桑叶育和人工饲料育家蚕蛹期转录组的差异分析

用人工饲料饲养的家蚕存在生长发育状况差、产丝量低、造卵数少、活力弱等问题.为解析造成这些问题的分子机制,采用高通量测序的方法,比较桑叶育和人工饲料育家蚕化蛹第3天雌雄蛹的转录组差异.结果显示,与人工饲料育家蚕相比,桑叶育家蚕雌蛹中共鉴定出61个差异表达基因,其中45个基因上调表达,16个基因下调表达;雄蛹中共鉴定出227个差异表达基因,其中134个基因上调表达,93个基因下调表达.结合GO分析和KEGG通路分析,发现雌蛹中差异表达基因显著富集在细胞色素P450对外源物质代谢的通路,而雄蛹中差异表达基因主要富集在糖胺聚糖降解、糖酵解和糖异生等途径.人工饲料喂养组中雌蛹的谷胱甘肽-S-转移酶基因表达显著下调,可能影响雌蚕体内激素的合成,从而影响生殖;而雄蛹中丙酮酸激酶基因的表达显著下调,可能影响正常的能量代谢,从而导致雄蛾活力不高.     

微量菊酯类农药对家蚕细胞色素P450酶9家族基因转录水平的影响

昆虫细胞色素P450酶广泛分布于各种需氧生物,是一类参与机体代谢解毒或代谢活化作用的超家族酶系。分析家蚕细胞色素P450酶基因表达对微量菊酯类农药的响应,有助于从分子水平阐释家蚕对农药的生理代谢机制,以及探讨细胞色素P450酶活性与家蚕对农药耐受性的关系。以对菊酯类农药耐受性不同的2个家蚕品种为材料,采用实时荧光定量PCR方法,检测分析2个家蚕品种5龄第3天幼虫添食微量(0.02 mg/L)氰戊菊酯后主要解毒组织中肠和脂肪体中3个P450酶9家族基因的转录水平变化及在品种间存在的差异,结果表明:敏感性家蚕品种Lan5的幼虫脂肪体组织中CYP9a19和CYP9a20基因m RNA的转录水平与对照组幼虫相比显著下调,在中肠组织中2个基因的转录水平变化不大,而CYP9a22基因m RNA在中肠和脂肪体中的转录水平均无显著变化;耐受性家蚕品种Mysore的幼虫中肠组织中CYP9a19和CYP9a22基因m RNA的转录水平与对照组幼虫相比均显著上调,CYP9a20基因m RNA在脂肪体组织中的转录水平也显著上调。研究结果提示:细胞色素P450酶9家族基因的转录水平变化,可能与家蚕不同品种对菊酯类农药的耐受性差异有关。     

二斑叶螨抗甲氰菊酯种群解毒酶基因表达分析

基因mRNA水平相对表达量的显著变化是二斑叶螨对拟除虫菊酯类药剂产生抗性的重要机制。为了揭示二斑叶螨对甲氰菊酯抗性产生的解毒酶分子机理,本研究采用实时荧光定量PCR(quantitative real time PCR, qRT-PCR)方法分析二斑叶螨实验室敏感(SS)和田间种群(LZ-R、GN-R、WW-R、TS-R和LX-R)主要解毒酶谷胱甘肽转移酶(glutathione s-transferases, GSTs)、细胞色素P450单加氧酶(cytocheome P450 monooxygenases, P450s) 及羧酸酯酶(carboxyl/cholinesterases, CCEs)基因mRNA水平相对表达量的差异。结果表明,二斑叶螨不同种群不同解毒酶基因的相对表达量不同。WW-R和TS-R种群中TuGSTd05以及LX-R种群中TuGSTd01和 TuGSTd06基因表达量均显著上调,为SS种群的1.42~2.34倍,而GN-R种群中TuGSTd04,LZ-R种群中TuGSTd05 和GSTd09表达量显著下调,为SS种群的0.41~0.70倍;P450s基因CYP406A1 和CYP4CL1表达量在LZ-R、GN-R以及WW-R种群中均显著上调,分别为SS种群的1.80~4.88倍,此外,CYP387A1在LZ-R种群中显著上调2.19倍,而在LX-R种群中显著下调0.42倍;CCEs基因TuCCE-35表达量在WW-R和TS-R种群中显著上调,分别为SS种群的2.82和3.09倍,而TuCCE-36基因在所有种群中的表达量均不显著。二斑叶螨不同种群中解毒酶基因GSTs、P450s 和CCEs的显著上调或下调可能与甲氰菊酯的抗性形成有关。     

