荒漠草原植物根际溶磷细菌的分离鉴定及其溶磷能力的比较

溶磷细菌是主要的根际促生菌的类群之一,其在发展绿色农业和荒漠化防治中具有重要作用。已有的相关研究主要集中于农作物等,而对于荒漠草原植物溶磷细菌的研究尚很缺乏。该研究利用涂布划线方法、以无机磷培养基从四子王旗荒漠草原四种优势植物根际土壤中分离溶磷细菌,采用过硫酸钾消解-钼锑抗比色法检测菌株的溶磷能力。从4种优势植物兔唇冬青草、银灰旋花、蒙古黄芪和短花针茅根际土壤共分离得到42株溶磷细菌,归为五个类群19个属。其中19株（45.2%）属于放线菌纲（Actinobacteria）,5株（11.9%）属于芽孢杆菌纲（Bacilli）,16株（38.1%）属于α-变形菌纲（α-proteobacteria）,1株（2.4%）属于β-变形菌纲（β-proteobacteria）,1株（2.4%）属于γ-变形菌纲（γ-proteobacteria）。溶磷能力测定结果表明菌株GP0501、GP0506、GP0507和GP0509在42株菌种中溶磷能力最强,溶磷量分别为77.57、65.89、58.08、68.02μg/mL,都属于芽孢杆菌属（Bacillus）,具有较大的应用潜力。     

大型蚤附着微生物群落结构的组成和稳定性

以浮游动物中的大型蚤(Daphnia magna)为研究对象,用变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离微生物的16S rDNA,探讨不同环境条件下浮游动物携带微生物的多样性及与周围环境之间的关系.结果表明,用螺旋藻和光合细菌喂养的大型蚤的群落多样性较低,而经过天然河水喂养的大型蚤微生物群落相应增加.附着于大型蚤的微生物优势种群包括β-变形菌纲(β-proteobacteria)、γ-变形菌纲(γ-proteobacteria)、拟杆菌纲(Bacteroidetes)和芽孢杆菌纲(Bacilli).3-变形菌纲和γ-变形菌纲较稳定附着于大型蚤上,拟杆菌纲经过一段时间的河水喂养之后,种群优势消失,并出现了新的优势种:芽孢杆菌纲.     

新疆Kiyik废弃古河道天然胡杨林地可培养细菌的多样性研究

[目的]研究新疆塔里木河中游的Kiyik废弃古河道天然胡杨林地可培养细菌群落结构和多样性.[方法]从Kiyik废弃古河道胡杨林两个采样点(采样点Ⅰ,采样点Ⅱ)采集样品,采用LB、TSA和YPG等3种不同培养基分离纯化细菌,并对它们进行16 S rDNA测定和系统进化分析.[结果]108株菌来自于采样点Ⅰ,85株菌来自于采样点Ⅱ,共分离纯化了不同表型的193株菌.16 S rDNA序列分析结果表明193株菌分别属于5个大类群:厚壁菌门(Firmicutes)占59.6;,γ-变形菌纲(Gamma-proteobacteria)占29.5;,放线菌门(Actinobacteria)占7.3;,β-变形菌纲(Beta-proteobacteria)占2.6;,α-变形菌纲(Alpha-proteobacteria)占1.6;,26个属,62个种.其中有34株菌的16 S rDNA相似率＜98.0;,分别属于11个属的25个物种,是胡杨林本源的潜在新菌种.假单孢菌属(Pseudomonas,34.3;)是采样点Ⅰ中分离到的优势细菌属,而采样点Ⅱ的优势细菌属为芽孢杆菌属(Bacillus,54.1;).芽孢杆菌属和微杆菌属(Microbacterium)是两个采样点共有的属,在物种水平上仅有芽孢杆菌属的4个物种为两个采样点共有,而其他菌种仅发现于单个样点.[结论]在两个采样位点中分离到的可培养细菌具有较高的多样性,两个样点菌种分布的差异极显著.存在的潜在新细菌菌种资源较丰富,具有进一步发掘的潜力.     

