牦牛乳球蛋白基因5'调控区的分离、克隆及序列分析

根据文献设计1对PCR引物,寡聚核苷酸序列上游引物为5′-gCg,AAT,TCA,TCC,CAC,gTg,CCT,gC-3′,下游引物5′gAg,AAT,TCC,Tgg,ggA,ggg,ACC,TT-3′.经68℃退火及30轮循环的PCR程序后扩增出长度为1447 bp的DNA片段,将该片段从琼脂糖凝胶中回收,克隆到pMD18-T Vector后进行序列测定.序列分析结果表明,牦牛乳球蛋白基因5′调控区与文献报道的奶牛该基因同源性为97.65%,突出的碱基差异为牦牛乳球蛋白基因5′调控区发生了1个位点连续3个碱基的缺失突变和另一位点1个碱基的插入突变.该研究也为开展以牦牛乳球蛋白基因5′调控区为启动子的乳腺生物反应器研究准备了条件.     

牦牛乳球蛋白基因5＇调控区的分离、克隆及序列分析

根据文献设计1对PCR引物，寡聚核苷酸序列上游引物为：5＇-gCg，AAT，TCA，TCC，CAC，gTg，CCT，gC-3’，下游引物：5＇-gAg，AAT，TCC，Tgg，ggA，ggg，ACE；TT-3’。经68℃退火及30轮循环的PCR程序后扩增出长度为1447bp的DNA片段，将该片段从琼脂糖凝胶中回收，克隆到pMD18-T Vector后进行序列测定。序列分析结果表明，牦牛乳球蛋白基因5’调控区与文献报道的奶牛该基因同源性为97．65％，突出的碱基差异为牦牛乳球蛋白基因5’调控区发生了1个位点连续3个碱基的缺失突变和另一位点1个碱基的插入突变。该研究也为开展以牦牛乳球蛋白基因5’调控区为启动子的乳腺生物反应器研究准备了条件。     

牛β-乳球蛋白基因5′调控成分的分离、克隆及序列分析

利用PCR方法克隆了牛β-乳球蛋白基因5′调控成分(1 449 bp),其中包括5′侧翼序列(645 bp),第一外显子及第一内含子(804 bp).PCR产物回收纯化后,克隆在pMD 18-T Vector的T位点.序列分析表明,该序列与牛β-乳球蛋白A型基因、牛β-乳球蛋白B型基因、山羊和绵羊β-乳球蛋白基因的同源性分别为98.55%,99.79%,90.70%和90.09%.计算机分析表明,此调控成分含有诸多调节因子结合位点或反应元件,其中包括视黄酸反应元件(RARE)、佛波酯反应元件(TRE)、乳腺特异性因子(MSBF)和核因子1(NF1)结合位点等,提示此调控成分可调控外源基因在乳腺细胞中高效表达,可用于构建乳腺特异性表达载体.     

牛β-乳球蛋白基因5’调控成分的分离、克隆及序列分析

利用 PCR方法克隆了牛 β-乳球蛋白基因 5′调控成分 (1 4 4 9bp) ,其中包括 5′侧翼序列 (6 4 5 bp) ,第一外显子及第一内含子 (80 4 bp)。PCR产物回收纯化后 ,克隆在 p MD1 8- T Vector的 T位点。序列分析表明 ,该序列与牛 β-乳球蛋白 A型基因、牛 β-乳球蛋白 B型基因、山羊和绵羊 β-乳球蛋白基因的同源性分别为 98.5 5 % ,99.79% ,90 .70 %和 90 .0 9%。计算机分析表明 ,此调控成分含有诸多调节因子结合位点或反应元件 ,其中包括视黄酸反应元件 (RARE)、佛波酯反应元件 (TRE)、乳腺特异性因子 (MSBF)和核因子 1 (NF1 )结合位点等 ,提示此调控成分可调控外源基因在乳腺细胞中高效表达 ,可用于构建乳腺特异性表达载体     

奶山羊β—乳球蛋白基因及其调控区的克隆和序列分析

从奶山羊组织提取基因组DNA，根据已发表的山羊β－乳球蛋白基因（BLC）序列设计引物，用高保真长模板PCR法克隆得6个奶山羊BLG基因片段，这6个基因片段的大小和部分限制性酶切图谱与已发表的山羊BLG基因相同，部分序列测定结果显示：6个奶山羊BLG基因片优山关BLC基因相应片段的同源性为99％，进一步序列测定结果表明：奶山羊BLG基因5调控区与山羊，绵羊和牛的同源性分别为99％，95％和90％，3调控区与这些动物的同源性分别为99％，97％和92％，在乳腺特异表达调控元件集中的－406bp区域内，奶山羊BLG基因与山羊BLG基因有2个碱基的差异，所克隆的奶山羊BLG基因调控区与山羊BLG伪基因显著不同，其同源性仅为83％（上游调控区）和88％（下游调控区），这些结果表明：不同种动物 的BLG基因是高度保守的，高保真PCR克隆的奶山羊BLG基因调控区可用于乳腺特异表达载体的构建。β     

