基于网络药理学和分子对接研究黄芪-丹参配伍治疗糖尿病溃疡的作用机制

目的基于网络药理学和分子对接验证探讨黄芪-丹参药对治疗糖尿病溃疡(Diabetic Ulcer)的作用机制。方法利用中药系统药理平台(TCMSP)和Uniprot数据库对人类已验证的黄芪-丹参药物作用靶点及有效成分进行筛选;通过检索人类基因数据库(GeneCards)和人类孟德尔遗传研究平台(OMIM)获取糖尿病溃疡的疾病靶点;筛选药物与疾病交叉靶点,应用Cytoscape软件构建“药物-成分-靶点”网络图;利用STRING平台搭建蛋白质互作网络(PPI);利用微生信平台进行KEGG通路分析和GO功能富集分析。基于Autodock和Pymol软件进行主要活性成分和关键靶点分子对接验证。结果本次研究包括46个化合物和152个关键作用靶点。通过拓扑分析得出主要活性成分槲皮素、山奈酚和木犀草素等治疗糖尿病溃疡可能与AKT1、TP53、TNF、IL6和VEGFA等蛋白密切相关,并通过血脂与动脉粥样硬化信号通路、TNF信号通路和IL-17信号通路等信号通路发挥主要作用。分子对接表明其主要活性成分与关键靶点具有良好的稳定性。结论通过网络药理学及分子对接验证了黄芪-丹参药对具有治疗糖尿病溃疡的效果,并对其治疗的作用机制进行了预测。     

基于网络药理学和分子对接验证探讨黄芪--大黄治疗糖尿病肾病的作用机制

目的 使用网络药理学方法探讨黄芪-大黄药对治疗糖尿病肾病的关键靶点基因及其潜在作用机制。方法从TCMSP数据库中筛选出黄芪-大黄药对有效组分及相应靶点,通过GeneCards、OMIM、Drugbank数据库得到糖尿病肾病靶点,使用Cytoscape3.7.0软件构建“药对-有效组分-交集靶点”网络图,将交集靶点上传至STRING数据库构建PPI网络图,利用Cytoscape3.7.0软件筛选关键靶点。在Metascape数据库分别进行GO和KEGG富集分析,使用在线作图网站微生信将结果可视化,并进行分子对接验证。结果 筛选得到黄芪-大黄药对中活性成分23种,对应潜在作用靶点354个,药对治疗糖尿病肾病可能与槲皮素、山奈酚、7-O-甲基异丙醇胺、β-谷甾醇、芒柄花黄素等有效成分有关,其发挥重要作用的交集靶点可能为AKT1、TP53、TNF等。KEGG富集表明主要与糖尿病并发症中的衰老信号通路、IL-17信号通路有关。分子对接表明其主要活性成分与关键靶点具有良好的稳定性。结论 本研究初步揭示了黄芪-大黄药对多种成分、多个靶点和多条通路相互作用治疗糖尿病肾病的机制,为糖尿病肾病治疗提供理论基础。     

茶叶抗癌作用机制的网络药理学分析

目的:通过网络药理学的方法探究茶叶抗癌的作用机制,为揭示茶叶抗癌的科学内涵提供新思路.方法:通过中国知网进行文献研究,收集茶叶中主要的化学成分;利用化源网检索进一步确定各个化学成分的化学结构式,并使用ChemBioDraw软件手动画取;将取得的化学结构式导入SwissTargetPrediction数据库预测成分的作用靶点;利用Genecards和Drugbank两个数据库获取癌症相关靶点;通过String数据库构建PPI网络,并根据Degree值的大小筛选核心靶点;采用Metascape数据库对核心靶点进行GO及KEGG富集分析.结果:通过文献研究最终纳入茶叶中13个化学成分,共预测出165个作用靶点;纳入癌症相关靶点3350个;通过PPI确认IL6、VEGFA、TNF等40个核心靶点;GO生物功能富集分析发现,积极调控细胞迁移、调节平滑肌细胞增殖、对氧气水平的反应等生物过程;膜筏、细胞质核周区域、转录因子复合体等细胞组成;细胞因子受体结合、内肽酶活性、蛋白磷酸酶结合等分子作用;KEGG信号通路结果显示,主要涉及多种癌症的相关通路、PI3K-Akt信号通路和NF-κB信号通路等.结论:茶叶中儿茶素及其酯类衍生物可能是起抗癌作用的主要成分,多成分多靶点的综合调控是茶叶发挥药效物质基础的主要优势.     

