锦鲤肠道不同部位菌群组成结构及多样性分析

【目的】研究锦鲤（Cyprinus carpio var.koi）肠道的菌群组成结构及多样性,为深入研究锦鲤肠道菌群的功能及肠道不同部位的生理功能的分化提供参考。【方法】收集锦鲤前肠、中肠和后肠的肠道细菌,通过传统培养技术,采用细菌微量生化鉴定管对肠道细菌进行各项生理生化指标的测定;分别提取3个肠段的肠道菌群基因组DNA,进一步采用16S rDNA高通量测序技术,分析3个肠段的菌群组成和生物多样性。【结果】前肠、中肠和后肠样本测序后分别得到48659、47013和47819条有效序列,按97%相似性水平划分OTU后,分别得到1555、1294和1423个OUTs。α多样性分析结果显示,后肠菌群样本的Shannon指数、Chao1指数最高。在门水平上,前肠、中肠和后肠丰度最高的5个菌门均是变形菌门（Proteobacteria）、梭杆菌门（Fusobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）和黏胶球形菌门（Lentisphaerae）,推测这些菌门是锦鲤肠道的核心细菌类群,但各菌门在不同部位的相对丰度有差异。构建的物种丰度热图显示相对丰度最高的前10类菌属相同,但某些菌属在肠道不同部位的相对丰度有较大差异,如代尔夫特菌属（Delft）、弓形菌属（Toxoplasma）。UniFrac分析显示中肠和后肠的肠道菌群聚为一支,表明这2个部位菌群组成结构相似度较高。【结论】锦鲤肠道不同部位具有独特的菌群结构,可能会影响肠道不同部位功能的分化。     

PCR-DGGE技术分析不同地区野生锯缘青蟹肠道菌群多样性

采用PCR-DGGE技术对7个地区的锯缘青蟹肠道菌群进行了群落结构分析和比较。结果显示7个地区的锯缘青蟹肠道菌群的结构多样性存在较大差异,相似性指数在30%～70%之间,且同一地区雌雄样本的肠道菌群相似性也存在差异。对DGGE图谱中的12条主条带进行回收、测序,结果经Blast比对,发现12个条带代表的细菌分别属于3个细菌类群：变形细菌(Proteobacterium)、厚壁菌(Firmicutes)和棍状厌氧菌(Anaerorhabdus),其中有7个条带代表的细菌为不可培养的种类。     

三种党参不同炮制品对脾虚模型大鼠肠道菌群的影响

采用大黄苦寒泻下法建立大鼠脾虚模型,观察3种党参不同炮制品对脾虚大鼠肠道菌群的调节作用,设置正常组、模型组、党参生品组、米党参组、蜜党参组,连续给予对应的药品,检测试验前后肠道菌群的数量变化.结果表明,正常组、模型组大鼠肠道菌群数量无明显变化;米党参组大鼠造模成功后给药,肠道内双歧杆菌、乳杆菌数量增多,大肠杆菌、葡萄球...     

双歧杆菌对脾虚小鼠肠道菌群的影响

使昆明小白鼠致脾虚,用双歧杆菌纯制剂治疗后,检测结肠内容物和粪便的肠杆菌、肠球菌、双歧杆菌和乳酸杆菌数量的变化,并结肠进行组织学检查。结果显示:小鼠脾虚后肠杆菌、肠球菌数量明显增多(P<0.05),双歧杆菌、乳酸杆菌数量大量减少(P<0.01);用双歧杆菌纯制剂治疗6d～12d后,肠杆菌、肠球菌数量减少(P<0.05),双歧杆菌、乳酸杆菌大量增多(P<0.01);治疗组结肠组织学观察显示,肠壁肌层厚度增加,杯状细胞数量增多,肠黏膜微绒毛排列紊乱显著改善。     

氨氮与亚硝酸盐对吉富罗非鱼肠道菌群的影响

氨氮和亚硝酸盐是蛋白质的代谢副产物,水体中高浓度的氨氮和亚硝酸盐会显著抑制罗非鱼的免疫力。肠道微生物与鱼类的免疫息息相关,然而氨氮和亚硝酸盐是否影响罗非鱼的肠道微生物仍不清楚。本研究采用基于16S rDNA基因序列的高通量测序,研究了氨氮和亚硝酸盐对吉富罗非鱼肠道菌群的影响。结果表明,罗非鱼肠道微生物群落主要以变形菌门和放线菌门为主。氨氮和亚硝酸盐不改变罗非鱼肠道菌群的alpha多样性,但显著改变物种组成,其中Aurantimicrobium菌属在两种处理下比例显著降低。原核类群功能注释(FAPROTAX)分析表明,氨氮和亚硝酸盐胁迫导致的差异ASVs主要涉及化能异养、好氧化能异养、硝酸盐还原、脂肪族非甲烷烃降解、芳香烃降解和芳香族化合物降解。本研究通过了解氨氮和亚硝酸盐对罗非鱼肠道微生物的影响,为研究肠道微生物对罗非鱼免疫的影响奠定基础。     

