基于线粒体DNA D-loop序列分析养殖刀鲚与湖鲚的遗传多样性

以线粒体DNA D-loop全序列为分子标记,研究了灌江纳苗养殖刀鲚Coilia nasus子三代(F3)和湖鲚Coilia nasus taihuensis在淡水生活环境下两个群体的遗传多样性。结果显示:养殖刀鲚的D-loop序列长度为1 210～1 252 bp,湖鲚的序列长度为1 252～1 290 bp;在两个群体19个个体中,共检测到变异位点(S)35个,其中单一多态位点14个,简约信息位点21个;有12种不同的单倍型,单倍型多态性(H)为0.924;核苷酸多样性(π)为0.0099,平均核苷酸差异数(K)为4.154;养殖刀鲚群体内的各遗传多样性参数稍高于湖鲚,说明养殖刀鲚比湖鲚的遗传多样性要丰富,保持着较高的遗传多样性;养殖刀鲚与湖鲚的平均遗传距离(0.0148)要远小于它们与七丝鲚Coilia grayi的平均遗传距离(0.0528、0.0537),同时系统发育树也表明,养殖刀鲚和湖鲚共同构成1个单系群,为两种生态型种群,尚未达到种或亚种的分化。     

基于线粒体DNA D-loop序列分析养殖刀鲚与湖鲚的遗传多样性

以线粒体DNA D-loop全序列为分子标记,研究了灌江纳苗养殖刀鲚Coilia nasus子三代(F3)和湖鲚Coilia nasus taihuensis在淡水生活环境下两个群体的遗传多样性.结果显示:养殖刀鲚的D-loop序列长度为1 210 ～1 252 bp,湖鲚的序列长度为1 252～1 290 bp;在两个群体19个个体中,共检测到变异位点(S) 35个,其中单一多态位点14个,简约信息位点21个;有12种不同的单倍型,单倍型多态性(H)为0.924;核苷酸多样性(π)为0.0099,平均核苷酸差异数(K)为4.154;养殖刀鲚群体内的各遗传多样性参数稍高于湖鲚,说明养殖刀鲚比湖鲚的遗传多样性要丰富,保持着较高的遗传多样性;养殖刀鲚与湖鲚的平均遗传距离(0.0148)要远小于它们与七丝鲚Coilia grayi的平均遗传距离(0.0528、0.0537),同时系统发育树也表明,养殖刀鲚和湖鲚共同构成1个单系群,为两种生态型种群,尚未达到种或亚种的分化.     

基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的洪泽湖湖鲚遗传多样性分析

利用线粒体细胞色素b(cytochrome b,简称Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查洪泽湖湖鲚的遗传多样性。结果表明,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。40条Cytb基因序列检出14个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0. 762±0. 067、0. 0018 2±0. 000 28,平均碱基差异数为2. 073; 40条D-loop区序列检出54个变异位点,定义17个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0. 727±0. 078、0. 006 10±0. 001 00,平均碱基差异数为7. 378。13个Cytb基因单倍型之间的遗传距离在0. 001~0. 004之间,17个D-loop区单倍型之间的遗传距离在0. 001~0. 018之间,邻接法(neighbourjoining method,简称NJ)系统进化树显示单倍型聚为1支。Cytb基因和D-loop区序列中性检测Tajima's D和Fu's F_s结果产生的D和F_s值为负值,且Cytb基因的F_s值统计结果有极显著差异(P 0. 01)。同时,Cytb基因序列的岐点分布图呈现单峰型,均表明洪泽湖湖鲚近期经历了种群扩张。整体来看,洪泽湖湖鲚资源具有较高的遗传多样性,呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。     