基于高通量测序的猪鞭虫雌、雄虫差异基因表达分析

为了探明猪鞭虫(Trichuris suis)雌、雄虫的转录组差异,丰富T.suis转录组数据信息,利用Illumina Hiseq2000对临床采集的T.suis雌、雄虫进行高通量测序,将组装得到的Unigenes在NR、GO、COG和KEGG数据库中比对注释,并进行差异表达基因分析。结果,T.suis雌、雄虫分别获得59 657 854条和48 414 184条高质量测序数据,分别组装获得21 026个和28 886个Unigenes。注释到NR、GO、COG和KEGG数据库的雌虫Unigenes数量分别为11 700、2 287、1 650和9 690个,雄虫Unigenes数量分别为12 902、2 414、1 791和10 377个,在NR数据库比对显示84.90%以上信息均来源于猪鞭虫。T.suis雌、雄虫共有4 320个差异表达基因。以雌虫为对照,雄虫中共有3 496个基因表达上调,有824个基因表达下调。共有906个差异表达基因获得160个KEGG通路富集,其中显著富集通路7个。在T.suis转录组中发现了许多重要基因的表达,包括与T.suis繁殖相关的主要精子蛋白、组蛋白H2A/H2B及卵黄蛋白原,与T.suis致病性、免疫及炎症调节相关的蛋白酶、丝氨酸蛋白酶抑制分子和半胱氨酸蛋白酶抑制分子,以及众多未知功能的基因。本研究揭示了T.suis雌、雄虫差异表达基因的数量,获得了这些差异表达基因的功能、分类和代谢通路注释,为丰富T.suis转录组信息,揭示鞭虫与宿主互作特点及抗鞭虫靶点药物研发奠定基础。     

家蚕经菊酯类农药诱导后脂肪体蛋白的表达谱及烯醇酶基因的组织转录活性

为了从蛋白质水平探讨家蚕对菊酯类农药的抗性机制,采用双向电泳结合基质辅助质量飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术,分析家蚕5龄幼虫经氯氰菊酯诱导前后脂肪体蛋白的表达特征。采用ImageMaster6.0软件分析表明,对照组共检测到432个蛋白点,诱导实验组检测到369个蛋白点,其中能匹配的蛋白点有342对,匹配率为76.68%。对特征蛋白进行MALDI-TOF-MS分析鉴定的蛋白包括烯醇酶、线粒体醛脱氢酶、伴侣素、肌动蛋白、gag-like蛋白。烯醇酶(enolase)是糖酵解过程中极为重要的酶类。采用半定量RT-PCR对经氯氰菊酯诱导后的家蚕脑、中肠、丝腺、脂肪体、精巢、马氏管、血液等7个组织器官的烯醇酶基因进行表达分析,结果表明,烯醇酶基因转录水平在7个组织器官中都呈现下调趋势,分别下调了13.79%、10.71%、22.48%、7.40%、27.00%、11.50%、14.52%,其中脂肪体的烯醇酶基因表达和蛋白的表达下调一致。受菊酯类农药诱导的影响,家蚕5龄幼虫脂肪体蛋白的数目减少,烯醇酶基因在各组织器官减量表达,提示可能与蚕体的基础生理代谢受到抑制有关。     

球孢白僵菌侵染对桑天牛幼虫解毒酶活性的影响

为明确球孢白僵菌(Beauveria bassiana)对桑天牛(Apriona germari Hope)的致病机制,探讨了球孢白僵菌侵染对桑天牛幼虫解毒酶系的影响,对用球孢白僵菌处理后不同时间桑天牛幼虫体内羧酸酯酶、谷胱甘肽-S-转移酶和乙酰胆碱酯酶活性进行了测定。结果表明球孢白僵菌对上述3种酶的活性有显著影响,其中对羧酸酯酶和谷胱甘肽-S-转移酶活性的影响,均表现出先刺激后抑制的作用;而对乙酰胆碱酯酶活性的影响则呈先抑制后激活再抑制再激活的趋势。     

