新疆部分地区屠宰场羊源细粒棘球蚴分子鉴定及其遗传多样性分析

[目的]了解新疆维吾尔自治区部分规模化屠宰场羊的细粒棘球蚴感染情况及其分子遗传特征。[方法]收集屠宰场羊肝脏组织内经肉眼观察鉴定为细粒棘球蚴的包囊样本96份,全部提取基因组DNA后,基于细粒棘球绦虫cox1基因位点和nad1基因位点进行PCR扩增和测序。通过序列比对数据鉴定其基因型,构建遗传进化树解析其分子遗传特征。[结果]在cox1基因位点上,有81份样本呈PCR扩增阳性（84.37%,81/96）,经序列分析鉴定,所有阳性样本均为细粒棘球蚴G1基因型（n=81）,存在15个单倍型（Hap＿1～15）;在nad1基因位点上,有67份样本呈PCR扩增阳性69.79%(67/96),经序列分析鉴定出2种基因型,分别为细粒棘球蚴G1基因型（n=66）和G3基因型（n=1）,存在19个单倍型（Hap＿1～19）。种系发育分析显示,获得的细粒棘球蚴G1基因型和G3基因型序列,与国内外已报道的多种宿主源的G1基因型和G3基因型序列均处于同一个进化支。[结论]新疆部分地区羊源细粒棘球蚴呈现遗传多样性分布特征,研究结果为该地区羊包虫病的防治提供了基础数据。     

基于线粒体cox1和Cyt b基因对四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性研究

为研究四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性和系统发生关系,用线粒体cox1基因和Cyt b基因全序列分析了20株四川山羊源多头蚴(11株寄生于脑,9株寄生于肌间)的遗传变异,并构建了系统发育树。结果显示:20株多头蚴cox1和Cyt b基因全序列长度分别为1 623和1 068bp,分别有59个和9个变异位点,其碱基变异率分别为0.1%~2.5%和0.1%~0.7%;分别检测到17个和6个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.968±0.033和0.737±0.068,核苷酸多样性分别为0.005 98±0.001 33和0.003 06±0.000 79,平均遗传距离分别为0.006和0.003。构建的系统进化树均显示来源于脑部和肌间的20株四川山羊源多头蚴与多头带绦虫同在一个支系,均为多头带绦虫,且多头带绦虫四川分离株与伊朗、土耳其分离株亲缘关系较近,而与中国甘肃、中国广州、意大利分离株亲缘关系较远。研究结果表明线粒体cox1和Cyt b基因均可作为检测多头带绦虫种群遗传多样性的有效分子标记,且Cyt b基因的多样性水平低于cox1基因。     

青藏高原细粒棘球绦虫的一些生物学问题

本文探讨了青藏高原细粒棘球绦虫的一些生物学问题,从基因型和种群遗传结构、起源、可育囊和不育囊三个方面进行介绍,以期对青藏高原细粒棘球绦虫的防控提供参考。     

基于线粒体12S基因对青海地区细粒棘球蚴种群遗传多态性研究

本研究旨在分析青海地区细粒棘球蚴的种群基因多态性,为细粒棘球蚴病的防控提供基础资料。对采自青海地区的42株细粒棘球蚴(33株采自绵羊肝脏,9株采自绵羊肺脏)进行了线粒体12S基因的全序列测序并构建了NJ系统发生树。结果显示:在本研究样品的线粒体12S基因序列中共检测出5种单倍型(即H1～H5),其中以单倍型H5为主(占32株),并且系统发生树分析支持这一结果。单倍型多样性(H)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.418、0.000 66,与E.granulosus G1(AF297617)的12S基因序列的核苷酸相似性达到99.86%以上。采自青海地区的42株细粒棘球蚴均鉴定为E.granulosus sensu stricto(基因型G1-G3),在检测出的5种单倍型中,单倍型H1～H4是本地区特有的单倍型。     

