基于SSR荧光标记的白蜡核心种质构建

白蜡为中国北方重要的盐碱地造林树种,研究其遗传多样性,进一步构建核心种质,对白蜡优异种质的筛选及开发利用具有重要作用,为广泛开展白蜡种质资源的保存评价、挖掘优异基因资源提供核心材料,同时也为白蜡育种提供优良基因资源。本研究运用SSR标记的方法,选取田间表型性状差异较大的4个白蜡品种华雄、鲁蜡5号、金叶白蜡和金枝白蜡,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳从500对SSR引物中筛选出扩增条带清晰、多态性好、扩增稳定的42对引物。从筛选出的每对引物5′端添加荧光标记后,采用毛细管法通过DNA分析仪检测202个样品不同等位变异的扩增片段,从42对SSR引物中筛选出17对扩增稳定的引物,建立基于高通量荧光SSR标记的白蜡种质鉴定体系。研究了来自全国22个地区的具有代表性的202份白蜡种质资源的遗传多样性,通过R语言包Genetic Subsetter构建出了40份白蜡核心种质。结果表明:选用的17对引物都表现出多态性,共检测出142个等位变异,平均每对引物等位基因数为8.353个;平均有效等位基因数为3.342;平均多态性信息含量为0.635。可见白蜡属植物种间变异较大,具有丰富的遗传多样性。构建了40份白蜡核心种质,占原始种质的20%,t检测表明,所构建的核心种质遗传多样性丰富,其代表的遗传多样性指标与原始种质资源差异不显著,说明获得的核心种质资源能够充分、最大程度地代表原始种质。研究结果为白蜡种质资源的收集、保护、评价及利用提供了宝贵的理论依据和物质基础。利用17对高效引物构建了白蜡属植物SSR高通量鉴定体系,构建的40份白蜡核心种质能够最大程度的代表其遗传多样性。     

基于SSR标记的楠木核心种质构建

楠木是我国特有的珍贵用材树种,研究楠木核心种质的构建策略对强化楠木资源保护与利用,加快楠木良种选育进程具有重要意义。利用14对SSR引物,以102份楠木种质资源为材料,利用M策略、随机取样法、遗传多样性最大法和等位基因最大法分别构建核心种质。采用等位基因数、有效等位基因数和Shannon’s信息指数等遗传多样性指标进行比较分析来确定最适合的楠木核心种质构建方法。14对SSR引物共检测到166个等位基因,平均有效等位基因数为4.875,Shannon’s信息指数为1.297,表明楠木种质资源具有较为丰富的遗传多样性。在较高抽样比例时,等位基因最大化、遗传多样性最大化法和M策略抽取的核心种质均对原有种质有较好的代表性。等位基因最大化法抽取的核心种质等位基因保留率与M策略均达100.00%,但其有效等位基因数和遗传多样性的保留率相对较低;遗传多样性最大化法抽取的核心种质的Shannon’s信息指数保留率与M策略相差不大,但其等位基因和有效等位基因数保留率低于M策略。综合考虑遗传多样性参数,M策略构建的核心种质能最大程度地代表原有种质,为最优的取样策略。主坐标分析结果也证明M策略构建的核心种质...     

陈山红心杉种子园无性系SSR标记分子身份证构建

筛选适合红心杉种质资源鉴定的核心SSR标记并构建无性系分子身份证,为红心杉种质资源的鉴定提供参考。本研究利用19个SSR标记,对51个陈山红心杉种子园无性系进行遗传多样性分析和分子身份证构建。结果表明,19个SSR标记在供试51个陈山红心杉种子园无性系中共检测到72个等位基因,每个位点平均等位基因数（Na）3.8,其中平均有效等位基因数（Ne）1.88。多态信息含量（PIC）变化范围为0.038～0.657,平均0.363。UPGMA聚类分析显示51个陈山红心杉种子园无性系之间遗传相似度较高,在0.528～1.000,且部分无性系具有相同的遗传相似系数。通过对SSR标记扩增带型分析和编码,构建了51个陈山红心杉种子园无性系的分子身份证,结果与聚类分析相符。本研究结果可为今后杉木种质资源的收集保存及创新利用提供有效信息。     

