嘉兴市农田土壤中抗生素抗性基因的分布特征

为了了解嘉兴市农田土壤中抗生素抗性基因分布现状,采用PCR技术对嘉兴市农田土壤中12种抗生素抗性基因进行了检测。结果表明,嘉兴市农田土壤样品中erm B、erm C、erm F、erm A、tet B、tet C、tet M、tet O、tet Q、tet W、sul1和sul2基因的检出率分别为65.63%、71.88%、100%、53.13%、46.88%、84.38%、90.63%、87.50%、84.38%、71.88%、93.75%和100%。检测结果可以为嘉兴市从抗生素抗性基因角度评估农艺措施提供指导依据,为嘉兴市掌握污染动态变化情况控制抗生素抗性基因传播提供基础理论数据。     

粪源环丙沙星对潮土中抗生素抗性基因的影响

为了探究粪源环丙沙星(Ciprofloxacin, CIP)对潮土中抗生素抗性基因(Antibiotic resistance genes,ARGs)的影响,布置培养试验(81 d),设置5个处理,分别为Ⅰ:CK(对照),Ⅱ:CIP(外源添加CIP),Ⅲ:DF(不含CIP的鸭粪),Ⅳ:DF+CIP(Ⅲ基础上外源添加CIP),Ⅴ:DF(CIP)(粪源CIP)。采用PCR技术分析土壤中6大类27种抗生素抗性基因和4种可移动遗传元件的检出情况,并利用荧光定量PCR技术对检出频率较高的目的基因及总细菌基因(16S rRNA)的绝对丰度进行检测。结果表明:不同处理土壤中共检出6种ARGs(tet G、sulⅠ、qnr A、qnr S、aad A2、aad D)和1种可移动遗传元件(intⅠ),且检测到的目的基因基本一致。DF(CIP)和DF+CIP处理对土壤中细菌和不同种类ARGs的影响不同。DF(CIP)、DF+CIP处理均显著降低了土壤中16S rRNA、tet G的绝对丰度;DF(CIP)处理显著增加了土壤中sulⅠ、aad A2的绝对丰度;DF+CIP处理显著增加了土壤中qnr A的绝对丰度。不同种类的ARGs与intⅠ、土壤理化性质的偏相关性分析表明,土壤中intⅠ与sulⅠ、aad A2呈正相关,与qnr A呈负相关,qnr A与CIP残留量呈正相关,tet G与有机质呈正相关。研究结果可为科学地评价氟喹诺酮类抗生素的环境风险以及粪肥的合理施用提供一定的理论依据。     

广东西枝江-东江流域抗生素抗性基因污染特征研

抗生素抗性基因（Antibiotics Resistance Genes, ARGs）污染已成为全球性环境问题之一。于枯水季对广东西枝江-东江流域的淡水河、西枝江、东江干流上120多公里河段范围采样,共10个点,每个点同步采集水样和沉积物样品,采用实时荧光定量PCR方法,测定了3种代表性磺胺类耐药基因（sul1、sul2、sul3）及2种代表性整合酶基因（int1、int2）的存在及其丰度。结果显示,水样及沉积物样品中sul1、sul2、sul3和int1、int2均具有100%检出率,表明西枝江-东江流域水环境受到这5种抗生素抗性基因的污染。sul1和sul2在水样和沉积物中的绝对丰度和相对丰度最高,为优势抗性基因。抗性基因丰度在水体和沉积物间,具有较好的相关性（R2=0.64）。无论水体和沉积物,一些抗性基因之间也存在显著的正相关：sul1和int1（R2>0.95,P=0.000<0.01）,sul1和sul2（R2> 0.8, P=0.002<0.01）,sul2和int1（R2>0.8,P=0.004<0.01）。西枝江-东江流域的不同采样点的丰度水平并没有明显峰值,从支流到干流抗性基因丰度未随着水量的增加而削减,反而随着微生物繁殖和新的污染源排放而不断富集。     

