首页 | 本学科首页   官方微博 | 高级检索  
相似文献
 共查询到20条相似文献,搜索用时 15 毫秒
1.
为了深入探究江西铅山红芽芋TIFY 9基因的功能,通过江西铅山红芽芋试管苗转录组数据库筛选到江西铅山红芽芋TIFY 9基因的核心片段,利用RT-PCR技术克隆该基因,并采用生物信息学方法、转基因瞬时表达和实时定量PCR进行序列分析、亚细胞定位、器官表达分析和功能分析.结果表明:江西铅山红芽芋TIFY 9基因cDNA总长...  相似文献   

2.
以江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗为试验材料,从温度、培养基养分水平、培养基物理状态、渗透压调节剂、生长抑制剂、活性炭等方面对铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗进行离体保存,从DNA分子标记、气孔参数、光合参数和叶绿素荧光参数等方面衡量江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗离体保存后的遗传稳定性,并对江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗离体保存后相关基因表达水平进行qRT-PCR检测.结果表明,5℃低温、1 mg/L多效唑(PP333)、18 g/L蔗糖、0.6 g/L琼脂、1/8 MS、2 g/L活性炭、20 g/L甘露醇、0.5 mg/L脱落酸均有利于江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗的离体保存,并且可以显著提高其离体保存过程中蔗糖合成酶、超氧化物歧化酶[Cu-Zn]、过氧化物酶、多胺氧化酶、衰老相关半胱氨酸蛋白酶、L-抗坏血酸氧化酶等基因的表达水平.与常温继代苗对照组相比,江西铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗离体保存后复苏苗经SSR检测,电泳峰型一致,遗传距离为0,遗传相似系数为1,可以聚为一类;铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗离体保存后复苏苗和常温继代苗对照组的气孔长径、短径、周长、气孔数量、气孔密度、净光合速率(Pn)、气孔导度(Gs)、细胞间CO2浓度(Ci)、蒸腾速率(Tr)、实际光化学效率ΦPSⅡ、捕获激发能效率Fv′/Fm′、光化学猝灭系数(qP)、非光化学猝灭系数NPQ均无显著差异.由此可见,铅山红芽芋超低温疗法脱毒苗离体保存可以保证其种质遗传稳定性.  相似文献   

3.
为探究江西铅山红芽芋和江西铅山青秆芋之间的分子差异,以江西铅山红芽芋(HYY组)和江西铅山青秆芋(QGY组)的试管苗为试验材料进行转录组分析。结果表明:HYY组Clean reads为41 298 676,GC含量为53.09%;QGY组Clean reads为45 551 860,GC含量为51.17%。HYY组和QGY组表达量FPKM的对数值在0~2,表达量密度在0~0.7。HYY组和QGY组表达的共有基因数为14 038,HYY组单独表达的基因数为17 843,QGY组单独表达的基因数为18 634。HYY组和QGY组表达量的相关系数为0.035,样本间相关性较差。HYY组和QGY组共产生差异表达基因32 555个,与QGY组比较,HYY组上调基因15 887,下调基因16 668。GO富集分析显示,差异基因主要注释到多糖代谢过程、基因沉默、果胶分解代谢过程、碳水化合物代谢过程、生长素激活的信号通路、细胞外区、膜的固有成分、膜的组成成分、膜部件、凋亡细胞、作用于糖基键水解酶活性,水解O-糖基化合物的水解酶活性、蛋白质二聚活性、DNA结合、氧化还原酶活性对二酚及其相关物质的作用等功能。KEGG富集分析显示,差异基因主要注释到植物激素信号转导、植物病原相互作用、半胱氨酸与蛋氨酸代谢、苯丙酸生物合成、皮质醇合成与分泌、过氧化物酶体、植物MAPK信号途径、不匹配修复、淀粉和蔗糖代谢、硫代谢、戊糖和葡萄糖醛酸相互转化、C型凝集素受体信号通路、甘油酯代谢、不饱和脂肪酸的生物合成、α-亚麻酸代谢、二萜生物合成、类黄酮生物合成、脂肪酸延长、光合作用、吲哚生物碱生物合成等途径。  相似文献   

