小熊猫蛔虫ITS及5.8S rDNA序列的克隆与分析

以广州动物园小熊猫体内分离出的蛔虫为研究对象,运用PCR方法,以保守引物NC5和NC2扩增其核糖体DNA（rDNA）的内转录间隔区（ITS）和5.8S序列,并对扩增后的片段进行纯化、克隆至pGEM-Teasy载体、转化、测序和序列分析,以鉴定小熊猫蛔虫的种类。结果显示2条蛔虫样品的ITS及5.8S rDNA序列基本一致,总长为913 bp,样品间序列相似性为99.7%。将序列与GenBank^TM公布的相关序列进行比较分析,结果显示2条蛔虫的ITS及5.8S序列与黑熊横走贝蛔虫（Baylisascaris transfuga注册号AB571304）相似性分别为98.1%、98.4%,与大熊猫西氏贝蛔虫（Baylisascaris schroederi注册号JN210912）相似性分别为96.9%、97.1%,与猪蛔虫（Ascaris suum注册号AB571302）相似性分别为89.9%、90.1%,与人蛔虫（Ascaris lumbricoides注册号AB571296）相似性分别为89.8%、90.1%,ITS-1序列与浣熊贝蛔虫（Baylisascaris procyonis注册号AB053230）相似性分别为92.0%、92.3%。研究结果表明小熊猫体内分离的蛔虫可能为贝蛔属蛔虫,从而为蛔虫的进一步分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础。     

斑马蛔虫ITS及5．8SrDNA的克隆及进化分析

研究从斑马体内分离的蛔虫的核糖体DNA内转录间隔区（ITS）及5．8SrDNA序列的遗传变异情况,并用ITS序列重构斑马蛔虫与其它蛔虫的种群遗传关系。利用聚合酶链反应（PCR）扩增斑马蛔虫rDNA的ITS-1、5．8S及ITS-2片段,将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM．TEasy载体,重组质粒通过菌落PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定并进行序列分析。结果显示所获得的斑马蛔虫ITS及5．8SrDNA序列总长为892bp,包含部分的18S、28S及全部的ITS,1、5．8S及ITS．2序列。证实从斑马体内分离的蛔虫为马副蛔虫,从而为斑马蛔虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查奠定了基础。     

鹅蛔虫ITS rDNA的分子特征及种类分析

为探究从广东省清远的鹅体内采集的蛔虫(Ascaridia anseris)的种类,对临床采集的鹅蛔虫样品,在形态观察的基础上,用保守引物NC5和NC2扩增鹅蛔虫的ITS rDNA基因片段,将扩增产物经克隆测序后,获得大小为1 009bp的鹅蛔虫ITS rDNA基因序列(GenBank登录号为KC905082)。序列比对和系统进化分析表明,鹅蛔虫5.8SrRNA基因与GenBank收录的鸡蛔虫(登录号为AJ001508)同源性为96%,而与不同地理株的鸽蛔虫的同源性在91%~96%之间;禽蛔科的鸡蛔虫、鸽蛔虫和鹅蛔虫同一进化分支,鹅蛔虫、鸡蛔虫和鸽蛔虫处于各自的独立进化分支。上述证明,鹅蛔虫是不同于鸽蛔虫的一个独立有效种,在系统发生关系上与鸡蛔虫更亲近。     

蛇蛔虫ITS及5.8S rDNA的克隆及进化分析

利用聚合酶链反应（PCR）扩增蛇蛔虫rDNA的ITS-1、5.8S及ITS-2片段,将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体,重组质粒通过菌落PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定并进行序列分析。结果显示,所获得的蛇蛔虫ITS及5.8SrDNA序列总长为846bp,包含部分的18S、28S及全部的ITS-1、5.8S及ITS-2序列。本研究系国际上首次报道蛇蛔虫的ITS序列,从而为蛇蛔虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查奠定了基础。     

