山东地方猪种与引进猪种EDG4基因多态性分析

为了探讨内皮分化基因4(endothelial differentiation gene 4,EDG4)的生物学功能,利用PCR-RFLP技术研究EDG4基因外显子2在7个猪群中的多态性分布规律.结果表明,仅在鲁莱猪和大约克猪群体中检测到TT、TC和CC 3种基因型,在莱芜猪、里岔猪、沂蒙猪和杜洛克猪群体中检测到TC和CC 2种基因型,在长白猪只检测到CC1种基因型;在7个猪群体中C均为优势等位基因,CC为优势基因型.x2检验结果表明,基因型分布在里岔猪、莱芜猪、沂蒙猪、鲁莱猪、长白猪和杜洛克群均达到了哈代-温伯格平衡(P＞0.05);不同基因型在群体间的分布差异极显著.群体遗传特性结果表明,有效等位基因数在1.000～1.5127之间.7个猪种的多态信息含量(PIC)介于0.0000～0.2815之间,其中鲁莱猪PIC大于0.25,为中度多态;其余品种PIC值低于0.25,为低度多态.     

牛SLC27A1基因SNPs筛选及其与中国荷斯坦奶牛产奶性状的关联分析

[目的]对牛SLC27A1基因进行SNPs筛选并与中国荷斯坦奶牛的产奶性状进行关联分析,以期发现对中国荷斯坦奶牛产奶性状有显著影响的SNP位点。[方法]根据性能测定记录选取48头中国荷斯坦奶牛,提取血样DNA,组成2个DNA池,用于SNPs筛选,采用PCR-SSCP和克隆测序方法对DNA池进行SLC27A1基因SNPs筛选。针对发现的SNP位点,采用PCR-RFLP方法对另外231头中国荷斯坦奶牛进行群体基因型检测,采用SAS（8.02）GLM过程对各基因型与产奶性状进行关联分析。[结果]在exon3发现T112C位点,在3‘UTR发现G64A位点,T112C为同义突变;经PCR-RFLP检测,发现在T112C位点存在TT、TC、CC3种基因型,G64A位点存在GG、GA、AA3种基因型。2个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。T112C位点的CC型个体的产奶量极显著高于TC型个体（P〈0.01）,3种基因型对乳蛋白率和乳脂率影响均不显著（P〉0.05）,乳蛋白率呈现CC〉TC〉TT的趋势,乳脂率呈现TT〉TC〉CC的趋势;G64A位点3种基因型对产奶量、乳蛋白率、乳脂率的影响均不显著（P〉0.05）,但产奶量呈现GA〉GG〉AA的趋势,乳蛋白率和乳脂率呈现AA〉GG〉GA的趋势。[结论]该基因T112C位点与产奶量性状有一定的关联性,通过提高CC基因型频率有望提高中国荷斯坦奶牛的产奶量,SLC27A1基因可作为调控中国荷斯坦奶牛产奶量的候选基因,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究奠定了良好基础。     

牛SLC27A1基因SNPs筛选及其与中国荷斯坦奶牛产奶性状的关联分析

[目的]对牛SLC27A1基因进行SNPs筛选并与中国荷斯坦奶牛的产奶性状进行关联分析,以期发现对中国荷斯坦奶牛产奶性状有显著影响的SNP位点。[方法]根据性能测定记录选取48头中国荷斯坦奶牛,提取血样DNA,组成2个DNA池,用于SNPs筛选,采用PCR-SSCP和克隆测序方法对DNA池进行SLC27A1基因SNPs筛选。针对发现的SNP位点,采用PCR-RFLP方法对另外231头中国荷斯坦奶牛进行群体基因型检测,采用SAS（8.02）GLM过程对各基因型与产奶性状进行关联分析。[结果]在exon3发现T112C位点,在3‘UTR发现G64A位点,T112C为同义突变;经PCR-RFLP检测,发现在T112C位点存在TT、TC、CC3种基因型,G64A位点存在GG、GA、AA3种基因型。2个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。T112C位点的CC型个体的产奶量极显著高于TC型个体（P〈0.01）,3种基因型对乳蛋白率和乳脂率影响均不显著（P〉0.05）,乳蛋白率呈现CC〉TC〉TT的趋势,乳脂率呈现TT〉TC〉CC的趋势;G64A位点3种基因型对产奶量、乳蛋白率、乳脂率的影响均不显著（P〉0.05）,但产奶量呈现GA〉GG〉AA的趋势,乳蛋白率和乳脂率呈现AA〉GG〉GA的趋势。[结论]该基因T112C位点与产奶量性状有一定的关联性,通过提高CC基因型频率有望提高中国荷斯坦奶牛的产奶量,SLC27A1基因可作为调控中国荷斯坦奶牛产奶量的候选基因,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究奠定了良好基础。     

