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1.
旨在探讨DKK3和CCR1基因多态性及其对北京黑猪背膘厚的影响,以期能够筛选出可用于提高北京黑猪背膘厚性状的分子标记,为北京黑猪优良性状定向选育提供依据。本研究以413头健康的北京黑猪为试验材料,对其进行DNA提取、PCR扩增、基因测序筛选候选基因的SNPs,同时利用SAS 9.2软件对突变位点的不同基因型分别与北京黑猪的六七肋背膘厚和腰荐部背膘厚进行关联分析。结果显示,在北京黑猪DKK3基因的外显子区共检测到10个SNPs,包含1个可变剪切突变、1个错义突变和8个3'UTR突变,其中有4个3'UTR突变位点均与腰荐部背膘厚显著关联(P<0.05),分别为g.47443779 T>C、g.47444258 C>T、g.47444912 G>T和g.47445304 T>C,其余位点与六七肋背膘厚和腰荐部背膘厚均不显著关联(P>0.05)。在CCR1基因的外显子区共检测到3个SNPs,包含2个同义突变和1个错义突变,其中1个同义突变位点g.29229037 G>A与六七肋背膘厚显著关联(P<0.05)。对DKK3的10个SNPs进行连锁不平衡分析,结果显示,g.47443779 T>C和g.47443783 C>T处于完全连锁状态(D’=1),g.47443783 C>T和g.47443858 C>T处于完全连锁状态(D’=1),g.47444258 C>T和g.47444275 C>T呈现高度连锁状态(D’=0.98)。综上所述,DKK3和CCR1基因的SNPs分别与北京黑猪的腰荐部背膘厚和六七肋背膘厚有显著关联性,可为北京黑猪背膘厚的早期分子选育提供参考。  相似文献   

2.
为研究松辽黑猪肌内脂肪含量与背膘厚的相关性,试验选择120 kg左右的松辽黑猪173头,对其体重、四点背膘厚(肩部最厚处、六七肋腰、最后肋、腰荐结合处)、平均背膘厚及肌内脂肪含量进行测定和分析。结果表明:松辽黑猪肌内脂肪含量为(2.95±0.72)%,高于部分国外品种,处于较理想水平;各性状间均呈正相关性,其中肌内脂肪含量与肩部最厚处背膘厚之间存在极显著相关(P0.01),与平均背膘厚之间存在显著相关(P0.05)。  相似文献   

3.
试验旨在研究猪过氧化物酶体增殖物激活受体δ(PPARD)基因第1外显子上的错义突变位点G32E(g.61399G>A)多态性与北京黑猪脂肪沉积相关性状的关联。利用Sequenom质谱检测平台检测北京黑猪及多个中外猪种群体G32E位点的基因型,并分析该位点多态性与北京黑猪背膘厚及肌内脂肪的关联性。结果发现,在北京黑猪中,G32E位点GG基因型个体背膘厚性状极显著高于GA和AA基因型个体(P<0.01),与肌内脂肪含量的关联未达到显著水平(P>0.05)。在梅山猪和二花脸猪中,主要以A等位基因为主;而在中国地方猪种民猪、莱芜黑猪、丫杈猪及国外商品猪种杜洛克猪、长白猪和大白猪中,G等位基因频率高。初步认为PPARD基因G32E位点多态性对背膘厚性状有显著影响,对肌内脂肪含量性状没有影响。  相似文献   

4.
为了探究猪ROCK2基因多态性及其与生产性状的关系,试验采用焦磷酸测序法检测了ROCK2基因编码区145 bp序列中5处潜在的SNP中的3个(A27G、C42T和T61C)在大白猪、长白猪、梅山猪、清平猪4个猪种和大白×梅山F2代资源家系中的基因频率,并进行了遗传变异分析及生产性状关联分析。结果表明:3个SNP的优势等位基因在国外猪种和国内地方猪种间没有差异,分别为A、C和T;A27G位点与皮率和胸腰椎间背膘厚呈显著相关(P0.05),与至第一颈椎背膘厚和至第一肋胸背膘厚呈极显著相关(P0.01);C42T位点与至第一颈椎背膘厚呈显著相关(P0.05),与至第一肋胸背膘厚呈极显著相关(P0.01);T61C位点与皮率、背最长肌和股二头肌大理石纹评分呈显著相关(P0.05),与股二头肌p H值呈极显著相关(P0.01)。说明这3个SNP很可能是影响猪生产性状的分子标记。  相似文献   