4.
为探究江西铅山红芽芋和江西铅山青秆芋之间的分子差异,以江西铅山红芽芋(HYY组)和江西铅山青秆芋(QGY组)的试管苗为试验材料进行转录组分析。结果表明:HYY组Clean reads为41 298 676,GC含量为53.09%;QGY组Clean reads为45 551 860,GC含量为51.17%。HYY组和QGY组表达量FPKM的对数值在0~2,表达量密度在0~0.7。HYY组和QGY组表达的共有基因数为14 038,HYY组单独表达的基因数为17 843,QGY组单独表达的基因数为18 634。HYY组和QGY组表达量的相关系数为0.035,样本间相关性较差。HYY组和QGY组共产生差异表达基因32 555个,与QGY组比较,HYY组上调基因15 887,下调基因16 668。GO 富集分析显示,差异基因主要注释到多糖代谢过程、基因沉默、果胶分解代谢过程、碳水化合物代谢过程、生长素激活的信号通路、细胞外区、膜的固有成分、膜的组成成分、膜部件、凋亡细胞、作用于糖基键水解酶活性、水解O-糖基化合物的水解酶活性、蛋白质二聚活性、DNA结合、氧化还原酶活性对二酚及其相关物质的作用等功能。KEGG富集分析显示,差异基因主要注释到植物激素信号转导、植物病原相互作用、半胱氨酸与蛋氨酸代谢、苯丙酸生物合成、皮质醇合成与分泌、过氧化物酶体、植物MAPK信号途径、不匹配修复、淀粉和蔗糖代谢、硫代谢、戊糖和葡萄糖醛酸相互转化、C型凝集素受体信号通路、甘油酯代谢、不饱和脂肪酸的生物合成、α-亚麻酸代谢、二萜生物合成、类黄酮生物合成、脂肪酸延长、光合作用、吲哚生物碱生物合成等途径。  相似文献   

5.
【目的】开展芋(Colocasia esculenta)不同组织的转录组试验,为芋基因功能和代谢调控网络的分子机制研究提供基因资源。【方法】采集播种90 d的荔浦芋1号芋球茎、叶片、叶柄和根进行生理检测和转录组测序,对不同组织的差异表达基因(DEGs)进行GO和KEGG功能富集分析,并对淀粉生物合成和代谢相关基因进行发掘和表达模式分析。【结果】芋球茎的淀粉和可溶性糖含量分别为134.85和23.92 mg/g,在4种组织中含量最高。转录组测序共获得85.41 Gb Clean data,与参考基因组比对效率为90.30%~92.56%,共33828个基因获得功能注释。不同组织间DEGs数量为5625~10562个。球茎与根、叶片和叶柄的比较组中,在生物过程中分别富集到与淀粉生物合成和代谢相关的GO功能2、5和5个;KEGG富集分析显示,在淀粉和蔗糖代谢途径分别富集到146、161和126个DEGs。通过富集分析发掘涉及淀粉生物合成和代谢相关DEGs共82个,其在4种组织中呈不同表达模式,其中ADP-葡萄糖焦磷酸化酶基因(AGPase基因)(Taro_004018和Taro_026553...  相似文献   

6.
通过RAPD分子标记和流式细胞术来分析和检测江西铅山红芽芋再生苗的遗传稳定性,为其种质资源的离体保存和试管苗的工厂化生产提供理论依据。结果表明,经流式细胞术检测,江西铅山红芽芋9种再生苗与对照组的第1个主峰对应的荧光强度值和第2个峰所对应的荧光强度无显著变化。通过20条随机引物对江西铅山红芽芋9种再生苗与对照组进行RAPD扩增。扩增出来的片段大小为200~3 000 bp,20条引物的扩增位点数分别为12,10,7,8,9,14,9,14,10,8,10,10,10,10,11,8,9,10,8,15,共获得202个位点,平均每个引物获得10.1个位点,其中160个为可重复的多态性位点,平均每个引物检测到的多态性位点数为8个,平均多态性位点百分率为79.21%。用NTsys2.10软件对9种再生苗与对照组进行聚类分析,9种再生苗与对照组分成了两类,一类只有1种,即愈伤组织再生苗,另一类包括8种再生苗和对照组。表明愈伤组织再生苗与其他8种再生苗和对照组比较具有显著差异,而其他8种再生苗和对照组之间差异不显著。  相似文献   