不同养殖时期刺参肠道内菌群结构的分析

为研究不同养殖时期刺参Apostichopus japonicus肠道内的细菌菌群结构,采用PCR-DGGE技术对DGGE凝胶中的主要条带进行切割、回收、克隆、测序。结果表明:3、4、5、6、9、10月,大连瓦房店海区养殖刺参肠道内细菌16S r DNA-V3可变区序列经PCR扩增及DGGE电泳后分别获得49、49、54、53、52、51个条带;3月与9月的菌群结构相似度最高,为67.9%,4月与10月次之,为63.8%;经条带序列分析得到43个主要条带对应的核酸序列,11个与未培养菌相似,32个与归属为7个细菌类群的细菌序列相似,包括α-变形菌纲、γ-变形菌纲、δ-变形菌纲、黄杆菌纲、蓝藻纲、绿弯菌门、疣微菌门;α-变形菌纲、γ-变形菌纲、黄杆菌纲是不同养殖时期刺参肠道内的主要细菌群落,其中γ-变形菌纲所占比例最高,达25.00%~35.71%,除3月和9月外,黄杆菌纲的相对含量均高于α-变形菌纲。研究表明,春秋两季刺参肠道内菌群结构呈现类似的演替变化规律,α-变形菌纲所占比例下降,而γ-变形菌纲与黄杆菌纲所占比例上升。     

烟草根际与非根际细菌的系统发育多样性研究

运用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对烟草根际与非根际土壤中可培养细菌多样性进行了研究。用NA、1/10NA、R2A、1/10R2A培养基分别从烟草根际与非根际土壤中分离了17株与28株细菌。16S rRNA序列分析结果表明,17株根际细菌可分为5个属6个种,7株属于厚壁菌门(Firmicutes,41.18%),4株属于变形菌门α-变形菌纲(Alphaproteobacteria,23.53%),4株属于放线菌门(Actinobacteria,23.53%),2株属于变形菌门β-变形菌纲(Betaproteobacteria,11.76%);28株非根际细菌可分为9个属17个种,15株属于厚壁菌门(Firmicutes,53.57%),6株属于放线菌门(Actinobacteria,21.43%),4株属于变形菌门β-变形菌纲(Betaproteobacteria,14.29%),2株属于变形菌门α-变形菌纲(Alphaproteobacteria,7.14%),1株属于拟杆菌门(Bacteroidetes phy.nov.,3.57%)。芽孢杆菌属(Bacillus)为优势菌属。1株细菌可能为新种或属。研究表明烟草根际与非根际土壤中含有较为丰富的微生物资源。     

接种菌剂对牛粪堆肥反硝化细菌群落的影响

将具有木质纤维素降解能力的菌剂,接种到以牛粪和水稻秸秆为材料的堆肥中,通过测定温度、p H、C/N、种子发芽率、NH+4-N、NO-3-N相关指标,考察了接种菌剂堆肥和自然堆肥的腐熟情况;采用传统培养与PCR-DGGE技术相结合的方法 ,研究了接种菌剂对牛粪堆肥中反硝化细菌数量及nos Z-反硝化细菌群落结构多样性的影响。结果表明:两种堆肥都已完全腐熟,达到无害化标准,且接种菌剂堆肥更利于有机质分解,腐熟度更好;接种菌剂使可培养的反硝化细菌数量减少,nos Z-反硝化细菌多样性增加;自然堆肥中样品间相似性在50%~75%之间,接种菌剂堆肥样品间相似性在27%~76%之间,接种菌剂加快了反硝化细菌群落的演替。堆肥中nos Z-反硝化细菌包括γ-变形菌纲(γ-proteobacteria)、β-变形菌纲(β-proteobacteria)、未培养细菌(Uncultured bacteria)和α-变形菌纲(α-proteobacteria);接种菌剂堆肥中检测到自然堆肥不存在的反硝化细菌类群,这些类群分别属于盐单胞菌属(Halomonas)、固氮螺菌属(Azospirillum)、副球菌属(Paracoccus)、草螺菌属(Herbaspirillum)和产碱菌属(Alcaligenes),其中,产碱菌属、副球菌属中某些菌株的反硝化终产物为N2,减少了温室气体N2O的排放。     