基于网络药理学探究百合治疗肺癌的作用机制

目的 利用网络药理学的方法探讨百合治疗肺癌多靶点,多成分,多通路的作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索出百合化学成分,筛选出化学成分的蛋白靶点,从UniProt数据库获得蛋白靶点的简称,Gene Cards数据库、DisGe NET数据库查找到疾病靶点。利用Venny2.1.0数据库,筛选药物和疾病的交集,并将交集靶点导入STRING网站分析,STRING数据库构建PPI靶点互作图,将数据导入Cytoscape靶点构建蛋白质相互作用网络(PPI),确定出核心靶点,借助Cytoscape3.7.0软件构建药物-成分-作用靶点网络。通过Metascape分析网站进行KEGG和GO富集分析。结果在TCMSP共获得化学成分84个,甄别后确定16个化学成分、80个靶点蛋白。通过GeneCard和DisgeNeT检索得到疾病靶点5702个。得到57个药物和疾病的交集靶点。构建药物-成分-靶点网络图,进行分析得到degree值较高的四个成分,分别是西多糖苷、大黄素、β-谷甾醇,豆甾醇。筛选得到TNF、TP53、MYC、JUN、ESR1等核心靶点。获得p53信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、Ras信号通路、TNF信号通路、NF-kappa B信号通路等。结论 网络药理学分析结果表明百合可通过多通路以及作用于多靶点来治疗肺癌,西多糖苷、大黄素、β-谷甾醇、豆甾醇等核心成分可能调节TNF、TP53、MYC、JUN、ESR1核心靶点来发挥作用。     

基于网络药理学探究林蛙油治疗慢性咳嗽的作用机制

目的利用网络药理学研究方法,探讨中药林蛙油中治疗慢性咳嗽的活性成分、作用靶点及相关通路,探究其作用机制。方法利用中国知网分别以林蛙油、哈蟆油、蛤蟆油为检索词进行检索,在已发表的相关研究文献中查找中药林蛙油的主要成分并进行筛选。利用GeneCards数据库、Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM)疾病数据库以及Drugbank数据库查找慢性咳嗽的疾病靶点并汇总。利用String网站软件构建蛋白质相互作用网络图。利用Metascape网站对林蛙油的药物靶点进行GO分析以及KEGG通路富集分析,并构建药物-有效化合物-通路-作用靶点网络图,确定中药林蛙油治疗慢性咳嗽的关键靶点。结果林蛙油治疗慢性咳嗽的关键靶点有AKT1、IL6、EGFR等12个,关键通路PI3K-Akt、AGE-RAGE等10条信号通路。结论综合林蛙油对慢性咳嗽的治疗机制研究,利用网络药理学方法推测,林蛙油通过多成分、多靶点治疗慢性咳嗽,并且有多条通路与慢性咳嗽疾病通路相匹配,所以中药林蛙油具有一定慢性咳嗽的治疗作用。     

基于网络药理学的人参、红参、黑参、人参叶、西洋参和三七抗心力衰竭的作用机制及活性成分研究

目的利用网络药理学的研究方法探究人参、红参、黑参、人参叶、西洋参和三七治疗心力衰竭的作用机制及不同药性的药物治疗心力衰竭的差异性。方法利用TCMIP v2.0、Swiss Target Prediction数据库并结合文献挖掘筛选各药物的成分及作用靶点;GeneCards、OMIM等数据库筛选有关心力衰竭靶点;取交集后将交集靶点通过String数据库构建靶点蛋白互作网络;运用GO、KEGG数据库对靶点基因信号通路分析;由Cytoscape.v3.7.2构建网络并挖掘人参、红参、黑参、人参叶、西洋参和三七治疗心力衰竭的作用机制并赋值法比较不同药性的药物治疗心力衰竭的差异。结果人参活性成分64种,红参活性成分30种,人参叶活性成分27种,西洋参活性成分26种和三七活性成分40种;各药物治疗心力衰竭潜在靶点分别为157、108、96、80、93、106个。GO功能富集显示各药物生物功能主要集中在炎症反应的调节、蛋白激酶活性等方面;KEGG通路富集显示各药物治疗心力衰竭主要涉及蛋白多糖、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性通路、PI3K-AKT等信号通路。对各药物成分、靶点、通路赋值得到温热性药物治疗心力衰竭的主要成分为人参皂苷Rh3等,主要靶点为CDK8、AGTR1、GYS1、MMP1,主要通路为脂质与动脉粥样硬化通路;寒性药物治疗心力衰竭的主要成分为人参皂苷Rh6等,主要靶点为CYP1A2、EPAS1、ATP1A3、ATP1A,主要通路为受体活化通路。结论通过构建“活性成分-靶点-信号通路-疾病”网络和赋值分析法,从多成分、多靶点、多通路角度阐释人参、红参、黑参、人参叶、西洋参和三七治疗心力衰竭的作用机制,分析比较不同药性治疗心力衰竭的的差异性,为后续研究中药传统功效提供了新的思路与基础。     

