从海南省杂草胜红蓟和假马鞭上检测到粉虱传双生病毒

 利用三抗体夹心ELISA(TAS-ELISA)及PCR检测的方法对采自海南的胜红蓟(Ageratum conyzoides)和假马鞭(Stachytarphetajamaicensis)的5个病样进行了检测,表明均为粉虱传双生病毒。PCR扩增产物克隆后进行序列测定,结果表明存在2类双生病毒,其中样品Hn2存在2类病毒的复合侵染。这是在海南首次报道存在有粉虱传双生病毒。     

百合无症病毒云南分离物的CP基因克隆和序列分析

 百合无症病毒Lily symptomless virus(LSV)为麝香石竹潜隐病毒属(Carlavirus)成员,是为害百合的主要病毒之一。     

侵染甘薯的DNA病毒研究进展

甘薯是重要的粮食作物和食品加工及工业原料。我国是世界上最大的甘薯生产国。病毒病是甘薯上的重要病害,目前世界上已报道的侵染甘薯的DNA病毒主要归属于双生病毒科Geminiviridae和花椰菜花叶病毒科Caulimoviridae。近年来,双生病毒等DNA病毒严重影响我国甘薯的产量、品质以及食品加工产业。本文简介了甘薯在我国的重要地位和种植情况;具体介绍了侵染甘薯的菜豆金色花叶病毒属Begomovirus、玉米线条病毒属Mastrevirus及杆状DNA病毒属Badnavirus的病毒特征、分子变异、分类现状和检测方法。结合甘薯生产的实际情况,提出了目前甘薯DNA病毒研究中存在的问题及思考。本文旨在为我国甘薯DNA病毒病的综合防控提供理论依据。     

云南省烟草上双生病毒的发生与分布

 已报道云南省烟草曲叶病(Tobacco leaf curl disease, TLCD)由3种菜豆金色花叶病毒属(Begomovirus)的双生病毒引起。它们是烟草曲茎病毒(Tobacco curly shoot virus, TbCSV)、云南烟草曲叶病毒(Tobacco leaf curl Yunnan virus, TbLCYNV)和中国番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl China virus, TYLCCNV)。为了了解这3种病毒的分布, 2000~2005年, 从云南省4个市(州)采集了109个烟草曲叶病样品, 利用3种病毒的特异引物对采集样品进行了PCR检测。从保山市的烟草曲叶病样品中检测到3种病毒, 并且存在TbCSV+TbLCYNV、TbCSV+TYLCCNV和TbCSV+TbLYNV+TYLCCNV的复合侵染, 从大理州、文山州和红河州的烟草曲叶病样品中仅检测到TYLCCNV。对39个分离物部分序列的系统进化分析结果表明, 病毒分离物依据病毒种类和地理位置聚成几簇。对烟草曲叶病的流行和病害控制策略进行了讨论。     

广东番茄曲叶病毒G3分离物基因组DNA-A的分子特征

 从采集于广东花都的番茄曲叶病病株上分离到病毒分离物ToLCGDV-[G3],序列分析结果表明,其DNA-A为单链环状,全长2744 nt,共有6个ORFs,其中病毒链上编码AV1(CP)、AV2,互补链上编码AC1、AC2、AC3和AC4。BLAST结果显示,与ToLCGDV-[G3]基因组有同源关系的均属双生病毒科菜豆金色花叶病毒属。进一步比较结果表明,ToLCGDV-[G3]与有同源性的菜豆金色花叶病毒属病毒的DNA-A全序列同源率最高为87.9%。其中IR的同源率为59.0%~85.3%,而AV1、AV2、AC1、AC2、AC3和AC4这6个ORFs同源率分别为73.6%~95.2%、64.0%~95.4%、71.7%~87.7%、69.6%~93.9%、67.7%~95.1%和64.1%~94.2%,它们各自编码的氨基酸序列同源率分别为76.3%~99.2%、52.6%~95.7%、69.7%~88.1%、51.9%~88.9%、63.4%~92.5%和33.0%~90.7%。系统进化关系分析结果显示,ToLCGDV-[G3]与ToLCGDV-[G2]亲缘关系最近,二者组成一个独立的分支,与其它40种菜豆金色花叶病毒属病毒的亲缘关系均较远。因此,ToLCGDV-[G3]可能是一个先前未报道的双生病毒科菜豆金色花叶病毒属新种。     

