中药秦艽基原植物的DNA分子鉴定

[目的]分析秦艽基原植物间不同DNA序列的差异,为秦艽药材DNA条形码的筛选和基原鉴定提供分子证据。[方法]采用PCR扩增纯化后直接测序的方法,测定大叶秦艽G.macrophylla pall.、麻花秦艽G.straminea Maxim.、粗茎秦艽G.crassicaulis Duth-ieex Burk.、小秦艽G.dahurica Fisch、黄管秦艽G.officinalis H.Smith5种植物的核糖体DNAITS、叶绿体DNA psbA-trnH核苷酸序列,并作序列同源性分析。[结果]cpDNA psbA-trnH序列长度变异范围为316-318bp,有7种不同的单倍型,单倍型间有7个变异位点,序列的GC含量为21.2%。最大简约树的聚类结果与单倍型反映的结果一致。nrDNA ITS序列长度变异范围为624～625bp。有5种不同的单倍型、单倍型间有12个变异位点,序列的GC含量为59.3%。最大简约树的聚类结果表明,小秦艽与麻花艽聚为一支,大叶秦艽与黄管秦艽聚为一支,粗茎秦艽位于聚类图的最基部。[结论]nrDNAITS序列较适合作秦艽基原植物的DNA分子鉴定。     

基于psb A-trn H序列的秦艽分子鉴定及其药效分析

秦艽相近相似混伪品较多,且药效差异显著,为准确区分西北地区秦艽混伪品及药效,试验利用psb Atrn H基因作为条形码鉴定5种来自西藏、四川、青海地区相近秦艽的药材,基因测序后,在GenBank数据库中通过序列比对选取药材同源序列,利用MEGA 7.0软件计算双参数（K2P）遗传距离,并基于邻近法构建系统进化树,分析物种系统发育关系;另外,利用紫外分光光度法检测试验样本龙胆苦苷含量及DPPH清除率,评估不同地区药材龙胆苦苷含量及抗氧化能力。结果表明,结合K2P遗传距离、系统发育关系和psb A-trn H基因相似性确定试验样品中3种为粗茎秦艽（Gentiana crasicaulis）,另外2种分别为麻花秦艽（G. straminea）和黄管秦艽（G.officinalis）。所有样品龙胆苦苷含量在8.56%～12.76%,其中大小表现为黄管秦艽>麻花秦艽>粗茎秦艽;DPPH清除率范围为66.49%～90.68%,其中麻花秦艽>黄管秦艽,而3个不同地区的粗茎秦艽DPPH清除率差异较大。综上,psb A-trn H基因序列在秦艽植物鉴定和系统分类研究上十分有效,不同地区...     

云南黄毛草莓的nrDNA ITS和cpDNA psbA-trnH序列分子鉴定及进化特征分析

[目的]利用核糖体DNA(nrDNA)ITS序列和叶绿体DNA(cpDNA)psbA-trnH序列对云南不同地理区域的黄毛草莓进行分子鉴定,并分析不同地理居群间的分子进化及地理分布特征,为黄毛草莓种质鉴定、保护及开发利用提供理论依据.[方法]以云南省12个不同地理区域的黄毛草莓居群样品为材料,PCR扩增其ITS和psbA-trnH序列,并进行双向测序及序列合并,分别基于ITS和psbA-trnH序列及二者合并序列构建系统发育进化树.最后利用DnaSP 5.10对ITS和psbA-trnH序列进行核苷酸多样性(π)及单倍型数目、类型和多样性(Hd)分析,并对黄毛草莓居群进行中性检验及分子进化特征分析.[结果]基于ITS和psbA-trnH序列的聚类分析结果均显示,12个不同地理区域的黄毛草莓居群样品均与GenBank数据库中下载的黄毛草莓聚在一个分支上,分支自展值均大于阈值(75%),表明这两种序列均可用于黄毛草莓种质的分子鉴定.基于二者合并序列的聚类分析结果与上述结果基本一致,但分支自展值达99%,表明该聚类分析结果更可靠.不同地理区域的黄毛草莓ITS序列间的遗传距离为0~0.014,排序为迪庆州>昆明市>文山州,psbA-trnH序列间的遗传距离为0~0.025,排序为昆明市>迪庆州>文山州,推测ITS和psbA-trnH序列均能显示黄毛草莓居群遗传分化与地理分布格局的相关性.ITS序列长度为668 bp,变异位点百分率为1.8%,共有8种单倍型,Hd和π分别为0.894±0.078和0.006,以昆明市黄毛草莓样品的单倍型最多,为4种;psbA-trnH序列有203 bp,变异位点百分率为2.5%,psbA-trnH序列共有5种单倍型,Hd和π分别为0.788±0.090和0.009,以昆明市黄毛草莓样品单倍型最多,为3种,表明两种序列的单倍型均呈现地理分布格局.黄毛草莓ITS和psbA-trnH序列的中性检验Tajima's D值分别为-0.673和0.227(P>0.1),表明云南省12个不同地理区域的黄毛草莓居群保持稳定状态,在截至目前的历史时间内不存在扩张.[结论]从云南不同地理区域采集的样品均为黄毛草莓.ITS序列和psbA-trnH序列均可作为黄毛草莓的DNA条形码,二者的合并序列更能准确鉴定黄毛草莓种,适用于黄毛草莓分子谱系地理学研究.     

