禽传染性支气管炎病毒SAIBk株全基因组的分段克隆、测序及分析

根据GenBank上公布的IBV基因组序列，经多重比较后设计19对引物，用RT-PCR方法对禽传染性支气管炎病毒致肾病变型分离株SAIBk株的全基因组进行了分段扩增、克隆和序列测定。测序结果表明：SAIBk株基因组序列全长27520 bp，A＋T的含量占61．74％，具有典型的冠状病毒基因组结构。基因组内碱基的插入和缺失主要分布在3 220-3470位、20560-20810位、25310-25600位和27150—27220位。与GenBank上公布的5株IBV基因组序列Beaudette、Mass41、Ca199、BJ、KQ6的同源率分别为87．2％、87．6％、87．2％、85．6％和87．5％。SAIBk株基因组不同区域的同源性分析结果表明，3＇UTR和5＇UTR是基因组中最为保守的区域，同源率在90．9％～97．7％，而S1基因是基因组中变异最大的区域，同源率在74．8％～83．2％。系统进化分析结果表明SAIBk株与国内分离株S14、LX4、BJ的亲缘关系较近。     

两株ALV-K重组病毒感染性克隆的构建及病毒拯救

【目的】为探明引起禽白血病病毒K亚型(ALV-K)两不同毒株之间致瘤性差异的原因,进一步探索ALV-K的致病机理,实现两株ALV-K重组病毒感染性克隆的构建及病毒拯救。【方法】以前期构建的ALV-K毒株HB2018003和HB2015032的感染性克隆为模板,PCR扩增分别获取两毒株单独的5′-端长末端重复序列(5′-LTR)基因片段和剩余目的基因片段。切胶回收目的片段后将两毒株的5′-LTR互换,通过同源重组的方法获得连接产物。将连接产物转化大肠杆菌DH5α感受态细胞后涂布Amp抗性平板过夜培养,挑取PCR鉴定为阳性的菌落提取重组质粒TOPO-003-032和TOPO-032-003并送检测序。将PCR和测序鉴定正确的重组质粒转染至易感细胞DF-1中盲传3代,使用群特异性抗原P27 ELISA、多重PCR和间接免疫荧光等方法对拯救的病毒进行检测。【结果】测序和重组感染性克隆PCR鉴定的结果表明成功构建了5′-LTR互换的重组质粒,多重PCR结果显示在目的片段大小处出现ALV-K预期条带,未出现ALV-A和ALV-J条带,间接免疫荧光试验结果显示接种拯救病毒的DF-1细胞出现明显的亮绿...     

禽腺联病毒序列对鸡输卵管细胞表达人溶菌酶基因的促进作用

将鸡卵清蛋白基因5′-调控区控制的人溶菌酶（hLYZ）cDNA表达盒插入禽AAV末端反向重复序列之间,将CMV启动子控制的rep表达盒插入其下游,获得的表达载体pRep2ITR-OV4-LYZ用聚乙烯亚胺包裹,经翅静脉注射产蛋鸡,待蛋清中rhLYZ表达水平下降至注射前水平时,用pRep2ITR-OV4-LYZ进行3次重复注射,以RBB-R染料标记比色法和Western-blotting检测蛋清中rhLYZ表达,以细菌生长抑制试验检测rhLYZ活性。结果,在相同试验条件下,pRep2ITR-OV4-LYZ表达rhLYZ的水平和时间优于不含禽AAV序列的pOV4-LYZ,rhLYZ表达水平和时间随载体注射次数增加呈上升和延长趋势,rhLYZ的分子质量与天然hLYZ相同,对致乳牛乳腺炎大肠杆菌、葡萄球菌和链球菌具有显著的抑制作用。试验结果提示,禽AAV ITR和rep序列能促进hLYZ基因在鸡输卵管细胞中正确表达。     

禽白血病病毒K亚群HB2018003株感染性克隆构建

为了获得背景明确清晰的禽白血病病毒K亚群(ALV-K)毒株,对地方性ALV-K毒株HB2018003采用酶切和同源重组两种方法进行感染性克隆构建及病毒拯救.使用PCR方法获得目的 基因,经酶切、连接和同源重组后成功构建重组质粒Topo-003-ABC和Topo-003-K12,测序结果表明无任何突变,进而将重组质粒转染...     