小鼠ISG15基因5′调控区序列的克隆及序列分析

采用LA-PCR技术扩增小鼠ISG15基因1194bp的5′调控区序列,构建了重组克隆载体pEGFP-N1-ISG15,对阳性克隆进行了PCR扩增、限制性酶切鉴定、DNA测序及生物信息学分析。结果表明:试验成功构建了包含小鼠ISG15基因5′调控区的重组质粒;经同源性比对发现ISG15基因5′调控区在不同物种中同源性不高,在转录起始位点近端的启动子区域中小鼠与人、牛、乌鳢的同源性分别为41.36%,37.89%,38.71%;经过预测该调控区富含GAS、GR、SP1、NF-1、CBF-B等转录因子结合位点,有五处Enhancer区、一处ISRE元件以及一处保守的NF-κB结合位点。本研究为进一步确定小鼠ISG15基因核心启动子区域及该基因的表达调控奠定了理论基础。     

西农萨能奶山羊β-乳球蛋白基因5′侧翼区多态性分析

根据β-乳球蛋白基因的DNA序列设计了1对引物，用PCR-RFLP技术对56只西农萨能奶山羊β-乳球蛋白基因5′侧翼区进行了多态性分析。结果发现，在西农萨能奶山羊群体中，PCR所扩增出的710bp片段经限制性内切酶Sam I消化后，表现出3种基因型。等位基因A，B的频率分别为0．91和0．09，3种基因型AA，AB，BB的频率分别为0．821，0．179和0．000。经检验，在所研究的群体中，该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

b-Boule基因5′调控序列的克隆与睾丸组织DMR甲基化分析

【目的】研究b-Boule基因5′调控序列的序列特征,以及牦牛、黄牛与犏牛睾丸组织b-Boule基因DMR甲基化状态的差异,为揭示b-Boule基因的表达调控和犏牛雄性不育的表观遗传机制提供依据。【方法】采用PCR扩增和克隆测序技术获得牦牛b-Boule基因5′调控序列,利用生物信息学方法分析b-Boule基因5′调控序列的序列特征,采用亚硫酸氢钠测序法检测牦牛、黄牛与犏牛睾丸组织中b-Boule基因DMR的甲基化状态。【结果】b-Boule基因5′调控序列长度为1 352 bp,核心启动子区含有SP1等甲基化敏感位点,5′端存在一个CpG岛。犏牛b-Boule基因DMR的甲基化水平(17.78%)高于牦牛(7.50%)和黄牛(6.94%)(P<0.01),特别是CpG位点33—35的甲基化水平差异更明显。【结论】犏牛b-Boule基因DMR的甲基化水平高于牦牛和黄牛,结合前期mRNA表达水平和组织学观察结果,认为DMR甲基化在b-Boule基因的表达调控中发挥关键作用,犏牛b-Boule基因可能是通过DMR区的高甲基化抑制其mRNA表达来阻滞精子发生减数分裂过程。     

奶山羊β-乳球蛋白基因及其调控区的克隆和序列分析

从奶山羊组织提取基因组 DNA,根据已发表的山羊 β-乳球蛋白基因 (BLG)序列设计引物 ,用高保真长模板PCR法克隆得 6个奶山羊 BLG基因片段。这 6个基因片段的大小和部分限制性酶切图谱与已发表的山羊 BLG基因相同。部分序列测定结果显示 :6个奶山羊 BLG基因片段与山羊 BLG基因相应片段的同源性为 99%。进一步序列测定结果表明 :奶山羊 BLG基因 5′调控区与山羊、绵羊和牛的同源性分别为 99%、95%和 90 % ,3′调控区与这些动物的同源性分别为 99%、97%和 92 %。在乳腺特异表达调控元件集中的 -4 0 6bp区域内 ,奶山羊 BLG基因与山羊 BLG基因有 2个碱基的差异。所克隆的奶山羊 BLG基因调控区与山羊 BLG伪基因显著不同 ,其同源性仅为 83 % (上游调控区 )和88% (下游调控区 )。这些结果表明 :不同种动物的 BLG基因是高度保守的 ,高保真 PCR克隆的奶山羊 BLG基因调控区可用于乳腺特异表达载体的构建     