基于线粒体 DNA D-loop 全序列的麒麟鸡遗传多样性研究

【目的】从线粒体DNA(mtDNA) D-loop全序列角度评估麒麟鸡的遗传多样性水平,以期阐明麒麟鸡的品种形成。【方法】通过PCR产物直接测序法对麒麟鸡保种群的黄羽、白羽和黑羽3个资源群及8个地方鸡品种进行mtDNA D-loop全序列测定,分析遗传变异,并进行中性检测,构建单倍型中介网络图,探究麒麟鸡的群体历史。【结果】麒麟鸡mtDNA D-loop全序列为1 231～1 232 bp,C+G含量（39.8%）低于T+A含量（60.2%）,总体核苷酸多样性为0.00630±0.00054,明显高于其他8个地方鸡品种。3个资源群黄羽、白羽和黑羽麒麟鸡的单倍型多样性分别为0.777±0.076、0.816±0.060、0.710±0.057,核苷酸多样性分别为0.00699±0.00115、0.00662±0.00090、0.00546±0.00062,遗传多样性水平基本上与群体规模呈正相关。麒麟鸡与8个地方鸡的双参数遗传距离为0.008～0.009,净遗传距离为0.003～0.005,均大于其他地方鸡之间的遗传距离。90份麒麟鸡样本共检测到45个突变位点,定义了17个单倍型,其中独享...     

绵羊线粒体DNA D-loop区遗传多样性分析

利用PCR-SSCP技术对8个绵羊群体的806个个体的线粒体DNA控制区(D-loop)5′端部分序列进行遗传多样性分析,以探讨山西省的3个绵羊品种(系):山西肉用绵羊母本品系、山西细毛羊和晋中绵羊与其它国内外品种的遗传多样性差异。共检测出6种单倍型,依次记为A、B、C、D、E和F。杜泊和大尾寒羊的主单倍型分别为B和E,其他群体均为F。单倍型多样度以考力代最低,为0.109;其它7个群体的单倍型多样度都较高,最高的为杜泊,达0.741;山西肉用绵羊、山西细毛羊和晋中绵羊的单倍型多样度分别为0.579、0.724和0.624。主成分分析显示山西肉用绵羊和小尾寒羊聚在一起,表明其间亲缘关系较近,与其它6个国内外品种遗传关系较远。     

贵州关岭黄牛线粒体DNA D-loop区全序列遗传多样性分析

为了解贵州关岭黄牛的遗传多样性及遗传背景,测定了22个个体的线粒体DNAD—loop区全序列。结果表明,关岭黄牛D—loop区全序列中,A T平均含量为61．5％,G c含量为38．5％。经比对,共检测到关岭黄牛D—loop区14种单倍型,核苷酸多态位点54个,其中12种为普通牛血统的单倍型,2种为瘤牛血统的单倍型,说明关岭黄牛同时受到普通牛和瘤牛的影响。在关岭黄牛22个个体中,其单倍型多样度为0．909,核苷酸歧异度(π值)为2．29％,表明关岭黄牛品种的遗传多样性丰富。     

基于线粒体DNA D-loop 序列的五华三黄鸡遗传多样性及其品种起源研究

通过PCR产物直接测序法对五华三黄鸡保种群120个个体进行线粒体DNA(mt DNA)D-loop序列测定,研究该品种的遗传多样性和系统进化。结果显示,五华三黄鸡保留着较高水平的遗传多样性。mt DNA D-loop的C+G含量(42.5%)低于T+A含量(57.5%),核苷酸多样性和核苷酸差异均数分别为0.01298±0.00051和6.750。共检测到33个突变位点,均为转换突变,包括23个TC转换和10个AG转换,占分析位点的6.35%。定义了32种单倍型,其中独享型单倍型19个,单倍型多样性为0.913±0.012,遗传距离为0.013±0.003。单倍型类群主要分布在进化枝A、B、C和E,其中B为优势单倍型类群。系统进化分析和进化枝地理分布特征表明,五华三黄鸡有4个母系来源,可能受北方家鸡南迁的影响。     

刀鲚遗传多样性研究进展

刀鲚(Coilia nasus)是我国重要的经济洄游性鱼类,与河鲀、鲥鱼并称为“长江三鲜”.然而,由于水体环境污染、洄游通道受阻以及捕捞过度等原因,致使刀鲚资源遭受到严重破坏.从刀鲚的形态学、蛋白质和DNA分子水平等方面综述了刀鲚遗传多样性的研究进展,旨在为更好地保护刀鲚资源奠定理论基础.     