7.
【目的】鉴定芋淀粉合成酶(CeSS)基因家族,并对其生物信息学及表达模式进行分析,为芋产量、品质和营养性状的遗传改良提供参考。【方法】使用HMMER 3.12b软件以SS基因家族典型保守结构域Glyco_transf_5为模型,鉴定芋基因组中SS基因家族信息,利用生物信息学软件分析其分子结构特征、系统发育关系及顺式作用元件,采用转录组和实时荧光定量PCR技术检测其在正常生长发育条件和干旱胁迫下的转录表达。【结果】在芋基因组中鉴定了6个SS基因(CeSS1、CeSS2、CeSS3-1、CeSS3-2、CeSS4和CeGBSS1)。6个预测的芋SS基因长度为4980~61 347 bp,对应的CDS长度为1275~2895 bp,编码蛋白的氨基酸残基数量为424~964个,分子质量为48 067.43~109 391.75 Da,理论等电点为5.18~6.11。系统进化分析显示6个芋SS蛋白分布在5个亚家族。基因结构分析显示,6个CeSS基因外显子数量为7~15个。在6个CeSS蛋白中鉴定出10个保守motif,其中7个获得注释。在保守结构域上,CeSS1、CeSS2、CeSS4和CeGB...  相似文献   

8.
植物细胞受体类蛋白是一类重要的结构蛋白,在环境信号感知及细胞间信息传递中起重要作用。本研究克隆了三叶青(Tetrastigma hemsleyanum Diels et Gilg)的两个受体蛋白基因ThRLP1与ThRLK1,并对其进行了生物信息学分析、器官特异性表达分析和在块根发育不同时期的表达分析,以明确两基因与三叶青芽发育和块根形成的相关性。生物信息学分析表明,所克隆的两个基因中一个为细胞外受体类蛋白基因(ThRLP1),其氨基酸序列具有特征的亮氨酸重复序列,亚细胞定位推测在细胞壁;另一个为质膜受体类蛋白激酶基因(ThRLK1),推测氨基酸序列中具有特征的丝氨酸/苏氨酸激酶的催化结构域,亚细胞定位推测在细胞核。器官特异性表达分析发现ThRLP1在块根中的表达量显著低于其他器官,ThRLK1在块根中的表达量显著低于枝蔓但高于其他器官,两个基因的表达水平并没有显示出与芽发育有相关性;块根发育不同时期表达量分析表明,ThRLP1在块根初始膨大期的表达量显著低于其他时期,ThRLK1表达量随块根发育进程而提高,ThRLK1基因的表达与块根发育进程呈现出一定的正相关性。所克隆的两个受体蛋白...  相似文献   

9.
【目的】明确辣椒中海藻糖-6-磷酸合酶(TPS)基因CaTPS9的表达特性和生物学功能,进一步了解TPS对辣椒生长中调控非生物胁迫的作用。【方法】以辣椒品种强丰101为试验材料,克隆CaTPS9基因,并对辣椒CaTPS9的理化性质、蛋白结构、顺式作用元件、系统进化树等进行分析;通过qRT-PCR分析CaTPS9基因在不同组织(商品果果肉、幼果果肉、成熟果果肉、商品果胎座、幼果胎座、成熟果胎座、叶、根、茎、花)和胁迫处理(低温和植物生长调节剂处理)中的表达模式。【结果】CaTPS9基因CDS序列全长2 604 bp,编码867个氨基酸。CaTPS9蛋白包含Glyco_transf_20和Trehalose_PPase两个保守结构域,分子质量为97.60 kDa,不稳定指数为44.27,理论等电点为5.63,亚细胞定位预测CaTPS9蛋白位于细胞质中。生物信息学分析表明,CaTPS9蛋白属于亲水性蛋白,且不存在跨膜结构和信号肽序列,蛋白结构主要由α-螺旋和无规则卷曲组成。系统进化关系分析表明,CaTPS9与烟草(Nicotiana tabacum L.)、番茄(Solanum lycope...  相似文献   