中国西门塔尔太行类群牛肉质性状与SLC27A1基因多态性关联分析

为探索SLC27A1基因对牛肉质性状的影响,选取中国西门塔尔牛太行类群牛公牛、阉牛各20头为研究对象,采用PCR法分析SLC27A1的基因遗传多态性。检测到SNP位点为S5650:TC,该位点存在有3种基因型,其中CC基因型频率较高(62.5%),TT基因型频率最低(12.5%)。采用GLM对肉质相关性状与SLC27A1基因进行关联分析,结果表明,剪切力、肉色a、肉色b表型中,CC与TT及CT与TT差异均极显著(P0.01),其他性状间差异不显著(P0.05),阉牛与公牛间对肉质的弹性与咀嚼性差异显著(P0.05)。采用Real-time PCR分析,CC基因型在肌肉与脂肪中的表达量比基因型CT与TT差异显著(P0.05),阉牛与公牛之间的表达量在肌肉中差异极显著(P0.01)。SLC27A1基因S5650:TC位点突变对中国西门塔尔牛太行类群肉质性状存在一定的遗传效应。     

猪IGF-2基因内含子3突变检测及其多态性分布

采用错配PCR-RFLP法,检测8个品种314头猪IGF-2基因内含子3的3072位点多态性及其在群体中的分布.结果表明:引入错配碱基构造出新的酶切位点,在很大程度上降低了试验成本且不影响基因型判定结果.IGF-2基因内含子3的3072位点(G→A)变异多态在猪群中分布差异极显著.国外品种猪中等位基因A的频率高于我国地方品种猪,我国地方品种猪(二花脸猪、梅山猪、五指山猪、淮猪)群体中绝大多数为GG基因型;而国外品种猪(长白猪、大约克猪、杜洛克猪)群体中GA和AA基因型频率分别为60%～70%和20%～30%.由杜洛克猪与二花脸猪、梅山猪杂交育成的苏太猪,其群体中GA基因型频率接近78%,大大超过地方品种猪.     

八个猪种PRLR和RBP4基因PCR-RFLP检测及群体遗传特性研究

本研究采用PCR-RFLP方法,对莱芜黑猪、鲁莱黑猪、里岔黑猪、鲁烟白猪、新沂蒙黑猪5个山东本地猪种和大约克夏、长白、杜洛克3个引进猪种共八个猪种323头繁殖母猪进行PRLR和RBP4基因的多态性检测,并对其遗传多样性进行分析。结果表明:两个基因位点在八个猪种的测定群体中均存在多态性,在三种基因型中AB基因型出现频率最高,山东本地猪种与引进猪种间基因型频率存在显著差异(P<0.05)。八个猪种PRLR和RBP4基因位点的期望杂合度分别在0.3265~0.5062和0.2655~0.5019之间,多态信息含量分别在0.2688~0.4268和0.2264~0.3736之间。研究结果提示:杜洛克猪在这两个基因位点的杂合度最低,其遗传一致性最好,其余猪种均表现为中度多态,表明这些猪种具有较为丰富的遗传多态性。     