长蒴母草黄脉病毒——一个双生病毒的新种

 从采集于海南儋州地区表现黄脉症状的长蒴母草(Lindernia anagallis)上分离到病毒分离物L2, DNA-A全序列分析结果表明, 全长2739个核苷酸(nt)(GenBank登录号:AY795900), 共编码6个ORF, 其中病毒链编码AV1(CP)、AV2, 互补链编码AC1、AC2、AC3、AC4。利用BLAST程序对DNA-A进行分析表明, 与L2 DNA-A有同源关系的病毒均为双生病毒科(Geminiviridae)菜豆金色黄花叶病毒属(Begomovirus)成员。进一步比较发现, L2 DNA-A与我国广东报道的广东番茄曲叶病毒(Tomato leaf curl Guangdong virus, ToLCGuV)(AY602165)全基因组核苷酸序列的同源性最近, 仅为77.0%, 说明L2为Begomovirus中的一个新种, 命名为长蒴母草黄脉病毒(Lindernia anagallis yellow vein virus, LAYVV)。与L2的IR区及各基因编码的氨基酸序列有最高同源性的病毒均来源于亚洲。利用DNA-B特异引物和DNA-β的特异引物, 均未检测到DNA-B和卫星DNA-β的存在。     

2种单组份双生病毒与异源卫星DNA的互作

 烟草曲茎病毒(Tobacco curly shoot virus,TbCSV) Y35分离物(Y35)和中国番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl China virus,TYLCCNV) Y10分离物(Y10)是从云南烟草上分离的2种单组份双生病毒,分别伴随卫星DNAβ(Y35β及Y10β)分子。将Y35和Y10分别伴随其同源或异源卫星(Y35β或Y10β)接种本氏烟和心叶烟,症状观察表明,无论Y10还是Y35伴随异源卫星DNAβ时引起的症状均与其伴随同源DNAβ引起的症状明显不同,且Y10β伴随Y35致病性最强。Southern印迹结果表明,Y10β及Y35β均可被异源辅助病毒稳定复制,但其复制水平明显低于伴随同源病毒时的水平,且植株中病毒和卫星的积累量并不完全与症状严重程度直接相关。     

烟草曲茎病毒/DNAβ病害复合体研究进展

烟草曲茎病毒(Tobacco curly shoot virus, TbCSV)是从云南烟草上分离的双生病毒科Geminiviridae菜豆金色花叶病毒属Begomovirus的一个新种,在番茄和烟草上可引起严重的曲叶病。该病毒与伴随卫星DNAβ形成的病害复合体在病毒致病性、DNAβ与辅助病毒的伴随关系及调控症状的作用等方面均与其它双生病毒病害复合体不同,对其进化起源的研究表明,TbCSV在进化中介于需要卫星的双生病毒和真正的单组分双生病毒之间,因而针对TbCSV病害复合体的研究对于解读双生病毒的起源和遗传进化机制具有重要意义。作者从TbCSV病害复合体的发生危害、基因组结构、伴随小分子DNA、各DNA组分互作以及起源进化等方面综述了该病毒病害复合体的研究进展。     

油茶炭疽菌携带病毒种类鉴定及多样性分析

 炭疽菌是重要的植物病原真菌,能够引起多种植物炭疽病。真菌病毒广泛存在于植物病原菌中,侵染炭疽菌属真菌的病毒资源有待挖掘。本文利用宏病毒组测序技术,对分离自我国南部6个省份不同油茶园的40株油茶炭疽菌中的病毒进行了鉴定。经过同源比对分析,发现10种基因组类型均为正义单琏RNA的新病毒。它们分属于减毒病毒科(Hypoviridae)、裸露病毒科(Narnaviridae)、线粒体病毒科(Mitoviridae)和葡萄孢欧尔密病毒科(Botourmiaviridae)。本研究是我国南方油茶炭疽病菌携带病毒的首次报道。研究结果丰富了炭疽菌属所携带的病毒基因组信息,可为深入分析炭疽菌真菌病毒的多样性和分子特性奠定基础。     

几种重要花生病毒研究新进展

 花生病毒病是影响花生生产的重要病害。近10年来,花生矮化病毒(PSV)、花生条纹病毒(PStV)和番茄斑萎病毒属(Tospovirus)病毒分子生物学研究进展,极大地丰富了对上述病毒基因组结构、遗传变异、进化的认识,以及病毒种、亚组和株系的科学划分。对PSV来说,提出了2个亚组的划分,而我国PSV株系血清学和RNA3全序列的分析,明确它们独自构成第3个新的亚组。对我国和东南亚国家PStV株系CP基因序列同源性的分析,说明在这些国家和地区PStV是单独进化的,形成不同症状类型的株系。Tospovirus属病毒分子生物学研究的深入使得该属病毒从番茄斑萎病毒(TSWV)1种增加到13种,其中侵染花生的病毒达5种,分布于不同的国家和地区。     