基于网络药理学研究五味子抗心力衰竭作用

目的 运用网络药理学方法系统研究五味子治疗心力衰竭（HF）的作用机制。方法 通过检索TCMSP数据库筛选五味子化学成分,构建药物-成分-靶点网络图。通过GeneCards数据库收集HF疾病靶点,将五味子与HF相关的靶点取交集,得到五味子治疗HF的靶点。通过STRING数据库构建交集基因的蛋白互作网络（PPI）,应用Cytoscape3.9. 2软件分析PPI网络中核心靶点,然后进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,构建“成分-靶点-疾病-通路”网络。结果发现五味子中8个化学成分,包括当归酰基戈米辛、五味子乙素、五味子醇乙、戈米辛R、五味子丙素、戈米辛R等和11个潜在作用靶点,ACHE、CHRM2、PTGS2、CHRM1、AR、KCNMA1、NR3C2、F2R、DPP4、NOS3、F10参与治疗HF作用。GO功能和KEGG通路富集分析结果显示这11个作用靶点主要涉及95个生物过程通路,与8条代谢通路相关。结论 基于网络药理学对五味子治疗心力衰竭（HF）的初步研究表明,五味子可通过多成分、多靶点干扰多条信号通路发挥治疗HF的效果,为阐述五味子治疗HF潜在作用机制提供理论依据。     

基于网络药理学探究柴胡-黄芩药对治疗高血压的作用机制

目的利用网络药理学研究方法,探讨药对柴胡-黄芩治疗高血压的的活性成分、作用靶点及相关通路,探究其作用机制。方法利用中药系统药理学数据库（TCMSP)获取柴胡和黄芩的主要活性成分,利用Uniprot数据库将靶点信息进行基因标准化处理,通过GeneCards、OMIM和Drugbank数据库查找高血压的疾病靶点,与Uniport数据库进行对比与筛选,取药物和疾病的交集靶点,将交集靶点导入STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络图,借助Cytoscape3.7.0靶点可视化软件对蛋白质互作网络图进行构建通过网络图筛选药物中的核心作用靶点,构建药物-有效化合物-作用靶点网络,通过Metascape生信在线分析网站对筛选出的靶点进行GO分子函数、GO生物过程、GO细胞组分以及KEGG通路富集分析。结果通过KEGG通路富集分析共获得201条信号通路,GO Molecular Functions富集分析中共得到188条GO功能条目,GO Biological Processes富集分析中共得到1700条GO功能条目,GO Cellular Components富集分析中共得到100条G...     

基于网络药理学研究人参治疗心肌纤维化的相关机制

目的 运用网络药理学的方法探讨人参相关活性成分治疗心肌纤维化(myocardial fibrosis,MF)的分子作用机制.方法 通过TCMSP数据库和文献挖掘获取人参的主要活性成分,利用人类基因数据库GeneCards预测和筛选人参活性成分的作用靶点.采用String数据库和Cytoscape 3.8.2软件绘制蛋白...     

基于网络药理学探究人参、红参与黑参治疗气虚的药效物质基础与机制

目的 基于网络药理学探究人参、红参与黑参治疗气虚的药效物质基础与机制。方法 通过查阅文献,筛选三种人参的有效成分和靶点。采用Swiss target prediction等平台预测其有效成分与靶点信息。结合GeneCards数据库检索与气虚相关的靶点,运用Cytoscape 3.7.2软件,构建药物-活性成分-靶点-疾病网络图。在String平台上构建靶点蛋白互作网络,利用R软件对关键靶点基因进行KEGG通路富集分析,揭示三种人参治疗气虚的作用机制与潜在信号通路。结果 经条件筛选,人参中kaempferol(山奈酚)、Ginsenoside Rk2(人参皂苷Rk2)、20(S)-protopanaxatriol(原人参三醇)等23个核心成分可通过VEGFA(血管内皮生长因子A)、HPSE(乙酰肝素酶)、HSP90AA1(热休克蛋白90AA1)等19个核心靶点作用于115条通路上;红参中Panaxytriol (人参三醇)、20 (R)-Ginsenoside Rh1 (人参皂苷Rh1)、Ginsenoside Rk2 (人参皂苷Rk2)等17个核心成分可通过VEGFA(血管内皮生长因子A)、HPSE(乙酰肝素酶)、HSP90AA1(热休克蛋白90AA1)等11个核心靶点作用于83条通路上;黑参中Ginsenoside Rk3(人参皂苷Rk3)、Ginsenoside Rh3(人参皂苷Rh3)、Ginsenoside Rh4 (人参皂苷Rh4)、Ginsenoside Rk1 (人参皂苷Rk1)4个核心成分可通过VEGFA(血管内皮生长因子A)等5个核心靶点作用于33条通路上。三种人参主要涉及抑制细胞分裂周期、调节胰岛素代谢、控制炎症反应等方面,发挥多靶点、多通路治疗气虚的作用。结论 人参、红参与黑参及其活性成分可通过VEGFA (血管内皮生长因子A)、HPSE (乙酰肝素酶)、HSP90AA1(热休克蛋白90AA1)等多个关键靶点干预PI3K-Akt信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等。进一步揭示了三种人参可通过多个靶点、多条通路发挥治疗气虚的作用。预测三种人参对于气虚的治疗作用为:人参>红参>黑参。     