青海骆驼线粒体DNA D-loop区遗传多样性研究

旨在研究青海骆驼遗传多样性,揭示青海骆驼的母系起源进化。采集柴达木地区3个青海骆驼类群耳组织样品88份并提取基因组DNA,利用PCR扩增和基因测序分析线粒体DNA D-loop序列,并与蒙古、内蒙古双峰驼进行比较。结果表明：D-loop序列中共检测到96个多态位点,定义了27种单倍型。3个青海骆驼类群占有16个单倍型,而蒙古双峰驼独有7个单倍型,内蒙古双峰驼独有4个单倍型。系统发育分析显示出两个独立的分支：第一支为青海骆驼3个类群与蒙古双峰驼,且德令哈双峰驼与其他两个类群间存在明显界限;第二支为内蒙古双峰驼。青海骆驼与内蒙古双峰驼的遗传距离均较远,但与蒙古双峰驼的遗传距离较近。因此,青海骆驼母系起源更倾向于蒙古双峰驼而非内蒙古双峰驼。     

基于mtDNA Cytb序列分析养殖与野生刀鲚群体的遗传多样性

为比较刀鲚(Coilia nasus)的人工养殖群体与野生群体的遗传结构差异,为刀鲚的种质资源保护和养殖业的可持续发展提供科学依据,应用线粒体DNA细胞色素b基因的序列分析法研究了灌江纳苗养殖刀鲚子三代(F3)、洄游刀鲚(长江野生群体)和湖鲚3个淡水生活环境下的群体遗传多样性.结果显示:刀鲚线粒体DNA细胞色素b基因大小为1 141 bp;在3个群体22尾个体中,找到12种不同的单倍型,单倍型多态性(h)为0.922,多态位点(S)为18,其中单一多态位点9个,简约信息位点9个,核苷酸多样性(π)为0.0041,平均核苷酸差异数(K)为4.714,平均遗传距离为0.0042.洄游刀鲚和养殖刀鲚群体的核苷酸多样性、遗传距离都比湖鲚高,说明养殖刀鲚比湖鲚的遗传多样性要丰富,仍保持着较高的遗传多样性.     

文昌鸡线粒体DNA控制区序列遗传多样性分析

运用PCR产物直接测序的方法对海南省文昌市90只文昌鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行了分析。用CLUSTAL X 1.81软件进行序列比较,其中38只个体共检测到27个核苷酸多态位点,全部为转换无颠换,序列突变率为5.29%。用DnaSP软件估计出序列存在16个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.935,核苷酸多样度(π)为0.01479,平均核苷酸差异数(k)为7.541。运用Mega4.0软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了NJ系统树。文昌鸡样品在NJ无根树上聚为4大分支。研究结果表明,文昌鸡群体内个体序列变异程度较大,遗传多样性丰富,揭示文昌鸡在遗传组成上具有4个母系来源。     

基于线粒体DNA D-loop区的肉鸡品种遗传多样性和起源分析

[目的]探讨不同生长速度鸡品种(配套系)线粒体DNA D-loop区全序列遗传多样性和起源特性,为肉鸡品种选育和溯源提供理论依据.[方法]以不同生长速度的8个黄羽肉鸡配套系(中快速型5个、慢速型3个)、2个地方鸡种(固始鸡、藏鸡)、2个引进鸡种(隐性白羽鸡、安卡鸡)、1个白羽肉鸡(罗斯308)、817杂交肉鸡以及1个高...     