猞猁GH基因部分序列及其5＇端调控区的克隆与分析

根据已报道的哺乳动物GH基因序列设计一对引物,利用PCR技术直接扩增猞猁GH基因部分序列和5＇端调控区序列,将PCR产物克隆到质粒pUC19的HincⅡ位点,重组子经HindⅢ/Eco R I双酶切鉴定和序列分析,扩增片段长度为783 bp.测序结果与其它报道的哺乳动物GH基因对应片段比较,5＇端侧翼序列和第一外显子高度保守,第一内含子和部分第二内含子存在89%同源性,且第二个外显子中突变多发生在密码子的兼并位点上.PCR结果和序列分析表明,GH基因在猞猁基因组中为单基因.     

松辽白鹅PRLR基因5′调控区多态性研究

[目的]通过研究催乳素受体（PRLR）基因多态性,为松辽白鹅的选种与选育提供理论依据。[方法]参照鹅PRLR基因5′调控区序列设计引物,运用PCR-SSCP技术进行多态性分析。[结果]扩增片段存在多态性,得到AA、AB和BB 3种基因型,AA为优势基因型,等位基因A占主要优势;在PRLR基因5′调控区80处发生了单碱基突变（A→G）。[结论]PRLR基因5′调控区存在突变位点。     

山羊BLG基因5′调控序列克隆及其调控GFP基因细胞的表达

通过PCR扩增出2.2kb的山羊β-乳球蛋白基因5′端的调控序列,包括第一外显子和第一内含子。测序结果表明,该序列与GenBank中登录序列相比,同源性为99.5%。用其替代表达载体pEGFP-c1上原来的启动子CMV,指导报告基因绿色荧光蛋白(GFP)在山羊乳腺细胞中的瞬时表达,结果发现该调控序列可以有效指导报告基因的表达,从而初步验证了所克隆的山羊乳球蛋白(BLG)基因表达调控序列的有效性。表明克隆的调控序列可用于乳腺生物反应器的研究。     

奶牛β-酪蛋白基因5′和3′调控区的克隆及序列分析

利用普通及重组PCR技术克隆了奶牛β-酪蛋白基因(CSN2)5′调控成分(2826bp)和3′调控成分(620bp)。前者包括5′上游调控序列、第一外显子及部分第一内含子;后者主要包括最后一个不翻译的外显子和3′侧翼序列。纯化PCR产物通过pMD18-TVector亚克隆后测序并进行软件分析的结果表明,2个克隆片断与奶牛CSN2相应区域同源性分别为99.0%和98.0%,并且包含有全部的CSN2表达核心调控序列和多个转录、翻译因子的结合位点。     

西藏牦牛DRB基因上游调控区的序列与系统发育分析

牦牛(Bos grunniens)是分布在海拔3 000 m以上的青藏高原及其毗邻的高寒地区的牛亚科动物,是在高寒、空气稀薄、日温差大、牧草生长期短等恶劣的环境条件下,经过长期的自然选择和自身适应形成的一个特殊牛种,具有很强的适应能力,是一个极为宝贵的基因库.牦牛对高寒地区草场的利用和当地牧民生产、生活需要的满足,是其它家畜难以替代的,有“全能家畜“之称[1,2].     

猞猁GH基因部分序列及其5‘端调控区的克隆与分析

根据已报道的哺乳动物GH基因序列设计一对引物，利用PCR技术直接扩增猞猁GH基因部分序列和5‘端调控区序列，将PCR产物克隆到质粒pUC19的Hinc Ⅱ位点，重组子经Hind Ⅲ/EcoⅠ双酶切鉴定和序列分析，扩增片段长度为783bp。测序结果与其它报道的哺乳动物GH基因对应片段比较，5‘端侧翼序列和第一外显子高度保守，第一内含子和部分第二内含分子存在89％同源性，且第二个外显子中突变多发生在密码子的兼并位点上。PCR结果和序列分析表明，GH基因在猞猁基因组中为单基因。     