不同性别湖羊早期定植肠道菌群分析

【目的】分析不同性别湖羊早期定植肠道菌群情况,为深入研究其与机体健康状况之间的关系提供数据支持。【方法】采集48份(母羊31份和公羊17份)45日龄湖羊的粪便,提取基因组DNA,进行高通量测序,筛选有效序列和分类操作单元(operational taxonomic units,OTUs),分析不同性别湖羊肠道微生物多样性,并通过多级物种差异判别分析(linear discriminant analysis effect size,LEfSe)、非度量多维尺度分析(non-metric multidimensional scaling analysis,NMDS)、短期注意/记忆优先(short-term attention/memory priority,STAMP)模型确定菌群在门水平和属水平上的具体差异。【结果】经高通量测序,母羊获得2 014个OTUs,公羊获得1 747个OTUs,二者共有1 637个OTUs。不同性别湖羊早期定植肠道菌群共注释到15个门、25个纲,62个目、118个科和317个属。不同性别湖羊早期定植肠道菌群在门水平和属水平均存在显著差异;在门水平上,厚壁菌门...     

不同环境中纤维素降解菌群多样性差异分析

【目的】纤维素是地球上最丰富的有机聚合物,被视为有潜质的能源生物质。迄今为止,纤维素降解机制依然未被完全解析。通过对不同环境来源的纤维素降解菌群16S rDNA序列数据进行了生物信息学分析,以揭示纤维素降解菌群之间的共性和差异,鉴定核心功能菌,为开发有利用价值的纤维素降解菌和探索纤维素降解机制提供理论依据。【方法】应用SRA Toolkit软件下载NCBI SRA数据库中的16S rDNA基因扩增子测序数据,包括牛瘤胃、牛粪堆肥、森林土壤3个来自于不同纤维素降解环境样本组以及以家犬粪便为对照组的共102个样本的数据。应用FLASH、UCHIME、USEARCH、RDP classifier、mothur、QIIME、Metastats和LEfSe等软件对这些数据进行生物多样性差异比较分析。【结果】Alpha多样性分析显示牛粪堆肥的菌群多样性显著高于其他环境,Beta多样性分析显示不同环境中纤维素降解菌群结构存在很大的差异。所有菌群中共检测到55个门和1 936个属。森林土壤中的变形菌门(Proteobacteria)、牛瘤胃和牛粪堆肥环境中的厚壁菌门(Firmicutes)以及牛粪堆肥中的放线菌门(Actinobacteria)均分别显著高于其他环境,而牛粪堆肥中的拟杆菌门(Bacteroidetes)和森林土壤中的Firmicutes均分别显著低于其他环境,表明不同环境下执行纤维素降解功能的菌群存在着显著差异。相对丰度、LEfSe分析以及之前报道的文献等证据表明,牛瘤胃环境中可作为生物标志物的纤维素降解菌包括毛螺菌科(Lachnospiraceae)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、月形单胞菌目(Selenomonadales)和解琥珀酸菌属(Succiniclasticum);牛粪堆肥中包括放线菌纲(Actinobacteria)、芽孢杆菌目(Bacillales)和嗜盐菌属(Halocella);森林土壤中则包括甲型变形菌纲(Alphaproteobacteria)、假单胞菌属(Pseudomonas)、黄杆菌科(Flavobacteriaceae)、伯克氏菌科(Burkholderiaceae)和假噬纤维菌属(Pseudarcicella)。这进一步揭示了不同环境中纤维素降解细菌群落的特异性,同时意味着不同环境间纤维素降解机制也可能不同。【结论】不同环境来源的纤维素降解菌群多样性和结构存在极大的差异;牛瘤胃、牛粪堆肥、森林土壤中具有环境特异性的纤维素降解菌分类单元分别有4,3和5个。     