鸡粪-堆肥中重金属残留、抗生素耐药基因及细菌群落变化研究

研究鸡粪及其堆肥过程中养分变化、重金属残留、抗生素耐药基因消减情况以及细菌群落演替规律,探讨细菌菌群与养分、重金属、抗生素耐药基因之间的相关性。采集鸡粪及其堆肥过程样品,测定样品中养分、重金属含量,检测抗生素耐药基因相对丰度,采用16S rRNA高通量测序技术研究鸡粪堆肥过程细菌群落变化。从鲜鸡粪(组FM)到二次发酵(组SC),样品中有机质含量下降,全氮和全磷含量有不同程度增加,全钾及pH值显著升高(P0.05)。重金属在不同组中的浓度呈波动变化,与组FM相比,在组SC中砷(As)、镉(Cd)浓度升高,铜(Cu)、锰(Mn)、铅(Pb)浓度下降,其中锌(Zn)下降显著(P0.05)。堆肥后,抗生素耐药基因aac(6′)-Ib-cr、tet M(P0.05)、erm B(P0.05)和bla CTX-M(P0.05)的相对丰度呈现不同程度的下降,而基因sul1相对丰度增加。高通量测序结果表明,在门水平,各组均以Firmicutes、Proteobacteria和Bacteroidetes 3个菌门为主。在属水平,各组具有不同的优势物种,同时潜在病原菌属的相对丰度均随堆肥过程降低。通过相关性分析发现,大部分优势菌属与全磷、pH值、重金属Cr及耐药基因sul1、tet M、erm B和bla CTX-M有显著相关性(P0.05)。鸡粪经堆肥后可降低病原菌及抗生素耐药基因相对丰度,但仍存在一定风险,该研究可为实际生产中鸡粪的高效、安全堆肥处理提供参考。     

石家庄汪洋沟地区抗生素、抗性细菌和抗性基因污染特征

以石家庄汪洋沟地区为研究对象,采用高效液相色谱-质谱法(HPLC-MS)、平板计数、实时荧光定量(qPCR)法分别对地表水、地下水及沉积物样品中的抗生素、抗性细菌和抗性基因进行定量分析。结果表明,汪洋沟地区四环素类抗生素总体含量高于磺胺类抗生素,水体中ρ(∑四环素)为5.81×101~3.87×105ng·L-1,ρ(∑磺胺)为1.02×101~5.37×103ng·L-1;沉积物中w(∑四环素)为4.28×101~1.63×105ng·g-1,w(∑磺胺)为1.18×101~1.68×104ng·g-1;水体中四环素的抗性细菌数量为4.00×101~2.13×104CFU·mL-1,磺胺抗性细菌数量为6.67×101~7.34×105CFU·mL-1;水体中抗性细菌含量比沉积物中低3~4个数量级。样品中检出的5种四环素类抗性基因(tetA、tetB、tetE、tetW和tetZ)、2种磺胺类抗性基因(sul1,sul2)及2种整合子基因(int1,int2)的相对表达量较高,其中tetA及sul1为汪洋沟地区的优势抗性基因,相对表达量均高于1.58×10-2。主成分分析结果表明ARGs的含量分布受不同污染源和复杂的水质特征的影响。从tet(B)基因的系统发育分析结果可以看出,水质的变化会导致抗性菌种存在差异。与国内外河流相比,汪洋沟抗生素含量处于较高污染水平,抗性基因污染也较为严重。     

湛江湾抗生素抗性基因的时空分布及其影响因素

为探究湛江湾抗生素抗性基因(antibiotic resistance gene, ARGs)的时空分布特征及环境因子对其分布的潜在影响,采用实时荧光定量PCR(qPCR)技术,研究了湛江湾表层沉积物中磺胺类、四环素类和氟喹诺酮类ARGs(sul1、tetQ和qnrS),整合子基因(intI1),以及16S rRNA基因4个季节的丰度变化。结果表明：湛江湾表层沉积物中,ARGs各基因的平均绝对丰度均呈现冬季最高、夏季最低,而其平均相对丰度均呈现夏季最高,说明ARGs存在明显的季节性分布特征;从站位分布来看,3种ARGs的平均绝对丰度均呈现出Z21>Z04>Z06,而平均相对丰度均表现为Z06>Z21>Z04,说明ARGs的分布存在明显的空间分布特征;斯皮尔曼(Spearman)相关性分析显示,ARGs基因之间,以及ARGs、intI1分别与16S rRNA基因绝对丰度之间均呈显著正相关(P<0.05),intI1与sul1相对丰度之间呈显著正相关(P<0.05),ARGs的绝对和相对丰度分别与四环素类和氟喹诺酮类抗生素及Mn、Cu等重金属存在一定程度...     