5.
【目的】挖掘大白猪β-烯醇化酶(β-enolase, ENO3)基因单核苷酸多态性(SNP)位点,分析SNP间的连锁不平衡程度及其与生长性状的相关性。【方法】选取大白母猪316头,采用混合DNA样本PCR扩增产物测序,确定ENO3基因SNP位点。采用GenoPlexs分型技术对每个个体的目标SNP位点进行基因分型,并与大白猪体重达100 kg时的日增重、日龄、背膘厚、眼肌面积和眼肌厚进行连锁不平衡和关联分析,探究ENO3基因SNP与大白猪生长性状的相关性。【结果】共鉴定出9个SNPs位点,均为已知SNPs,其中rs196953768与rs324943047、rs345530479、rs329283992完全连锁(D’=1,r2=1),与rs342598032呈强连锁(D’=1,r2=0.99);rs327882211与rs341541240、rs325279236呈强连锁(D’=1,r2>0.7)。ENO3基因rs196953768及完全连锁位点与大白猪体重达100 kg时的日龄和日增重均呈显著相关(P<0....  相似文献   

6.
本实验旨在探究猪NT5C1A基因组织表达特征、遗传多态性及其与胴体和肉质性状的关系,为猪肉质性状的遗传改良提供新的分子标记。利用荧光定量PCR检测了NT5C1A基因在16个组织中的表达特征。采用PCR产物直接测序技术在硒都黑猪群体中对NT5C1A基因的SNPs位点进行筛选鉴定,并利用SAS 8.0软件中的混合线性模型分析SNPs位点与猪胴体和肉质性状的相关性。结果显示:NT5C1A基因在腰大肌表达量最高;在硒都黑猪中存在3个SNPs位点,分别为rs81390049 C>T、rs81390048 A>G和rs339707155C>T突变。性状关联分析表明,3个SNPs位点均与猪胴体或肉质性状显著相关。这3个SNPs位点紧密连锁,形成3种单倍型,并且与猪胴体和肉质性状显著关联。综上,NT5C1A基因3个SNPs位点可作为猪肉质性状遗传改良的分子标记。  相似文献   

7.
实验旨在挖掘大白猪磷酸甘油酸变位酶2(PGAM2)基因单核苷酸多态位点(SNPs),分析遗传多样性、连锁不平衡程度及其不同基因型与生长、繁殖性状的相关性。选取大白母猪316头,提取DNA,采用混合DNA样本PCR扩增产物测序,确定PGAM2基因SNPs位点。采用多重PCR靶向基因捕获技术对每个个体进行目标SNPs位点分型,并分别与大白猪初产和经产的总产仔数、产活仔数、木乃伊数和死胎数进行关联分析,与大白猪生长性状的达100 kg日龄、达100 kg背膘厚、达100 kg眼肌厚和初生重进行关联分析。共鉴定出5个突变位点,均为已知SNP,其中rs331014516和rs346188790位点为稀有突变,不适合用作分子标记;所有位点均处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05);rs331014516与rs346188790完全连锁,rs80977507与rs80902904完全连锁且与rs343549757强连锁;rs80977507及其完全连锁位点与初产母猪总产仔数、产活仔数显著相关;rs343549757位点与大白猪经产死胎数显著相关。这5个位点的基因型与大白猪达100 ...  相似文献   