基于网络药理学探讨西洋参预防病毒性肺炎的可行性

目的 探讨西洋参预防病毒性肺炎的可行性.方法 以西洋参的主要入血活性成分为研究对象,通过文献检索及TCMSP、GeneCard、SwissTargetPrediction、String和DAVIDE工具,基于网络药理学方法 构建中药-成分-靶点-通路-疾病网络图,分析重点靶点和主要的作用通路.结果 得到西洋参的14个入...     

基于HPLC指纹图谱及内含成分结合网络药理学的雨花茶抗肿瘤机制研究

利用高效液相色谱（HPLC）对不同产地雨花茶中儿茶素组分进行分析与评价，并基于中药网络药理学探讨雨花茶抗肿瘤的潜在作用机制。采用HPLC法建立12批雨花茶的指纹图谱并对其进行含量测定。基于TCMSP、Swiss Target Prediction、PubChem和UNIPROT数据库获取雨花茶中7个成分的靶点信息并导入Cytoscape软件构建成分-靶点网络，借助蛋白互作网络得到核心靶点，对核心靶点进行GO生物过程富集、KEGG通路富集，构建雨花茶抗肿瘤的主要成分-核心靶点-主要通路的网络。结果表明，不同产地雨花茶中儿茶素组分具有一定差异，表没食子儿茶素没食子酸酯为含量最高成分。网络药理学结果显示雨花茶中7个成分主要作用于134个靶点、165条通路发挥抗肿瘤作用，包括转录与凋亡相关的JUN、STAT3、MAPK3、TP53、MAPK1、FOS、ESR1、SP1及血管生成相关的HIF1A和炎症相关的RELA。本研究建立了不同产地雨花茶HPLC指纹图谱和多成分含量测定方法，可为雨花茶等的质量评价提供参考。雨花茶中多成分主要通过促凋亡、抗炎、抗氧化、抗缺氧等多种机制，产生抗肿瘤效应。     

基于网络药理学的人参、红参及黑参抗癌的作用机制及活性成分研究

目的 探讨人参、红参、黑参抗癌的作用机制及活性成分.方法 ①采用TCMSP、Swiss target prediction并结合相关文献对各药材的化学成分、靶点进行发掘、预测.②通过Gene Cards数据库获取癌症的靶点,得到的疾病靶点分别与人参、红参、黑参的靶点取交集得到各自抗癌的潜在靶点.③将得到的抗癌的潜在靶点...     

豨莶精醇对免疫性血小板减少症的网络药理学与实验研究

目的 通过网络药理学的方法,研究豨莶精醇对免疫性血小板减少症的作用及作用机制,并通过细胞实验对其作用进行初步探究.方法 通过SwissTargetPrediction数据库绘制豨莶精醇结构,预测豨莶精醇作用的靶点,通过GeneCards数据库,以"Immune Thrombocytopenia"为关键词获取疾病相关靶点...     

基于网络药理学的人参、红参及黑参抗肺气虚的作用机制与物质基础研究

目的 运用网络药理学研究方法探讨人参,红参及黑参抗肺气虚的作用机制与物质基础.方法 ①通过TCMSP并结合相关文献筛选人参,红参及黑参的化学成分和靶点;②采用人类基因数据库Gene Cards获取慢性支气管炎的相关靶点,再将疾病靶点分别与人参、红参及黑参的靶点取交集;③得到各药物和疾病的共同靶点后在STRING数据库中...     