基于SSR分子标记的枸杞遗传多样性研究

【目的】使用黑果枸杞的转录组数据开发适合枸杞的EST-SSR引物,用于分析评价枸杞品种和种质的遗传多样性,为黑果枸杞种质资源评价和新品种培育提供理论依据。【方法】基于NCBI公共数据库已经发表的黑果枸杞果实转录组数据,分析得到枸杞的EST-SSR分子标记,合成了符合设计标准的182对EST-SSR引物,经过扩增和多态性筛选后,将多态性好的引物用于30份枸杞材料的遗传多样性分析。【结果】在182对引物中,有176对引物可以扩增出条带,共筛选出20对多态性好、有特异性的引物,其多数引物扩增条带数为2～8条。使用20对引物在30份枸杞材料中共扩增得到121条条带,平均每对引物扩增出6.05条,有效等位基因数(N_e)的均值为1.473 1个,Nei’s多样性指数(H)的均值为0.291 7,Shannon信息指数(I)的均值为0.451 7,多态性信息含量(PIC)均值为0.667,30份材料的遗传相似系数为0.459 2～0.991 8,表明品种间具有较丰富的遗传差异。聚类分析结果表明,30份枸杞材料被分为6个组,黑果枸杞与红果枸杞明显归于不同类型,不同种源地的黑果枸杞...     

SSR分子标记与林木遗传育种

阐述了一种新兴的基于PCR的微卫星分子标记技术在林木遗传育种中的应用情况及发展趋势.由于微卫星位点多态性高、共显性、中性突变及遍布于整个基因组,因此使之广泛应用于遗传连锁图谱的构建与QTL定位、亲缘关系分析、遗传结构分析、基因流监测、基因突变以及系统发生等领域.文中指出SSR标记可以为林木遗传改良、种质资源保存、濒危物种保护、基因定位及分子克隆等许多应用研究领域提供理论依据,它将是一种近乎理想的新一代的分子标记.     

利用分子标记早期筛选光皮桦核心种质

利用扩增共有序列遗传标记对光皮桦种质资源基因园中62份样品所代表的519份光皮桦种质资源的遗传多样性进行分析,结果筛选出36份光皮桦的核心种质。t检验结果表明,核心种质的观测等位基因数、有效等位基因数、Nei遗传多样性指数和Shannon信息指数在概率0.01水平上与初始种质差异不显著,说明核心种质能很好的代替初始种质。     

基于SSR标记的黑龙江省茖葱天然种群遗传多样性分析

研究采用简单重复序列(SSR)分子标记方法,对黑龙江省24种茖葱进行遗传多样性分析,计算不同茖葱种质遗传多样性相关性数值,并通过一系列软件对上述相似性数值进行聚类分析。结果表明：黑龙江省不同茖葱种质间遗传距离较远,存在较丰富的遗传多样性。通过UPGMA软件可以将黑龙江省24份茖葱种质聚类分为两大类群Ⅰ和Ⅱ,第Ⅰ类群和第Ⅱ类群又各分为2个亚类群,聚类结果反映的不同种质间亲缘关系与其种植地点有一定关联。SSR聚类分析结果显示：亲缘关系近的品种有伊春五营翠北林场和伊春新春林业局北沟林场,另外,鹤北金矿林场、同江前进农场和伊春红星林业局汤北林场品种间亲缘关系较近。SSR分子标记技术揭示黑龙江省主要野生茖葱种源群体的遗传多样性,为黑龙江省茖葱种质资源的保护与高效利用提供理论基础。     

