仔猪不同生长阶段粪便微生物多样性分析

旨在利用高通量测序技术分析晋汾白猪和马身猪生长早期粪便微生物的多样性特征及其可能的成因。本研究以马身猪和晋汾白猪为研究对象,采用16SrRNA高通量测序技术,对仔猪初生(1日龄)、断奶(28日龄)和保育后期(70日龄)三个关键的生长发育阶段的粪便微生物多样性进行研究。结果表明:本次测序所得的操作分类单元分属25个门、43个纲、91个目、163个科和470个属的微生物。多样性分析表明,生长在相同环境之下的晋汾白猪和马身猪在不同的生长阶段粪便微生物的组成具有相似之处,初生(1日龄)时容易受到母体及周围环境的影响,假单胞菌和志贺菌属等有害菌属的细菌含量较高,乳酸杆菌的数量随着仔猪年龄的增长而逐渐增加,在断奶(28日龄)和保育末期(70日龄)时粪便微生物菌群的多样性更为相似;在保育末期,两个猪种的仔猪肠道中普雷沃氏菌和毛螺菌科NK4A136等有助于动物消化代谢的细菌更为丰富。本研究的结果可为仔猪肠道微生物定植以及演替的变化规律提供理论参考。     

猪不同发育阶段肠道微生物菌群特征分析

为研究不同生长发育阶段猪肠道微生物菌群结构与特征的差异,本研究将50头28日龄体重8 kg左右的杜×长×大断奶仔猪随机分为5栏,分别在第60、90、120、150、180日龄饲喂前,从每栏随机挑选5头猪,每头采取100 g左右的新鲜粪样,采用16S rRNA高通量测序技术对微生物多样性进行研究。结果显示:通过菌群分类学分析发现,不同时期猪肠道微生物分布于22个门、42个纲、74个目、119个科、321个属和579个种,厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroides)、螺旋体门(Spirochaetae)为主要优势菌门,不同时期的特异菌群显著差异;对丰度值前30的肠道菌群与血液免疫抗体浓度进行相关性关联分析发现,IL-2浓度与12个菌群存在显著相关性,IL-6浓度与14个菌群存在显著相关性,IgG浓度与12个菌群存在显著相关性,IgM浓度与11个菌群存在显著相关性,IgA浓度与26个菌群存在显著相关性。综上表明,猪肠道微生物菌群结构与组成在不同生长发育阶段均存在显著差异,对猪免疫性能具有重要作用。     

繁殖周期内大白猪母猪肠道菌群特征分析

为了探究繁殖周期内母猪肠道菌群的演替规律和结构特征,试验从山东省莱西市某猪场选取12头大白猪母猪为研究对象,采集其空怀期(配种前2天)、妊娠早期(妊娠第28,42,56天)、妊娠末期(妊娠第70,84,98天)、分娩期(分娩当天)及哺乳期(泌乳第7,14,21天)繁殖周期5个阶段11个时间点的新鲜粪便样本,提取粪便样本基因组DNA,采用16S rRNA高通量测序技术进行测序,分析大白猪母猪繁殖周期不同阶段肠道微生物的多样性及在门、科、属水平上的组成结构特征。结果表明：大白猪母猪繁殖周期肠道微生物在空怀期时的α多样性最低,随着妊娠的进行,α多样性逐渐上升,在妊娠末期达到最高,进入分娩期后急剧下降,但分娩期与哺乳期差异不显著(P>0.05)。空怀期、妊娠早期、妊娠末期、分娩期和哺乳期5个阶段的平均物种数量在400～800种之间,妊娠末期时的物种数量最多,且除空怀期和妊娠早期物种数量差异不显著(P>0.05)外,其余繁殖阶段间均差异显著或极显著(P<0.05或P<0.001)。母猪繁殖周期不同阶段的β多样性存在差异(P=0.001),空怀期与妊娠早期β多样性相似性最高...     

