海南地方猪IGFBP6基因多态性分析

采用PCR-SSCP技术,对五指山猪、海南地方猪2个品系(临高猪、屯昌猪)等猪种的IGFBP6基因的多态性进行研究。结果表明,引物P1和P2的PCR片断SSCP分析表现有多态性,且出现3种基因型。随后的测序结果表明,它们都在相应的区域存在着变异;引物P1在海南地方猪种大多表现BB基因型和以B等位基因为主,引物P2大多表现CC基因型和以C等位基因为主。SPSS软件分析五指山猪IGFBP6基因多态性与其3个生长阶段的关联程度,结果发现,引物P1 AA基因型和引物P2 DD基因型的猪个体在2月龄、8月龄、12月龄的生长体重高于其它基因型,但个体差异均不显著(P0.05)。     

猪TLR2基因Bi-PASA遗传标记的建立及多态性研究

根据人和小鼠TLR2基因序列设计了特异性PCR引物,优化PCR条件后扩增到中国梅山猪、欧洲约克夏猪、PIC-2系及PIC-3系商品猪的TLR2基因690 bp的基因片段,并对其进行序列分析。序列分析结果显示,猪TLR2基因多态性程度低,发现在猪TLR2基因编码区第1 255位点上存在1个单碱基突变位点。利用双向特定等位基因PCR扩增法(B i-PASA)建立了检测猪TLR2基因变异的遗传标记。利用猪TLR2基因的B i-PASA标记,分析了TLR2基因在大河乌猪、撒坝猪和黔邵花猪中的基因频率和多态性。研究建立的B i-PASA遗传标记和基因变异信息,将为进一步分析猪TLR2基因变异与疾病抵抗力及经济性状的相关分析提供基础资料。     

巴马香猪TLR2基因cDNA的克隆及生物信息学分析

利用NCBI公布的TLR2基因序列设计引物,RT-PCR克隆巴马香猪(Sus barbatus)TLR2基因。核酸序列分析表明,巴马香猪TLR2基因开放阅读框长2358bp,编码785个氨基酸,该蛋白等电点为7.52,相对分子质量为89480;与普通猪比对发现,巴马香猪TLR2基因有15个碱基发生突变;与小鼠、狗、鸡、牛、羊和人的同源性分别为73.4%,82.4%,59.5%,85.3%,84.6%,82.4%。TLR2膜外区蛋白为背侧多个α螺旋和内侧多个β折叠平行交替排列构成一个弯曲状螺旋结构;N末端存在信号肽,且可能在21～22位氨基酸处存在裂解位点;胞外区有4个明显的LRR,分别位于第76～99、360～385、413～432和457～476位氨基酸区;膜外区含6个N连接的糖基化位点。     

基于测序技术的海南地方猪TLR4基因多态性分析

为了了解海南地方猪TLR4基因的多态性,试验采用PCR技术对五指山猪、临高猪和屯昌猪的TLR4基因组序列进行了克隆、测序,应用DNAStar和BioEdit软件分析其序列,SMART、SOPMA、SWISS-MODEL在线软件分析TLR4蛋白的结构,并预测二级结构和三级结构。结果表明:获得的三个品种海南地方猪TLR4基因DNA序列全长均为10 435 bp,其中编码区长2 526 bp,编码841个氨基酸。三个品种猪TLR4基因序列种内比对时,五指山猪在种内有1个核苷酸位点存在多态性;屯昌猪在种内有6个核苷酸位点存在多态性,2处位于编码区;临高猪在种内有3个核苷酸位点存在多态性,1处位于编码区。三个品种猪TLR4基因序列种间比对时,有27个核苷酸位点存在多态性,其中2个为错义突变,导致氨基酸改变。三个品种猪的TLR4基因序列的同源性在99.8%～99.9%之间,高度保守。海南猪TLR4基因在7 209位点的G→T突变和7 781位点的G→A位点突变引起了TLR4蛋白二级结构和三级结构发生改变。说明海南地方猪TLR4基因存在多态性,并且其多态性引起的结构改变可能使TLR4基因功能发生变化。     