湖南省猬迭宫绦虫ITS及5.8S rDNA的克隆及序列分析

利用聚合酶链反应(PCR)扩增猬迭宫绦虫rDNA的ITS-1、5.8S及ITS-2片段,将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体,重组质粒通过菌落PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定并进行序列分析。结果显示,所获得的ITS及5.8S rDNA序列总长存在一定差异,为1 369~1 393 bp,包含部分的18、28S及全部的ITS-1(662~687 bp)5、.8S(138 bp)及ITS-2(457~475 bp)序列。由于猬迭宫绦虫ITS序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记。     

小耳花猪蛔虫ITS及5.8S rDNA序列扩增与分析

以分离自小耳花猪消化道内的蛔虫为研究对象,提取虫体的DNA片断,然后用引物对核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区ITS-1、ITS-2及5.8S序列进行PCR扩增。结果显示,目的片段ITS总长为1441 bp,2个不同样品之间的I TS序列没有差异。通过BLAST检索,与相关蛔虫I TS序列进行比较,发现与拜林蛔线虫(Bayl i sascari s t ransfuga)、猪蛔虫(Ascari s suum)和人蛔虫(Ascari s l umbri coi des)的ITS序列相似性分别为88%、98%和86%,与其他蛔虫的相似性均小于90%。     

我国犬钩虫ITS及5．8SrDNA的克隆与序列分析

以从我国广东湛江犬小肠中采集的2条犬钩虫作为研究对象，用保守引物NC5及NC2扩增犬钩虫rDNA的ITS-1、5．8S及ITS-2片段，将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-TEasy载体，重组质粒通过菌落PCR和酶切鉴定后，对阳性菌落进行序列测定并进行序列分析。结果显示，来自湛江的2条犬钩虫ITS及5．8SrDNA序列总长均为738bp，其中ITS-1序列长为364bp，5．8S序列长为153bp，ITS-2序列长为221bp；2个不同样品之间ITS序列存在多态性，ITS-1序列存在5个碱基的差异，ITS-2序列存在1个碱基的差异，5．8SrDNA序列无差异。研究结果为犬钩虫进一步的分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础。     

棕熊蛔虫ITS rDNA的PCR扩增与序列分析

目的以核糖体DNA（rDNA）的第一与第二内转录间隔区序列（ITS-1及ITS-2）鉴定从广州动物园棕熊分离的蛔虫种类。方法应用PCR方法以保守引物NC5和NC2扩增蛔虫样本的ITS及5．8SrDNA序列,将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-TEsay载体,用菌落PCR及酶切鉴定阳性菌落,对阳性菌落进行测序,并与Gen．Bank“公布的人蛔虫（Ascaris lumbricoides）、猪蛔虫（Ascariis suum）、浣熊贝利斯蛔虫（Baylisascaris procyonh）及狮弓蛔虫（Toxascaris leonina）ITS序列比较。结果从棕熊分离的2个蛔虫样本的ITS及5．8SrDNA总长为859—861bp,种内相似性为99．7％,与GenBank^TM公布的人蛔虫、猪蛔虫、浣熊贝利斯蛔虫及狮弓蛔虫的相似性分别为84．6％、84．5％、89．3％及72．3％,序列差异明显。结论棕熊蛔虫不同于上述种类蛔虫,可能为Baylisacaris transfuga.     

鸡蛔虫ITS rDNA的PCR扩增克隆及序列分析

鸡蛔虫(Ascaridia galli)寄生于鸡、火鸡、鸭、鹅、鹌鹑、雉鸡等鸟禽类的小肠,偶见于嗉囊、胃和食道.鸡蛔虫病分布于全世界和全国各地,在我国具有分布广、感染率高、感染强度较高的特点[1].     