重庆地区3个地方品种哺乳仔猪和断奶仔猪结肠菌群比较研究北大核心CSCD

本研究旨在通过监测重庆地区特色动物品种合川黑猪、盆周山地猪和荣昌猪断奶前后的结肠菌群结构,比较分析不同猪种断奶前后的结肠菌群组成特点,探讨断奶前后2个阶段以及不同品种对仔猪肠道菌群的影响。试验样品采集于2018年4月,每个猪种随机选取5头哺乳仔猪(21~25日龄,35日龄断奶)和5头断奶仔猪(30~40日龄),无菌采集每头猪的结肠内容物,提取总DNA,利用细菌通用引物对16S rRNA的V3~V4区进行扩增,通过Illumina Hiseq测序平台对扩增产物进行高通量测序,对优化后的测序序列进行统计分析。结果表明:3个地方猪种哺乳仔猪和断奶仔猪的结肠内容物菌群主要由厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)组成。beta多样性分析发现,哺乳仔猪和断奶仔猪的结肠菌群明显分成了2簇,而3个猪种间的结肠菌群未出现明显组内聚类。在门水平上,梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia)在哺乳仔猪结肠内容物中的相对丰度均显著高于断奶仔猪(P<0.05),而不同品种间各菌门相对丰度没有显著差异(P>0.05)。在属水平上,拟杆菌属(Bacteroides)、梭杆菌属(Fusobacterium)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、红螺菌属(Rhodospirillum)和Bradymonadales 5个主要细菌属在哺乳仔猪结肠内容物中的相对丰度显著高于断奶仔猪(P<0.05),而普氏菌属(Prevotella)、Intestinibacter和溶杆菌属(Solobacterium)等8个主要细菌属在断奶仔猪结肠内容物中的相对丰度显著高于哺乳仔猪(P<0.05);不同品种间仔猪结肠内容物中的真细菌属(Eubacterium)、红螺菌属(Rhodospirillum)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)和琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)的相对丰度存在显著差异(P<0.05)。以上结果表明,断奶前后2个生长阶段对仔猪结肠菌群的影响较不同品种更为明显。     

猪骨骼肌纤维类型和能量代谢相关基因的表达特性研究

【目的】研究马身猪、晋汾白猪和杜长大猪骨骼肌肌纤维类型和能量代谢相关基因的表达特性。【方法】选取6月龄马身猪、晋汾白猪和杜长大猪,屠宰后采集背最长肌和趾长伸肌,采用HE染色检测肌纤维的直径、密度和横截面积,通过实时荧光定量PCR分别检测Ⅰ型、Ⅱa型、Ⅱb型和Ⅱx型肌纤维的标记基因(MYH7、MYH2、MYH4和MYH1),线粒体活性相关基因(ATP5A1、PGC1-α和PPARβ),电子传递链活性相关基因(UQCRC2、SDHA、NDUFA9),以及糖酵解活性相关基因(LDHA、LDHB和GK)的表达量。【结果】马身猪背最长肌肌纤维直径和横截面积均显著低于晋汾白猪和杜长大猪,而密度显著高于晋汾白猪和杜长大猪(P<0.05);马身猪和晋汾白猪趾长伸肌肌纤维直径和横截面积均显著低于杜长大猪,而密度显著高于杜长大猪(P<0.05)。马身猪背最长肌MYH7基因的表达量最高,晋汾白猪最低;马身猪和晋汾白猪趾长伸肌MYH7基因的表达量显著高于杜长大猪(P<0.05)。马身猪背最长肌和趾长伸肌MYH2基因的表达量显著高于晋汾白猪和杜长大猪,晋汾白猪趾长伸肌MYH2基因的表达量显著高于杜长大猪(P<0.05)。马身猪背最长肌MYH4基因的表达量显著低于晋汾白猪和杜长大猪,马身猪和晋汾白猪趾长伸肌MYH4基因的表达量显著低于杜长大猪(P<0.05)。马身猪背最长肌中ATP5A1和PGC1-α基因的表达量均显著低于晋汾白猪和杜长大猪,晋汾白猪PGC1-α和PPARβ基因的表达量均显著低于杜长大猪(P<0.05);马身猪和晋汾白猪趾长伸肌中ATP5A1、PGC1-α和PPARβ基因的表达量均显著低于杜长大猪(P<0.05)。晋汾白猪背最长肌中UQCRC2、SDHA和NDUFA9基因的表达量均显著低于杜长大猪和马身猪(P<0.05);晋汾白猪和马身猪趾长伸肌中UQCRC2、SDHA和NDUFA9基因的表达量均显著低于杜长大猪,马身猪UQCRC2和SDHA基因的表达量均显著低于晋汾白猪(P<0.05)。晋汾白猪和马身猪背最长肌和趾长伸肌中LDHA、LDHB和GK基因的表达量均显著低于杜长大猪(P<0.05)。【结论】马身猪骨骼肌肌纤维直径和横截面积都较小,Ⅰ型和Ⅱa型肌纤维标记基因的表达量较高;杜长大猪骨骼肌Ⅱb型肌纤维标记基因的表达量较高,氧化磷酸化和糖酵解相关基因的表达量均较高。     

