊肚菌(Morchella crassipes),与形态鉴定结果一致;系统发育分析结果表明,羊肚菌属真菌整体上至少可以分为4个类群:第Ⅰ类群包括高羊肚菌(M.elata)、黑脉羊肚菌(M.angusticeps)、肋脉羊肚菌(M.costata)、尖顶羊肚菌(M.conica)和M.gigas等种类;第Ⅱ类群包括羊肚菌(M.esculenta)、粗柄羊肚菌和小海绵羊肚菌(M.spongiola)等;第Ⅲ类群仅包括红褐羊肚菌(M.rufobrunnea)1个种;半开羊肚菌(M.semilibera)被归为第Ⅳ类群,与其他类群进化距离更远。ITS序列分析可以用于羊肚菌属种类鉴定和系统发育分析。     

2种野生羊肚菌分离、鉴定与菌丝培养条件

【目的】获得野生羊肚菌资源,并探讨其菌丝最适培养条件。【方法】采用组织分离获得菌株纯培养;采用形态和内转录间隔区ITS鉴定确定分类地位;综合生长速度和长势,确定菌丝的最适生长条件。【结果】从北京和山西分离羊肚菌纯培养YBJ和YSX菌株,分别为羊肚菌(Morchella esculenta)和小羊肚菌(Morchella deliciosa)。YBJ菌株最适碳源为可溶性淀粉和山梨醇,最适氮源为胰蛋白胨,最适C/N比范围为10/1~30/1;最适温度为24℃;最适pH为8.0。YSX菌株最适碳源为麦芽糖;最适氮源为胰蛋白胨;最适C/N比为60/1;最适温度为24℃;最适pH为8.0。【结论】获得2株野生羊肚菌菌株,并确定其分类名称和培养条件。     

青藏高原东部22株栽培与野生羊肚菌的分子进化分析

为了更好地区分不同羊肚菌菌株,确定其生物多样性,对10个栽培羊肚菌和12个野生羊肚菌进行分析.通过对5个基因区域进行DNA测序,借助数据库检索、多序列比对和分子进化等方法进行分析,发现10种栽培样本属于3种已知物种:六妹羊肚菌(Morchella sextelata)、梯棱羊肚菌(M.importuna)、七妹羊肚菌(...     

石斛属植物rDNA ITS序列的克隆与分析

对24种石斛属植物的rDNA ITS序列进行克隆分析,以期为石斛属植物的分子鉴定和遗传多样性研究提供依据。以叶片基因组为模板,利用通用引物分别扩增24种石斛属植物的ITS序列,结果表明,ITS全长为634～646 bp,其中,58S序列的长度十分保守,均为164 bp;而ITS1和ITS2序列长度变异较大,分别为226～235 bp和241～247 bp。ITS1和ITS2序列具有丰富的变异位点,分别为176和166个;其中,信息位点分别为114和104个,发现了大量的转换、颠换和插入/缺失现象。而58S序列相对保守,有36个变异位点,其中信息位点16个。本研究表明,利用ITS序列可将本研究中的24种石斛属植物完全区分,这24种石斛属植物的遗传距离为0007～0302,其中鼓槌石斛和粟斑鼓槌石斛的遗传距离最小,亲缘关系最为接近;而金耳石斛与短棒石斛的遗传距离最大,亲缘关系最远。     

两种新疆羊肚菌的分类学鉴定

[目的]对新疆霍城县大西沟采集的两种形异羊肚菌(XJURML4和XJURML5)进行分类鉴定.[方法]用真菌专一引物ITS1f和ITS4扩增两菌ITS区并进行序列分析.[结果]XJURML4 ITS片段1 130 bp( EU086775),XJURML5 ITS片段1 127 bp(EU086776).两菌的ITS2区100;相似,而ITS1区仅有4 bp差异.BLAST比对测序结果发现XJURML4和XJURML5与近缘种宽圆羊肚菌(MorcheLLa esculenta (L.:Fr.)Pers.var.rotunda Pers.:Fr.)的同源性为99.28;和98.65;;NJ法构建进化树分析ITS序列,两菌也跟宽圆羊肚菌类聚在一起.随机引物OPA3进行RAPD扩增,共产生出六条带,二条相同,剩余四条为多态性条带,表明两菌基因组上也有差异.[结论]ITS区序列和进化树分析、OPA3 - RAPD标记技术均表明两菌是宽圆羊肚菌种内的新变种,而与传统形态学鉴定结果不一致.     