单宁酸对豌豆蚜谷胱甘肽-S-转移酶活性与基因表达的影响

本研究通过测定单宁酸(2 g·L^-1)处理豌豆蚜(Acyrthosiphon pisum) 48 h后体内谷胱甘肽-S-转移酶(GST)活性以及不同组织GST基因转录水平的变化,以明确单宁酸对GST活性以及基因表达的影响。结果表明：豌豆蚜取食单宁酸(2 g·L^-1) 48 h后,GST活性下降。相比不处理对照,经单宁酸处理后,豌豆蚜头部有7个GST基因上调表达,其中ApGST104、ApGSTX1上调表达3倍左右;胸部有10个GST基因上调表达,其中ApGSTD6上调表达6.4倍;腹部有10个GST基因上调表达,其中ApGST101、ApGST105上调5倍左右;中肠有9个GST基因上调表达,其中ApPGST105上调表达3.2倍。从结果可以看出,单宁酸对豌豆蚜GST基因的表达产生了影响,部分GST基因显著上调表达(P <0.05),表明GST基因可能在豌豆蚜对单宁酸的代谢中发挥重要的作用。     

热应激造成奶牛乳腺上皮细胞损伤并影响乳合成相关载体的基因表达

本试验以奶牛乳腺上皮细胞为模型,旨在寻找热应激下调奶牛泌乳功能的相关因素。42℃高温处理奶牛乳腺上皮细胞0、0.5、1、1.5、2、4、8及12h,检测其对细胞活率,线粒体膜电位,热休克分子及蛋白基因、氧化应激相关基因以及氨基酸和葡萄糖转运载体基因表达的影响。结果显示,不同时间热处理显著降低乳腺上皮细胞活率(P0.05),损伤细胞线粒体膜电位。HSP27基因表达显著下降(P0.05),HSP70基因表达显著上调(P0.05),HSP90基因表达在前4h显著上调(P0.05),后恢复至正常水平,HSF-1基因表达在某些时间点显著上调(P0.05)。氧化应激相关基因Keach样环氧氯丙烷相关蛋白-1(Keap1)表达无显著变化(P0.05),核因子E2相关因子2(Nrf2)表达显著上调(P0.05),NAD(P)H脱氢酶醌-1(NQO1)表达显著上调(P0.05)。跨膜氨基酸转运载体SLC7A7基因表达在1h和4h显著上调(P0.05)。葡萄糖转运载体GLUT1及GLUT8基因表达显著下调(P0.05)。葡萄糖转运载体GLUT12在热处理0~2h表达显著上调,4~12h显著下调(P0.05)。热应激能够显著降低奶牛乳腺上皮细胞活率,引起氧化应激,改变热休克蛋白和分子及跨膜转运载体的基因表达。     

不同生物型牛病毒性腹泻病毒感染MDBK细胞后免疫相关基因表达谱分析

为研究牛病毒性腹泻病毒（BVDV）感染细胞后的免疫相关基因在不同时间差异表达,以及细胞病变型（CP）和非致细胞病变型（NCP）牛病毒性腹泻病毒感染MDBK细胞后免疫相关基因表达差异及功能,本研究采用基因表达谱芯片技术,将BVDV NM01株和JL株分别接种MDBK细胞,同时设正常细胞对照,分别将接种48 h、72 h和96 h后的细胞和对照细胞收集,提取总RNA,进行免疫相关基因扫描分析。实验结果显示：BVDV感染后48 h,MN01株病毒感染细胞有9个基因上调,1个基因下调;JL株有3个基因上调,3个基因下调;感染后72h,MN01株病毒感染细胞有33个基因上调,14个基因下调;JL株有15个基因上调,8个基因下调;感染后96 h,MN01株病毒感染细胞有43个基因上调,30个基因下调;JL株有7个基因上调,7个基因下调。通过研究不同生物型BVDV感染MDBK细胞后相关免疫基因表达情况,为进一步了解BVDV感染细胞的免疫机理提供了线索。     

