SYBR Green Ⅰ实时定量PCR快速检测鸭瘟病毒的研究

根据GenBank中鸭瘟病毒(DPV)UL6和UL7基因的保守序列,设计了一对特异性引物,扩增位于UL6和UL7基因第891～991位长度为101bp片断。以DPV标准强毒株DNA为模板,建立了SYBRGreenⅠ实时荧光定量PCR检测鸭瘟病毒的方法,用该方法检测鸭瘟标准强毒、疫苗毒及野毒株均为阳性,检测其他受试的非鸭瘟病毒DNA均为阴性,对鸭瘟强毒和疫苗毒人工感染鸭胚尿囊液的检出率均为100%,对6个临床送检样本的检出率为6/6,与病毒分离鉴定结果一致;最小检出量为1.57×104拷贝/ul。     

小鹅瘟病毒SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测方法的建立

采用PCR方法扩增GPV VP1基因173 bp的基因片段,克隆到PMD18-T载体上,将纯化后的质粒做为模板,建立扩增反应的标准曲线,最终建立了小鹅瘟病毒(GPV)SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法。该方法检测灵敏性高,可检测2×101拷贝/μL的模板量;特异性好,与鹅副黏病毒、鹅流感病毒、鹅源鸭瘟病毒、大肠杆菌、沙门氏菌、曲霉菌均不发生交叉反应。建立的GPV荧光定量PCR具有特异性好、敏感度高、检测时间短、结果重复性好等优点,可用于小鹅瘟的临床诊断和流行病学调查。     

犬瘟热病毒SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立犬瘟热病毒(CDV)SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法,采用RTPCR扩增CDV F基因269bp片段,并克隆入pMD18-T载体中,以纯化的重组质粒为模板作荧光定量PCR扩增,建立了CDV荧光定量PCR检测方法。该方法检测灵敏度可达1.6×101拷贝/μL,与犬细小病毒(CPV)、犬腺病毒(CAV-1)、犬冠状病毒(CCV)、犬副流感病毒(CPIV)均不发生交叉反应,具有很好的特异性和重复性。结果表明:建立的CDV实时荧光定量PCR具有特异、敏感、快速、定量、重复性好等优点,可用于临床犬瘟热(CD)的检测。     

猪流行性腹泻病毒SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法的建立

为了建立高效、灵敏的猪流行性腹泻病毒(PEDV)检测方法,本研究从GenBank数据库中获取PEDV N基因序列,扩增出PEDV N基因标准质粒,并在N基因的保守区域内设计了一对特异性荧光定量引物,成功建立了SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法。经过一系列试验表明,该检测方法线性关系良好,R²值为0.99;特异性强,敏感性高,最低可检测至2.23 copies/μL,比普通PCR灵敏约100倍;重复性好,组内变异系数为0.25%～0.43%,组间变异系数为0.67%～0.97%;对于各地区96份临床样品检测出PEDV阳性率为25%。本研究建立的实时荧光定量PCR检测方法为PEDV的临床诊断、流行病学调查以及定量研究提供了有效的检测工具。     

猪圆环病毒2型SYBR Green I荧光定量PCR检测方法的建立

为了建立猪圆环病毒2型（PCV2）SYBR Green I荧光定量PCR检测方法,采用PCR扩增PCV2 ORF2基因242 bp片段,并克隆入pMD18-T载体中,以纯化的重组质粒为模板作荧光定量PCR扩增,建立了PCV2荧光定量PCR检测方法,该方法检测灵敏度可达1.2×101拷贝/μL,与猪圆环病毒1型（PCV1）、猪瘟病毒（CSFV）、猪蓝耳病病毒（PRRSV）、猪细小病毒（PPV）、猪伪狂犬病病毒（PRV）、乙型脑炎病毒（JEV）核酸均不发生扩增反应,具有很好的特异性和重复性。结果表明：建立的PCV2实时荧光定量PCR检测方法具有特异、敏感、快速、定量、重复性好等优点,可用于临床PCV2的检测。     