绿茶EGCG防癌作用的分子靶点

表没食子儿茶素没食子酸酯（EGCG）是绿茶中含量最高、活性最强的多酚类成分。近年来绿茶EGCG癌症预防作用的分子靶点一直备受关注。本文对已报道的EGCG癌症预防作用机制及其可能的作用靶点进行了综述,讨论了将EGCG开发为癌症化学预防剂应采取的策略,以期为设计预防癌症的新方案提供借鉴。     

鹿茸及其活性成分对心血管系统保护作用机制研究进展

目的总结鹿茸及其活性成分对心血管疾病的保护作用机制,为治疗心血管疾病的新药研发提供参考,为鹿茸的临床应用提供理论依据。方法以“鹿茸”、“鹿茸多肽”“鹿茸胶原”、“心血管”、“机制”、“Velvet anlter”、“Cardiovascular”、“Mechanism”等为关键词,在中国知网、万方数据库、维普网、Pubmed Google学术等数据库平台中组合查询历年发表的相关文献,归纳鹿茸及其活性成分对心血管疾病的保护作用及机制。结果与结论共检索到相关文献84篇,其中有效文献50篇。鹿茸及其活性成分(包括鹿茸多肽.鹿茸蛋白、鹿茸精等)对心血管疾病(心肌梗死、心肌缺血再灌注损伤、心力衰竭高血脂症等)均具有良好改善作用,如通过抗氧化抑制心肌细胞凋亡、促进小动脉生成等作用机制改善心肌梗死;通过抑制自由基产生、防治钙超载、提高心肌抗氧化能力等作用机制改善心肌缺血再灌注损伤;通过抑制交感神经、调节心肌收缩力异常等作用机制改善心力衰竭。鹿茸成分复杂,其治疗心血管疾病的作用机制可能是多种活性成分共同作用的结果,建议开展更多的研究以进一步明确其活性成分在治疗心血管疾病方面的作用机制,拓展鹿茸及其活性成分的临床应用,为其后续开发提供参考。     

茶多酚抗肥胖作用研究进展

随着肥胖率持续增高,寻求天然抗肥胖药物成为人们持续关注的热点。茶多酚是茶叶中主要活性成分,大量研究表明其在抗肥胖方面具有良好的作用效果,可通过调节酶活性,抑制脂肪的积累、促进脂肪氧化,刺激机体能量的消耗、调控信号通路,减轻肥胖炎症、调节肠道菌群紊乱,促进优势菌增长等途径有效预防和控制肥胖。本文综述了近年来茶多酚调控肥胖的药理活性及作用机理,从而为开发天然减肥功能食品和药物提供有益参考。     

对瓜类疫霉菌诱导响应的黄瓜WRKY转录因子筛选研究

以黄瓜感病品种‘B80’为材料并通过RT-qPCR技术,针对黄瓜全基因组54个CsWRKYs基因,在瓜类疫霉菌侵染后对其进行表达分析,并在水杨酸（SA）和茉莉酸甲酯（MeJA）处理下对受瓜类疫霉菌诱导（或抑制）基因进行表达检测,分析其可能参与的抗病相关信号通路。研究结果表明：15个CsWRKYs基因（CsWRKY3、11、13、21、22、23、26、31、34、41、44、46、48、52和56）受瓜类疫霉菌诱导上调表达,仅CsWRKY6受瓜类疫霉菌抑制下调表达。在SA和MeJA处理下,7个CsWRKYs基因（CsWRKY26、34、41、46、48、52和56）受SA诱导,CsWRKY44同时受SA和MeJA诱导,CsWRKY6受MeJA抑制下调表达,推测 7个基因（CsWRKY26、34、41、46、48、52和56）可能通过SA介导的信号通路调控植物对病原菌的响应;CsWRKY6可能通过JA介导的信号通路调控植物防御反应过程;CsWRKY44则可能同时参与SA和JA介导的抗病相关信号通路。     

保护品种云茶1号茶树全长转录组测序分析

为探讨云茶1号茶树品种优异性状的遗传基础,采用Pac Bio平台进行全长转录组测序,最终获得Polished consensus序列213 389个,预测到CDS有223 120个,检测到195 062个SSR位点。在NR数据库有170 264个同源序列比对到980个物种;有103 124个在KOG数据库得到注释,根据其功能各分为26类;有65 524个得到GO注释分为细胞组分、分子功能及生物学过程等三大类的55个功能组;根据KEGG数据库,105 972个得到了注释,涉及到216个代谢途径分支,包括茶叶品质、活性物质代谢以及抗逆等相关基因等;还预测到隶属于60个转录因子家族的转录因子有5 785个。这些结果为进一步开展云茶1号茶树特异性状基因的标记性引物开发、遗传研究以及品质形成和抗逆机制研究奠定了基础。