微卫星分子标记的研究进展

微卫星是指以少数几个核苷酸(一般1～6个)为单位多次串联重复的DNA序列，是1974年Skinner在研究寄居蟹的卫星DNA时发现的。微卫星广泛均匀地分布在基因组上，其重复数和重复单位序列都是可变的，故多态信息含量大。但由于微卫星无位点特异性，无法确切定位。因此以微卫星核心序列为中心，两侧各加上1个侧翼序列，形成所谓的序列示踪微卫星位点(STMS)。由于侧翼序列在基因组中是单拷贝的，具有位点特异性，而微卫星本身又使STMS具有多态性，只需根据微卫星侧翼序列设计一对PCR引物，通过PCR反应从模板DNA中将该位点扩增出来，然后用聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，溴乙锭或银染法显色进行研究。     

重复序列在牛亚科中的研究进展

重复序列是在整个基因组中以多个拷贝出现的核酸序列,是真核生物基因组中的重要组成部分,对染色体重排、基因组及生物进化具有重要意义.它在模式动物、人类、植物等物种中都有报道,但在牛亚科中的研究进展较少,因此本文对重复序列的分类和特点进行综述,重点关注串联重复序列和散在重复序列在牛亚科中的研究进展,并分析了这两大类重复序列在...     

瘤胃微生物主要氨基酸代谢的研究进展

瘤胃微生物是共生在反刍动物瘤胃中的细菌和原生动物等微生物的总称，数量极多，主要包括细菌、原虫、真菌和噬菌体。细菌的品种多数量大，已从瘤胃中分离出细菌达200多种，每毫升瘤胃内容物细菌达10^10～10^11个；瘤胃原虫10^4～10^6个／ml；厌氧真菌游动孢子数10^3～10^5个/ml；噬菌体颗粒数可达10^7～10^9个／ml。尽管瘤胃内的氨是微生物合成蛋白质的主要氮源。但大量试验证实，当瘤胃氮的供应25％来自氨基酸时，微生物的生长处于最佳水平。对于反刍动物而言，进入小肠的氨基酸来源于瘤胃微生物蛋白、内源蛋白和日粮蛋白中的过瘤胃部分，其中瘤胃微生物提供的氨基酸占进入小肠总氨基酸的50％以上（Martin等，1996）。     

"兰箭3号"春箭筈豌豆叶绿体全基因组草图及特征分析

箭筈豌豆(Vicia sativa)是自花授粉的二倍体一年生豆科牧草,可为我国高海拔地区的反刍动物提供优质蛋白粗饲料。以"兰箭3号"春箭筈豌豆为研究对象,采用DNase I法纯化叶绿体,利用第二代高通量测序平台Illumina Hiseq2000进行测序,并对"兰箭3号"叶绿体全基因组序列的结构特征进行分析。结果表明,"兰箭3号"叶绿体基因组仅包括一个单拷贝的反向重复序列,其叶绿体全基因组大小为121 883bp,共编码了109个基因,包括4个核糖体RNA(rRNA)基因,29个转运RNA(tRNA)基因,75个蛋白质编码基因和1个假基因。"兰箭3号"在叶绿体基因组结构、基因种类、排列顺序上与其它豆科植物基本一致。其叶绿体全基因组序列已在GenBank注册,序列号为KU053796。"兰箭3号"叶绿体全基因组测序的成功为叶绿体分子生物学研究奠定了基础,并可有效地促进箭筈豌豆遗传育种和分子进化研究。     

微卫星标记BMS2508在4个山羊品种中的遗传多样性研究

微卫星DNA又称简单序列重复、短串联重复序列和简单序列长度多态性,广泛存在于真核生物基因组中.微卫星多态性是由于减数分裂过程中不等交换造成变异而产生的,具有保守性,其核心序列为2～6 bp,重复约10～20次,属于等显性遗传.自1989年在人类基因组研究发现微卫星多态性后,目前在马、牛、猪、绵羊和鸡等动物基因组中也筛选出了大量的微卫星标记,但山羊等动物中则相对较少.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒Taq Man-MGB荧光定量RT-PCR方法的建立和应用

本研究设计针对猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）ORF7基因的特异性引物和TaqMan荧光探针，建立了一种检测PRRSV的快速、敏感、特异和重复性好的TaqMan荧光定量RT-PCR方法。该方法在检测10^1拷贝／μL～10^7拷贝／μL模板范围内具有良好的线性关系，比常规RT—PCR更敏感，可分别检测最少为10拷贝的阳性标准品和1TCID。病毒。用建立的方法检测高致病性变异株HuN4第5代和第65代体外传代细胞毒人工感染6周龄～7周龄仔猪后的0h、3h、5h、7h、10h、14h、21h血清样品，以及HuN4第5代病毒攻击仔猪21d后迫杀的猪的脑、心、肝、脾、肺、肾和淋巴结等组织样品病毒含量，结果发现HuN4第5代病毒感染仔猪3d后在血液中迅速复制，并在感染后7d血清病毒含量达到最高峰，接近10^10拷贝／mL。攻毒21d后，上述内脏组织中肺脏含毒量最多，接近10^9拷贝／g。HuN4第65代病毒在人工感染猪后21d的血清病毒含量最高，达到10^6拷贝／mL血清。     