猪H-FABP基因内含子1的遗传多态性及其遗传效应分析

[目的]为H-FABP基因运用于猪育种过程中的标记辅助选择提供基础资料。[方法]应用PCR-SSCP方法分析H-FABP基因在山西白猪、马身猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪5个猪种的多态性,并研究基因型与肌内脂肪含量的相关性。[结果]在猪H-FABP基因内含子1扩增的片段上发现了一个多态性,检测到2个等位基因（A、B）,3种基因型（AA、AB、BB）,并对纯合子进行测序,发现SSCP的变异是由碱基C→T的替换造成的。基因型在不同猪种分布的多重比较表明,马身猪与山西白猪、长白猪、大白猪、杜洛克猪间基因型分布差异极显著（P〈0.01）,其他纯种猪群间基因型分布差异不显著（P〉0.05）。固定效应模型分析表明,肌内脂肪含量基因型间差异极显著（P〈0.01）。最小二乘分析表明,BB基因型个体与AA基因型个体比较肌内脂肪含量的差异显著（P〈0.05）。[结论]H-FABP基因对猪肉品质存在一定的影响。     

猪H-FABP基因内含子1的一个遗传多态性及其遗传效应分析

[目的]为H-FABP基因运用于猪育种过程中的标记辅助选择提供基础资料。[方法]应用PCR-SSCP方法分析H-FABP基因在山西白猪、马身猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪5个猪种的多态性,并研究基因型与肌内脂肪含量的相关性。[结果]在猪H-FABP基因内含子1扩增的片段上发现了一个多态性,检测到2个等位基因（A、B）、3种基因型（AA、AB、BB）,并对纯合子进行测序,发现SSCP的变异是由碱基C→T的替换造成的。基因型在不同猪种分布的多重比较表明,马身猪与山西白猪、长白猪、大白猪、杜洛克猪间基因型分布差异极显著（P〈0.01）,其他纯种猪群间基因型分布差异不显著（P〉0.05）。固定效应模型分析表明,肌内脂肪含量基因型间差异极显著（P〈0.01）。最小二乘分析表明,BB基因型个体与AA基因型个体比较肌内脂肪含量差异显著（P〈0.05）。[结论]H-FABP基因对猪肉品质存在一定的影响。     

猪SLC6A14 c.1483G＞A多态性与脂肪沉积和生长性状相关性研究

SLC6A14基因是影响猪脂肪沉积的候选基因,本研究利用白色杜洛克×二花脸资源家系祖代的17头二花脸母猪和2头白色杜洛克公猪的池DNA,通过直接测序法在猪SLC6A14基因第10外显子1483 bp处检测到1个G→A错义突变,导致相应编码的氨基酸由缬氨酸转换成异亮氨酸。采用引物创造性酶切法,通过HpyCH4 IVPCR-RFLP判型技术,检测了白色杜洛克×二花脸资源家系3代623个个体在此错义突变位点的多态性,并开展了与脂肪和生长性状的相关性分析。结果表明:该突变位点与腹脂重和46日龄个体重存在显著的相关性。     

利用PCR-RFLP方法检测中国荷斯坦牛STAT4基因内含子20多态性

以浙江省金华市伊康乳业奶牛场核心群357头中国荷斯坦牛为试验材料,旨在建立一种中国荷斯坦牛STAT4基因内含子20的单核苷酸多态性的简便检测方法。首先采用PCR-SSCP检测,结合DNA测序方法对STAT4基因内含子20的遗传多态性进行分析,并根据突变形式将PCR-SSCP检测方法转化为PCR-RFLP检测方法。结果发现STAT4基因内含子20内存在由g.95879 G>A和g.96013 G>C组成的完全连锁的单倍型模块。根据96013 G→C的突变可形成一个SduⅠ酶切多态位点的特性,建立了该单倍型的SduⅠ酶切检测体系。利用该体系检测到中国荷斯坦牛群体STAT4内含子20内存在GGGG,GAGC和AACC 3种不同的基因型,基因型频率分别为0.0784,0.4538和0.4678,而GG和AC基因频率分别为0.3053和0.6947。     

6个猪群Lpinl基因多态性分析

试验采用PCR-RFLP方法检测了猪Lpinl基因第2外显子C93T突变在6个猪群中的多态性分布.结果表明,经TapⅠ酶切后发现了CC、TC和TT 3种基因型.在6个猪群中C均为优势等位基因,CC为优势基因型.x2检验发现,基因型分布在莱芜猪、沂蒙猪、杜洛克、大约克和长白猪群均达到了哈代-温伯格平衡(P＞0.05),里岔猪未达到哈代-温伯格平衡(P＜0.05);不同基因型在群体间的分布差异极显著(P＜0.01).群体遗传特性分析表明,有效等位基因数在1.000～1.4808;多态信息含量里岔猪为0.2720,属于中度多态,其余猪群均低于0.25,为低度多态.     

