基于InDel标记的茄子种质资源遗传多样性分析

用19对InDel标记对来自国内外的46份茄子种质资源进行遗传多样性分析。结果表明:19对InDel标记的多态性信息含量(PIC)范围在0.48～0.66之间,均值为0.59。46份茄子种质资源的遗传相似系数在0.32～1.00之间,均值为0.70,说明46份茄子种质资源之间的遗传差异不大,遗传基础相对狭窄。利用UPGMA法进行聚类分析,在遗传相似系数为0.66处,将46份茄子种质资源划分为4大类群。聚类的结果与叶色、花冠色和果实性状具有一定的关联性,而与来源地的关联性并不大。     

茄子种质资源遗传多样性的形态标记分析

对76 份茄子种质进行形态学标记,以评价供试茄子种质资源的遗传多样性水平,结果表明：
供试茄子种质的形态学性状均存在明显的遗传差异,种质间各性状平均变异系数为54.83%,其中叶刺的
变异系数最大,为493.3%,果实弯曲度的变异系数最小,为10.9%;对茄子表型性状进行聚类分析,以
Pearson 相关性系数23 作为聚类阈值,将76 份茄子材料划分成三大类群,以Pearson 相关性系数19.5 作
为聚类阈值,将76 份茄子材料划分成七个类群。     

基于核心InDel标记樱桃番茄种质资源的遗传多样性分析与应用

在樱桃番茄育种进程中,遗传多样性丰富的材料有利于进一步培育重要目标性状的品种。利用从鲜食番茄和加工番茄重测序中挖掘和筛选出的48对核心In Del标记对110份樱桃番茄自交系和12个樱桃番茄商业种进行遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建。结果表明,122份樱桃番茄材料田间表型呈现明显的遗传多样性;48对核心In Del标记在参试樱桃番茄材料中也表现良好的多态性,122份材料的遗传距离为0～0.886 cM,平均遗传距离为0.473 cM;聚类分析结果将122份材料划分为3个主要类群,其中110份自交系分散在不同类群中,且在粉贝贝、粉贝妮所属类群中分布最多。对利用自交系配制的420个F₁组合进行综合评价,发现10个入选组合中6个表现产量较好组合的遗传距离接近或大于平均值,表现一定的杂种优势。利用48对核心InDel标记构建了10个组合的亲本和12个商业种的清晰指纹图谱,可将上述材料完全区分。     

核桃种质资源遗传多样性的RAMP标记分析

以核桃嫩叶为试材,对34份核桃种质资源进行了RAMP技术分析研究,以期建立基因组DNA的有效提取方法。结果表明:利用11对引物共扩增出185个条带,其中多态性条带142个,多态性条带比率62.5%~93.3%;34份核桃样品间的相异系数0.0274~0.4848。表明34份核桃种质资源具有较丰富的遗传多样性,用RAMP进行核桃资源的DNA指纹分析可行;核桃的遗传基础具有一定的地域特征,"石门核桃"种群在遗传关系上是相对独立的栽培群体。     

茄子种质资源农艺性状遗传多样性分析

以56份茄子种质为材料,综合应用多样性分析和聚类分析的方法,对26个主要农艺性状的遗传多样性进行分析。试验结果表明,参试材料存在广泛的遗传多样性,果实大小多样性指数最高,其次是开展度;最大叶性状变异系数最高,其次是单果质量;基于种质间农艺性状的遗传差异,将56份茄子资源划分为三大类群,第Ⅰ类群在选育密植型品种时利用,第Ⅱ类群可在选育高产型品种时利用,第Ⅲ类群在选育特异材料时利用。综合分析了茄子种质资源主要农艺性状的遗传多样性,为茄子资源的高效利用提供可参考的依据。     

基于SSR标记的核桃种质资源遗传多样性与遗传结构分析

以58份核桃品种(优株)为试材,利用荧光SSR分子标记方法评价了58份种质资源的群体遗传多样性,分析其遗传结构特征,构建NJ聚类图,以期准确了解58份核桃种质的遗传背景和亲缘关系,为核桃属种质资源的合理利用、遗传资源的保存以及开发合理的育种方案和策略提供参考依据。结果表明：1)试验筛选出的15对SSR引物具有较高的多态性,共扩增出109个多态性等位基因(Na),平均每对引物的观测等位基因数(Na)为7.267,平均有效等位基因(Ne)3.069,平均观测杂合度(Ho) 0.519,平均期望杂合度(He)0.653,平均多态性信息量(PIC)0.603 5,平均香农指数(I)1.327。2)58份核桃品种(优株)间遗传距离范围为0.181～0.742,变幅为0.561,品种间遗传距离≥0.5的比例为44.19%,≥0.6的比例为13.5%,遗传基础较宽广,遗传信息丰富,遗传多样性水平较高。3)基于Nei遗传距离聚类分析,58份核桃品种(优株)可聚成3个类群,聚类结果与表型性状、亲缘来源有关,与地理位置相关度不大。4)群体遗传结构分析中,Q>0.6占比81.03%,基因混合来源比例较...     