广西北部湾近海产胞外多糖细菌多样性及其抗氧化活性分析

[目的]鉴定广西北部湾近海产胞外多糖(EPS)的海洋细菌种类多样性,并测定其EPS生物学活性,为后续研究EPS活性及其开发利用打下基础.[方法]采用黏液比色法、乙醇沉法和苯酚硫酸法初筛产EPS细菌,通过16S rD-NA序列鉴定细菌种属并进行遗传进化分析,以1,1-二苯基-2-三硝基苯肼(DPPH)测定EPS的抗氧化活性.[结果]从广西北部湾近海海水、沙粒和红树林泥土中共分离出205株产EPS细菌,结合分离株的菌落特征和形态观察结果可将所分离获得的细菌归为28种细菌.对28株代表细菌株进行鉴定,结果显示分属于2个纲(芽孢杆菌纲和γ-变形菌纲)、4个目(芽孢杆菌目、假单胞菌目、弧菌目和肠杆菌目)、4个科(芽孢杆菌科、莫拉菌科、弧菌科和肠杆菌科)、6个属(芽孢杆菌属、葡萄球菌属、弧菌属、发光杆菌属、变形杆菌属和不动杆菌属)、15个种;优势菌属为芽孢杆菌属,占所鉴定菌株的71.43%,其次为葡萄球菌属、弧菌属、发光杆菌属、变形杆菌属和不动杆菌属.EPS活性检测结果显示,不同种属细菌所产EPS均具有一定的DPPH清除作用,但不同菌株间差异明显,清除率为9.43%~71.10%.[结论]从广西北部湾近海地区共分离鉴定出2纲4目4科6属15种产EPS的海洋细菌,以芽孢杆菌属为主,存在种类多样性,且各类细菌分泌产生的EPS均具有一定抗氧化活性.     

钒抗性微生物的筛选

试验从四川省攀枝花市朱家包包钒钛磁铁矿区的表层土壤中筛选出21株钒抗性微生物,经16S r RNA基因测序鉴定可知,筛选所得的微生物分别属于放线菌纲、α-变形菌纲、β-变形菌纲和γ-变形菌纲。这些菌株的获得将为钒污染地区微生物资源的开发利用及矿区生态修复提供理论和技术支持。     

寄主转换对云斑白条天牛幼虫肠道细菌多样性的影响

【目的】研究寄主转换对云斑白条天牛Batocera lineolata幼虫肠道细菌多样性的影响,为从肠道细菌的角度解析云斑白条天牛的寄主适应性以及开发利用微生物等方面提供理论依据。【方法】以核桃作为原寄主,桉树作为转换寄主饲养云斑白条天牛幼虫,采用传统微生物分离培养、16Sr RNA基因测序以及高通量测序的方法对转换寄主云斑白条天牛幼虫肠道细菌多样性进行研究。【结果】通过传统微生物培养共获得19株可培养细菌,从核桃饲养的云斑白条天牛幼虫肠道中分离出10株细菌,转换寄主后,从云斑白条天牛幼虫肠道中分离出9株细菌;两种寄主饲养处理均分离出6个属的可培养细菌,其中有5个属为共有菌属。高通量测序结果表明,寄主转换前后的云斑白条天牛幼虫肠道细菌多样性无显著差异。云斑白条天牛幼虫肠道样本中细菌分别属于20个门32个纲55个目90个科170个属,其中两种处理云斑白条天牛幼虫肠道优势菌均属于变形菌门（Proteobacteria）γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria）肠杆菌目（Enterobacteriales）肠杆菌科（Enterobacteriaceae）肠杆菌科下未确定属（Unc...     

