120日龄隐性白羽洛克鸡RNA-Seq及SNP分析

为了深入挖掘隐性白羽洛克鸡RNA-Seq的数据信息,进一步完善隐性白羽洛克鸡的基因组注释情况,试验采用生物信息学方法对120日龄隐性白羽洛克鸡RNA-Seq的5 082 036 200 bp的高质量序列数据进行了单核苷酸多态性(SNP)查找、可变剪接(AS)筛查、基因结构优化和新转录本预测研究。结果表明:数据挖掘得到103 926个可靠的SNP位点,29 525个可变剪接, 10 403个优化基因,预测到新转录本798个。说明该研究结果能够进一步完善隐性白羽洛克鸡基因组注释情况,并可丰富其SNP数据和可变剪切数据。     

文昌鸡促卵泡素受体(FSHR)基因外显子区域SNPs分析

寻找与鸡繁殖性能相关的遗传标记,为高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据.本研究以促卵泡素受体(FSHR)基因作为影响鸡繁殖性状的候选基因,采用PCR-SSCP技术结合测序对FSHR基因部分包括所有外显子区域进行单核苷酸多态性检测和分析.结果发现,在区域2、区域4、区域6、区域9共4个区域存在SNPs位点.exon4编码区43 bp处T→C突变,但没有导致翻译后氨基酸序列的改变,在exon2中编码区5'端-49 bp处的C→T突变;exon6编码区3'端+12 bp处的A→G突变;exon8编码区3'端+38 bp处的G→T突变.促卵泡素受体(FSHR)是促卵泡素(FSH)的特异性受体,这些位点的单核苷酸多态性为下一步研究探讨FSHR基因对文昌鸡繁殖性能的遗传效应奠定了基础.     

120日龄文昌鸡RNA-Seq基因结构及SNP分析

为了深入挖掘文昌鸡RNA-Seq数据,进一步完善文昌鸡基因组的注释信息,试验采用生物信息学的方法对120日龄文昌鸡的高质量序列(Clean data)数据进行单核苷酸多态性(SNP)的查找、可变剪接(AS)筛查、基因结构优化和新转录本预测。结果共得到78 564个可靠的SNP位点,22 227个可变剪接,优化基因9 546个,预测新转录本593个。研究结果为文昌鸡分子育种提供了新的靶点。     

文昌鸡促卵泡素受体基因外显子区域SNPs分析

寻找与鸡繁殖性能相关的遗传标记,为高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据。本研究以促卵泡素受体（FSHR）基因作为影响鸡繁殖性状的候选基因,采用PCR-SSCP技术结合测序对FSHR基因部分包括所有外显子区域进行单核苷酸多态性检测和分析。结果发现,在区域2、区域4、区域6、区域9共4个区域存在SNPs位点。exon4编码区43 bp处T→C突变,但没有导致翻译后氨基酸序列的改变,在exon2中编码区5′端—49 bp处的C→T突变;exon6 编码区3′端+12 bp处的A→G突变;exon8编码区3′端+38 bp处的 G→T突变。促卵泡素受体（FSHR）是促卵泡素（FSH）的特异性受体,这些位点的单核苷酸多态性为下一步研究探讨FSHR基因对文昌鸡繁殖性能的遗传效应奠定了基础。     

基于RNA-Seq技术的京海黄鸡卵巢组织转录本预测及新基因挖掘

鸡及许多物种的全基因组测序及相关基因图谱都已宣告完成,但由于注释方法的局限性,还存在许多遗漏的新基因及对现有基因的误差注释。RNA-Seq技术是基于第2代测序技术的转录组学研究方法,该研究利用高通量测序技术对8只（高产组4只、低产组4只）300日龄体重一致、饲养条件相同、产蛋数存在差异的京海黄鸡的卵巢组织所有RNA反转录而成的cDNA文库进行测序,通过分析RNA-Seq获得的京海黄鸡卵巢组织转录组数据,共发现4 431个新转录本,并将所有新转录本与GO、NR、Swiss-Prot、KEGG数据库进行比对和分析,发现了很多潜在的新基因并进行功能注释,为鸡基因组的进一步完善及功能基因的挖掘提供了数据基础。     