茄子全基因组InDel变异特征及分子标记开发和应用

选取4份圆茄(Solanum melongena L.)高代自交系进行全基因组重测序,鉴定出145 407个InDel,12号染色体InDel数最少(7 752),1号最多(19 738)。筛选出7 959个长度大于10bp的InDel位点,挑选均匀分布在基因组上的144个设计InDel引物并进行验证。利用26份茄子材料对144对InDel引物进行筛选,63对表现出稳定的多态性,比例为43.75%;主要等位基因频率为0.4038～0.9808,平均为0.7659;基因多样性指数(H_s)为0.0377～0.6501,平均为0.3217;多态性信息含量(PIC)为0.0370～0.5750,平均为0.2663,42个标记多态性信息含量大于0.200,多态性较好。当遗传距离为0.235时,将26份不同类型的茄子材料划分为2个类群。利用多态性信息含量高的前10个InDel标记构建了26份茄子材料DNA指纹图谱。另外,选择在亲本间具有多态性的InDel标记用于4个杂交组合的F₁代真实性鉴定,鉴定结果表明3个为真实杂交种,与田间鉴定结果吻合。     

芫荽种质资源形态标记遗传多样性分析

为合理利用芫荽种质资源,该研究以96份芫荽种质为材料,采用形态学标记评价芫荽种质的遗传多样性,并对芫荽19个生物学性状进行分析。结果表明:抽薹天数与始花期、终花期、收获天数、基生叶数、基生叶长、株高、植株生叶状态、分枝数均呈极显著正相关,基生叶数与最长基生叶长、基生叶形、植株有叶状态、植株分枝数均呈极显著正相关,最长基生叶长与株高呈极显著正相关,抽薹天数及基生叶数均与千粒重呈负相关。在遗传距离6.40处将96份种质分为5类。     

基于SSR分子标记的油梨种质遗传多样性分析

用23对SSR多态性引物对收集的54份油梨种质材料进行PCR扩增,利用Popgene 1.32计算遗传多样性参数,采用NTSYSpc 2.1计算种质间的遗传相似系数,并进行UPGMA聚类分析和主成分分析.结果表明,23对SSR引物共扩增出多态性位点119个,每对引物扩增的多态位点在2?10个之间,平均为5.17个,多态...     

魔芋种质资源形态标记遗传多样性分析

对96 份魔芋种质进行形态学标记,以评价魔芋种质的遗传多样性水平。结果表明：供试魔
芋种质的形态学性状均存在显著的遗传变异,种质间各性状平均变异系数为48.1%,其中芽形状的变异系
数最大,为130.6%;裂片颜色的变异系数最小,为25.6%。对魔芋表型性状进行聚类分析,以Pearson 相
关系数15 作为聚类阈值,将96 份魔芋品种分为11 类。     

化州橘红种质资源的SSR标记分析

利用核基因组简单序列重复（Simple sequence repeat,SSR）DNA标记,对11份化州橘红及其相关种质的遗传多样性进行了研究。结果表明：6对SSR分子标记引物共扩增出32个等位基因,每对引物可扩增3～8个等位基因;11份种质在SSR位点上的PIC值介于0.1763到0.4400之间,平均为0.2761。聚类分析表明,在Nei s遗传相似系数0.85处,可将所研究的种质分为6组,其中有5组分布有化州橘红种质,表明化州橘红不同种质间有较大的遗传差异。     

我国南方长茄种质资源的ISSR标记分析

从分子水平用ISSR标记法对南方长茄资源的遗传多样性进行分析,从100个ISSR引物中共筛选出12个多态性明显、条带清晰、反应稳定的引物,对57个样品DNA共扩增出116条谱带,平均每个引物扩增出9·67条带,其中多态性位点84个(71%)。品种间遗传相似系数在0·51~0·98之间,表明茄子栽培种内品种间的遗传基础相对较狭窄。利用UPGMA聚类分析,能将57个南方长茄品种划分为6个类群,类群的划分与地方来源没有很大的关系。     