鹅圆环病毒福建株全基因组的克隆及序列分析

为明确鹅圆环病毒(Go CV)福建株的基因组特点,设计反向引物,从一例生长不良鹅中PCR扩增获取Go CV福建株基因组序列。结果表明,Go CV福建株(命名为FJ2016株)基因组全长为1 821 bp,其编码的复制相关蛋白长度为882 bp,编码293个氨基酸;其编码的抗原相关蛋白长度为753 bp,编码250个氨基酸。从遗传进化关系可见,Go CV在遗传进化上可以分为2个大的分支(Go CV-1与Go CV-2),FJ2016株处于Go CV-1分支。从核苷酸同源性比较可见,FJ2016株和yk2株核苷酸同源性最高,达98.2%;但与2GK株核苷酸同源性仅为82.4%;与疣鼻天鹅源圆环病毒Sw株(EU056310)核苷酸同源性为73.7%,低于80%。FJ2016株和Go CV-1分支代表株核苷酸同源性在97.3%~98.2%之间,与Go CV-2分支代表株核苷酸同源性在93.1%~93.5%之间。该病例为福建地区首次报道存在鹅圆环病毒感染。     

新城疫病毒LaSotaC5株感染性克隆的构建及病毒拯救

将本实验室保存的一株LaSota病毒用有限稀释法接种鸡胚进行纯化,连续传代5次后筛选到1株高血凝效价的纯培养克隆株,命名为LaSotaC5,并对其进行全基因组测序,克隆株与亲本株在生物学特性与基因序列上都存在一定的差异。参照LaSotaC5株全基因序列单酶切位点,用RT-PCR的方法将基因组分8段扩增,按照病毒基因组的结构顺序,将克隆片段定向插入到TVT转录载体中,成功构建含有病毒全长eDNA的转录载体TVT．LaSotaC5。将TVT-LaSotaC5与辅助质粒pCI-NP、pCI-P和pCI—L共转染BSR—T7／5细胞,成功拯救出了具有感染性的LaSota株新城疫病毒。病毒的成功拯救为后续基因功能和疫苗载体开发等方面的研究提供了平台。     

猪圆环病毒2型山东株全基因组的克隆与序列分析

参照国外发表的猪Ⅱ型圆环病毒（PCV2）全基因组序列,设计合成了1对特异性引物,从山东疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征（PMWS）病料中提取PCV2基因组DNA,进行PCR扩增。回收PCR产物,将其插入pMD18-T载体,构建了重组质粒pMD18TPCV2,并对筛选出的阳性质粒进行测序。结果表明,克隆得到的PCV2山东株的全基因组长为1767bp。应用DNAStar序列分析软件,对所测PCV2序列与GenBank中登录的国内外PCV毒株进行同源性比较。结果显示,PCV2山东株与国内外毒株的核苷酸同源性高达99．6％,推导的氨基酸同源性达95．4％。进化树分析结果显示,PCV2山东株与GZ（EF515839）株同源性最高,表明,PCV2各分离毒株在进化方面存在地域上的相关性。     

猪圆环病毒2型甘肃株全基因组克隆及序列分析

参照GenBank中登录的猪圆环病毒2型(PCV-2)全基因组序列,设计合成了两对特异性引物,从甘肃白银疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)病料中提取病毒DNA,分步扩增全基因组。回收PCR产物,将其插入pGEM-TEasy载体,构建了重组质粒pGEM-PCV-2,转化后筛选、提取阳性重组质粒进行测序。结果表明,克隆到的PCV-2全基因组长度为1767bp。应用DNAStar序列分析软件,对所测PCV-2序列与GenBank中登录的包括甘肃在内的国内外PCV毒株进行同源性分析。结果显示,克隆的PCV-2与英国株(UK-EU656143)遗传关系最近,其核苷酸和推导的氨基酸序列同源性高达96.2%和91.0%,与已报道的2株甘肃毒株(GS03-EU547458,GSLZ-FJ447482)遗传关系较远,可能是流行于甘肃白银的一个变异毒株(GSBY)。     