宁强矮马线粒体DNA D-loop区的遗传多样性

【目的】研究宁强矮马线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）D-loop区的遗传多样性及其母系起源进化,为其遗传资源保护提供理论数据。【方法】采用PCR和测序技术分析12匹宁强矮马mtDNA D-loop区的600 bp核酸序列,并基于mtDNA D-loop区序列将宁强矮马和NCBI公布的其它马种进行系统树构建。【结果】宁强矮马群体存在9种单倍型,检测到34处SNP位点,占所分析位点总数的5.67%,各单倍型间的遗传距离为0.002—0.035,单倍型多样性为0.978±0.054,核苷酸多性为0.01988±0.00818。聚类分析表明宁强矮马分布在4个支系中,与胡克尔马、设特兰马、德保马、蒙古马和车巨马亲缘关系较近,与纯血马、云南马和韩国济州岛本土马的亲缘关系较远。【结论】宁强矮马具有比较丰富的遗传多样性,在进化的历史过程中受到其它马种的影响较大。     

基于颌骨长度和线粒体Cytb序列变异探讨短颌鲚的分类地位

鲚属Coilia鱼类外形十分相似,该属刀鲚C.nasus、短颌鲚C.brachygnathus的分类问题一直存在较大争议。通过分析比较长江流域刀鲚、短颌鲚的纵列鳞数、臀鳍数、幽门盲囊数以及颌骨长度的变异情况,结合线粒体DNA Cyt b序列分析,研究了短颌鲚的分类地位。结果表明:虽然纵列鳞数、臀鳍数、幽门盲囊数等特征在刀鲚与短颌鲚的区分上有一定的倾向,但重叠较大,难以截然分开。对110尾刀鲚、40尾短颌鲚以及36尾定居型刀鲚——湖鲚C.nasus taihuensis的上颌骨长度进行测量,与刀鲚的上颌骨长度/头长(1.125±0.091)相比,湖鲚、短颌鲚的上颌骨长度/头长(1.022±0.045、0.981±0.095)均有所降低,其中刀鲚、短颌鲚的上颌骨长度/头长变异系数较大(8.01%和9.77%),而湖鲚的最小(4.55%)。三者的上颌骨长度/头长变异范围存在一定的交叉,表明鲚属鱼类上颌骨长度不是一种稳定的特征,推测其受生态环境、生活习性影响较大,不能作为判定物种有效性的主要依据。用PCR产物直接测序法测定了刀鲚、短颌鲚、湖鲚、凤鲚的mtDNACyt b基因序列,刀鲚与短颌鲚间的平均遗传距离为0.002,刀鲚与湖鲚间的遗传距离为0.003,而湖鲚与短颌鲚之间的遗传距离仅为0.001。以鳀科鳀属的Engraulis encrasicolus和E.japonicus为外群,用NJ法、ML法以及MP法进行系统发生分析,结果表明:凤鲚C.mystus分化较早,推测其在进化上处于比较原始的地位,而刀鲚、短颌鲚与湖鲚之间构成多岐分枝,三者之间不能明确区分。综合颌骨长度变异以及mtDNA Cyt b序列分析,认为短颌鲚和湖鲚一样,属于刀鲚在长江的一个淡水生态型种群,而非一个独立的物种。     

基于线粒体 D-loop 区序列的 4 个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析

【目的】黄尾鲴（Xenocypris davidi）是以腐殖质、有机碎屑为饵料,兼食浮游生物和底栖动物的的淡水经济鱼类,是浙江省自然水域鱼类增殖放流的主要品种之一。了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,可为自然水域黄尾鲴的增殖放流策略设计和实施提供参考。【方法】对浙江长兴、八里店、双浦和湖南醴陵 4个黄尾鲴养殖群体的线粒体 DNA（mtDNA）D-loop 序列进行 PCR 扩增和测序,通过序列分析研究 4 个群体的遗传多样性。【结果】黄尾鲴线粒体 D-loop 序列长度为 1 038~1 093 bp,碱基 A+T 含量（65.3%）显著高于 C+G含量（34.7%）,平均转换 / 颠换比值（TS/TV）为 4.6。在 128 条黄尾鲴的 D-loop 序列中共检测到 101 个变异位点,包括 97 个简约信息位点;界定了 19 种单倍型,其中长兴、双浦、八里店和醴陵群体的单倍型数目分别为5、12、4 和 2;单倍型多样性（h）介于 0.226~0.915 之间,核苷酸多样性（π）介于 0.00640~0.01433 之间。4 个黄尾鲴养殖群体的遗传多样性具有一定差异,不同养殖群体间遗传距离为 0.03782 ～ 0.88756,遗传分化系数为0.78903（P<0.01）,群体内变异占整个遗传变异的 21.10%,其中长兴群体和八里店群体的遗传分化系数最低,双浦和醴陵群体的遗传分化系数最高,遗传变异主要发生在群体间。【结论】4 个黄尾鲴养殖群体的遗传多样性具有一定差异。黄尾鲴遗传变异和种群结构的信息可为其遗传多样性变化的研究提供参考,有助于黄尾鲴的资源保护。     

