从细胞色素b基因序列探讨普氏野马与蒙古马的遗传多态性

测定了14匹普氏野马(6匹A系和8匹B系)和18匹蒙古马的细胞色素b基因全序列1 140 bp.分析了普氏野马和蒙古马之间的遗传多态性.从GenBank获得10个韩国Cheju马和2个日本家马细胞色素b全序列,以驴的序列作根,用最大简约化法绘制出45个序列的系统发育树.研究认为:普氏野马与蒙古马遗传关系较近;蒙古马具有多个起源或经过多次驯化;蒙古马、日本家马和韩国Cheju马具有共同的祖先.     

利用细胞色素b（Cyt b）基因分析绿孔雀和蓝孔雀的遗传分化

 采用PCR产物直接测序法测定了10只绿孔雀和5只蓝孔雀的mtDNA细胞色素b基因516 bp序列, 结合已发表的孔雀细胞色素b基因序列数据进行了序列比较分析;以雉鸡和家鸡的同源序列为外群,采用NJ法和ME构建了系统发育树。结果表明蓝孔雀群体内遗传差异程度低于绿孔雀,绿孔雀和蓝孔雀之间的核苷酸差异的平均数为21.417,净遗传距离为0.039±0.01,推断出绿孔雀与蓝孔雀的分化时间至少为2.96百万年,从而在分子水平揭示出绿孔雀和蓝孔雀属于两个不同的物种。重建的系统树将所有序列聚为支持率较高的绿孔雀与蓝孔雀2大类群,显示云南的绿孔雀至少存在两种类型,且这两种类型可能达到了亚种分化水平,而白孔雀和杂色孔雀在分类上则属于蓝孔雀类群。     

南方鲇细胞色素b基因序列的保守性

对5个种群的南方鲇（Silurus merdionalisChen）的线粒体DNA细胞色素b基因片段的500 bp序列进行测定,经Clustal X同源排序后得400 bp序列,结果发现：南方鲇种群内碱基的变异很低,雅砻江、岷江、乌江种群均为0,宜宾种群为0.25%,洞庭湖种群为1%;雅砻江、岷江、乌江种群只有1种单倍型,宜宾种群有2种单倍型,洞庭湖种群有5种单倍型,且单倍型间变异位点很少,雅砻江、岷江、乌江种群无变异位点,宜宾种群仅有1个变异位点,洞庭湖种群有4个变异位点.表明细胞色素b基因在南方鲇种群内是相当保守的.     

中国小家鼠细胞色素b基因序列分析

[目的]研究中国小家鼠的细胞色素b基因序列与DNA分类系统。[方法]对来自陕西汉中、新疆乌鲁木齐、云南昆明、湖北武汉和台湾等18个地区的20只小家鼠个体进行基因组DNA提取,细胞色素b基因的PCR扩增和序列测定,并分析碱基组成,构建系统进化树。[结果]20只小家鼠基因组大小均在20000bp以上;小家鼠细胞色素b基因序列中A、T、G、C的平均含量分别为31．6％、29．2％、12．2％和27．0％,个体间碱基组成几乎无差别;汉中、乌鲁木齐等长江以北的12个个体与舱m．musculw的系统发育关系为一支系,昆明、武汉、台湾等8个长江以南的个体与舱m．castanloes的系统发育关系较近。[结论]中国小家鼠以长江为界,可分为南北2大亚种,南方为舱m．costalzues亚种,北方为胍m．musculus亚种。     

南方鲇细胞色素b基因序列的保守性

对5个种群的南方鲇(Silurus merdionalis Chen)的线粒体DNA细胞色素b基因片段的500 bp序列进行测定, 经Clustal X同源排序后得400 bp序列, 结果发现: 南方鲇种群内碱基的变异很低, 雅砻江、岷江、乌江种群均为0, 宜宾种群为0.25%, 洞庭湖种群为1%; 雅砻江、岷江、乌江种群只有1种单倍型, 宜宾种群有2种单倍型, 洞庭湖种群有5种单倍型, 且单倍型间变异位点很少, 雅砻江、岷江、乌江种群无变异位点, 宜宾种群仅有1个变异位点, 洞庭湖种群有4个变异位点. 表明细胞色素b基因在南方鲇种群内是相当保守的.     