回头岸礁区4 种造礁珊瑚中可培养细菌的多样性

采用稀释涂布平板法,分离三亚鹿回头岸礁区4种造礁珊瑚及其周围海水中的细菌,并基于16S r RNA基因序列进行了系统发育分析,从而探讨造礁珊瑚中可培养细菌的物种多样性。从澄黄滨珊瑚(Porites lutea)、鹿角珊瑚(Acropora sp.)、盔形珊瑚(Galaxea sp.)、扁脑珊瑚(Platygyra sp.)样品中分别分离获得细菌60、61、54、20株,从珊瑚周边海水中分离获得细菌31株。16S r RNA基因序列分析表明,珊瑚来源的细菌分布于放线菌门(Actinobacteria)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。在属级水平上对4种珊瑚及海水来源细菌群落组成分析,发现在4种珊瑚中均有分布的属有3个,为Brachybacterium、Microbacterium和Ruegeria,珊瑚来源细菌类群有一定差异。同时发现4种珊瑚来源细菌与海水来源细菌类群差异较大。在分离的菌株中,有7株菌与已有效描述的细菌物种典型菌株的全长16S r RNA基因相似性低于97%,代表着潜在新属或新种。试验结果表明,三亚鹿回头岸礁区珊瑚中存在较为丰富的细菌多样性,并潜藏较多的新物种资源。     

螃蟹脚可培养内生细菌多样性及其促生活性研究

【目的】揭示螃蟹脚可培养内生细菌的多样性及其产IAA、铁载体及解磷、解钾能力,筛选具促生活性菌株,为后续植物内生细菌资源的开发与利用提供一定的基础数据和理论依据。【方法】以寄生植物螃蟹脚为研究材料,采用4种分离方法和5种不同培养基分离其内生细菌,通过16S rRNA基因序列对内生细菌进行鉴定,并构建系统发育进化树确定内生细菌的分类地位;从分离获得的螃蟹脚内生细菌中筛选具有ACC脱氨酶活性菌株,并对含ACC脱氨酶内生菌株的产IAA、铁载体及解磷、解钾能力进行测定。【结果】从螃蟹脚中共分离纯化获得60株内生细菌,通过16SrRNA测序及比对分析,去重复后共获得52株螃蟹脚内生细菌,分属于15科22属,其中以悬浮法（Z法）和纤维素—脯氨酸培养基（4号）的分离效果最佳,分别获得16和17个菌属,且以短小杆菌属（Curtobacterium）为优势菌属,占23.08%。促生能力测定结果表明,12株具ACC脱氨酶活性的内生细菌中7株菌（占58.33%）具有产IAA能力,其中菌株SWFU34产IAA能力最强,为4.95mg/mL;10株菌（占83.33%）具有产铁载体能力;8株菌（占66.67%）具解磷和解钾能力,其中有4株菌株（占33.33%）同时具有产IAA、铁载体及解磷、解钾能力。【结论】螃蟹脚蕴藏着丰富的微生物资源及具促生活性的菌株,其中短小杆菌属为优势菌属,假单胞菌属菌株SWFU34的促生活性最突出,具有农业应用的潜力。     

斜带石斑鱼幼鱼消化道与养殖水体中可培养菌群的研究

利用海水琼脂、TCBS和MRS培养基对斜带石斑鱼Epinephelus coioides幼鱼消化道和养殖水体中的细菌进行分离纯化,采用生理生化鉴定结合16SrRNA基因测序进行细菌鉴定,探讨了幼鱼消化道中的菌群与养殖水体中菌群的关系。结果表明：幼鱼消化道中可培养细菌总数（9．0×106cfu／g）高于养殖水体中可培养细菌总数（5．4×105cfu／mL）,幼鱼消化道中细菌种类也明显多于养殖水体;在幼鱼消化道和养殖水体中均检测到副溶血弧菌、哈维氏弧菌、短小芽孢杆菌、克劳氏芽孢杆菌、鲍氏不动杆菌、嗜冷杆菌和洋葱伯克霍尔德菌等7种细菌。细菌系统进化分析结果表明,这些细菌隶属于β-变形杆菌纲、γ-变形杆菌纲和芽孢杆菌纲。幼鱼消化道和养殖水体的优势菌中均有芽孢杆菌和嗜冷杆菌,提示芽孢杆菌和嗜冷杆菌能通过养殖水体很好地进入消化道。3种乳酸菌（乳酸乳球菌、干酪乳杆菌和屎肠球菌）仅见于幼鱼消化道,且仅占消化道菌群数量的0．70％。弧菌在消化道和养殖水体中所占比例均很小,分别仅占细菌总数的1．07％和0．10％。     