猪NCOA1基因PCR-RFLP多态性分析

[目的]研究猪NCOA1基因的PCR-RFLP多态性,为猪的分子育种和标记辅助选择提供理论依据。[方法]以81头山东寿光六和原种猪场的长白猪为研究对象,采取常规酚-氯仿抽提法从猪耳组织提取基因组DNA,以基因组DNA为模板进行PCR扩增获得440bp的NCOA1基因目的片段,利用限制性内切酶RsaⅠ对PCR产物进行酶切和琼脂凝胶电泳检测,并计算各等位基因频率和基因型频率。[结果]琼脂糖电泳检测酶切产物出现3种基因型：AA型（1条带：440bp）、AB型（3条带：440、282、158bp）、BB型（2条带：282、158bp）;基因型频率分别为0.54、0.43和0.03;A和B2个等位基因的基因频率分别为0.76和0.24。[结论]该研究猪群中,A为优势等位基因,AA基因型频率较高。     

家鹅ND4基因多态性与遗传结构研究

四川白鹅、狮头鹅、豁眼鹅、伊犁鹅、朗德鹅和莱茵鹅是具有独特种质特性的家鹅品种.该试验利用直接测序法测定了具有独特种质特性,在鹅杂交育种中被广泛应用的四川白鹅等6个家鹅品种线粒体ND4基因的部分核苷酸序列(621 bp),共检测到了4种单倍型,4种单倍型的频率分别为0.467、0.033 3、0.467、0.033 3,单倍型多样性为0.582;各品种间的核苷酸分化系数(Nst)在0至1之间;6个家鹅各品种内核苷酸多样性(Pi)很低,各品种间的遗传距离(D)很小,遗传相似度高,而且同属于灰雁或鸿雁的家鹅品种之间的遗传相似度比分属于灰雁、鸿雁的家鹅品种之间的遗传相似度更高.另外,对这6个家鹅品种的遗传结构形成原因和杂交利用进行了初步分析.     

东北荷包猪MC4 R基因的多态性分析

[目的]分析荷包猪MC4 R基因TaqI酶切位点多态性,为了解其遗传特点奠定基础。[方法]利用PCR-RFLP技术研究荷包猪保种群体MC4 R基因型分布情况,并与国内外猪种的MC4 R基因频率进行比较。[结果]不同品系猪的MC4 R基因的Asp298Asn突变分布差别显著。荷包猪MC4 R基因优势基因型为AA,基因型频率为66.67%,而BB基因型未能检出。荷包猪MC4 R基因型与国内梅山猪、民猪和莱芜猪等稍有不同,与国外汉普夏、大白、皮特兰等差别较大,总体显示国内地方猪种298Asp基因为优势基因,而外种猪基因Asp298Asn突变率显著高于我国地方猪种。[结论]该研究为荷包猪资源保存、品种选育和开发利用提供了科学依据。     

香猪PIT-1基因内含子多态性的研究

采用PCR和DNA测序方法,对香猪及对照猪种(上海白猪、大约克夏猪)的PIT-1基因进行了单核苷酸多态性(SNP)分析,并采用RT-PCR方法对3个猪种PIT-1基因的表达水平进行了半定量分析。结果显示:香猪在DNA序列的963位(位于第4内含子)和1429位(位于第5内含子)分别发生G→A突变,而对照猪种在这2个位置未发生突变;香猪PIT-1基因表达水平显著低于上海白猪和大约克夏猪(P<0.05)。结论:香猪第4和第5内含子的两处突变可能会造成PIT-1基因表达量下降,最终可能导致香猪的生长受到影响。     

贵州地方猪品种雌激素受体基因内含子1多态性

为了探索雌激素受体(estrogen receptor,ESR)基因与贵州地方猪品种繁殖性状之间的关系,采用SSCP和RFLP方法,以大约克、外三元杂交猪和梅山猪为对照,对贵州地方猪品种香猪、糯谷猪和柯乐猪ESRα基因进行了多态性分析,共检测到AA、AB和BB 3种基因型,测序结果证实,B等位基因产生的原因是:121 bp扩增片段中第54和57位碱基均突变为C,获得了1个Pvu Ⅱ酶切位点,使AA基因型多出一条带;A等位基因在国外猪品种中占优势,国内猪品种以B等位基因为主,香猪的BB基因型频率最高(79.4%),糯谷猪和柯乐猪均较低(30%、29.8%).说明贵州地方猪品种的杂合度较高,应加强选育,B等位基因可能与低繁殖率相关.     