基于线粒体细胞色素b基因序列分析的泉水鱼遗传多样性研究

测定了长江水系贵定和乐山2个群体30尾泉水鱼细胞色素b基因1 026 bp序列,发现13个变异位点,检测出7种单倍型,Hd和Pi分别为0.772和0.0041,其中贵定和乐山群体的Hd分别为0.695和0.362,Pi分别为0.0030和0.0004,呈现出单倍型多样性较低和核苷酸多样性极低的特点;两个群体间的Fst和Nm值分别为0.7417和0.17,AMOVA分析显示遗传变异主要集中在群体间(74.17%),表明群体间出现高度的遗传分化;在邻接树上出现两个按地理来源聚群谱系,呈现出明显的地理结构;估算群体间分歧时间大约在16万年前,为更新世时期。中性检测表明两个群体在过去没有发生种群的快速扩张。建议将贵定和乐山群体作为不同的管理保护单位加以保护。     

平耳孔蜈蚣细胞色素b基因序列变异分析

[目的]对中国平耳孔蜈蚣种群的地理变异进行初步探讨。[方法]中国平耳孔蜈蚣标本经95%乙醇浸制后进行总基因组提取、PCR扩增和测序,最后进行序列分析。[结果]共定义26个单元型,单元型之间的平均遗传距离为0.13。种群的遗传多样性波动范围较大,系统发生树中各样地平耳孔蜈蚣的单元型呈现一种混杂的分布格局。[结论]根据节肢动物分子钟,推断现代平耳孔蜈蚣遗传分布格局均比较古老,早在第三纪中期就已经形成,可见更新世冰期对平耳孔蜈蚣种群没有影响。     

基于细胞色素b基因序列的中国牛亚科家畜系统发育关系

 【目的】探讨中国牛亚科家畜物种间的系统发育关系,为牛亚科家畜的系统演化历史提供分子证据。【方法】采用PCR产物直接双向测序法,获得普通牛、瘤牛、牦牛、大额牛、沼泽型亚洲水牛和河流型亚洲水牛共6个物种的线粒体DNA Cyt b基因全长序列,运用分子进化软件分析物种间的系统发育关系。【结果】6个牛种的Cyt b基因序列长度均为1 140 bp,没有观察到插入/缺失突变,共检测到220个变异位点,包含213个简约信息位点;Cyt b基因序列变异中转换数明显高于颠换数,转换数和颠换数的比值为5.2,突变没有达到饱和状态。由遗传距离可知,普通牛与瘤牛的亲缘关系最近,而它们与大额牛、牦牛、沼泽型亚洲水牛、河流型亚洲水牛的亲缘关系依次逐渐疏远。牛亚科家畜6个物种分布于4个主要的单系群分支,可划归为家牛属、牦牛属、准野牛属和水牛属;牛种间的分歧时间在0.775—6.43 MYA,亚洲水牛与其它牛种间的分歧时间最长,普通牛与瘤牛的分歧时间最短。大额牛和印度野牛的单系性都没有得到显现,大额牛和印度野牛在线粒体DNA水平上不能清晰地相互区分。【结论】中国牛亚科6个牛种划分为4个分支,分别对应于家牛属、牦牛属、准野牛属和水牛属,家牛属与准野牛属、牦牛属、水牛属的亲缘关系逐渐疏远;6个牛种间的进化分歧时间在0.775—6.43 MYA。大额牛与印度野牛的亲缘关系非常近,两者在较早的世代具有共同的母系起源;不支持大额牛是印度野牛的家养型或驯化种的观点,它们有可能都是现已灭绝的某种野生牛的后代。     