京海黄鸡卵巢转录组研究:基因结构分析与新基因发掘注释

本试验通过对京海黄鸡卵巢组织进行转录组分析,旨在为完善京海黄鸡部分基因结构和发掘新基因提供参考。选取高、低产京海黄鸡各4只,利用转录组测序(RNA-Seq)技术对其卵巢转录组进行测序,然后对得到的测序数据进行生物信息学分析。测序数据经过质量控制后,8个样品共得到484 992 074条有效数据(Clean Reads),总计61.09 Gb。筛选出1 445 264个京海黄鸡品种内SNP位点,其中位于基因区的SNP位点916 108个,位于基因间区的SNP位点552 168个。8个样品中平均新预测的可变剪接12 883个,并对7 481个基因结构进行了优化。与所选的参考基因组序列对比分析,共发掘4 431个新基因,通过与各数据库进行序列对比,1 809个新基因得到功能注释。本研究通过转录组测序技术检测了京海黄鸡卵巢组织的基因结构,为进一步完善京海黄鸡的基因结构信息及发掘潜在的新基因提供分子水平的依据。     

鸡Lmbr1基因一种异常可变剪接的克隆和表达分析

根据人Lmbr1/C7orf2基因的一种缺失外显子4的可变剪接与Acheiropodia(ACHP)疾病的关联,本研究拟根据可变剪接在物种间的保守性,进行鸡Lmbr1这种相似可变剪接的鉴定和表达分析。设计跨越Lmbr1外显子4的引物可同时检测这2种转录产物的表达,本研究成功地从鸡的心脏组织获得了缺失外显子4的Lmbr1异常剪接(Lmbr1-β)。在白来航初生雏鸡及5～6胚龄胚的组织表达分析显示,2种转录产物均可在所检测的组织中表达,与包含外显子4的转录产物(Lmbr1-α)相比,可变剪接Lmbr1-β为一种次要表达产物,表达量较弱。对多趾的丝羽乌骨鸡和四趾的白来航鸡胚组织间2种转录产物表达进行进一步分析,在2个品种3～11胚龄(E3～E11)的胚胎发育期间均可同时检测到Lmbr1-α和Lmbr1-β的表达,Lmbr1-α为主要表达产物,Lmbr1-β为次要表达产物,Lmbr1-β表达量微弱。在2个品种的胚胎发育期间未见2种转录产物明显的表达差异。结果显示,包含外显子4的Lmbr1-α为鸡Lmbr1基因的主要转录产物,广泛而稳定地在雏鸡和发育鸡胚各组织中表达,丝羽乌骨鸡多趾表型的发育与常见转录产物Lmbr1-α和异常可变剪接Lmbr1-β的表达无直接的相关。     

基于全基因组重测序对屯昌猪SNP和InDel突变位点挖掘及分析

屯昌猪作为中国最南端的本土海南猪品系之一,有着诸多优良特性。本研究利用全基因组重测序技术研究屯昌猪的遗传信息,挖掘和分析屯昌猪的SNP和InDel。SNP和InDel突变位点位于内含子和基因间区的数量最多,而在外显子区域的突变数量较少。本研究鉴定出47 887个非同义突变SNP和6 171个蛋白质编码区（CDS）InDel位点;对非同义突变SNP进行注释富集分析获得290个GO术语和128条KEGG通路,通路主要富集在代谢途径、甘油磷脂代谢、甘油代谢、ECM受体相互作用、钙信号通路等与机体发育密切相关的通路上;CDS区的InDel进行注释富集分析获得190个GO术语和46条KEGG通路,通路主要富集在ECM受体相互作用、小细胞肺癌癌症、癌症的途径、弓形虫病和钙信号通路等与机体免疫与疾病密切相关的通路上。本实验结果丰富了屯昌猪的遗传资源,为保护和开发屯昌猪提供了数据支持。     

基于转录组测序的新城疫疫苗免疫鸡胸腺差异表达基因分析

为研究新城疫(ND)疫苗接种的青脚麻鸡胸腺组织相关基因与调控通路变化,对无特定病原体(SPF)的青脚麻鸡人工接种ND疫苗48 h后,取胸腺组织采用Illumina HiSeq 2500高通量测序技术进行转录组测序,使用TopHat2软件对测序得到的reads序列与鸡(Gallus_gallus-5.0)的参考基因组比对...     