3个外种猪群FUT1基因多态性研究

采用PCR-RFLP方法,对3个外种猪群FUT1基因多态性进行了检测。结果表明,杜洛克猪群中检测到AA、AG和GG 3种基因型,长白和大白猪群中仅检测到GG和AG 2种基因型,未检测到EFC18抗性AA基因型。卡方检验结果表明,3个外种猪群该位点均处于Hardy-Weinberg遗传平衡（P〉0.05）。群体中该位点纯合度较高,杂合度较低,除杜洛克猪群具有中度遗传多态性外,其余2个猪群该位点遗传多态性较低。可在后续的育种方案中实施基因型选配,扩大群体中EFC18抗性AA基因型个体数量。     

中国荷斯坦牛SLC11A1基因多态性与乳腺炎的相关性研究

 【目的】通过研究中国荷斯坦牛SLC11A1基因多态性与乳腺炎性状间的相关性,为奶牛乳腺炎抗性选育提供参考。【方法】采用巢式PCR、降落PCR和DNA测序等技术,研究分析771头牛SLC11A1基因外显子10、内含子9和11的基因多态性,采用SHEsis和PHASE软件进行配对连锁不平衡和单倍型分析。【结果】发现4个不连锁的SNPs,分别为内含子9的6 067（A/G）、6 358（C/T）,外显子10的7 155（A/G）和内含子11的7 809（A/T）;其中,6 067（A/G）、6 358（C/T）和7 809（A/T）为新SNPs。不同基因型与乳腺炎相关性分析结果表明,SLC11A1基因的6 358（C/T）和7 155（A/G）对SCS和产奶量有显著影响（P＜0.05）,6 358（C/T）的CC基因型和7 155（A/G）的AA基因型是优良基因型;单倍型分析表明,群体中共发现16种单倍型组合,其中CAAA是优良的单倍型组合,其个体的SCS低、产奶量高。【结论】SLC11A1基因CAAA单倍型组合可能是奶牛SCS和产奶量的优良基因型和单倍型组合,可作为分子标记应用于奶牛乳腺炎抗性筛选。     

贵州小香羊MSTN基因内含子2和外显子3的多态性

为贵州小香羊选育及进一步研究MSTN基因与贵州小香羊生长性状的相关性提供理论依据,采用PCR-RFLP方法对67只贵州小香羊MSTN基因内含子2和外显子3进行了多态性分析。结果表明,所扩增内含子2中存在Bsp1286I酶切多态位点,杂合型(AB)为优势基因型,无纯合野生型(AA)和纯合突变型(BB);所扩增内含子2和外显子3中存在BstBI酶切多态位点,杂合型(CD)为优势基因型,纯合野生型(CC)和纯合突变型(DD)为非优势基因型,D等位基因为优势基因,且含有2个TatI正常酶切位点,但不存在多态性,不存在BsmFI酶切位点。     

6个地方猪品种(类群)GH基因的基因型分布研究

采用PCR-RFLP技术对6个地方品种(类群)GH基因-119bp至+486bp区域进行扩增,分别用内切酶ApaⅠ和Hin6Ⅰ检测其多态性。结果表明:ApaⅠ酶切产生2个等位基因A和B,3种基因型AA,AB和BB,AA为优势基因型,A为优势等位基因;Hin6Ⅰ酶切产生3个等位基因C2,C3和C4,4种基因型C2C3,C2C4,C3C4和C4C4,C4C4为优势基因型,C4为优势等位基因。ApaⅠ和Hin6Ⅰ酶切基因型在猪群体间的分布不均匀,且差异都达到极显著水平(P<0.01)。