8.
对 1 2 2头纯种加系大约克在 2 5kg、 50kg和 75kg阶段时用B超 (Ami90 0 )背膘仪测定背膘厚。测定部位在倒数 3~ 4肋骨间 (P1点 )、胸腰、腰荐结合处离背中线 4~ 6cm处 (P2点 )。将所得数据进行生长曲线描绘 ,并通过SAS软件采用半同胞模型进行遗传力估计。结果 2 5kg、 50kg和 75kg阶段时 ,加系大约克猪背膘厚在P1位点分别为 7 41mm、1 0 59mm和 1 2 42mm ,在P2位点分别为 5 64mm、7 1mm和 8 7mm。在 2 5kg阶段时 ,P1、P2两位点背膘厚遗传力分别为 0 1 0 6 9和 0 2 383;在 50kg阶段时 ,这两位点背膘厚的遗传力分别为 0 634和 0 549;75kg阶段时 ,这两位点背膘厚的遗传力分别为 0 641和 0 564。  相似文献   

9.
实验旨在分析KPNA7基因多态位点在地方猪种中的遗传多样性及其与繁殖性状的相关性。选择90头健康经产松辽黑猪母猪,采用直接测序法检测KPNA7基因的SNP位点,SPSS 26.0软件分析KPNA7基因的SNP位点多态性与松辽黑猪母猪繁殖性状的相关性。在松辽黑猪KPNA7基因第9外显子和第4、8内含子共发现6个SNP位点,其中在KPNA7基因第4内含子的g.385302 T>C发现TT、TC、CC 3种基因型,g.385256G>A和g.385248G>A存在连锁突变,均检测到2种基因型:GG、GA;在第8内含子的g.372731A>G发现3种基因型:AA、AG、GG,g.372629C>T处检测到3种基因型:CC、CT、TT。KPNA7的突变位点均处于哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05)。多态信息含量(PIC)计算显示,KPNA7的突变位点均为中度多态(0.25C.位点TT基因型个体的3周龄重、断奶重显著高于TC、CC基因型个体,TT、CC基因型个体的乳头数显著或极显著高于...  相似文献   

10.
猪HMGA1基因的组织表达及其多态性与背膘厚的关联分析   总被引:3,自引:1,他引:2  
旨在探究HMGA1基因在猪不同组织、不同日龄下不同品种中的表达谱,并对该基因编码区及3′UTR区的多态性与猪背膘厚进行关联分析。本研究利用实时荧光定量PCR检测大白猪HMGA1基因在7种组织的表达情况,及其在60、150和210日龄大白猪和民猪背部脂肪中的差异表达。对576头大白猪×民猪F2代资源群体的基因组DNA重测序进行HMGA1序列分析,筛选其编码区及3′UTR区SNPs,并以屠宰体重为协变量与背膘厚(第6~7肋)进行关联分析。结果表明,HMGA1 mRNA在大白猪不同组织中均有表达,且在组织间存在显著差异(P0.05),其中在肺中的表达量最高,而在心和肌肉中微量表达。在60和150日龄时,HMGA1基因在民猪背部脂肪中的表达量显著高于大白猪(P0.05);210日龄时在两个猪种中的表达差异不显著(P0.05)。通过对F2群体HMGA1序列分析,在编码区检测出13个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,其中包含2个错义突变位点:g.3261GA和g.5818GA,且g.3261GA位点与背膘厚显著关联(P0.05)。在3′UTR区检测到3个SNPs,且位于小RNA(microRNA, miRNA)结合靶点,其中g.7217GC和g.7280TC与背膘厚显著关联(P0.05)。研究结果表明,HMGA1作用于猪背部脂肪组织,且该基因g.3261GA、g.7217GC和g.7280TC位点可作为猪背膘厚选育的潜在分子标记,为猪的分子育种奠定基础。  相似文献   