基于ISSR标记的杉木种源遗传多样性分析

为从分子水平探讨杉木(Cunninghamia lanceolata)种源空间遗传变异模式,采用ISSR分子标记对杉木全分布区内的40个种源进行遗传多样性分析。结果显示:9条ISSR引物共检测出133条带,其中122条多态性条带,多态条带百分率(PPB)为91.73%,各种源PPB和Shannon表型多样性指数(HPOP)分别为37.46%~55.75%和0.201 5~0.344 5,物种水平多态性条带百分率和Shannon信息指数(HSP)分别为89.86%和0.565 5;分子方差分析(AMOVA)揭示,种源间遗传分化系数(ΦST)为0.4651,这表明杉木种源具有较高的遗传多样性,种源间遗传分化较大。UPGMA法聚类表明,参试的40个杉木种源可分为7地理种源区。     

分子标记及其在林木种质资源和遗传育种研究中的应用

分子标记是一种新型的遗传标记，由于其独特的优越性，被广泛地应用于生物学研究的各领域。在全面、系统地介绍当前分子标记主要类型及特征的基础上，从指纹图谱的品种鉴别、群体遗传结构的分析、连锁图谱的构建及分子标记辅助选择育种等方面论述了分子标记在林木种质资源和林木遗传育种研究中的应用情况。分子标记为品种鉴别、亲缘关系确定、种质资源遗传结构状况等的研究提供最有效的方法和手段，在提高林木遗传育种效率、缩短育种周期、增强定向育种的可靠性等方面展现了广阔的应用前景。     

林木分子标记研究进展

分子标记技术大大促进了林木有关研究的发展,林木分子标记研究主要包括林木遗传连锁图谱构建,比较基因组研究,数量性状位点定位,标记辅助选择,系统演化及群体遗传变异和多样性等内容。迄今,已有近２０个树种构建了基因组遗传连锁图谱,少数树种还进行了基因研究。     

分子标记及其在林木种质资源和遗传育种研究中的应用

分子标记是一种新型的遗传标记 ,由于其独特的优越性 ,被广泛地应用于生物学研究的各领域。在全面、系统地介绍当前分子标记主要类型及特征的基础上 ,从指纹图谱的品种鉴别、群体遗传结构的分析、连锁图谱的构建及分子标记辅助选择育种等方面论述了分子标记在林木种质资源和林木遗传育种研究中的应用情况。分子标记为品种鉴别、亲缘关系确定、种质资源遗传结构状况等的研究提供最有效的方法和手段 ,在提高林木遗传育种效率、缩短育种周期、增强定向育种的可靠性等方面展现了广阔的应用前景     

利用荧光SSR标记分析中国油橄榄品种遗传多样性

为研究我国53个油橄榄品种(13个引种驯化选育品种和40个引种品种)的遗传变异,利用SSR荧光标记技术对从甘肃的陇南、四川的西昌、广元和云南的永仁5个地点收集的107份材料进行遗传多样性分析。20对引物共检测出294个等位变异,每对引物的等位基因数在9～26之间,平均为14.7个;多态性信息量PIC值平均为0.73(0.33～0.89)。基于Jaccard系数的NJ法聚类分析结果表明,参试材料分为2大组,选育品种与引种品种未被分开,但大多数具有相同品种名称的材料被分在同一组中,无论是选育品种还是引种品种均具有高水平遗传多样性。对来自5个国家的油橄榄品种群体进行分子方差分析(AMOVA)结果表明,品种内遗传变异(86.61%)远远超过了群体间和群体内不同品种间的遗传变异(13.39%),大规模引种过程中对品种的起源和来源地等信息并不完全,以及在长期引种栽培和苗木繁育过程中品种混淆和同名异种等,都是造成品种内遗传变异水平高的原因。     

分子标记在油橄榄种质资源和育种研究上的应用

近年来,RAPD、AFLP和RFLP等分子标记技术的应用,加速了油橄榄种质资源和育种研究的步伐。本文简述了分子标记在油橄榄品种鉴定、分类、种质的遗传与变异、分子标记连锁遗传图谱及基因定位和标记等方面的应用和取得的进展。并探讨了分子标记技术在油橄榄研究上存在的问题和应用前景。     