海南3个地方猪种SLA-DQB基因外显子2的PCR-RFLP多态性分析

采用PCR-RFLP法对海南五指山猪、临高猪及屯昌猪的SLA-DQB基因外显子2的PCR产物进行多态性分析。结果表明:五指山猪和临高猪SLA-DQB基因外显子2经限制酶RsaⅠ酶切后出现7种基因型,均由4个复等位基因A、B、C、D控制。屯昌猪中仅出现4种基因型,由3个复等位基因A、C、D控制。经HaeⅢ酶切结果出现8种基因型,这8种基因型在五指山猪群体中均存在,由E、F、G、H4个复等位基因控制;临高猪、屯昌猪经HaeⅢ酶切分别出现6种和5种基因型,均由3个复等位基因E、F、G控制。χ2适合性检验结果表明,五指山猪的RsaⅠ和HaeⅢ酶切位点突变未达到Hardy-Weinberg平衡。临高猪SLA-DQB基因外显子2RsaⅠ酶切位点不符合Hardy-Weinberg平衡状态,而HaeⅢ酶切位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,屯昌猪SLA-DQB基因外显子2的2个酶切位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

猪IGF2基因多态性研究

该研究分析了猪胰岛素样生长因子2(IGF2)基因内含子3的3 072位点在大白、长白、杜洛克3个品种中的多态性,并分析不同基因型与100 kg体重日龄和背膘厚的关系。结果表明,在3个品种中均存在A、G基因型,且A基因型为优势基因型。3个品种中A基因型个体背膘厚显著低于G基因型个体(P0.05),而不同基因型间100 kg体重日龄无显著差异。结果提示IGF2可作为脂肪沉积的候选基因应用于标记辅助选择。     

猪TLR4基因的变异位点分析

Toll样受体4(TLR4)主要识别革兰氏阴性菌表面的脂多糖,其基因变异可能改变宿主对脂多糖(LPS)的免疫反应.研究利用克隆、测序的方法在TLR4基因的外显子3寻找变异位点,并利用PCR-SSCP方法对寻找到的部分错义突变进行群体遗传学分析,确定不同基因型在猪种间的分布规律.结果表明:共寻找到11个点突变,其中8个是...     

宁乡猪GLP2R基因多态性研究

为探讨宁乡猪遗传多样性,本研究以外来猪种大白猪为对照,研究了宁乡猪GLP2R基因的多态性。通过限制性片段长度多态性聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism,PCR-RFLP)分析检测了该基因A/G位点。结果表明,宁乡猪全部为GG型,大围子猪和黔邵花猪的优势等位基因都为G;而外来品种(大白猪)的优势等位基因为A,其基因频率为0.6433,中外品种的差异较大。本研究为宁乡猪的保种和选育提供了有益的资料。     

海南五指山猪Myf5与MyoD基因多态性分析

为研究海南五指山猪Myf5和MyoD基因的多态性分布情况,本试验通过PCR-RFLP方法对80头海南五指山猪进行了Myf5和MyoD基因型检测,并运用生物信息学方法对这两个基因的序列进行分析.结果发现,在Myf5基因第1外显子的HhaⅠ-RFLP位点上,五指山猪以CC和CG基因型为主;在Myf5基因第1外显子的Hsp92Ⅱ-RFLP位点上,五指山猪以AA基因型为主;在MyoD基因第1内含子的DdeⅠ-RFLP位点上,等位基因A在五指山猪中是优势等位基因.此外,Myf5和MyoD基因启动子区域和第1外显子处存在CpG岛.本研究得到海南五指山猪Myf5和MyoD基因的序列信息,为下一步五指山猪Myf5和MyoD基因的功能研究奠定基础.     