基于线粒体D-loop区序列和Cyt b基因的鲟鱼群体遗传多样性分析

【目的】为评估施氏鲟和西伯利亚鲟后备亲鱼群体的遗传多样性,为鲟鱼的遗传选育提供参考。【方法】以施氏鲟和西伯利亚鲟亲鱼群体为研究对象,进行了线粒体控制区(D-loop)全序列和细胞色素b(Cyt b)基因序列对比分析,探讨2标记对鲟鱼遗传多样性分析结果的差异与关系。【结果】西伯利亚鲟和施氏鲟Cyt b和D-loop的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。Cyt b基因在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点5个,单倍型多样性0.151,核苷酸多样性0.00036;在施氏鲟中定义单倍型4个,多态性位点4个,单倍型多样性0.612,核苷酸多样性0.00114。D-loop在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点2个,单倍型多样性0.385,核苷酸多样性0.00040;在施氏鲟中定义单倍型5个,多态性位点55个,单倍型多样性0.707,核苷酸多样性0.02242。【结论】西伯利亚鲟和施氏鲟亲鱼群体的遗传多样性匮乏,尤其在利用西伯利亚鲟亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的不利影响。     

中国地方品种黄鸡线粒体DNA D-loop遗传多样性研究

【目的】 地方品种黄鸡是中国重要的家禽遗传资源,系统评估其遗传多样性水平,为提高利用率和制定科学的保护策略提供依据。【方法】 对新测的694份样本和下载的589份样本,合计28个中国南方地方品种黄鸡共1 283份的线粒体DNA片段（D-loop,519 bp）遗传多样性进行整合分析,构建单倍型中介网络图,通过单倍型地理分布格局、主坐标分析、分子变异分析和中性检测,确认其内部的群体遗传结构和群体历史。通过分析亚洲和太平洋地方鸡线粒体DNA地理分布格局,推测中国南方地方品种黄鸡稀有单倍型类群的来源。【结果】 从1 283份样本检测到101个变异位点,其中92个为多态位点。定义了169种单倍型,归属于6个单倍型类群A-E和G,其中A-C和E为优势单倍型类群,D和G为稀有单倍型类群,占总体样本比例分别为15.43%、49.26%、18.55%、16.37%、0.31%和0.08%。河南省单倍型类群最丰富（6个）;广东省单倍型数量最多（61）,浙江省（19）和海南省（12）较少。单倍型类群A和B在28个黄鸡品种中均有分布;D只分布于淮南麻黄鸡、固始鸡、宁都黄鸡和霞烟鸡中;G只分布于固始鸡中。从单倍型类群D的分布频率和单倍型数量来看,中国南方地方品种黄鸡单倍型类群D可能来源于东南亚地区。从单倍型类群G的地理分布和中介网络图来看,河南和南亚的单倍型类群G可能来源于中国西南地区。中国南方地方品种黄鸡总体单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.903±0.005和0.01269±n.d.。河南省和湖南省的单倍型多样性和核苷酸多样性最高,分别为0.916±0.011、0.01358±0.00039和0.913±0.012、0.01345±0.00042;海南省的单倍型多样性最低（0.736±0.076）,江西省的核苷酸多样性最低（0.00981±0.00072）。在不同地方品种间,淮南麻黄鸡、固始鸡和郧阳大鸡的单倍型多样性最高,江汉鸡、淮南麻黄鸡和黄郎鸡的核苷酸多样性最高,洪山鸡、广西三黄鸡和萧山鸡的单倍型多样性和核苷酸多样性最低。文昌鸡与河田鸡的遗传关系最近,与历史记载相吻合。地方品种黄鸡群体遗传分化不明显,分子变异主要来源于品种内。中性检测显示黄鸡在品种水平上近期未经历明显种群扩张,但单倍型类群A、B和E经历明显的扩张历史。【结论】 结果表明地方品种黄鸡总体上保留着较高的遗传多样性水平,处于较好的保种状态,但洪山鸡、萧山鸡和广西三黄鸡应加强保护。地方品种黄鸡存在杂交现象,整体上经历了群体扩张历史。东南亚和西南地方鸡对中国南方地方品种黄鸡有一定的遗传贡献。     