新扬州鸡和文昌鸡血清转铁蛋白及白蛋白的多态性比较

试验对文昌鸡和新扬州鸡进行血清转铁蛋白（Tf）多态性差异和白蛋白（Alb）多态性差异的研究，目的是以血清转铁蛋白及白蛋白基因作为遗传标记，通过对两个不同地方鸡品种的多态性进行比较分析以了解两品种间的差异，进而为这两个品种的选育提供参考。     

鸡败血型葡萄球菌病的诊断与治疗

2000年6月中旬,衡阳县樟木塘何某饲养的2月龄鸡发生一种以躯体、翅膀等处皮肤溃烂,下痢,排白色稀粪为特征的疾病.经病原分离培养诊断为葡萄球菌感染发病,经及时采取防治措施,病情得到了控制,现将诊断和防治情况报告如下:     

白羽番鸭脂联素基因SNP与肌内脂肪和血清总胆固醇的关联分析

采用PCR-SSCP法对白羽番鸭脂联素基因全编码区和内含子进行多态性检测,并分析其多态对肌内脂肪(IMF)和血清总胆固醇(TC)的遗传效应,为番鸭分子标记辅助选择提供参考.结果表明:3个SNP分别在外显予1和外显子2的编码区发生A167G和G711A突变,为沉默突变,在内含子发生C290T突变;3个SNP位点均处于Ha...     

隐性白羽肉鸡(农大系)的染色体核型和G-带分析

本文运用鸡胚成纤维细胞系制备染色体和G显带技术,对隐性白羽肉鸡的染色体核型和G带带型进行了研究。结果表明:其二倍体染色体数目2n=78,性染色体组成为ZZ(公)和ZW(母)。根据着丝粒位置,1号,8号,Z和W为中着丝粒染色体;2号和7号为近中着丝粒染色体;4号为近端着丝粒染色体;而3,5,6,9,10,11和12号均为端着丝粒染色体,而另26对染色体为无法辨别的点状染色体。研究分析了前12对常染色体和性染色体的G带带型,并绘制了包含165条带(其中75条阳性带)的G-带模式图。     

香炉山鸡隐性白羽鉴定分析

为淘汰香炉山鸡群体中的白羽基因杂合子个体,建立白羽基因纯合群体,本研究自行设计多重PCR扩增引物,采用PCR扩增结合琼脂糖凝胶电泳技术对120只香炉山鸡的基因型进行鉴定。结果显示:香炉山鸡隐性白羽CC型为56个,占总群体46.67%;Cc型为4个,占3.33%;cc为60个,占50%。经Popgene2.1软件统计分析发现隐性白羽基因位点平均等位基因数为2,有效等位基因数为1.9978,Shannon指数为0.6926,多态信息含量为0.3747,属于中度多态,说明该群体还具有一定的选育空间。本研究为香炉山鸡提供一种分子标记辅助选育方法,为该品种进一步的保护、开发与利用提供技术支撑,为其他鸡群选育研究提供参考。     

PGC-1α基因突变对白洛克鸡肉品质影响的统计分析

PPAR-γ共激活因子1基因（PPAR-gamma coactivator 1,PGC-1α）对肌肉组织的能量代谢和脂类积累具有重要的调节作用。其开放阅读框中646位点发生的错义突变引起了蛋白序列216位点的天冬氨酸突变成天冬酰胺。本试验选用白洛克肉鸡建立孟德尔分离群体,采集8周龄胸肌肉样,应用TA-XT2型物性分析仪对肌肉品质进行了测定。建立最小二乘模型,对3种基因型的群体进行了统计分析,确定了PGC-1α不同基因型对肌肉品质的影响。结果发现AG基因型个体具有较好的肉品质,肌肉硬度、黏聚性、胶着度、咀嚼度和回复性等性状在不同基因型间存在显著性差异（P〈0.05）。对各个指标进行相关性分析,发现硬度和弹性保持率、黏度和嫩度等都存在显著相关。对所有指标进行了主成分分析,确定出6个影响肌肉品质的主成分,其中前3个主成分分别代表了肉的硬度、新鲜度及黏性。     

来航鸡FOXL2基因的克隆与序列分析

为了研究来航鸡FOXL2基因的结构及功能,根据GenBank上登录的红色原鸡FOXL2基因序列设计引物,对来航鸡FOXL2基因进行了克隆、测序,并对该序列进行生物信息学分析。结果表明:克隆得到的来航鸡FOXL2基因全长为1 130 bp(GenBank登录号为JF708868),包含1个918 bp的完整开放式阅读框,编码305个氨基酸,其CDS编码区的核苷酸序列与红色原鸡、人、牛、野猪、家鼠、欧洲兔、蟾蜍、斑马鱼及罗非鱼的FOXL2基因对应序列的同源性分别为99.8%、80.0%、80.4%、80.3%、80.5%、81.5%、77.7%、71.8%、75.5%,推导的氨基酸序列同源性分别为99.7%、64.7%、64.7%、65.4%、63.5%、63.8%、79.7%、78.3%、79.9%;FOXL2编码蛋白主要存在于细胞核中,存在1个保守结构域,不含信号肽、跨膜结构域和剪切位点,并存在2个蛋白质激酶C磷酸化位点、1个cAMP和cGMP依赖的蛋白激酶磷酸化位点、2个N-糖基化位点、3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和4个N-豆蔻酰化位点,预测最佳抗原表位候选区域为45～49位(SQKPP)、147～152位(RPPPTH)和169～173位(SPPKY)。     