454焦磷酸测序技术对不同猪种肠道菌群差异的分析（英文）

454焦磷酸测序用于分析比较巴马香猪(BAMA)、黑香猪(BLACK)与外三元猪(CROSS)的肠道菌群差异。结果表明:三个猪种的肠道细菌多样性与丰度各有不同,差异较大。威克氏菌属、丛毛单胞菌属与光岗菌属等病原菌在BAMA肠道内检测到,而在BLACK与CROSS肠道内未检测到。BAMA肠道中丝状杆菌属与瘤胃球菌属等纤维素分解菌的多样性与丰度远大于在BLACK与CROSS肠道中的分布量。BAMA肠道内高含量的潜在病原菌与纤维分解菌表明BAMA对恶劣环境的适应性与抗病力较强,以及耐粗饲性强,容易饲养管理。     

新疆家蚕肠道菌群多样性分析

家蚕肠道菌群与蚕体对营养物质的消化吸收及健康密切相关.通过饲喂苏优一号家蚕3种不同处理的桑叶,探讨不同处理桑叶饲喂对家蚕肠道菌群的影响及可能的作用机制,为新疆蚕区家蚕肠道微生物种类组成及多样性差异提供一定的理论依据.以正常饲喂组、含沙桑叶组、高湿桑叶组等3种处理方式,饲喂5龄幼虫,采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法...     

虾夷马粪海胆不同肠道中菌群组成及其PCR-DGGE图谱分析

利用细菌16S rDNA PCR-DGGE指纹图谱技术,对虾夷马粪海胆不同肠道的微生物菌群组成进行分析,结果表明:海胆小肠与大肠样品分别得到14条与13条条带,其中,共有条带为10条,优势条带分别为7条与5条,特异性条带分别为4条与3条;经后续条带比较分析和DGGE图谱割胶测序后发现,小肠与大肠样品中微生物主要来源于外界海水环境,其菌群构成存在差异与虾夷马粪海胆消化巨藻存在不同有关。     

轮状病毒患犬与健康犬肠黏膜通透性及肠道菌群的差异性分析

为研究轮状病毒感染对犬肠黏膜通透性及肠道菌群的影响,选取2018年10月1日至2018年12月30日期间,在江苏农牧科技职业学院教学宠物医院就诊的轮状病毒感染患犬17例,记为A组,并设10例健康体检犬为对照,记为B组。用ELISA试剂盒检测血清中二胺氧化酶(DAO)、D-乳酸及内毒素(ET)的表达,每组随机选取9例,分别采集粪便,通过Illumina Miseq PE300平台进行细菌16S rDNA测序。结果表明:①与B组相比, A组DAO、D-乳酸和ET水平分别升高28.11%、12.37%和17.71%(P0.01)。②A、B2组样品中共有OTU数226个, A组OTU数比B组低12.39%,主成分分析(PCA)显示A、B2组样本显著分开,肠道菌群相似度差异较大, A组肠道菌群ACE指数、Chao 1指数显著低于B组(P0.05)。③在门水平上, 2组样本中拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门和梭杆菌门为优势菌群,与B组相比,拟杆菌门和变形菌门比例升高,厚壁菌门比例减少(P0.05);在属水平上, A组拟杆菌属、肠杆菌属、埃希氏菌属、克雷伯氏菌属等菌属数量增加,而双歧杆菌属、瘤胃球菌属、梭菌属等菌属数量与B组相比显著减少(P0.05)。这一研究提示轮状病毒感染后可引起犬肠黏膜通透性升高,改变肠道菌群结构,加剧病情发展。     

PCR-DGGE技术分析断奶仔兔肠道微生物菌群结构及多样性

利用PCR-DGGE技术对断奶后10、20、30 d仔兔的十二指肠、空肠、回肠、盲肠和结肠16S rDNA V3区基因进行图谱分析,通过对清晰的特异性和共性条带切胶回收DNA和克隆测序,对不同日龄和不同肠段内容物细菌群落的结构和多样性进行比较,并鉴定其群落成员,分析断奶仔兔不同日龄和肠段部位对微生物群落结构与多样性的影响.肠道菌群DGGE图谱显示断奶仔兔肠道部位和不同日龄对细菌种群结构和多样性影响很大,随着日龄增加,十二指肠和盲肠段微生物种类趋于复杂,空肠和结肠段经历由简单到复杂再到简单的过程,而回肠段肠道微生物则出现由复杂到简单再到复杂的过程.各肠段的优势细菌有厚壁菌门、拟杆菌、梭状杆菌、博德氏菌属、毛螺旋菌科,以及各种不可培养的细菌等.     