基于表型的灰楸核心种质构建

目的 为得出较为可靠的灰楸初级核心种质群体,以加强灰楸种质选育、开发利用和分子遗传学研究,解决其种质资源保存成本较高问题,促进灰楸种质资源的鉴定和有效利用。 方法 本研究以来自甘肃省、陕西省、山西省和河南省的200个11年生灰楸无性系的叶部性状,13年生的生长性状和材性性状为依据,采用5种距离计算方法、6种系统聚类方法、3种取样方法和5种取样比例构建灰楸初级核心种质资源,并进行评价。 结果 采用欧式距离和最短距离系统聚类法,以15%的取样比例进行偏离度取样构建的包括30个无性系的灰楸初级核心种质,均值差异百分率为10.00%、方差差异百分数为40.00%、极差符合率为91.95%、变异系数变化率为136.96%,最能代表原有的种质群体;核心种质的构建提高了叶长、叶宽、叶长宽比、叶柄长、胸径、冠幅和弹性模量高于均值的种质份数占比,降低了Pilodyn值高于均值的种质份数占比;陕西省、山西省和河南省的核心种质份数占比均高于原始种质。 结论 灰楸种质各性状均存在丰富的遗传变异,30份核心种质不仅还原了原种质的均值、极差和变异程度,还提高了种质的变异系数,略提高了核心种质的生长和材性水平,为促进种质资源的鉴定和有效利用奠定了基础。     

构树SRAP分子标记

建立构树DNA提取方法及最佳SRAP-PCR反应体系,用SRAP分子标记研究构树种质资源的遗传多样性.结果表明:SRAP扩增的清晰条带大小在100～1 000 bp,用17对引物对21份材料扩增出439条带,其中多态性条带319条,占72.6%,Shannon信息指数(I)均值为0.227 5,物种水平的Nei基因多样性(H)均值为0.133 6,表明构树的遗传多样性不高.聚类分析结果显示与地理分布有相关性.同时发现一些特异性条带,可以转化为SCAR标记,这为构树的遗传图谱构建、遗传育种等研究提供了参考.     

迪庆州核桃种质资源的遗传多样性与遗传结构

利用SSR分子标记技术对云南省迪庆藏族自治州3个群体共161份深纹核桃种质资源进行遗传多样性分析,揭示资源的遗传多样性水平及遗传结构特征,为其保护和利用提供依据.结果表明:18对SSR引物对161份DNA样本进行扩增,共检测到171个等位基因,平均每对引物9.5个.3个群体的观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)的变化...     

明清板栗古树遗传多样性的SSR分析

正板栗(Castanea mollissima Blume)属于壳斗科(Fagaceae)栗属(Castanea Miller)植物,广泛分布于全国23个省(区、市)[1],年产量约213.2万吨,是我国的传统木本粮食树种和优势经济林树种。北京是华北品种群的主要分布区,板栗主要分布于怀柔、密云、昌平、延庆、房山等地,其中怀柔地区板栗栽培历史非常悠久,分布着丰富的古板栗资源,据专家考     

生物分子标记在林木种质资源研究中的应用

综述了生物分子标记技术在林木种质鉴定与群体遗传研究、亲缘关系分析、数量性状的基因定位与分子遗传图谱构建、遗传改良及分子标记辅助育种等研究中的应用,提出了当前分子生物学技术在林木种质资源保存、评价、利用研究应用中存在的问题及解决途径。     

微卫星（SSR）分子标记应用于濒危植物保护的研究进展

简要阐述了微卫星（SSR）的基本概念和特点,并从濒危植物遗传多样性和遗传结构分析、探索物种起源与进化历史、揭示物种濒危机制和确定优先保护单元等方面对SSR分子标记在濒危植物保护研究中的应用进行了概括和总结。     

EST—SSR标记在松树中的开发和应用

概述了松树EST-SSR的开发、遗传连锁图谱构建、遗传多样性分析以及种质资源鉴定的应用现状,并讨论了EST-SSR标记的应用前景。