新疆泥火山土壤宏基因组DNA的提取方法研究（摘要）

[目的]寻找一种有效的泥火山土壤宏基因组DNA的提取方法。[方法]分别采用CTAB法、SDS加酶法、实验室改进法、试剂盒法提取泥火山土壤宏基因组,比较4种方法的提取效果。[结果]试剂盒法的提取效率最高、纯度最好;实验室改进法次之;SDS加酶法提取量最多。实验室改进法获得的DNA,稀释10倍可直接用于PCR扩增。[结论]从经济和DNA质量的角度考虑,实验室改进法可作为新疆泥火山土壤宏基因组DNA提取最有效的方法。     

磁铁矿尾矿宏基因组DNA提取方法的初步研究

[目的]寻找一种有效的磁铁矿尾矿宏基因组DNA的提取方法。[方法]分别采用直接提取法和SDS高-盐法提取邯邢矿区磁铁矿尾矿宏基因组DNA,比较2种方法的提取效果。[结果]直接提取法的提取效果较差,基本上没有提出DNA,SDS高-盐法的提取效果较好,DNA得率较高;23 S rDNA特异序列扩增结果显示,所提DNA能够满足PCR扩增的需要。[结论]所取尾矿样品中含有大量的金属离子,这些金属离子不但影响溶菌酶的活性,而且影响后续PCR扩增效率,所以提取DNA前需对样品进行高浓度TE处理。     

宏基因组技术构建土壤宏基因组文库研究进展

土壤中大部分的微生物不能被培养,从而限制了对土壤微生物的开发利用,宏基因组技术可以解决这一难题,成为开发微生物资源的一种工具.阐述了宏基因组文库的构建、土壤宏基因组文库的特点及筛选文库获得的一些成果,并分析了构建土壤宏基因组文库存在的问题.     

稻田土壤细菌宏基因组文库构建

为了从土壤宏基因组文库中筛选获得具有微生物农药活性的化合物及其基因簇,本研究构建了稻田土壤细菌宏基因组文库.采用直接裂解法提取土样DNA并对其纯化,之后RFLP-PCR分析土样DNA中细菌16S rDNA 基因的多样性,最后以提纯的土壤DNA为外源片段,以Fosmid载体构建了土壤宏基因组文库.提取纯化后的DNA片段大于23kb,RFLP-PCR分析土样DNA具有丰富的遗传多样性,构建获得的土样宏基因组文库约含10 000个克隆子,文库容量为3.56×10(8)bp.本研究掌握了构建土壤宏基因组文库的方法,构建的宏基因组文库可为后续的文库筛选以及获得绿色环保的微生物农药奠定了基础.     

宏基因组技术及其应用研究进展

传统培养方法从环境中只能获得1%左右的微生物,而宏基因组技术作为一种不依赖于培养的新理念和新方法,可以克服上述瓶颈,使从探究环境中获得大量未能培养的微生物成为现实.宏基因组技术于10年前诞生,至今已取得了令人瞩目的进展.对宏基因组学的概念、方法和应用等方面进行了综述,以期为同类研究提供参考.     

环境微生物的宏基因组学研究进展

在当前的实验室条件下自然界中约有99%的微生物不可培养,这使微生物资源的开发利用受到了限制。宏基因组技术通过不培养微生物而直接对环境中总DNA进行克隆筛选来突破这个瓶颈。宏基因组技术现在已经用于各种微生态环境的研究中,大大加深了我们对环境中的微生物多样性以及微生物功能的认识。     

一种适宜于文库构建的土壤微生物总DNA提取方法

采用改良的方法提取2种土壤微生物总DNA,并采用透析法对提取的DNA进行纯化,与MO BIO公司PowerSoil DNA isolation Kit试剂盒法进行比较,结果表明,改良的土壤微生物总DNA提取方法提取到的DNA明显高于试剂盒提取的DNA,且A260/A280及A260/A230与试剂盒提取的相差不大,片段也较大,是一种经济方便的土壤微生物总DNA提取方法,比较适合用于构建高质量的宏基因组文库.     

番茄灰霉病病株根际土壤宏基因组文库的构建

利用宏基因组DNA提取试剂盒提取番茄灰霉病病株根际土壤微生物宏基因组DNA,经PstⅠ和HindⅢ双酶切,回收1-5kb大小的片段,与经过相同酶酶切的PblueScriptⅡKS（＋）质粒载体相连接,转入大肠杆菌DH5a,构建了番茄灰霉病病株根际土壤微生物宏基因组文库。     

稻瘟病抗性鉴定田土壤宏基因组文库构建及分析

从稻瘟病抗性鉴定田中提取土壤微生物宏基因组DNA,EcoRⅠ和BamHI双酶切后插入到经同样双酶切的pSK 载体中,转化至DH5α感受态细胞,构建了土壤微生物宏基因组文库。随机挑选了9个克隆测序,并通过NCBI的Blastx分析了序列可能所属的物种和基因。结果其中有6个能与库中序列达到较大匹配,3个的分析结果表明可能是新基因,说明所建文库的生物多样性和新基因数较丰富。     