中国番木瓜曲叶病毒南宁分离物的基因组结构特征

 从广西南宁田间表现曲叶症状的番木瓜植株上分离到病毒分离物G4,经三抗体夹心ELISA (TAS-ELISA)检测,G4与粉虱传双生病毒的抗体呈阳性反应。对G4 DNA-A全序列测定和分析表明,G4 DNA-A全长2 748个核苷酸,共编码6个ORFs。同源性比较及系统进化关系分析表明,G4 DNA-A与在亚洲发现的粉虱传双生病毒关系较近,其中与我国报道的中国番木瓜曲叶病毒(PaLCuCNV)同源性最高,达到98.0%。进一步比较发现,G4 DNA-A编码的AV1、AV2、AC1、AC2、AC3和AC4与PaLCuCNV相应ORFs的氨基酸同源性分别为98.4%、95.7%、97.5%、97.8%、94.1%和94.6%,表明G4应属于PaLCuCNV的一个分离物。G4编码的ORFs与中国胜红蓟黄脉病毒(AYVCNV)、辣椒曲叶病毒(PepLCV)及烟草曲茎病毒(TbCSV)有较高的氨基酸同源性,可能起源于共同的祖先。利用DNA-B及卫星DNAβ的保守引物均未能从G4分离物中扩增出相应的组分。     

刺茄中分离的中国番茄黄化曲叶病毒及伴随的卫星DNA分子的全基因组结构

 从云南砚山刺茄(Solanum aculeatissimum)上分离到病毒分离物Y322,全序列测定表明,Y322 DNA-A全长2 730个核苷酸,共编码6个ORF。基因组比较发现,Y322 DNA-A与中国番茄黄化曲叶病毒(TYLCCNV)各分离物的同源性最高(88.3%~99.2%),而与其它双生病毒的同源性均在79.6%以下,表明Y322是TYLCCNV的一个分离物。利用DNAβ的特异性引物在Y322中扩增到DNAβ分子(Y322 β),序列分析表明,其全长1 331个核苷酸,与TYLCCNV伴随的DNAβ的同源性最高,达75.1%~93.1%,而与已报道的其它种类的DNAβ的同源性均低于55.4%。这是首次在刺茄中检测到中国番茄黄化曲叶病毒。     

侵染曼陀罗的中国番茄黄化曲叶病毒及其卫星DNAβ全基因组结构特征

 从云南大理曼陀罗上采集到病毒分离物YN72,症状表现为叶脉增厚、叶片褪绿、植株矮化。全序列测定表明,YN72DNA-A全长2739个核苷酸。基因组比较发现,YN72DNA-A与中国番茄黄化曲叶病毒分离物(TYLCCNV-[Y43])同源性最高(93.4%),与中国番茄黄化曲叶病毒烟草分离物(TYLCCNV-[Y5])的同源性次之(92.9%),而与亚洲地区的其它双生病毒的同源性均在90%以下,表明曼陀罗中的分离物YN72是TYLCCNV的1个分离物。利用WTGs卫星分子DNAβ的特异性引物beta01和beta02,在YN72中PCR扩增到DNAβ分子。序列分析表明,YN7213全长1335个核苷酸,在其互补链上编码1个有功能的ORF(C1)。YN72β的全序列与TYLCCNV分离物卫星分子Beanβ和Y297β的同源性最高,分别为99.8%和99.3%;与其它所比较的DNAβ的同源性均低于80.6%。系统进化树研究表明,YN72卫星分子DNAβ与其辅助病毒是共同进化的。     

海南红麻曲叶病的病原检测与鉴定

 红麻曲叶病是2012年在海南省海口市发现的一种新病害,病株表现为叶片向上卷曲、叶脉肿大、叶脉变深绿色等症状。PCR检测结果显示,该病样中均存在菜豆金色花叶病毒属病毒。基因克隆及序列分析结果表明,该病毒分离物(HN08)基因组仅含A组分(DNA-A),其全长为2 738 nt,与木尔坦棉花曲叶病毒(CLCuMuV)各分离物的相似性均大于89.0 %,其中与中国各分离物的相似性均大于99.0 %。该病毒分离物也伴随有β卫星分子,其全长为1 346 nt,与CLCuMuV各分离物伴随的β卫星分子(CLCuMuB)序列相似性大于83.0 %,其中与分离物Fz1的序列相似性最高,为99.7 %。构建了HN08 DNA-A及其β卫星分子侵染性克隆,通过农杆菌注射接种红麻,接种后30 d,HN08 DNA-A及其β卫星分子混合接种的红麻植株新出叶片开始产生曲叶症状;接种后60 d,二者混合接种的植株大部分叶片表现为严重的曲叶症状,且与田间自然病株症状相同,而二者各自单独接种的红麻植株没有产生明显的症状。PCR及Southern blot检测进一步证实这些症状是由HN08 DNA-A及其β卫星分子的共同侵染引起的。因此,海南红麻曲叶病是由CLCuMuV及其伴随的β卫星分子(CLCuMuB)共同侵染引起的。本文首次报道了红麻是CLCuMuV自然新寄主。     