中国不同地区杜仲rDNA的ITS序列分析

运用克隆测序法,对分布于中国不同地区的杜仲(Eucommia ulmoides)的核糖体DNA的ITS区(包括ITS-1,5.8S和ITS-2)进行测定.结果表明,杜仲植物的ITS区序列总长度为587-589 bp,长度变异仅为2 bp,其中ITS-1区为218～219 bp,在ITS-2区为205～206 bp,5.8SrDNA均为164bp,且高度保守,无变异位点.采用DNASTAR软件进行系统发育分析表明,来自不同地区的杜仲样品同源性均在96.9以上.根据ITS序列特征构建的系统树,来自同一地区的样     

基于ITS序列的鸢尾属植物部分种的系统分类

通过引物设计、PCR、基因克隆、测序,获得了10种鸢尾属植物和1个外类群种的ITS序列。鸢尾属植物ITS1区长度219~243bp,5.8S序列长度均为165bp,ITS2区长度变异范围为196~239bp。5.8S序列过于保守,保守位点占81.9%。ITS序列对于区分鸢尾属植物组级的较大分类等级较好。用近缘属射干属的Belamcandachinensiss作为外类群,用邻位相接法(NJ)和最大简约法(MP)进行聚类分析,得到了较一致的系统树,且分析表明,ITS序列对于建立属间的分类等级更加有效。结合Genebank中的中国鸢尾属植物的序列,比较支持赵毓棠建立的中国鸢尾属植物组以上的分类系统。     

无籽刺梨及其近缘种ITS序列分析

为探讨无籽刺梨及其近缘种的关系,对采自贵州兴仁的无籽刺梨(Rosa sterilis S.D.Shi)、贵州安顺的光枝无籽刺梨(Rosa sterilis S.D.Shi var.leioclada M.T.An,Y.Z.Cheng et M.Zhong)及采自贵州遵义、兴仁的缫丝花(Rosa roxburghii Tratt.)以及从美国国立生物技术信息中心(NCBI)网站上下载的长尖叶蔷薇(Rosa longicuspis Bertal.)进行内转录间隔区(ITS)序列分析。利用MEGA6.0软件对ITS序列进行分析,ITS序列总长为629 bp,其中ITS1序列长度为253 bp,5.8S长度为164 bp,ITS2长度为212 bp;对无籽刺梨、缫丝花、长尖叶蔷薇进行组合分析,组合1(无籽刺梨、长尖叶蔷薇、兴仁缫丝花)和组合2(无籽刺梨、长尖叶蔷薇、遵义缫丝花)中整个ITS序列共有26个变异位点,占序列总长度的4.10%,组合3(光枝无籽刺梨、长尖叶蔷薇、兴仁缫丝花)、组合4(光枝无籽刺梨、长尖叶蔷薇、遵义缫丝花)中共有30个变异位点,占序列总长度的4.76%。4个组合中ITS1变异位点数都为7个,占ITS1序列长度的2.76%,占序列总长度的1.11%;5.8S序列均没有变异位点;组合1、2中ITS2的变异位点数为19个,占ITS2序列长度的8.96%,占序列总长度的3.02%;组合3、4中ITS2的变异位点数为23个,占ITS2序列长度的10.8%,占ITS序列总长度的3.65%。4个组合中无籽刺梨与光枝无籽刺梨都含有2种碱基叠加的变异位点,叠加的2种碱基中1个来自长尖叶蔷薇,1个来自缫丝花,无籽刺梨同时具有缫丝花、长尖叶蔷薇的2种ITS序列。通过最大简约法(MP)进行聚类分析,结果显示,无籽刺梨与长尖叶蔷薇聚为1支,通过形态学比较发现,无籽刺梨与贵州缫丝花、缫丝花较为接近。研究结果为进一步探讨无籽刺梨的物种起源提供了一定的理论基础。     