湛江东海岛对虾育苗场水体细菌的抗生素耐药性

利用K-B纸片扩散法研究分离自湛江东海岛6个对虾育苗场(分别编号为YF,JD,DC,HM,SD,XR)水体中的217株细菌菌株对12种抗生素的耐药性。研究结果表明,参试的12种抗生素之间的细菌耐药性差异显著(ANOVA,P0.05),6个育苗场内细菌对多粘菌素B、左氟沙星和环丙沙星高度敏感,对氨苄西林、甲氧苄胺嘧啶、复方新诺明和四环素则高度耐药;多重耐药菌株在每个育苗场中均有发现,52.07%的菌株呈现多重耐药性,未发现对参试的12种抗生素100%耐药的菌株。统计分析结果显示,尽管HM和XR育苗场的细菌耐药性比其他育苗场高,但6个对虾育苗场之间水体细菌的抗生素耐药性无显著差异(ANOVA,P0.05)。     

柿树内生细菌的分离与鉴定

[目的]了解柿树内生细菌的多样性及分布规律.[方法]采用平板分离法对柿树内生细菌进行首次分离、筛选和鉴定.[结果]从柿树根、幼茎和叶中共分离出内生细菌11株,不同组织中内生细菌的数量存在差异;经菌落形态特征和显微形态观察鉴定分属于4个属,即短小杆菌属（Curtobacterium）1株、芽孢杆菌属（Bacillus）7株、乳杆菌属（ctobacillus）1株、假单胞菌属（Pseudomonas）2株.[结论]柿树内生细菌具有生物多样性.     

不同生长条件下铁皮石斛内生细菌多样性及活性菌株的筛选

目的 比较和分析野生与人工栽培铁皮石斛Dendrobium officinale 内生细菌分布特点,筛选有较强定殖能力的活性菌株,为促进野生铁皮石斛驯化、提高药材品质奠定基础。方法 采用组织块分离法分离铁皮石斛根、茎、叶各部位的内生细菌,利用16S rDNA序列和系统发育树对分离菌株进行分析鉴定,体外筛选具有解磷、解钾、固氮、产铁载体、产IAA、拮抗病原菌的促生活性菌株,回接后再分离,观察内生细菌在组培苗中的定殖动态。结果 从铁皮石斛中分离到285株内生细菌,其中,217株分离自野生铁皮石斛,归类于3门9属,以芽孢杆菌属Bacillus和不动杆菌属Acinetobacter为优势菌群存在于根、茎、叶中,其菌株数分别占总分离菌株数的79.26%和8.76%;68株内生细菌分离自人工栽培铁皮石斛,归类于1门3属,以伯克霍尔德菌属Burkholderia和埃希菌属Escherichia为优势菌群存在于根、茎中,其菌株数分别占总分离菌株数的54.41%和30.88%。泛菌属Pantoea在野生和人工栽培铁皮石斛中均有分布。野生铁皮石斛内生细菌的物种数(9)和多样性指数(0.85)明显高于人工栽培铁皮石斛(物种数为3,多样性指数为0.61)。活性筛选共获得38株菌株,占筛选菌株的45%,4株野生铁皮石斛的活性内生细菌中有3株在人工组培苗具有较好的定殖性。结论 野生与人工栽培铁皮石斛内生细菌的类群结构和生物多样性具有明显差异,铁皮石斛内生细菌蕴含丰富的促生潜力。     

绍兴市售酸奶中乳酸菌的分离鉴定及耐药性分析简

[目的]从绍兴市售酸奶中分离并鉴定乳酸菌,研究乳酸菌分离株对6种抗生素的耐药性。[方法]利用MRS培养基迎过稀释法分离酸奶样品中的乳酸菌并进行菌落计数,对分离菌株进行革兰染色和生化反应鉴定,同时采用纸片扩散法进行耐药性分析。[结果]从15种绍兴市售酸奶样品中共分离出31株菌,生化反应鉴定为嗜酸乳杆菌（6株）、保加利亚乳杆菌（7株）、嗜热链球菌（11株）和双歧杆菌（7株）;活菌计数结果显示,4份样品（26．7％）中乳酸菌计数低于国家标准,11份样品（73．3％）中活菌计数符合国家标准规定;耐药性试验结果显示,31株乳酸菌对4种抗生素均有一定程度的耐受性,且90．3％的菌株具有多重耐药性,能耐受2～3种抗生素。[结论]绍兴市售酸奶中乳酸菌已具有一定程度的耐药性,对酸奶产品进行耐药性监测和安全评价已势在必行。     

