青海湖裸鲤线粒体DNA D-loop区的遗传多样性及其遗传分化研究

为了科学有效地保护青海湖裸鲤的种质资源,对青海湖裸鲤的遗传多样性及种群结构进行研究是尤为重要。本研究采用PCR技术对青海湖裸鲤的4个种群（青海湖、可鲁克湖、甘子河、草搭连）155个个体的mtDNA D-loop区部分序列进行扩增,得到了754 bp的核苷酸序列。采用MEGA 5.05和DnaSP 5.10.1软件对序列进行分析,结果显示：155个个体中共检测出34个单倍型,单倍型多样性（Hd）为0.906±0.013,核苷酸多样性（Pi）为0.00556±0.00034。其中可鲁克湖种群的单倍型多样性0.422±0.093和核苷酸多样性0.00272±0.00066均低于其他3个种群,且该种群内的平均遗传距离（0.00276）低于群体间的遗传距离0.00522~0.00709。通过群体分化指数（Fst）和基因流（Nm）分析显示,可鲁克湖种群与其他3个种群之间有着明显的遗传分化（Fst〉0.26327,Nm〈0.69959）,且与甘子河种群分化程度最显著（Fst=0.45854,P〈0.01;Nm=0.29521）。但是系统发育树并未显示出明显的单系群,可能是水系间地理隔离格局的形成时间较晚。研究结果表明：青海湖裸鲤具有较高的遗传多样性,种群间出现了一定程度的遗传分化,特别是可鲁克湖种群已经高度分化,但其遗传多样性水平很低,应优先对其进行保护。     

不同水系中华绒螯蟹线粒体COⅠ基因片段的RFLP分析

应用PCR-RFLP技术分析了长江、瓯江和辽河3个水系中华绒螯蟹的线粒体COⅠ的基因片段遗传多样性,应用11种限制性内切酶对COⅠ基因片段进行限制性片段长度多态分析,共检测出6种复合单倍型,其中瓯江群体检测出5种复合单倍型,长江和辽河均有2种复合单倍型。经数理统计分析,3个群体内线粒体DNA的核苷酸多样性指数分别为0.006 7(长江)、0.016 7(瓯江)和0.000 3(辽河),瓯江群体的遗传多态度最高,其次为长江群体,而辽河群体在3个群体中遗传多态度最低。结果说明,中华绒螯蟹具有一定群体内遗传多样性:瓯江群体>长江群体>辽河群体。在群体间,辽河与瓯江群体的净遗传距离最大为0.023 7,长江与瓯江群体间的净遗传距离次之为0.020 7,而长江与辽河群体间的净遗传距离最小为0.004 3,说明3个种群中长江与瓯江种群间的亲缘关系最近,而辽河与瓯江种群间的亲缘关系最远。     

西藏特色牦牛mtDNA ND1遗传多样性及系统进化分析

旨在通过mtDNA ND1探究6个西藏特色牦牛群体的遗传多样性、系统进化及亲缘关系，为西藏牦牛的遗传多样性、历史演化以及遗传资源保护与利用等提供理论依据。利用PCR和直接测序法分别测定了西藏帕里牦牛、嘉黎牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、江达牦牛、类乌齐牦牛6个群体共95头个体ND1基因蛋白质编码区(CDS)序列，利用DNAMAN、DNASP 5.1、Mega 7.0、Arlequin 3.5.2等软件分析其序列多态性、单倍型多样性、遗传距离等，并构建单倍型网络图及系统发育树。结果表明，西藏牦牛群体ND1基因CDS区序列长度均为956 bp,共检测获得78个变异位点和16种单倍型，平均单倍型多样性(Hd)及核苷酸多样性(Pi)分别为0.670和0.004 21,Tajima′s D均为负值；根据群体遗传差异的分子方差分析可知，西藏牦牛群体内的变异程度大于群体间变异；斯布牦牛与嘉黎牦牛之间的分化程度较大，其余大部分群体间的分化程度为中等或较弱。此外，通过聚类分析发现，类乌齐牦牛单独聚为一类，而嘉黎牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、江达牦牛先聚为一类，然后再与帕里牦牛聚为一大类；16种单倍型可分为...     