美洲狮和亚洲黑熊蛔虫ITS序列扩增及序列分析

以采自广州动物园美洲狮和亚洲黑熊体内的蛔虫样品为研究对象,提取样品的总DNA,以保守引物对核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增、测序及网上比对。结果表明,美洲狮体内样品获得与GenBankTM公布的狮弓首蛔虫相似性很高的ITS-1、ITS-2和5.8S序列,亚洲黑熊体内样品获得与GenBankTM公布的转移拜林蛔虫相似性很高的ITS-2序列,并首次获得样品的ITS-1与5.8S序列。序列分析结果表明,美洲狮体内蛔虫样品为狮弓首蛔虫,亚洲黑熊体内蛔虫样品为转移拜林蛔虫。     

鸡蛔虫凉山州分离株ITS和5.8SrDNA序列测定及种系发育分析

应用保守引物BD1和BD2对7个鸡蛔虫凉山州分离株的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5.8S rDNA序列进行PCR扩增和序列测定,并用ITS-1、ITS-2序列重构鸡蛔虫与其他蛔虫的系统发育关系。测序结果显示所获得的鸡蛔虫ITS及5.8S rDNA序列大小为974~989 bp,同源性为98.9%~100.0%。其中ITS-1、5.8S rDNA和ITS-2片段大小分别为473~481、157和337~359 bp,同源性分别为98.5%~100.0%、100.0% 和98.5%~100.0%。系统发育树显示所有鸡蛔虫分离株聚在同一分支,能与其他蛔虫相区别。研究结果表明,鸡蛔虫的ITS-1、ITS-2序列种内变异小,但种间差异大,故可作为分子标记用于鸡蛔虫的虫种鉴定,为鸡蛔虫的分子分类、分子流行病学调查和种群遗传的进一步研究奠定基础。     

弓形虫ITS及5.8S序列的PCR扩增、克隆及分析

通过对国内来源于不同宿主的ZS人株、SH人株、CN猪株、QH绵羊株4个弓形虫虫株，以及国际标准强毒株RH株的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5．8SDNA序列进行PCR扩增、克隆、测序和序列分析，旨在对国内不同宿主间弓形虫虫株的遗传变异情况进行分析和验证。为分子遗传学和分子诊断学研究提供资料。结果显示：QH绵羊株、ZS人株、SH人株、CN猪株的ITS及5．8S序列完全一致。且与GenBank上注册RH株的ITS及5．8S序列也一致；仅实验室传代保存的RH株的ITS2序列与其它4株的ITS2有2个碱基的差异。结果表明ITS可作为分子标记用于弓形虫与其它原虫的种间鉴定。但不适合用于弓形虫种内遗传变异的研究。     

圈养老年大熊猫肠道菌群16SrDNA克隆文库的建立

为了研究老年大熊猫肠道菌群的构成,本试验对3只圈养老年大熊猫粪便细菌构建16S rDNA克隆文库,采用限制性内切酶Hinf Ⅰ、Msp Ⅰ对其进行限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)及测序分析.结果显示,老年大熊猫肠道细菌主要由变形菌门和厚壁菌门组成;变形菌门中又以大肠埃希氏菌属为主,其次为假单胞菌属、志贺氏菌属、气单胞菌属;而厚壁菌门中以链球菌属为主,其次为魏斯氏菌属、梭菌属;此外还发现一定比例的未培养细菌.本试验第一次建立了较丰富的老年大熊猫肠道菌群的克隆文库,为分析比较各年龄层大熊猫的肠道菌群结构的异同提供了参照,也为合理饲喂老年大熊猫,保障老年大熊猫的健康提供重要信息.     

刚地弓形虫18S rDNA基因的克隆与序列分析

采用PCR方法从弓形虫RH株和CN株总DNA中分别扩增到18S rDNA基因，与pGEM-T easy vector连接，并进行DNA测序分析。结果表明，2个虫株均扩增出1745bp的片段，用DNAMAN软件对其与GenBank上2个虫株相应序列进行同源性比较，4个虫株的同源性为99．34％。刚地弓形虫虫株在不同宿主和不同区域上存在着一定的差异。     

大熊猫致病性催产克雷伯菌的分离鉴定

从2只分别患急性腹泻伴红色黏液便和急性腹泻伴严重血尿症大熊猫体内分离出3株克雷伯菌,经生化鉴定后确认3个分离株均为催产克雷伯菌。小鼠致病性试验表明3个分离菌株均具有较强的致病性,文章就催产克雷伯菌对大熊猫的致病性和致病特点进行了初步分析。