四川省稻田土壤的抗生素抗性基因多样性研究

为了全面明晰四川省稻田土壤中抗生素抗性基因的丰度和多样性,及其与环境因子的相关性,对7个不同地区的稻田土壤采用高通量荧光定量PCR技术,对283种抗生素抗性基因和12种可移动遗传元件遗传标记引物进行检测,揭示抗性基因的污染状况及空间分布规律。结果表明,7个稻田土中共检出166种不同的抗生素抗性基因和9种可移动遗传元件,每个土壤分别检出56～84种抗生素抗性基因。7个稻田土的抗生素抗性基因组成各异,且都存在其独有的抗生素抗性基因。不同稻田土的抗生素抗性基因的相对和绝对丰度均不同,抗生素抗性基因的绝对丰度范围为9.55×10~8～2.83×10~(10)copies·g~(-1)(干质量),相对丰度为0.012±0.006 copies·cell~(-1)。7个稻田土的抗生素抗性基因和可移动遗传元件的丰度都呈极显著正相关(P0.01),说明抗生素抗性基因的水平转移可能促进抗生素抗性基因的迁移和富集,加剧了农田土壤的抗生素抗性基因污染。总体相对丰度较高的抗生素抗性基因类型为多重耐药类(49.26%)、大环内脂类-林可酰胺类-链阳性菌素B类(11.30%)和β-内酰胺类(10.87%)。冗余分析表明土壤肥力重要指标总氮与7个稻田土中的抗生素抗性基因多样性极显著相关(P0.01)。四川不同地区的稻田土抗生素抗性基因分布规律各异,农业耕种活动可能影响土壤抗生素抗性基因的多样性。     

洪泽湖沉积物中四环素土霉素及相关抗性基因的分布特征及潜在风险分析

为了探讨洪泽湖沉积物中四环素、土霉素及其抗性基因的含量、分布及潜在风险,采集洪泽湖湖区42个沉积物样品,利用HPLC-MS测定了样本中常见的两种四环素类抗生素(四环素、土霉素)含量,并采用q PCR分析了样品中3种四环素抗性基因(tet A、tet C、tet M)的含量。结果显示,四环素类抗生素检出率为100%,含量范围为1.35~25.43μg·kg~(-1)。所有样品中tet A、tet C基因均有检出,且tet C基因含量最高,平均含量为9.77×106copies·g-1,只在部分样品中检测出tet M。相关结果分析表明,沉积物中的四环素类抗性基因含量与四环素类抗生素含量及有机碳的乘积呈较为明显的正相关关系(R2=0.669 4,n=42),这也表明在洪泽湖水域中,四环素类抗生素抗性基因的含量水平可能不仅与环境中的抗生素暴露水平相关,同时也有可能与有机质含量等环境因素相关。     

