RT-PCR鉴别小反刍兽疫病毒疫苗株与强毒株方法的建立

根据GenBank中公布的小反刍兽疫病毒的H基因或全基因序列,利用软件Primer Premier5.0设计引物,扩增片段长度为477bp,建立区分小反刍兽疫疫苗毒与基因4系野毒的RT-PCR检测方法,并用于临床检测。结果表明,建立的RT-PCR鉴别诊断方法能特异性区分疫苗株Nigeria75/1与基因4系PPRV,与基因3系、牛瘟病毒、犬瘟热病毒等同属病毒无交叉反应;最低可以检测到浓度为7.7×10-5ng/μL的RNA模板;该方法操作简单,耗时短,可以初步用于临床鉴别诊断。     

实时荧光定量RT-PCR检测小反刍兽疫病毒方法的建立

本试验旨在建立一种快速、灵敏的诊断小反刍兽疫的方法。本研究通过RT-PCR方法扩增小反刍兽疫病毒N基因,连接到pMD19-T克隆载体上,构建质粒标准品。根据GenBank中中国流行毒株及Nigeria 75/1疫苗株N基因保守序列设计引物,利用SYBR Green Ⅰ法进行实时荧光定量PCR,建立标准曲线,并进行特异性试验、敏感性试验和重复性试验。结果表明,在2.82×10⁰~2.82×10⁷拷贝/μL范围内,Ct值与质粒拷贝数对数值呈良好的线性关系,标准曲线线性关系R²值为0.992;其他病毒无特异性扩增曲线,特异性良好;批内变异系数为0.27%~2.77%,批间变异系数为0.41%~3.39%,重复性较好;检测灵敏度可达2.82拷贝/μL,是普通PCR的1 000倍。用该方法对12份cDNA样品进行检测,9份为阳性,3份为阴性,而普通PCR检测,7份为阳性,5份为阴性,说明本方法比普通PCR灵敏度高。本检测方法的建立对快速、灵敏诊断小反刍兽疫,防止疫情的扩散具有重要意义。     

小反刍兽疫疫苗毒株与强毒株的鉴别性荧光RT-PCR检测方法的建立

对GenBank已公布的小反刍兽疫病毒N基因序列进行分析,设计引物与探针,建立PPRV通用型与Ⅱ系疫苗毒特异型二重实时荧光RT-PCR方法,同时建立针对PPRVIV系强毒株的特异型荧光PCR方法。特异性试验和灵敏度试验表明：建立的二重荧光RT-PCR方法可特异性检测PPRV病毒,其HEX信号通道（通用型）和TAMRA信号通道（Ⅱ系疫苗毒特异型）的检测灵敏度分别可达10^1 TCID50/mL和10^2 TCID50／mL,完全满足PPRV的检测要求。用二重荧光RT-PCR方法对西藏采集的14份羊血清样品进行检测,并用建立的Ⅳ系强毒株特异型荧光PCR方法对二重荧光RT-PCR的检测效果进行评估,结果显示,该方法可有效甄别PPRV强毒株和疫苗毒株,避免假阳性结果的出现。     

山羊痘和小反刍兽疫病毒双重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为实现对山羊痘病毒(GTPV)和小反刍兽疫病毒(PPRV)的同步快速检测,基于GTPV的ITR基因及PPRV的M基因,分别设计合成两套特异性引物及探针;探针分别用5'-FAM-TAMRA-3’及5'-JOE-Eclipse-3'标记物进行标记以实现同步检测.结果显示,所建立的ITR-M二联探针荧光定量RT-PCR方法可同时特异性检测GTPV和PPRV产生特异性荧光信号,而对禽痘病毒、犬瘟热病毒等相关病毒无荧光信号可检出.以GTPV-ITR和PPRV-M的pMD-18T载体质粒为标准品,构建了双重标准曲线,ITR M探针的检测敏感度可分别达103拷贝/μL及101.2拷贝/μL cDNA.本研究初步建立了可同步快速检测GT-PV和PPRV的二联实时荧光定量RT-PCR法.     