杂交猪白细胞介素-18全基因的克隆与序列分析

通过RT-PCR方法直接从猪脾脏淋巴细胞中扩增出猪白细胞介素-18(IL-18)全基因的cDNA,其大小为579bp,编码192个氨基酸。与GenBank上已发表猪IL-18序列(ABO10003)进行比较,核苷酸同源性为99.8%,在第550位处(以ATG为1计)由A→G,存在有意义突变。与GenBank上的ABO10003、AF176949、AY262109、NM1997序列进行比较分析,氨基酸同源性分别为99%,98.5%,99.8%和99%。从系统进化树可以看出,河南良杂猪IL-18基因与ABO10003、AY262109亲缘关系最近。河南良杂猪IL-18基因和人及其他动物IL-18基因核苷酸序列进行比较分析,结果显示猪与人、猫、牛、鸡、鸭、海豚、山羊、马、家鼠、老鼠、绵羊的IL-18基因核苷酸同源性分别为83.1%、88.3%、90.7%、26.8%、31.4%、26.3%、90.0%、91.5%、67.7%、65.1%和90.8%。     

藏猪白细胞介素-2基因的克隆及序列分析

将藏猪外周血淋巴细胞在伴刀豆球蛋白 A(Con A)的刺激下体外培养 70 h后 ,提取激活淋巴细胞总 RNA,应用RT- PCR技术扩增出藏猪淋巴细胞白细胞介素 - 2 c DNA (TPIL - 2 ) ,克隆到 p MD- T载体上并测序。测序结果显示 ,克隆的TPIL- 2 c DNA全长为 5 0 3个碱基 ,开放阅读框 (ORF)为 4 6 5个碱基 ,编码 15 4个氨基酸 ,分子量为 17.4 kd,等电点为 5 .38;疏水氨基酸 4 0 .3% ,亲水氨基酸 37.0 % ,碱性氨基酸 11% ,酸性氨基酸 11.7%。此 c DNA与报道猪的 IL - 2同源性为 10 0 % ,证实克隆到了藏猪白细胞介素 - 2基因 c DNA。     

来航鸡FOXL2基因的克隆与序列分析

为了研究来航鸡FOXL2基因的结构及功能,根据GenBank上登录的红色原鸡FOXL2基因序列设计引物,对来航鸡FOXL2基因进行了克隆、测序,并对该序列进行生物信息学分析。结果表明:克隆得到的来航鸡FOXL2基因全长为1 130 bp(GenBank登录号为JF708868),包含1个918 bp的完整开放式阅读框,编码305个氨基酸,其CDS编码区的核苷酸序列与红色原鸡、人、牛、野猪、家鼠、欧洲兔、蟾蜍、斑马鱼及罗非鱼的FOXL2基因对应序列的同源性分别为99.8%、80.0%、80.4%、80.3%、80.5%、81.5%、77.7%、71.8%、75.5%,推导的氨基酸序列同源性分别为99.7%、64.7%、64.7%、65.4%、63.5%、63.8%、79.7%、78.3%、79.9%;FOXL2编码蛋白主要存在于细胞核中,存在1个保守结构域,不含信号肽、跨膜结构域和剪切位点,并存在2个蛋白质激酶C磷酸化位点、1个cAMP和cGMP依赖的蛋白激酶磷酸化位点、2个N-糖基化位点、3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和4个N-豆蔻酰化位点,预测最佳抗原表位候选区域为45～49位(SQKPP)、147～152位(RPPPTH)和169～173位(SPPKY)。     

安徽地方猪种染色体Ag-NORs分析研究

对安徽省皖南花猪、皖南黑猪、定远猪、圩猪、安庆六白猪等五个地方猪种Ag-NOR s多态性进行了分析,结果显示Ag-NOR s均数分别为3.69、3.67、3.17、3.73、3.50,众数为4;2个引进品种大约克夏和长白Ag-NOR s均数分别为2.14、2.11,众数为2。Ag-NOR s均定位于10号和8号染色体次缢痕区。从研究结果可以推断皖南花猪和圩猪的品种纯度较高,聚类分析可将5个地方猪种分为2类:皖南花猪、皖南黑猪和圩猪为第1类,定远猪和安庆六白猪为第2类。此外5个地方猪种和2个引进品种Ag-NOR s多态性还为中国猪种起源于亚洲野猪,欧洲猪种起源于欧洲野猪提供了进一步的依据。     