基于DNA条形码的桑黄真菌分子鉴定

DNA条形码(DNA barcoding)技术是一种利用生物基因组内短遗传标签进行分类鉴定的方法。桑黄自古以来是一种名贵中药材,而市售桑黄主要依托简单的形态鉴定造成混淆众多。近年来大量研究表明,桑黄类真菌种类至少有7个种,并且其药效也不尽相同。【目的】为更准确、高效对桑黄类真菌进行鉴定,本研究以采集自西藏、吉林和浙江的3种桑黄子实体为材料,筛选最佳DNA条形码与相应PCR条件。【方法】利用组织分离获得3种桑黄纯培养菌株,分别编号为1713、1714和HS菌株。利用ITS、NL、rpb1、rpb2和ef1-α等7组DNA条形码分别对3种桑黄进行PCR扩增、测序、比对和发育树分析,并结合形态学特征,确定其最适DNA条形码和分类学地位。【结果】结果表明,ITS和NL条形码对3种桑黄均能够获得单一目的条带;rpb1Y、rpb2B和rpb2Y条形码特异性低,扩增后获得多个条带;而rpb1B和ef1-α条形码均无法获得条带。通过多序列比对,结合形态分析,确定1713菌株为桑黄纤孔菌(Inonotus sanghuang),而1714和HS菌株均为鲍姆纤孔菌(Inonotus baumii)。【结论】本研究确定ITS和NL为桑黄分子鉴定的最佳DNA条形码,其PCR最适退火温度范围分别为58～59℃和49～50℃,为桑黄真菌快速鉴定提供参考依据。     

青海栽培黄管秦艽的叶绿体DNA psbA-trnH核苷酸变异和遗传分析

[目的]研究青海栽培黄管秦艽（Gentiana officinalis H.Smith）的遗传多样性,对黄管秦艽遗传分化进行分析,为其品种选育提供建议。[方法]应用叶绿体DNApsbA-trnH序列对青海地区栽培黄管秦艽6个居群进行遗传多样性分析。[结果]共发现10种不同的单倍型,通过单倍型序列间比对,发现了7个变异位点,黄管秦艽具有较高的遗传多样性（h=0.771）,单倍型多态性水平（h）为0.563~0.857,核苷酸多态性水平（π）为0.002 43~0.006 31。居群遗传分化系数Gst为0.196 0,基因流Nm值为2.05,80.40%遗传变异主要存在于居群内。[结论]青海栽培黄管秦艽的种质遗传多样性较高,有利于培育高品质的药材。     

青海栽培黄管秦艽的叶绿体DNA psbA-trnH核苷酸变异和遗传分析(英文)

[目的]研究青海栽培黄管秦艽Gentiana officinalis H.Smith的遗传多样性,对黄管秦艽遗传分化进行分析,为其品种选育提供建议。[方法]应用叶绿体DNApsbA-trnH序列对青海地区栽培黄管秦艽6个居群进行遗传多样性分析。[结果]共发现10种不同的单倍型,通过单倍型序列间比对,发现了7个变异位点,黄管秦艽具有较高的遗传多样性(h=0.771),单倍型多态性水平(h)为0.563-0.857,核苷酸多态性水平(π)为0.00243-0.00631。居群遗传分化系数Gst为0.1960,基因流Nm值为2.05,80.40%遗传变异主要存在于居群内。[结论]青海栽培黄管秦艽的种质遗传多样性较高,有利于培育高品质的药材。     