11.
旨在研究上游远端元件结合蛋白3(far upstream element binding protein 3,FUBP3)及泛素特异性蛋白酶43(ubiquitin specific protease 43,USP43)基因多态性与北京黑猪眼肌面积性状的关系,从而在分子水平指导北京黑猪的育种工作。本研究选取408头北京黑猪收集眼肌面积性状数据并采集肉样提取DNA,根据FUBP3和USP43基因序列设计43对引物进行PCR扩增及测序,运用DNAstar软件分析测序结果,对FUBP3和USP43基因不同基因型与北京黑猪眼肌面积性状进行关联分析并运用荧光定量PCR对两基因进行基因表达差异分析。在FUBP3基因启动子区共有8个突变,其中rs701769847G>A与5~6肋眼肌面积和最后肋眼肌面积均关联显著(P<0.05),rs332131528C>G仅与5~6肋眼肌面积关联显著(P<0.05),rs325550799T>C、rs339464012T>C和rs326069041T>C只与最后肋眼肌面积关联显著(P<0.05);基因表达差异分析表明,rs701769847G>A位点GG型个体的FUBP3基因mRNA水平显著低于AA型个体(P<0.05)。USP43基因启动子区的rs335310752C>T和剪切区的rs323463345G>A均只与最后肋眼肌面积关联显著(P<0.05)。基因表达差异分析表明,rs323463345G>A中GG型个体和AA型个体的USP43基因mRNA水平差异不显著。上述两基因中共有两个位点与5~6肋眼肌面积性状关联显著(P<0.05),6个位点与最后肋眼肌面积性状关联显著(P<0.05),可以作为北京黑猪眼肌面积性状变异的候选基因功能位点,也可以作为潜在的眼肌面积性状分子标记。  相似文献   

12.
4个猪种CAST基因与背膘厚关系的研究   总被引:2,自引:0,他引:2  
钙蛋白酶抑制蛋白(CAST)与猪肉质性状有关,已经作为猪肉嫩度的候选基因.用PCR-RFLP 技术对CAST基因的丝氨酸(Ser) 突变为精氨酸(Arg)进行研究,并用SAS8.02研究了辽宁黑猪、大约克、长白猪和杜洛克4个品种中该突变与背膘厚的关系.结果表明:在辽宁黑猪和大约克猪中检测到AA、AC和CC 3种基因型,而长白猪和杜洛克猪中未检测到CC基因型;辽宁黑猪A的基因频率显著低于其他3个猪种(P<0.05);3种基因型间的背膘厚相比差异显著(P<0.05).  相似文献   

13.
旨在探究DCT基因启动子区甲基化水平和SNP突变对山羊毛色的影响,为探索DCT基因调控山羊毛色变化的机理提供理论依据。本研究以山羊为试验动物,对DCT基因启动子区进行CpG岛预测,设计引物对预测的2个CpG岛富集区域进行亚硫酸氢盐甲基化测序,使用甲基化水平分析软件BISMA统计甲基化位点,比较唐山奶山羊(白色)和南江黄羊(黑色品系)两种不同毛色山羊群体DCT基因启动子区甲基化水平差异。克隆DCT基因核心启动子区,筛选不同毛色山羊群体的SNPs,使用JASPAR和Nsite预测SNPs位点突变前后转录因子的改变,并检测比较突变前后DCT基因启动子活性变化。结果,成功克隆了山羊DCT基因启动子区甲基化序列及核心启动子区(g.-1045~-318)。在g.-348~-150区域和g.+222~+502区域分别发现6个和23个甲基化位点,其中g.+312、g.+352和g.+400位点与g.+389和g.+404位点白色山羊甲基化水平分别显著和极显著高于黑色山羊(P<0.05和P<0.01),并且g.+222~+502区域白色山羊甲基化平均水平极显著高于黑色山羊(P<0.01)。在DCT基因核心启动子区的g.-804T> G、g.-705C> T和g.-679G> A,3个SNPs位点的基因型构成在白色山羊和3个有色山羊群体中存在差异,g.-804T> G突变导致该区域的SOX10转录因子结合位点缺失,DCT基因启动子活性显著下降(P<0.05)。结果显示,白色山羊DCT基因g.+222~+502区域的高甲基化水平,g.-804、g.-714和g.-679 3个位点的突变,尤其是g.-804T> G造成SOX10转录因子结合位点的缺失,突变的G型DCT基因启动子活性显著降低。因此,DCT基因启动子区SNP突变和高甲基化水平可能抑制了基因的表达从而形成山羊白色被毛。  相似文献   