南水北调东线6个湖泊铜锈环棱螺遗传多样性与遗传结构分析

为评价调水工程对输水沿线湖泊水环境生态的影响，以高原湖泊滇池群体作对照，以南水北调东线各水域：东平湖、南四湖（微山湖）、骆马湖、洪泽湖、高邮湖、长江（扬州江都区）水域野生铜锈环棱螺为材料，基于COI和16S rRNA基因分析了各群体的遗传多样性与系统发育关系。结果显示，滇池群体单倍型多样性(0.924,0.958)、核苷酸多样性(0.04466,0.03068)、平均核苷酸差异数(27.333,14.117)均远高于南水北调东线6个群体。Tajima’s中性检验结果均不显著偏离中性(P>0.10)，核苷酸配对差异分布图并不呈现明显的单峰。滇池与东线6个群体遗传距离远远大于6个群体间遗传距离。聚类结果显示，南水北调东线6个群体大部分个体相互混杂在一起，而滇池群体的大部分个体集中在一起，与其他群体偶有混杂。研究表明，调水工程对沿线水域铜锈环棱螺的遗传多样性与遗传结构均产生了影响。     

基于线粒体控制区全序列的鄱阳湖水系鲢增殖放流群体与野生群体的遗传多样性分析

采用PCR和DNA测序技术研究鄱阳湖水系增殖放流群体与野生群体白鲢的遗传结构和群体遗传学特征,测定了瑞昌、赣江、增殖放流3个群体54尾鲢线粒体控制区全序列935bp,缺失或插入3个碱基,发现41个变异位点,均为简约信息位点,共检出24个单倍型。转换／颠换比为14.344。在邻接树上来自不同地点的鲢混杂分布于各分支,没有出现明显的谱系结构和地理聚群。AMOVA 分析表明变异主要来自种群内,种群间出现显著分化。FST=0.22388也表明遗传变异主要来自种群内。3个群体间的遗传距离为0.01035～0.01634,Fst值为0.08252～0.39171,表明3个群体间存在显著遗传分化。赣江、瑞昌和增殖放流群体的单倍型多样性分别为0.727、0.978、0.947,核苷酸多样性分别为0.00897、0.01135、0.00978,其中瑞昌群体的单倍型多样性与核苷酸多态性在3个群体中最丰富,其次是增殖放流群体,赣江群体单倍型多样性及核苷酸多样性最低,应加以保护。     

基于线粒体Cyt b基因的皖南山区温州光唇鱼种群遗传结构

为探讨皖南山区温州光唇鱼的种群遗传结构,采用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)对该区5个野生种群(祁门、黟县、休宁、旌德和宁国)进行群体遗传变异分析。131个样本的Cyt b基因(1141 bp)中共检出38个变异位点(变异率3.33%)、14种单倍型。序列碱基的平均含量分别为A(28.2%)、C(29.7%)、T(27.0%)、G(15.1%),A+T含量(55.2%)明显大于G+C含量(44.8%)。5个地理种群的单倍型多样性(0.0000~0.6799)和核苷酸多样性(0.0000~0.00759)普遍较低。群体分化系数(FST:0.2916-0.9782)和AMOVA分析中高达52.74%的遗传变异来自地理种群间,说明温州光唇鱼地理种群间已产生显著遗传分化;但不同水系的种群间没有显著遗传差异。群体间系统进化树显示:5个群体聚为两大进化枝,祁门和旌德种群为一枝,其余种群为另一枝。温州光唇鱼的这种种群遗传结构与地理隔离及其生态习性相关。     

不同地理区间上家马母系结构的差异分析

为了分析家马在世界各地理区间上的遗传结构差异,对家马遗传资源评价提供有益帮助,并对其母性起源和驯化提供一些分子生物学依据。对4个家马品种（蒙古马、锡尼河马、三河马和纯血马）共36个个体的mtDNA Cytb基因全序列进行了扩增和测序,并结合目前GenBank上登录的世界各地所有家马Cytb全序列进行分析,共检测到86种单倍型80个多态位点,其单倍型多样度为0.946,核苷酸多样度为0.00454,表明家马的遗传多态性比较丰富。首次通过将各品种家马根据地理区域划分为北美、西欧、东欧、中东、中亚、东亚6个类群以Cytb全序列作为标记比较母系遗传结构差异。结果表明：北美类群和亚洲类群之间差异较显著,而其余类群间则差异不显著,一方面说明亚欧大陆各地区马种之间母系基因渗透现象比较严重;另一方面一定程度上支持北美马种来自欧洲的论断。构建的Median Joining网络聚类图显示,所有家马的母系起源于A-G 7个单倍型群,进一步支持家马多重母系起源的观点。并且,家马各单倍型群都是由多个地理区间上分布的家马混杂而成的,即未发现由单独一种地理区间的家马构成的单倍型群,即地理位置、母系构成以及母性起源之间没有明显的相互关系。     