小反刍兽疫病毒荧光RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立小反刍兽疫病毒(PPRV)快速荧光RT-PCR检测方法,应用DNAstar软件对来自NCBI上的PPRVN基因序列进行比对分析,在保守区设置引物和探针,经条件优化,建立PPRV荧光RT-PCR检测方法。结果显示,该方法灵敏度高、特异性好、稳定性强,阳性结果与商用试剂盒的检测结果一致。结果表明该方法可用于PPRV的实验室检测。     

一步法实时定量RT-PCR检测小反刍兽疫病毒方法的建立

建立了检测小反刍兽疫病毒的快速、特异的基于Taqman的一步法实时定量RT-PCR方法。通过对GenBank已公布的小反刍兽疫病毒N基因序列进行序列比较分析,设计了一对特异性引物和一条Taqman探针。利用这对引物和探针对来自不同疫源地的小反刍兽疫病毒RNA样本进行检测,都获得了特异性扩增,但是,不与牛瘟病毒、海豚麻疹病毒等其他种的麻疹病毒属病毒发生交叉反应。本方法具有高度灵敏性,最低可检测到810拷贝的RNA模板。在模板浓度为8.1×102到8.1×108拷贝范围内,都呈现良好的线性关系,而且无论是组内和或组间重复的变异系数都很低。     

小反刍兽疫疫苗研究进展

小反刍兽疫是由小反刍兽疫病毒引起的一种严重的烈性、接触性重大跨国动物疫病.目前,该病在我国已经发生,给我国畜牧业经济造成了巨大损失.同多数病毒性疾病的防制相同,对小反刍兽疫PPRS的防制仍以疫苗免疫预防为主.文章对小反刍兽疫的各类疫苗进行综述,以期为疫苗的合理应用提供技术帮助.     

体外转录法制备小反刍兽疫病毒荧光定量RT-PCR检测标准阳性模板

针对小反刍兽疫病毒的F基因设计了一对荧光定量RT-PCR的引物和探针,在正向引物的5′端加上T7启动子后与反向引物扩增小反刍兽疫病毒株Nigeria 75/1细胞培养液RNA,切胶回收目的条带作为体外转录模板,体外转录后测RNA浓度以及OD值。线性试验和特异性试验结果表明,该模板具有良好的线性范围和特异性,当稀释度为4.9×108~4.9×103拷贝/μL时,相关系数为0.999。该模板稳定性好,-80℃保存一个月后无显著变化。对起始浓度为4.9×106、4.9×105、4.9×104拷贝/μl的标准品分别检测10次,变异系数分别为1.09%,1.47%,1.34%,表明以此模板进行荧光定量PCR具有较好的重复性。     

小反刍兽疫疫苗毒与野毒实时荧光RT—PCR鉴别检测方法的建立

为了建立鉴别检测小反刍兽疫疫苗毒与野毒的快速分子生物学检测方法,通过对自行测序的疫苗毒基因组序列及GenBank中登录的野毒基因组序列进行比对分析,设计了2套引物和TaqMan荧光探针,对实时荧光RT-PCR反应条件进行优化,建立了小反刍兽疫疫苗毒与野毒实时荧光RT-PCR鉴别检测方法。特异性试验证实,该检测方法只能检测到目的病毒核酸,表明其具有良好的特异性。灵敏性试验发现,检测疫苗株的最低检测限可达1．38mg／L的总RNA,检测野毒株的最低检测限为0．16mg／L的核酸。对同一样品进行重复性检测,检测的荧光扩增曲线阈值完全重舍,证明其重复性极好。从180份临床样品中,检测出2份疫苗病毒株阳性样品,其余均为阴性。结果表明,本研究所建立的实时荧光RT-PCR方法能对小反刍兽疫疫苗毒及野毒进行鉴别检测,具有特异性好、灵敏度高、重复性极好的优点,是开展小反刍兽疫疫情监测的有力工具。     