不同种群白纹伊蚊单倍型多态性、遗传分化及种系发育关系分析

【目的】试验旨在探究湖南怀化地区不同种群白纹伊蚊单倍型多态性、遗传分化情况及种系发育关系。【方法】于湖南怀化地区采集30只白纹伊蚊样本,PCR扩增其核糖体18S rRNA及线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cox1)基因部分序列。利用ClustalX软件对其变异位点进行分析;运用Dnasp 5.0、Network 4.6及Arlequin version 3.0软件进行单倍型多态性与遗传分化分析;利用PhyML 3.0及Mega 5.0软件对白纹伊蚊的种系发育关系进行分析。【结果】所获全部样本的18S rRNA和cox1基因序列长度均为489和1 004 bp。白纹伊蚊18S rRNA基因序列中共存在30个变异位点,17个单倍型(A1～A17,Hd=0.9149),其中单倍型A5为最古老的单倍型,白纹伊蚊18S rRNA的基因分化系数(Gst)、遗传分化系数(Fst)和基因流(Nm)分别为0.05614、0.24001和0.792;白纹伊蚊的cox1基因序列中共存在2个变异位点,3个单倍型(B1～B3,Hd=0.1908),其中单倍型B1为最古老的单倍型,白纹伊蚊cox1基因的Gst、Fs...     

基于线粒体Cytb基因的贵州野猪(Sus scrofa)群体遗传多样性分析

【目的】评估贵州地区野猪(Sus scrofa)的遗传多样性和遗传结构,为进一步开展保护遗传学研究和种群生态管理提供理论依据,进而为研究野猪的保护生物学及其对环境的适应奠定基础。【方法】对野猪线粒体Cytb基因进行PCR扩增及测序,结合从GenBank中下载的国内其他9个地区的55条野猪线粒体Cytb基因序列,利用Mega 7.0软件进行碱基组成和遗传距离分析,并使用DnaSP 6.0软件进行遗传多样性分析。【结果】贵州野猪Cytb基因(1 140 bp)碱基组成与其他地区野猪种群相似,AT含量高于GC含量;贵州采集的11头野猪的Cytb基因共有6个变异位点,4种单倍型,单倍型多样性为0.600,核苷酸多样性为0.00118;单倍型多样性与核苷酸多样性仅高于江西和东北地区的野猪种群;种内遗传距离较小,亲缘关系较近;中性检验Tajima’s D值和Fu’s Fs值均为负值且差异不显著,错配分布分析呈单峰分布,表明贵州野猪种群在历史上较为稳定。使用Network构建单倍型网络图,结合Mega 7.0软件构建的单倍型系统发育树分析结果表明,贵州野猪单倍型与其他地区种群存在共享单倍型(Hap＿...     

四川地区鸡异刺线虫核糖体转录间隔区(ITS1/2)序列的遗传变异分析

探讨四川地区鸡异刺线虫(Heterakis gallinarum)的遗传变异情况,为该地区鸡异刺线虫病的流行特征及防控提供基础资料。采用PCR扩增四川7个地区共59个鸡源鸡异刺线虫核糖体ITS1-5.8S-ITS2片段并测序,所得序列剪切5.8S序列后,得到ITS1/2序列,并分析ITS1/2序列的遗传多样性;同时利用GenBank中已公布的异刺属(Heterakis)ITS1/2序列信息,进行系统发育研究。结果如下:59条鸡异刺线虫ITS1/2序列相似性较高(98.9%~100.0%),ITS1序列间变异较ITS2大;59条序列有20个变异位点和14个单倍型(H1~H14);四川种群具有丰富的单倍型多样性(Hd=0.532)和较低的核苷酸多样性(π=0.000 94);种群间基因交流频繁(Nm=31.72),群体遗传分化不明显(Fst=0.007 82),以群体内变异为主(AMOVA分析值=99.22%);从单倍型网络图及进化树(MP和ML)分析来看,7个地理种群未形成显著的地理种群结构,但四川整体种群曾经历过种群扩张(Tajima’s D=-2.553 31,Fu’s Fs=-10.564;P0.05);进化树(MP和ML)能有效区分鸡异刺线虫与属内其他虫种。四川7个地区鸡的鸡异刺线虫基因交流频繁,遗传多样性较低。     