检测猪圆环病毒2型SYBR Green I荧光定量PCR方法的建立

猪圆环病毒2型（PCV-2）ORF2（开放阅读框2）基因编码其核衣壳蛋白,它含有导致病毒致病性的多个抗原决定簇位点。根据ORF2基因序列设计特异性引物,以感染PCV-2的Dulac细胞冻融上清为模板,克隆该开放阅读框的全基因序列。然后以该重组质粒为模板,选择其异于PCV-1的保守序列,设计PCR引物,采用两步法,建立了检测PCV-2快速简捷的SYBR Green I荧光定量PCR方法。多次试验证明,该方法具有良好的重复性。同时针对与PCV-2共感染的其它病毒进行特异性检测,进一步证明该方法可以快速、特异、灵敏地检测PCV-2。     

鸭坦布苏病毒SYBR GreenⅠ实时荧光定量检测方法的建立

根据鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DFV) NS5基因序列特征设计引物,建立基于SYBR Green Ⅰ检测模式的实时荧光定量RT-PCR(real-time RT-PCR,RRT-PCR),该方法检测DFV NS5基因2.74×103～2.74×10 7拷贝/μL反应范围内有很好的线性关系.扩增产物的熔解曲线分析只出现1个单特异峰,无引物二聚体,Tm值为(86.23±0.18)℃,对禽流感病毒、鸭肝炎病毒、鸭源禽1型副黏病毒、鸭减蛋综合征病毒、番鸭呼肠孤病毒核酸均无阳性信号扩增,可重复性好,组内变异系数为0.52％～1.48％,组间变异系数0.71％～2.21％.检测速度快,从样本处理到报告结果仅需4h.     

猪细小病毒6型SYBR Green I real-time PCR检测方法的建立

采用PCR方法扩增PPV6保守区域基因252bp,将其克隆到pClon007载体,构建重组质粒作为标准阳性质粒。以质粒模板建立PPV6的SYBR GreenⅠreal-time PCR检测方法,并进行敏感性、特异性和重复性等验证。结果表明,重组质粒特异性好;建立的real-time PCR方法Ct值与标准品模板在8.80×109~8.80×101 copies/μL范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.993,斜率为-4.320。该方法检测灵敏度可达8.80×101 copies/μL。该方法对JEV、PRV、PRRSV、PCV2、FMDV等猪常见病原检测均无特异性扩增;对临床样品的检测结果表明,所建立的荧光定量PCR阳性检测率为40.63%。本试验成功建立了PPV6SYBR Green I real-time PCR检测方法,可实现对PPV6快速灵敏的诊断。     

猪细小病毒SYBR Green I模式实时定量PCR检测方法的建立

根据GenBank猪细小病毒（PPV）的NS1基因序列,设计一对特异性引物,采用SYBRGreenI随机结合渗入法,建立实时定量PCR检测方法,构建了检测PPV的标准DNA模版,循环阈值（Ct）与标准质粒DNA模板在7．8×10^1-7．8×10^8拷贝μl浓度范围内呈良好的线性关系,相关系数为0．997。该方法用于猪细小病毒的检测具有很高的特异性,其敏感性与常规PCR相比可以提高100倍,可以用于猪细小病毒的快速检测。     

赤羽病SYBR Green I实时荧光PCR方法的建立和应用

本研究根据赤羽病毒（AKAV）的S基因序列设计合成了引物, RT-PCR扩增得到目的基因片段并克隆到PGM-T载体得到质粒标准品。通过对荧光定量PCR反应条件的优化,建立了SYBR Green I荧光定量PCR检测AKAV的方法。该方法的检测敏感性达到926拷贝/25μL,并具有较好的重复性和特异性。本试验方法的建立对于加强进出口牛AKAV的检验检疫具有十分重要的意义。     