北京荷斯坦奶牛的遗传多样性分析

微卫星(mierosatelllte)一般由2～6bp组成核心序列，重复10～20次左右，首尾相接组成短串联重复(Short Tandem Repeat，STR)，又称为简单序列重复(Simple Sequence Repeat，SSR)。它普遍存在于真核生物的基因组中，平均每10kb就出现一个STR。微卫星因数量多、分布广、多态性丰富、呈共显性遗传方式以及检测快速方便等优点而倍受推崇。乳房炎是奶     

畜禽微卫星的特性

1微卫星及其研究简史微卫星（Microsatellitte）DNA（以下简称微卫星）是以1—6hP的核着酸序列（称为核心序列，COreSequence）为基本单位，呈串联重复状散在分布于整个基因组中的一种高度重复序列，又称简单串联重复（STR，SimpleTandenlRepeat）或简单序列重复（SSR，SimpleSequenceRepeat），它J一泛存在于真核生物及部分原核生物的基因组中，是多拷贝均匀分布的，就某一微卫星而言，其重复数是可变的，这构成了微卫星多态性的基础。有关微卫星的报道始见于1974年，Skinner等［”1在研究寄生蟹的卫星DNA时发现了一类简单串联重…     

鸡基因组序列比较分析研究进展

红色原鸡是中生代中期therapod恐龙现存的后代,它是第一个基因组被测序并拥有基因组草图序列的非哺乳脊椎动物.它的草图序列大约含有10亿个碱基对,估计编码2万～2.3万个基因.家鸡独立于哺乳动物进化已经大约有3.1亿年的历史,现在所获得的基因组草图序列为其基因组6.6倍的覆盖率:①鸡的基因组序列跟哺乳动物基因组序列相比大约有3倍的差距,主要是散在重复序列、假基因和片段复制(重复)序列的减少.……     

广东桑(Morus atropurpurea)叶绿体基因组高通量测序及结构分析

叶绿体基因组的结构和组成较为保守且其序列片段的变异速率适中,适合用于研究植物的系统进化。以我国主要栽培桑种广东桑(Morus atropurpurea)的品种一串红为实验材料,利用Illumina高通量测序平台进行广东桑叶绿体全基因组测序,分析基因组结构,并且与已报道近缘物种的叶绿体基因组进行比较。广东桑叶绿体基因组长159 113 bp,2个反向重复区(IRa和IRb)长度均为25 707 bp,被大单拷贝区(LSC)和小单拷贝区(SSC)分隔开,LSC和SSC大小分别为87 824 bp、19 875bp;叶绿体基因组共有130个基因,包含85个蛋白质的编码基因、37个t RNA基因和8个r RNA基因,其中含有内含子的基因数量是24个,有22个基因只含有1个内含子,2个基因(ycf3和clp P)含有2个内含子。广东桑叶绿体基因组的基因数目、种类以及CG含量与其它桑属植物的叶绿体基因组类似。通过生物信息学分析在广东桑叶绿体基因组得到83个简单重复序列(SSR)位点,单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸和五核苷酸重复基序的数量分别是60、8、3、10、2个,未发现六核苷酸重复序列,大多数位点都偏向A或T组成。用MEGA 6.0软件通过最大似然法和邻近法基于叶绿体全基因组序列对包括4个桑种在内的14个物种进行聚类分析,其中广东桑和蒙桑(Morus mongolica)聚在一起,印度桑(Morus indica)和川桑(Morus notabilis)聚在一起。研究结果对于叶绿体基因组工程研究以及桑属种间的分子标记开发和优良品种培育具有一定参考价值。     