侵染新疆加工番茄的中国番茄黄化曲叶病毒 DNA-A的基因组特征

 从新疆加工番茄上分离到病毒分离物XJ26-4,对其基因组DNA-A 全序列测定表明,XJ26-4 DNA-A 全长2 737 个核苷酸(GenBank 登录号:FN985163),具有典型的双生病毒基因组特征。进一步序列比较发现,XJ26-4 DNA-A 与中国番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl China virus, TYLCCNV)各分离物的同源性最高,达到91. 2% ~ 99. 5% ,而与其他双生病毒的序列相似性均在79. 5% 以下,表明XJ26-4 是TYLCCNV 的一个分离物。这是首次明确新疆加工番茄受到粉虱传双生病毒的侵染。     

江苏朱槿上分离到的木尔坦棉花曲叶病毒基因组结构特征分析

 2012年5月,江苏南京朱槿上出现一种新的病毒病害,病株表现明显的叶片上卷、叶脉肿大、叶背伴有耳突、植株矮缩等症状。根据其症状及介体发生状况,对其伴随的病毒种类进行研究,结果发现采集的46份典型症状样品体内均可以检测到粉虱传双生病毒,对其基因组DNA-A组分克隆测序后发现其全长2 736 bp,编码6个ORF,BLAST分析显示该病毒与木尔坦棉花曲叶病毒同源性最高(99.9%),是木尔坦棉花曲叶病毒的一个分离物。病样中同时还检测到伴随DNAβ卫星分子,测序结果显示该卫星全长1 346 bp,编码1个ORF,BLAST及聚类分析结果显示该β卫星与木尔坦棉花曲叶病毒β卫星同源性最高(99.7%),为木尔坦棉花曲叶病毒β卫星的一个分离物。这是木尔坦棉花曲叶病毒首次在长江流域的报道。     

Tomato dwarf leaf curl virus, a new bipartite geminivirus associated with tomatoes and peppers in Jamaica and mixed infection with tomato yellow leaf curl virus

Genomic characterization using nonradioactive probes, polymerase chain reaction with degenerate primers for whitefly transmitted geminiviruses and nucleotide sequencing were used to describe a new bipartite geminivirus, associated with dwarfing and leaf curling of tomatoes and peppers in Jamaica. Partial DNA-A and DNA-B clones were obtained. DNA sequence analysis showed that tomato and pepper samples have a similar geminivirus associated with them. Nucleotide sequence identity > 92% between the common regions of DNA-A and DNA-B confirmed the bipartite nature of the Jamaican geminivirus isolates. Nucleotide sequence comparisons of DNA-A and DNA-B with those of geminiviruses representing the major phylogenetic groups of Western Hemisphere geminiviruses showed the greatest similarity to potato yellow mosaic virus and members of the Abutilon mosaic virus cluster of geminiviruses. This new virus is given the name tomato dwarf leaf curl virus (TDLCV) because of the dwarfing and leaf curling symptoms associated with infected tomato plants. Polymerase chain reaction and Southern hybridization showed mixed infections of TDLCV with tomato yellow leaf curl virus from Israel in 16% of the field samples of tomatoes and peppers.     

Diversity,distribution and prevalence of vegetable-infecting geminiviruses in Burkina Faso

In West and Central Africa, as in many regions of the world, vegetables are severely affected by geminivirus diseases. In Burkina Faso, observation of various virus-like symptoms, especially on tomato, suggests the involvement of several geminiviruses and underlines the pressing need for additional information on their diversity, distribution, prevalence and host plant reservoirs. Large-scale surveys conducted in Burkina Faso confirmed the presence of tomato (yellow) leaf curl diseases (ToLCD-TYLCD) and geminiviruses in all localities with mean prevalences of 25% and 45%, respectively. Five geminiviruses including four begomoviruses (pepper yellow vein Mali virus (PepYVMLV), tomato leaf curl Burkina Faso virus, tomato leaf curl Mali virus and tomato leaf curl Ghana virus) and a dicot-infecting mastrevirus (chickpea chlorotic dwarf virus) were characterized on tomato. In addition, PepYVMLV and cotton leaf curl Gezira virus (CLCuGeV) were characterized on pepper and okra, respectively, in combination or not with alphasatellites and betasatellites for CLCuGeV. The most severe, prevalent and widely distributed virus on vegetables was PepYVMLV, which was characterized for the first time in combination with a genetically divergent DNA-B component that may constitute a key factor of PepYVMLV pathogenicity. Of the eight weeds identified as potential reservoir hosts of begomoviruses, four host PepYVMLV. The results confirm the importance of geminivirus diseases on vegetable crops in Burkina Faso and highlight the complex association of geminiviruses and satellites. The detection of begomoviruses in weeds growing close to crops points to the increasing necessity to consider reservoir plants and virus communities in the control of virus diseases.