利用GWAS对深县猪6月龄体重的研究

为了揭示影响深县猪6月龄体重的遗传基础和分子机制,试验以68头深县猪为研究对象,测定其6月龄[(180±7) d]的体重,基于猪Illumina Porcine 80K SNP芯片进行全基因组关联分析(GWAS),筛选出与6月龄体重存在显著关联的SNP位点并利用显著位点的排名、基因注释缩小SNP范围,进一步寻找与深县猪6月龄体重相关的候选基因。结果表明:对深县猪6月龄体重进行全基因组关联分析后共发现了37个显著位点;利用显著位点的排名、基因注释将MTMR12、PDZD2、NPR3和TARS 4个基因筛选为与6月龄体重相关的候选基因,为深县猪新品系选育提供了分子理论基础。     

山西瘦肉型猪新品系(SD-Ⅰ系)6月龄体重遗传趋势分析

用混合模型ＢＬＵＰ法对山西瘦肉型猪新品系（ＳＤ Ⅰ系）选育过程中０～４世代４０头公猪的４４７头后裔６月龄体重进行了遗传趋势评估。结果表明：群体平均育种值随世代的增加而增加,说明ＳＤ Ⅰ系猪选育过程中所采取的育种措施是有效的。各世代间环境条件基本一致,且除０世代外,对表型值都有正的效应。继续进行选育,６月龄体重尚有提高的可能。     

深县猪全基因组选择信号检测分析

本研究旨在通过基因组重测序技术从分子层面深入了解地方猪种深县猪的种质遗传特性。实验以10头深县猪和10头梅山猪作为研究对象进行全基因组重测序,采用滑动窗口方法进行群体选择信号分析,结合群体遗传分化指数(Fst)和核酸多样性(θπ)2种参数筛选出受选择位点,调取相应的基因,并进行生物信息学分析。研究结果表明,深县猪独有的SNP变异位点有21 602 538个,对受选择区域筛选后得到受选择位点580个,定位于23个基因。GO和KEGG富集结果显示,与深县猪肉质、繁殖及免疫相关的候选基因有7个,这些候选基因通过参与激素合成、卵细胞成熟、脂质代谢以及免疫等信号通路发挥作用。基于全基因组重测序技术对候选基因的挖掘为揭示深县猪遗传特性以及保种选育工作的开展提供了参考。     

山西肉型猪新品系（SD—Ⅰ系）6月龄体重遗传趋势分析

用混合模型ＢＬＵＰ法对山西瘦肉型猪新品系（ＳＤ－Ⅰ系）选育过程中０－４世代４０头公猪的４４７头后裔６月龄体重进行了遗传趋势评估。结果表明,群体平均育种值随世代的增加而增加,说明ＳＤ－Ⅰ系猪选育过程中所采取的育种措施是有效的。各世代间基本一致,且除０世代外,对表型值都有正的效应。继续进行选育,６月体重有提高的可能。     

奶牛6月龄体重与头胎产奶量之间的遗传相关

性状相关是指两个或两个以上性状间的相关。从遗传的角度进行分类时 ,常把数值间的相关划分为两类 ,一类是性状间的相关 ,另一类是亲属间的相关 ,又都分别包括表型相关和遗传相关。表型相关就是同一个体的两个数量性状度量值间的相关 ,造成这一相关的原因很多 ,而且十分复杂。遗传相关作为一个基本的遗传参数 ,在数量遗传学中起着非常重要的作用。本研究的目的是通过对中国荷斯坦奶牛 6月龄体重及头胎产奶量间遗传相关的研究 ,为奶牛早期选种提供重要的理论依据。1　材料与方法本研究资料来源于宁夏某奶牛场 2 0 0 1～ 2 0 0 2年 3头中国荷…     

深县猪研究进展

《中国畜禽遗传资源志·猪志》中目前收录了共计76种中国地方猪种,中国地方猪种存在肉质优良、抗逆性强、繁殖性强等优点,但由于外来品种的引进在一定程度上限制了地方猪的发展,致使地方猪遗传进展缓慢。目前,由于社会各界对地方猪的重视和深入研究,使得地方猪遗传资源得以保存和丰富。深县猪是河北省地方黑猪,于2016年列入《中国畜禽资源遗传志·地方品种图册》,相较于引进品种其生长速度较为缓慢,但繁殖性能较强,肌内脂肪含量相对较高,同时耐粗饲,适应环境能力较强,具有典型的中国地方猪种的特点,无论研究其优良肉质性状还是其繁殖性能都具有一定的研究意义和推广意义。因此,文章针对深县猪研究进展进行综述,为以后深入研究深县猪的优良性状奠定基础和提供新思路。     