猪EST序列的微卫星标记定位

通过对 Gen Bank中猪的表达序列标签数据库进行序列扫瞄 ,结果检测到大约 10 0个包含一个微卫星重复或简单重复 (SSR)的序列文件。这些重复单元多数是二核苷酸(CA/GT)重复 ;而且检测到 3～ 6个核苷酸的重复序列。通过 6个二核苷酸和 14个中度串联重复序列的初步分析 ,仅二核苷酸重复序列标记产生丰富的标记信息。 (二核苷酸为10 0 % ,中度串联重复序列为 14 % )。另外对 5 0个二核苷酸和 1个三核苷酸 SSRs设计了几对引物 ,结果在 MARC的参考家系中 ,发现 4 2个标记具有多态性 ,17个标记不具有多态信息 ,12对引物没有扩增产物。通过二核苷酸和 3～ 6个核苷酸重复单元的比较 ,二核苷酸标记 72 %能够反映标记信息 ,而其它重复单元仅有 7%。不同的是 ,在 3～ 6个碱基重复单元中 ,非多态标记占较高的比率 (6 4 % ) ,而 2个碱基重复单元仅 14 %。这或许是因为在猪基因组 DNA中 ,中度重复单元的多态性较少 ;或是由于我们选择 17个以上连续重复碱基长度的标准太低。本研究将定位的微卫星标记加入猪的遗传图谱上 ,并为人和猪的基因组之间提供了有用的联系     

猪圆环病毒2型感染性克隆的构建

利用PCR方法从临床疑似PMWS症状猪的脏器中扩增出1株猪圆环病毒2型(PCV-2)的全基因组(1 767bp),命名为SDZQ-1,对其基因进行克隆测序并与GenBank中收录的21个PCV-2毒株的全基因组序列进行比较,同源性结果为95.0%～99.7%.将2个SDZQ-1的全基因组序列正向串联连接入PUC19载体质粒中,成功构建了PCV-2双拷贝质粒.体外转染PK-15细胞,盲传5代后,用PCR和间接免疫荧光方法检测,结果构建的PCV-2克隆具有感染性.     

猪圆环病毒2型细胞培养适应毒株的培育和鉴定

从临床表现为仔猪断奶后多系统衰竭综合征（PMWS）淋巴组织病料，经聚合酶链式反应（PCR）证实为猪圆环病毒2型（PCV2）感染，采用无污染的猪肾细胞系（PK15）分离培养，并连续传代培育成一株细胞培养适应毒，命名为PCV2／LG株。分离毒株经细胞培养，于第25代后毒价显著升高，于第35代毒价可达10^5.6TCID 50/mL。采用免疫过氧化物酶单层细胞染色法（IPMA）、免疫电镜技术、分子克隆及核酸序列分析等鉴定表明，分离株感染细胞后病毒抗原主要分布在细胞核及细胞质中；病毒感染的阳性细胞呈散在分布，阳性细胞数可达50％以上；免疫电镜观察到与PCV2特异抗体结合形成的病毒免疫复合物呈实心小颗粒样粒子团，病毒粒子直径约为17nm；病毒抗原基因组由1768个核苷酸组成，与GenBank登录的8个PCV2基因组序列同源性达96．2％以上。用2mL的病毒细胞培养物（10^5.6TCID 50/mL）接种30日龄PCV2抗体阴性仔猪3头，可引起典型PMWS临床症状。本研究为进一步开展该病毒的致病性、疫苗免疫、诊断及分子生物学等研究奠定了基础。     

微生态制剂对肠道菌群紊乱的调节作用

1动物肠道的正常菌群 细菌、真菌广泛寄居于健康动物的体内和体表，动物出生时肠道内是无菌的，经2～4h后有大量细菌进入井繁殖，称为细菌的定植（colonizaition），细菌种类和数量随动物年龄、食物、宿主对细菌、细菌与细菌之间相互作用而发生变化，这种变化存在整个生命过程中，并维持动态平衡，形成正常菌群。消化道的不同部位，不仅细菌数量不同：胃内的菌落数低于10^3／g（内容物）；小肠约在10^4～10^7个／ml（内容物）；大肠约为10^11～10^12个／g；而且种类也不同；最主要的是类杆菌和双歧杆菌，分别占30％和25％，其次为芽抱杆菌和球菌。     

湖南省10株猪圆环病毒3型的测序与遗传进化分析

为了解湖南省猪圆环病毒3型(PCV3)的遗传变异情况,以25份PCV3阳性样品DNA为模板,使用PCR方法分两段扩增PCV3全基因序列并进行拼接。结果获得7株PCV3分离株全基因组,3株PCV3 ORF2序列。7株PCV3全基因组的核苷酸序列同源性为98.8%～99.7%,10株ORF2的核苷酸序列同源性为97.8%～99.8%。根据系统发育树,PCV3可分为3个分支,所有分离株的遗传关系均较近。ORF2氨基酸序列突变少,发现2个在其他参考毒株中未出现的突变位点。研究获得的PCV3毒株序列与国内外PCV3毒株序列其遗传关系较近,无特殊突变,较为稳定。     