10.
从中国苹果寄主上分离苹果茎沟病毒(Apple Stem Grooving Virus,ASGV),克隆并表达外壳蛋白(Coat Protein, CP)基因,并进行生物信息学分析。利用RT-PCR从苹果寄主上克隆了苹果茎沟病毒外壳蛋白基因,序列测定后构建了原核表达载体pET30a(+),转化大肠杆菌(Escherichia coli)进行原核表达。分析比较苹果茎沟病毒外壳蛋白基因核酸序列,分析并预测苹果茎沟病毒外壳蛋白的结构和性质。克隆,表达了苹果茎沟病毒外壳蛋白基因。序列分析显示本研究ASGV CP开放阅读框(Open Reading Frame, ORF)全长714个核苷酸,与其他分离物CP基因核酸同源率为88.80%~91.90%,与来自日本苹果的P-209进化关系最近。ASGV CP是由237个氨基酸残基组成的27.13 kD蛋白,等电点PI为7.67的疏水性,非跨膜蛋白。二级结构由7个α-螺旋,5个β-片层和无规则卷曲构成。三级结构由于缺少同源蛋白而无法预测。本研究成功诱导表达了ASGV-CP蛋白,分析了ASGV-CP的核酸序列和进化关系,蛋白性质和蛋白结构,为进一步的功能研究和检测应用奠定了基础。  相似文献   

11.
为了探究玉米大斑病菌丝氨酸蛋白酶基因StSp8的结构特征及其功能,本研究以玉米大斑病菌野生型菌株01-23的cDNA为模版,克隆该基因CDS序列并进行生物信息学分析;构建原核表达载体pET30a-StSp8,在大肠杆菌BL21(DE3)中以IPTG诱导表达目的基因,通过SDS-PAGE技术检测目的蛋白的表达情况;利用qRT-PCR技术检测StSp8基因在不同发育时期和侵染时期的表达量变化。结果表明,丝氨酸蛋白酶StSp8的CDS序列由1602个核苷酸组成,编码533个氨基酸;其编码蛋白包含信号肽结构域、Inhibitor-I9结构域和Peptidase-S8结构域;SDS-PAGE结果显示该蛋白大小为57.18kD;表达模式分析发现,该基因在病菌发育的菌丝、分生孢子、芽管、附着胞和侵入钉5个典型的发育时期均有表达,其中芽管时期表达量显著升高;StSp8基因在侵染玉米24 h的表达量最高,72 h表达量下降。该研究不仅明确了StSp8基因的结构特征及在病菌生长发育及侵染寄主过程中的表达模式,也为深入揭示其功能奠定了基础。  相似文献   

12.
对红芽芋超低温疗法脱毒苗的基因组DNA甲基化进行MSAP分析。结果表明,红芽芋超低温疗法脱毒苗总甲基化率提高10.27%,全甲基化率提高12.98%,但半甲基化率下降2.71%。红芽芋超低温疗法脱毒苗去甲基化模式和甲基化模式并存,但去甲基化模式高于甲基化模式,说明较多基因被激活。  相似文献   

13.
类受体胞质激酶(receptor-like cytoplasmic kinases, RLCKs)家族是一类特殊蛋白激酶,在植物生长和病原菌防御中发挥着重要的生物学功能。在对水稻RLCKⅥ家族成员OsRRK1基因的研究中发现水稻4号染色体上存在一个与其同源性特别高的基因,即OsRLCK167(LOC_Os04g56060)。为了丰富类受体胞质激酶家族并探究水稻胞质受体激酶基因的作用,本研究利用ExPASy-Protparam、Protscale、CD-search等在线工具和DNAMAN软件对OsRLCK167基因进行生物信息学分析;采用qRT-PCR技术对OsRLCK167基因做组织表达模式分析。结果显示:OsRLCK167蛋白的分子量为43.77776 kD,为疏水性、不稳定的酸性蛋白;对该蛋白的二级结构进行预测,显示其主要由无规则卷曲(41.94%)、α-螺旋(35.29%)、延伸链(15.35%)和β-转角(7.42%)组成;该基因在水稻不同组织均有表达,且在叶鞘中的表达量最高。结果表明,OsRLCK167基因在进化过程中具有高度的保守性,在水稻中具有功能多样性。  相似文献   