东亚4个黑山羊群体mtDNA D-环遗传多样性及其起源

为了研究地方山羊品种的起源与分化，了解其遗传背景，为山羊资源的合理利用提供基础资料，利用PCR产物直接测序法对3个中国黑山羊群体和1个韩国黑山羊群体共39个个体的mtDNA D-环部分序列进行了测定和分析。测定的序列经排列比对后选取441bp分析，发现了55个多态位点，单一多态位点11个，简约信息位点44个，确定了29种单倍型，单倍型多样度为0.984。构建系统发育树将29种单倍型分成了明显的3个分支，角猾羊聚入A分支。同时利用群体间的单倍型的错配分布和遗传距离分析了各群体的亲缘关系。结果表明：4个黑山羊群体遗传多样性丰富，至少拥有3个不同的母系起源，角猾羊是家山羊的一个母系祖先。     

基于mtDNA D-loop进行四种鲤科鱼类种间鉴定研究

为研究鲤科鱼类的遗传变异和种间鉴定,采用线粒体D环（mitochondrial DNA,mtDNAD-loop）作为分子标记,测定了四种常见鲤科鱼类（草鱼,Ctenopharyngodon idellus;鲢,Hypophthalmichthys molitri;鲤,Cyprinus carpio;鲫,Carassius cuvieri）mtDNAD-loop核苷酸序列。结果表明：四种鱼类mtDNAD-loop区碱基组成A＋T的平均含量（71.4%）明显高于G＋C（28.6%）。在108个个体中,共检测到132个多态位点（22个单一多态位点和110个简约信息位点）,由此界定了57个单倍型（H1-H57）。鲫的单倍型多样度（1.000±0.017）和核苷酸多样度（0.03593）最高,而草鱼最低（分别为0.499±0.071,0.00817）。四种鱼类可以通过53个特征性碱基严格区分。基于遗传变异分析表明：四种鱼类没有共享单倍型,种间特异性单倍类的特征性碱基可以作为种间鉴别的依据。通过mtDNA控制区的分子标记,可以为鱼类鉴定、种质资源保护及其产品的真伪鉴别提供依据。     

120份大豆种质资源遗传多样性和亲缘关系分析

采用覆盖20条染色体的68对多态性引物在120个大豆品种（系）[包括67个中国大豆品种（系）和53个引自美国的品种（系）]进行遗传多样性及亲缘关系分析。结果表明,120份大豆材料具有丰富的遗传多样性（N_a=1.9852,N_e=1.4343,H=0.2776,I=0.4361）;中国大豆比美国引进大豆遗传多样性水平高;7个群体遗传多样性由高到低为,黄淮海地区组>引种资源组>热带亚热带地区组>长江流域地区组>北方春大豆组>西南山区组>鲜食大豆组;7个群体间总遗传多样度（H_t）为0.2807,群体内遗传多样度（H_s）为0.2361,群体间遗传分化系数（G_st）为0.1589,基因流（N_m）为2.6468,群体间存在中低度遗传分化,遗传变异主要存在于群体内部,群体间N_m较丰富;以群体和单个品种（系）为单位进行UPGMA聚类的结果基本一致,部分材料相互交错。大豆种质遗传多样性与地理来源具有一定相关性的同时,不同地区间存在丰富的基因交流;黄淮海地区、西南山区、热带亚热带地区和长江流域地区的大豆材料遗传距离较近;引进大豆、北方春大豆和鲜食大豆与其他群体遗传距离较远,可作为拓宽中国栽培大豆遗传背景的物质遗传基础。     

云南糯稻遗传多样性的SSR分析

用24对单序列重复（simple sequence repeat,SSR）引物分析云南省63个糯稻品种的遗传多样性,结果显示云南糯稻总体遗传多样性水平较高。24个SSR位点共检测到153个等位基因,均为中度或高度多态位点。总群体平均香农指数为1．4493,平均Nei’s基因多样性指数为0．7187。滇西南、滇南和滇东南是目前云南省糯稻遗传多样性中心,是保护糯稻资源时应重点关注的区域。AMOVA分析表明糯稻的遗传变异主要存在于地区内品种间（79％）,只有5％遗传变异存在于地区间,品种内的遗传变异占16％,保护糯稻遗传多样性需要保护较多的品种。聚类分析显示Nei’s遗传相似系数为0．22时云南糯稻品种分为籼糯和粳糯2个类群,但是不能区分地理组。     

中国栽培大豆和野生大豆不同生态类型群体间遗传演化关系的研究

对全国栽培大豆不同地理、 季节生态类型和一年生野生大豆不同地理生态类型的大量材料, 进行形态、 等位酶和细胞器DNA RFLP性状等不受人工选择直接影响的中性性状的分析。 结果表明： （1）我国栽培大豆不同生态类型群体间地理生态分化明显, 遗传距离较大; 同一地理群体内存在季节生态分化, 遗传距离相对较小; 南方春豆     