14.
肌内脂肪(IMF)含量是影响猪肉风味的重要指标。本研究通过重测序方法筛选出影响猪IMF含量的SNP位点,并进一步利用SANGER测序法在硒都黑猪群体中筛选鉴定出猪AOPEP基因rs340610840、rs3470100435、rs34724762003个SNPs位点。通过关联分析发现这3个SNPs位点均与IMF含量显著相关,且3个SNPs位点紧密连锁,所构成的不同单倍型组合也与IMF含量显著相关。通过RNA稳定性分析发现,rs3470100435的C>A突变导致编码氨基酸由精氨酸变成甲硫氨酸,显著影响了AOPEPmRNA质心二级结构,且AOPEP蛋白与AGT、KRR1、LDLRAP1等10个蛋白存在相互作用。本研究发现了3个影响猪IMF含量的分子标记,且rs3470100435位点导致AOPEPmRNA二级结构发生变化,AOPEP可能与AGT和LDLRAP1蛋白互作,进而影响IMF性状。  相似文献   

15.
间性是一种多发于山羊群体的先天性繁殖障碍疾病。为了解槐山羊间性性状发生机制,叉头转录因子2(FOXL2)启动子反向互补(PFOXic)基因的遗传多态性及其与间性性状的关系,本试验进行了间性槐山羊Y染色体易位分析、无角间性综合征(PIS)区缺失检测、PFOXic基因单核苷酸多态性(SNP)分析和PFOXic基因型与间性性状的关联分析。结果显示,间性槐山羊染色体构成不含Y染色体,且PIS区均纯合缺失;在PFOXic基因中共检测到4个SNP:g.129749119 T>C、g.129749087 C>T、g.129748782 T>C和g.129747880 T>C,其中g.129749087 C>T为错义突变。SNP突变位点分析结果显示,g.129749119 T>C、g.129748782 T>C和g.129747880 T>C突变为中度多态,g.129749087 C>T突变为低度多态,4个SNP均处于Hardy-Weinberg平衡(P> 0.05)。SNP和基因型与间性性状关联分析结果显示,g.129749119 T>...  相似文献   

16.
【目的】分析肝素结合型表皮生长因子样生长因子(heparin-binding EGF-like growth factor, HBEGF)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点在松辽黑猪中的遗传多样性及其与繁殖性状的相关性。【方法】选择90头健康经产松辽黑猪母猪,采用Sanger直接测序法检测HBEGF基因的SNP位点,利用SPSS 26.0软件分析HBEGF基因SNP位点与松辽黑猪繁殖性状(总产仔数、产活仔数、初生重、3周龄重、断奶重、断奶仔猪数和乳头数)的相关性。【结果】在松辽黑猪HBEGF基因第5外显子及第2、3、4、5内含子上共发现22个SNPs位点,其中有8个SNPs位点与繁殖性状存在显著关联。g.142114384 A>G和g.142104389_142104388ins A>G位点存在AA、AG和GG 3种基因型;g.142114375 C>A位点存在CC、CA和AA 3种基因型;g.142111433 C>T位点存在CC和CT 2种基因型;g.142106003 G>A和g.1421...  相似文献   

17.
试验旨在研究围脂滴蛋白2(PLIN2)基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况及基因多态性与肉质性状的关联分析。采用实时荧光定量PCR检测PLIN2基因mRNA在不同月龄(6~60月龄)秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况;选取18~24月龄的健康秦川肉牛536头,采集血样并测定肉质性状指标,研究PLIN2基因单核苷酸多态性(SNP)和氨基酸突变,并与秦川肉牛肉质性状进行关联分析。结果发现,PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达量呈先上升后下降趋势,18月龄时表达量最高。测序共发现9个SNPs位点,其中g.C7919T位点不同基因型肌内脂肪含量差异显著(P0.05),CT基因型显著高于TT和CC基因型;g.C7933T位点不同基因型背膘厚及肌内脂肪含量均呈显著差异(P0.05),CC和CT基因型个体背膘厚显著高于TT基因型,CT基因型个体肌内脂肪含量显著高于TT和CC基因型;g.G8015C位点CC基因型个体肌内脂肪含量显著高于GG和GC基因型(P0.05);3′UTR区域g.T8496C位点TC基因型个体肌内脂肪含量显著高于CC和TT基因型(P0.05);g.C8578T位点TT基因型个体背膘厚显著高于CT和CC基因型(P0.05)。综上,PLIN2基因对秦川肉牛肉质性状发育有一定影响,可作为秦川肉牛现代分子选育的候选参考基因。  相似文献   