14.
采用湖北省云梦县患鹦鹉幼雏病死亡的虎皮鹦鹉体内分离得到的鹦鹉幼雏病毒(budgerigar fledgling disease virus,BFDV),应用PCR方法获得BFDV主要结构蛋白基因(VP1),克隆到pMD18-T载体,构建重组质粒pMD18T-VP1并进行测序,结果显示,结构蛋白基因(VP1)与BFDV欧美分离株的同源性为96%~99%,表明VP1是BFDV保守基因;将VP1亚克隆到原核表达载体pET32( )b,构建重组质粒pET32( )b-VP1,转化菌株BL21(DE3),诱导表达,经SDS-PAGE和Westem-blot分析,克隆在his-tag下游的结构蛋白基因获得了高效融合表达,表达的融合蛋白分子量约为55 kD。为建立快速、灵敏的鹦鹉幼雏病毒血清学检测方法以及研制基因工程疫苗提供了科学依据。  相似文献   

15.
为探讨3-羟基-3甲基戊二酰辅酶A合酶基因(HMGS)在马尾松萜类生物合成途径中的作用及调控机制,利用RT-PCR技术克隆马尾松PmHMGS基因的cDNA全长序列。序列分析表明,PmHMGS基因的完整开放阅读框(ORF)由1 425 bp组成,编码474个氨基酸,蛋白相对分子质量为52 972.04,理论等电点pI为5.61;保守结构域分析显示,PmHMGS蛋白具有植物HMGS酶的典型结构域和活性中心;系统进化树分析显示,PmHMGS蛋白与裸子植物HMGS聚为一支,与樟子松的HMGS蛋白亲缘关系最近;组织表达分析显示,PmHMGS基因在叶、茎、根有差异表达,茎中表达量最高;诱导表达分析显示,PmHMGS基因均上调表达,表明PmHMGS参与马尾松萜类合成。因此,PmHMGS的表达具有组织特异性,并能响应茉莉酸甲酯和机械损伤处理,推测其可能参与调控马尾松萜类生物合成。  相似文献   

16.
克隆鮰爱德华菌(Edwardsiella ictaluri)YCH株酰基高丝氨酸内酯(Acyl homoserine lactones, AHLs)合成酶(LuxI)和AHLs受体蛋白(LuxR)的全长基因,并对其进行生物信息学分析。序列分析结果显示,LuxI全长666 bp,共编码221个氨基酸;LuxR全长720 bp,编码239个氨基酸。构建LuxI/LuxR的系统发生树,结果显示,鮰爱德华菌LuxI/LuxR与迟缓爱德华菌(Edwardsiella tarda)、杀鱼爱德华菌(Edwardsiella piscicida)、保科爱德华菌(Edwardsiella hoshinae)等有较近亲缘关系。利用SWISS-Model软件,分别以1K4J.1.A(46.15%)和5l09.1.A(40.83%)蛋白作为模板对LuxI蛋白的8-189区域和LuxR蛋白2个功能结构域Pfam:Autoind_bind(9~151氨基酸)和HTH_LUXR(171~228氨基酸)进行分子模拟,其中LuxI结构域内有明显的“V”形疏水腔结构,LuxR的N-端结构域有α-β-α排列,C-端结构域内...  相似文献   

17.
稻瘟病抗性基因Pi36编码卷曲螺旋核苷酸结合位点-富亮氨酸重复序列(CC-NBS-LRR)结构的抗病蛋白。为了深入研究该基因的结构和功能,试验利用双酶切构建了Pi36基因CC结构域的酵母表达载体,通过菌落PCR鉴定和测序验证阳性克隆。然后分别收集培养至不同OD值的酵母细胞提取蛋白,利用Western blotting检测目的蛋白的表达情况。结果表明,目的蛋白成功表达,并且在OD值为1.0的酵母细胞中表达量最大。  相似文献   