小反刍兽疫病毒Ⅱ系与Ⅳ系毒株SYBR GreenⅠ荧光RT-PCR鉴别检测方法的建立

为建立小反刍兽疫病毒(PPRV)Ⅱ系与Ⅳ系毒株SYBR GreenⅠ荧光RT-PCR的鉴别检测方法,针对PPRV-H基因的高变区域设计1对特异性引物,确定反应条件,分析其敏感性和特异性,并对临床样本进行验证。60℃退火、76℃收集荧光信号获得试验效果最好,熔解曲线为单一峰,Ⅱ系毒株熔解温度78.63℃,Ⅳ系毒株熔解温度80.08℃,易于区分;最低检测限为10拷贝/μL,批内、批间变异系数均小于0.5%,羊口疮病毒(ORFV)等4种病毒无扩增曲线产生;检测140份临床样本,与国家标准检测方法结果符合率100%。本研究建立的SYBR GreenⅠ荧光RT-PCR检测方法可以快速、灵敏和特异地鉴别检测出PPRVⅡ系与Ⅳ系毒株,满足疫病快速诊断的需求。     

Establishment and Application of Single and Duplex RT-PCR Method for Differentiation of Wild-type and Vaccine Viruses of Classical Swine Fever Virus

For the distinguishment of wild-type and vaccine viruses of classical swine fever (CSF),a rapid and simple method was established,which laid the foundation for the purification of classical swine fever virus (CSFV) in large-scale farms.It was found that T-rich insertion sequence independently that 3'-NTR in Lapinized vaccine strain according to the genome sequence comparative analysis of CSF wild virus,vaccine virus and near origin virus published in GenBank,on the basis of this,two pairs of specific primers were designed in the upper and lower ends of the insertion sequence and duplex RT-PCR primers were designed.The anneal temperature of polymerese chain reaction (PCR) was optimized,then the two single and duplex RT-PCR method for the differentiation of wild-type and vaccine viruses of CSF were established.The sensitivity and specificity results showed that the minimum amounts of nucleic acid by the single RT-PCR were 2.2 pg (one pair of primers in single RT-PCR)and 1.7 pg (another pair of primers in single RT-PCR),respectively,and that of the duplex RT-PCR were 8.2 pg (wild-type virus of CSF) and 6.7 pg (vaccine virus of CSF), respectively, and no amplification of PRV,PRRSV,JEV,BVDV,PCV2 DNA/RNA were detected by these methods.Then the methods were used to detect 146 suspicious clinical samples,and the results showed that the positive rates of the mixed infection by wild-type and vaccine viruses of CSF in breeding sows,fattening pigs,nursery pigs and suckling piglets were 6.3%,7.4%,8.3%,8.6%, respectively.The results indicated that the single and duplex RT-PCR methods had high specificity,sensitivity,and good repeatability,and it had an important reference value for the purification of CSF in large-scale farms.     

鉴别猪瘟野毒与疫苗毒的单一与二重RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立一种对猪瘟病毒（classical swine fever virus,CSFV）临床样本快速、简便的检测技术,以区分猪瘟（classical swine fever,CSF）野毒和疫苗毒感染,为规模化猪场CSF净化奠定基础。通过对GenBank中CSF野毒、疫苗毒及近源病毒的基因组全序列比对,发现CSF兔化弱毒疫苗株3’-NTR独立存在富含T的插入序列,根据这一特点分别在该插入序列的上、下两端设计2对单一RT-PCR引物并选择特异保守区域设计了二重RT-PCR引物,优化筛选能够鉴别CSF野毒与兔化弱毒疫苗的PCR反应条件,建立了能鉴别CSF野毒和疫苗毒的单一与二重RT-PCR鉴别诊断方法。敏感性和特异性分析表明,单一RT-PCR检测CSFV各引物最低核酸检测量分别为2.2 pg（单一RT-PCR中的1对引物）和1.7 pg（单一RT-PCR中的另外1对引物）;二重RT-PCR检测CSFV各引物最低核酸检测量分别为8.2 pg（CSF野毒）和6.7 pg（CSF疫苗毒）,两种方法均检测不到PRV、PRRSV、JEV、BVDV、PCV2的DNA/RNA。采用该方法对146份可疑临床样品进行检测,结果表明CSF疫苗毒与野毒在能繁母猪、育肥猪、保育猪和哺乳仔猪中的二重感染率分别为6.3%、7.4%、8.3%、8.6%。本研究建立的单一与二重RT-PCR方法都具有敏感性强、特异性优、重复性好的特点,该研究对规模化猪场猪瘟的净化具有十分重要的参考价值。     