西藏拉果错卤虫线粒体DNA遗传多样性的研究

对西藏拉果错卤虫线粒体12S-16S rDNA片段进行了限制性片段长度多态性（RFLP）分析。对两个样本ARC1347和ARC1348分别分析了40和31个个体。应用PCR技术扩增了卤虫单个休眠卵的线粒体12S-16S rDNA，选用能识别四碱基的限制性内切酶Hpa Ⅱ、Nde Ⅱ、TaqⅠ和Hag Ⅲ对该基因片段进行RFLP分析。在两个样本中均各检测出5种单倍型，其中单倍型AAAA为两个群体所共有，并均以该单倍型为主，它的个体数所占的百分比在两个群体（ARC1347和ARC1348）中分别为85．0％和83．9％。ARC1347号样本各单倍型之间的平均遗传距离为0．0350，ARC1348号样本各单倍型间的平均遗传距离为0．0121；ARC1347和ARC1348样本的线粒体12S-16S rDNA的多态度（或称核苷酸多样性指数）π值分别为0．0052和0．0013。结果说明，西藏拉果错卤虫具有一定的群体内遗传多样性。     

不同水系绒螯蟹线粒体DNA的遗传差异和群体遗传多样性研究

对中国大陆6水系10个地区中华绒鳌蟹和合浦绒螯蟹自然群体及1个俄罗斯地区日本绒鳌蟹群体中共289个个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I进行了RFLP分析。选用8种能识别4碱基的限制性内切酶AluI,DpnII,HaeIII,MspI,MseI,RsaI,TaqI和TasI及3种能识别6碱基的限制性内切酶ApaI,NdeI和VspI对该基因片段酶切后,在11个群体中共检测到15种复合单倍型,其中复合单倍型1为除合浦绒鳌蟹以外的群体所共有,并均以该复合单倍型为主(46.4%~96.7%),复合单倍型4在合浦绒鳌蟹群体中占有很大比例(91.7%);合浦绒螯蟹与中华绒螯蟹北方水系(黄河、海河、辽河)的遗传差异最为明显(Pnet=0.060~0.061);不同水系中华绒螯蟹及合浦绒螯蟹、日本绒螯蟹具有一定的群体内遗传多态性(π=0.000 2~0.016 7),但并不高。     

华中樱桃叶绿体InDel标记鉴定及应用

为筛选可用于华中樱桃遗传多样性分析和基因分型的叶绿体InDel标记,本研究以湖南省5个地理位置的华中樱桃群体为材料,鉴定了候选叶绿体非编码区序列中的InDel位点并应用于群体遗传多样性分析。结果表明,9个叶绿体非编码区片段中共有20个InDel位点,其中单碱基InDel位点9个,多碱基InDel位点11个,InDel出现频率约0.74%。非编码区trnR-UCU-atpA的InDel位点最多(5个),其次是trnHGUG-psbA (3个)和psbC-trnS-UGA (3个)。50个华中樱桃个体的核苷酸多态性(Pi)为0.001 51,可分为13个单倍型。群体ZF的核苷酸多样性最为丰富(Pi=0.001 58),其次是群体XP (Pi=0.001 40)、PJ (Pi=0.001 36)和LY (Pi=0.000 54)。从分布情况来看,单倍型H3为群体LY和PJ所共有,H5为群体ZF和XP共有,H6为群体PJ、XP和ZF共有,H8为群体PJ和XP共有;其他单倍型特异性地分布于各群体。系统进化分析结果显示,13个单倍型可分为两支：单倍型H5、H7和H11聚为一支,另外10个单倍型聚为...     

Amy6-4基因遗传多样性及其与α-淀粉酶活性的关联分析

α-淀粉酶活性是影响大麦种子发芽和麦芽制作及啤酒酿造的重要性状,Amy6-4为编码高等电点的α-淀粉酶基因,挖掘其高活性的等位变异对啤酒大麦的品种改良具有指导意义。通过对58份大麦品种中Amy6-4基因的重测序,研究了该基因的核苷酸序列以及在品种间的遗传多样性,并在群体结构分析的基础上,进行了核苷酸多态性与α-淀粉酶活性的关联分析。结果表明,Amy6-4基因共存在7个单核苷酸变异位点(SNP),构成5种单倍型。其中,H_3单倍型最普遍,发生频率为51.7%(30/58);其次为H_1单倍型,发生频率为39.7%(23/58);其他3种单倍型发生的频率约为10%。SNP位点及其构成的单倍型均与酶活性无关联性。     