18.
【目的】Akirin1基因是调控成肌细胞分化的关键基因,克隆美仁牦牛Akirin1基因编码区(CDS)序列进行生物信息学分析,并检测该基因在各组织间的表达特征,为研究调控牦牛肌肉生长的基因功能提供理论依据。【方法】利用RT-PCR技术克隆美仁牦牛Akirin1基因CDS区序列,通过生物信息学软件分析蛋白理化性质和结构,预测蛋白信号肽和磷酸化位点及构建系统进化树;通过qPCR技术检测Akirin1基因在美仁牦牛成年牛各组织间及胎牛肌肉中mRNA的表达水平。【结果】美仁牦牛Akirin1基因CDS区全长579 bp,编192个氨基酸,蛋白相对分子质量为21 879.86 u,理论等电点8.91,总平均亲水性-0.822,为亲水性蛋白;系统进化树表明:美仁牦牛与普通牛和印度水牛亲缘关系最近,同源性分别为100%、98.44%;Akirin1蛋白有29处磷酸化位点,无信号肽和跨膜区,主要在细胞核中发挥生物学功能;美仁牦牛Akirin1蛋白主要是由α-螺旋和无规则卷曲组成。Akirin1基因在美仁牦牛脂肪组织中表达量最高,与其他组织比较差异显著(P<0.05),且肌肉和心脏组织中的表达量最...  相似文献   

19.
【目的】研究杉木核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶大亚基甲基转移酶基因(ClLSMT)对不同光质及非生物胁迫的响应,为探索ClLSMT基因在木材发育和抗性生长上的分子机制提供参考。【方法】以杉木优良无性系‘洋020’一年生幼苗为材料克隆ClLSMT基因并进行生物信息学分析,再利用RT-qPCR技术进行ClLSMT基因组织特异性、不同光质和非生物胁迫响应的表达分析。【结果】克隆得到ClLSMT基因,其编码蛋白含有480个氨基酸;蛋白质理论等电点为4.82,不稳定系数为50.58,是一类亲水性不稳定酸性蛋白,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,分别占43.75%和39.17%。杉木ClLSMT蛋白具有典型的SET_RBCMT结构域和Rubis-subsbind结构域。系统进化树说明杉木ClLSMT蛋白与北美红杉、火炬松和欧洲冷银杉同源性较高,亲缘关系较近。RT-qPCR结果表明,ClLSMT基因在杉木叶中高表达,约为茎和根的38倍和1 147倍。白光、红光、蓝光处理90 d ClLSMT基因表达量均达到最高,分别是对照组的17、9和3.8倍;而红蓝光处理则在150 d后达到最高,是对照组...  相似文献   

20.
本研究以济薯25为材料,克隆得到IbbZIP22基因。该基因编码区全长1 368 bp,编码455个氨基酸。序列和结构分析发现该基因编码的蛋白上有bZIP_plant_RF2保守结构域,推测其属于RF2类bZIP转录因子;对IbbZIP22蛋白进行亚细胞定位预测,推测该蛋白位于细胞核中;系统发育分析表明,IbbZIP22蛋白与三裂叶薯中的ItRF2a-like蛋白亲缘关系最近。采用实时定量PCR技术对济薯25和徐紫薯8号不同部位的IbbZIP22基因表达模式进行分析,发现IbbZIP22基因均在两个品种块根中表达量最高,且济薯25块根中的表达量显著高于徐紫薯8号,推测该基因参与淀粉调控。利用同源克隆技术,从济薯25基因组DNA中克隆IbbZIP22基因的启动子序列,该序列中除包含CAAT-box、TATA-box等核心启动子元件外,还存在多个参与光响应、抗逆和激素应答等元件。本研究结果为探究甘薯抗逆和淀粉调控机制提供了理论依据。  相似文献   

设为首页 | 免责声明 | 关于勤云 | 加入收藏

Copyright©北京勤云科技发展有限公司  京ICP备09084417号