树鼩肠道菌群多样性与功能预测研究

[目的]鉴定树鼩的肠道菌群,分析树鼩肠道菌群多样性和丰度,并进行菌群功能预测。[方法]随机采集3份雄性树鼩粪便样品,提取树鼩粪便中细菌基因组DNA,通过PCR扩增获得16S rRNA V3～V4片段,采用高通量Illumina PE300平台进行测序,利用BIPES以及QIIME分析并比较菌群结构及多样性。最后,通过PICRUS t软件对肠道菌群的功能进行预测。[结果]树鼩肠道粪便细菌有9门20纲33目53属122种208个OTU。门水平上,优势菌群为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria);属水平上,埃希氏杆菌属(Escherichia)、乳酸菌属(Lactobacillus)和肠球菌属(Enterocossus)为优势菌群。PICRUS t功能预测结果表明,肠道细菌编码的大多数基因与代谢相关,其次是基因信息加工、环境信息加工。COG功能分类分析表明肠道微生物基因在"氨基酸的运输和代谢"和"碳水化合物运输与代谢"功能类群的相对丰度较高。[结论]PICRUS t功能预测到树鼩肠道菌群主要与代谢相关,树鼩肠道菌群是研究肠道菌群与代谢类疾病的一种良好试验材料。     

思茅松毛虫2龄幼虫肠道可培养细菌的多样性

以云南安宁地区思茅松毛虫(Dendrolimu kikuchii)2龄幼虫为研究对象,研究其肠道细菌多样性,以期为思茅松(Pinus kesiya var.langbianensis)等植物保护奠定基础,并为思茅松毛虫的生物防治提供数据.试验采用纯培养法对思茅松毛虫2龄幼虫肠道细菌进行分离纯化,通过对菌株形态特征观察和...     

黄、渤海春季刺参肠道及养殖池塘细菌菌群的多样性

以黄海和渤海春季刺参养殖池塘的沉积物、海水和刺参Apostichopus japonicus肠道内容物中的细菌基因组DNA为模板,以细菌16S r DNA通用引物进行PCR扩增,构建16S r DNA文库并进行测序分析。结果表明:黄海和渤海养殖刺参肠道内容物、池塘沉积物和海水中共存在变形菌Proteobacteria、蓝细菌门Cyanobacteria、放线菌门Actinobacteria、拟杆菌门Bacteroidetes和厚壁菌门Firmicutes 5个门类的细菌类群,其优势类群均为变形菌(变形菌比例>41%),且在文库所含变形菌的4个亚门(Alphaproteobacteria、Betaproteobacteria、Gammaproteobacteria、Deltaproteobacteria)中,除黄海春季刺参养殖池塘海水文库(YSp3)中α-变形菌占优势外,其余5个文库均以γ-变形菌为优势亚门。     

黄、渤海春季刺参肠道及养殖池塘细菌菌群的多样性

以黄海和渤海春季刺参养殖池塘的沉积物、海水和刺参Apostichopus japonicus肠道内容物中的细菌基因组DNA为模板,以细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,构建16S rDNA文库并进行测序分析。结果表明：黄海和渤海养殖刺参肠道内容物、池塘沉积物和海水中共存在变形菌Proteobacteria、蓝细菌门Cy：anobacteria、放线菌门Actinobacteria、拟杆菌门Bacteroidetes和厚壁菌门Firmicutes 5个门类的细菌类群,其优势类群均为变形菌(变形菌比例>41%),且在文库所含变形菌的4个亚门( Alphaproteobacteria、 Betap：roteobacteria、 Gammaproteobacteria、 Deltaproteobacteria)中,除黄海春季刺参养殖池塘海水文库(YSp3)中α-变形菌占优势外,其余5个文库均以γ-变形菌为优势亚门。     

牛脾虚泄泻的辨证论治

泄泻是家畜的一种常见病,种类多,分寒湿泄泻、湿热泄泻、伤食泄泻、脾虚泄泻、肾虚泄泻和肝气乘脾泄泻6种,本文从临床症状、症候分析,治疗措施和典型病例4个方面总结了牛脾虚泄泻的治疗方法,以供参考.     