细粒棘球绦虫nanos基因的分子克隆及序列分析

为了研究细粒棘球绦虫nanos基因的序列及结构并为疫苗及新的药物研制提供靶标,试验采用注释并克隆细粒棘球绦虫nanos基因的方法,并对其序列结构进行分析;利用在线生物信息学软件分析细粒棘球绦虫nanos基因的序列结构及与其他虫属的进化关系。结果表明:细粒棘球绦虫nanos基因ORF为687 bp,编码228个氨基酸,理论分子质量为58 090.6 u,等电位点为5.08;细粒棘球绦虫NANOS蛋白由3个α螺旋和4个β片层组成;发现共有1个丝氨酸位点,1个苏氨酸位点,2个酪氨酸位点,可能的磷酸化位点是7,8,13,18,19,23位。说明该基因可能在细粒棘球绦虫生殖细胞发育过程中发挥着重要作用。     

基于线粒体12S基因全序列分析我国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传多样性

为了探讨我国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传变异情况及群体遗传结构,采用PCR测序技术测定我国5个地区(华北、华东、华中、西北、西南)绵羊痒螨(兔亚种)线粒体12S基因的全序列,并进行遗传多样性分析。结果共获得89条序列,长度均为657bp,核苷酸变异位点76个,单倍型50个(H1～H50),单倍型多样性(Hd)与核苷酸多样性(π)分别为0.931 05和0.005 59。进一步分析发现5个地理种群遗传分化程度较弱(Fst=0.042 322),基因交流非常频繁(Nm=5.657 372)。中性检验结果均为负值(Tajima’s D=-0.928 31,Fu’s Fs=-7.066 71),并且差异性不显著(P0.05)。构建的NJ树和单倍型网络图均显示绵羊痒螨(兔亚种)5个地理种群的50个单倍型散在分布于不同的支系内,未形成明显的地理分布格局。我国绵羊痒螨(兔亚种)具有较高的遗传多样性,且有一定的遗传分化,基因交流频繁,但未形成以兔品种、温度带和地域来源划分的种群遗传结构。     

基于粪便样本的野生犬科动物物种鉴别与棘球绦虫感染调查

旨在探索粪便样本分析对犬科动物物种鉴别的方法及其可行性,同时对野外犬科动物棘球绦虫感染情况进行调查。采用哺乳动物线粒体DNA控制区通用引物对101份采集自野外环境的犬科动物粪便DNA进行PCR扩增和测序,通过核苷酸位点变异分析、BLAST相似性比对、遗传距离分析和系统进化树构建,对粪样来源物种进行分子鉴别。同时,采用粪-抗原ELISA检测,对粪样棘球绦虫感染情况进行调查。结果表明：粪样来源物种鉴别的检测成功率为73.27%,获得的74条序列共定义单倍型20个,所有单倍型序列均可在GenBank数据库中匹配到单一物种,序列相似度为98.52%~100%。单倍型根据序列差异可分为4个单倍型集,各单倍型集间平均碱基差异为17.83~70.10,各单倍型集内单倍型碱基差异在1~10个之间。各集合间遗传距离为0.068~0.342,远大于各集合内单倍型间遗传距离0.009~0.022。系统进化分析结果显示,同一集合的单倍型以高自展值聚集成一支。综合各项分析结果,可推测所检测粪样宿主来源分别为犬、灰狼、赤狐和红狐。粪-抗原ELISA检测发现阳性样本11份,样本棘球绦虫抗原阳性率为10.89%。综上表明：线粒体DNA控制区序列分析可用于犬科动物的分子鉴别,可结合核基因等其他分子标记进一步提升检测准确率。研究区域野外犬科动物棘球绦虫粪抗原阳性率较高。     

细粒棘球绦虫传播动力学知识简介

近年来,包虫病(细粒棘球蚴病)引起了各界广泛的关注,对细粒棘球绦虫的流行病学研究也取得了明显进展。本文对细粒棘球绦虫的传播动力学知识简介如下。细粒棘球绦虫属带科绦虫,包括三个亚种群,即终末宿主的成虫,中间宿主的幼虫(绦虫蚴)及环境中的虫卵。为了确定每一个亚种群在传播动力学和系统稳定性中的作用,着重要测定各个亚种群的生物学参数及宿主对它们的反应。     

