基于InDel标记的茄子种质资源遗传多样性分析

用19对InDel标记对来自国内外的46份茄子种质资源进行遗传多样性分析。结果表明:19对InDel标记的多态性信息含量(PIC)范围在0.48～0.66之间,均值为0.59。46份茄子种质资源的遗传相似系数在0.32～1.00之间,均值为0.70,说明46份茄子种质资源之间的遗传差异不大,遗传基础相对狭窄。利用UPGMA法进行聚类分析,在遗传相似系数为0.66处,将46份茄子种质资源划分为4大类群。聚类的结果与叶色、花冠色和果实性状具有一定的关联性,而与来源地的关联性并不大。     

茄子耐盐种质亲缘关系的RAPD分析

利用RAPD标记对14份耐盐茄子种质资源进行遗传多样性分析。结果表明：从100个引物中筛选出10个多态性较好的引物,共扩增出102条带,多态性条带所占的比例为77.45%。聚类分析结果显示：14份耐盐茄子材料的遗传相似系数在0.316～0.975之间|在遗传相似系数0.47处可将14份耐盐茄子材料分为3大类,大部分种质资源（85.71%）都聚在第3类（栽培种）,表明收集到的茄子耐盐种质亲缘关系较近。     

基于SCoT 标记的芥菜种质遗传多样性与指纹图谱

利用SCoT 标记对46 份芥菜种质资源进行遗传多样性分析。从70 条引物中筛选出21 条用于PCR 扩增,共扩增出200 条条带,其中多态性条带140 条,多态性比率为70%。供试材料相似系数介于0.77～0.95 之间,平均Nei’s 基因多样性为0.198,平均Shannon 信息指数为0.301,平均多态信息含量为0.822 7。利用UPGMA 构建46 份芥菜种质资源的聚类树状图,在相似系数D1=0.780 处,可以将46 份芥菜种质分为两大类;而在D2=0.807 处,第Ⅱ类可进一步细分为5 个亚类。选出清晰的16 个多态性位点,构建46 份芥菜种质的SCoT 指纹图谱,结果由引物SP4、SP19、SP20、SP23、SP30 所构建的DNA 指纹图谱可将供试材料完全区分开。     

基于SNP和InDel标记的余甘子群体遗传分析

【目的】采用高通量测序技术解析余甘子种质资源的群体遗传结构和遗传多样性，为余甘子系统分类、遗传资源创新利用提供理论基础。【方法】利用ddRADseq技术对112份余甘子种质资源进行高通量简化基因组测序，利用Cutadapt和Trimmomatic软件对原始数据进行过滤，筛选得到高质量测序数据；使用MUNEAK软件进行多态性标记发掘，基于获得的SNP和InDel标记，进行群体结构分析、主成分分析、系统发育分析及遗传多样性分析。【结果】余甘子测序样品共获得8934个SNP和InDel标记，群体结构分析将余甘子种质分为2个类群，类群划分与种质来源地相关，该结果与主成分分析和系统发育分析相一致。余甘子各种质间遗传距离为0.027～0.459，平均遗传距离为0.248；云南地区的余甘子种质的期望杂合度、观测杂合度及多态性信息含量值最高，依次为0.267、0.184及0.218；余甘子群体间的Fst在0.080～0.266之间，群体遗传分化程度中等偏高。【结论】该测序技术可有效地解析余甘子种质的群体结构和遗传多样性，为余甘子种质资源的鉴定评价、系统分类及遗传多样性研究提供参考。     

茄子种质资源遗传多样性的形态标记分析

对76 份茄子种质进行形态学标记,以评价供试茄子种质资源的遗传多样性水平,结果表明：
供试茄子种质的形态学性状均存在明显的遗传差异,种质间各性状平均变异系数为54.83%,其中叶刺的
变异系数最大,为493.3%,果实弯曲度的变异系数最小,为10.9%;对茄子表型性状进行聚类分析,以
Pearson 相关性系数23 作为聚类阈值,将76 份茄子材料划分成三大类群,以Pearson 相关性系数19.5 作
为聚类阈值,将76 份茄子材料划分成七个类群。     