参金止痢口服液对腹泻哺乳仔猪肠道微生物菌群影响的差异性分析

研究参金止痢口服液对腹泻哺乳仔猪肠道微生物菌群的影响。选取同等饲养条件下7~15日龄体重相近的“杜×长×大”三元杂交仔猪共计9头,其中有腹泻症状的6头将其随机平均分为腹泻空白组(FXK)和腹泻中药组(FZ),正常的3头为健康空白组(JK),中药组灌服参金止痢口服液,空白组灌服同等体积生理盐水,连续灌胃5d,在给药后的第8天对仔猪采血进行抗体及细胞因子水平测定,并采集结肠内容物提取样本中菌群总DNA进行16S rRNA高通量测序。结果显示：与FXK组相比,FZ组血清中IgG含量显著升高(P＜0.05),IgM含量显著降低(P＜0.05),炎性因子IL-1β、IL-6、TNF-α含量显著下调(P＜0.01)。α、β多样性分析结果表明,三个组结肠肠道菌群结构差异显著。在门分类水平上,FZ组仔猪肠道拟杆菌门相对丰度显著高于FXK组(P＜0.05),变形菌门相对丰度显著低于FXK组(P＜0.05),而FZ与JK组之间两个菌门差异不显著。属水平上,FZ组韦荣球菌属和乳杆菌属相对丰度显著低于FXK组(P＜0.05),普雷沃氏菌属相对丰度显著高于FXK组(P＜0.05),FZ组与JK组之间这三个菌属差异不显著。综上结果表明,参金止痢口服液可能通过调节免疫及炎性相关因子水平和调节肠道菌群结构从而发挥治疗哺乳仔猪腹泻的作用。     

宫内发育迟缓仔猪断奶后肠道菌群特征及其与生长的潜在联系

本试验旨在研究正常体重(NBW)仔猪和宫内发育迟缓(IUGR)仔猪肠道菌群的定植特征及其与器官生长发育的潜在联系。试验选取NBW仔猪和IUGR仔猪各12头,21日龄断奶后转至单栏饲喂,经7 d适应后,开始为期28 d的饲养试验。分别于试验的第0和28天空腹称重并记录,屠宰后分离肝脏、脾脏和胰腺称重;分离空肠、回肠和结肠称重并测量长度,采集肠内容物进行微生物组分析。结果表明,与NBW仔猪相比,IUGR仔猪的末重、肝脏重、空肠重和长度均显著降低(P<0.05),而肝脏系数,回肠重、长度和系数以及结肠重、长度与系数均显著升高(P<0.05)。NBW仔猪和IUGR仔猪空肠、回肠和结肠微生物α和β多样性均无明显改变,而IUGR仔猪空肠变形菌门(Proteobacteria)丰度呈升高趋势(P=0.08),回肠Proteobacteria和放线菌门(Actinobacteria)丰度显著升高、厚壁菌门(Firmicutes)丰度显著降低(P<0.05)。此外,Spearman分析发现肠道菌丰度与仔猪器官发育密切相关,其中呈显著负相关(P<0.05)的包括：空肠葡萄球菌属(S...     