贵州旱稻种质资源的SSR遗传多样性分析

本研究利用24对水稻微卫星（SSR）标记对源自贵州部分县乡种植以及早期基因库收集的112份地方旱稻材料的遗传多样性进行分析,结果共检出187个等位基因,每个位点的等位基因变幅为4～13个,平均Nei＇s基因多样性指数为0.6431,平均香农指数为1.3669。籼粳亚种均具有较高的遗传多样性,前者稍高于后者,但差异不明显。黔西南州拥有最多的种质,存在丰富的遗传变异,是贵州旱稻种质资源遗传多样性分布中心。分子方差分析表明,旱稻种质总变异的88%是由各地区内的群体间差异造成,地区间和各个群体内的遗传变异较小,均为6%。不同地区旱稻种质的遗传分化程度不一,变幅为2%～18%。聚类分析将供试旱稻材料较为明显地分为籼粳两个类群,而地理分组不明显。     

基于线粒体DNA控制区序列分析我国马鹿5个亚种的遗传分化

为了解马鹿种群遗传结构和分化水平,测定了马鹿5个亚种11个地理群共计146个体线粒体DNA控制区全序列。序列分析检测到167个变异位点,确定了54种单倍型;各个亚种呈现较高的单倍型多样性(h:0. 600～0. 959)及中等程度的核苷酸多样性(π:0. 006 3～0. 012 6)。中性检验仅发现甘肃马鹿显著性偏离中性突变,亚种间遗传分化指数FST 0. 5、基因流Nm0. 5,表明马鹿亚种间发生了显著的遗传分化,只存在少量基因交流。基于最大简约法和贝叶斯法构建的单倍型系统进化树和单倍型中介网络图显示塔里木马鹿有别于其他马鹿,它们分别来源于共同祖先的2个不同进化枝,阿尔泰马鹿、甘肃马鹿、阿拉善马鹿、天山马鹿又可细分为3个进化枝系,但它们是相互交叉聚类的。为我国马鹿的遗传资源保护和利用提供依据。     

马尾松实生种子园遗传多样性分析

以福建白砂林场马尾松实生种子园家系及其自由授粉子代为研究对象,从215对微卫星（SSR）引物中筛选出12对多态性比较理想者作为分子标记对种子园进行遗传多样性分析,研究结果主要如下：（1）子代群体等位基因数（A）平均为5.9167个,有效等位基因数（Ne）平均为2.3788个,Shannon多样性指数（I）为1.0348,平均期望杂合度（He）0.5745,Nei多样度为0.5740。各项指标均表明马尾松实生种子园子代群体具有较高的遗传多样性。群体的变异主要来源于群体内,群体间分化较小,遗传分化系数仅为0.504。（2）将冠层分上、中、下三层进行遗传多样性研究,发现其在冠层上无明显差异。（3）将所得的亲代群体指数与子代群体指数相比,发现子代群体遗传多样性未减弱。（4）两年度的多样性调查结果发现遗传多样性始终保持较高的水平。     

微卫星分子标记揭示的杂草稻遗传多样性及群体分化

为了明确不同地理位置杂草稻群体的遗传多样性现状、遗传分化水平以及杂草稻群体之间的基因流。本研究利用24对SSR引物对来自黑龙江、吉林、辽宁、江苏和广东共17个杂草稻群体的469份杂草稻样本进行的遗传多样性及遗传分化分析。结果表明杂草稻群体的总体遗传多样性较为丰富(I=0.36, He=0.23),不同杂草稻群体间的遗传多样性指数差异较大,He在0.07～0.35之间。AMOVA分析结果表明,杂草稻群体70%的变异来源于群体间,30%的变异来源于群体内。聚类分析显示,相邻地区的种群间相似性较高,江苏省杂草稻的不同种群间存在较高遗传分化;遗传分化与基因流结果表明,17个杂草稻种群间总的Nm值为0.117,总Fst值为0.694。地理位置较近的种群间Nm普遍较高,Fst较低;而地理位置较远的种群间Nm普遍较低,Fst较高。总之,本实验中的杂草稻群体总体的遗传多样性水平较高,群体之间的遗传多样性指数差异较大;杂草稻群体间的遗传分化显著大于群体内的分化,符合遗传距离的空间隔离模型;杂草稻群体间和地区间有一定水平的基因流,本研究对理解杂草稻在农田生态系统中的适应性进化及制定杂草稻控制策略具有重要意义。