基于颌骨长度和线粒体Cytb序列变异探讨短颌鲚的分类地位

鲚属Coilia鱼类外形十分相似,该属刀鲚C.nasus、短颌鲚C.brachygnathus的分类问题一直存在较大争议。通过分析比较长江流域刀鲚、短颌鲚的纵列鳞数、臀鳍数、幽门盲囊数以及颌骨长度的变异情况,结合线粒体DNA Cyt b序列分析,研究了短颌鲚的分类地位。结果表明：虽然纵列鳞数、臀鳍数、幽门盲囊数等特征在刀鲚与短颌鲚的区分上有一定的倾向,但重叠较大,难以截然分开。对110尾刀鲚、40尾短颌鲚以及36尾定居型刀鲚——湖鲚C.nasus taihuensis的上颌骨长度进行测量,与刀鲚的上颌骨长度/头长（1.125±0.091）相比,湖鲚、短颌鲚的上颌骨长度/头长（1.022±0.045、0.981±0.095）均有所降低,其中刀鲚、短颌鲚的上颌骨长度/头长变异系数较大（8.01%和9.77%）,而湖鲚的最小（4.55%）。三者的上颌骨长度/头长变异范围存在一定的交叉,表明鲚属鱼类上颌骨长度不是一种稳定的特征,推测其受生态环境、生活习性影响较大,不能作为判定物种有效性的主要依据。用PCR产物直接测序法测定了刀鲚、短颌鲚、湖鲚、凤鲚的mtDNACyt b基因序列,刀鲚与短颌鲚间的平均遗传距离为0.002,刀鲚与湖鲚间的遗传距离为0.003,而湖鲚与短颌鲚之间的遗传距离仅为0.001。以鳀科鳀属的Engraulis encrasicolus和E.japonicus为外群,用NJ法、ML法以及MP法进行系统发生分析,结果表明：凤鲚C.mystus分化较早,推测其在进化上处于比较原始的地位,而刀鲚、短颌鲚与湖鲚之间构成多岐分枝,三者之间不能明确区分。综合颌骨长度变异以及mtDNA Cyt b序列分析,认为短颌鲚和湖鲚一样,属于刀鲚在长江的一个淡水生态型种群,而非一个独立的物种。     

和田羊线粒体DNA D-loop区序列研究

[目的]利用线粒体DNA D-loop区序列分析和田羊遗传多样性.[方法]采用测序法获得和田羊线粒体DNA D-loop区核苷酸序列,比对分析和田羊与Genbank中收录的藏绵羊、蒙古羊、哈萨克羊、巴什拜羊的绵羊线粒体DNA D-loop区序列.[结果]和田羊mtDNA D-loop区序列为1 184 bp,均含有4个75 bp重复序列,A+T含量62.50;,G+C含量37.50;.和田羊与藏绵羊遗传距离最近为0.001,与哈萨克羊遗传距离最远为0.004,同源性分析结果与遗传距离分析结果相同.[结论]和田羊与藏绵羊遗传距离近、同源性高的结果与两个品种在地理分布上可能存在一定关系.