河川沙塘鳢线粒体细胞色素b(Cytb)基因序列分析

采用特异性引物PCR扩增获得了河川沙塘鳢细胞色素b基因序列,并与塘鳢科其余22种细胞色素b基因序列进行比对,运用Mega 3.1软件通过NJ法构建了塘鳢科鱼类系统发育树。结果显示:2尾试验鱼构成1支;Eleotris、Hypseleotri 2个属构成1支;Odontobutis、Perccottus glehni 2个属构成1支;Bostrychus、Butis、Oxyeleotris、Ophiocara 4个属构成1支;Ptereleotris heteroptera单独构成1支。该研究结果可为深入探讨沙塘鳢属及塘鳢科鱼类的系统分类与重新整理提供依据。     

基于线粒体细胞色素b基因的3个兰州鲇群体的遗传多样性分析

测定了3个兰州鲇群体,即野生兰州鲇(WS)、兰州鲇亲本(Qs)、人工繁育鲇子一代(ZS),共56尾样本的线粒体细胞色素b基因,运用MEGA 4.0、DNASP等软件对样本的968 bp线粒体Cytb基因序列进行了分析.结果显示:共检测到17种单倍型、99个变异位点,其中有93个是多态位点(包含74个简约信息位点),总变...     

贵州黑山羊mtDNA Cytb基因遗传多样性分析

[目的]研究分析了贵州黑山羊mtDNACytb基因的遗传多样性,为贵州黑山羊遗传资源的保护、开发及利用奠定分子遗传学方面的基础。[方法]测定贵州黑山羊品种16个个体的细胞色素b基因全序列,分析其碱基组成和序列间碱基的变异。[结果]在该品种(群体)中观察到6次T-C间发生碱基转换,其中有5个碱基替换发生在密码子第3位点,有1个碱基替换发生在密码子第1位点,且所有的变异均为同义突变;观察到4种单倍型。单倍型多样度(H)为0.442,核苷酸多样度(π值)为0.145%+0.159%。以绵羊为外群构建分子系统发生树,结果初步提示,贵州黑山羊有两个母系起源,其中支系A占81.25%(13/16),支系B占18.75%(3/16)。[结论]贵州黑山羊有两个母系起源(支系A和支系B),且该品种线粒体DNA多态度较为贫乏。     

两种绒山羊线粒体细胞色素b序列分析与系统进化

[目的]研究产绒量居全国第一的中国特有种质资源-辽宁新品系绒山羊和产绒质量居全国第一的内蒙古阿尔巴斯绒山羊系统发生地位。[方法]通过PCR方法，对两种绒山羊16个个体的细胞色素b核苷酸同源区进行序列的测定，并进行比较分析。[结果]序列分析结果表明，序列全长为1140bp，定义了11种单倍型，单倍型比例为68．75％，说明辽宁新品系绒山羊和内蒙古阿尔巴斯绒山羊的遗传多态性比较丰富。利用分子钟，计算物种的分歧时间，绒山羊与山羊属其它山羊的分歧的时间大约是0．4万年，山羊属和岩羊属的分歧时间大约是3～6百万年，山羊属与绵羊属的分歧时间大约是4～7百万年。[结论]本试验成功地测定和分析两种绒山羊的细胞色素b序列，为研究绒山羊的分子进化和遗传特性奠定一定的基础。     

细胞色素b基因标记绵羊种内亲缘关系的初步研究

[目的]从群体的角度,初步探讨细胞色素b（Cytb）基因标记绵羊种内亲缘关系。[方法]用PCR方法扩增出滩羊和洼地绵羊2个地方绵羊品种共112个个体的线粒体DNA（m tDNA）Cytb基因,用限制性内切酶EcoRΙ对其进行限制性长度多态性（RFLP）分析。[结果]在56个滩羊样品中,有51个个体检测到1个酶切位点,5个个体没有检测到切点,呈现出2种限制性态型。在56个洼地绵羊样品中均能检测到酶切位点,表现为1种限制性态型。[结论]受试绵羊品种线粒体DNA多态性较贫乏,且m tDNA Cytb基因在绵羊品种内、品种间都有很强的保守性。因此,Cytb基因标记绵羊种内亲缘关系有一定的局限性。     