鸡肾型IBV分离株M基因的克隆与特性分析

依据NCBI所登录的鸡传染性支气管炎病毒的M基因序列设计了一对引物,应用TRIzol试剂盒对8个肾型鸡传染性支气管炎病毒陕西地方分离株进行总RNA的提取,以所得到的RNA为模板,用RT-PCR对M基因进行扩增;其目的条带回收提纯后,与PMD18-T克隆载体进行连接,转化到DH5α宿主菌,并经药物抗性筛选、PCR及酶切鉴定,将所筛选鉴定出的阳性质粒进行测序,最后对测序结果进行分析。结果表明：陕西地方8个毒株（BJ2、FF2、YL2、B01、G5、YX、WH、WG）M基因长约为650 bp,其中YX、WH株本身无BamH 1酶切位点。WH与其它分离株的核苷酸同源性为91.8%～92.6%,而其它的分离株间的同源性为98.8%～99.8%。8个毒株与参考株的核苷酸同源性为74.9%～99.8%。其N端90 aa肽段与对照株相比,不同之处表现为高亲水性氨基酸取代低亲水性氨基酸,这会使其具有更好的抗原性。     

禽腺联病毒Rep78和VP3蛋白的原核表达及抗血清制备

分别将禽腺联病毒(Avian adeno-associated virus,AAAV)的Rep78基因和VP3基因克隆入pET-47b原核表达载体并转化BL21(DE3)大肠杆菌,在IPTG的诱导下2种目的蛋白均成功得到了表达。SDS-PAGE显示,Rep78蛋白的相对分子质量约为85 000,而VP3蛋白相对分子质量约为60 000。Western-blot分析显示,表达产物均能与抗AAAV的阳性血清反应。将目的蛋白切胶免疫BALB/c小鼠分别制备了针对2种蛋白的多克隆血清。间接免疫荧光试验显示制备的抗血清能够与AAAV抗原特异反应。不与鸡胚致死孤儿病毒(CELO)抗原反应。结果表明,制备的抗Rep78和VP3蛋白的血清可以用于检测重组AAAV载体制备过程中Rep和Cap基因的表达水平。     

禽脑脊髓炎病毒VP1基因的克隆及表达

应用RT-PCR方法,扩增出AEV Van-roekel株结构蛋白基因VP1,测序结果表明VP1基因全长810bp,编码270个氨基酸;和AEV 1143株相比,核苷酸同源性为94.2%,氨基酸同源性为99.26%.将VP1基因定向克隆到pGEX-6p-1载体谷胱苷肽转移酶基因的下游,并把重组质粒转入宿主菌BL21中,经IPTG诱导后,VP1基因得以表达.表达产物经SDS-PAGE和Western Blot鉴定,确定表达的融合蛋白大小约为58Ku,且具有良好的反应原性.将表达产物纯化后免疫试验兔,琼脂扩散试验显示免疫血清能与禽脑脊髓炎琼脂扩散标准阳性抗原呈特异反应,表明重组VP1蛋白保留了天然蛋白的部分活性.     

内源性禽白血病病毒ev/J基因克隆与分析

用位于内源性禽白血病病毒ev/J 5′和3′长末端序列(LTR)上的引物,对我国的灵山麻鸡、江汉鸡、肉鸡和SPF鸡正常基因组中内源性ev/J进行扩增,结果扩增出长约为4 kb、2.2 kb和2 kb 3种大小的片段。测序分析表明,这些片段分属于Ⅱ型和Ⅳ型ev/J以及另一类具有更大缺失的ev/J基因。ev/J在这几个品系鸡中分布并不完全相同,肉鸡和SPF鸡均具有Ⅱ型和Ⅳ型ev/J,江汉鸡只含Ⅱ型ev/J,而灵山麻鸡则含有另一类具有更大缺失的ev/J基因。此次获得的Ⅳ型ev/J序列不仅相互之间高度同源,而且其env基因与外源性ALV-J原型株HPRS-103env基因以及我国外源性ALV-J主要分离株env基因也高度同源,表明内源性ev/J在宿主正常基因组中高度保守。     