鸡生长激素cDNA及其5′端调控区的克隆分析

从肉用品种鸡构建的垂体文库中克隆分离了鸡生长激素cDNA,并作了核苷酸序列测定。克隆的鸡生长激素cDNA序列全长为789个碱基对,其中5′非转译区为40个碱基对,3′非转译区为101个碱基对,编码区为648个碱基对。通过序列比较分析,克隆的鸡生长激素cDNA序列与已报道的蛋用品种鸡生长激素cDNA序列的同源性为96%,与鸭生长激素序列的同源性为87%,但与火鸡生长激素序列的同源性只有52%。通过PCR技术,本研究还扩增了6个鸡品种的生长激素基因5′端调控区。尽管这些鸡品种的生产性能差异显著,但序列分析表明鸡生长激素基因5′端调控区十分保守。因而,鸡生长激素基因表达的差异可能受到内含子或3′端侧翼序列的影响。另外,鸡生长激素对多个数量性状的影响也在本文中进行了讨论。     

鸡局部黏着斑激酶基因5′UTR及启动子的克隆鉴定

为了研究鸡局部黏着斑激酶(FAK)基因表达调控的分子机制,运用cDNA末端快速扩增技术确定了鸡胚成纤维细胞FAK基因的转录起始位点,并发现FAK基因mRNA的5′非翻译区(5′UTR)存在4种剪切形式.分析这4种剪切形式的5′端序列,发现它们都不影响蛋白的编码,但可能影响mRNA的翻译效率.另外,将启动子序列935 bp片段克隆构建到荧光素酶报告基因表达载体pGL3-Basic中,转染鸡胚成纤维细胞,测定启动子的转录活性.通过启动子序列系列缩短的克隆,将核心启动子区定位在转录起始位点上游-662至 7的669 bp片段内,该启动子的典型特征是:没有TATA盒,而富含"GC"碱基.以上结果为FAK基因的表达调控研究提供了分子基础.     

鸡局部黏着斑激酶基因5′UTR及启动子的克隆鉴定

为了研究鸡局部黏着斑激酶(FAK)基因表达调控的分子机制,运用cDNA末端快速扩增技术确定了鸡胚成纤维细胞FAK基因的转录起始位点,并发现FAK基因mRNA的5′非翻译区(5′UTR)存在4种剪切形式.分析这4种剪切形式的5′端序列,发现它们都不影响蛋白的编码,但可能影响mRNA的翻译效率.另外,将启动子序列935 bp片段克隆构建到荧光素酶报告基因表达载体pGL3-Basic中,转染鸡胚成纤维细胞,测定启动子的转录活性.通过启动子序列系列缩短的克隆,将核心启动子区定位在转录起始位点上游-662至+7的669 bp片段内,该启动子的典型特征是:没有TATA盒,而富含“GC“碱基.以上结果为FAK基因的表达调控研究提供了分子基础.     

b-Boule基因5′调控序列的克隆与睾丸组织DMR甲基化分析

 【目的】研究b-Boule基因5′调控序列的序列特征,以及牦牛、黄牛与犏牛睾丸组织b-Boule基因DMR甲基化状态的差异,为揭示b-Boule基因的表达调控和犏牛雄性不育的表观遗传机制提供依据。【方法】采用PCR扩增和克隆测序技术获得牦牛b-Boule基因5′调控序列,利用生物信息学方法分析b-Boule基因5′调控序列的序列特征,采用亚硫酸氢钠测序法检测牦牛、黄牛与犏牛睾丸组织中b-Boule基因DMR的甲基化状态。【结果】b-Boule基因5′调控序列长度为1 352 bp,核心启动子区含有SP1等甲基化敏感位点,5′端存在一个CpG岛。犏牛b-Boule基因DMR的甲基化水平（17.78%）高于牦牛（7.50%）和黄牛（6.94%）（P＜0.01）,特别是CpG位点33—35的甲基化水平差异更明显。【结论】犏牛b-Boule基因DMR的甲基化水平高于牦牛和黄牛,结合前期mRNA表达水平和组织学观察结果,认为DMR甲基化在b-Boule基因的表达调控中发挥关键作用,犏牛b-Boule基因可能是通过DMR区的高甲基化抑制其mRNA表达来阻滞精子发生减数分裂过程。     

牦牛DAZL基因编码区的克隆和序列特征与进化分析

根据黄牛DAZL基因序列设计引物,通过PCR扩增和克隆测序获得牦牛睾丸组织DAZL基因编码区序列,利用生物信息学软件分析牦牛DAZL基因编码区序列结构以及与其他物种的系统发育关系.结果表明:牦牛DAZL基因cDNA序列长度为1782 bp,编码区全长885 bp,编码295个氨基酸,与黄牛的氨基酸序列同源性为98.31%;牦牛DAZL蛋白含有DAZ基因家族所具有的典型的RNA结合域和DAZ重复基序.系统发育分析显示:牦牛与黄牛首先聚为一类,然后与哺乳纲的其他物种相聚,而与鱼纲、爬行纲动物的亲缘关系最远.