家蚕丝腺发育相关基因Bmsage缺失突变体的RNA-seq分析

Bmsage是在家蚕丝腺中特异表达的基因,之前的研究明确其对丝素重链基因fib-H转录具有调控作用。在开展Bmsage功能的研究中,运用CRISPR/Cas9基因敲除系统,获得了Bmsage缺失的纯合突变体家蚕,其表型特征是幼虫的丝腺异常发育,缺失中部丝腺和后部丝腺。以Bmsage缺失型家蚕及正常型家蚕产下后5 d的卵为材料,应用RNA-seq测序技术在转录水平上获得194个差异表达基因。对Bmsage缺失型家蚕突变体胚胎期的这些差异表达基因进行GO功能注释,结果显示:Bmsage基因缺失后,对家蚕生理功能的影响主要集中在一些细胞组分,如与肌肉功能相关的肌球蛋白基因和肌钙蛋白基因都明显上调表达,与碳水化合物代谢相关的基因如多种凝集素基因和糖苷酶基因,除个别下调表达外,其余均上调表达;排在前10的GO term中,出现较多的是与几丁质分解代谢相关的几丁质酶基因和多种丝氨酸蛋白酶抑制剂基因。KEGG信号通路分析显示:差异基因主要与一些糖类、脂类和氨基酸的代谢的信号通路相关,其中又以糖类代谢为主,如半乳糖代谢、糖胺聚糖降解及氨基糖和核苷酸糖代谢,所以Bmsage可能参与了多个糖类代谢途径;在差异基因中,与丝腺发育关系最大的是几丁质酶基因、β-N-乙酰葡糖胺糖苷酶基因和丝氨酸蛋白酶抑制剂基因,以及一些转运RNA基因(如TRNAE-CUC、TRNAN-GUU、TRNADGUC和TRNAV-GAC)。因此推测Bmsage可能通过复杂的调控网络,参与了丝腺组织的分化与形成过程。     

基于转录组测序分析细粒棘球绦虫原头蚴与巨噬细胞RAW264.7免疫互作相关基因

旨在解析细粒棘球绦虫原头蚴与巨噬细胞RAW264.7免疫互作相关的基因,为进一步阐明细粒棘球绦虫原头蚴调控宿主免疫反应及寄生适应机制提供理论依据。将细粒棘球绦虫原头蚴和巨噬细胞RAW264.7共培养24 h,收集原头蚴和RAW264.7细胞,提取总RNA,构建cDNA文库,利用RNA sequencing技术进行转录组测序分析。当细粒棘球绦虫原头蚴与巨噬细胞RAW264.7共培养24 h后,和0 h对照组相比,原头蚴处理组分别有435个基因的表达出现显著差异变化,其中,上调表达的基因为227个,包括HSP70、HSP10、Eg95前体分子、AgB、FABP和囊泡运输蛋白SC22B等;下调表达的基因为208个,包括EF-hand蛋白、Cathepsin、跨膜蛋白144、内固醇类受体和MAPK7等。GO分析结果表明,差异表达的基因主要富集在血红素转运、铁配位实体运输、细胞外间质、核糖核酸酶MRP复合物、丝氨酸型内肽酶抑制剂活性以及α-半乳糖苷酶活性等过程。KEGG分析结果表明,差异表达的基因主要参与剪接体、内吞作用、内质网的蛋白质处理、吞噬体、MAPK信号通路以及钙信号通路等。当巨噬细胞RAW264.7与细粒棘球绦虫原头蚴共培养24 h后,和PBS对照组相比,原头蚴处理组的RAW264.7细胞共有3 745个基因的表达出现显著变化,其中,1 159个基因出现上调表达,2 586个基因出现下调表达。GO分析结果显示,差异表达基因主要富集在代谢过程、细胞内组分、细胞内、细胞器以及膜结构细胞器等。KEGG信号通路的分析结果表明,差异表达的基因主要参与代谢通路、核糖体通路、剪接体通路、RNA转运以及泛素介导的蛋白水解等通路。同时研究随机选取了部分差异表达的基因进行了qRT-PCR验证,结果表明,其表达趋势与RNA-seq结果一致。综上所述,当细粒棘球绦虫原头蚴面对宿主巨噬细胞免疫压力时,可引起其基因的差异表达,其中,原头蚴中的AgB、FABP1和Kunitz型丝氨酸蛋白酶抑制剂等具有免疫调节作用的分子表达明显上调,推测其可能参与宿主的免疫调控,进而有利于虫体在宿主的寄生和免疫逃避。     