进口白羽肉种鸡J亚群禽白血病病毒的全基因组序列分析

为研究引起我国部分地区进口白羽肉种鸡发生禽白血病疫情的病毒来源及其变异趋势,本研究对从进口白羽肉种鸡分离的8株J亚群禽白血病病毒(ALV-J)的全基因组序列进行测序分析。8株ALV-Jgp85氨基酸遗传演化分析显示,其与ALV-J肉鸡分离株(包括ALV-J原型病毒株HPRS-103、美国肉鸡ALV-J分离株、国内肉鸡分离株)及蛋鸡分离株氨基酸序列同源性均低于92.5%,而与国内2014年父母代白羽肉种鸡ALV-J分离株GD14J2同源性较高,为93.5%~95.1%,处于同一分支。8株ALV-J的3'非编码区(3'UTR)在rTM区缺失203bp,DR-1区缺失7bp,E元件位置缺失125bp,仅保留了22个碱基,这一缺失特征与GD14J2一致。8株ALV-J的3'LTRU3区序列与ALV-J肉鸡分离株及蛋鸡分离株的相应基因序列同源性均低于91.5%,而与GD14J2病毒株的同源性较高,为94.3%~96.3%。序列分析发现U3区存在连续11bp缺失和164位碱基突变(C/T),该突变形成2个新的转录调控元件AIBREP1、AIBREP2。综合gp85、3'UTR和U3区序列特征,推测引起本次进口白羽肉种鸡禽白血病的ALV-J与国内2014年父母代白羽肉种鸡ALV-J分离株GD14J2为同一来源。但本次分离到的ALV-J病毒株也有新的变异趋势,这些变异是否与ALV-J致病性相关,还需进一步研究。本研究为ALV-J有效防控和净化提供数据支持。     

鸡病毒性关节炎病毒C-98分离株S1基因的克隆与序列分析

提取鸡病毒性关节炎病毒（AVAV）内蒙古分离株（C-98株）总RNA，参考GenBank中禽呼肠孤病毒（ARV）S1133株S1基因序列设计了2对引物，应用RT—PCR技术扩增了病毒S1基因，将S1基因cDNA克隆到pGEM—T Easy载体后测序。将测定序列拼接后与参考毒株ARV-176、ARV-138、ARV-S1133、MDRV—YJL的S1基因序列进行了比较。结果显示，AVAV C-98分离株的S1基因与强毒株ARV-176株的同源性最高，达99．9％；与MDRV—YJL的同源性为99．3％，与弱毒疫苗株ARV—S1133的同源性也达97．9％；与ARV-138株的同源性最低，为81．2％。表明，AVAVC-98株与参考毒株的差异较小，与疫苗株ARV-S1133有很高的同源性。     

J亚群禽白血病毒gp85基因克隆表达与初步应用

在本实验室分离鉴定J亚群禽白血病病毒的基础上,用PCR方法扩增gp85基因,长度为921 bp的DNA片段,与J亚群禽白血病标准毒株序列比对同源率为96.4%。将该片段连接到pET28a表达载体上,构建了重组表达质粒pET28a-S1-Jgp85,对质粒测序后分析后,转化大肠杆菌BL21(DE3),用IPTG诱导表达,经SDS-PAGE分析,表达出约为40 kD的融合蛋白。Western blot结果表明,表达产物可以与ALV-J阳性血清发生特异性反应。以纯化的His-Jgp85重组蛋白为包被抗原,建立间接ELISA方法,用于J亚群禽白血病的临床诊断。本研究对抗原包被浓度,待检血清稀释浓度,酶标抗体浓度,特异性试验及临界值等条件进行优化,对优化后的ELISA检测方法进行了临床应用试验。本研究建立了能特异性检测J亚群禽白血病血清抗体的ELISA方法。     

IBV安徽分离株膜蛋白基因的克隆及序列分析

利用设计的1对特异性引物,通过RT-PCR方法扩增出4株鸡传染性支气管炎病毒(IBV)安徽地方分离株膜蛋白M基因全长片段并进行了克隆测序。将各IBV安徽地方分离株与GenBank中注册的一些毒株M基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比较和系统进化关系分析,发现毒株间核苷酸序列同源性为88.5%~100%,其相应的氨基酸序列同源性为90.3%~100%;不同毒株间存着重组、缺失、插入及点突变等变异,从ATG至第140 bp区段的核苷酸序列变异频率最高;4株分离毒株属于同一个进化群的2个不同进化亚群,与我国常用疫苗毒株H120、M41和W 93不属同一个进化亚群。