科学防控包虫病

一、流行病学(一)病原目前分类学已确认的棘球绦虫有4个种:细粒棘球绦虫、多房棘球绦虫、少节棘球绦虫和伏氏棘球绦虫。我国主要流行由细粒棘球绦虫的幼虫引起的囊型棘球蚴病     

科学防控包虫病

一、流行病学(一)病原目前分类学已确认的棘球绦虫有4个种:细粒棘球绦虫、多房棘球绦虫、少节棘球绦虫和伏氏棘球绦虫。我国主要流行由细粒棘球绦虫的幼虫引起的囊型棘球蚴病     

四川藏区畜间包虫病传播的阻断措施

<正>包虫病学名棘球蚴病,是由棘球蚴属绦虫的幼虫（棘球蚴）引起的一种人兽共患寄生虫病。1流行情况1.1病原棘球绦虫共有5种：细粒棘球绦虫（囊型包虫病）、多房棘球绦虫（泡型包虫病）、伏氏棘球绦虫、少节棘球绦虫和石渠棘球绦虫。四川为囊型和泡型包虫病混合流行区,石渠棘球绦虫在青藏高原部分地区分布。1.2易感动物囊型包虫病以绵羊最易感,其次为牛、骆驼、猪等草食和杂食动物;泡型包虫病以田鼠等啮齿动物最易感,其次为狐狸、狼、犬等动物。两种包虫病均可感染人。     

基于线粒体12S基因分析四川地区鸡异刺线虫的种群遗传多态性

为探讨四川地区鸡异刺线虫的遗传变异特点和种群遗传结构特征,利用PCR技术扩增了四川7个地区共58株鸡源鸡异刺线虫分离株的线粒体12S基因全序列,经测序后分析其遗传多样性。结果显示,58条鸡异刺线虫12S基因全序列均为699bp,序列中共有38个变异位点和34个单倍型(HS1-HS34);单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.822和0.003 95。进一步分析表明,7个地理种群遗传分化不明显(Fst=0.007 87),种群间基因交流较频繁(Nm=31.52);分子方差分析(AMOVA)表明,四川地区鸡异刺线虫的遗传分化主要来自于种群内部(99.21%),种群间遗传变异水平较低(0.79%);单倍型网络图和NJ系统发育树显示,鸡异刺线虫7个地理种群的34个单倍型散在分布于不同种群内,分布格局较为混杂,未形成明显的地理分布格局。结果表明,四川地区的鸡异刺线虫遗传多样性较低,遗传分化不明显,还未形成显著的地理遗传结构。     

陕西榆林地区鸡蛔虫的单倍型多态性、遗传分化及种系发育关系分析

为探究陕西榆林地区鸡蛔虫单倍型多态性及遗传分化情况，并阐明其种系发育关系，试验以分离于榆林不同地区的30条鸡蛔虫为样品，采用PCR扩增其线粒体cox1与nad4基因，进行单倍型多态性、遗传分化与种系发育关系分析。结果显示：在所有的cox1基因（953 bp）序列中，共含30个变异位点（4个转换、26个颠换），17个单倍型（h=17,Hd=0.936），其基因分化系数（Gst）为-0.012 85，遗传分化系数（Fst）为-0.029 95，基因流（Nm）为11.53；在所有的nad4基因（876 bp）序列中，共含29个变异位点（2个转换、27个颠换），16个单倍型（h=16,Hd=0.935 6），其Gst为-0.012 38,Fst为-0.040 9,Nm为17.05；在所有的cox1+nad4基因（1 829 bp）序列中，共含59个变异位点（6个转换、53个颠换），24个单倍型（h=24,Hd=0.977），其Gst为-0.003 9,Fst为-0.036 5,Nm为14.77；在所有cox1、nad4及cox1+nad4基因的Network图中，均未发现有单倍型聚集成簇的现象...     