实时定量PCR对猪圆环病毒2型感染猪体内病毒分布规律的研究

根据发表的猪圆环病毒2型（PCV2）ORF2基因序列设计了一对特异引物,并以克隆重组质粒作为阳性标准品,采用SYBR-GreenⅠ嵌合荧光染料建立了一种用于检测PCV2的实时定量PCR方法。该方法在10^7～10^1范围内具有良好的线性关系,相关系数为R2=0．997,扩增效率为E=0．920;对质粒标准品检测下限值为8．2拷贝／μL,检测变异系数低于2．0％。该方法与常规PCR及过氧化物酶单层细胞试验（IPMA）比较,其敏感性提高10^3倍以上。采用该法对PCV2人工感染猪的心、肝、脾、肺、肾、腹股沟淋巴结等组织中病毒核酸载量检测结果表明,在多种脏器中均可检9n,4到病毒,其中腹股沟淋巴结、扁桃体和脾脏中病毒含量较高（为3．4×10^9拷贝儋～1．7×10^10拷贝／g）,这表明病毒主要在免疫器官增殖,导致淋巴细胞耗损。对来自国内不同地区的28份临床发病猪病料进行病毒DNA定量检测,有半数以上病料的病毒载量达到10^9-10拷贝／g。实验表明,实时定量PCR可用于PCV2核酸定量检测,为该病毒体内外定量检测提供了一种技术手段。     

新城疫病毒V4株主要基因的克隆与序列分析

设计4对引物，利用RT—PCR技术分别扩增出新城疫病毒（NDV）V4株长约4.2、4.1、4.1、3.5kb的4个互相重叠的核苷酸片段，并分别进行了克隆和序列测定。将这4个片段的核苷酸序列拼接后，得到长为15 061 bp的核苷酸序列。该序列包含有NDVv4株结构基因NP的全部编码区和5’端非编码序列，结构基因P、M、F、HN及L基因的全部编码区和非编码区序列，各结构基因之间的间隔序列以及基因组5’端部分尾巴序列（108bp）。序列比较分析表明，NDVv4株F蛋白裂解位点序列为^112GKQGRL^117，HN基因编码616个氨基酸，符合无毒株的特征；NDVv4株同基因组长度为15 192 bp的毒株一样，在基因组的1647～1648bp间比基因组长为15192bp的毒株少了6个碱基。     

口蹄疫病毒WFL株基因组全长cDNA的克隆及序列分析

根据口蹄疫病毒基因组的结构特点以及GenBank上公布的全序列，用DNAMAN分别设计了涵盖整个基因组序列的3对引物，从接种口蹄疫病毒WFL株的细胞培养液中提取了病毒基因组RNA，采用RT-PCR方法和RACE法分别扩增了3条基因片段，并将扩增片段分别与T载体连接，在体外分别进行了5-半分子和3’半分子的构建。最后将5’半分子和3’半分子连接成基因组全长cDNA分子。经PCR鉴定、酶切鉴定及全长cDNA测序，证实成功构建了口蹄疫病毒wFL株基因组全长eDNA分子。序列分析结果表明，供试口蹄疫病毒基因组全长为8155nt，5＇UTR长1059nt；具有一个大的读码框，其核苷酸长度为6969nt。包括201aa的前导蛋白基因和2122aa的聚合蛋白基因；3＇UTR长127nt，包括34nt的polv（A）。     

荧光标记通用引物在银狐微卫星基因分型中的应用

微卫星又称短串联重复序列(STR)或简单重复序列(SSR),由侧翼序列和串联重复核心序列组成,一般其串联重复核心序列长度为1～6 bp[1]。由于微卫星遗传标记具有多态信息含量高、基因组内分布广泛及呈共显性遗传等优点,因而已被广泛应用于遗传图谱的构建[2-3]、QTL定位[4]、亲缘关系鉴定[5]及遗传多样性评估等[6]。微卫星标记的基因分型主要     

四种致泻性大肠杆菌多重PCR检测方法的建立及在大熊猫上的应用

致泻性大肠杆菌可引起大熊猫血水样便、休克，严重者可危及生命。为准确鉴定4种致泻性大肠杆菌病原，本研究通过对引物浓度、退火温度、反应条件等进行优化，建立了能同时检测EPEC和EHEC的多重PCR方法以及ETEC和EAEC的多重PCR方法。结果得出：两种多重PCR方法特异性强，仅对特有的毒力基因进行扩增，对其他10种大熊猫源病原菌的扩增结果均为阴性；敏感性较高，细菌基因组DNA检测中EHEC和EPEC的检测下限为2.71×10⁴拷贝/μL,EAEC的检测下限为3.23×10⁴拷贝/μL,ETEC的检测下限为3.23×10³拷贝/μL；菌液检测中EPEC和EHEC的检测下限为1.85×10⁴CFU/mL,ETEC的检测下限为2.9×10³CFU/mL,EAEC的检测下限为2.62×10⁴CFU/mL；不同时间段重复8次，均扩增出对应的目的条带，证明重复性好。利用多重PCR和单一PCR方法分别检测110份样品，结果得出esc V基因阳性率为1.82%(2/110)...