海子水牛Cyt b基因序列分析

测定了18头海子水牛细胞色素b(Cyt b)基因全序列(1 140 bp)并对其进行了分析。Cyt b基因1 140个位点中,共发现10个可变位点,均为转换,其中1个位点引起氨基酸更换替代,其余可变位点均为同义替换。序列分析表明,海子水牛Cyt b基因表现出明显的碱基组成偏倚和密码子使用偏倚。研究发现,海子水牛终止密码子包括AGA和AGG两种,其中AGG为牛亚科动物Cyt b基因的终止密码子之一是国内外首次报道。18条Cyt b基因序列共定义了4种单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.527,核苷酸多样性(Pi)为0.004 63,表明海子水牛的遗传多样度较高,推测海子水牛可能存在两种甚至更多不同的母系起源。     

海鲢细胞色素b基因的序列分析

[目的]分析中国海鲢的分类地位。[方法]从浙江、海南和广东3个地区的4尾海鲢中提取DNA,测定其线粒体细胞色素b(Cytb)基因部分序列,结合GenBank中Elops hawaiensis、E.saurus和E.affinis的相关序列,采用Kimura 2-parameter模型计算各类群间的遗传距离,并以大海鲢为外类群,用邻接法构建系统发育树。[结果]海鲢Cytb 5′端646 bp同源序列中A+T的含量(51.9%)高于G+C含量(48.1%);变异位点有29个,其中单碱基变异位点24个,简约信息位点数为5;转换/颠换比>4.0。在分子系统树上,中国海鲢与E.hawaiensis以98%的自展置信值聚为一支,然后与E.saurus成姐妹群。中国海鲢与E.saurus和E.affinis遗传距离分别为0.013~0.015和0.034~0.035,处于3个已知种的种间水平,而与E.hawaiensis间遗传距离为0.000~0.004,比自身之间的遗传距离还要小。[结论]推测中国东南沿海的海鲢或为E.hawaiensis。     

黑龙江流域黑斑狗鱼遗传多样性的Cytb基因初探

[目的]了解黑龙江流域黑宽狗鱼不同地理群体的遗传多样性,为其种质资源的保护和开发提供分子的依据。[方法]从4尾来自黑龙江、17尾来自乌苏里江和5尾来自牡丹江的黑斑狗鱼中提取DNA,测定其线粒体DNA细胞色素b基因序列,采用Kirmra2-parameter模型计算各群体间和单倍型间的遗传距离;以白斑狗鱼为外类群,用邻接法构建系统发育树,构建单倍型的简约性网络图;根据单倍型多样性和核苷酸多态性等信息评估种群的遗传多样性。[结果]获得黑斑狗鱼细胞色素b（Cytb）基因1053bp序列,其中G含量最低,仅14．2％,A＋T含量（57．7％）高于G＋C含量（42．3％）;变异位点有8个,总变异率为0．76％,其中简约信息住点有3个;序列中无插入和缺失,转射颠换为7／1,26尾黑癍狗鱼中共有7个单倍型,单倍型多样性（H）较高（0．76308±0．00315）,但核苷酸多态性（π）极低（0．00126）;3个地理群体黑斑狗鱼群体间遗传距离小（0．067％～0．143％）。[结论]黑龙江流域3个群体的26尾黑斑狗鱼属于同一个种群,其遗传多样性极为贫乏,种质资源亟需得到有效保护。     

贵州白山羊与湖南马头山羊mtDNA Cytb基因系列比较及系统进化研究

[目的]为了从核酸序列水平上分析2个山羊线粒体DNA Cytb基因的遗传多样性及系统发生地位。[方法]对贵州白山羊及马头山羊2个山羊品种,共计27个个体mtDNA Cytb基因片段进行测序分析和比较。[结果]26条山羊的Cytb基因序列均为1140bp的同源基因序列;总共发现12个变异住点,观察到10种单倍型;2个山羊品种中单倍型多样性为0．635％-0．889％,核苷酸多样度为0．189％～0．253％。[结论]2个山羊品种线粒体DNA遗传多态性为中等;贵州白山羊与湖南马头山羊同起源于胃石山羊。