深县猪群体遗传多样性分析及SNP特征位点挖掘

深县猪是河北优质地方猪种之一,为探究其群体遗传多样性情况,本研究利用39头深县猪的全基因组重测序数据分析了深县猪群体全基因SNP变异情况及特征,并进一步利用检出的SNP探究了其有效群体大小、近交状况和个体间亲缘关系等。结果表明深县猪有效群体大小为5.83头,相比于大白猪（42.47）、北京黑猪（10.27）和民猪（8.38）较小,略高于蓝塘猪（3.52）,但遗传多样性保持良好。基于ROH的分析表明群体平均近交系数为（0.054±0.01）,通过IBS距离分析则发现部分个体间亲缘关系略近。为了更好地鉴定和区分深县猪,本研究综合运用最大分类能力方法及机器学习方法,最终确定了10个SNP作为深县猪群体特征位点。本研究结果有助于了解深县猪群体的保种现状并为其后续保种措施的制定提供一定参考,同时也为深入挖掘深县猪重要性状形成的分子机制提供新的素材,此外本研究中所挖掘的深县猪SNP特征位点可用于对深县猪进行快速鉴定,从而推动深县猪在地方猪育种中更广泛地应用。     

影响沙子岭猪6月龄体重有关性状相关分析及综合选择指数的研究

本文应用通径分析方法,研究了沙子岭猪6月龄体重与体长、胸围、体高、胸宽之间的相关关系,找出了影响6月龄体重的主要性状是胸围,其次是体长和胸宽,而体高对6月龄体重的直接影响最小。本文制订了一个对沙子岭猪6月龄体重进行直接选择,胸围、体长进行间接选择并用的综合选择指数公式:I=0.1599y-0.0694x1-0.0917x2。用这个公式选种,效果将比单纯直接选择要好。     

深县猪早期体重、体尺变化研究及最优回归模型的建立

为了摸清深县猪的早期生长发育规律,为深县猪提纯复壮及科学饲养和育种打下基础,试验测定并分析了深县猪0,20,30,60,90日龄体重、体尺数据。结果表明:深县猪体重总体随着日龄的增长而增加,其中不同阶段体重与胸围均表现为显著及极显著相关(P0.05或P0.01),各阶段相关系数平均为0.586。验证了地方猪肚大、体短、体高不会太高的特性,这也符合胸围与体重相关大的特性。     

猪脊椎数性状候选基因研究进展

脊椎数性状是猪（Sus Scrofa）的重要经济性状,多脊椎现象是指胸腰椎总数增多。胸腰椎总数增多使猪的体型加长、产肉量增加、乳头数增多,使猪的经济价值大幅度提升。猪的脊椎数性状遗传力较高,这为选择和培育多脊椎新品系猪奠定了遗传基础。挖掘影响脊椎数性状候选基因,将其应用于分子辅助选育,可加快育成多脊椎新品种。目前猪脊椎数性状研究取得较多成果,本文就猪脊椎数性状、全基因组扫描和全基因组关联分析研究方法、猪脊椎数性状候选基因3方面内容进行阐述,以期为培育多脊椎猪提供参考。     

深县猪mtDNA CytB基因的遗传多样性与母系起源研究

为探讨深县猪群体内的遗传多样性及母系起源分化,采用PCR直接测序法测定了40头深县猪的mtDNA CytB基因长1 140 bp片段的全序列,并结合GenBank已公布的15个猪种mtDNA CytB基因全序列,采用邻接法构建深县猪、部分其他地方猪种和引进猪种的系统发育树。结果显示,在1 140 bp长的序列中A、T、G、C的含量分别为25.93%、31.72%、28.90%及13.45%,其中A+T的含量(57.65%)高于G+C的含量(42.35%);共发现2个变异位点,无插入和缺失突变,全部为转换位点,其中简约信息位点2个,未发现单一信息位点。40条序列共定义了3种单倍型,单倍型多样性(HD)为0.312,核苷酸多样性(Pi)为0.00026,平均核苷酸差异数(K)为0.327。在深县猪mtDNA CytB基因全序列NJ进化树中,三种单倍型聚为同一分支,母系来源单一,与莱芜猪、大蒲莲猪等山东品种遗传距离较近。结果表明,深县猪群体内遗传多样性比较贫乏,与山东地区的华北型黑猪种群有更近的亲缘关系。     