农药氰戊菊酯和杀虫双诱导家蚕血液蛋白的变化

为了解析家蚕对常用农药氰戊菊酯和杀虫双的解毒机制,分别给家蚕5龄幼虫添食2种农药,观察家蚕对农药的中毒症状,采用双向电泳(2-DE)技术对添食农药的家蚕幼虫的血液蛋白进行分离,利用电喷雾电离(ESI)质谱对具有2次以上重复的显著差异蛋白点进行鉴定,并用生物信息学方法进行分析。家蚕5龄幼虫分别添食1/4LD50剂量浓度的2种农药后,均在3～12h内出现中毒症状,且血液蛋白的表达也发生了变化:在氰戊菊酯诱导下,幼虫血液中增加了纤维样蛋白、果糖-1,6-二磷酸醛缩酶、半胱氨酸蛋白酶抑制剂;在杀虫双诱导下,幼虫血液中增加了丝氨酸蛋白酶抑制剂-13;经2种农药分别诱导处理后3h,幼虫血液中都减少了体液低分子蛋白-Ⅲ的表达。推测家蚕对氰戊菊酯和杀虫双具有一定的免疫反应。     

不同月龄滩羊背最长肌组织的基因表达谱分析

为了解析滩羊肌肉生长发育的调控机理,本研究以1月、6月和10月龄滩羊的背最长肌组织为研究对象,采用转录组测序技术构建了其基因表达谱,并通过生信分析筛选与肌肉发育相关的关键候选基因。结果表明：1月龄组和6月龄组相比,表达上调基因为428个,下调基因为236个,1月龄组和10月龄组相比,表达上调基因为1 204个,下调基因为927个,6月龄组和10月龄相比,表达上调基因为254个,下调基因为188个。对不同比较组别的差异表达基因取交集发现：表达逐步上调的基因共10个,包括CSRP3、ARNTL和BDNF等促进肌肉发育的基因,而表达逐步下调的基因共16个,包括IGFBP5和ANGPT1等抑制肌肉发育的基因。qRT-PCR验证结果显示：CSRP3、IGFBP5等基因的表达趋势同转录组分析结果基本一致,提示上述26个基因适合作为下一步研究的候选基因。本研究成功构建了不同月龄滩羊背最长肌的基因表达谱,并通过生信分析筛选得到调控滩羊肌肉发育的关键候选基因,为深入解析滩羊肌肉发育的分子机制提供了可靠信息。     

低蛋白氨基酸平衡日粮添加半胱胺对生长猪肉质和相关基因表达的影响

旨在研究低蛋白氨基酸平衡日粮添加半胱胺对生长猪肉质和相关基因表达的影响。试验采用2×2因子试验设计,选取(42.18±0.70)kg左右的杜×长×梅阉公猪120头,随机分为4处理,每个处理5个重复,每个重复6头猪,日粮蛋白水平为16%和12%,半胱胺添加水平为0和100mg·kg-1。试验期为31d。结果表明,低蛋白氨基酸平衡日粮显著降低了生长猪背最长肌的剪切力值(P0.05),显著增加了肌内脂肪的含量(P0.05),上调了固醇调节元件结合蛋白1c(SREBP-1c)、脂肪酸合成酶(FAS)、硬脂酰辅酶A脱氢酶(SCD)、μ-钙蛋白酶的mRNA表达量(P0.05),下调了激素敏感脂酶(HSL)、肉碱脂酰转移酶1(CPT-1)、钙蛋白酶抑制蛋白的mRNA表达量(P0.05);半胱胺的添加下调了钙蛋白酶抑制蛋白的mRNA表达量(P0.05)。日粮蛋白水平与半胱胺添加之间不存在交互作用(P0.05)。结果提示,低蛋白氨基酸平衡日粮可能通过上调脂质合成相关基因的表达,下调脂质降解相关基因的表达来增加肌内脂肪含量,进而改善生长猪背最长肌嫩度,半胱胺的添加对生长猪肉品质未见明显影响。     

参与家蚕免疫反应的clip丝氨酸蛋白酶家族基因分析

丝氨酸蛋白酶在昆虫的新陈代谢和生长发育等多种生理过程中起重要作用,特别是含clip结构域的丝氨酸蛋白酶与昆虫的免疫级联激活途径密切相关。为探索家蚕clip丝氨酸蛋白酶在家蚕先天免疫反应信号通路中的作用,对家蚕(Bombyxmori)与烟草天蛾(Manduca sexta)中鉴定获得的含有clip结构域的丝氨酸蛋白酶进行序列比对和系统进化分析,发现BmSP78与MsPAP-1、BmSP127与MsHP8、BmSP124与MsHP1、BmSP125与MsHP17位于同一进化支上,4对clip丝氨酸蛋白酶的氨基酸序列相似度分别为70%、68%、81%和57%,另外的8个蛋白酶BmSP23、BmSP111、BmSP95、BmSP135、BmSP129、BmSP137、BmSP91和BmSP99构成了家蚕特有的一群clip丝氨酸蛋白酶。用革兰阴性细菌沙雷氏菌和革兰阳性细菌黑胸败血菌分别注射感染家蚕5龄第4天幼虫后,通过半定量RT-PCR检测分析clip丝氨酸蛋白酶基因在不同感染时间点的表达特征:病原菌诱导后蚕体中有11个clip丝氨酸蛋白酶基因mRNA转录水平有明显变化,其中BmSP102和BmSP96于黑胸败血菌诱导12 h后在血细胞中明显上调表达,而BmSP125在沙雷氏菌和黑胸败血菌感染12 h后的脂肪体中均明显上调表达。研究结果为建立家蚕clip丝氨酸蛋白酶可能参与的免疫级联反应路径提供了重要线索。     