猪场废水处理系统出水及周边河流中噬菌体携带抗性基因的污染特征

噬菌体是抗生素抗性基因水平转移的重要载体,其携带的抗性基因受到广泛关注。本研究选择5座典型猪场废水处理系统为研究对象,采集其出水样、排入河流的上游和下游水样,提取其噬菌体DNA,利用实时荧光定量PCR技术检测四环素类抗性基因tetG、tetX和tetW、磺胺类抗性基因sul1和sul2、大环内酯类抗性基因ermA和ermB、β-内酰胺类抗性基因bla_TEM、氯霉素类抗性基因cmlA,以及整合子基因intl1和intl2的含量。结果表明,猪场废水处理系统出水中噬菌体携带抗性基因的检出率低于河流样品的检出率,其中只有在1/5的系统出水样品中检测到cmlA,2/5的系统出水样品中检测到sul1,而所有河流样品都检测到cmlA和sul1;sul2的平均绝对丰度（4.09±0.16）显著高于其他抗性基因的丰度（P<0.05）,其他抗性基因丰度由高到低依次为tetX、tetG、sul1、tetW、bla_TEM、ermB、cmlA、ermA,并且cmlA的丰度分别与bla_TEM和sul1之间存在显著强正相关（P<0.05）,intl1分别与bla_TEM、cmlA和sul1之间呈显著强正相关（P<0.05）;只有cmlA和sul1的丰度在各猪场之间没有显著差异,其他噬菌体携带抗性基因的丰度在不同猪场间存在较大的差异;系统出水（2.01±0.21）中总抗性基因的丰度显著低于河流上游（3.03±0.13）和下游（2.88±0.16）中的丰度（P<0.05）。本研究表明,典型猪场废水处理系统出水中含有高丰度的噬菌体携带抗性基因,但未对周边河流造成显著影响。     

海南岛东海岸珊瑚礁生态系统中抗生素抗性基因的赋存特征

为了解海南岛近岸珊瑚礁生态系统中抗生素抗性基因（Antibiotic Resistance Genes,ARGs）的赋存特征,本研究借助绝对定量PCR技术分析了海南岛东海岸8个珊瑚礁礁区海水中的磺胺类（sul1、sul2）、喹诺酮类（qnrB、qnrS）和氯霉素类ARGs（cmlA1-01、cmlA1-02、cmx(A)）的丰度及其与海水盐度、营养盐（NH₃?-N、NO₂?-N、NO₃?-N、PO₄3?-P）和金属离子（Hg、As、Cu、Pb、Zn、Cd、Cr）浓度的相关性。结果发现,在8个调查站点海水中的磺胺类、喹诺酮类和氯霉素类共3类7种ARGs的检出率为100%,且sul2在所有调查站点中都是丰度最高的ARG（3.96×107～1.65×109 copies·L?1）。此外,5种ARGs[sul1、qnrS、cmlA1-01、cmlA1-02、cmx(A)]的丰度与盐度显著负相关,而qnrS和cmlA1-01的丰度均与NO₂?-N浓度显著正相关,sul1和qnrB的丰度分别与Cu和Cr浓度显著正相关。结果表明,海南岛东海岸珊瑚礁生态系统中存在多种类型的ARGs污染,盐度、营养盐和金属离子可能是驱动礁区ARGs传播的主要环境因素。     

翻堆频次对奶牛粪污异位发酵床中抗生素抗性基因及细菌群落的影响

为了探讨翻堆频次对异位发酵床动态堆肥过程中抗生素抗性基因（Antibiotic resistance genes,ARGs）、整合子基因（intI1）及细菌群落的影响,设置1 d翻堆1次（T1）和2 d翻堆1次（T2）2种条件,采取qPCR、16S rRNA技术研究了目标基因（tetG、tetW、sul1、sul2、blaTEM-1、ermQ和intI1）及细菌群落的动态变化,并分析ARGs与细菌群落及intI1的关系。结果表明：堆肥后T1和T2组目标基因总相对丰度较0 d时分别降低82.33%和80.46%,其中tetG、tetW、sul1、bla TEM-1、ermQ、intI1相对丰度分别降低16.70%、87.88%、54.60%、>99.99%、97.80%、59.33%和61.33%、99.46%、50.91%、99.29%、82.23%、99.92%。网络分析发现,Trichococcus、Aquabacterium和Clostridiaceae＿Clostridium等是ARGs和intI1的共同潜在宿主菌;冗余分析显示,细菌群落解释了ARGs变化的70.07%,...     