口蹄疫病毒通用型和A型二重实时荧光RT-PCR检测方法的建立

为建立一种快速、敏感、特异的口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV)分型鉴别诊断实时荧光RT-PCR(Fluorescence quantitative,FQ-PCR)检测方法,根据O、A、AsiaⅠ三种血清型FMDV保守基因序列,设计能够检测到FMDV的特异性通用检测引物和A型检测引物,以及不同荧光素标记的MGB探针。通过对PCR反应体系和反应条件的优化筛选,建立了FMDV通用型和A型二重实时荧光RT-PCR检测方法,并对该方法进行了特异性、敏感性、重复性试验;利用所建立的方法,对123份疑似FMDV感染的临床样品进行了检测。结果显示,建立的FMDV通用型、A型二重实时荧光RT-PCR检测方法在10~1～10~7拷贝/μL模板范围内有很好的线性关系;对pGEM-T/FMDV-T和pGEM-T/FMDV-A重组质粒出现阳性扩增信号,但对正常细胞培养物对照和其他7种病原对照未扩增出特异性曲线;自123份疑似FMDV感染样品中,检出10份FMDV-T阳性,6份FMDV-T/FMDV-A双阳性并且与基因测序结果一致。结果表明,本研究建立的FMDV通用型、A型二重实时荧光RT-PCR检测方法重复性好、敏感性高、特异性强,最低检测模板浓度为10拷贝/μL,可用于FMDV的快速分型检测,为FMDV的早期检测及临床诊断提供了新方法。     

鸡毒支原体弱毒F株与强毒株二重荧光定量PCR鉴别检测方法的建立

研究根据基因库中鸡毒支原体(MG)S6毒株和F株的基因保守序列,设计了2对特异性引物和2条用不同荧光基团标记的TaqMan探针,对反应条件和试剂浓度进行优化,建立能鉴别鸡毒支原体(MG)强、弱毒株的二重荧光定量PCR检测方法,与其它禽类呼吸道病原体无交叉反应,对MG模板的灵敏度检测限为10拷贝/μL,对MG强弱毒模板以不同的浓度进行组合,仍可有效地检测到毒株,批内和批间重复变异系数小,特异性强、灵敏度高、稳定性好。研究建立的二重荧光定量PCR方法可用于MG强、弱毒株的鉴别检测,为该病的防控与净化提供良好工具。     

猪瘟病毒野毒株和兔化弱毒疫苗株RT-PCR-RFLP鉴别检测方法的建立

本研究旨在建立猪瘟病毒野毒株和兔化弱毒疫苗株RT-PCR-RFLP鉴别检测方法。根据Shimen株设计1对特异性引物,建立猪瘟病毒RT-PCR-RFLP检测方法;对20份疑似猪瘟临床样品进行检测,并对检出的山东8株流行野毒株和2株疫苗株PCR产物进行克隆与序列分析,验证上述方法。结果RT-PCR扩增片段为825bp,产物经RFLP分析,野毒株的PCR产物能被ApaⅠ酶切为322bp和503bp 2个片段,兔化弱毒疫苗株则不能被酶切,检测出RNA的最低浓度为0.028 6μg.mL-1;8株流行野毒株都含GGGCCC序列(ApaⅠ酶切位点),2株疫苗株相应序列为GAGCCC,不能被ApaⅠ酶切;8株流行野毒株属于基因2群,2株疫苗株与HCLV遗传关系近,为基因1群。建立了可鉴别猪瘟病毒野毒株和兔化弱毒疫苗株RT-PCR-RFLP检测方法,为猪瘟的防控提供有效手段。     