巨大革耳遗传多样性的ISSR分析

为确定巨大革耳种质资源问的亲缘关系,本文应用ISSR分子标记技术,对来源不同地区的野生或栽培的9个巨大革耳菌株进行遗传多样性分析。从20个引物筛选获得4个ISSR多态性引物对巨大革耳菌株扩增,获得23条多态性条带,多态性比率为85．19％;对扩增结果进行聚类分析,当遗传距离为20％时,9个菌株聚为2类：I类包括C．m0002菌株;Ⅱ类包括其它的8个菌株。其中C．m0002菌株与其它8个菌株的遗传距离很远。经栽培出菇实验,结果表明,C．m0002菌株的子实体似多脂鳞伞（黄伞）,是同名异种;其它8个菌株均为巨大革耳。ISSR分析的结果与子实体形态特征一致。     

大葱种质资源多样性分析

以98 份大葱种质资源为供试材料,对其16 个表型性状进行多样性分析和聚类分析。结果表明,大葱种质的遗传多样性丰富,多样性指数最高的数量性状和质量性状分别为株高和叶节紧密度,变异系数最大的为单株质量。聚类分析可将大葱种质分为4 个类群,类群Ⅰ的种质多为“矮细”类型的直筒状葱,类群Ⅱ的种质表现为假茎短的鸡腿状葱,类群Ⅲ的种质主要为植株“高细”、假茎较疏松、出叶孔间距大的直筒状葱,类群Ⅳ的种质主要为“高粗”类型、蜡粉多、叶数多的直筒状葱。     

胡萝卜品种资源遗传多样性及亲缘关系研究

结合表型和SSR标记对29份中国胡萝卜地方资源、40份橘色栽培品种以及1份土耳其紫色品种进行遗传多样性和亲缘关系研究。田间农艺性状多样性分析表明,除叶长、根长、根粗外,春秋两季胡萝卜橘色栽培品种的多样性指数平均值低于地方资源。主成分分析结果表明,中国橘色地方资源和橘色栽培品种表型在秋季较为相似,但在春季差异较大。利用38对SSR引物对胡萝卜品种进行扩增,共扩增出133个多态性位点,其中中国地方资源与橘色栽培品种的平均多态性位点数分别为4.2和2.9个。中国地方资源的多态性信息含量值(0.74±0.06)明显高于橘色栽培品种(0.42±0.03)。聚类分析将供试胡萝卜材料分为2组,第I组包括所有橘色栽培品种和橘色地方资源B0241,第Ⅱ组包含其他地方资源和紫色品种L1。     

基于SRAP标记的莲种质资源遗传多样性分析

利用SRAP标记对来自国内外莲主要产区在20世纪初期育出、并在莲育种中具有重要利用价值的40份莲属材料进行了分析。11对引物在40份材料中共扩增了184条条带,多态性条带127条,多态性频率为69.0%,表明莲属具有丰富的遗传多样性。聚类分析结果表明,莲属种质资源可分为3大类群,这与传统意义上的形态学分类相一致。且40份莲品种(材料)表现出很强的地域相似性,这说明来自同一个地域内的品种(材料)分化程度低,遗传多样性不丰富,极易造成品种单一化。     

茄子单性结实性的遗传分析

 选取茄子单性结实性差异显著的5个材料，采用完全双列杂交半轮配(含亲本)试验设计配制杂交组合，利用蕾期人工去柱头的方法测定亲本及F。单性结实坐果率。统计分析表明：茄子单性结实性状遗传不符合“加性一显性”遗传模型，存在着非等位基因间的上位作用；单性结实性状可能受一组隐性基因控制，属隐性遗传。     

莲雾种质资源遗传多样性的ISSR分析

 对12份莲雾资源和2个莲雾近缘种进行了ISSR分析, 18条引物共扩增出459个位点, 其中多态性位点435个(94.77% ) 。利用UPGMA聚类分析表明: 蒲桃、马六甲蒲桃与莲雾分属于3个不同的组; 12个莲雾品种和品系又分成4个亚组, 这与传统分类学上按照果实成熟期的划分结果基本一致。     

鲜食番茄品种遗传多样性分析及指纹图谱构建

选取市场上广泛使用和拟进入市场的75份番茄材料,利用栽培种间多态性丰富的48对InDel标记进行遗传多样性分析,并选取其中24对标记进行指纹图谱构建。结果表明,48对InDel标记中,45对呈现较好的多态性;75份番茄材料的遗传距离为0.16～0.91,平均遗传距离为0.52;聚类分析将75份材料分为5个类群,其中第Ⅰ、Ⅳ和Ⅴ类群以国内品种为主,第Ⅱ和Ⅲ类群主要集中了国外公司的一些品种;选取24对覆盖全基因组的InDel标记进行指纹图谱构建,基本可以将75份番茄材料进行识别。