云南羊肚菌居群多样性研究

运用RAPD（Random Amplified Polymorphic DNA）技术对分布于滇西北地区的3种羊肚菌（Morchella）的27个居群进行分析。11个随机引物在27个居群中产生243个位点，所有的位点都具有多态性。     

米氏凯伦藻18S rDNA和转录间隔区序列分析

对赤潮多发藻米氏凯伦藻(Karenia mikimotoi)核糖体18S rDNA及其转录间隔(ITS) 区序列PCR扩增并测序,获得18S rDNA和ITS基因序列长度分别为1 690 bp和654 bp.结合12种甲藻和1种硅藻作序列比较分析,分别在ITS1、ITS2序列寻找到适宜设计特异性引物探针区域,并用邻接法构建系统进化树,研究各藻种间亲缘关系.遗传距离分析结果显示米氏凯伦藻与短凯伦藻(Karena brevis)、微小卡罗藻(Karlodinium micrum )等分类学上较近的藻种18S rDNA序列相似度为97%～99%,远大于微小原甲藻(Prorocentrum minimum)、海洋原甲藻(P.micans)、塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense)等在分类学上相距较远的藻种,各藻种间的ITS序列平均相似度明显低于18S rDNA序列.以18S rDNA与ITS序列构建的进化树拓扑结构相一致,18S rDNA序列相对保守,适合进行属以上关系的系统进化分析,而ITS序列变异较大,适合种属间鉴别分析,且ITS1和ITS2是变异很大的区域,适合种间的分子特异性鉴定,这为快速鉴别赤潮多发藻米氏凯伦藻提供了依据,进而为治理赤潮提供帮助.     

小球藻鉴定基因的筛选及几株高产油微藻的分子鉴定

[目的]选择合适的小球藻种属鉴定基因,对高产油微藻进行分子鉴定。[方法]从分子鉴定常用的4条基因核基因组rDNA的18SrRNAgene、内转录间隔区（ITS）、内转录间隔区2（ITS2）和叶绿体rbcL基因中筛选出最为适用的小球藻鉴定基因,并对从自然水体中分离筛选出的5株油脂含量在30%以上的小球藻（Chlorellasp.）进行了分类鉴定。[结果]ITS序列变异程度高,片段长度短,序列长度在种间变异较大,而在小球藻种内高度保守,且种间距离（0.4396±0.1359）远大于种内距离（0.0457±0.0843）,适用于小球藻属内种的鉴定。应用ITS序列分别将5株高产油藻鉴定为1株C.vulgaris、2株C.sorokiniana藻和2株Chlorellasp.。[结论]为建立藻类的鉴定基因库提供了参考。     

宣汉县羊肚菌产业发展概况及发展前景分析

正羊肚菌(Morchella)是一种名贵、珍稀食药兼用真菌。羊肚菌味道鲜美、营养丰富。羊肚菌具有益肠胃、消化助食、化痰理气、对脾胃虚弱、消化不良、痰多气短、头晕失眠有良好的治疗作用。另外,人体中的蛋白质是由20种氨基酸搭配而组成的,而羊肚菌就含有18种。而且据测定羊肚菌至少含有8种维生素:维生素B1、维生素B2、维生素B12、烟酸、泛酸、吡哕醇、生物素、叶酸等。羊肚菌的营养成份,可与牛乳、肉和     