18.
试验旨在研究围脂滴蛋白2(PLIN2)基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况及基因多态性与肉质性状的关联分析。采用实时荧光定量PCR检测PLIN2基因mRNA在不同月龄(6~60月龄)秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况;选取18~24月龄的健康秦川肉牛536头,采集血样并测定肉质性状指标,研究PLIN2基因单核苷酸多态性(SNP)和氨基酸突变,并与秦川肉牛肉质性状进行关联分析。结果发现,PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达量呈先上升后下降趋势,18月龄时表达量最高。测序共发现9个SNPs位点,其中g.C7919>T位点不同基因型肌内脂肪含量差异显著(P<0.05),CT基因型显著高于TT和CC基因型;g.C7933>T位点不同基因型背膘厚及肌内脂肪含量均呈显著差异(P<0.05),CC和CT基因型个体背膘厚显著高于TT基因型,CT基因型个体肌内脂肪含量显著高于TT和CC基因型;g.G8015>C位点CC基因型个体肌内脂肪含量显著高于GG和GC基因型(P<0.05);3'UTR区域g.T8496>C位点TC基因型个体肌内脂肪含量显著高于CC和TT基因型(P<0.05);g.C8578>T位点TT基因型个体背膘厚显著高于CT和CC基因型(P<0.05)。综上,PLIN2基因对秦川肉牛肉质性状发育有一定影响,可作为秦川肉牛现代分子选育的候选参考基因。  相似文献   

19.
旨在对北京黑猪HoxB簇9个基因(HoxB1-7、9和13)的多态性与脊椎数和胴体性状(胴体长、胴体直长、胴体斜长及胴体重)进行关联分析。本研究提取251头220日龄的健康北京黑猪耳组织DNA,对HoxB簇的9个基因通过引物设计、聚合酶链式反应(PCR)技术、Sanger测序技术等对SNPs进行基因分型,并计算变异位点基因型频率以及等位基因频率分布,并与脊椎数和胴体性状进行关联分析。结果,本试验共筛选到4个基因共12个非编码区的(UTR)SNPs,包括HoxB2基因的1个5′UTR突变、HoxB5基因的2个3′UTR突变、HoxB9基因的2个3′UTR突变以及HoxB13基因的7个3′UTR突变。将12个SNPs分别与脊椎数和胴体性状使用Duncan′s多重检验统计分析发现,HoxB2基因的1个5′UTR突变(c.40 C>T)、HoxB5基因的2个3′UTR突变(c.1766 A>G、c.1767 A>G)均与性状关联不显著(P>0.05);而HoxB9基因中的1个3′UTR突变(c.2743 C>T)与胴体性状关联显著(P<0.05),HoxB1...  相似文献   

20.
为探究松辽黑猪与北京黑猪杂交后代黑猪MyoD1基因的单核苷酸多态性(SNP)位点与肉质性状的关系,试验提取松辽黑猪与北京黑猪杂交后代黑猪的背最长肌基因组DNA,应用限制性片段长度多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)方法分析MyoD1基因的SNP位点,并对产生SNP位点的不同基因型进行了序列分析和系统进化树比较。结果表明:PCR扩增获得了大小为631 bp的MyoD1基因片段,经DdeⅠ酶酶切,产生631 bp、256 bp+375 bp、631 bp+256 bp+375 bp 3种带型;对MyoD1基因的重组质粒PCR产物进行DdeⅠ酶酶切,产生631 bp、256 bp+375 bp 2种带型;松辽黑猪与北京黑猪杂交后代黑猪MyoD1基因存在3个SNP位点,分别是217 bp处存在CT突变位点,375 bp处存在GT突变位点,413 bp处存在TC突变位点,且位于375 bp处的GT SNP位点导致DdeⅠ酶酶切位点丢失;松辽黑猪与北京黑猪杂交后代黑猪MyoD1基因与GenBank中野猪(登录号为U12574.1)基因序列处于同一分支,而与其他物种的同源性较低,具有独特的物种特异性。  相似文献   

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