猪圆环病毒2型吉林地方株ORF2基因的克隆、测序及其在原核细胞中的表达

根据GenBank中发表的猪圆环病毒2型（PCV2）ORF2基因序列，设计合成1对特异性引物，用PCR方法从接种PCV2吉林株（JL01）PK-15细胞中，扩增出PCV2毒株的ORF2基因。将扩增片段克隆于pMD18-T载体，进行序列测定。结果表明，PCV2JL01毒株的ORF2基因核苷酸长度为702bp。将重组质粒用Sal Ⅰ和Xho Ⅰ酶切后与同样处理的pET-32a载体连接，转化BL21细胞后，挑取阳性克隆。经PCR和酶切鉴定后，用IPTG诱导，细菌裂解液经SDS—PAGE和Western—blot分析，表明ORF2基因在大肠杆菌中得到了表达，并能被PCV2阳性血清所识别。     

广西巴马小型猪IFN-Y基因的克隆和序列分析

将猪外周淋巴细胞进行体外培养,在刀豆球蛋白A(conA)刺激培养15h后,提取培养淋巴细胞总RNA,应用RT-PCR技术扩增广西巴马小型猪Y-干扰素(IFN-Y)基因,并克隆到PMD18-T载体上,进行测序。测序结果表明,扩增的cDNA全长558个碱基,包含501个碱基开放阅读框架,编码166个氨基酸,分子量为19．42ku。此cDNA与人、牛、山羊、马、狗和鼠的IFN-Y基因核苷酸比较,同源性分别为74．9％,86．5％,86．9％,81％,58．7％和63．3％,与其它猪种的IFN-Y基因核苷酸比较同源性为100％。     

荷斯坦牛TLR2基因遗传多态性与乳腺炎抗性关系分析

利用PCR-RFLP方法检测TLR2基因在297头中国荷斯坦牛中的多态性,并分析其多态性与体细胞评分(SCS)的相关性.结果显示,TLR2基因exon2扩增片断的109 bp处产生C→A的突变,并导致天冬氨酸改变为谷氨酸.TLR2基因exon2被EcoRV消化后表现多态性,表现AA、AB、BB 3种基因型,其中B等位基因为优势等住基因,等位基因频率为0.784 5,而A等位基因频率则为0.215 5.经X2适合性检验,中国荷斯坦牛在该位点达到Hardy-Weinberg平衡状态.同时,群体EcoRV基因座不同基因型与SCS相关分析的结果表明,BB、AB型个体的SCS指标显著高于AA型(P<0.05),AA基因型可作为乳腺炎抗性的有利基因型,可将TLR2作为奶牛乳腺炎候选基因,应用于乳腺炎抗性分子标记辅助选择育种.     

广西10个地方优质品种鸡白细胞介素2基因的克隆与序列分析

根据基因库中鸡白细胞介素2基因序列设计一对特异性引物,应用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术,从ConA诱导培养的广西10个地方优质品种鸡的外周血淋巴细胞RNA中扩增,均得到大小为470 bp的特异性片断。将10个品种鸡的RT-PCR产物纯化后克隆到pMD18-T载体上,得到重组质粒,经PCR和EcorⅠ、SalⅠ双酶切等方法鉴定后,测定鸡白细胞介素2基因序列。序列分析结果表明:广西10个地方优质品种鸡白细胞介素2基因都编码143个氨基酸的成熟蛋白,分子量约为16.3 ku,与哺乳动物和其他品种鸡核苷酸序列的同源性分别为24.8%-30.3%、98.8%-99.8%,氨基酸的同源性为14.6%-16.7%、96.5%-98.6%。     

猪ECH1基因部分序列的遗传变异分析

为了进一步研究烯脂酰辅酶A水解酶1(enoyl CoA hydratase,ECH1)基因的生物学功能,研究采用克隆测序结合PCR-RFLP的方法分析了民猪ECH1基因的部分DNA序列,并对其中的1个点突变进行了3个猪种内的基因型频率和基因频率计算。结果表明:研究所检测的ECH1基因序列与网上已有序列相比存在8个单核苷酸多态性(SNPs)位点,其中有2个造成酶切位点的改变;民猪和大白猪在PCR-RFLP-BamHⅠ位点的A、B基因频率均接近0.5,而长白猪B为优势等位基因。