四环素耐药基因在猪粪便、堆肥和土壤中的归趋

抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes,简写为ARGs)是一种新兴的环境污染物[1],在我国禽畜养殖业中由于抗生素的大量使用,导致禽畜粪便中ARGs广泛存在,但其在环境中归趋的研究还较少。四环素是我国禽畜养殖业中广泛使用的抗生素,本研究采用分子生物学技术,研究了猪粪便中四环素耐药基因(an-tibiotic resistance genes,TRGs)的分布以及迁移变化。通过普通PCR定性检测,发现在养猪场各样品中均检测出TRGs。荧光定量PCR检测发现猪粪堆肥中tet(A)和tet(C)基因的含量相比于土壤中的tet(A)和tet(C)的含量均高0~1个数量级,而比新鲜猪粪中的分别低0~3和1~4个数量级。据此推测TRGs在新鲜猪粪、堆肥和土壤中总体呈逐级降低的趋势,堆肥处理有利于TRGs含量的消减。     

金霉素胁迫下室内粪土模型中菌群多样性与四环素类抗生素耐药基因丰度研究

【目的】探究金霉素在粪土环境中对土壤微生物群落结构多样性和四环素类耐药基因(TRG)丰度的影响。【方法】分别设置金霉素质量0(对照)、10、100、1 000μg作为胁迫剂量,在处理后第1、7、14、28、56天采集样品,使用高通量测序和q PCR技术研究群落结构多样性和TRG丰度的变化。【结果】厚壁菌门能耐受低剂量(10μg)金霉素的毒害作用,对中、高剂量(100、1 000μg)敏感;放线菌门能耐受中、高剂量的毒害作用,生存繁殖具有一定优势;变形菌门的相对丰度除第28天各剂量组均显著低于对照组外,其余时间多显著高于对照组。金霉素–猪粪–土壤模型样品中共检测出3种四环素类抗生素耐药基因(TRGs):tet O、tet T和tet W,3个基因丰度变化趋势相似:与第1天相比,第56天各组TRGs相对含量均显著减少;低剂量组TRGs相对含量的日消减率在Ⅱ期高于对照组和中、高剂量组,第7天TRGs相对含量显著高于对照组以及中、高剂量组;中剂量组TRGs相对含量的日消减率在Ⅳ期低于其余组,第56天TRGs相对含量显著高于其余组。【结论】在猪粪–土壤环境中,不同菌群对金霉素敏感程度不同,金霉素可改变优势菌群的相对丰度,从而引起菌群群落结构的变化。金霉素可改变TRGs相对含量的日消减率,从而影响TRGs相对含量。本研究可为下一步养殖源性抗菌药物残留的生态风险评估提供一定依据。     

翻堆频次对奶牛粪污异位发酵床中抗生素抗性基因的影响

为了探讨翻堆次数对异位发酵床连续堆肥过程中抗生素抗性基因（ARGs）和可移动基因元件（MGEs）的影响,设置1 d翻堆1次（F1组）和2 d翻堆1次（F2组）2种条件,采用PCR技术检测堆肥过程中15种基因,包括2种四环素类（tetG、tetW）、3种磺胺类（sul1、sul2、dfrA1）、2种β-内酰胺类（blaTEM-1、fexA）、2种MLSB类（ermX、ermQ）、2种FCA类（optrA、IsaE）、1种氨基糖苷类（aac（6?）-Ib-cr）、1种整合子（intI1）及2种转座子（Tn916/1545、ISCRI）基因。PCR结果显示,2组样品中均检出11种ARGs（tetG、tetW、sul1、sul2、blaTEM-1、fexA、ermX、ermQ、optrA、IsaE、aac（6?）-Ib-cr）和3种MGEs（intI1、Tn916/1545、ISCR1）,其中7种基因（tetG、tetW、sul1、sul2、blaTEM-1、ermQ、intI1）的检出率较高;F1和F2组0~5 d均检出12种,33 d和40 d分别检出1种,40 d后明显增加,表明ARGs和MGEs种类随温度的变化而改变。采用qPCR技术对检出率较高的7种基因进行检测,结果显示,F1和F2组7种目标基因的总相对丰度呈先降低后升高再降低的趋势,试验结束时较0 d分别降低82.33%和78.89%,其中tetG、tetW、sul1、blaTEM-1、ermQ、intI1的相对丰度分别降低16.51%、87.89%、54.58%、99.99%、97.80%、59.29%和64.32%、99.46%、50.91%、99.29%、82.22%、99.92%。结果表明,异位发酵床降解粪污高温期可减少ARGs种类和丰度,且2 d翻堆1次对大部分ARGs的去除效果更好。     