Ⅰ型鸭肝炎病毒SYBR-Green实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种快速、特异的Ⅰ型鸭肝炎病毒（DHV-Ⅰ）SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法,根据GenBank已登录的DHV-Ⅰ型疫苗株C80（DQ864514.3）的非编码区基因序列设计1对特异性引物,经RT-PCR扩增出230bp的靶序列,并克隆到pMD18-T载体上,构建重组质粒;将纯化的重组质粒10倍梯度稀释后作为标准阳性模板,进行SYBR GreenⅠ荧光定量PCR扩增并建立标准曲线,对其敏感性、特异性和重复性进行评价。结果显示,建立的标准曲线的循环阈值与模板浓度呈现良好的线性关系（R2=0.998 2）,产物Tm值为87.2～87.9℃,检测灵敏度为71.5拷贝/μL。对55份疑似病料进行检测,荧光定量检测48份为阳性,而用常规PCR方法只能检出39份阳性,ELISA方法只检出30份阳性。这表明所建立的DHV-Ⅰ的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法具有特异、灵敏、快速和重复性良好等优点,可用于临床DHV-Ⅰ感染的快速检测,为DHV的分子诊断、流行病学调查及定量分析奠定了基础。     

鸡减蛋综合征病毒Hexon基因SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立

用PCR方法扩增出鸡减蛋综合征病毒（EDSV）Hexon基因保守片段,经琼脂糖凝胶电泳及序列测定分析扩增产物的特异性。以构建的阳性重组质粒作为标准品,建立SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR反应的扩增曲线和溶解曲线,并绘制标准曲线。结果表明,建立的EDSV荧光定量PCR标准曲线Ct值与1×10^1～1×10^6拷贝/μL的基因拷贝数呈现良好线性关系,灵敏度可达10拷贝,且特异性及重复性良好;说明本试验建立的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法可用于EDSV的诊断及病原的定量分析。     

猪瘟病毒SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法的建立和初步应用

根据GenBank已发表的HCV 5’NTR核苷酸序列设计一对特异性引物,扩增位置在整个基因的221～377位,片段长度为167bp。提取由厦门出入境检验检疫局技术中心动物实验室保存的HCV细胞毒的RNA,并反转录成cDNA,以此cDNA为模板建立了SYBR Green I实时定量PCR检测猪瘟病毒的方法,并用该方法检测送检的临床疑似病料。结果表明：本研究建立的HCV-SYBR Green I PCR特异性强,与FMDV、PCV2、PRRSV、PPV、PRV等常见猪病毒病病原没有交叉反应;灵敏度高,可以检测到5．3×10^2的病毒拷贝数;操作简单,耗时短,只需3h即可完成整个试验过程,可初步用于临床检测。     

猪传染性胃肠炎病毒SYBR Green I模式实时定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

登录GenBank下载猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的N基因序列,依据保守区设计一对特异性引物,采用SYBR Green I随机结合渗入法,建立检测猪传染性胃肠炎病毒的实时定量RT-PCR检测方法,成功构建了检测TGEV的标准DNA模板,循环阈值(Ct)与标准DNA模板在1.0×10-1.0×107拷贝/μ1浓度范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.9985.该方法用于检测TGEV具有很高的特异性,其敏感性与常规PCR相比可以提高100倍,可以用于猪传染性胃肠炎病毒的快速检测.用建立的检测方法对82份临床样品进行了检测,和普通PCR检测结果100%相符.     

利用SYBR Green检测衣原体Real-Time PCR方法的建立

利用SYBR Green建立了检测种特异性衣原体的Real-Time PCR方法。本方法应用衣原体种特异性的高度保守特异引物，能够扩增627bp特异片段；使用定量标准基因组DNA，本方法能准确检测最少250fg衣原体DNA。Real-TimePCR方法与免疫荧光方法的检测结果表明：检测4种衣原体临床样本，Real-TimePCR敏感性均在96％～98%；特异性均为100％；这两种方法符合率达97％以上（n=60）；批内和批间重复性试验结果表明，本方法具有良好的准确性。本方法的建立对于快速、准确检测临床样本种特异性衣原体提供了一种切实有效的方法。     