使用GWAS和Meta-GWAS鉴定与猪甘油三酯含量相关候选基因

本实验旨在挖掘影响猪甘油三酯(TG)含量的有效SNP位点以及候选基因,为生产优良猪肉的选育工作提供理论依据。收集Beadchips 60K SNP芯片分型莱芜猪、二花脸猪和杜洛克×(长白×约克郡)(DLY)群体共1 256头猪的数据,并运用FarmCPU模型对1 256头猪的TG含量进行全基因组关联分析(GenomeWide AssociationStudy,GWAS)及Meta-GWAS分析。GWAS分析结果显示：共检测到32个与TG含量相关的SNP位点,其中莱芜猪中有6个(P<1.8×10^-5),二花脸猪中有8个(P<1.8×10^-5),DLY中有18个(P<1.8×10^-5);Meta-GWAS分析结果显示：发现2个与TG含量相关的新SNP位点;并利用Ensembl数据库,在显著SNP位点上下游0.5 Mb区域内进行基因鉴定,一共发现8个与TG含量调控有关的候选基因,其中在莱芜猪中发现的基因为PDCD6IP;在二花脸猪中发现的基因为CD24、ADGRF5和ADAMTS5;在DLY中发现的基因为DM...     

基于全基因组差异甲基化分析鉴别影响苏姜猪体重的候选基因

本研究旨在分析不同体重苏姜猪的全基因组DNA甲基化差异,以期筛选出影响苏姜猪体重的差异甲基化基因（differentially methylated genes,DMGs）。利用全基因组重亚硫酸盐测序（whole genome bisulfite sequencing,WGBS）技术分析了3头180日龄高体重和3头180日龄低体重苏姜猪的全基因组DNA的甲基化程度、差异甲基化区域（differentially methylated regions,DMRs）和DMGs,对DMGs进行GO和KEGG分析,鉴别影响苏姜猪体重的候选基因。结果显示,苏姜猪全基因组范围内胞嘧啶（C）的平均甲基化率为4.1%,胞嘧啶（C）甲基化平均98.41%发生在CG序列上,CG序列环境下外显子、内含子和3'UTR的甲基化水平高于启动子和5'UTR。本研究共检测出1 657个DMRs和575个DMGs,8号染色体上DMRs分布最多,88.89%的DMRs的长度在500 bp以内,62.78%的DMRs分布在远端基因间区,98个DMGs显著富集于TOR信号的负调控、碳水化合物衍生物分解代谢过程、脂肪细胞因子信号通路、FoxO信号通路等53个GO条目和29个信号通路,鉴别到5个与苏姜猪体重相关的候选基因：瘦素受体（leptin receptor,LEPR）基因、肿瘤坏死因子受体相关因子6（tumor necrosis factor receptor associated factor 6,TRAF6）基因、生肌因子6（myogenic factor 6,MYF6）基因、钙依赖性分泌激活因子2（calcium dependent secretion activator 2,CADPS2）基因和表皮生长因子（epidermal growth factor,EGF）基因。本研究利用WGBS绘制了高、低体重组苏姜猪的全基因组DNA甲基化图谱,为深入研究苏姜猪体重差异的分子机制奠定了基础。     

深县猪保种群遗传多样性简化监测方法研究

为建立深县猪种群多样性监测的简化指标体系,试验采集河北省深县猪4个世代179头猪样本,采用联合国粮农组织和国际动物遗传协会联合推荐的27个微卫星标记进行群体遗传多样性分析,对27个微卫星标记进行两阶段、多梯度抽样,并根据抽样群体和总群体的多态信息含量（PIC）值的变化确定适宜抽样微卫星位点数,再以4个世代样本进行验证。结果表明,选取8个微卫星位点时与全部位点的比较相对偏差可控制在5%以内,且以各分世代的验证比较相对偏差在10%左右,通过比较确定以S0155、S0228、SW632、S0090、CGA、S0101、S0227、SW122这8个微卫星位点构成的简化指标体系可较好地反映深县猪种群遗传多样性的变化。因此,深县猪的保种群群体遗传多样性监测可以简化为检测这8个微卫星位点,同时本研究采用的方法也可为其他保种群的遗传多样性监测方法的简化处理提供参考。     

山西瘦肉型猪SD-Ⅱ系6月龄体重遗传趋势分析

用混合模型BLUP法对山西瘦肉型猪SD-系选育过程中O～4世代53头公猪的603头后裔6月龄体重进行了遗传趋势评估分析。结果表明，遗传传递力与后代平均表型值的相关及其名次的秩相关均迭极显著水平；遗传趋势、表型趋势和年遗传改进量较高，．且遗传趋势与表型趋势较一致，说明SD-Ⅱ系选育过程中所要取的育种措施是有效的，继续进行选育还有提高的可能。     