鸭坦布苏病毒和鸭瘟病毒二重荧光定量RT-PCR方法的建立

The study was conducted to establish the duplex Real-time PCR assay for detecting both duck tembusu virus (DTMUV) and duck plague virus (DPV). According to the sequences of DTMUV E gene and DPV UL6 gene in GenBank, two sets of specific oligonucleotide primers for DTMUV and DPV along with two TaqMan probes were designed. The duplex Real-time PCR assay was developed through optimization of reaction conditions and validation of specificity, sensitivity and repetitiveness of the method. The sensitivity of the assay were both 100 template copies for DTMUV and DPV. There was no specific bands of the same sizes were amplified from other duck pathogens, such as duck Newcastle disease virus, duck hepatitis virus, muscovy duck parvovirus, duck circovirus, H9 subtype avian influenza virus, egg drop syndrome virus. This duplex Real-time RT-PCR assay is a sensitive, quick, specific and quantitative test for detection of DTMUV and DPV, and will be useful for the control of these viruses in ducks.     

伪狂犬病病毒野毒株与gE基因缺失疫苗株TaqMan实时荧光定量PCR鉴别方法的建立

为实现对伪狂犬病病毒（pseudorabies virus,PRV）野毒株与gE基因缺失疫苗株的快速、敏感、特异的鉴别诊断,本试验针对PRV gD和gE基因设计了2套特异性引物和TaqMan探针,建立了PRV野毒株与gE基因缺失疫苗株的TaqMan实时荧光定量PCR鉴别方法,对引物和探针浓度、退火温度等进行了优化,对方法进行敏感性、特异性、重复性试验,并进行临床样品检测。结果显示,建立的针对gD、gE基因的TaqMan实时荧光定量PCR方法线性相关系数（R²）分别为0.996和0.980,均呈良好的线性关系;检测限分别为39.4和12.1拷贝/μL;与圆环病毒2型、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒均无交叉反应;重复性试验结果显示,针对gD基因的批内和批间变异系数分别为1.43%~1.86%、1.10%~2.07%,针对gE基因的批内和批间变异系数分别为0.98%~1.41%、1.12%~1.86%。应用建立的TaqMan实时荧光定量PCR与普通PCR分别对11份临床疑似感染样品进行检测,阳性率分别为36.4%和27.3%。结果表明,该方法敏感性高、特异性强、重复性好,可作为伪狂犬病病毒野毒株与gE基因缺失疫苗株的早期鉴别诊断和定量检测的有效手段。     

尼帕病毒与猪流感病毒双重荧光定量RT-PCR方法的建立

根据尼帕病毒(NiV)M基因和猪流感病毒(SIV)M基因序列设计引物和TaqMan-MGB探针,通过优化反应条件建立了一种鉴别NiV和SIV的双重实时荧光定量RT-PCR检测方法,对该方法的定量线性范围、敏感性、重复性和特异性进行了评价及初步应用。结果显示,用该方法检测NiV M基因的RNA标准对照(NiV-M-RNA)和SIV M基因的RNA标准对照(SIV-M-RNA),定量线性范围分别为4.6×101copies/μL~4.6×108 copies/μL和5.8×101copies/μL~5.8×108 copies/μL,检出限分别为46个拷贝和58个拷贝。该方法的组内试验和组间试验的变异系数均小于1.6%,显示其良好的可重复性。该方法仅对NiV-M-RNA和SIV呈现特异性扩增曲线,不与猪瘟病毒(CSFV)、猪流行腹泻病毒(PEDV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪细小病毒(PPV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)和伪狂犬病病毒(PRV)发生交叉反应。用该方法对236份猪的鼻拭子样品进行NiV和SIV的同时检测,所有样本的NiV检测结果均为阴性,有1份样本的SIV检测结果为阳性。本研究建立的方法可为猪临床样本中NiV和SIV的鉴别检测提供了一种快速、敏感和特异的技术手段。     

牛轮状病毒与病毒性腹泻病毒的双重RT-PCR检测方法的建立

建立了能够同时检测牛轮状病毒(BRV)与牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的双重RT-PCR方法.应用两对特异性引物进行了双重RT-PCR扩增,这两对引物分别对应于BRV的VP7基因和BVDV的5-UTR中的部分编码序列,其扩增产物分别为342bp和196bp.说明该方法的特异性强、敏感性高,可检测到1pg的病毒RNA,可应用于临床诊断和流行病学研究.