茄子全基因组InDel变异特征及分子标记开发和应用

选取4份圆茄(Solanum melongena L.)高代自交系进行全基因组重测序,鉴定出145 407个InDel,12号染色体InDel数最少(7 752),1号最多(19 738)。筛选出7 959个长度大于10bp的InDel位点,挑选均匀分布在基因组上的144个设计InDel引物并进行验证。利用26份茄子材料对144对InDel引物进行筛选,63对表现出稳定的多态性,比例为43.75%;主要等位基因频率为0.4038～0.9808,平均为0.7659;基因多样性指数(H_s)为0.0377～0.6501,平均为0.3217;多态性信息含量(PIC)为0.0370～0.5750,平均为0.2663,42个标记多态性信息含量大于0.200,多态性较好。当遗传距离为0.235时,将26份不同类型的茄子材料划分为2个类群。利用多态性信息含量高的前10个InDel标记构建了26份茄子材料DNA指纹图谱。另外,选择在亲本间具有多态性的InDel标记用于4个杂交组合的F₁代真实性鉴定,鉴定结果表明3个为真实杂交种,与田间鉴定结果吻合。     

枸杞种质遗传多样性SCoT分析

以17份枸杞种质为试材,采用SCoT标记法,分析了17份枸杞种质资源的遗传多样性,以期为枸杞种质资源的深度开发与利用提供参考。结果表明:从42条引物中筛选出7条重复性好、条带清晰的引物进行PCR扩增,共扩增出32条条带,其中30条条带具有多态性,多态性比率为93.47%;UPGMA聚类分析显示,17份枸杞种质间遗传相似系数在0.30~1.00,平均相似系数为0.80,在遗传相似系数为0.72时,可将17份枸杞资源分成四大类。表明采用SCoT标记法能够揭示枸杞种质间的遗传多样性。     

安徽及周边地区枣种质资源遗传多样性研究

利用ISSR标记对32份安徽省地方枣种质资源及山东、河南等邻近省份的42份枣资源进行了遗传多样性分析。26条引物在74份种质中共扩增出241个位点,其中多态性位点214个,多态性比率为88.8%。利用NTSYS软件计算得到DICE相似系数为0.5936 ~ 0.9353;32份安徽地方种质共扩增出219条电泳谱带,其中186条为多态性条带,多态性比率为84.93%,32份样品遗传相似系数在0.6267 ~ 0.9353之间,表明安徽地方枣种质资源遗传多样性较为丰富。采用UPGMA法对74份种质的ISSR数据进行聚类分析,分析结果显示可分为8个类群,种质间亲缘关系与地理来源关系较为密切,来自安徽的地方种质基本上都独立聚成不同的类群,表明安徽地方枣种质与周边其它省份枣种质资源亲缘关系较远;研究结果表明体细胞突变可能是推动安徽地方枣种质进化的重要因素。     

基于表型性状的茄子遗传多样性分析

对136份茄子种质资源的17个表型性状进行遗传多样性分析。结果表明:17个表型性状均有不同程度的变异,果形和果色变异最大,株高和茎粗变异最小;17个表型性状之间相关关系较低,主成分分散;136个茄子材料的遗传相似系数在0.28~0.82之间,具有较高的遗传多样性;植株颜色是判断茄子品种间亲缘关系的最重要指标。     

基于EST-SSR标记分析猕猴桃种质遗传关系

利用开发的11对EST-SSR引物分析了33份猕猴桃种质资源的遗传多样性及其遗传关系。结果表明,11对EST-SSR引物在所有供试材料中均可扩增出清晰条带,其中有8对引物呈现多态性,多态性扩增率为72.7%,对33份种质材料的区分率达100%。8对多态性引物共检测到61个等位基因,每对引物可检测到的等位基因数为2-17,平均为7.6个。利用NTSYS-pc软件,以不加权成对算术平均法(UPGMA)对扩增结果进行聚类,谱系图显示,33份种质材料之间的相似系数在0.60～0.97,表明猕猴桃种质之间遗传关系相对来说不是很远。在相似系数0.73的水平上可将供试猕猴桃材料分为7个类群,其结果与传统的形态分类大体一致。从分子角度揭示了猕猴桃种质资源的遗传多态性及其遗传关系。可为猕猴桃种质改良提供理论依据。EST-SSR是非常有效和可靠的分子标记,可为猕猴桃分子育种及遗传连锁图构建奠定基础。     