基于线粒体细胞色素氧化酶b(cytb)全基因序列分析我国部分地区兔痒螨的遗传变异特征

为探讨兔痒螨是否会受兔品种、温度带和地域来源的不同而出现遗传变异,采用PCR技术首次对我国6个省份共68个獭兔来源(陕西、河北、河南和湖北)和肉兔来源(山东和四川)痒螨虫株的线粒体细胞色素氧化酶b(cytb)基因全序列进行扩增,经测序后分析遗传变异情况。68条兔痒螨cytb全序列均为1 100bp,共有96个(8.7%)变异位点和46个单倍型;我国整体种群的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.959 2和0.012 0,具有较高的遗传多样性;我国兔痒螨整体种群的中性检验结果为负值(Tajima’s D=-0.444 01,Fu’s Fs=-1.454 25),且呈现多峰的错配分布曲线现象,暗示我国兔痒螨可能经历过突增长过程;我国所有种群间存在一定的遗传分化(Fst=0.262 2)、基因流水平较低(Nm=0.7);分子方差(AMOVA)分析表明遗传分化主要发生在种群内;单倍型网络图和NJ树显示我国兔痒螨的聚类与兔品种、温度带和地理来源无关。结果表明,我国6个地区的兔痒螨虫株呈现较高的遗传多样性,具有一定的遗传分化,但未形成以兔品种、温度带和地理分布为格局的遗传结构。     

包虫病的流行及防治现状

棘球蚴病,又称包虫病,棘球蚴属扁形动物门,圆叶目带科,棘球属,是由棘球绦虫的续绦期幼虫引起的一种严重危害人类健康和畜牧业生产的人兽共患寄生虫病。目前已确认有4种,即细粒棘球绦虫,多房棘球绦虫,少节棘球绦虫和福氏棘球绦虫。严重影响人类公共卫生及健康的两个虫种是细粒棘球绦虫和多房棘球绦虫,它们分别引起囊型棘球蚴病和泡型棘球蚴病,呈全球性分布,少节棘球绦虫和福氏棘球绦虫主要分布在中美洲和南美洲,我国尚未发现[1]。     

棘球蚴病概述

<正>包虫病又称棘球蚴病,是一种人畜共患的寄生虫病。下面就让我们来了解一下这种危害严重的二类动物疫病-包虫病。包虫又名棘球绦虫,在分类上属棘球属,而棘球属又包含5个种,分别是细粒棘球绦虫、多房棘球绦虫、石渠棘球绦虫、少节棘球绦虫和福氏棘球绦虫。在我国,主要分布的是细粒棘球绦虫和多房棘球绦虫。细粒棘球蚴病又称囊型包虫病;多房棘球蚴病又称泡型包虫病。包虫病主要分布在我国的青海、西藏、四川、     

基于线粒体Cyt b基因和CR序列的养殖貉(Nyctereutes procyonoides)种群遗传多样性和结构分析

貉(Nyctereutes procyonoides)是一种重要的经济动物。经过50年的人工驯养繁育,国内养殖种群不断扩大,但对其遗传多样性和结构了解很少,难以开展有效的遗传管理。本研究分析了东北、华北地区养殖貉种群(N=160)的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因和控制区(CR)序列,并与已经发表的同源序列进行比较。结果定义了5个Cyt b基因和6个CR序列单倍型,其中与俄罗斯产乌苏里亚种共享单倍型分别是3个和4个。种群遗传多样性分析表明,养殖貉种群单倍型多样性处于临界点(Hd=0.50)、核苷酸多样性处于较高水平(Pi>0.5%),但二者均明显低于俄罗斯野生乌苏里貉种群。这种遗传多样性模式可能主要是由奠基者效应(founder effect)导致的。此外,红褐色型貉遗传多样性水平显著低于野生型和白色型貉。系统发育分析表明国内养殖貉种群分为3个世系,主要是乌苏里亚种、与同亚种的俄罗斯野生种群亲缘关系密切。研究还发现有1个单倍型(CH5-DH5)与越南产指名亚种共享同一个单倍型世系。这说明建群引种中可能偶然引入了华南地区分布的指名亚种。综上分析,我国养殖貉种群已经出现遗传多样性下降的迹象,需要监控种群遗传多样性的变化,引入具有新基因型的野生貉种,制定科学的交配模式,避免近交衰退。