基于ITS2序列的藏当归及易混植物DNA分子鉴定

笔者所在实验室长期从事藏药基源鉴定与药物开发,为了确保试验药材的质量及临床安全用药,运用ITS2条形码技术对采自西藏的藏当归及相似植物进行分子鉴定.首先,利用试剂盒提取植物叶片的DNA,对ITS2序列进行PCR扩增,双向测序后运用SeqMan组装.而后,基于ITS2 Database中的Annotate注释方法去掉两端的5.8S区和28S区获得ITS2条形码并预测二级结构,用MEGA 5.0软件进行遗传距离计算并构建系统进化树(NJ).分析发现,试验中的4种类似植物ITS2条形码间存在明显差异,结合二级结构、遗传距离、进化树位置及形态对比可知其分为3个物种并确定了其分类地位.试验证明,ITS2条形码可有效快速地鉴别易混中药材的种类,为保证其临床用药安全提供了简单、高效、准确的技术手段.     

基于ITS序列的竹亚科植物分子鉴定研究

利用ITS序列对竹亚科13个属76个竹种进行DNA条形码分子鉴定.该研究提取慈竹属、刚竹属、箬竹属、唐竹属、矢竹属、大明竹属、赤竹属、巴山木竹属、倭竹属、短穗竹属、簕竹属、酸竹属及少穗竹属共13个属62个竹种DNA,对其内转录间隔区ITS序列进行PCR扩增和双向测序,所得序列与GenBank数据库下载的14条ITS序列共76个竹种序列用Clustal X软件比对,再利用MEGA6.06软件构建K2P距离法的NJ系统发育树.结果显示,种内遗传距离为0~3.907,平均遗传距离为0.370;种间遗传距离为0~4.394,平均遗传距离为2.287,种内遗传距离远小于种间遗传距离.ITS序列可用于竹类资源的物种鉴定研究.     

倒卵叶五加药材的基原鉴定研究

[目的]应用DNA条形码鉴定技术对短柄五加等五加属植物进行研究,以弄清倒卵叶五加和短柄五加的物种关系.[方法]通过对馆藏标本与现地植物形态进行观测,采用通用引物ITS2和psbA-trnH对采自陕甘宁地区的短柄五加等50个样本进行扩增后双向测序,并从GenBank数据库下载了五加属等相关植物的序列,分别通过ITS2 database或其序列注释,获得ITS2和psbA-trnH序列,随后进行BLAST比对鉴定分析;用MEGA 6.06软件对所得序列进行比对,分析变异位点,计算GC含量、种内和种间遗传距离,构建NJ系统发育树.[结果]ITS2和psbA-trnH序列的PCR扩增和测序成功率均为100％;倒卵叶五加和短柄五加的植物形态、ITS2序列和psbA-trnH序列完全相同.ITS2序列:短柄五加和糙叶五加仅有一个碱基的差异,蜀五加与藤五加序列相同;psbA-trnH序列:短柄五加与糙叶五加的差异显著,短柄五加与蜀五加序列相同.[结论]同时使用ITS2、psbA-trnH这2个标记的DNA条形码可以准确鉴别短柄五加等五加属植物;短柄五加与倒卵叶五加为同一种植物.     

基于I TS序列对紫薇的分子鉴定

对紫薇属植物细胞核核糖体DNA转录间隔区（nrDNA ITS）序列进行分析,为紫薇植物的鉴定提供分子依据。通过提取紫薇幼苗总DNA,对nrDNA ITS序列进行PCR扩增测序,应用软件BioEdit、DNAMAN 进行序列分析, MEGA计算遗传距离,构建基于K2P模型的NJ系统发育树。测序得到2条nrDNA ITS序列,长度均为615 bp。序列分析结果显示,序列1与紫薇ITS序列相似性达99．03％,遗传距离为0．003,聚类分析归为一支;序列2与毛紫薇ITS序列相似性达98．55％,遗传距离0．007,聚类分析归为一支。试验结果说明,基于nrDNA ITS序列分析法,能够对紫薇属植物进行准确的分子鉴定,从而为紫薇属的种类鉴定和种间亲缘关系提供分子生物学理论依据。     

紫芝栽培新品种武芝2号基于rDNA-ITS和ITS2的分子鉴定与分析

[目的]探讨利用rDNA-ITS及其ITS2二级结构进行紫芝栽培新品种武芝2号(原名紫芝S2)的分子鉴定.[方法]通过第一代和第三代测序技术分别获得武芝2号的ITS序列,针对灵芝属(Ganoderma spp.)相关种类的ITS序列构建系统进化树进行分子分类鉴定,采用rDNA-ITS及相关引物序列进行BLAST比对分析...     