B亚型禽偏肺病毒SYBRGreenI荧光定量PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank登录的B亚型禽偏肺病毒（JN224985．1）F基因序列设计1对特异性引物,经RT—PCR扩增出214bp的目的片段。回收目的片段并与pMD18-T载体连接后转化到基因工程菌DH5a中,提取重组质粒,经PCR、酶切及测序鉴定后,筛选出阳性质粒作为模板,建立SYBRGreenI荧光定量PCR标准曲线,并做敏感性试验、特异性试验和重复性试验。结果表明,标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,产物T值在83．0～83．7℃之间,灵敏度为7．9×10^2拷贝／μL,特异性和重复性较好。本试验建立了检测B亚型禽偏肺病毒的sYBRGreenI荧光定量PCR方法,为该病的早期诊断以及感染程度的定量分析奠定了基础。     

猪传染性胃肠炎病毒SYBR Green I模式实时定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

登录GenBank下载猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的N基因序列,依据保守区设计一对特异性引物,采用SYBR GreenⅠ随机结合渗入法,建立检测猪传染性胃肠炎病毒的实时定量RT-PCR检测方法,成功构建了检测TGEV的标准DNA模板,循环阈值(Ct)与标准DNA模板在1.0×10-1.0×107拷贝/μl浓度范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.9985。该方法用于检测TGEV具有很高的特异性,其敏感性与常规PCR相比可以提高100倍,可以用于猪传染性胃肠炎病毒的快速检测。用建立的检测方法对82份临床样品进行了检测,和普通PCR检测结果100%相符。     

鸭呼肠孤病毒TaqMan与SYBR Green荧光定量检测方法的建立及比较

本研究旨在针对新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)建立两种快速、敏感、特异的荧光定量PCR诊断方法并对其临床实用性进行比较。试验根据呼肠孤病毒S1基因序列设计合成1对特异性引物和1条MGB探针,分别建立TaqMan和SYBR GreenⅠ两种荧光定量PCR检测方法,并对两种方法的特异性、灵敏性、重复性进行比较。结果显示,两种检测方法标准曲线的相关系数均为0.999,对鸭细小病毒(DPV)、A型鸭甲肝病毒(DHV-1)、C型鸭甲肝病毒(DHV-3)、鸭传染性支气管炎(IBV)、鸭坦布苏病毒(DTMUV)、鹅星状病毒(JSHV)的检测结果均为阴性,特异性良好。SYBR GreenⅠ法的最低检测限度为10⁰拷贝/μL,TaqMan法的最低检测限度为10¹拷贝/μL,前者的灵敏度比后者高10倍。SYBR GreenⅠ法和TaqMan法重复性试验的组内和组间变异系数均分别小于2.1%和1.8%。利用这两种方法对临床30份疑似病料进行检测,其中TaqMan法检出29份,SYBR GreenⅠ法检出30份,符合率为97%。综上,两种荧光定量方法均可用于临床NDRV...     

SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR检测鉴定狮制品

为建立SYBR Green I实时荧光PCR检测鉴定狮（Panthera Leo）制品的方法,本文在豹属动物线粒体细胞色素b基因上设计狮特异性引物,建立并优化了SYBR Green I实时荧光PCR检测鉴定体系,采用17种血液、组织和骨粉类样品的DNA,通过扩增曲线和融解曲线分析检测的特异性和灵敏度,并用狮肉粉和牛肉骨粉系列百分比混合物进行抗干扰能力分析。结果显示,狮血液和组织DNA样品均出现特异性的实时扩增曲线,平均熔解温度在84±0.2℃。虎、豹、熊等14种哺乳动物DNA样本的检测结果均为阴性。灵敏度检测显示,本实验所建立的SYBRGreen I实时荧光PCR方法能够检测出10 pg/μL的狮组分DNA。抗干扰能力显示在骨粉中狮的成分最低检出含量为0.1%。这些结果说明,本文建立的SYBR Green I实时定量PCR方法具有方便、经济、灵敏度高和重复好等特性,可用于狮源性制品的检测鉴定。