宁乡猪不同生长阶段结肠微生物菌群特征分析

本研究以宁乡花猪为实验对象，旨在通过16S rDNA高通量测序技术探究5个不同生长阶段（30、70、150、200、250日龄）结肠微生物菌群的结构及特征差异，分析各个阶段微生物组成及多样性。结果显示：宁乡猪结肠微生物多样性只在30日龄与200日龄间差异显著，而微生物丰度30日龄与70～250日龄间差异显著、70～150日龄与200日龄间差异显著；通过菌群分类学分析发现，在不同生长阶段结肠微生物菌群分布于23个门（Phylum）、41个纲（Class）、85个目（Order）、141个科（Family）、294个属（Genus）；在门水平，厚壁菌门（Firmicutes）与拟杆菌门（Bacteroidota）为宁乡猪结肠微生物主要优势菌门，梭杆菌门（Fusobacteriota）与互养菌门（Synergistota）只存在于30日龄中；在属水平，乳酸杆菌属（Lactobacillus）、颤螺旋菌科（Oscillospiraceae＿UCG＿005）、普式菌属（Prevotella）、梭状芽孢杆菌属（Clostridium＿sensu＿stricto＿1）、链球菌属（Streptococ...     

不同品种鹅肠道发育及肠道微生物菌群结构的比较

试验旨在比较不同鹅品种肠道发育及肠道微生物菌群结构差异,选取28日龄四川白鹅、浙东白鹅、扬州鹅和霍尔多巴吉鹅各10只为研究对象,圈养全程舍饲精料与黑麦草,于70日龄屠宰进行肠道发育和肠道微生物多样性检测。结果显示：四个品种鹅中浙东白鹅对牧草采食量最大,四川白鹅对牧草的转化利用率最高。扬州鹅肠道表观形态发育和组织形态发育显著优于其他三个品种鹅（P<0.05）。门水平上四个品种鹅的优势菌属相同,都是拟杆菌门（Bacteroidetes）和厚壁菌门（Firmicutes）。α多样性比较,霍尔多巴吉鹅的肠道菌群丰度及多样性都显著高于其他三个品种鹅（P<0.05）,β多样性分析发现四个品种鹅的菌落结构差异不显著。根据Venn图筛选各品种鹅的盲肠特有菌,从门水平比较,霍尔多巴吉鹅的盲肠内微生物物种最丰富,其次为浙东白鹅>扬州鹅>四川白鹅,四个品种鹅都具有数量不等的分解消化纤维功能特有菌拟杆菌门和厚壁菌门,而扬州鹅盲肠特有菌还含有分解纤维菌放线菌门。进一步使用皮尔森相关系数分析特有菌群数量与饲草转化率等相关性,发现梭杆菌门和厚壁菌门与饲草分解消化利用率极强相关（Px,y>...     

2个山西地方猪种IFNA基因组织表达谱分析

α干扰素(IFNA)是与免疫调节、抗病毒功能有关的细胞因子。为了研究IFNA基因在断奶仔猪不同系统组织的表达情况,笔者采用RT-PCR方法检测IFNA基因在晋汾白猪和新山西黑猪不同组织中的表达情况。结果显示,IFNA基因在晋汾白猪和新山西黑猪各个组织均表达。此外,使用SPSS19.0软件分析IFNA基因在2种猪的免疫系统(脾、支气管淋巴结,肺泡巨噬细胞、白细胞)中的表达差异,结果显示,晋汾白猪肺泡巨噬细胞与白细胞、脾,白细胞与脾间表达呈极显著差异(P<0.01);新山西黑猪脾及与肺泡巨噬细胞、白细胞、支气管淋巴结间表达无显著差异(P>0.05)。晋汾白猪和新山西黑猪白细胞表达差异极显著(P<0.01)。本研究通过IFNA基因在晋汾白猪和新山西黑猪不同组织的表达水平和特点,为下一步研究IFNA基因的抗病毒、免疫调节等功能提供了理论基础,也将为今后对猪的抗病育种提供参考和理论指导。     

6个猪种FUT1基因的多态性分析

α(1,2)岩藻糖转移酶基因1(α-1,2-Fucosyltransferase gene,FUT1)是可以调节大肠杆菌F18侵染猪小肠、并引起仔猪水肿和腹泻的一个抗性基因。采用PCR-SSCP方法,检测了FUT1基因在大白猪、长白猪、杜洛克、马身猪、山西黑猪、晋汾白猪6个猪种中的多态性。结果表明:在大白猪、长白猪和杜洛克这3个引进品种中,存在A、B、C 3种单倍型,A单倍型的平均分布频率为0.58;而在地方品种马身猪及其培育品种山西黑猪和晋汾白猪中只发现了单倍型A。经测序比对发现B单倍型第5位碱基发生了C→A的转换,第145个碱基处发生了T→C的突变;而单倍型C的第372位碱基A发生缺失。大白和杜洛克2个种群Hardy-Weinberg不平衡,FUT1基因在国外引进猪种大白、长白、杜洛克种群多态性丰富。     