瓠瓜种质资源主要果实性状的主成分与聚类分析

对119份瓠瓜种质的8个主要果实性状进行了主成分分析与聚类分析。结果表明,119份瓠瓜种质的ShannonWeaver多样性信息指数在0.394 8~2.063 6之间,8个果实性状存在较广泛的遗传多样性,其中以果实形状、皮色和单瓜质量的多样性最丰富。主成分分析结果表明,第一、第二、第三、第四主成分的贡献率分别为37.24%、23.33%、14.71%、9.44%,其累计贡献率达到84.72%。聚类分析结果表明,可以将119份瓠瓜种质分为两大类群,分别包含62份和57份种质,其中第一大类群在品质和外观方面均表现较好,可作为瓠瓜育种的基础材料。     

籽用南瓜育种研究进展

南瓜种子含有丰富的营养成分，具有较高的保健价值。我国籽用南瓜产业规模逐年扩大，但目前种质创制和新品种 选育尚有待开展较为系统的研究。本文从籽用南瓜种质资源的鉴定评价和遗传多样性研究、籽用南瓜产量、抗性、种皮颜色、 营养成分等重要农艺性状的遗传定位及调控研究等方面进行综述，同时，对籽用南瓜的研究方向进行展望，以期为籽用南瓜 种质创制和新品种选育提供一定的理论参考。     

青萝卜种质资源主要农艺性状的表型评价

主要农艺性状的表型评价是青萝卜育种的重要依据。对48 份青萝卜种质资源的33 个主要农艺性状进行变异分析、相关性分析、主成分分析和聚类分析，结果表明：9 个数量性状均有不同程度的变异，单株质量变异系数最大，为32.46%，叶宽变异系数最小，为14.67%；以肉质根为主的典型农艺性状间存在复杂的相关性，相关性极显著的有29 对，相关性显著的有8 对；从33 个农艺性状提取出9 个主成分，累计贡献率为78.937%，基本反映了青萝卜地上部和地下部重要农艺性状信息；在平方欧式距离系数为8.5 时，可将48 份供试青萝卜种质资源分为3 个组群，第Ⅰ组群包括33 份材料，主要特征是株高、开展度、叶长、叶宽和叶片数在3 组中最小，第Ⅱ组群包括14 份材料，主要特征为株型、叶片大小中等，第Ⅲ组群只有1份材料，其株高、开展度、单株质量和单根质量在3 组中最大。     

甜瓜种质资源多样性分析与指纹图谱的构建

采用15个形态学标记和32个CAPS( Cleaved Amplified Polymorphism Sequences,CAPS) 标记鉴别73份甜瓜材料。通过15个形态学标记,在遗传相似系数为0.82时将73份甜瓜材料分为3种类型。在分子标记中,被筛选的32对CAPS引物多态性比率为 29.63%,PIC值分布在0.22~0.38,平均值为0.34;经过CAPS标记聚类分析,73份甜瓜材料间的遗传相似系数在0.50~0.97之间,当相似系数在0.60时,可以将供试材料分为3种类型。通过构建指纹图谱代码与QR编码,为73份甜瓜材料建立了独特的核酸指纹图谱,每份材料可以相互区别,以便快速对种质资源进行鉴定。     

引进豌豆种质资源遗传多样性分析

以引进的34份豌豆种质资源为试材,采用19个表型性状对其变异性、多样性和主成分分析进行了研究,结合SSR分子标记对其开展遗传多样性分析,以期加速豌豆种子资源研究进程。结果表明:19个性状在不同材料之间存在显著差异,平均变异系数为45.05%,平均遗传多样性指数为0.95;前7个成分占表达信息量的74.807%,其中第1主成分占表达信息量的18.350%,且第1主成分在脐色、粒色、叶面积、茎粗和花色等性状呈现较高的载荷量;表型性状分析将34份材料分成8类;分子标记研究结果显示,118对SSR引物共筛选出25对具有稳定多态性条带,共检测115个差异位点,每对引物平均4.6个,有效等位变异数为1.6944,有效等位变异所占比重为40.17%,Shannon信息指数为0.5941。运用NTSYS软件进行聚类分析,34份材料遗传相似系数(GS)为0.461~0.860,平均0.661,SSR标记分析引进的34份材料也被分为8类,2种分类方法呈现显著正相关(R=0.9013,P=0.1011>0.050)。该研究利用SSR分子标记从分子水平上揭示豌豆种质资源遗传背景和亲缘关系,可为今后豌豆资源的利用提供重要参考依据。     