思茅松毛虫成虫肠道细菌多样性

【目的】 研究野外采集的思茅松毛虫（Dendrolimu kikuchii）成虫的肠道细菌多样性,为思茅松毛虫的防治和云南松（Pinus yunnanensis）等树木的保护奠定基础。【方法】 分别提取思茅松毛虫雄蛾和雌蛾的肠道总DNA,基于Illumina NovaSeq（PE250）平台运用高通量技术对肠道细菌16S rDNA基因V3~V4区进行测序和分析,分析雄虫和雌虫的肠道菌群的结构多样性。【结果】 从思茅松毛虫成虫中共获得1 278个操作分类单元（OTUs）,涵盖28个门75个纲173个目296个科550个属。在门水平上,雄蛾和雌蛾的优势菌为变形菌门（Proteobacteria,雌81.27%/雄81.17%）;在科水平上,雄蛾的优势菌科是鞘脂单胞菌科（Sphingomonadaceae,49.16%）和丛毛单胞菌科（Comamonadaceae,19.09%）,雌蛾的优势菌科是欧文氏菌科（Erwiniaceae,34.09%）和丛毛单胞菌科（Comamonadaceae,16.68%）;在属水平上,雄蛾的优势菌属是鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas,48.09%）,雌蛾的优势菌属是泛生菌属（Pantoea,31.58%）。思茅松毛虫雌蛾肠道细菌的物种多样性比雄蛾丰富。雄蛾肠道中丰度差异显著性最高的菌群为α-变形菌纲（Alphaproteobacteria）,雌蛾肠道中丰度差异显著性最高的菌群为γ-变形杆菌纲（Gammaproteobacteria）。【结论】 思茅松毛虫成虫肠道具有丰富的细菌资源。     

百草枯降解菌的分离鉴定及降解特性研究

从沾化百草枯污染土壤中富集、筛选、分离出3株具有百草枯降解能力的菌株,进一步研究了这3株优势菌的生理生化特征及最佳生长条件。通过形态学观察和生理生化指标的测定,对这3株菌种进行鉴定,初步确定：BCK-1为颤螺菌属,BCK-2为梭菌属,BCK-3为芽孢盐杆菌属。这3株菌株在37℃培养3d后,发现这3株菌株（BCK-1,BCK-2,BCK-3）对百草枯的降解率分别为79.35%、80.26%和86.22%。3株优势菌种可应用于受百草枯污染的菌源土壤的生物恢复。     

不同时期刺参养殖池塘海水菌群结构分析

对辽宁省大连市瓦房店刺参养殖池塘海水菌群结构组成和变化情况进行分析,采集不同时期刺参养殖池塘海水,扩增细菌16S rDNA基因V3可变区序列,进行变性梯度凝胶电泳（DGGE）,分析指纹图谱,并对主要条带进行切胶、回收和测序。结果表明,不同时期海水各样品的多样性指数在1.994 5~2.230 5之间,均匀度差异不大,样品的丰富度在42~48之间。不同时期海水中3月和9月的菌群结构最为相近（80%）,6月与其他各时期聚类距离最大。对39个主要条带的测序结果表明,12个条带与未培养细菌相近,1个条带与放线菌纲（Actinobacteridae）的菌株相似,另外26个条带相似菌株分别归类为黄杆菌纲（Flavobacteria）、α-变形菌纲（Alpha proteobacteria）、γ-变形菌纲（Gamma proteobacteria）。黄杆菌纲、α-变形菌纲和γ-变形菌纲在各时期海水中均有出现,其中黄杆菌纲优势度最高,占23.8%~50.0%。不同时期养殖池塘海水菌群的结构相对稳定,但具体菌种存在差异。