陕西省犊牛细菌性腹泻病原分离鉴定及敏感中药的筛选和初步应用

采取陕西省部分地区细菌性犊牛腹泻病料104份，进行病原细菌的分离鉴定，结果表明，引起该地区犊牛腹泻的细菌性病原主要是致病性大肠杆菌、沙门氏菌、魏氏梭菌、多杀性巴氏杆菌等；大肠杆菌主要以02、086、0138为优势血清型。根据抗生素及中药对分离菌的药敏试验结果，筛选出敏感中药并组方研制出”肠菌清散剂”进行临床防治试验，总有效率为88．9％。     

水鹿的分子鉴定

本试验根据线粒体D-loop区序列,设计了针对水鹿的特异性扩增引物,通过聚合酶链反应得到296bp的特异性片段,而猪、牛、羊、鸡等常见动物和其他鹿科动物均无此条带,并通过DNA测序法对扩增结果进行了验证。结果证明,该方法可靠、特异、通用、简单,可作为水鹿的一种有效的鉴定方法,在水鹿的保护工作中具有一定的作用。     

常用分子标记在月季种质鉴定和育种中的应用

介绍了几种常用分子标记及其在月季的遗传图谱构建、种质资源分类鉴定、分子标记辅助育种、品种注册和专利保护等诸多方面的应用。     

青海野生与栽培麻花艽psbA-trnH序列的比较

[目的]分析野生与栽培麻花艽（Gentiana straminea Maxim.）psbA-trnH序列的差异,为麻花艽的基源鉴定和品质评价提供分子依据。[方法]采用PCR扩增纯化后直接测序的方法,测定野生与栽培麻花艽cpDNA psbA-trnH核苷酸序列并作序列同源性分析。[结果]野生与栽培麻花艽的cpDNA psbA-trnH片段长度分别为316和317 bp,两者之间有4个碱基的变异。[结论]利用psbA-trnH区序列的差异可以鉴别野生与栽培麻花艽。     

鳗鲡幼苗种类的DNA指纹鉴定

养殖鳗鲡种苗来源日趋多样,确定鳗苗种类是决定养殖成败的关键因素之一。应用鳗鲡属鱼类mtDNA COI基因的保守序列设计一对特异性引物,对21批次,共109个白苗期鳗鲡样品进行种类鉴定。结果显示,应用该引物可以在所采集到的鳗鲡样品中扩增出652bp特异性基因片段,将样品COI基因序列与BOLD数据库中鳗鲡COI基因标准序列进行比对,共鉴定得7个种类归属,分别为日本鳗鲡A.japonica、美洲鳗鲡A.rostrata、欧洲鳗鲡A.anguilla、花鳗鲡A.marmorata、莫桑比克鳗鲡A.mossambica、吕宋鳗鲡A.luzonensis和太平洋双色鳗A.bicolor pacifica。对COI基因序列进行聚类分析,得到7个有很高节点支持率的主要类群。结果证实mtDNA COI基因在鳗鲡种类鉴定上具有很好的实用性。此外,在种类的鉴定中发现其中1批次的样品定种错误,有1个批次的鳗鲡样品中存在有2个种类的混杂,提示在实际的苗种养殖及交易中,对鳗鲡的种类鉴定上仍存在一定的错误和混杂,有必要引入DNA分子标记技术进行更加方便和准确的鉴定。     

DNA分子标记技术在四大怀药研究中的应用概况

DNA分子标记技术是比形态标记、细胞标记和生化标记理想的遗传标记技术,已经广泛应用于动植物和微生物的诸多研究中。但是它在四大怀药中的应用相对较少。因此,对几种DNA分子标记技术在四大怀药的遗传多样性、指纹图谱、居群遗传结构、品种鉴定和真伪品鉴别等方面的研究成果和新进展进行了综述,以期为四大怀药的深入研究提供参考。     

不同产地黄芩ITS2和psbA-trnH条形码序列分析

为吉林省野生黄芩种质鉴定提供参考,为建立黄芩鉴定标准化体系提供依据。使用中药DNA条形码鉴定技术,对目的片段进行扩增并分析,比较不同产地黄芩样本ITS2和psbA-trnH条形码片段的差异,寻找鉴别位点。10个不同产地野生黄芩药材的ITS2和psbA-trnH序列比对结果显示,在232 bp(ITS2)+318 bp(psbA-trnH),共550 bp的序列比对中,仅检测到1个"G"位点的插入/缺失,该位点位于ITS2矩阵的第53 bp处。在吉林省长春、向海、前郭、镇赉、洮南5个地区的野生样品中检测到1个"G"位点的插入/缺失,其他5个省份的样品中无此位点。