不同日龄家兔肠道微生物群落结构

采用Miseq2×300测序平台对29,45,60日龄3个阶段的断奶幼兔,共30个粪便样品中的菌群16S rDNA V3和V4可变区进行了高通量测序和分析。结果显示:在不同的日龄间ACE指数和Chao1指数差异显著(P<0.05),Shannon指数和Simpson指数差异不显著(P>0.05),说明随着日龄的增大断奶兔肠道中的微生物群落丰度大量增加,但是菌群多样性并没有显著增加,表明在幼兔断奶时肠道微生物已经完成了定植。在门水平上,肠道微生物群落主要由厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、疣微菌门和放线菌门组成,其中变形菌门、拟杆菌门和疣微菌门在幼兔的生长过程中丰度有显著性变化。聚类热图的结果显示断奶幼兔肠道微生物群落结构的变化是随着日龄的变化而逐渐变化。     

饲粮中添加发酵豆粕对断奶仔猪粪便菌群多样性的影响

本试验采用高通量测序技术,研究饲粮中添加发酵豆粕对断奶仔猪粪便菌群多样性的影响。选取36日龄“杜×长×大”仔猪80头,随机分为A、B、C、D组,D组为对照组,饲喂基础饲粮;A、B、C组为试验组,分别在基础饲粮中添加5%、10%、15%的发酵豆粕。试验结束采集4组仔猪的粪便,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对其中细菌的16SrRNA基因的V3~V4区序列进行测序。结果表明:1)菌群的平均有效序列数为47218条;在97%的相似水平下共产生了3581个操作分类单元(OTUs);共检测到12个门、21个纲、33个目、64个科、111个属和137个种。2)α多样性指数在各组间均无显著性差异(P>0.05),但B组的Shannon指数最高,菌群最丰富。β多样性分析表明,4组菌群在统计学上存在显著差异(P<0.05),分组效果较好。3)门水平的优势菌为厚壁菌门,科与属水平的优势菌分别为乳酸菌科和乳酸菌属。B组的厚壁菌门相对丰度显著高于D组(P<0.05),乳酸菌属相对丰度显著高于A、D组(P<0.05),但与C组间差异不显著(P>0.05)。4)菌群主要参与的代谢通路为糖类代谢、氨基酸代谢、能量代谢、核酸代谢、辅酶和维生素代谢。除核酸代谢外,其余4种代谢通路中,B组菌群的相对丰度最高并依次为C、A、D组。综上所述,在仔猪饲粮中添加10%的发酵豆粕,能增加肠道菌群的多样性,显著增加肠道中厚壁菌门、乳酸菌科和乳酸菌属等有益菌的相对丰度,维持肠道的健康,促进营养物质的代谢。     

皖南黑猪不同生长阶段血清免疫指标及肠道菌群的特征分析

旨在探究皖南黑猪不同生长阶段粪便菌群和血清免疫指标的纵向变化规律及其相关性。采集27头皖南黑猪哺乳期(20 d)、保育期(60 d)和育肥期(120 d)3个不同生长阶段的粪便及血清样本，通过16S rRNA高通量测序方法及血清检测技术，对皖南黑猪生长发育过程中肠道微生物与免疫指标的演替规律及关联性进行了分析。结果表明，肠道微生物物种丰度分析显示，在门水平上共检测到22个核心菌门，其中厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)是皖南黑猪的主要优势菌门；在属水平上检测到51个核心菌属，其中哺乳期的优势菌属为乳酸菌属(Lactobacillus)、志贺菌属(Shigella)和粪杆菌属(Faecalibacterium)。保育期和育肥期均以乳酸杆菌属(Lactobacillus)、颤螺菌属(Oscillospira)和密螺旋体属(Treponema)为优势菌属；Alpha多样性分析显示，皖南黑猪肠道菌群的多样性随日龄增长呈逐渐增高的趋势，在保育期达到峰值，育肥期逐渐趋向稳定。Beta多样性分析显示，皖南黑猪保育期及育肥期肠道菌群组成相似聚在一起，而与哺乳期肠道...     