基于ITS条形码序列的枸杞属植物鉴定

采用改进CTAB法提取枸杞(Lycium Chinense Mill.)叶片DNA,利用合成的特异引物对其DNA中nr DNA ITS区进行扩增,利用ITS条形码序列,对枸杞属种质资源进行鉴定,分析其亲缘关系。结果表明,测序得到了17份枸杞属近缘种的ITS条形码序列,整个ITS序列长度变异范围为603~632 bp,平均为624 bp,整个转录间隔区(ITS1+ITS2)对位排列后总长度为480 bp,有194个变异位点,占40%;保守位点288个,占60%。聚类分析结果表明,17份种质资源可分为5个大类群。基于ITS条形码序列分析在鉴定枸杞属种质遗传多样性及其亲缘关系具有一定的优越性。     

胡枝子属植物ITS序列研究与系统发育分析

用PCR产物直接测序法对10种胡枝子属植物和1个外类群的ITS序列进行了测定.结果表明,10种胡枝子ITS序列全长在612～622 bp之间,其中ITS1长度在243～228 bp之间,变异较大,ITS2长度在215～220 bp,5.8S的长度均为165 bp,比较保守.序列比对结果发现有76个变异位点,占比对序列长度的11.93%.构建了胡枝子属植物ITS序列的系统发育树,并探讨了参试胡枝子种质的亲缘关系.     

基于ITS序列分析18个茶树菇菌株的亲缘关系

采用ITS序列分析方法,对供试18株(4株野生菌株、7株工厂化栽培菌株、5株经钴60辐照诱变菌株和2株搭载神十的航天诱变菌株)茶树菇菌株进行研究。结果表明,供试菌种的ITS序列长度为703~721 bp,与Gen Bank数据库中茶树菇菌种的ITS序列相似度为99%以上,在种的水平上证明供试菌种为茶树菇。运用构建的系统发育树将供试菌种聚为6个类群,其中Cha3与Cha3shen,AS-2与AS-2-600,AS-1与AS-1shen、AS-1-700,分别聚在了不同的类群,说明这7株茶树菇菌株可能由于辐照或航天诱变后使得ITS序列存在着种内的变异。ITS序列分析结果从系统发育角度反映出了研究菌株的遗传关系,是进行茶树菇菌株遗传分析及科学鉴定的重要工具。     

肾形肾状线虫个体间rDNA内转录间隔区的变异

利用DNA序列分析技术对我国浙江、福建和重庆3个地区的肾形肾状线虫(Rotylenchulus reniformis,RN)种内群体及群体内个体间核糖体RNA基因(rDNA)内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列进行PCR扩增及序列变异分析。结果显示不同的群体间均获得2种PCR产物,标记为变异类型Ⅰ(RN_VAR1)和变异类型Ⅱ(RN_VAR2)。基于每个群体内2条雌虫分别挑取各变异类型的5个克隆测序,共得到60个克隆序列。经序列比对分析,发现肾形肾状线虫rDNA基因2种类型的ITS区变异很大,其中变异类型Ⅰ序列长度为705~712bp,鸟嘌呤和胞嘧啶(guanine and cytosine content,GC)含量为45.1%~46.7%;变异类型Ⅱ序列长度为854~860bp,GC含量为48.4%~50.0%。2种类型的ITS相似度(包括5.8SRNA基因)仅为62.1%~65.6%,而各rDNA变异类型内部各个克隆序列也存在差异,变异类型Ⅰ内个体间相似度为89.9%~100%;变异类型Ⅱ内个体间相似度为91.4%~99.8%。系统进化分析表明2种变异序列明显分成2支,同时通过ITS序列分析无法将3个地方群体区分开来。经实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)检测发现RN_VAR1含量稍大于RN_VAR2,分别占保守18S基因的rDNA重复单位含量的56%和40%。同时,还发现肾形肾状线虫的2种rDNA-ITS变异类型与已报道的2种18SRNA基因变异类型相对应,表明肾形肾状线虫存在2种rDNA变异类型。