叶围微生物宏基因组文库的构建和分析

宏基因组文库技术是开发利用未培养微生物基因资源的有效途径。采用CTAB-SDS法直接从植物叶面沉积样品中提取基因组DNA,构建了以puc19为载体的基因组文库,共获得8126个阳性克隆,文库DNA总容量约30.1MB,平均插入片段长度为3.8kb。叶围微生物基因组文库的成功构建,对于以后研究植物和叶围微生物的关系有重要意义。     

新疆泥火山中度嗜盐菌WS1的16S rDNA分析

[目的]了解在新疆泥火山群这一特殊生境条件下一株中度嗜盐菌种属关系。[方法]从新疆泥火山分离得到中度嗜盐菌WS1,测定其生理生化指标,并采用真细菌16SrDNA通用引物PCR扩增WS1菌株的16SrDNA,将得到的片段在NCBI Genbank数据库中通过Blast软件对其进行同源性检索,使用PHYLIP3.65软件构建系统发育树。[结果]该菌能够在浓度0～15%NaCl的条件下生长;PCR扩增得到的片段长度为1 423 bp;同源性比对表明,该菌株与多种涅斯捷连科氏菌的16S rDNA序列同源性高达99%;系统发育树显示WS1菌株与涅斯捷连科氏菌的亲缘关系最近。[结论]结合生理生化指标,初步确定WS1菌株可能是耐盐涅斯捷连科氏菌属的一个亚种。     

甘薯薯块DNA提取方法研究

甘薯薯块富含淀粉、酚类等物质,不利于DNA提取。为了研究甘薯薯块DNA提取的最佳方法,采用经典CTAB法、改良CTAB法一、改良CTAB法二和SDS提取法,对甘薯薯块总DNA提取效果进行比较,以试剂盒法提取结果作对照。结果表明:采用经典CTAB提取法和SDS提取法获得的薯块DNA含有较多杂质,且降解严重,样品质量低;CTAB改良法一能降低DNA样品中多糖等物质的含量,但DNA存在一定程度降解,且耗时较长;CTAB改良法二提取效果最佳,杂质含量低且DNA降解少,与试剂盒提取效果最接近,是一种较为理想的甘薯薯块DNA提取方法。     

番茄基因组DNA提取探讨

以番茄幼嫩叶片为材料,通过CTAB和SDS 2种方法对番茄基因组DNA提取进行了比较研究。结果表明：2种方法均能提取完整且纯度较高的DNA,所得DNA用于PCR反应可得到清晰的扩增条带。     

猪肾组织中DNA提取的研究

对血液中提取基因组DNA的方法加以改进,获得了一种提取猪肾组织中DNA的有效方法。试验表明DNA在不同浓度的电解质中溶解度不同。     

小麦叶绿体DNA提取方法研究

以成熟的中国春小麦叶片为材料,采用改进的高盐-低pH方法提取叶绿体DNA,经琼脂糖凝胶电泳和PCR扩增,结果表明:所提取的小麦叶绿体DNA纯度高(OD260/280=1.89,OD260/230=2.23),适于PCR反应、基因扩增和酶切鉴定等分子操作,为深入研究小麦叶绿体基因组奠定了基础。     

红掌基因组DNA提取方法的优化

[目的]采用改良的SDS法提取红掌基因组DNA。[方法]以4种不同花色的红掌品种为材料,分别采用改良SDS法和CTAB法提取红掌基因组DNA,用紫外分光光度计测定英DNA在A260nm和A280nm下的吸光值,根据A260nm/A280nm的比值检测DNA的纯度和浓度。[结果]用改良SDS方法提取的DNA透明且无杂质,A260nm/A280nm比值在1．6—2．0,DNA纯度较高,可满足红掌分子生物学试验的要求;用CTAB法提取的DNA呈褐色或淡黄色,A260nm/A280nm,比值小于1．6,DNA纯度较低并且浓度低,舍有大量蛋白,此方法不适于提取红掌基因组DNA。[结论J采用改良SDS法可以提取到高质量的红掌基因组DNA,所提取的DNA的纯度和浓度可以满足红掌分子生物学研究的要求。     

水稻基因组DNA提取方法的研究

为探索分子标记辅助选择育种中快速有效的DNA提取方法,以水稻新鲜叶片、衰老叶片、水稻种子为材料,以CTAB法和SDS法为提取方法,利用紫外分光光度计和琼脂糖凝胶电泳进行DNA纯度检测,对水稻基因组DNA提取方法和实验体系进行了优化和摸索。结果表明:新鲜叶片提取效果最好,其次是种子,再次是衰老叶片;CTAB法和SDS法差别不大;为避免酚类物质氧化污染,可在提取液中添加β-巯基乙醇。