基于RNA-seq数据鉴定苏姜猪肉质性状相关基因

试验通过对苏姜猪背最长肌和腿肌进行转录组分析,旨在挖掘影响苏姜猪肌肉肉质性状的候选基因。选取90和180日龄苏姜猪各3头,利用RNA-seq技术对90日龄苏姜猪背最长肌、180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌进行测序,对差异表达基因进行GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析。结果显示,180日龄苏姜猪背最长肌和90日龄苏姜猪背最长肌中有1 655个基因差异表达,其中474个基因表达上调,1 181个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,474个表达上调基因主要参与肌肉纤维、转录调节、钙信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、FOXO信号通路等生物学功能,1 181个表达下调基因主要参与免疫、造血、溶酶体、绑定、酶活性等生物学功能;180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌中有383个基因差异表达,其中70个基因表达上调,313个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,70个表达上调基因未能显著富集,313个表达下调基因主要参与细胞分化增殖、肌肉发育、细胞外基质、cGMP-PKG信号通路等生物学功能。本试验获得了苏姜猪背最长肌和腿肌组织的转录组信息,筛选出6个与苏姜猪肉质性状相关的候选基因：FOXO1、FOXO3、FOXO4、MYF6、A-FABP和H-FABP,为深入研究苏姜猪肉质性状的分子机理奠定基础。     

基于RNA-seq数据鉴定苏姜猪肉质性状相关基因

试验通过对苏姜猪背最长肌和腿肌进行转录组分析,旨在挖掘影响苏姜猪肌肉肉质性状的候选基因。选取90和180日龄苏姜猪各3头,利用RNA-seq技术对90日龄苏姜猪背最长肌、180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌进行测序,对差异表达基因进行GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析。结果显示,180日龄苏姜猪背最长肌和90日龄苏姜猪背最长肌中有1 655个基因差异表达,其中474个基因表达上调,1 181个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,474个表达上调基因主要参与肌肉纤维、转录调节、钙信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、FOXO信号通路等生物学功能,1 181个表达下调基因主要参与免疫、造血、溶酶体、绑定、酶活性等生物学功能;180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌中有383个基因差异表达,其中70个基因表达上调,313个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,70个表达上调基因未能显著富集,313个表达下调基因主要参与细胞分化增殖、肌肉发育、细胞外基质、cGMP-PKG信号通路等生物学功能。本试验获得了苏姜猪背最长肌和腿肌组织的转录组信息,筛选出6个与苏姜猪肉质性状相关的候选基因:FOXO1、FOXO3、FOXO4、MYF6、A-FABP和H-FABP,为深入研究苏姜猪肉质性状的分子机理奠定基础。     

不同MHC-DRB1单倍型哈萨克绵羊感染包虫病初期小肠组织差异表达基因筛选与分析

前期研究发现哈萨克绵羊的单倍型MHC-DRB1基因单倍型MvaIbc-SacIIab-Hin1Iab与细粒棘球蚴病(包虫病)抗性密切相关,但具体分子抗病机制尚不明确。本研究旨在筛选和分析不同MHC基因型哈萨克绵羊感染包虫病早期小肠组织差异表达基因。以PCR-RFLP方法根据MHC-DRB1单倍型选择抗病和非抗病哈萨克绵羊,将实验动物分为包虫病抗性组(A)、包虫病非抗性组(B)和健康对照组(C),A、B两组分别于人工感染包虫病后2、3、4 h采集小肠组织,以C组为对照,采用基因芯片的方法分析不同各组间小肠差异表达基因。结果表明:A组与C组相比差异表达的基因共4 712个,其中表达量上调的有1 959个,表达量下调的有2 753个;B组与C组相比差异表达的基因4 944个,其中2 076个表达上调,2 868个表达下调;同C相比,A和B同为上调或下调,且表达量差异显著的基因有141个,其中32个基因表达上调,109个基因表达下调。综上,差异基因主要涵盖了代谢、细胞进程等方面,KEGG分析显示出现频率最高的补体凝集素通路代谢途径值得关注。     