鲜食番茄品种遗传多样性分析及指纹图谱构建

选取市场上广泛使用和拟进入市场的75份番茄材料,利用栽培种间多态性丰富的48对InDel标记进行遗传多样性分析,并选取其中24对标记进行指纹图谱构建。结果表明,48对InDel标记中,45对呈现较好的多态性;75份番茄材料的遗传距离为0.16～0.91,平均遗传距离为0.52;聚类分析将75份材料分为5个类群,其中第Ⅰ、Ⅳ和Ⅴ类群以国内品种为主,第Ⅱ和Ⅲ类群主要集中了国外公司的一些品种;选取24对覆盖全基因组的InDel标记进行指纹图谱构建,基本可以将75份番茄材料进行识别。     

马铃薯高世代选系疮痂病抗性评价及SSR辅助筛选

利用国外种质资源创造的20 份高世代马铃薯无性系为试材,以尤金为感病对照,克新18 号为抗病对照,采用自然 病圃和人工接种的鉴定方式进行疮痂病抗性评价,利用SSR 分子标记分析试材之间的亲缘关系,并对比SSR 遗传相似性系 数聚类结果和试材抗病性分类结果,探究利用SSR 分子标记辅助筛选疮痂病抗病资源的可行性。从试验地土壤和感病块茎 共分离纯化具有链霉菌特征的菌株278 份,其中240 份来自于块茎,38 份来自于土壤。具有致病力的菌株127 株,经鉴定 全部属于Streptomyces scabies 菌种。试材间的抗病性存在明显差异,可分为高抗、中抗、中感和高感4 个类型。人工接种与 自然病圃抗性鉴定结果存在极显著相关（R²=0.946 7）。抗病类型与感病类型通过SSR 遗传相似性系数聚类大致可以区分。     

基于SSR标记的食荚菜豆指纹图谱构建

以14个食荚菜豆品种为试材,采用SSR分子标记技术,对其进行遗传多样性研究,并建立了特异性指纹图谱,以期为今后食荚菜豆的品种鉴定建立新的参考依据,同时也为菜豆种质资源的分类和筛选提供分子生物学的参考方法。结果表明:74对SSR引物中有18对引物在供试样品中表现出多态性,筛选出其中5对具有良好多态性SSR引物(BM200、PVBR269、PVBR6、BM141、BM154)用于构建指纹图谱,并对14个食荚菜豆品种进行聚类分析。在相似系数为0.64时,14个食荚菜豆品种被分为2个类群,聚类结果显示"黑珍珠"和"黄金钩"的相似度最高,相似系数为0.98。最终构建菜豆指纹图谱,对深入挖掘菜豆种质资源,减少亲本选配的盲目性,提高育种工作效率,并对品种鉴定和知识产权保护均具有重要的应用意义。     

48 份分蘖洋葱种质资源遗传多样性的ISSR 标记和农艺性状分析

对来自黑龙江省和吉林省不同地区的48 份分蘖洋葱资源的遗传多样性进行了ISSR 标记及农
艺性状观测分析。从51 条ISSR 引物中筛选到13 条多态性高、扩增稳定、重复性好的引物,这13 条引
物共扩增出132 个位点,其中109 个多态位点;应用Nei-Li 相似系数法估算了48 份材料间的遗传相似系
数,结果表明,48 份分蘖洋葱遗传相似系数变化范围在0.59 ～ 0.94 之间。对分蘖洋葱的抽薹情况、幼叶
色、鳞茎色和单球质量进行了调查,结果表明,48 份分蘖洋葱遗传相似系数变化范围在0.38 ～ 1.00 之间。
ISSR 标记和农艺性状分析均表明48 份分蘖洋葱的遗传多样性较丰富;两种方法的聚类结果基本一致,聚
类结果与地理分布有明显的联系。