东寨港红树林典型区域氯霉素抗性基因的分布

采用实时荧光定量PCR方法,于2017年8月采集东寨港红树林区域表层沉积物,探究氯霉素抗性基因在该区域的污染情况,同时比较红树区域密林内与密林外沉积物样品中氯霉素抗性基因的分布差异及其与环境因子之间的相关性。结果表明:该区域受氯霉素抗性基因污染严重,基因绝对丰度可高达108 copies·g-1数量级;具有不同耐药机制的氯霉素抗性基因在环境样本中具有不同的组成比例,始终以cml基因居多,证明该地区的氯霉素抗性基因的耐药机制以抗生素主动外排为主;红树林密林内的沉积物样品中氯霉素抗性基因的绝对丰度比其他样点高;氯霉素抗性基因与环境因子的相关性分析显示亚硝酸盐(NO2--N)和氯霉素抗性基因具有极显著相关性。     

高温持续时间对鸡粪堆肥中多重耐药菌、接合型质粒及耐药基因消减特征的影响

为研究堆肥过程中高温持续时间对多重耐药大肠杆菌及其携带的接合型质粒和抗生素耐药基因（Antibiotic resistance gene,ARGs）消减规律的影响,本研究在鸡粪堆肥初始物料中外源添加多重耐药大肠杆菌菌液,并设置延长高温时间组（CT组）和常规堆肥组（NT组）两种堆肥条件处理,利用选择性培养及16S rRNA基因扩增子测序技术检测多重耐药菌群变化规律,同时利用数字PCR定量检测大肠杆菌16S rRNA基因、接合型质粒转移酶基因（MOBP）、氨基糖苷类耐药基因[APH(3)-Ib]及磺胺类耐药基因（sul2）和Ⅰ类整合子-整合酶基因（intl1）等污染物相对丰度变化,对比获得了延长高温时间对多重耐药菌及其ARGs消减速率的影响。结果表明,高温堆肥能够明显抑制堆肥中多重耐药菌的生长,并且CT组对其的抑制效果明显好于NT组。堆肥结束后,五种基因在CT组的相对丰度消减率为79.82%～99.99%,但NT组中腐熟期结束后APH(3)-Ib、sul2、intl1等基因相对丰度均高于初始物料。多重耐药大肠杆菌及其接合型质粒的消减规律均符合一级动力学方程,但APH(3)-Ib、sul2和...     

大连典型滩涂养殖区沉积物中抗生素协同重金属和环境因素对抗性基因分布的影响

集约化水产养殖区是水环境中抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes,ARGs)的重要储存库。为探究养殖区抗生素、重金属和环境因素对ARGs分布的影响,以大连皮口典型滩涂养殖区为研究区域,利用实时定量PCR技术,于2016年3、6、9、11月考察了沉积物中15种ARGs和2种整合子的存在和丰度,以及抗生素、重金属和环境理化特征对ARGs的影响。结果表明:13种ARGs和2种整合子在滩涂养殖区沉积物中普遍存在,其浓度范围的对数[lg(copies/g)]为1.57～5.94,其中qnrA、qnrB、qnrS、sul1、sul2、floR和fexA是检出的优势ARGs;滩涂养殖区沉积物年季的pH、盐度、总氮、总磷、总氨氮和总有机碳含量分别为8.10～8.69、25.1～26.7、8.602～10.580、0.335～0.482、1.659～1.792、16.447～16.666 g/kg,铜、锌、铬、镉、铅和汞浓度范围分别为16.456～23.509、60.141～93.478、1.140～1.740、0.120～0.143、23.274～27.075、0.019～0.037 mg/kg;沉积物中共检出抗生素15种,氟喹诺酮类抗生素(FQs)是检出的最优势类型,其中6种FQs全部检出,检出总浓度范围为4.682～78.368 ng/g;皮尔森相关性分析显示,抗生素对ARGs的存在和分布起到直接或间接筛选作用,重金属Cu和Zn与ARGs的丰度呈极显著正相关(P0.01),而pH、盐度、Cr和Pb与ARGs呈显著负相关(P0.05或P0.01);典范对应分析显示,抗生素协同重金属和环境因素的联合筛选是养殖区沉积物中ARGs存在和分布的关键因素。研究表明,抗生素抗性基因qnrS和sul1可作为示踪滩涂养殖环境中ARGs的污染指示基因。     