家蚕类胰凝乳蛋白酶基因的发掘与表达特征分析

类胰凝乳蛋白酶(CTLP)是鳞翅目昆虫幼虫中肠中的主要蛋白酶。基于构建的家蚕中肠等组织差异表达基因的SSH文库,发掘和克隆了一条新的家蚕类胰凝乳蛋白酶基因Ctlp(GenBank登录号:JQ081296)。该基因定位于18号染色体nscaf2901,靠近端粒,有5个外显子和4个内含子,全长cDNA序列976 bp,ORF为840 bp,编码279个氨基酸残基,信号肽序列1～18 aa(分值0.985),1～20 aa和50～100 aa区域为2个由内到外的跨膜螺旋,推测蛋白质相对分子质量为29 780.10,pI为8.75,蛋白质功能域(保守区)和分子进化分析显示其为丝氨酸蛋白酶家族的类胰凝乳蛋白酶。家蚕Ctlp基因具有在5龄幼虫中肠特异性高表达和伴随进食量增加而上调表达的特征,同时也具有性别差异性和熟蚕期特异性上调表达的现象,暗示CTLP可能具有促进消化以外的功能。构建pET32a-ctlp重组表达载体,SDS-PAGE分析和Western blot鉴定结果显示,重组蛋白在原核表达系统中的表达量较低。     

丹参多糖抑制氟苯尼考致肉鸡肝脏损伤的分子机制研究

本试验旨在探究丹参多糖缓解氟苯尼考致肉鸡肝脏损伤的转录组学靶点与通路。将30只1日龄肉鸡随机平均分成3组：空白对照组（LA组）饲喂自来水、氟苯尼考造模组（LB组）给予含0.15 g/L氟苯尼考的自来水、丹参多糖治疗组（LC组）给予含0.15 g/L氟苯尼考和5 g/L丹参多糖的自来水。从1日龄开始,连续给药5 d。于第6天各组分别随机取3只鸡,处死,无菌摘取其肝脏组织。肝脏组织经过RNA抽提、纯化和建库后,采用IlluminaHiSeq测序平台,对这些文库进行双末端测序。然后对原始下机数据进行过滤,将过滤后得到的高质量序列比对到该物种的参考基因组上。根据比对结果,计算每个基因的表达量。分别构建3组肉鸡肝脏的数字化基因表达谱（DGE）文库,比较DGE文库的差异表达基因,寻找基因表达差异最显著的关键基因,并进行GO功能注释、KEGG通路分析。结果显示：LA vs LB、LA vs LC及LB vs LC比较组分别筛选出1 989（上调基因495个,下调基因1 494个）、1 278（上调基因344个,下调基因934个）、380个（上调基因165个,下调基因215个）表达差异显著的基因。LA vs LB、LA vs LC及LB vs LC比较组差异表达基因的GO功能注释主要归类为生物过程和细胞组成两个分支。KEGG通路分析结果表明,LA vs LB的差异表达的基因主要富集到药物代谢-细胞色素P450,细胞外基质（ECM）受体相互作用、细胞因子与细胞因子受体的相互作用、细胞色素P450对异生物的代谢,谷胱甘肽代谢,过氧化物酶体增殖物激活受体（PPAR）信号通路,甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢,丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢等通路。LB vs LC差异表达的基因主要富集到药物代谢-细胞色素P450和甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢及PPAR信号通路等。丹参多糖可通过调节与细胞色素P450代谢通路有关的细胞色素P450 3A4酶（CYP3A4）、细胞色素P450 2C23b酶（CYP2C23b）、谷胱甘肽S-转移酶（GSTA3）、类谷胱甘肽S-转移酶α2（GSTAL2）等mRNA的表达以及与PPAR信号通路有关的脂肪酸结合蛋白1（FABP1）和长链脂肪酸辅酶A连接酶（ACSBG2）等mRNA的表达,从而抑制氟苯尼考产生的有害代谢产物,促进肝脏脂质的正常代谢,进而缓解氟苯尼考引起的肝脏损伤。