日粮添加乳铁蛋白对断奶仔猪肠道微生物多样性的影响

旨在研究日粮添加乳铁蛋白对断奶仔猪肠道微生物多样性的影响。试验选用断奶滇太仔猪12头,初始体重为(6.12±0.54)kg,随机分为对照组、杆菌肽组和乳铁蛋白组。对照组饲喂基础日粮;杆菌肽组在基础日粮中添加0.5 g·kg^-1杆菌肽预混剂;乳铁蛋白组在基础日粮中添加150 mg·kg^-1乳铁蛋白,试验期28 d。采集试验第7、21、28天仔猪粪便,通过细菌16S rRNA基因高通量测序检测粪便微生物多样性。结果表明,各组断奶仔猪肠道微生物多样性没有显著差异(P>0.05)。在门水平上,第7、21、28天肠道优势菌为厚壁菌门和拟杆菌门,试验第7天时,各组间厚壁菌门和拟杆菌门相对丰度无显著差异(P>0.05)。与对照组相比,乳铁蛋白组厚壁菌门相对丰度降低1.43%,拟杆菌门相对丰度增加16.4%;试验第21天时,乳铁蛋白组与其余两组相比,厚壁菌门和拟杆菌门相对丰度无显著差异(P>0.05),但与对照组相比,厚壁菌门相对丰度降低16.4%,拟杆菌门相对丰度增加34.1%。试验第28天时,与对照组相比,乳铁蛋白组厚壁菌门相对丰度显著...     

应用Illumina-HiSeq高通量测序技术分析氨气对小鼠肠道菌群的影响

旨在研究不同氨气质量浓度对小鼠肠道微生物多样性的影响。选取平均体质量为(23±2) g的KM小鼠90只,随机分为3个处理组,每组30个重复。分别饲养于3个独立的环境控制舱内,氨气平均质量浓度为0 (对照组)、20 (中质量浓度组)、50 mg/kg (高质量浓度组),于5,15,20 d取10只,颈椎脱臼处死后取肠道食糜,用Illumina-HiSeq高通量测序技术分析微生物群落结构。结果表明:处理组的α、β多样性、Shannon指数较对照组降低,表明不同质量浓度氨气处理对小鼠肠道微生物菌群多样性有一定影响;在门水平,处理组厚壁杆菌丰度增加,结合KEGG代谢途径分析,能量代谢通路可能发生了改变;Lefse分析筛选出氨气影响肠道健康的相关菌群有3种,分别是Blautia菌属、脱硫弧菌(Desulfovibrio,DSV)与慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae);通过KEGG代谢途径的差异分析,第5天时对照组和中质量浓度组与免疫相关的代谢通路存在显著差异。由此可见,氨气处理能显著影响小鼠肠道微生物菌群多样性,且提示氨气致肠道损伤与这些肠道菌群的变化密切相关。     

一例组合益生菌中微生物群落多样性研究

通过提取目标微生物基因组DNA,使用16S rRNA高通量测序法分析,获得一例人用益生菌16S rRNA高通量测序结果及其群落组成、Alpha多样性、Beta多样性、差异物种及其它物种间的相关性的具体信息。结果显示,此菌群主要分属于3个菌门,其中变形菌门(Proteobacteria)是主要菌群,占比84.79%,厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)分别占7.8%、6.35%。这些菌群的主要功能有调节肠道功能,而且与宿主的脂肪代谢有很大关联,同时变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门等菌群可能与肠道炎症的缓解相关。     