深县猪遗传多样性监测适宜抽样规模的确定

为使深县猪保种效果监测更为简化又不失准确性,特建立一种方法以缩减深县猪采样的数量。选取179头深县猪作为一个群体,按照一定的数量梯度抽样,每个梯度随机抽取10次,采用微卫星引物标记的技术计算群体与抽样群的遗传多样性指标。综合10组的遗传多样性评价指标的平均值和标准差与选取的群体对应数值进行比较分析,以遗传多样性变化最小的抽样规模确定为适宜采样规模。结果显示,抽样规模为30头的深县猪遗传多样性主要数据为：平均等位基因数4.6609,平均有效等位基因数3.2325,平均期望杂合度0.6284,平均观察杂合度0.1569,平均PIC 0.5794,与整体数据相比,变化较小,具有代表性,可以代替大群测定。     

杜洛克猪生长性状全基因组关联分析及候选基因鉴定

旨在对杜洛克猪生长性状进行全基因组关联分析及候选基因鉴定。本研究选用361头杜洛克种公猪作为试验群体,对达100 kg体重日龄、达100 kg平均日增重、达100 kg活体背膘厚和达100 kg眼肌面积性状进行测定,基因型信息使用50K单核苷酸多态性阵列进行分型,质控后得到31 618个SNPs。使用GCTA软件利用基因组信息对各生长性状进行遗传参数估计,使用R软件rMVP包FarmCPU模型进行全基因组关联分析,鉴定与生长性状相关的基因组区域和候选基因。结果表明,达100 kg体重日龄、达100 kg平均日增重、达100 kg活体背膘厚和达100 kg眼肌面积性状的遗传力分别为0.27、0.29、0.16和0.11,属于中等遗传力性状,达100 kg体重日龄和达100 kg平均日增重的遗传相关和表型相关值均为-0.99,为强负相关关系。全基因关联分析结果表明,在达100 kg体重日龄和达100 kg平均日增重性状上共检测到3个显著SNPs,均位于10号染色体上。使用最小显著差数检验法对显著SNPs的等位基因型进行多重比较,显著SNPs rs81237156、rs81424502和rs...     

6月龄大通公牦牛计算体重的公式校正

通过对30头6月龄大通牦牛公牛进行称重和体尺测量,结果实际平均体重是66.69kg,用系数0.000062计算的平均体重是62.65kg,平均误差为4.04kg,误差率为5.99%。用系数0.000063计算的平均体重是63.66kg,平均误差为3.03kg,误差率为4.47%。用系数0.000064计算的平均体重是64.67kg,平均误差是2.02kg,误差率是3.90%。用系数0.000065计算的平均体重是65.68kg,平均误差是1.01kg,误差率是1.44%。用系数0.000066计算的平均体重是66.69kg,平均误差是1.044kg,误差率是0.02%。用系数0.000067计算的平均体重是67.71kg,平均误差是1.01kg,误差率是1.59%。经非参数检验,实际体重与系数0.000062,0.000063,0.000064计算的体重差异性极显著(P﹤0.01)。实际体重与系数0.000065,0.000067计算的体重差异性显著(P﹤0.05)。实际体重与系数0.000066计算的体重差异性不显著,所以计算6月龄大通牦牛公牛体重时用系数0.000066计算误差最小。     

猪眼肌面积的全基因组关联分析

为了研究杜洛克猪和杜长大猪校正115 kg眼肌面积(corrected loin eye area at 115 kg)的遗传参数及相关的候选基因,试验收集2 783头杜洛克猪和2 424头杜长大猪的LEA115数据,使用Gene Seek GGP 50K芯片对杜洛克猪与杜长大猪进行基因分型。对杜洛克猪的基因型数据进行质量控制,去除个体基因型检出率<0.95的样品,去除单核苷酸多态性(single-nucleotide pdymorphism, SNP)基因型检出率<0.99、最小等位基因频率<0.05、哈代-温伯格平衡检验P值<1×10^-6的SNP位点;对杜长大猪不进行哈代-温伯格平衡检验,其余质量控制条件同杜洛克猪。利用ASReml软件对杜洛克猪与杜长大猪的LEA115进行遗传参数估计,使用rMVP软件包提供的FarmCPU(fixed and random model circulating probability unification)模型对杜洛克猪与杜长大猪的LEA115进行全基因组关联分析(genome-wide associ...     

深县猪种质特性研究

深县猪是黄淮海猪的一个类群,是河北省唯一列入《中国猪品种志》的优秀地方品种。本研究对深县猪的种质特性进行了观测和分析。结果表明:深县猪具有耳大下垂、臀部倾斜、适应性强、生长速度慢、繁殖性能好、肉质优等特性。仔猪平均出生体重是0.94 kg,头胎窝产仔数平均为9.23头,平均初情期日龄为114.75 d,肌内脂肪含量为9.37%,平均背膘厚4.03 cm。这些特性的研究对深县猪的保种、扩繁和开发意义重大。