嘉兴市抗生素抗性基因的污染现状调查

采用PCR技术对嘉兴市地表水和农田土壤中sul1、sul2、tetA、tetB和tetC等5种基因分布现状进行了调查。结果表明20个地表水水样中sul1、sul2、tetA、tetB和tetC基因的检出率分别为65.0%、95.0%、80.0%、40.0%、90.0%,9个农田土壤样品中sul1、sul2、tetA、tetB和tetC基因的检出率分别为55.6%,100.0%,55.6%,44.4%,88.9%。检测结果说明嘉兴市已经广泛受到抗生素抗性基因污染,为嘉兴市水污染治理提出了更高的要求。     

满江红内生细菌的培养及其抗生素抗性基因的检测

【目的】水产养殖中广泛使用抗生素会导致抗生素抗性基因在水环境中的传播。水生植物满江红含有丰富的内生菌,建立满江红内生细菌群落及所含有的抗生素抗性基因的检测方法,可以为水环境中抗性基因的监测提供参考。【方法】用3种不同的培养基对小叶满江红的内生细菌进行培养并对培养物进行宏基因组测序及生物信息学分析。【结果】共得到高质量的序列数据量48.66 G,预测出54 180个基因(ORFs)。通过分类学信息数据库NR共注释出1 712种微生物物种,在总门水平上属38个门,其中3种培养物中变形菌门(Proteobacteria)的物种丰度均占全部门类的99.14%以上。在总属水平,草螺菌属(Herbaspirillum)的丰度为91%左右,伯克霍尔德菌属(Burkholderia)可达1.2%左右。比对抗生素抗性基因数据库ARDB,3个样品共注释到10个与抗生素有关基因ARG,主要针对杆菌肽(bacitracin)和氯霉素(chloramphenicol)产生抗性。与综合抗生素抗性基因数据库CARD进行比对,获得212抗生素相关基因ARO。按照抗性机制分类,其中对抗生素起直接作用的抗性类基因AR的丰度占88%以上;对抗生素有敏感作用的抗性基因AS的丰度均在7%左右;抗生素靶标类抗性基因AT占4%～6%。【结论】通过3种不同的培养基获得的满江红内生细菌的群落结构,抗生素抗性基因类型基本一致。     

秸秆焚烧对白叶枯病稻田中致病菌和抗生素抗性基因的影响

白叶枯病是水稻的重要病害之一。为了解秸秆焚烧对稻田土壤中病原菌和抗生素抗性基因（antibiotic resistance genes, ARGs）的影响，从浙江省宁波市水稻白叶枯病暴发区分别采集土壤和稻茬样品，并对采集的样品进行宏基因组高通量测序。结果表明：稻茬内致病菌相对丰度显著高于土壤，秸秆焚烧后土壤中除了速效钾含量显著升高，其他理化特性变化不明显。秸秆焚烧前后致病菌群落多样性总体上差异不明显，但是秸秆焚烧导致稻茬内水稻黄单胞菌（Xanthomonas oryzae）的相对丰度急剧降低。秸秆焚烧后土壤和稻茬内ARGs相对丰度提高，但与秸秆焚烧前差异不显著（P>0.05），而稻茬内移动基因元件（mobile genetic elements, MGEs）相对丰度显著降低（P<0.05）。此外，秸秆焚烧后致病菌和ARGs共存网络中正相关连接数占比有所下降。曼特尔（Mantel）分析表明：含水量（r=0.642,p<0.01）、p H值（r=0.582,p<0.05）、总有机碳含量（r=0.325,p<0.05）、总氮含量（r=0.570,p<0.0...