宁都黄鸡粪便基因组DNA提取方法比较及盲肠微生物组成分析

要获得高质量的测序结果,一个重要的前提是提供高质量的DNA样品。该研究旨在比较4种样本预处理方法和目前国内通用的3种试剂盒对于盲肠内容物基因组DNA提取的质量,并通过扩增子测序结果分析宁都黄鸡盲肠菌群组成及其多样性,为进一步探索肠道微生物在宁都黄鸡生长中的作用,乃至未来禽微生态制剂的研发奠定基础。结果表明:QIAGEN、BioTeke或BIOMIGA公司试剂盒提取的基因组DNA用于扩增子测序,所得肠道微生物菌群Beta多样性分析结果无显著差异(P0.05),而Shannon指数和Simpson指数组间差异显著(P0.05),提示采用不同试剂盒可能对高通量测序分析结果产生影响。宁都黄鸡肠道微生物组成丰富,共检测到21个门、50个纲、80个目、134个科、268个属,相对丰度较高的菌群是拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、广古菌门(Euryarchaeota)和变形菌门(Proteobacteria),相对丰度较高的前3个属分别是甲烷杆菌属(Methanobrevibacter)、理研菌科RC9肠菌群(Rikenellaceae RC9 gut group)和拟杆菌属(Bacteroides)。宁都黄鸡盲肠菌群组成特征再次证明了宿主系统发生地位对肠道菌群结构起到的重要影响作用。     

纯种柯乐猪与巴×柯杂交猪肠道菌群结构的研究

本试验对纯种柯乐猪与巴×柯杂交猪肠道菌群结构特性及差异性进行了研究,旨在从猪肠道微生物的角度揭示纯种柯乐猪耐粗饲特性及巴×柯杂交猪对青绿饲料的适应能力,为后期微生物添加剂的设计、柯乐猪杂交利用及标准化养殖提供依据。纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪在同等条件下养殖,达屠宰体重后(100 kg左右),随机各选3头屠宰,取十二指肠、空肠、回肠、结肠内容物,进行高通量测序和生物学信息分析。结果显示:纯种柯乐猪与巴×柯杂交猪各肠段Alpha多样性指数差异不显著(P0.05);Beta多样性分析显示,2个品种猪大部分样品交叉聚集到一起;肠道菌群结构分析显示,纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪小肠阶段以厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)为优势菌门,到了结肠阶段则是以拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门为优势菌门;纯种柯乐猪与巴×柯杂交猪结肠中有大量的纤维分解菌属,巴×柯杂交猪结肠中月形单胞菌属(Selenomonas)和脱硫弧菌属(Desulfovibrio)的相对丰度显著或极显著高于纯种柯乐猪(P0.05或P0.01),而消化球菌属(Peptococcus)、聚乙酸菌属(Acetitomaculum)、Leeia的相对丰度则显著低于纯种柯乐猪(P0.05);LEfSe分析后发现纯种柯乐猪结肠中富集着大量的产短链脂肪酸菌,其中纤维降解菌有聚乙酸菌属、瘤胃球菌科的不可培养瘤胃细菌4C0d_17(uncultured_rumen_bacterium_4C0d_17)、Leeia、拟杆菌纲、拟杆菌目,与纤维降解菌起协同作用的菌群有考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、考拉杆菌属的uncultured_Veillonellaceae_bacterium;巴×柯杂交猪结肠中富集的纤维降解菌有月形单胞菌属、柔嫩梭菌(Clostridium leptum)。上述结果表明,在整个肠道菌群结构上,纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪的优势菌在类别上非常接近,体现了环境相同效应,纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪的肠道菌群结构相对稳定且相似度高;在属水平上,纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪的结肠中纤维降解菌表现出差异,纯种柯乐猪结肠内纤维降解菌的比例较高,说明引入外源血对肠道菌群结构有一定的影响,巴×柯杂交猪对粗纤维的消化能力较弱于柯乐猪。     

高产期不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物群落特征

为了研究高产期不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物多样性特征,探究肠道微生物与蛋鸡产蛋水平之间的关联性。应用16SrRNA基因V4~V5区进行高通量测序,检测高产期3个产蛋水平(高产组/低产组/极低产组:6只/6只/3只)蛋鸡粪便样品微生物的组成与菌群分布。结果表明:厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)在3组中均为优势菌群(≥1%),但各自占比在3组中有所差异;在属水平上,高产组中乳杆菌属丰度(66.05%)是极低产组(20.93%)的3倍;PCoA检测显示不同产蛋水平蛋鸡微生物群落结构差异明显,乳酸杆菌属是不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物菌群差异的主要菌属,推测其在肠道微生物中的占比与产蛋水平存在着关联性。