3种核桃寄主对云斑天牛肠道可培养细菌多样性的影响

云斑天牛(Batocera horsfieldi)是一种高度危险的林业蛀干害虫,为了探明云斑天牛的寄主适应机制,本试验以分别取食细香核桃(Juglans sigillata cv.‘Xixiang’)、娘青核桃(J.sigillata cv.‘Niangqing’)和龙佳核桃(J.sigillata cv.‘Niangqing’×J.sigillata cv.‘Yangbidapao’)枝条的云斑天牛成虫为材料,采用传统微生物分离培养与16S rDNA序列分析相结合的方法对云斑天牛成虫肠道可培养细菌进行分离鉴定,研究3种核桃寄主对云斑天牛成虫肠道可培养细菌多样性的影响。结果表明,从取食3种核桃的云斑天牛成虫肠道中共分离出19株细菌,经鉴定归类于2个门(变形菌门、厚壁菌门)9个属[拉乌尔菌属(Raoultella)、肠球菌属(Enterococcus)、沙雷氏菌属(Serratia)、肠杆菌属(Enterobacter)、乳球菌属(Lactococcus)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、泛菌属(Pantoea)、Gibbsiella菌属和假单胞菌属(Pseudomonas)]。G...     

饲料添加杜仲皮水提物对虹鳟生长、肠道组织学及菌群多样性的影响

为研究不同浓度杜仲皮水提物对虹鳟Oncorhynchus mykiss生长、肌肉营养成分、肠道组织学及菌群多样性的影响,以体质量为(145.56±4.12)g的虹鳟幼鱼为研究对象,试验设5组,每组3个重复,每个重复30尾,在虹鳟基础饲料中分别添加浓度为0(对照组)、0.5%、1%、2%、4%的杜仲皮水提物,养殖周期为10周。结果表明:各试验组终末体质量、特定生长率均无显著性差异(P>0.05);各添加组肌肉粗脂肪含量显著高于对照组(P<0.05),其中, 4%添加组粗脂肪含量最高且显著高于其他组(P<0.05),各试验组肌肉粗蛋白质含量无显著差异(P>0.05);各试验组肠道皱襞、固有膜及肌层结构完整,其中,0.5%、1%和2%添加组杯状细胞数量增多,但对照组、4%组杯状细胞数量未见变化; 2%、4%添加组Simpson指数显著高于0.5%、1%添加组(P<0.05),但与对照组无显著性差异(P>0.05),1%添加组Shannon指数显著高于2%、4%添加组(P<0.05),但与对照组、0.5%组无显著性差异(P>0.05);在门水平上,肠道优势菌群为软壁菌门Tenericutes、厚壁菌门Firmicutes、梭杆菌门Fusobacteria、变形杆菌门Proteobacteria;与对照组相比,有害菌群中2%添加组肠道物种丰度下降最为明显,4%组除布鲁氏菌科Brucellaceae、鞘脂单胞菌科Sphingomonadaceae、苍白杆菌属Ochrobactrum物种丰度显著升高外,其余均显著降低(P<0.05),有益菌群中4%添加组肠道慢生根瘤菌科Bradyrhizobiaceae、丛毛单胞菌科Comamonadaceae物种丰度显著升高(P<0.05)。研究表明,在虹鳟饲料中添加4%杜仲皮水提物能较好地改善肠道菌群结构。     

思茅松毛虫3龄幼虫肠道可培养细菌的多样性

采用纯培养法对采集自云南地区的思茅松毛虫(Dendrolimu kikuchii)3龄幼虫进行肠道细菌多样性的研究,这些研究资料与菌种数据为后研究思茅松毛虫发育奠定基础.对采自安宁市的150头思茅松毛虫3龄幼虫的肠道细菌进行分离与纯化,并且对所培养菌株的进行形态特征观察及生理生化指标测定,通过这种方法对菌株进行初步的鉴定,再结合16S rDNA分子鉴定技术进行分析,判定细菌多样性.结果显示,从3龄幼虫肠道中共分离到152株细菌,初步鉴定隶属于6个属9个类群,分别为62株芽孢杆菌属(Bacillus sp.)(3个类群)、35株微球菌属(Micrococcus sp.)(2个类群)、23株葡萄球菌属(Staphylococcus sp.)(1个类群)、11株链霉菌属(Streptomyces sp.)(1个类群)、12株不动杆菌属(Acinetobacter sp.)(1个类群)、9株泛菌属(Pantoea sp.)(1个类群).其中,芽孢杆菌属具有最高的相对分离率为40.78％,为优势菌群.思茅松毛虫3龄幼虫肠道细菌的多样性丰富,通过分析细菌种类及各水平之间的相关性,为更深入研究细菌与思茅松毛虫的关系和为思茅松毛虫的防治奠定基础.