广东省鸡传染性贫血病毒编码区基因的克隆与分子进化分析

为了解鸡传染性贫血病毒(chicken anemia virus,CAV)广东分离株变异情况,通过PCR方法克隆了于2012年分离到的10株CAV的编码区序列,并对其进行了测序及分子进化分析。结果显示,广东CAV分离株编码区全长1 823bp,含有3个互相重叠的开放阅读框(ORF)。序列分析表明,广东省CAV分离株与GenBank上已发表的其他36株CAV比较,VP1核苷酸的同源性在94.1%⁹9.2%之间,推导出的氨基酸的同源性在95.3%99.2%之间,推导出的氨基酸的同源性在95.3%⁹9.3%之间;VP2的核苷酸同源性在98.2%99.3%之间;VP2的核苷酸同源性在98.2%¹00%之间,推导出的氨基酸的同源性在95.9%100%之间,推导出的氨基酸的同源性在95.9%⁹9.5%之间;VP3的核苷酸同源性在97.8%99.5%之间;VP3的核苷酸同源性在97.8%¹00%之间,推导出的氨基酸的同源性在95.1%100%之间,推导出的氨基酸的同源性在95.1%⁹9.2%之间;VP1蛋白共有17个位点发生了变异,VP2蛋白共有11个位点发生了变异,VP3蛋白共有6个位点发生了变异。分子进化分析显示,10株CAV广东分离株主要位于两个分支,其中9株CAV分离株与GenBank上已发表的35株CAV处于一个大分支,而GDN-12与分离株KC414026处于另外一个小分支,由此得出其中9株广东CAV分离株是目前主要的流行毒株。     

中国地方黄羽肉鸡与隐性白羽肉鸡二元杂交效果分析

本试验设计了2个地方黄羽肉鸡品种与隐性白羽肉鸡的杂交组合,测定比较了不同周龄的体重和屠体性状。实验结果表明,地方品种与隐性白羽肉鸡的杂交后代生长速度极显著高于地方品种纯繁后代;石歧杂和北京油鸡与隐性白羽肉鸡杂交后代间生长速度无显著差异,且北京油鸡比石歧杂表现更强的杂种优势;杂交及纯繁后代在屠体性状上有一定的差异。     

1日龄雏鸡接种超抗原SEB和MDV后脾淋巴细胞IL-2体外诱生的变化

研究１日龄雏鸡分别接种ＳＥＢ和ＭＤＶ脾淋巴细胞ＩＬ－２体外诱生和脾细胞总数变化。结果表明,高浓度ＳＥＢ诱导ＩＬ－２短暂上升后迅速下降,后期略有回升,但仍低于对照组;而低浓度ＳＥＢ诱导的ＩＬ－２水平要高,后期降至正常。提高低浓度ＳＥＢ有短期的免疫增强作用,且不引起免疫抑制;而高浓度ＳＥＢ诱导ＩＬ－短时上升后随即发生免疫抑制或无反应性;ＭＤＶ感染则显著降低脾淋巴细胞ＩＬ－２体外诱生能力。ＳＥＢ和ＭＤＶ     

1日龄雏鸡接种超抗原SEB和MDV后脾与胸腺淋巴细胞IFN-γ的体外诱生

为研究超抗原(SAg)在禽类诱导的免疫机理和进一步揭示MDV(马立克氏病病毒)感染的免疫学规律,采用NO-释放法,设计用雏鸡骨髓巨噬细胞为靶细胞检测1日龄雏鸡接种超抗原SEB和MDV后脾与胸腺淋巴细胞IFN-γ体外诱生的动态变化.结果发现,超抗原SEB(SAG-SEB)可提高脾与胸腺淋巴细胞IFN-γ体外诱生水平,其中,高剂量(1 ng/只)引起短时加强后下降,而低剂量(0.01 ng)则出现缓升缓降现象;而MDV接种则抑制脾与胸腺淋巴细胞IFN-γ体外诱生; SAg-SEB能增强雏鸡细胞免疫,主要表现于接种初期(1-10 d PI),而MDV却在接种后1-25 d间降低细胞免疫;说明超抗原SEB和MDV虽然均可引起鸡T细胞增殖,但对鸡免疫细胞IFN-γ的体外诱生作用不同.